Method Article

Oceanografische gegevens visualiseren om langetermijnveranderingen in fytoplankton weer te geven

DOI:

10.3791/65571

July 28th, 2023

In This Article

Erratum Notice

Important: There has been an erratum issued for this article. Read More ...

Erratum

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Formal Correction: Erratum: Visualizing Oceanographic Data to Depict Long-term Changes in Phytoplankton
Posted by JoVE Editors on 1/01/1970. Citeable Link.

An erratum was issued for: Visualizing Oceanographic Data to Depict Long-term Changes in Phytoplankton. The Authors section was updated from:

Patricia S. Thibodeau1
Jongsun Kim2
1Graduate School of Oceanography, University of Rhode Island
2School of Earth, Environmental and Marine Sciences, The University of Texas - Rio Grande Valley

to:

Patricia S. Thibodeau1
Jongsun Kim2
1School of Marine and Environmental Programs, University of New England
2School of Earth, Environmental and Marine Sciences, The University of Texas - Rio Grande Valley

Summary

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Hier presenteren we een protocol voor het omzetten van fytoplankton microscopische beelden in vectorafbeeldingen en repetitieve patronen om visualisatie van verschuivingen in fytoplanktontaxa en biomassa over 60 jaar mogelijk te maken. Dit protocol vertegenwoordigt een benadering die kan worden gebruikt voor andere planktontijdreeksen en datasets wereldwijd.

Abstract

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Oceanografische tijdreeksen bieden een belangrijk perspectief op milieuprocessen in ecosystemen. De Narragansett Bay Long-Term Plankton Time Series (NBPTS) in Narragansett Bay, Rhode Island, VS, vertegenwoordigt een van de langste planktontijdreeksen (1959-heden) in zijn soort ter wereld en biedt een unieke kans om langetermijnveranderingen binnen een aquatisch ecosysteem te visualiseren. Fytoplankton vormt de basis van het voedselweb in de meeste mariene systemen, waaronder Narragansett Bay. Daarom is het van cruciaal belang om hun belang over te brengen aan de 2.4 miljard mensen die in de kustoceaan leven. We hebben een protocol ontwikkeld met als doel de diversiteit en omvang van fytoplankton te visualiseren door Adobe Illustrator te gebruiken om microscopische afbeeldingen van fytoplankton verzameld uit de NBPTS om te zetten in vectorafbeeldingen die in de loop van de tijd kunnen worden aangepast aan repetitieve visuele patronen. Numeriek overvloedige taxa of taxa die een economische en gezondheidsbedreiging vormden, zoals de schadelijke algenbloeitaxa, Pseudo-nitzschia spp., werden geselecteerd voor beeldconversie. Patronen van verschillende fytoplanktonbeelden werden vervolgens gemaakt op basis van hun relatieve overvloed voor geselecteerde decennia van verzamelde gegevens (jaren 1970, 1990 en 2010). Decadale patronen van fytoplanktonbiomassa vormden de basis voor de omtrek van elk decennium, terwijl een achtergrondkleurgradiënt van blauw naar rood werd gebruikt om een langdurige temperatuurstijging te onthullen die werd waargenomen in Narragansett Bay. Ten slotte werden grote panelen van 96 inch bij 34 inch geprint met herhalende fytoplanktonpatronen om mogelijke veranderingen in de hoeveelheid fytoplankton in de loop van de tijd te illustreren. Dit project maakt visualisatie mogelijk van letterlijke verschuivingen in fytoplanktonbiomassa, die doorgaans onzichtbaar zijn voor het blote oog, terwijl gebruik wordt gemaakt van real-time seriegegevens (bijv. fytoplanktonbiomassa en abundantie) in het kunstwerk zelf. Het vertegenwoordigt een benadering die kan worden gebruikt voor vele andere planktontijdreeksen voor datavisualisatie, communicatie, onderwijs en outreach-inspanningen.

Introduction

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Fytoplankton is een primaire producent die de basis vormt van het voedselweb in aquatische ecosystemen 1,2. Hoewel fytoplanktonmonitoringprogramma's essentieel zijn voor het identificeren van huidige en toekomstige veranderingen in mariene ecosystemen, neemt hun steun in de loop van de tijd af 3. Door hun relatief korte generatietijden en beperkte mobiliteit zijn fytoplankton bijzonder gevoelig voor klimaatverandering, waardoor ze een belangrijk hulpmiddel zijn bij het monitoren van tijdreeksen. Tijdreeksen van fytoplankton zijn ook belangrijk voor het informeren van ecosysteemgebaseerd beheer van de beschikbaarheid van hulpbronnen en het bieden van context voor episodische gebeurtenissen, zoals mariene hittegolven4. Kortetermijntijdreeksen, over de kwestie van jaren, geven inzicht in de opvolging van fytoplanktongemeenschappen en seizoensdynamiek (bijv. ref.5,6), terwijl tijdreeksen op lange termijn, zoals de Bermuda Atlantic Time Series (BATS) en Hawaii Ocean Times Series (HOTS)-programma's, meer dan twee decennia beslaan en de detectie van langetermijntrends mogelijk maken 7,8. Dergelijke studies illustreren het voordeel en het belang van een sterk opgelost fytoplanktonrecord voor een volledig begrip van ecosysteemveranderingen op lange termijn in dynamische mariene omgevingen. Verder is het visualiseren en communiceren van deze veranderingen in fytoplankton, die niet met het blote oog kunnen worden gezien, moeilijker te begrijpen dan voor organismen die groot en goed zichtbaar zijn, zoals vissen en walvissen. Computervisualisaties bieden een techniek om complexe datasets te verkennen9 en verbeterde illustratieve afbeeldingen komen direct beschikbaar (bijv. Integration and Application Network, University of Maryland Center for Environmental Science). De meeste studies in de ecologie van fytoplankton, waaronder veel waarnaar hier wordt verwezen, presenteren echter nog steeds alleen resultaten als datagrafieken die hun toegankelijkheid voor een algemeen publiek verminderen. Gezien het feit dat fytoplankton de basis vormt van het voedselweb in de meeste mariene systemen, is het van cruciaal belang om het belang ervan te communiceren aan de bijna 2.4 miljard mensen die in de kustoceaan leven10. Hier hebben we een protocol ontwikkeld met als doel de diversiteit en omvang van fytoplankton te visualiseren, zoals verzameld door een fytoplanktonmonitoringsprogramma.

De Narragansett Bay Plankton Time Series (NBPTS) biedt een langetermijnperspectief van 60+ jaar (1959-heden) op de effecten van wereldwijde verandering binnen een klimaatcontext op de overvloed aan fytoplankton, seizoensgebondenheid en fenologie (levensgeschiedenis). Narragansett Bay (NBay) is een kustestuarium dat verbonden is met de bredere systemen van het noordoostelijk plat van de VS en de noordwestelijke Atlantische Oceaan, waarvan de productie belangrijke implicaties heeft voor de visserij en het menselijk gebruik langs de kust van de VS.11. NBay wordt beschouwd als een zeer seizoensgebonden systeem dat langdurig (1950-2015) opwarmende wateren in de regio ervaart, evenals verschuivingen in voedingsstoffen en een toename van de helderheid van het water12,13. Bovendien is er in de bovenloop van de NBay een afname van de fytoplanktonbiomassa opgetreden als gevolg van antropogene afnames van opgeloste anorganische stikstof, die gedeeltelijk wordt toegeschreven aan upgrades in afvalwaterzuiveringsinstallaties12. Verschuivingen in fytoplanktontaxa, met name schadelijke algenbloei (HAB's), doen zich ook voor in NBay. Pseudo-nitzschia spp., die alomtegenwoordige giftige bloei produceert in opwellingsgebieden langs de westkust van de VS, leidde in 2016 en 2017 voor het eerst in de geschiedenis van NBay tot opmerkelijke sluitingen van schelpdieren 14,15,16. Het communiceren van deze veranderingen aan een divers publiek is belangrijk voor het vergroten van de wetenschappelijke geletterdheid en voor het bevorderen van voortdurende ondersteuning van fytoplanktonmonitoringstudies.

Het doel van dit project was om microscopische beelden van fytoplankton van NBay te gebruiken, evenals gegevens gesynthetiseerd van NBPTS, om de letterlijke verschuivingen in fytoplanktontaxa en biomassa die zich voordoen in NBay te visualiseren om het belang van fytoplankton aan het grote publiek te communiceren en te vergroten. NBPTS biedt 60+ jaar openbaar beschikbare wekelijkse fytoplanktontellingen en biomassa om gebruik te maken van gegevens van (https://web.uri.edu/gso/research/plankton/). Het eindproduct was een grote muurschildering van planktonpatronen die representatief zijn voor de tijdreeksgegevens (bijv. fytoplankton, biomassa en taxa, temperatuur) in het kunstwerk zelf. Deze benadering vertegenwoordigt een visualisatiemethode die kan worden gebruikt voor vele andere planktontijdreeksen over de hele wereld en kan ook worden aangepast voor monitoringprogramma's met kortetermijn, seizoensgebonden gegevens. De voordelen van het implementeren van dit protocol zijn onder meer toenemende inspanningen op het gebied van datavisualisatie, wetenschapscommunicatie, onderwijs en betrokkenheid bij lokale gemeenschappen.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Fytoplanktonafbeeldingen omzetten in vectorafbeeldingen

  1. Selecteer microscopische fytoplanktonbeelden uit de Narragansett Bay Long Term Plankton Time Series (NBPTS) als .JPG-, .PNG- of .PDF-bestanden (Figuur 1A).
    OPMERKING: Taxa zijn onder meer Thalassiosira nordenskioeldii, Thalassionema nitzschioides, Tripos spp., Odontella aurita, Skeletonema-soortencomplex, Chaetoceros diadema, Eucampia zodiacus, Dinophysis spp. en Pseudo-nitzschia spp. De foto's zijn gemaakt met een lichtmicroscoop.
  2. Open een specifieke software-editor voor vectorafbeeldingen of de illustrator die voor dit onderzoek is gebruikt (zie Tabel met materialen). Vector grafische software is verderop in het manuscript als illustrator genoemd.
  3. Plaats een .JPG of .PNG microscopisch kleine afbeelding in de illustrator-werkruimte door een bestand vanaf de computer te openen of het naar een nieuwe werkruimte te slepen en neer te zetten.
  4. Ga naar Transparantieraster weergeven > weergeven om de dambordachtergrond weer te geven die transparantie aangeeft.
  5. Klik op Venster > Afbeeldingen overtrekken in het vervolgkeuzemenu om het venster Afbeeldingen overtrekken te openen.
  6. Klik op het selectiegereedschap (zwarte pijl) in de werkbalk en klik op de afbeelding van het fytoplankton.
  7. Klik op Object > Uitvouwen in het vervolgkeuzemenu.
  8. Gebruik het gereedschap Direct selecteren (witte pijl) in de werkbalk om op de achtergronddelen van de afbeelding te klikken en deze te selecteren om het fytoplankton te verwijderen. Druk op delete.
  9. Herhaal dit voor elk achtergrondgebied van de afbeelding.
  10. Klik op Bestand > Exporteren om het bestand als .PNG bestand op te slaan. Zorg ervoor dat het vak Achtergrond transparant is geselecteerd.
  11. Plaats .PNG microscopisch kleine afbeelding waarvan de achtergrond is verwijderd in een nieuwe werkruimte in de illustrator door het bestand vanaf de computer te openen of sleep het naar een nieuwe werkruimte.
  12. Klik op Venster > Afbeeldingen overtrekken in het vervolgkeuzemenu om het venster Afbeeldingen overtrekken te openen.
  13. Klik onder de opties voor Afbeeldingen overtrekken op Voorinstelling > Zwart-witlogo en Modus > Zwart-wit.
  14. Gebruik de Drempel en de Geavanceerde opties (d.w.z. Paden, Hoeken en Ruis) om de afbeelding te verfijnen.
  15. Selecteer onder Eigenschappen de optie Uitvouwen om het te vectoriseren.
  16. Selecteer Weergeven > Transparantieraster weergeven.
  17. Klik op de vectorafbeelding , klik met de rechtermuisknop en selecteer Groep opheffen.
  18. Kies het gereedschap Direct selecteren (witte pijl) in de werkbalk. Sleep en teken een vak alleen rond de witruimte. Druk op delete om het te verwijderen.
  19. Herhaal dit totdat alle witruimte is verwijderd.
  20. Klik op Bestand > Opslaan als en selecteer . EPS om op te slaan als een vectorafbeelding.
  21. Herhaal dit voor de fytoplankton taxa uit 1.1 (Figuur 1B).

2. Fytoplanktonpatronen creëren

  1. Gebruik fytoplanktontellingsgegevens uit de NBPTS-dataset om de gemiddelde abundantie van elk taxon te bepalen van 1970-1979 (jaren 1970), 1990-1999 (jaren 1990) en 2010-2019 (jaren 2010).
  2. Bereken de gemiddelde ± standaarddeviatie voor elke fytoplanktontaxa voor elk decennium in een statistisch softwareprogramma door op 'mean() and sd()' te klikken of te typen.
  3. Klik op of typ 'aov() ' om een ANOVA te gebruiken om te testen op significante verschillen tussen decennia in een statistisch softwareprogramma.
    OPMERKING: Sommige soorten (bijv. Tripos spp., Chaetoceros diadema) hadden in de jaren 1990 geen steekproefomvang die groot genoeg was. Klik in dit geval op of typ 't.test()' in een statistisch softwareprogramma om de gemiddelde abundanties in de jaren 1970 te vergelijken met de jaren 2010.
  4. Gebruik het 'Tekengebiedgereedschap' (vierkant) in de werkbalk om te klikken en een nieuw tekengebied te maken in een nieuwe werkruimte van de specifieke illustrator die in dit onderzoek is gebruikt.
  5. Maak drie identieke tekengebieden van dezelfde grootte. Pas de grootte aan in Eigenschappen > Transformatie.
    OPMERKING: Voor dit project waren de tekengebieden voor de fytoplanktonafbeeldingen 1224 px bij 545 px.
  6. Sleep het . EPS-bestanden van de verschillende fytoplanktontaxa op de drie Artboards.
  7. Kleur het fytoplankton met verschillende kleuren die representatief zijn voor het decennium door het gereedschap Directe selectie (witte pijl) te gebruiken om een kader rond een individueel fytoplankton te tekenen.
  8. Selecteer onder Eigenschappen de optie Opvulling en klik vervolgens op de gewenste kleur in het kleurenpalet. Druk op enter om de vector te vullen.
  9. Gebruik het selectiegereedschap (zwarte pijl) om een bepaald fytoplankton te markeren en selecteer vervolgens Bewerken > Kopiëren en Bewerken > Plakken.
  10. Plak elke fytoplanktonvector kwalitatief op basis van de relatieve verhoudingen van elke taxa in de dataset zoals bepaald in 2.2 voor elk van de drie decennia (Figuur 1C).
    OPMERKING: De overvloed aan fytoplankton op elk paneel is een kwalitatieve weergave van tabel 1. Als er bijvoorbeeld in de jaren 2010 een grotere hoeveelheid Pseudo-nitzschia spp. wordt waargenomen dan in de jaren 1990, kopieer dan meer Pseudo-nitzschia-afbeeldingen naar het tekengebied van 2010 dan naar het tekengebied van 1990.
  11. Selecteer Object > Patroon > Maak om een fytoplanktonpatroon met kleurstaal te maken voor elk van de drie decennia.

3. Integratie van fytoplankton-, biomassa- en temperatuurgegevens

  1. Klik op of typ 'mean()' om het gemiddelde chlorofyl a (chl a, proxy voor fytoplanktonbiomassa) te berekenen voor elke week van elk decennium in een statistisch softwareprogramma.
  2. Klik op of typ 'plot()' in een statistisch softwareprogramma om de gemiddelde decadale biomassa (afhankelijke variabele) per week (onafhankelijke variabele) in een grafiek weer te geven en klik op Sla de grafiek op als .JPG of .PNG.
  3. Plaats een .JPG of .PNG van de chl een decadale biomassafiguur in de illustrator-werkruimte door het bestand vanaf de computer te openen of het naar een nieuwe werkruimte te slepen en neer te zetten.
  4. Herhaal stap 1.3 tot en met 1.8 om elk van de drie chl a seizoenscycli te vectoriseren.
    1. Ga naar Transparantieraster weergeven > weergeven om de dambordachtergrond weer te geven die transparantie aangeeft.
    2. Klik op Venster > Afbeeldingen overtrekken in het vervolgkeuzemenu om het venster Afbeeldingen overtrekken te openen.
    3. Klik op het selectiegereedschap (zwarte pijl) in de werkbalk en klik op de afbeelding.
    4. Klik op Object > Uitvouwen in het vervolgkeuzemenu.
    5. Gebruik het gereedschap Direct selecteren (witte pijl) in de werkbalk om op de achtergronddelen van de afbeelding te klikken en deze te selecteren om deze te verwijderen rond de lijn die de seizoenscyclus aangeeft. Druk op delete. Herhaal dit voor elk achtergrondgebied van de figuur.
    6. Klik op Bestand > Exporteren om het bestand als .PNG bestand op te slaan. Zorg ervoor dat het vak Achtergrond transparant is geselecteerd.
    7. Plaats .PNG figuur waarvan de achtergrond is verwijderd in een nieuwe werkruimte van de specifieke illustrator die wordt gebruikt door het bestand vanaf de computer te openen of naar een nieuwe werkruimte te slepen en neer te zetten.
    8. Klik op Venster > Afbeeldingen overtrekken in het vervolgkeuzemenu om het venster Afbeeldingen overtrekken te openen.
    9. Selecteer onder Eigenschappen de optie Uitvouwen om het te vectoriseren.
    10. Selecteer Weergeven > Transparantieraster weergeven.
    11. Klik op de vectorafbeelding , klik met de rechtermuisknop en selecteer Groep opheffen.
    12. Kies het gereedschap Direct selecteren (witte pijl) in de werkbalk. Sleep en teken een vak alleen rond de witruimte. Druk op delete om het te verwijderen.
    13. Herhaal dit totdat alle witruimte is verwijderd voor elk van de lijnen uit de jaren 1970, 1990 en 2010.
    14. Klik op Bestand > Opslaan als en selecteer . EPS om elke regel op te slaan als een afzonderlijke vectorafbeelding.
  5. Gebruik het 'Tekengebied' (vierkant) in de werkbalk om op slepen te klikken en maak een nieuw tekengebied in een nieuwe illustratorwerkruimte.
  6. Maak drie identieke tekengebieden van dezelfde grootte. Pas de grootte aan in Eigenschappen > Transformeren.
    OPMERKING: Voor dit project waren de afmetingen 1224 px bij 3456 px.
  7. Sleep een van de chl a . EPS-bestanden op een van de drie tekengebieden, respectievelijk.
  8. Maak een nieuwe laag aan door op het 'sticky note icoon' te klikken.
  9. Maak een rechthoek binnen de nieuwe laag met het gereedschap Rechthoek op de werkbalk.
  10. Vul de rechthoek met een lichtblauw verloop met behulp van het gereedschap Verloop op de werkbalk.
  11. Kopieer de gevectoriseerde trendlijn en voeg deze toe aan de laag met de rechthoek erin.
  12. Gebruik het gereedschap 'Lijnsegment' in de werkbalk om een vak te maken dat aan de trendlijn is gekoppeld. Houd shift ingedrukt om de lijnen recht en uitgelijnd te maken.
  13. Druk op de Control-toets en selecteer alle componenten, inclusief de lijnen, rechthoek en trendlijn binnen de laag.
  14. Selecteer Object > Uitknipmasker > Maken. Hiermee wordt de bovenste vulling van de vorm verwijderd.
  15. Vul de vorm met het fytoplanktonpatroon dat is opgeslagen als een kleurstaal uit 2.11.
  16. Herhaal dit proces voor elk van de drie decennia.
  17. Herhaal stap 3.9 en 3.10 om een rechthoek te maken die is gekleurd met een kleurverloop van rood naar blauw om de temperatuur van het opwarmende water over de drie decadale panelen weer te geven.
  18. Klik met de rechtermuisknop op het object en verplaats het terug achter de fytoplanktonpatronen.

4. Detail toevoegen aan fytoplanktonpanelen

  1. Om afbeeldingen van gefotografeerd fytoplankton toe te voegen aan de fytoplanktonpatronen, selecteert u Openen en klikt u op het afbeeldingsbestand om het te openen in de illustrator die hier wordt gebruikt.
  2. Maak een cirkel met het gereedschap Ellips in de werkbalk en leg deze over de fytoplanktonafbeelding.
  3. Houd de shift-toets ingedrukt om zowel de vorm als de afbeelding te selecteren en klik vervolgens in het menu op Object > Clipping Mask > Make om de vorm met de afbeelding te vullen.
  4. Herhaal dit voor geselecteerde fytoplanktonafbeeldingen en verdeel ze over de drie decennia om eruit te zien als een vergrootglas dat inzoomt op het illustratieve fytoplankton (Figuur 1D).
    OPMERKING: Stappen 1.3 tot 1.8 kunnen worden herhaald om artistieke elementen van boten en vogels aan de panelen toe te voegen om de chl a seizoenscycli eruit te laten zien als oceaangolven.
  5. Gebruik het gereedschap 'Rechthoek' in de werkbalk om een tekstvak te maken op elk van de tekengebieden van het decennium.
  6. Gebruik het 'Tekstgereedschap' (T) om informatieve tekst over elk decennium te klikken en te typen. Voeg tekst toe aan de bovenkant van elk decennium met de naam van het decennium en voeg de namen van de bijbehorende seizoenen toe aan de onderkant van elk van de drie panelen.
  7. Sla de werkruimte op in de illustrator.

5. Productie van muurschilderingen

  1. Importeer het opgeslagen illustratorbestand en selecteer om alleen de drie voltooide decennia te importeren. Selecteer alles en exporteer als een .PDF bestand.
  2. Open het planktonpatroon .PDF bestand met een grootformaat plotter om de drie decadale tekengebieden te schalen naar deelvensters van 96 inch bij 34 inch.
  3. Print panelen op Heavyweight Matter Paper en installeer ze met hangend materiaal.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

De resultaten documenteren een afname van de fytoplanktonbiomassa van de jaren 1970 tot 1990 tot 2010 (Figuur 1). Alle decennia vertoonden een bimodale piek in chlorofyl a (chl a) concentratie, waarbij de eerste piek in de winter plaatsvond en de tweede in de zomer. In de jaren 1970 was de gemiddelde leeftijd in de winter hoger dan in de zomer. Omgekeerd vertoonden de jaren 1990 een lagere chl a in de winter dan in de zomer. De jaren 2010 keerden terug naa...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Cruciale stappen van het protocol zijn onder meer het verkrijgen van microscopische beelden van fytoplankton en het omzetten ervan in vectorafbeeldingen. Door de afbeeldingen van fytoplankton, die met het blote oog niet waarneembaar zijn, groot genoeg te maken om zonder vergrootglas op de muurschildering te worden gezien, worden ze voor de kijker tot leven gebracht. Om deze muurschildering niet alleen als kunstwerk maar ook als datavisualisatiemethode te realiseren, is het belangrijk om waargenomen gegevens in het projec...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

De auteurs hebben geen belangenconflicten te melden.

Acknowledgements

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Dit onderzoek werd ondersteund door de National Science Foundation (OIA-1655221, OCE-1655686) en Rhode Island Sea Grant (NA22-OAR4170123, RISG22-R/2223-95-5-U). We danken de vele kapiteins voor het verlenen van veldassistentie en de vele studenten en onderzoekers die sinds 1970 gegevens hebben verzameld. We danken Stewart Copeland en Georgia Rhodes voor het ontwikkelen van het Vis-A-Thon-project dat de planktonmuurschildering produceerde, evenals Rafael Attias van de Rhode Island School of Design voor zijn artistieke begeleiding tijdens de projectontwikkeling.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
Adobe IllustratorAdobeversion 23.0.6Gratis alternatieven zijn onder meer: Inkscape, GIMP, Vectr, Vectornator
Eclipse E800NikonECLIPSE Ni/Ci Upright MicroscopeNu opgevolgd door Eclipse Ni-U
Epson Large Format PrinterEpsonSCT5475SR
Heavy Matte PaperEpsonS041596
RStudioRstudio, PBCversion 2022.07.1Elke statistische softwaretool is voldoende

References

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Cloern, J. E., Jassby, A. D. Complex seasonal patterns of primary producers at the land-sea interface. Ecology Letters. 11 (12), 1294-1303 (2008).
  2. Cloern, J. E., Jassby, A. D. Patterns and Scales of Phytoplankton Variability in Estuarine-Coastal Ecosystems. Estuaries and Coasts. 33 (2), 230-241 (2010).
  3. Hays, G. C., Richardson, A. J., Robinson, C. Climate change and marine plankton. Trends in Ecology & Evolution. 20 (6), 337-344 (2005).
  4. Harvey, C. J., et al. The importance of long-term ecological time series for integrated ecosystem assessment and ecosystem-based management. Progress in Oceanography. 188, 102418(2020).
  5. Leeuwe, M. A., et al. Annual patterns in phytoplankton phenology in Antarctic coastal waters explained by environmental drivers. Limnology and Oceanography. 65 (7), 1651-1668 (2020).
  6. Hunter-Cevera, K. R., et al. Physiological and ecological drivers of early spring blooms of a coastal phytoplankter. Science. 354 (6310), 326-329 (2016).
  7. Church, M. J., Lomas, M. W., Muller-Karger, F. Sea change: Charting the course for biogeochemical ocean time-series research in a new millennium. Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography. 93, 2-15 (2013).
  8. Bates, N. R., Johnson, R. J. Acceleration of ocean warming, salinification, deoxygenation and acidification in the surface subtropical North Atlantic Ocean. Communications Earth & Environment. 1 (1), 33(2020).
  9. Wolanski, E., Spagnol, S., Gentien, P., Spaulding, M., Prandle, D. Visualization in Marine Science. Estuarine, Coastal and Shelf Science. 50 (1), 7-9 (2000).
  10. United Nations. Factsheet: People and Oceans (2017). , The Ocean Conference. New York. https://www.un.org/sustainabledevelopment/wp-content/uploads/2017/05/Ocean-fact-sheet-package.pdf (2017).
  11. Oviatt, C. A. The changing ecology of temperate coastal waters during a warming trend. Estuaries. 27 (6), 895-904 (2004).
  12. Oviatt, C., et al. Managed nutrient reduction impacts on nutrient concentrations, water clarity, primary production, and hypoxia in a north temperate estuary. Estuarine, Coastal and Shelf Science. 199, 25-34 (2017).
  13. Fulweiler, R. W., Oczkowski, A. J., Miller, K. M., Oviatt, C. A., Pilson, M. E. Q. Whole truths vs. half truths - And a search for clarity in long-term water temperature records. Estuarine, Coastal and Shelf Science. 157, A1-A6 (2015).
  14. Trainer, V. L., et al. Pseudo-nitzschia physiological ecology, phylogeny, toxicity, monitoring and impacts on ecosystem health. Harmful Algae. 14, 271-300 (2012).
  15. Sterling, A. R., et al. Emerging harmful algal blooms caused by distinct seasonal assemblages of a toxic diatom. Limnology and Oceanography. 67 (11), 2341-2359 (2022).
  16. Roche, K. M., Sterling, A. R., Rynearson, T. A., Bertin, M. J., Jenkins, B. D. A Decade of Time Series Sampling Reveals Thermal Variation and Shifts in Pseudo-nitzschia Species Composition That Contribute to Harmful Algal Blooms in an Eastern US Estuary. Frontiers in Marine Science. 9, 889840(2022).
  17. Li, Qi Data visualization as creative art practice. Visual Communication. 17 (3), 299-2222312 (2018).
  18. Cloern, J. E., et al. Projected Evolution of California's San Francisco Bay-Delta-River System in a Century of Climate Change. PLoS ONE. 6 (9), e24465(2011).
  19. Bashevkin, S. M., et al. Five decades (1972-2020) of zooplankton monitoring in the upper San Francisco Estuary. PLOS ONE. 17 (3), e0265402(2022).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Phytoplankton VisualizationOceanographic Time SeriesPlankton Community ShiftsLong Term Plankton DataHarmful Algal BloomsPlankton Imaging TechnologyChlorophyll A BiomassVector Graphic ConversionClimate Change EffectsNarragansett Bay

Related Articles