Methodenartikel

De familie Sirtuin in het beenmerg mesenchymale stamcelonderzoek: een bibliometrische analyse met Web of Science en R

DOI:

10.3791/68913

⸱

30 december 2025

 ,  , 
1Department of Prosthodontics, Tianjin Stomatological Hospital, School of Medicine, Nankai University, 2Tianjin Key Laboratory of Oral and Maxillofacial Function Reconstruction, 3Department of Periodontics, Tianjin Stomatological Hospital, School of Medicine, Nankai University

In dit artikel

Samenvatting

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Deze studie biedt een bibliometrisch protocol om onderzoekstrends van de Sirtuin-familie te identificeren in mesenchymale stamcelstudies in het beenmerg met behulp van Web of Science en R.

Samenvatting

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Deze studie presenteert een uitgebreid bibliometrisch protocol voor systematisch in kaart brengen van onderzoekstrends en kennisstructuren van de Sirtuins (SIRTs) familie in het onderzoek naar mesenchymale stamcellen in het beenmerg. Het protocol omvat gestructureerde literatuuropvraging uit de Web of Science Core Collection met behulp van vooraf gedefinieerde zoektermen, de toepassing van expliciete inclusie- en exclusiecriteria om Engelstalige artikelen en reviews te screenen, en diepgaande bibliometrische analyse via het bibliometrixpakket in R. Belangrijke methodologische stappen zijn gegevensopvraging en -opschoning, beschrijvende statistische analyse, beoordeling van trefwoordco-incidenten, mapping van samenwerkingsnetwerken en het genereren van thematische Evolutie- en conceptuele structuurkaarten. Onze analyse van 496 in aanmerking komende artikelen (2009-2024) toonde een duidelijke toename van jaarlijkse publicaties, waarbij China als belangrijkste bijdrager naar voren kwam. Soochow University en auteur LI Y werden respectievelijk als de meest productieve instelling en auteur aangewezen. Hoge frequentie trefwoorden waren onder andere 'mesenchymale stamcellen', 'oxidatieve stress' en 'SIRT1', met thematische mapping die motorische thema's als senescentie en oxidatieve stress benadrukte. Dit reproduceerbare en transparante methodologische kader markeert niet alleen huidige onderzoekshotspots, maar biedt ook een rigoureuze, schaalbare aanpak voor grootschalige literatuursynthese, die toekomstige wetenschappelijke evaluaties en trendbeoordelingen in het veld ondersteunt met verbeterde helderheid en reproduceerbaarheid.

Inleiding

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Stamcellen zijn ongedifferentieerde cellen die in staat zijn tot zelfvernieuwing en differentiatie, en bieden aanzienlijk therapeutisch potentieel. Volwassen stamcellen, zoals beenmergmesenchymale stamcellen (BMSC's), worden veel gebruikt bij weefselregeneratie vanwege hun toegankelijkheid en gebrek aan ethische kwesties in vergelijking met embryonale stamcellen1. Het zijn niet-hematopoëtische cellen uit het beenmerg die zich kunnen differentiëren in verschillende celtypen en betrokken zijn bij weefselherstel en ziektebehandeling 2,3.

Volwassen stamcellen zijn aanwezig in verschillende weefsels, waaronder beenmerg, vet en huid, en vermijden de ethische zorgen die gepaard gaan met embryonale stamcellen4. Deze cellen onderhouden de stamcelpool en ondersteunen weefselregeneratie via differentiatie 5,6. Met name het beenmerg bevat mesenchymale stamcellen die migreren naar beschadigd weefsel en bijdragen aan regeneratie 7,8. Toepassingen omvatten behandeling van kanker, tussenwervelschijfdegeneratie en immuunstoornissen 9,10.

De Sirtuin (SIRTs) familie bestaat uit zeven NAD+-afhankelijke enzymen (SIRT1-SIRT7) die diverse cellulaire functies reguleren, waaronder genexpressie en DNA-herstel en metabolisme11. Belangrijk is dat hun activiteit wordt gemoduleerd door verschillende specifieke activatoren (bijv. resveratrol voor SIRT1, NAD⁺precursoren) en remmers (bijv. nicotinamide, EX-527 voor SIRT1), die cruciale onderzoeksinstrumenten en potentiële therapeutische middelenzijn. Deze eiwitten zijn gelokaliseerd in verschillende subcellulaire compartimenten en zijn betrokken bij kritieke biologische processen. Verschillende studies hebben het belang van SIRT's benadrukt bij het reguleren van de oxidatieve stressrespons, veroudering en osteogene differentiatie bij BMSC's12,13. Mesenchymale stamcellen van het beenmerg zijn niet-hematopoëtische cellen afkomstig van beenmerg die kunnen differentiëren in verschillende celtypen zoals osteoblasten, chondrocyten en adipocyten, en een essentiële rol spelen bij weefselherstel en de behandeling van diverse ziekten, waaronder degeneratie van tussenwervelschijf, kanker en immuunziekten 2,9,10.

Ondanks de groeiende hoeveelheid literatuur over SIRT's en BMSC's ontbreekt een uitgebreide synthese van onderzoekstrends en kennisstructuren. Hoewel traditionele narratieve en systematische reviews diepgaande discussie en kritische beoordeling bieden, kunnen ze subjectief en tijdrovend zijn, vooral voor grote en snel evoluerende vakgebieden. Daarentegen biedt bibliometrische analyse een kwantitatieve, objectieve benadering voor het analyseren van grote volumes publicatiegegevens, waardoor onderzoekstrends, belangrijke bijdragers en opkomende hotspots via statistische en netwerkanalyses kunnen worden geïdentificeerd14. Knowledge mapping versterkt dit verder door visueel de intellectuele structuur en dynamische ontwikkelingen binnen een onderzoeksveld weer te geven, wat een uniek voordeel biedt bij het in kaart brengen van het conceptuele landschap en het onthullen van verborgen patronen die in kwalitatieve reviews over het hoofd kunnen wordengezien 15,16,17.

Deze studie maakt gebruik van een bibliometrische benadering om de kennisstructuur van SIRT's in BMSC-onderzoek in kaart te brengen. Het is belangrijk op te merken dat de analyse uitsluitend gebaseerd is op Engelstalige artikelen en reviews die zijn opgehaald uit de Web of Science (WOS) Core Collection, die, hoewel het de kwaliteit en consistentie van gegevens waarborgt, relevante studies die in andere talen zijn gepubliceerd of in andere databases zijn geïndexeerd, kan uitsluiten. Desalniettemin is deze studie door gebruik te maken van het bibliometrixpakket in R bedoeld om objectief de ontwikkeling, samenwerkingsnetwerken en thematische focussen in dit vakgebied te analyseren, waardoor waardevolle inzichten worden opgeleverd en toekomstige onderzoeksrichtingen worden gestuurd.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Deze studie gebruikte alleen openbaar beschikbare bibliografische gegevens en betrof geen mensen of dieren. Daarom was goedkeuring van de ethische commissie niet vereist.

1. Studieontwerp

  1. Voer een retrospectieve bibliometrische analyse uit van gepubliceerde literatuur over de SIRT-familie in het beenmergmesenchyme stamcelonderzoek.
  2. Verzamel literatuur uit de WOS Core en voer gestructureerde opvraging, screening, kwantitatieve analyse en visualisatie van bibliografische gegevens uit.

2. Literatuuropvraging

  1. Open de WOS Core en selecteer de SCI-Expanded database (alle bedieningscodes en inspectiepunten worden weergegeven in (Supplemental File 1).
  2. Gebruik de volgende zoekstrategie: TS=('Mesenchymale stamcel*' OF 'Mesenchymale Stromale Cel*' OF 'Beenmerg Stromale Cel*' OF 'Multipotente Mesenchymale Stromale Cel' OF 'Beenmerg Mesenchymale Stamcel*') EN TS=('SIRT*' OF 'Sirtuin' OF 'Sirtuins' OF 'SIRT1' OF 'SIRT2' OF 'SIRT3' OF 'SIRT6')
  3. Filter de resultaten zodat alleen Engelstalige tijdschriftartikelen en overzichtsartikelen worden opgenomen.
  4. Beperk de publicatiedatum tot 1 november 2024.
  5. Exporteer de geselecteerde referenties als een platte tekstbestand met volledige records en geciteerde referenties.

3. Literatuurvertoning

  1. Gebruik de volgende inclusiecriteria:
    1. Studietype: originele onderzoeksartikelen en overzichtsartikelen
    2. Taal: artikelen gepubliceerd in het Engels
  2. Gebruik de volgende exclusiecriteria:
    1. Verwijder dubbele publicaties.
    2. Sluit studies uit die niet primair gerelateerd zijn aan SIRT's en BMSC's (bijvoorbeeld studies gericht op andere SIRT-doelwitten, andere celtypen of niet-gerelateerde ziekten).
    3. Sluit artikeltypes uit zoals samenvattingen, conferentieverslagen, hoofdartikelen, brieven, errata, boekhoofdstukken en patenten.
    4. Sluit studies uit waarvan de volledige tekst niet toegankelijk is.

4. Data cleaning

  1. Open het geëxporteerde tekstbestand in R met het bibliometrix-pakket.
  2. Converteer het tekstbestand naar een dataframe met de functie convert2df().
  3. Sluit gedupliceerde artikelen uit.
  4. Screen de titels en abstracts om irrelevante literatuur te verwijderen.

5. Data-analyse

  1. Installeer de R-pakketten, bibliometrix, ggplot2, igraph, factoextra en wordcloud vanuit het Comprehensive R Archive Network met behulp van de install.packages() -functie.
  2. Analyseer het aantal jaarlijkse publicaties, auteursproductiviteit, bijdragen van landen, institutionele output en citatiemetrics.
  3. Identificeer de frequentie van zoekwoorden en groeitrends met behulp van het zoekwoord Growth().
  4. Bouw samenwerkingsnetwerken op tussen landen en instellingen met behulp van networkPlot().
  5. Beoordeel de distributie en impact van tijdschriften met behulp van bronanalysefuncties.

6. Visualisatie

  1. Gebruik de thematicMap() en conceptualStructure() functies om thematische evolutie- en conceptuele structuurkaarten te genereren.
  2. Exporteer grafieken in hoge resolutieformaten (Portable Document Format [PDF] of Tagged Image File Format [TIFF]) voor figuurpresentatie.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Resultaten

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Algemene publicatiegegevens

In totaal werden 580 artikelen opgehaald uit de WOS Core Collection met behulp van de gedetailleerde zoekstrategie. Na toepassing van de vooraf gedefinieerde inclusie- en exclusiecriteria om 84 niet-gerelateerde records (bijv. studies die niet primair gericht waren op SIRT's in BMSC's of irrelevante publicatietypes zoals meeting abstracts) of duplicaten te verwijderen, werden 496 geschikte artikelen in de eindanalys...

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Discussie

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Op dit moment zijn er veel studies over de SIRT-familie en BMSC's, maar een uitgebreide synthese van onderzoekstrends ontbreekt. Sirtuin 6 is een uniek lid van de bekende SIRT-familie en heeft diverse functies in verschillende moleculaire routes die verband houden met DNA-reparatie, glycolyse, gluconeogenese, tumorigenese, neurodegeneratie en harthypertrofie18,19. De brede regulerende rollen benadrukken het grote translationele p...

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Openbaarmakingen

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

De auteurs hebben geen belangenconflicten om te melden.

Dankbetuigingen

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Wij danken alle leden van onze onderzoeksgroep voor hun bijdragen en feedback tijdens de voorbereiding van het manuscript.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Materialen

Lijst van materialen gebruikt in dit artikel
NaamBedrijfCatalogusnummerOpmerkingen
computer met het Windows 11 besturingssysteemMicrosoft Corporation, Redmond, WA, USA)
Rversie 4.4.1, R Foundation for Statistical Computing, Wenen, Oostenrijkbibliometrix (versie 4.3.1), ggplot2, igraph, factoextra en wordcloud packages

Referenties

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Henden, C., et al. NK cell cytotoxicity towards pluripotent stem cells and their neural progeny: impacts of activating and inhibitory receptors and KIR/HLA mismatch. Stem Cells. 42 (3), sxae083(2024).
  2. Zhang, Q., et al. Sodium ferulate attenuates ischaemic stroke by mediating the upregulation of thrombospondin-4 expression and combined treatment with bone marrow mesenchymal stem cells. Exp Neurol. 385 (1), 115124(2024).
  3. Kilic, K. C., et al. Therapeutic potential of adult stem cells-derived mitochondria transfer combined with curcumin administration into ARPE-19 cells in age-related macular degeneration model. Tissue Cell. 93 (1), 102687(2024).
  4. Kurani, H. P., Slingerland, J. M. DOT1L mediates stem cell maintenance and represents a therapeutic vulnerability in cancer. Cancer Res. 84 (5), Online ahead of print (2024).
  5. Ghoshal, D., et al. Multi-niche human bone marrow on-a-chip for studying the interactions of adoptive CAR-T cell therapies with multiple myeloma. Biomaterials. 316 (1), 123016(2024).
  6. Lee, Y. J., et al. Medium-sized rotator cuff tears repaired with transosseous-equivalent technique plus bone marrow stimulation yielded similar short-term outcomes regardless of whether complete or incomplete footprint coverage was achieved. Arthroscopy. 41 (7), 2262-2268 (2024).
  7. Hajivalili, M., et al. Traumatic brain injury: comprehensive overview from pathophysiology to mesenchymal stem cell-based therapies. Int Immunopharmacol. 146 (1), 113816(2024).
  8. Bartholomew, A., et al. Mesenchymal stem cells suppress lymphocyte proliferation in vitro and prolong skin graft survival in vivo. Exp Hematol. 30 (1), 42-48 (2002).
  9. Di Nicola, M., et al. Human bone marrow stromal cells suppress T-lymphocyte proliferation induced by cellular or nonspecific mitogenic stimuli. Blood. 99 (10), 3838-3843 (2002).
  10. Liao, Z., et al. Engineering extracellular vesicles restore the impaired cellular uptake and attenuate intervertebral disc degeneration. ACS Nano. 15 (9), 14709-14724 (2021).
  11. Gao, J., et al. The dynamic in vivo distribution of bone marrow-derived mesenchymal stem cells after infusion. Cells Tissues Organs. 169 (1), 12-20 (2001).
  12. Sacconnay, L., Carrupt, P. A., Nurisso, A. Human sirtuins: structures and flexibility. J Struct Biol. 196 (3), 534-542 (2016).
  13. Rajabi, N., et al. Targeting sirtuins: substrate specificity and inhibitor design. Prog Mol Biol Transl Sci. 154 (1), 25-69 (2018).
  14. Qiu, J. The definition of bibliometrics and its research object. Lib Sci Newsl. 71 (1), (1986).
  15. Guo, Y., et al. Dynamic research on the development of low-carbon technology at home and abroad based on bibliometrics and knowledge map visualization methods. Inf Sci. 33 (1), 139-148 (2015).
  16. Liu, X., et al. Based on CiteSpace, the research status and trend visualization analysis of traditional Chinese medicine in the treatment of chloasma in the past 20 years were analyzed. Acta Chin Med. 35 (10), 2480-2486 (2020).
  17. Mo, J., et al. Research progress of traditional Chinese medicine injection in the treatment of chronic kidney disease based on CiteSpace analysis. J Tradit Chin Med Univ Hunan. 40 (12), 1389-1395 (2020).
  18. Frye, R. A. Phylogenetic classification of prokaryotic and eukaryotic Sir2-like proteins. Biochem Biophys Res Commun. 273 (3), 793-798 (2000).
  19. Whitaker, R., et al. Increased expression of Drosophila Sir2 extends life span in a dose-dependent manner. Aging (Albany NY). 5 (9), 682-691 (2013).
  20. Sun, H., et al. SIRT6 regulates osteogenic differentiation of rat bone marrow mesenchymal stem cells partially via suppressing the nuclear factor-kappaB signaling pathway. Stem Cells. 32 (7), 1943-1955 (2014).
  21. Zhang, P., et al. SIRT6 promotes osteogenic differentiation of mesenchymal stem cells through BMP signaling. Sci Rep. 7 (1), 10229(2017).
  22. Ding, Y., et al. Sirtuin 3 is required for osteogenic differentiation through maintenance of PGC-1α-SOD2-mediated regulation of mitochondrial function. Int J Biol Sci. 13 (2), 254-264 (2017).
  23. Gao, J., et al. SIRT3/SOD2 maintains osteoblast differentiation and bone formation by regulating mitochondrial stress. Cell Death Differ. 25 (2), 229-240 (2018).
  24. Wang, H., et al. Sirt1 promotes osteogenic differentiation and increases alveolar bone mass via bmil activation in mice. J Bone Miner Res. 34 (6), 1169-1181 (2019).
  25. Sun, W., et al. Overexpression of Sirt1 in mesenchymal stem cells protects against bone loss in mice by FOXO3a deacetylation and oxidative stress inhibition. Metabolism. 88 (1), 61-71 (2018).
  26. Wang, Y., et al. Upregulation of Sirt1 by kartogenin enhances antioxidant functions and promotes osteogenesis in human mesenchymal stem cells. Oxid Med Cell Longev. 2018 (1), 1368142(2018).
  27. Lv, Y. J., et al. Resveratrol counteracts bone loss via mitofilin-mediated osteogenic improvement of mesenchymal stem cells in senescence-accelerated mice. Theranostics. 8 (9), 2387-2406 (2018).
  28. Chen, G., et al. Bibliometric analysis of oridonin research based on CNKI. Chin J Inf Tradit Chin Med. 26 (3), 104-109 (2019).
  29. Editorial Department of Chinese Journal of Minimally Invasive Neurosurgery. Standardization of keyword indexing. Chin J Minim Invasive Neurosurg. 26 (2), 89(2021).

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Herprints en machtigingen

Toestemming aanvragen om de tekst of afbeeldingen van dit JoVE-artikel te hergebruiken

Toestemming aanvragen

Trefwoorden

Mesenchymale stamcellenR pakketoxidatieve stressSIRT1senescentieco occurrentie van trefwoorden

Gerelateerde artikelen