De voedselbron voor Caenorhabditis elegans in het lab is levende Escherichia coli. Omdat bacteriën metabolisch actief zijn, vormen ze een verstorende variabele in metabole en geneesmiddelstudies bij C. elegans. Een gedetailleerd protocol om bacteriën metabolisch te inactiveren met behulp van paraformaldehyde wordt hier beschreven.
Een abonnement op JoVE is vereist om deze inhoud te bekijken. Log in of start vandaag met uw gratis proefperiode.
Methodenartikel
Methodologie om bacteriën metabolisch te inactiveren voor Caenorhabditis elegans-onderzoek
* These authors contributed equally
In dit artikel
Samenvatting
Samenvatting
Caenorhabditis elegans is een veelgebruikt modelorganisme voor onderzoek op het gebied van genetica, ontwikkeling, veroudering, metabolisme en gedrag. Omdat C. elegans een dieet van levende bacteriën consumeert, kan de metabolische activiteit van hun voedselbron experimenten verwarren die op zoek zijn naar de directe effecten van verschillende interventies op de worm. Om de verstorende effecten van bacterieel metabolisme te voorkomen, hebben C. elegans-onderzoekers meerdere methoden gebruikt om bacteriën metabolisch te inactiveren, waaronder ultraviolette (UV)-bestraling, warmtedodend en antibiotica. UV-behandeling heeft een relatief lage doorvoer en kan niet worden gebruikt in vloeibare cultuur omdat elke plaat moet worden onderzocht op succesvolle bacteriële doding. Een tweede behandelingsmethode, hittedodend, heeft een negatieve invloed op de textuur en voedingskwaliteit van de bacteriën, wat leidt tot de ontwikkelingsstop van C. elegans. Ten slotte kan behandeling met antibiotica de fysiologie van C. elegans direct veranderen, naast het voorkomen van bacteriegroei. Dit manuscript beschrijft een alternatieve methode om bacteriën metabolisch te inactiveren met behulp van paraformaldehyde (PFA). PFA-behandeling verknoopt eiwitten in bacteriële cellen om metabolische activiteit te voorkomen met behoud van de celstructuur en voedingswaarde. Deze methode heeft een hoge doorvoer en kan worden gebruikt in vloeibare cultuur of vaste platen, omdat het testen van één plaat met PFA-behandelde bacteriën op groei de hele batch valideert. Metabole inactivatie door middel van PFA-behandeling kan worden gebruikt om de verstorende effecten van bacterieel metabolisme op onderzoeken naar suppletie met geneesmiddelen of metabolieten, stressbestendigheid, metabolomics en gedrag bij C. elegans te elimineren.
Inleiding
Caenorhabditis elegans werd oorspronkelijk voorgesteld als een modelorganisme in 19651 en is sindsdien op grote schaal toegepast in studies naar genetica, ontwikkeling, gedrag, veroudering en metabolisme2. Door hun grote broedgrootte en transparante cuticula is C. elegans bijzonder geschikt voor high-throughput screening met fluorescerende reporters3. Hun korte levenscyclus, hermafrodiete voortplanting en genetische homologie met mensen maken C. elegans ook tot een waardevol modelsysteem voor studies over ontwikkeling4 en verouderingsbiologie5. Bovendien zijn C. elegans relatief gemakkelijk te onderhouden. Wormen kunnen worden gekweekt in vloeibare cultuur of op vaste agarplaten en een dieet van levende Escherichia coli OP50-bacteriën consumeren4.
De levende voedselbron van C. elegans kan echter studies naar metabolisme, medicijnsuppletie en gedrag verwarren. Omdat levende bacteriën hun eigen metabolisme hebben, veranderen experimentele omstandigheden die de bacteriën beïnvloeden ook de voedingsstoffen en metabolieten die beschikbaar zijn voor de wormen. Verschillen in bacteriële ijzer-, aminozuur- en foliumzuurconcentraties hebben bijvoorbeeld verschillende effecten op de ontwikkeling, fysiologie en levensduur van C. elegans. Veel gangbare laboratoriumpraktijken kunnen dergelijke veranderingen in de samenstelling van voedingsstoffen en metabolieten die door OP50 worden geproduceerd, veroorzaken. In het bijzonder veroorzaakt blootstelling aan 5-fluor-2'-deoxyuridine (FUdR), een verbinding die vaak wordt gebruikt om reproductie bij C. elegans te voorkomen, brede veranderingen in de genexpressie van OP50, inclusief aminozuurbiosyntheseroutes7. Levende bacteriën kunnen ook studies verwarren waarin C. elegans wordt aangevuld met kleine moleculen, omdat bacteriën de actieve verbindingen gedeeltelijk of volledig kunnen metaboliseren. Bovendien kunnen de effecten van deze kleine moleculen op de bacteriën op hun beurt de fysiologie van C. elegans veranderen, zoals werd gerapporteerd met het levensduurverlengende medicijn metformine8. Ten slotte kunnen levende bacteriën de omgeving van de worm veranderen op manieren die het gedrag veranderen, zoals het afscheiden van aantrekkelijke geurstoffen9, het produceren van exogene neuromodulatoren10 en het creëren van zuurstofgradiënten in een gazon met dichte bacteriën11.
Om de verstorende effecten van bacterieel metabolisme op C. elegans-onderzoek te verminderen, zijn meerdere methoden ontwikkeld om bacteriën te doden (tabel 1). Drie veelgebruikte strategieën voor het doden van OP50 zijn UV-bestraling, hittedoding en antibioticabehandeling. Hoewel eenvoudig en relatief goedkoop, kan elk van deze methoden ongewenste effecten hebben op zowel bacteriën als C. elegans. UV-doding via een UV-crosslinker12 heeft een lage doorvoer en de snelheid wordt beperkt door het aantal platen dat in de UV-crosslinker past. Bovendien kan de werkzaamheid van UV-doding variëren van plaat tot plaat binnen een batch, en het testen op groei op alle platen kan moeilijk worden in grote experimenten. Het hittedoden van OP50 door cultuur bloot te stellen aan temperaturen van >60 °C brengt een aparte reeks uitdagingen met zich mee. Hoge hitte kan voedingsstoffen beschadigen die essentieel zijn voor de worm en de celstructuur van bacteriën vernietigen, waardoor een zachtere textuur ontstaat die de hoeveelheid tijd die wormen aan het voedsel besteden, vermindert. Deze methode kan ook niet gedurende de hele levenscyclus van C. elegans worden gebruikt, omdat wormen die door hitte gedode bacteriën krijgen, vroeg in de ontwikkeling kunnen stoppen13. Behandeling met antibiotica is een derde veelgebruikte methode om het bacteriële metabolisme te onderdrukken14, maar antibiotica kunnen ook de groei en het metabolisme van wormen veranderen15.
Een oplossing om de metabolische effecten van levende bacteriën te elimineren met behoud van de bacteriële structuur en essentiële voedingsstoffen, is het doden van OP50 met paraformaldehyde (PFA)16. PFA is een polymeer van formaldehyde dat eiwitten in cellen kan verknopen17 om bacteriële replicatie te voorkomen zonder interne celstructuren zoals het binnenste plasmamembraan te vernietigen18. Vanwege dit behoud van de interne celstructuur vertonen met PFA behandelde bacteriën geen groei of metabolische activiteit, maar blijven ze een eetbare en voedselrijke voedselbron voor C. elegans16. Hier wordt een gedetailleerd protocol gegeven dat laat zien hoe bacteriën metabolisch kunnen worden geïnactiveerd met behulp van paraformaldehyde.
| Methode | Benodigde materialen | Schaalbare? | Voeding? | Effecten op worm? | ||||
| UV | UV-crosslinker | Beperkt door: | Ja | Variabele effecten op levensduur op NGM12, 23, 24 | ||||
| Aantal platen dat in UV-crosslinker past | Variabele effecten op de levensduur van FUdR24, 26, 27 | |||||||
| Bestralingstijd per plaat | Verminderde voedselvoorkeur16 | |||||||
| Mogelijkheid om elke plaat te controleren op groei8 | ||||||||
| Hitte | >60 °C incubator | Ja | Nee: vernietigt celwand, verminderde voedingswaarde | Ontwikkelingsstilstand 13 | ||||
| Verminderde voedselvoorkeur13 | ||||||||
| Verlengt de levensduur van NGM31 | ||||||||
| Antibiotica | Antibiotica (kanamycine, carbenicilline, enz.) | Ja | Ja | Vertraagt groei en ontwikkeling15 | ||||
| Verlengt de levensduur in vloeibare media19 | ||||||||
| Verlengt de levensduur van NGM15 | ||||||||
| PFA (PFA) | 0,5% paraformaldehyde | Ja | Ja | Kleine broedgrootte afname16 | ||||
| Kleine toename van de ontwikkelingstijd16 | ||||||||
| Verminderde voedselvoorkeur16 | ||||||||
Tabel 1. Vergelijkingen van methoden om OP50 te doden. UV-killing, hitte-killing, antibiotica-behandeling en PFA-behandeling hebben verschillende effecten op de voedingsstatus van de bacteriën en de gezondheid van wormen die behandelde bacteriën krijgen. Deze methoden voor het repliceren van E. coli verschillen ook in hun vereiste materialen en schaalbaarheid.
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Protocol
1. Inenting tegen bacteriën
- Bereid Luria-bouillon (LB) door 10 g trypton, 5 g gistextract en 10 g natriumchloride (NaCl) op te lossen in 950 ml gedestilleerd water.
- Pas de pH van de LB aan naar 7.0 door 5M natriumhydroxide (NaOH) toe te voegen. Hiervoor is slechts ongeveer 0,2 ml NaOH nodig.
- Autoclaaf de pH-aangepaste LB-media op een vloeistofcyclus gedurende 45 minuten bij 15 psi. Laat de oplossing afkoelen en bewaar op kamertemperatuur.
- Inoculeer een enkele kolonie bacteriën in 100 ml LB in een erlenmeyer van 500 ml. Kweek de bacteriën een nacht in een 37 °C schudincubator.
- Afhankelijk van de gezondheid van de bacteriekolonie, de grootte van de kolf en de snelheid waarop de shaker is ingesteld, kan de tijd die de bacteriën nodig hebben om te groeien variëren. Controleer na ~14 uur de optische dichtheid (OD) van de bacteriën bij 600 nm (OD600).
- Verwijder de bacteriën uit de shaker wanneer de OD600 3.0 is (1 x 109 kolonievormende eenheden (CFU)/ml). Als de OD600 lager is dan 3,0, plaatst u de kolf terug in de schudincubator totdat de gewenste OD is bereikt.
- Aliquot de bacteriën in conische buisjes van 50 ml en bewaar ze bij 4 °C of ga verder met de volgende stap.
2. Werken met paraformaldehyde
OPMERKING: De gebruikte concentratie paraformaldehyde (PFA) en de duur van de blootstelling kunnen enigszins variëren, afhankelijk van het klimaat, de locatie en het type bacterie dat wordt behandeld. Een goed uitgangspunt voor OP50 is blootstelling aan 0,5% PFA gedurende 1 uur, terwijl 0,25% PFA gedurende 1 uur voldoende kan zijn voor HT115.
- Bereid 32% PFA-voorraad voor of gebruik een commercieel gekochte 32% PFA-oplossing. Gebruik de juiste persoonlijke beschermingsmiddelen (PBM) bij het werken met PFA. Draag handschoenen en oogbescherming.
- Voeg PFA toe in een chemische zuurkast met goede ventilatie. Gooi PFA-bevattende wasbeurten en tips weg in de juiste containers voor chemische gevaren in de zuurkast.
3. Bacteriële behandeling met paraformaldehyde
- Zodra de bacteriën een OD600 van 3,0 hebben bereikt, gebruikt u een serologische pipet om 50 ml over te brengen in een nieuwe erlenmeyer van 250 ml. Bewaar de rest voor een live controle, een nagebootste controle (zie stap 4), of om indien nodig ook met PFA te behandelen.
- Giet niet van de ene kolf naar de andere en pas op dat u de zijkanten van de nieuwe kolf niet met bacteriën bespat. Kolonies aan de zijkant van de kolf kunnen een lagere dosis PFA krijgen.
- Voeg in de chemische kap 781 μL 32% PFA toe aan 50 ml bacteriën om de uiteindelijke concentratie op 0,5% te brengen. Gooi de gebruikte stortplaats weg in een container voor chemisch afval voor chemisch afval.
- Dek de kolf af met folie en doe 1 uur terug in de schudincubator van 37 °C. Haal na 1 uur de kolf uit de incubator en ga verder met stap 5.
4. Nep-behandelde controle
- Zodra de bacteriën een OD600 van 3,0 hebben bereikt, gebruikt u een serologische pipet om 50 ml van de bacteriën over te brengen naar een conische buis van 50 ml.
- Ga verder met stap 5.3 om de wasstappen te voltooien die vergelijkbaar zijn met de met PFA behandelde groep.
5. Wassen van de bacteriën om achtergebleven PFA te verwijderen
- Gebruik in de chemische kap een serologische pipet om de behandelde bacteriën van de erlenmeyer over te brengen naar een conische buis van 50 ml. Door een serologische pipet te gebruiken in plaats van de bacteriën te gieten, wordt besmetting door bacteriekolonies aan de rand van de kolf voorkomen die mogelijk directe behandeling met PFA hebben vermeden.
- Centrifugeer behandelde bacteriën op ongeveer 3000 x g gedurende 20 minuten. Verwijder het supernatans door het weg te gooien in een container voor vloeibaar afval met chemische gevaren in de chemicaliënkap.
- Voeg 25 ml LB en vortex toe om de bacteriepellet te resuspenderen (als u de buis volledig vult, wordt het moeilijker om de pellet opnieuw te suspenderen). Herhaal de centrifugatie en pelletresuspensie 4x.
- Resuspendeer de pellet in volumes die optimaal zijn voor verschillende tests. Voor levensduurtesten worden 60 mm zaadplaten met 200 μL bacteriën geresuspendeerd in 10 ml LB. Resuspenderen van de bacteriën in 10 ml LB resulteert in een concentratie van 5x de oorspronkelijke 50 ml cultuur.
- Bewaar de bacteriën bij 4 °C.
6. Kwaliteitscontrole van bacteriegroei
- Na de laatste wasbeurt en resuspensie bestrijft u een LB-plaat (met behulp van een steriele pipetpunt) met de voorbereide bacteriën. Het is een goede gewoonte om de LB die wordt gebruikt voor het wassen en resuspenderen ook op een aparte plaat te strepen om er zeker van te zijn dat de gebruikte LB niet verontreinigd is.
- Zet de borden een nacht in een incubator van 37 °C. Controleer op eventuele groei. De bacteriën worden als replicatief dood beschouwd wanneer kolonies niet op de LB-plaat groeien.
7. Kwaliteitscontrole van het bacteriemetabolisme met behulp van een ademhalingsmeter
- Bevestig na de laatste wasbeurt en resuspensie van stap 5.4 dat de bacteriën metabolisch dood zijn met behulp van beschikbare hulpmiddelen zoals ademhalingsmeters19,20 en het meten van het basale zuurstofverbruik (OCR).
- Bereid M9-oplossing: Los 3 g kaliumfosfaat monobasisch (KH 2 PO 4), 6 gnatriumfosfaat dibasisch (Na2HPO4) en 5 g natriumchloride (NaCl) op in 950 ml gedestilleerd water. Autoclaaf op een vloeistofcyclus gedurende 45 minuten bij 15 psi en laat de oplossing vervolgens afkoelen tot kamertemperatuur. Voeg 1 ml 1 M magnesiumsulfaat (MgSO4) toe en bewaar bij kamertemperatuur.
- Hydrateer het patroon van de ademhalingsmeter: Voeg 200 μL calibrant toe aan alle putjes van een plaat met 96 putjes. Plaats de patroon in de plaat met 96 putjes en incubeer een nacht in een incubator van 37 °C.
- Kalibratie van de analyse: Plaats de volgende dag de gehydrateerde cartridge in de machine en begin met de kalibratie.
- Opstelling van de testplaat: Voeg met behulp van een nieuwe plaat met 96 putjes 160 μL M9 en 40 μL van de voorbereide bacteriën (1 x 109 CFU/ml) toe aan testputjes. Voeg 200 μL M9 toe aan de 4 hoekputjes om als blanco putjes te gebruiken. Voeg 160 μl M9 en 40 μl LB toe die worden gebruikt voor wassen en resuspenderen om als negatieve controles te gebruiken. Voeg 200 μL M9 toe aan de rest van de putjes die niet worden gebruikt.
- Voer de test uit: Zodra de cartridgekalibratie is voltooid, plaatst u de testplaat uit stap 7.5 in de machine voor analyse. De instellingen omvatten stappen om te mixen, wachten, meten en herhalen. De resultaten worden weergegeven als zuurstofverbruik (OCR). De bacteriën zijn metabolisch dood en klaar voor gebruik wanneer de OCR nul is.
Figuur 1. Workflow voor paraformaldehydebehandeling. Een enkele kolonie E. coli OP50-bacteriën wordt 's nachts gekweekt. PFA wordt toegevoegd tot een eindconcentratie van 0,5% en de met PFA behandelde cultuur wordt gedurende 1 uur bij 37 °C geschud. Tot slot wordt de PFA verwijderd door de kweek te wassen met verse LB 5x. Om te bevestigen dat de behandelde bacteriën replicatief inactief zijn, streept u een LB-plaat van de behandelde bacteriën uit en groeit u 's nachts. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Resultaten
Een gedetailleerde workflow van het protocol wordt weergegeven in figuur 1. Er werd een high-throughput-methode ontwikkeld en geoptimaliseerd om bacteriële replicatie (Figuur 2A) en metabolisme (Figuur 2B) consistent te inactiveren voor metabole en geneesmiddelenstudies in C. elegans-onderzoek met behulp van paraformaldehyde16. Het doel was om de laagste concentratie PFA te bepalen die nodig was en d...
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Discussie
Voordelen van PFA-dodend ten opzichte van andere bacteriedodende methoden
PFA-behandeling is een high-throughput methode om bacterieel metabolisme te voorkomen en tegelijkertijd een voedzame voedselbron voor C. elegans te behouden. Het doden van bacteriën via PFA-behandeling heeft meerdere voordelen ten opzichte van andere methoden. In tegenstelling tot UV-behandeling, waarbij elke plaat moet worden getest op succesvolle doding, kan een enkele plaat van een batch PFA-behandelde bacteriën word...
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Openbaarmakingen
De auteurs hebben niets te onthullen.
Dankbetuigingen
Dit werk werd gefinancierd door NIH R21AG059117 en de Paul F. Glenn Laboratories for Biology of Aging Research aan de Universiteit van Michigan. SB werd gefinancierd door T32AG000114. ESK werd gefinancierd door NSF DGE 1841052.
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Materialen
| Naam | Bedrijf | Catalogusnummer | Opmerkingen |
|---|---|---|---|
| Aluminum Foil | Staples | 2549291 | |
| Bunsen burner | VWR | 470121-700 | |
| Cell Density Meter | Denville | 80-3000-45 | |
| Centrifuge | Eppendorg | 5430 | |
| Chemical fume hood | Labcono | 975050411384RG | |
| Conincal tubes (50 mL) | Fisher | 339652 | |
| Cuvettes | Fisher | 14-955-127 | |
| E. coli OP50 | CGC | OP50 | |
| Erlenmyer flasks | Fisher | 250 mL: FB501250 500 mL: FB501500 1000 mL: FB5011000 | |
| Inoculation loop | Fisher | 22-363-605 | |
| LB Agar | Fisher | BP1425500 | |
| Liquid waste collection bottle | Thomas Scientific | 1230G50 | |
| Magnesium Sulfate (MgSO4) | Sigma | M7506 | |
| Paraformaldehyde (32%) | Electron Microscopy Sciences | 15714-S | Paraformaldehyde – methanolvrije oplossing |
| Pipettor | Eppendorf | Eppendorf Easypet 3 | |
| Plastic dishes (100 mm) | Fisher | FB0875712 | |
| Potassium Phosphate Monobasic (KH2PO4) | Fisher | P2853 | |
| Seahorse XF Calibrant | Agilent | 100840-000 | |
| Seahorse XFe96 Extracellular Flux Assay Kit and Cell Culture Microplate | Agilent | 101085-004 | |
| Serological pipettes (50 mL) | Genesee Scientific | 12-107 | |
| Shaker incubator | Thermo | 11 676 083 | |
| Sodium Chloride (NaCl) | Fisher | S640-3 | |
| Sodium Hydroxide (NaOH) | Fisher | S318500 | |
| Sodium Phosphate Dibasic Anhydrous (Na2HPO4) | Sigma | S374-500 | |
| Solid waste collection bucket | M&M Industries | 5.0 Gallon M1 Traditional Pail | |
| Tryptone | Genesee Scientific | 20-251 | |
| Vortex | Thermo | 11676331 | |
| Weighing balance | C Goldenwall | HZ10K6B | |
| Yeast Extract | Genesee Scientific | 20-255 |
Referenties
- Riddle, D. L., Blumenthal, T., Meyer, B. J., Priess, J. R. C. Elegans II. 33, Cold Spring Harbor Laboratory Press. New York, USA. (1997).
- Corsi, A. K., Wightman, B., Chalfie, M. A transparent window into biology: A primer on caenorhabditis elegans. WormBook. , 1-31 (2015).
- Kaletta, T., Hengartner, M. O. Finding function in novel targets: C. elegans as a model organism. Nature reviews. Drug discovery. 5 (5), 387-398 (2006).
- Meneely, P. M., Dahlberg, C. L., Rose, J. K. Working with worms: Caenorhabditis elegans as a model organism. Current Protocols Essential Laboratory Techniques. 19 (1), (2019).
- Zhang, S., Li, F., Zhou, T., Wang, G., Li, Z. Caenorhabditis elegans as a useful model for studying aging mutations. Frontiers in Endocrinology. 11, 554994(2020).
- Feng, M., Gao, B., Garcia, L. R., Sun, Q. Microbiota-derived metabolites in regulating the development and physiology of Caenorhabditis elegans. Frontiers in Microbiology. 14, 1035582(2023).
- McIntyre, G., Wright, J., Wong, H. T., Lamendella, R., Chan, J. Effects of FUdR on gene expression in the C. elegans bacterial diet OP50. BMC Research Notes. 14 (1), 207(2021).
- Cabreiro, F., et al. Metformin retards aging in c. Elegans by altering microbial folate and methionine metabolism. Cell. 153 (1), 228-239 (2013).
- Worthy, S. E., et al. Identification of attractive odorants released by preferred bacterial food found in the natural habitats of c. Elegans. PLoS One. 13 (7), e0201158(2018).
- Chen, Y. C., Seyedsayamdost, M. R., Ringstad, N. A microbial metabolite synergizes with endogenous serotonin to trigger C. elegans reproductive behavior. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 117 (48), 30589-30598 (2020).
- Kim, D. H., Flavell, S. W. Host-microbe interactions and the behavior of Caenorhabditis elegans. Journal of Neurogenetics. 34 (3-4), 500-509 (2020).
- Gems, D., Riddle, D. L. Genetic, behavioral, and environmental determinants of male longevity in Caenorhabditis elegans. Genetics. 154 (4), 1597-1610 (2000).
- Qi, B., Kniazeva, M., Han, M. A vitamin-b2-sensing mechanism that regulates gut protease activity to impact animal's food behavior and growth. eLife. 6, e26243(2017).
- Garigan, D., et al. Genetic analysis of tissue aging in caenorhabditis elegans: A role for heat-shock factor and bacterial proliferation. Genetics. 161 (3), 1101-1112 (2002).
- Virk, B., et al. Folate acts in E. coli to accelerate C. elegans aging independently of bacterial biosynthesis. Cell Reports. 14 (7), 1611-1620 (2016).
- Beydoun, S., et al. An alternative food source for metabolism and longevity studies in Caenorhabditis elegans. Communications Biology. 4 (1), 258(2021).
- Thavarajah, R., Mudimbaimannar, V. K., Elizabeth, J., Rao, U. K., Ranganathan, K. Chemical and physical basics of routine formaldehyde fixation. Journal of Oral and Maxillofacial Pathology. 16 (3), 400-405 (2012).
- Felix, H. Permeabilized and immobilized cells. Methods in Enzymology. 137, 637-641 (1988).
- Lobritz, M. A., et al. Antibiotic efficacy is linked to bacterial cellular respiration. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112 (27), 8173-8180 (2015).
- Nadanaciva, S., et al. Assessment of drug-induced mitochondrial dysfunction via altered cellular respiration and acidification measured in a 96-well platform. Journal of Bioenergetics and Biomembranes. 44 (4), 421-437 (2012).
- Shtonda, B. B., Avery, L. Dietary choice behavior in Caenorhabditis elegans. The Journal of Experimental biology. 209 (Pt 1), 89-102 (2006).
- MacNeil, L. T., Watson, E., Arda, H. E., Zhu, L. J., Walhout, A. J. Diet-induced developmental acceleration independent of tor and insulin in C. elegans. Cell. 153 (1), 240-252 (2013).
- Kumar, S., et al. Lifespan extension in C. elegans caused by bacterial colonization of the intestine and subsequent activation of an innate immune response. Developmental Cell. 49 (1), 100-117 (2019).
- Nakagawa, H., et al. Effects and mechanisms of prolongevity induced by Lactobacillus gasseri sbt2055 in Caenorhabditis elegans. Aging Cell. 15 (2), 227-236 (2016).
- Kaeberlein, T. L., et al. Lifespan extension in Caenorhabditis elegans by complete removal of food. Aging Cell. 5 (6), 487-494 (2006).
- Beaudoin-Chabot, C., et al. The unfolded protein response reverses the effects of glucose on lifespan in chemically-sterilized C. elegans. Nature Communication. 13 (1), 5889(2022).
- Komura, T., Takemoto, A., Kosaka, H., Suzuki, T., Nishikawa, Y. Prolonged lifespan, improved perception, and enhanced host defense of Caenorhabditis elegans by Lactococcus cremoris subsp. cremoris.Microbiology Spectrum. 10 (3), e0045421(2022).
- Ye, X., Linton, J. M., Schork, N. J., Buck, L. B., Petrascheck, M. A pharmacological network for lifespan extension in Caenorhabditis elegans. Aging Cell. 13 (2), 206-215 (2014).
- Hastings, J., et al. Wormjam: A consensus C. elegans metabolic reconstruction and metabolomics community and workshop series. Worm. 6 (2), e1373939(2017).
- O'Donnell, M. P., Fox, B. W., Chao, P. H., Schroeder, F. C., Sengupta, P. A neurotransmitter produced by gut bacteria modulates host sensory behaviour. Nature. 583 (7816), 415-420 (2020).
- Stuhr, N. L., Curran, S. P. Bacterial diets differentially alter lifespan and healthspan trajectories in C. elegans. Communications Biology. 3 (1), 653(2020).
- Dirksen, P., et al. Cembio - the Caenorhabditis elegans microbiome resource. G3 (Bethesda). 10 (9), 3025-3039 (2020).
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Herprints en machtigingen
