Het craniofaciale kraakbeen bij gewervelde dieren komt voort uit een multipotente celpopulatie die de craniale neurale lijstcellen1 wordt genoemd. Deze cellen worden eerst gespecificeerd in de dorsale randen van de neurale plaat in vroege embryo's, die vervolgens grote afstanden migreren om het craniofaciale gebied en de farynxbogen te bereiken voordat ze differentiëren 2,3. De signaalmechanismen die deze migratie en differentiatie aansturen, zijn grotendeels geconserveerd bij gewervelde dieren 4,5. Desondanks zijn de organisatie, grootte en vorm van individuele kraakbeenelementen verschillend tussen soorten, wat aanleiding geeft tot diverse craniofaciale morfologieën6. Met name zebravissen zijn naar voren gekomen als een krachtig modelsysteem om craniofaciale morfogenese te bestuderen, gezien de transparante aard van de embryo's tot larvale stadia. Met behulp van eenvoudige kleuringsprocedures voor het markeren van het kraakbeen, is de morfologie van veel craniofaciale structuren in zebravissen gekarakteriseerd onder verschillende verstoringen van signaalroutes 7,8,9 en wanneer embryo's of larven worden blootgesteld aan veel voorkomende verontreinigende stoffen die in het milieu aanwezig zijn10. De Alcian blauwe kleuring die hier wordt beschreven voor het markeren van het kraakbeen omvat het gebruik van niet-zure omstandigheden gestandaardiseerd door Walker en Kimmel11, die vervolgens is gebruikt door veel zebravislaboratoria die werken aan craniofaciale ontwikkeling 5,12,13,14,15,16,17,18,19 , inclusief de beschrijving van het gebruik op middelbare scholen20. Zuurvrije kleuring behoudt de benige structuren intact, waardoor kraakbeen en botten samen kunnen worden gekleurd met respectievelijk Alcian-blauw en alizarinerood. Een gedetailleerd protocol voor het kleuren en voor het uitvoeren van nauwkeurige dissectie van het craniofaciale kraakbeen, met name voor het helpen uitvoeren van dergelijke onderzoeken in omgevingen met beperkte middelen, ontbreekt.
Hoewel de skeletstructuur van het gezicht bij volwassen zebravissen vrij complex is, bestaande uit 43 van kraakbeen afgeleide botten21, is het craniofaciale kraakbeen in een larve 5 dagen na de bevruchting (dpf), die net het vermogen heeft gekregen om te eten, relatief eenvoudig en kan het grofweg worden onderverdeeld in een dorsaal neurocranium en een ventrale viscerocranium4. Deze structuren ondersteunen de hersenen, dragen bij aan het voedingsapparaat en geven aanleiding tot ondersteunend kraakbeen voor kieuwweefsels. Het hier beschreven protocol maakt het mogelijk om het kraakbeen van zebravissen te kleuren met Alcian-blauw, gevolgd door een gedetailleerde procedure voor het ontleden van het neuro- en het viscerocranium in afzonderlijke structuren, wat uiteindelijk een zorgvuldige karakterisering van de vorm en grootte van verschillende kraakbeensoorten in deze structuren mogelijk zal maken. Als voorbeeld meten we de afmetingen van het voorste deel van het gehemelte (gehemelte), de ethmoïde plaat genaamd, die deel uitmaakt van het neurocranium.