Dit protocol biedt een uitgebreid en eenvoudig sjabloonprotocol voor het beoordelen van de mitochondriale functie in gepermeabiliseerde skeletspiervezels voor zowel menselijke als muismonsters. Er zijn verschillende voordelen aan het gebruik van permeabiliseerde vezels in plaats van geïsoleerde mitochondriën. Een belangrijk voordeel is dat het gebruik van gepermeabiliseerde vezels kleine (2-5 mg) hoeveelheden weefsel vereist, waardoor deze methode geschikt is voor zowel menselijke spierbiopsiemonsters als muizenspieren. Een ander voordeel ten opzichte van geïsoleerde mitochondriën is dat de cellulaire architectuur intact blijft, waardoor het behoud van structurele en functionele interacties tussen mitochondriën en cellulaire componenten wordt gewaarborgd 12,21,22,23.
Het gebruik van pyruvaat, malaat en glutamaat in ons aerobe glycolytische protocol biedt een uitgebreide, breedspectrumevaluatie van de NADH-toevoer naar Complex I 24,25,26,27,28. Hoewel deze alomvattende benadering een beoordeling biedt van de activiteit van Complex I onder holistische en fysiologisch relevante metabole omstandigheden, kan het gebruik van pyruvaatmalaat of glutamaatmalaat een geschiktere experimentele benadering zijn. Het gebruik van glutamaat-malaat kan bijvoorbeeld verschillen in mitochondriale functie die verband houden met aminozuurkatabolismeaan het licht brengen. We moedigen onderzoekers aan om zorgvuldig na te denken over de juiste aanpak voor hun specifieke onderzoeksmodel.
Hoewel dit protocol zich richt op het gebruik van substraten om mitochondriale activiteit te beoordelen, kan het gebruik van specifieke remmers nodig zijn om experimentele doelen te bereiken. Rotenon kan bijvoorbeeld worden gebruikt om Complex I 12,21,30 te remmen, oligomycine dat wordt gebruikt om Complex V (ATP-synthase)12,21 te remmen en antimycine A om Complex III12,21 te blokkeren voor beoordeling van niet-mitochondriale ademhaling. Het bovenstaande protocol kan eenvoudig worden aangepast om het gebruik van specifieke remmers op te nemen. Van belang is dat een voorbehoud met betrekking tot het gebruik van remmers is dat deze verbindingen plakkerig zijn en uitgebreid moeten worden gereinigd om uit de instrumentenkamer te verwijderen. We vinden het gebruik van een oplossing van 10% BSA gedurende 60 minuten voldoende voor het verwijderen van resterende remmers.
LEAK-ademhaling verwijst naar het zuurstofverbruik dat onafhankelijk is van de ATP-synthese. Deze snelheid vertegenwoordigt de stroom van protonen terug in de mitochondriale matrix vanuit het binnenste mitochondriale membraan. Er zijn drie geaccepteerde methoden om het zuurstofverbruik te beoordelen, onafhankelijk van ATP-synthese (LEAK). De eerste, LEAK(n), meet het zuurstofverbruik in aanwezigheid van substraten, maar zonder toevoeging van adenylaten (ADP of ATP)31,32,33. Deze LEAK-toestand vertegenwoordigt de intrinsieke lekheid van het mitochondriale membraan. De tweede methode, LEAK(t), wordt gemeten in aanwezigheid van ATP34 en de derde, LEAK(o), wordt gemeten in aanwezigheid van de ATP-synthaseremmer oligomycine 35,36,37. Dit protocol gebruikt LEAK(n) voor deze beoordeling, maar afhankelijk van experimentele doelen en modellen kunnen andere methoden voor het meten van de LEAK-zuurstofflux geschikt zijn.
Voor deze test wordt MiR05 aangevuld met zowel creatine (3 mg/ml) als blebbistatine (10 μM). Mitochondriaal ADP-transport wordt vergemakkelijkt door creatinekinase (CK) en creatine wordt toegevoegd aan de ademhalingsoplossing om de CK-activiteit te verzadigen38,39. Spiervezels kunnen spontaan samentrekken en zijn ook gevoelig voor door ADP geïnduceerde contractie. Om de mitochondriale ademhalingsactiviteit te beoordelen zonder de invloed van samentrekking, is blebbistatine toegevoegd om de contractiele activiteit van vezels te remmen38. Bovendien suggereren studies op menselijke spieren dat de ademhalingscapaciteit kan worden beïnvloed door de biopsiemethode (microbiopsie versus Bergstrom-naald) en dat dit verschil te wijten kan zijn aan verschillen in de verkregen vezellengte40,41. Kortere vezels kunnen tijdens de bereiding vatbaarder zijn voor beschadiging en het gebruik van blebbistatine helpt de functie te behouden. Er kunnen bepaalde aandoeningen zijn waarbij vezelontspanning niet past bij onderzoeksdoelstellingen, en in dat geval kan blebbistatine worden uitgesloten van de MiR05-oplossing.
Permeabilisatie van de skeletspiervezels met saponine genereert poriën in het plasmamembraan, waardoor substraten en remmers vrij de cel kunnen binnendringen. Saponine heeft een hoge affiniteit voor cholesterol, dat rijk en overvloedig is in cellulaire plasmamembranen, terwijl mitochondriale membranen cholesterolarm zijn42,43. Verwacht wordt dat de saponinebehandeling die in dit protocol wordt gebruikt voor vezelbereiding, de integriteit van het mitochondriale membraan zal behouden. Schade aan mitochondriën kan ook optreden als gevolg van schuifkrachten die het gevolg zijn van de mechanische scheiding van het weefsel in vezels. We stellen voor dat de scheiding van weefsel in vezelbundels snel en met minimale handelingen wordt uitgevoerd. Om mogelijke mitochondriale schade te beoordelen, hebben we titratie van cytochroom C opgenomen in het ademhalingsprotocol. Cytochroom C kan niet door een intact buitenste mitochondriaal membraan12 gaan, daarom geeft elke toename van de O2-flux na toevoeging van cytochroom C aan dat er schade aan het buitenste mitochondriale membraan is opgetreden tijdens het monstervoorbereidingsproces. In een van onze recente onderzoeken ontdekten we dat deO2-flux met 8%15 toenam na toevoeging van cytochroom C, wat bevestigt dat het gebruik van saponine dat in dit protocol wordt voorgesteld, geen mitochondriale schade veroorzaakt. We stellen voor dat elk monster dat een toename van meer dan 15% inO2-flux vertoont nadat cytochroom C is toegevoegd, moet worden uitgesloten van analyse44. Deze stap is strikt opgenomen als een kwaliteitscontrolemaatregel en niet als een beoordeling van de activiteit van Complex IV.
Hoewel respirometrie met hoge resolutie uitblinkt in het leveren van zeer gevoelige en betrouwbare metingen van het zuurstofverbruik, is een opmerkelijke beperking van de instrumentatie dat slechts twee monsters tegelijkertijd per instrument kunnen worden gemeten. Dit vereist een zorgvuldige afweging bij het ontwerpen van studies met cohorten met meerdere steekproeven. Hoewel de verleiding groot kan zijn om gedurende de dag metingen uit te voeren op verschillende monstersets, raden we onderzoekers ten zeerste aan om de invloed van het circadiane ritme op het metabolisme in overweging te nemen. Onderzoek naar skeletspieren van zowel mensen als knaagdieren heeft aangetoond dat de biologische klok invloed heeft op de mitochondriale functie45,46. Daarom raden we aan om metingen over meerdere dagen op hetzelfde tijdstip van de dag uit te voeren om rekening te houden met deze circadiane fluctuaties.
Om reproduceerbare en robuuste respirometriemetingen te garanderen, moet de ademhalingsmeter ten slotte regelmatig worden gereinigd, onderhouden en gekalibreerd. Luchtkalibratie, zoals beschreven in het protocol, moet dagelijks worden uitgevoerd. We raden gebruikers aan om ook een volledige maandelijkse kalibratie (zowel lucht als nul) van de polarografische zuurstofsensoren uit te voeren. Gebruikers dienen de documentatie en website van de fabrikant te raadplegen voor meer informatie over deze kalibratiemethode en voor instructies over routinematig onderhoud van instrumenten.
Respirometrie met hoge resolutie blijft de gouden standaard voor het meten van mitochondriale ademhaling. De methode die in dit protocol wordt beschreven, maakt een robuuste beoordeling van de mitochondriale capaciteit in zowel knaagdieren als menselijke skeletspieren mogelijk. Dit protocol is toegepast op onderzoeken ter evaluatie van de mitochondriale functie geassocieerd met genetische muismodellen15,16, in de context van chronische nierziekte19, na toediening van voedingssupplementen14,20 en lichaamsbeweging17,18.