Een abonnement op JoVE is vereist om deze inhoud te bekijken. Log in of start vandaag met uw gratis proefperiode.

Methodenartikel

Differentiële genanalyse en validatie van disulfideptose in het myocardiale ischemie-reperfusieletselmodel van ratten

630 weergaven

⸱

DOI:

10.3791/68019

⸱

18 april 2025

 , 
1Department of Cardiovascular Medicine, The Affiliated Hospital of Guizhou Medical University

In dit artikel

Samenvatting

Het protocol beschrijft de identificatie van verschillende nieuwe disulfideptose-gerelateerde differentiële genen geassocieerd met myocardiale ischemie-reperfusieschade door bio-informaticaanalyse en experimentele validatie.

Samenvatting

Myocardiale ischemie-reperfusieschade (MIRI) is een extra letsel dat optreedt tijdens het proces van het herstellen van de bloedstroom van hartweefsel na door ischemie veroorzaakt letsel. MIRI heeft een ernstige invloed op de werkzaamheid en de korte- en langetermijnprognose van reperfusie na een hartinfarct. Op dit moment is het mechanisme van MIRI niet helemaal duidelijk. Disulfideptose is een nieuwe manier van celdood en de relatie tussen MIRI en expressie van disulfideptose-gerelateerde genen (DRG's) is nog onduidelijk. Ten eerste onderzoekt deze studie de differentieel tot expressie gebrachte genen die geassocieerd zijn met disulfideptose bij MIRI door middel van bio-informaticaanalyse. Ten tweede werden door het construeren van een rattenmodel van MIRI DRG's verder gedetecteerd. Deze studie identificeerde 12 verwante genen, waaronder Myh9, SLC7A11, SLC3A2, Myh7b, ACTB, FLNB, Actn1, Actn4, Flnc, Dbn1 en Pdlim1. Myocardweefsel van ratten met MIRI vertoont duidelijke pathologische schade en apoptose-voorvallen. De resultaten van immunohistochemie gaven aan dat MIRI-stimulatie de expressie van GLUT1-eiwit in myocardweefsel verhoogde, maar de expressie van F-actine-eiwit beperkte. Bovendien werden significante verschillen in de expressie van drie eiwitten gevalideerd met behulp van externe datasets en MIRI-rattenmodellen. Deze studie toonde aan dat DRG's een significante voorspellende waarde hadden bij MIRI, wat nieuwe perspectieven bood voor het verkennen van biomarkers en potentiële therapeutische doelen van MIRI.

Inleiding

Acuut myocardinfarct (AMI) is een ernstige cardiovasculaire aandoening en blijft wereldwijd een belangrijke doodsoorzaak. Percutane coronaire interventie heeft de sterftecijfers bij AMI-patiënten aanzienlijk verlaagd1. Reperfusietherapie gericht op het herstellen van de myocardiale bloedtoevoer gaat echter gepaard met een reeks nadelige pathologische en fysiologische reacties. Deze processen kunnen resulteren in een verhoogde infarctgrootte, myocardiale celdood, aanhoudende ventriculaire aritmieën en plotselinge dood2. Myocardiale ischemie-reperfusieschade (MIRI) is een complexe cardiovasculaire aandoening die wordt beïnvloed door factoren zoals cytokines, chemokines, groeifactoren, oxidatieve stress en calciumoverbelasting3. Het beperken van MIRI blijft een grote uitdaging.

Onlangs is disulfideptose naar voren gekomen als een nieuwe vorm van celdood die wordt gekenmerkt door een snelle ineenstorting van het cytoskeletale actinenetwerk als gevolg van overmatige accumulatie van disulfiden, waaronder cysteïne, in cellen, als gevolg van NADPH+-depletie. Overmatige accumulatie van disulfide verstoort de disulfidebindingen tussen cytoskeleteiwitten, wat leidt tot actinemigratie en celdood 4,5. In tegenstelling tot eerder gemelde vormen van celdood zoals apoptose, necrose, pyroptose en ferroptose, wordt disulfideptose geïnitieerd door de overmatige aggregatie van intracellulaire disulfiden en wordt het niet geantagoniseerd door specifieke remmers van andere celdoodroutes. Als een kenmerkende celdood heeft bewijs aangetoond dat cellulaire glucosedeficiëntie opgewekte SLC7A11-overexpressie disulfidptosis4 kan veroorzaken. Na MIRI kan onvoldoende insulinesecretie hypoglykemie en daaropvolgende disulfidptosis veroorzaken, wat verdere schade aan myocardcellen kan veroorzaken en een van de nieuwe mechanismen van MIRI5 kan zijn.

In deze studie was het primaire doel om uitgebreide genexpressiedatabases, zoals de Gene Expression Omnibus (GEO), te gebruiken om differentiële genexpressie tussen normale en MIRI-monsters te analyseren. We voerden een kruisreferentiële analyse uit tussen differentieel tot expressie gebrachte genen en genen geassocieerd met disulfideptose, met als doel disulfideptose-gerelateerde genen (DRG's) te identificeren die differentiële expressie vertonen in MIRI. Machine learning-algoritmen werden gebruikt om sleutelgenen te identificeren, en we valideerden de expressiepatronen van de geselecteerde differentiële genen van belang met behulp van een diermodel. Deze benadering biedt een nieuw perspectief om een dieper inzicht te krijgen in de mogelijke mechanismen die ten grondslag liggen aan het ontstaan en de progressie van MIRI. De primaire focus van dit onderzoek was het onderzoeken van een nieuw celdoodmechanisme binnen MIRI, het blootleggen van geassocieerde differentiële genen en het uitvoeren van voorbereidende experimenten om deze bevindingen te valideren. Het uiteindelijke doel was om nieuwe therapeutische doelen te identificeren voor het verminderen van MIRI op basis van dit opkomende celdoodmechanisme.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Protocol

Voor deze studie werden negen Sprague-Dawley (SD) mannelijke ratten in de leeftijd van 6-8 weken en met een gewicht van 180-220 g geselecteerd uit het Hubei Experimental Animal Research Center [SCXK (Hubei) 20200018]. Ratten werden gedurende 1 week gehouden in specifieke ziekteverwekkervrije dierenstallen om te acclimatiseren, met een licht- en donkercyclus van 12 uur/12 uur, vrij drinken en eten. De huidige studie werd uitgevoerd met goedkeuring van de Animal Ethics Committee van The Third Affiliated Hospital van Zunyi Medical University (goedkeuringsnummer: (2016)-1-56). Alle procedures werden uitgevoerd in overeenstemming met de aanbevelingen die zijn uiteengezet in de Gids voor de verzorging en het gebruik van proefdieren, gepubliceerd door de Amerikaanse National Institutes of Health. Er werden strenge maatregelen genomen om het aantal gebruikte dieren te minimaliseren en hun lijden te verzachten.

1. Differentiële expressieanalyse van genen gerelateerd aan MIRI en disulfideptose

OPMERKING: RNA-sequencinggegevens van MIRI genaamd GSE214122 werden geselecteerd om genen geassocieerd met disulfideptose te screenen volgens literatuurrapport6.

  1. Open de GEO-database, typ GSE214122 in het vak Zoeken en klik op Enter. Download de gegenereerde seriematrixbestanden in TXT-indeling onder de sectie Downloaden.
    OPMERKING: Voordat u gegevensanalyse uitvoert, is het meestal nodig om de gedownloade gegevens vooraf te verwerken. Dit omvat het controleren op ontbrekende waarden, het verwijderen van monsters en genen van lage kwaliteit en het uitvoeren van normalisatie of standaardisatie van de gegevens. De opgehaalde GSE214122 dataset bevatte samples uit de sham-operated en MIRI-groepen.
  2. Voer differentiële genexpressieanalyse uit van de monsters met behulp van het DESeq2-pakket7. Beschouw genen met |log2FC|>1 (vouwverandering groter dan 2) en FDR<0,05 als statistisch significant, wat resulteert in de identificatie van differentieel tot expressie gebrachte genen geassocieerd met MIRI. Genereer een heatmap van differentiële genexpressie in stap 1.2 met behulp van R's pheatmap-pakket7.
  3. Construeer een Venn-diagram met behulp van R's VennDiagram-pakket7 (zie Materiaaltabel). Genereer vulkaanplots om disulfideptose-gerelateerde genen te visualiseren met behulp van een EnhancedVolcano-pakket in R7.
  4. Bouw een PPI-netwerk dat de MIRI-genen differentieel tot expressie brengt verbindt met disulfideptose-genen met behulp van de STRING-database7 (zie Materiaaltabel).

2. Bouw van het rat MIRI-model

  1. Vast de ratten een nacht voordat ze anesthesie uitvoeren. Verdoof ratten door intraperitoneale injectie van 2% natriumpentobarbital (40 mg/kg) en bevestig de ledematen in rugligging aan een rattenplank. Bevestig de diepte van de anesthesie door geen reactie op teenknijpen, verlies van de oprichtreflex en de oogknipoogreflex. Gebruik dierenartszalf om uitdroging onder narcose te voorkomen.
  2. Desinfecteer de huid van de nek en borst met jodofoor en dejodium met 75% alcohol. Scheer de vacht van de nek en de linkerborst met een elektrisch scheerapparaat en maak met een scalpel een mediane incisie in de nek van ongeveer 2,5 cm lang (zie materiaaltabel).
  3. Scheid de luchtpijp met een tang en voer endotracheale intubatie uit met aansluiting op een beademingsapparaat voor kleine dieren3 (zie materiaaltabel).
  4. Knip 4 cm in de lengterichting langs de linkerkant van het borstbeen met een oogheelkundige schaar en scheid de onderhuidse spieren botweg met een tang om het borstvlies tussen de derde en vierde rib bloot te leggen.
  5. Maak een incisie van 4-5 cm van de processus xiphoid naar het midden van de linker tweede intercostale ruimte terwijl u het scalpel in een hoek van 45° houdt. Scheid voorzichtig en langzaam de musculus pectoralis major en de voorste serratus met behulp van een oftalmische tang om toegang te krijgen tot de intercostale ruimte.
  6. Maak een dwarse incisie van 1,5 cm tussen de linker, derde en vierde rib met behulp van een oogheelkundige schaar. Na het ontleden van het hartzakje met behulp van een oogheelkundige tang, tilt u het linker atriumaanhangsel op met een tang om het coronaire ostium bij de aortawortel te identificeren.
  7. Ligatuur de linker voorste dalende kransslagader tussen de longkegel en het linker atriumaanhangsel met behulp van een 6-0 hechting (zie Materiaaltabel).
  8. Maak na 30 minuten de hechtdraad los om 120 minuten reperfusie mogelijk te maken, gevolgd door het sluiten van de spier- en huidlagen met behulp van een 6-0 hechtdraad. Breng penicilline aan (zie Tabel met materialen) door intraperitoneaal te injecteren met 80.000-100.000 eenheden.
  9. Voer in de schijngroep alle procedures uit zoals gedaan voor de modelgroep, maar rijg alleen de linker voorste dalende kransslagader zonder ligatie of reperfusie.
  10. Zodra de ratten weer bij bewustzijn komen, verwijdert u de endotracheale tubes. Breng de ratten terug naar de dierenfaciliteit voor herstel, waar ze vrije toegang hebben tot voedsel en water. Huisvest de rat die een operatie ondergaat in een enkele kooi met een onafhankelijk ventilatiesysteem in een steriel laboratorium.
  11. Voer gedurende 30 minuten ischemie en 120 minuten reperfusie echocardiografie uit. De modellering werd als succesvol beschouwd als de linkerventrikel-ejectiefractie minder dan 50%1,6 bedroeg.

3. Hartweefsel oogsten3

  1. Plaats de ratten na 120 minuten reperfusie in de euthanasiecontainer om euthanasie uit te voeren door het inademen van kooldioxide. Verzamel onmiddellijk het hartweefsel van de rat.
  2. Verwijder het buikhaar van de ratten met een scheerapparaat en steriliseer het voorste borstgebied met jodium en 75% alcohol. Ontleed de buikholte van de rat langs de middellijn van de buik met een scalpel.
  3. Snijd de huid van het xiphoid-proces omhoog naar de submandibulaire ruimte met een chirurgische schaar en pel botweg de huid en het onderhuidse weefsel af met een tang aan beide zijden om de thoracale kooi en de oppervlakkige cervicale spierlaag bloot te leggen (zie materiaaltabel).
  4. Open de thorax en het borstvlies langs de middellijn met een chirurgische schaar om het hart bloot te leggen, klem de aorta vast met een vaatklem en knip de slagader door met een oogheelkundige schaar. Haal het hart eruit en ontleed in een weefselblok van 1 mm3 in een koude zoutoplossing op een ijsbad en fixeer met 4% paraformaldehyde gedurende 48 uur (zie materiaaltabel).

4. Hematoxyline-eosine (H&E) kleuring

  1. Dehydrateren en inbedden: Dehydrateer het hartweefselblok door achtereenvolgens te weken in 75% alcohol, 85% alcohol, 95% alcohol (I), 95% alcohol (II), 100% alcohol (I) en 100% alcohol (II) gedurende 1 uur in elke oplossing. Transparant met xyleen (I) en xyleen (II) door 15 minuten in elke oplossing te dompelen. Plaats het hartweefselblok in vloeibare paraffine (I), paraffine (II) en paraffine (III) gedurende 20-30 minuten achter elkaar. Laat het paraffineblok op natuurlijke wijze afkoelen tot het stolt.
  2. Snijd het in paraffine ingebedde hartweefselblok in secties van 4 μm met behulp van een paraffinesnijmachine (zie materiaaltabel). Leg de secties plat met een zachte borstel in een waterbad van 45 °C en pak vervolgens de volledig uitgeklapte secties op met een glijbaan.
  3. Ontwaxen: Bak de plakjes 30-60 minuten in een oven op 55 °C en onthandel ze 5-10 minuten met xyleen (I) en 5-10 minuten met xyleen (II). Was vervolgens xyleen met absolute ethanol gedurende 1-5 minuten, 95% ethanol gedurende 1-5 minuten en 75% ethanol gedurende 1-5 minuten en spoel af met kraanwater gedurende 1-5 minuten.
  4. Kleuring: Kleur met een hematoxylineoplossing gedurende 5-20 minuten, spoel 5-10 s af met kraanwater, kleur 15-30 s met een eosineoplossing en was met 75%-85% ethanol gedurende 30 s.
  5. Dehydraterend, transparant en afdichtend: Dehydrateer met 95% ethanol (I) gedurende 0,5-2 minuten en 95% ethanol (II) gedurende 2-5 minuten, gevolgd door absolute ethanol (I) gedurende 2-5 minuten en absolute ethanol (II) gedurende 2-5 minuten. Transparant met xyleen (I) gedurende 1 minuut en xyleen (II) gedurende 1 minuut, en sluit de plak vervolgens af door twee druppels neutrale hars aan de plak toe te voegen en een afdekglas te plaatsen. Druk lichtjes op het afdekglas om de plak te vullen met neutrale hars (zie Materiaaltabel).
  6. Bekijk elk plakje onder een optische microscoop met een vergroting van 200x op een dubbelblinde manier door twee onafhankelijke technici.
    1. Selecteer drie willekeurige gezichtsvelden om myocardiale congestie, bloeding, fibrose, necrose en degeneratie te evalueren. Gebruik de volgende scorecriteria: 0 geeft geen laesie aan; 0-1 aangegeven laesies waren minder dan 1/4 van het aangewezen gebied; 1-2 geïndiceerde laesies varieerden van ongeveer 1/4-1/2 van het aangewezen gebied; 2-3 geïndiceerde laesies varieerden van ongeveer 1/2-3/4 van het aangewezen gebied; en 3-4 aangegeven laesies waren groter dan 3/4 van het aangewezen gebied.

5. TONIJN-test

  1. Verdun proteïnase K met fosfaatbufferoplossing (PBS) tot 40 μg/ml en voeg 100 μl proteïnase K toe aan 4 μm-secties die in stap 4.3 zijn bereid om het gehele monstergebied te bestrijken en incubeer gedurende 10 minuten bij kamertemperatuur.
    OPMERKING: Proteïnase K is opgenomen in de TUNEL-apoptosedetectiekit (zie materiaaltabel).
  2. Was het gedeelte 2x met PBS gedurende 5 minuten elk, verwijder het overtollige vocht door het aan te zuigen met filterpapier en houd het gedeelte vochtig in een natte doos.
    OPMERKING: Proteïnase K moet schoon worden gewassen om latere etiketteringsreacties niet te verstoren.
  3. Voeg gelijkmatig 50 μl TUNEL-reactieoplossing met 2 μl TdT-enzym en 48 μl TUNEL-reactiebuffer toe en plaats de sectie in een natte doos om gedurende 2 uur in het donker bij 37 °C te incuberen.
    OPMERKING: TdT-enzym en TUNEL-reactiebuffer zijn opgenomen in de TUNEL-apoptosedetectiekit.
  4. Gooi de TUNEL-reactieoplossing weg en spoel 2x met PBS gedurende 5 minuten elk. Was de sectie 3x gedurende 5 minuten met PBS met 0,1% Triton X-100 en 5 mg/ml BSA.
  5. Voeg gelijkmatig 50 μL DAPI-kleurstofoplossing toe en incubeer gedurende 10 minuten bij kamertemperatuur in het donker. Gooi de DAPI-kleuringsoplossing weg en week de sectie in PBS, 3x, 5 minuten per keer.
  6. Verkrijg TUNEL rode en DAPI blauwe signalen bij excitatie- en emissiegolflengten van respectievelijk 593/614 nm en 364/454 nm. Leg beelden vast onder een fluorescentiemicroscoop met een vergroting van 200x (zie Materiaaltabel).

6. Immunohistochemische kleuring

  1. Voeg in stap 4.3 200 μl verbeterde endogene peroxidaseblokkerende buffer toe aan de sectie en incubeer gedurende 10 minuten bij kamertemperatuur in het donker. Was het gedeelte 2x met gedestilleerd water gedurende 5 minuten elk.
  2. Voeg 1 ml verbeterde citraatantigeenoplossing en 49 ml dubbel gedestilleerd water toe aan de antilichaamincubatiebox en meng voorzichtig. Dompel de sectie onder in de antigeenoplossing en verwarm gedurende 20 minuten bij 95 °C alvorens af te koelen tot kamertemperatuur (zie materiaaltabel).
  3. Was de sectie 2x met PBS gedurende 5 minuten elk. Plaats de sectie in de antilichaamincubatiebox om 's nachts bij 4 °C te incuberen met 100 μL primaire antilichamen tegen F-actine (1:100), GLUT1 (1:200), Myh9 (1:200), SLC7A11 (1:200) en SLC3A2 (1:200).
  4. Was de sectie 2x met PBS gedurende 5 minuten elk. Voeg 100 μL secundair antilichaam toe aan de sectie en incubeer gedurende 20 minuten bij kamertemperatuur.
  5. Was de sectie 2x met PBS gedurende 5 minuten elk. Bevlek met 100 μL DAB-werkoplossing gedurende 5 minuten bij kamertemperatuur en stop de kleurreactie door te spoelen met gezuiverd water.
    OPMERKING: DAB-werkoplossing werd bereid door DAB-chromogene oplossing A en DAB-chromogene oplossing B te mengen in een verhouding van 1:1, die is opgenomen in de DAB-mierikswortelperoxidase-kleurontwikkelingskit (zie materiaaltabel).
  6. Kleur de coupe gedurende 3 minuten met 100 μl hematoxylinekleuringsoplossing en was deze 3 minuten met stromend water (zie materiaaltabel).
    OPMERKING: De hematoxyline- en eosinekleuringsset bevat een hematoxylinekleuringsoplossing.
  7. Dompel het gedeelte onder in 75% ethanol, 95% ethanol en 100% ethanol gedurende 2 minuten in elk.
  8. Sluit het gedeelte af met neutrale hars, dek af met een dekglaasje en onderzoek het gedeelte onder een optische microscoop met een vergroting van 200x (zie Materiaaltabel). Weefsels met een bruine kleur zijn positieve reacties. Bereken de positieve expressiesnelheid als de verhouding tussen het bevlekte gebied en de totale oppervlakte van het gezichtsveld. Voer kwantitatieve analyse uit met behulp van Image J-software.

7. Detectie van westerse vlekken

OPMERKING: Lysisbuffer en proteaseremmer waren opgenomen in een BCA-eiwitkwantificeringskit (zie materiaaltabel).

  1. Weeg 0,1 g verse myocardiale monsters uit stap 3.5 af en meng met 1 ml lysisbuffer en 10 μl proteaseremmer, gevolgd door malen in een glazen maalcontainer en centrifugeren bij 10.304 x g gedurende 10 minuten bij 4 °C.
  2. Verzamel het bovenstaande en voer de eiwitkwantificering uit met behulp van de BCA-methode volgens de instructies van de fabrikant8. Kook het bovenstaande gedurende 5 minuten bij 95 °C.
  3. Scheid eiwitten met verschillende molecuulgewichten met behulp van 10% scheidingsgel door een monster van 10 μL te laden voor eiwitelektroforese bij 80/120 V.
  4. Breng de eiwitten op de gel over naar een PVDF-membraan9. Blokkeer vervolgens het membraan gedurende 1 uur met 5% magere melkpoeder en incubeer een nacht bij 4 °C met primaire antilichamen Myh9, SLC7A11, SLC3A2 en β-tubuline bij een verdunning van 1:1000 (zie materiaaltabel).
  5. Na het wassen met PBS 3x gedurende 5 minuten elk, incubeer het membraan met secundair antilichaam (1:5000; zie Materiaaltabel) bij kamertemperatuur gedurende 2 uur, gevolgd door wassen met PBS 3x gedurende 5 minuten elk voor visualisatie met een eiwitvisualisatie-instrument (zie Materiaaltabel).
  6. Bereken de grijswaardenverhouding van de banden tot β-tubuline met behulp van Image J-software 8,9.

8. Statistische analyse

  1. Gegevens uitdrukken als het gemiddelde ± standaarddeviatie. Analyseer gegevens met behulp van eenrichtingsanalyse van variantie, gevolgd door het minst significante verschil post hoc test. Voer statistische analyse uit met behulp van een commercieel statistisch analyse-instrument (zie Materiaaltabel) en beschouw p < 0,05 als statistisch significant.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Resultaten

Screening van DRG's in MIRI
De GSE214122 dataset van Gene Expression Omnibus bevatte drie schijn- en drie MIRI-monstergegevens. Met behulp van het DESeq2-pakket in R werden 1233 differentieel tot expressie gebrachte genen (DEG's) geïdentificeerd tussen MIRI- en schijnmonsters. Op basis van |log2FC|>2 en FDR<0.05 werden 417 significant verschillende genen verder geselecteerd met behulp van het pheatmap-pakket van R (Figuur 1A). Vervolgens ...

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Discussie

Disulfideptose is nauw verbonden met het actine-cytoskelet, een kritieke cellulaire structuur die essentieel is voor het behoud van de celvorm en levensvatbaarheid. Het actine-cytoskelet is samengesteld uit actinefilamenten en geeft de algehele cellulaire vorm en structuur. F-actine dient als een marker voor het cellulaire cytoskelet en onder omstandigheden van glucosehonger nemen de disulfidebindingen aanzienlijk toe, wat leidt tot neerwaartse regulatie van F-actine. Dit fenomeen beïnvl...

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Openbaarmakingen

De auteurs hebben niets te onthullen.

Dankbetuigingen

Dit onderzoek werd ondersteund door het Guizhou Provincial Bureau of Science and Technology (Qiankehe [2022]-583) en de Guizhou Provincial Administration of Traditional Chinese Medicine (QZYY-2016-019).

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Materialen

Lijst van materialen gebruikt in dit artikel
NaamBedrijfCatalogusnummerOpmerkingen
75% alcoholHunan Tongruijian Pharmaceutical Co. Ltd., Hunan, China85026
6-0 nylon sutureShanghai Pudong Jinhuan Medical Supplies Co. Ltd., Shanghai, ChinaCS002
BCA protein quantification kitBeyotime Biotechnology, Shanghai, ChinaP0011
Bull serum albuminBeyotime Biotechnology, Shanghai, ChinaST2254
CentrifugeHunan Kaida Scientific Instrument Co. Ltd., Hunan, ChinaKH19A
DAB horseradish peroxidase color development kitBeyotime Biotechnology, Shanghai, ChinaP0203
DAPI staining solutionBeyotime Biotechnology, Shanghai, ChinaC1006
DESeq2 packageVersie 4.1
Electric razorKelmerpp235376
Enhanced endogenous peroxidase blocking bufferBeyotime Biotechnology, Shanghai, ChinaP0100B 
Filter paperNanjing Keruicai Equipment Co., Ltd., Nanjing, China1.00049E+11
Fluorescence microscopeNikonECLIPSE Ci
GEO databasehttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
Glass grinderShanghai Leigu Instrument Co. Ltd., Shanghai, ChinaB-013002
GraphPad PrismGraphPad SoftwareV8.0
Hematoxylin and eosin staining kitBeyotime Biotechnology, Shanghai, ChinaC0105M
Image J softwareNational Institutes of Health, Bethesda, USAv1.8.0
Improved citrate antigen retrieval solution (50X)Beyotime Biotechnology, Shanghai, ChinaP0083
IodophorFolca, Shenzhen, China1.00077E+11
Optical microscopeNikonECLIPSE Ci
Phosphate buffer solutionBeyotime Biotechnology, Shanghai, ChinaC0221A
Primary antibodies against GLUT1Proteintech Group, Inc, Wuhan, China21829-1-AP
Primary antibodies against MYH9Proteintech Group, Inc, Wuhan, China11128-1-AP
Primary antibodies against SLC3A2Wuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd., Wuhan, ChinaLJS-D-7468
Primary antibodies against SLC7A11Proteintech Group, Inc, Wuhan, China26864-1-AP
Protein visualization instrumentThermo Fisher Scientific Inc.iBright CL750
Rat boardZhengzhou Haopai Biotechnology Co. Ltd., Zhengzhou, ChinaJPB-E
ScalpelShanghai Lianhui Medical Supplies Co., Ltd., Shanghai, China1.00471E+13
Secondary antibodyWuhan Boster Biological Technology, Ltd., Wuhan, ChinaBA1054
STRING databasehttps://cn.string-db.org/Versie 12.0
Triton X-100Beyotime Biotechnology, Shanghai, ChinaST1722
TUNEL apoptosis detection kitProteintech Group, Inc., Wuhan, ChinaPF00009

Referenties

  1. Lu, Z., et al. Tripartite motif 38 attenuates cardiac fibrosis after myocardial infarction by suppressing TAK1 activation via TAB2/3 degradation. iScience. 25 (8), 104780(2022).
  2. Tu, Q., et al. EGCG decreases myocardial infarction in both I/R and MIRI rats through reducing intracellular Ca2+ and increasing TnT levels in cardiomyocytes. Adv Clin Exp Med. 30 (6), 607-616 (2021).
  3. Li, Q., et al. Histone deacetylase HDAC4 participates in the pathological process of myocardial ischemia-reperfusion injury via MEKK1/JNK pathway by binding to miR-206. Cell Death Dis. 7 (1), 240(2021).
  4. Liu, X., et al. Actin cytoskeleton vulnerability to disulfide stress mediates disulfidptosis. Nat Cell Biol. 25 (3), 404-414 (2023).
  5. Yang, L., et al. Analysis of risk genes associated with disulfidptosis-related myocardial ischemia-reperfusion injury. J Chongqing Med Univ. 49 (4), 401-408 (2024).
  6. Xiao, G., et al. CXCR1 and its downstream NF-κB inflammation signaling pathway as a key target of Guanxinning injection for myocardial ischemia/reperfusion injury. Front Immunol. 13, 1007341(2022).
  7. Zhu, E. Y., et al. Screening of immune-related secretory proteins linking chronic kidney disease with calcific aortic valve disease based on comprehensive bioinformatics analysis and machine learning. J Transl Med. 21, 359(2023).
  8. Shi, D. C., et al. Potential of Dendrobium officinale oligosaccharides to alleviate chronic colitis by modulating inflammation and gut microbiota. FoodMedHomo. 2, 9420077(2025).
  9. Ning, E. J., et al. Artemisia argyi polysaccharide alleviates intestinal inflammation and intestinal flora dysbiosis in lipopolysaccharide-treated mice. FoodMedHomo. 1 (1), 9420008(2024).
  10. Zhou, H., Wang, J., Zhu, P., Hu, S., Ren, J. Ripk3 regulates cardiac microvascular reperfusion injury: The role of IP3R-dependent calcium overload, XO-mediated oxidative stress and F-action/filopodia based cellular migration. Cell Signal. 45, 12-22 (2018).
  11. Antonipillai, J., Rigby, S., Bassler, N., Peter, K., Bernard, O. Pharmacological inhibition of LIM kinase pathway impairs platelets functionality and facilitates thrombolysis. Exp Cell Res. 382 (2), 111458(2019).
  12. Kaumeyer, B. A., et al. GLUT1 immunohistochemistry is a highly sensitive and relatively specific marker for erythroid lineage in benign and malignant hematopoietic tissues. Am J Clin Pathol. 158 (2), 228-234 (2022).
  13. Patching, S. G. Glucose transporters at the blood-brain barrier: Function, regulation and gateways for drug delivery. Mol Neurobiol. 54 (2), 1046-1077 (2017).
  14. Zhou, H., et al. 3-iodothyronamine inhibits apoptosis induced by myocardial ischemia reperfusion via the Akt/FoxO1 signaling pathway. Ann Trans Med. 10 (4), 168(2022).
  15. Pecci, A., et al. MYH9: Structure, functions and role of non-muscle myosin IIA in human disease. Gene. 664, 152-167 (2018).
  16. Girolami, A., et al. Occurrence of thrombosis in congenital thrombocytopenic disorders: A critical annotation of the literature. Blood Coagulat Fibrino. 24 (1), 18-22 (2013).
  17. Li, P., et al. SLC7A11-associated ferroptosis in acute injury diseases: Mechanisms and strategies. Eur Rev Med Pharmaco Sci. 27 (10), 4386-4398 (2023).
  18. Wu, X., et al. Dihydrotanshinone I preconditions myocardium against ischemic injury via PKM2 glutathionylation sensitive to ROS. Acta Pharma Sinica B. 13 (1), 113-127 (2023).

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Herprints en machtigingen

Trefwoorden

differenti le genanalyseratmodelbio informatica analysedisulfideptose gerelateerde genenimmunohistochemieeiwitexpressiebiomarker ontdekking
Video binnenkort beschikbaar
Neem contact met ons op
Aanbevelen aan bibliotheek

Privacy

Gebruiksvoorwaarden

Beleid

Copyright © 2026 MyJoVE Corporation. Alle rechten voorbehouden.