Methodenartikel

Vergelijkende studie van DDA- en DIA-acquisitiemodi op UPLC-Q-Orbitrap-massaspectrometrie met behulp van Huaihua-poeder

DOI:

10.3791/69227

⸱

3 oktober 2025

 ,  ,  ,  ,  , 
1School of Pharmacy, Chengdu University of Traditional Chinese Medicine, 2Department of Pharmacy, Shizuishan Maternal and Child Health Hospital, 3Department of Assets and Laboratory Management, Chengdu University of Traditional Chinese Medicine

In dit artikel

Samenvatting

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Deze studie vergelijkt DDA- en DIA-modi (UPLC-QE-Orbitrap MS) voor het analyseren van Huaihua Powder, een complexe TCM. Er werden geoptimaliseerde DDA- en DIA-methoden ontwikkeld; verbindingen werden geïdentificeerd via Compound Discoverer. De prestaties (identificatie van de verbinding, reproduceerbaarheid, spectrale kwaliteit, gevoeligheid) werden geëvalueerd, wat empirische richtlijnen opleverde voor de selectie van de TCM-scanmodus.

Samenvatting

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Deze studie evalueert systematisch de vergelijkende prestaties van twee verwervingsmodi voor massaspectrometrie, data-afhankelijke acquisitie (DDA) en data-onafhankelijke acquisitie (DIA), gekoppeld aan ultra-high-performance vloeistofchromatografie-quadrupool-orbitrap massaspectrometrie met hoge resolutie (UPLC-Q-Orbitrap HRMS) voor uitgebreide chemische profilering van complexe traditionele Chinese geneeskunde (TCM) formuleringen. Huaihua Powder, een klassiek geformuleerd recept, werd gebruikt als een modelsysteem voor empirische beoordeling. Geoptimaliseerde DDA- en DIA-acquisitiemethoden werden afzonderlijk vastgesteld: de DDA-methode omvatte een gerichte selectiestrategie voor precursorionen met aangepaste fragmentatieparameters, terwijl de DIA-methode een gesegmenteerde variabele vensterstrategie gebruikte om het doelm/z-bereik te bestrijken, waarbij onbevooroordeelde fragmentatie op alle voorloperionen werd uitgevoerd. Compound-identificatie werd uitgevoerd met behulp van Compound Discoverer-software. De vergelijkende evaluatie was specifiek gericht op de prestatiekenmerken van de twee acquisitiemodi, waaronder het aantal geïdentificeerde verbindingen, reproduceerbaarheid, MS/MS-spectrale kwaliteit en detectiegevoeligheid voor actieve bestanddelen met een lage abundantie. De resultaten toonden aan dat de DDA-modus een hoger totaal aantal gedetecteerde verbindingen opleverde, terwijl de DIA-modus een groter deel van de zeer betrouwbare identificaties genereerde (10,63% met spectrale matchscores >0,8). Met name de DIA-benadering vertoonde een significant superieure reproduceerbaarheid in retentietijd en piekgebied voor zes representatieve verbindingen, waarbij rutine >3-voudig verschil in retentietijd RSD vertoonde tussen de twee acquisitiemodi. DDA produceerde echter schonere MS/MS-spectra met duidelijke fragmentionen, terwijl DIA-spectra interferentie van verontreinigende ionen vertoonden. Tegelijkertijd detecteerde DIA effectief actieve bestanddelen met een lage abundantie waarvan de ionchromatogrammen en MS/MS-fragmenten niet konden worden geëxtraheerd in DDA-modus. Deze studie draagt kritisch experimenteel bewijs en analytische datasets bij om de selectie van massaspectrometrie-acquisitiemodi met hoge resolutie voor complex TCM-formuleringsonderzoek te informeren. Latere onderzoekers kunnen de complementaire voordelen van beide benaderingen integreren om dubbele doelstellingen te bereiken in uitgebreide karakterisering van verbindingen.

Inleiding

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Formules uit de traditionele Chinese geneeskunde (TCM) bevatten complexe chemische systemen met aanzienlijke variaties in componentconcentraties, met name de aanwezigheid van talrijke actieve ingrediënten met een lage overvloed, die ernstige uitdagingen vormen voor analytische technologieën. Huaihua Powder, een klassieke en gerenommeerde formule uit de traditionele Chinese geneeskunde, is samengesteld uit vier geneeskrachtige kruiden: Sophora japonica, Platycladus orientalis bladeren, Schizonepeta tenuifolia spikes en Citrus aurantium schil. Deze formule bevat een breed scala aan bioactieve stoffen, waaronder flavonoïden, alkaloïden en vluchtige oliën, met aanzienlijke variaties in hun concentraties. Het dient als een representatief model van complexe systemen1 voor het bestuderen van de materiële basis van TCM-formules. Nauwkeurige, uitgebreide en betrouwbare karakterisering van de chemische samenstelling is een cruciale voorwaarde voor het ophelderen van de farmacodynamische materiaalbasis en het verbeteren van de kwaliteitscontrolenormen.

Ultra-High Performance Vloeistofchromatografie-Quadrupool-Elektrostatisch Veld Orbitrap High-Resolution Mass Spectrometry (UPLC-QE-Orbitrap MS) is naar voren gekomen als een kernplatform voor het analyseren van chemische componenten in complexe TCM-systemen, vanwege de uitzonderlijke resolutie, gevoeligheid en massanauwkeurigheid. In termen van data-acquisitiestrategieën zijn Data-Dependent Acquisition (DDA) en Data-Independent Acquisition (DIA) twee gangbare modi 2,3,4 (Figuur 1). De DDA-modus activeert selectief de fragmentatie van ionen met een hoge abundantie op basis van vooraf ingestelde regels (bijv. drempels voor de intensiteit van precursorionen, dynamische uitsluiting), wat gerichte MS/MS-spectra van hoge kwaliteit oplevert die structurele opheldering vergemakkelijken. Het heeft echter beperkingen 5,6,7,8 bij het bedekken van ionen met een lage abundantie. Daarentegen voert de DIA-modus een niet-discriminerende fragmentatie uit van alle voorloperionen binnen een gespecificeerd massa-tot-ladingsverhoudingsbereik met behulp van continue of variabele vensters. Theoretisch vangt het alle detecteerbare ionen op, waardoor de breedte en reproduceerbaarheid van de detectie aanzienlijk worden verbeterd, met name geschikt voor ongerichte wereldwijde analyse, hoewel de resulterende gemengde MS/MS-spectra complexer zijn om te interpreteren 5,9.

Hoewel DDA- en DIA-technieken momenteel afzonderlijk zijn toegepast in TCM-analyse, blijven systematische, empirische vergelijkende studies over kernprestatie-indicatoren, zoals identificatiebreedte (vooral voor componenten met een lage abundantie), MS/MS-spectrumkwaliteit en detectiegevoeligheid, binnen hetzelfde complexe TCM-formulesysteem (bijv. Huaihua-poeder) onvoldoende. Het verduidelijken van de toepasselijke scenario's, voordelen en beperkingen van deze twee modi in complexe TCM-matrices is cruciaal voor onderzoekers om de strategieselectie te optimaliseren op basis van specifieke experimentele doelstellingen10.

De belangrijkste parameters en beperkingen worden hier samengevat om lezers te begeleiden bij de toepasbaarheid van dit protocol. De methode is zeer effectief voor het profileren van complexe kruidenmatrices, met geoptimaliseerde parameters voor een systeem dat flavonoïden en alkaloïden bevat. Het kritische DIA-variabelevenster werd na empirische tests ingesteld op 30 m/z; Deze parameter moet worden afgestemd op monsters met verschillende fysisch-chemische eigenschappen. De methode detecteert op betrouwbare wijze ionen met een lage abundantie (piekgebied ~10,5), maar vereist acquisitie in afzonderlijke positieve en negatieve ionisatiemodi om de gegevenskwaliteit te garanderen. Een primaire beperking is de afhankelijkheid van DIA van spectrale bibliotheken en geavanceerde deconvolutiesoftware voor betrouwbare identificaties, wat van invloed is op de vereisten voor rekenkracht.

Daarom heeft deze studie tot doel een diepgaande en systematische vergelijking uit te voeren van de uitgebreide prestaties van DDA- en DIA-scanmodi op het UPLC-QE-Orbitrap MS-platform, met behulp van de klassieke formule Huaihua Powder als casestudy. Er zullen geoptimaliseerde DDA- en DIA-scanmethoden worden ontwikkeld die zijn afgestemd op Huaihua-poederanalyse. Gegevensverwerking zal worden uitgevoerd met behulp van Compound Discoverer-software om de twee modi in de volgende dimensies te evalueren en te vergelijken: (1) totaal aantal geïdentificeerde verbindingen; (2) kwaliteit van verworven MS/MS-spectra; (3) reproduceerbaarheid van piekgebieden en retentietijden van representatieve verbindingen; en 4) detectiegevoeligheid voor actieve componenten met een lage abundantie. Dit onderzoek zal naar verwachting solide experimenteel bewijs en gegevensondersteuning opleveren voor het selecteren van scanmodi voor massaspectrometrie met hoge resolutie in studies van complexe TCM-systemen, waarbij het potentieel voor complementaire voordelen van DDA en DIA wordt onderzocht om een "evenwicht tussen breedte en diepte" te bereiken en TCM-modernisering te bevorderen.

Tijdens het experiment, met betrekking tot de parameterinstelling van het gesegmenteerde variabelevenster in de DIA-acquisitiemodus, stellen we voor om deze in te stellen op 30 m/z. Tegelijkertijd is het opvangeffect van positieve en negatieve ionen afzonderlijk beter.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

De reagentia en de apparatuur die in dit onderzoek zijn gebruikt, staan vermeld in de materiaaltabel.

1. Bereiding van de Huaihua Powder-testoplossing

  1. In overeenstemming met de verwerkingsnormen van "Geroerbakte Sophora Flower" in de 2020-editie van de Chinese Farmacopee (Deel I), neem een geschikte hoeveelheid van het originele Sophora-bloemmateriaal, verwijder onzuiverheden en takken, zeef as en vuil eruit, plaats in een hete pan en roerbak op laag vuur (100 °C) tot ze donkergeel zijn. Verwijder en laat afkoelen.
  2. Bereid de verwerkte producten van Platycladus orientalis-bladeren volgens de "0213 General Rules for Preparation" in de 2020-editie van de Chinese Farmacopee (Deel IV). Neem een geschikte hoeveelheid van de originele Platycladus orientalis-bladeren , verwijder onzuiverheden, doe ze in een hete pan en roerbak op laag vuur (100 ºC) tot ze geel zijn. Verwijder en laat afkoelen.
  3. Bereid de verwerkte producten van Zhike volgens de methode voor "zemelen gewokte Fructus Aurantii" in de 2020 editie van de Chinese Farmacopee (Deel I). Neem een geschikte hoeveelheid ruw Zhike-materiaal, verwijder onzuiverheden, verwarm tot 100 °C en strooi een geschikte hoeveelheid tarwezemelen in een verhouding van 1:10 (materialen tot hulpstoffen).
    1. Zodra de rook opstijgt, voeg je rauwe Zhike-plakjes toe en roerbak je snel. Wanneer het oppervlak geel of donkergeel wordt, verwijder dan, zeef de zemelen eruit, laat afkoelen en zet apart.
  4. Bereid Huaihua-poeder volgens het voorschrift voor de gewichtsverhouding van 1:1:1 van Chinese Medical Formulology (New Century 3rd Edition). Weeg nauwkeurig 1 g van elk kruidenpoeder af (gezeefd door een zeef nr. 5).
    1. Combineer de poeders in een vijzel en meng volgens de "trituratie- en mengmethode" voor traditionele Chinese medicijnpoeders: maal voorzichtig en consequent in één richting gedurende 10 minuten.
    2. Beschouw het poeder als gelijkmatig gemengd als er geen zichtbare strepen, agglomeraten of kleurvariaties worden waargenomen, wat resulteert in een homogeen uiterlijk over het hele mengsel. Bereid het uiteindelijke Huaihua-poedermonster voor met behulp van deze methode.
  5. Beoordeel de uniformiteit van de menging met behulp van een gestandaardiseerd visueel inspectieprotocol. Onderzoek het poedermengsel onder constante lichtomstandigheden tegen een witte achtergrond.
    OPMERKING: Beschouw het mengsel alleen als homogeen als het aan alle volgende criteria voldoet: uniforme kleur zonder zichtbare strepen of vlekken van afzonderlijke componenten; consistente textuur zonder grove of fijne divergentie; geen duidelijke variatie in kleurschakering wanneer deze vanuit meerdere punten wordt bemonsterd; en geen geaggregeerde korrelige klonten die bij nadere inspectie detecteerbaar zijn. Voer deze beoordeling uit door twee onafhankelijke analisten om consistentie te garanderen.
  6. Weeg nauwkeurig 0,1 g van het goed gemengde Huaihua Powder-monster af. Breng het monster over in een maatkolf van 10 ml. Voeg 8 ml methanol toe.
  7. Voer ultrasone extractie uit gedurende 60 minuten met een vermogen van 500 W en een frequentie van 40 kHz. Koel af tot kamertemperatuur. Vul het volume aan tot aan de maatstreep met methanol.
    1. Goed schudden om een eindconcentratie van 10 mg/ml Huaihua Poederextract te verkrijgen. Filtreer door een microporeus membraan van 0,22 μm (PVDF). Breng het filtraat over in een monsterinjectieflacon om te testen.
      OPMERKING: Tijdens het experiment werden de organische afvalvloeistof en andere gerelateerde toxische en schadelijke reagentia geclassificeerd en geëtiketteerd. En elke 2 weken vervoert het personeel van het Asset and Experimental Management Office van de Chengdu University of Traditional Chinese Medicine het naar een gekwalificeerde instelling voor uniforme recycling en verwerking.

2. Detectievoorwaarden voor UPLC-Q-Orbitrap HRMS

  1. Parameterinstellingen chromatografisch systeem
    1. Gebruik een C18-kolom (3,0 mm × 100 mm, 2,6 μm). Houd de kolomtemperatuur op 30 °C. Gebruik mobiele fase A (0,1 % mierenzuur in water) en mobiele fase B (acetonitril).
    2. Programmeer de gradiënt als volgt: 0-10 min, 5%-20% B; 10-25 min, 20%-50% B; 25-40 min, 50%-95% B; 40-45 min, 95% B. Stel het debiet in op 0,3 ml/min. Injecteer 5 μL van het monster.
  2. Voer massaspectrometrieonderzoek uit met de volgende parameterinstellingen.
    OPMERKING: Ionenbron: Verwarmde elektrospray-ionisatie (H-ESI); Scanmodus: In de DDA-acquisitiemodus verkrijgt u tegelijkertijd zowel positieve als negatieve ionen; verkrijg in de DIA-acquisitiemodus afzonderlijke positieve en negatieve ionen; Parameters ionenbron: Spuitspanning +3,5 kV (positieve ionen)/-2,8 kV (negatieve ionen); luchtstroomsnelheid mantel 40 arb; hulpluchtstroomsnelheid 10 ARB; blaasgassnelheid 1 arb; Temperatuur ionentransmissiebuis: 320 °C; Verdampingstemperatuur: 350 °C; S-Lens RF-niveau: 55%.
    1. Opbouw en optimalisatie van de Data-Dependent Acquisition (DDA) methode
      1. Kies de volgende instellingen voor volledige MS-scan (volledige MS):
        OPMERKING: Resolutie: 35.000; Scanbereik: 100-1000 m/z; Automatische versterkingsregeling (AGC) Doel: 3e6; Maximale injectietijd (Max IT): 100 ms.
      2. Kies de volgende instellingen voor Gegevensafhankelijke MS/MS-scan (dd-MS2):
        1. Houd voor moleculaire ionenselectie de intensiteitsdrempel van 5e4 aan. Sluit ongeladen ionen en isotopenpieken uit (schakel isotopenuitsluiting in). Pas dynamische uitsluiting toe met een uitsluitingstijd van 15 s en een massatolerantie van ±10 ppm om herhaalde selectie van ionen met hoge intensiteit te voorkomen.
        2. Houd voor fragmentatie-instellingen het volgende aan: Isolatievenster: 1,0 m/z; Fragmentatiemethode: Dissociatie van hoogenergetische botsingen (HCD); Genormaliseerde botsingsenergie (NCE): 20, 40, 60 V; Secundaire resolutie: 17.500; AGC-doel: 1e5; Maximaal IT: 50 ms; TopN-strategie: Selecteer de top 3 moleculaire ionen met de hoogste intensiteit voor fragmentatie in elke scancyclus.
    2. Opbouw en optimalisatie van DIA Methode
      1. Voor Full MS Scan gebruikt u dezelfde parameters als in de DDA-methode.
      2. Voor data-onafhankelijke MS/MS-scan (DIA-MS/MS) stelt u een gesegmenteerde strategie voor variabele isolatievensters op.
      3. Definieer het doelbereik als 100-1000 m/z. Verdeel vensters op basis van de verdeling van de ionenabundantie over het gehele m/z-bereik met behulp van hoogwaardige DDA-spectra onder geoptimaliseerde chromatografische omstandigheden. Stel variabele vensters in om de totale ionenovervloed over segmenten te verdelen, waarbij verzadiging of ontoereikendheid wordt voorkomen.
      4. Optimaliseer tot 30 vensters om dekking en cyclustijd in evenwicht te brengen.
        OPMERKING: Fragmentatie-instellingen - Fragmentatiemethode: HCD; NCE: 20, 40, 60 V; Resolutie: 17.500; AGC-doel: 1e6; Max IT: Auto; Gesegmenteerd variabel venster: 30 m/z.; Aantal lussen: 30.
      5. Stel de inclusielijst op op basis van het centrale molecuulgewicht van elk segment van het isolatievenster, bijv. m/z 115, 145, 175, 205 ... 925, 955, 985.
    3. Proces voor gegevensverzameling
      1. Systeemevenwicht: Breng de chromatografische kolom gedurende ten minste 5 minuten in evenwicht met de mobiele fase.
      2. Pre-experiment monster lopen: Bereid de Huaihua Powder-testoplossing voor volgens de bereidingsprocedure. Injecteer 5 opeenvolgende monsters. Evalueer de stabiliteit van het systeem (retentietijd RSD < 2%, totale ionenstroomintensiteit RSD < 5%).
      3. Blanco lopen: Injecteer de lege methanoloplossing voor het aftrekken op de achtergrond.
      4. Huaihua Poedermonster lopend: Analyseer elk monster door injectie in willekeurige volgorde. Voer alle samples afzonderlijk uit voor elke scanmodus (DDA, DIA).
    4. Gegevensverwerking
      1. Identificatie van verbindingen
        1. Importeer de onbewerkte gegevens die zijn verkregen door massaspectrometrie in de Compound Discoverer-software. Stel een identificatieworkflow in voor onbekende componenten. Voer piekverwerking en piekuitlijning uit. Match gemeten MS/MS-spectra met de mzCloud online MS/MS-database en de mzVault lokale MS/MS-database.
        2. Pas de volgende filterparameters toe: piekgebieddrempel 105, massadeviatie ± 5 ppm voor zowel primaire als secundaire ionen, en overeenkomende score ≥80. Vergelijk gefilterde ionen met samengestelde informatie uit databases, referentiestandaarden en relevante literatuur om chemische componenten te identificeren.
        3. Specifieke bewerking in de Compound Discoverer-software: Maak een nieuw analyseproces en selecteer de workflow Natural Product/Natural Product Unknown ID w Stats Online en Local Database Searchers .
        4. Zorg ervoor dat het knooppunt Detect Compounds is opgenomen voor piekidentificatie en -extractie. Voeg de databases Search mzCloud en Search mzVault toe aan de workflow.
        5. Voeg het bestand met onbewerkte gegevens toe en stel filterparameters in (drempelwaarde voor piekgebied 105, massaafwijking ± 5 ppm voor zowel primaire als secundaire ionen). Klik op uitvoeren om de analyse uit te voeren.
      2. Vergelijkende analyse van gerelateerde indicatoren
        1. Identificatiehoeveelheid: Vergelijk het totale aantal verbindingen dat is geïdentificeerd in positieve en negatieve ionenmodi voor zowel DDA- als DIA-modi. Bouw ionenverdelingskaarten voor elke modus.
        2. Reproduceerbaarheidsonderzoek: Vergelijk de retentietijd (RT) en de verschillen in piekgebied (AA) van representatieve verbindingen met een hoge abundantie (rutine, quercitrine), een gemiddelde abundantie (neohesperidine, naringine) en een lage abundantie (psoralenol, trimethylcolchicinezuur) tussen DDA- en DIA-modi (n = 5).
        3. Kwaliteit van het MS/MS-spectrum: Evalueer de kwaliteit van MS/MS-fragmentionenspectra van pulegone, een belangrijke verbinding in Q-Marker, onder DDA- en DIA-modi.
        4. Detectie van componenten met een lage abundantie: Vergelijk de detectie van MS/MS-fragmenten van representatieve verbindingen met een lage abundantie (carvon, adenosine) in DDA- en DIA-modi5.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Resultaten

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Algemene identificatie van verbindingen

De totale ionenstroomchromatogrammen van Huaihua Powder onder de twee acquisitiemodi worden weergegeven in figuur 2, met minimale algemene verschillen. In de DDA-acquisitiemodus werden in totaal 14.958 verbindingen geïdentificeerd in zowel positieve als negatieve ionenmodi, terwijl 9.489 verbindingen werden ge...

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Discussie

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

In deze studie is het vooral vermeldenswaard dat we ontdekten dat in de DIA-acquisitiemodus de waarde-instelling van het gesegmenteerde variabelevenster niet te groot mag zijn. We hebben geprobeerd het in te stellen op 300 mz en 100 mz, maar het uiteindelijke spectrale effect was slecht. Na herhaalde verkenningen en pogingen hebben we uiteindelijk het acquisitievenster van 30mz als het meest geschikt gekozen. Daarom heeft de instelling van het acquisitievenster een cruciale invloed op he...

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Openbaarmakingen

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

De auteurs verklaren geen belangenconflict.

Dankbetuigingen

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

De huidige studie werd financieel ondersteund door het Jeugdfonds van de Sichuan Provincial Natural Science Foundation (nr. 2025ZNSFSC1823); het Sichuan Province Science and Technology Innovation Seedling Project (MZGC20230055); en het Chengdu University of Traditional Chinese Medicine "Xinglin Scholars" Discipline Talent Research Promotion Program for Nursery Talent Special Project (MPRC2022017).

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Materialen

Lijst van materialen gebruikt in dit artikel
NaamBedrijfCatalogusnummerOpmerkingen
AcetonitrileThermo Fisher/Chromatografische zuiverheid
Compound Discoverer 3.3 softwareThermo Fisher/Massaspectrometrie gegevensverwerking en verbindingsidentificatie
fructus aurantiiSichuan Neijiang220709De kruiden in het recept van Huaihua Poeder
Platycladus orientalis bladerenShandong Linyi240619De kruiden in het recept van Huaihua Poeder
Schizonepeta-aarJiangsu Taizhou240601De kruiden in het recept van Huaihua Poeder
Sophora-bloemSichuan Guangan241017De kruiden in het recept van Huaihua Poeder
Ultrasoon reinigingsapparaatJietuo Ultrasonic Cleaning Equipment Co., LTD240HTComponentextractie van Huaihua Poeder
UPLC-Q-Orbitrap HRMSThermo Fisher/Massaspectrometer met hoge resolutie
WaterWatsons Company/Ultrapuur water

Referenties

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Wang, D., et al. Establishment of fingerprint and chemical composition study of the classic formula Huaihua San based on two mass spectrometry techniques. Chin Herb Med. 56 (10), 3499-3512 (2025).
  2. Stincone, P., et al. Evaluation of data-dependent MS/MS acquisition parameters for non-targeted metabolomics and molecular networking of environmental samples: Focus on the Q Exactive platform. Anal Chem. 95 (34), 12673-12682 (2023).
  3. Guo, J., Huan, T. Comparison of fullscan, datadependent, and dataindependent acquisition modes in liquid chromatographymass spectrometry based untargeted metabolomics. Anal Chem. 92 (12), 8072-8080 (2020).
  4. FernándezCosta, C., et al. Impact of the identification strategy on the reproducibility of the DDA and DIA results. J Proteome Res. 19 (8), 3153-3161 (2020).
  5. Wang, H. D., et al. A novel hybrid scan approach enabling the ionmobility separation and the alternate datadependent and dataindependent acquisitions (HDDIDDA): Its combination with offline two-dimensional liquid chromatography for comprehensively characterizing the multicomponents from Compound Danshen Dripping Pill. Anal Chim Acta. 1193, 339320(2022).
  6. El Boudlali, H., et al. High-resolution accuratemass spectrometry-baseduntargeted metabolomics: Reproducibility and detection power across data-dependent acquisition, dataindependent acquisition, and AcquireX. Comput Struct Biotechnol J. 27, 2412-2423 (2025).
  7. Guo, J., Shen, S., Xing, S., Huan, T. DaDIA: Hybridizing data-dependent and data-independent acquisition modes for generating high-quality metabolomic data. Anal Chem. 93 (4), 2669-2677 (2021).
  8. Wu, Y., Wang, Y. A comparative study of dataindependent acquisition and datadependent acquisition in liquid chromatographymass spectrometrybased untargeted metabolomics analysis of Panax genus sample. Anal Bioanal Chem. 417 (14), 3215-3228 (2025).
  9. Barkovits, K., et al. Reproducibility, specificity, and accuracy of relative quantification using spectral library-based data-independent acquisition. Mol Cell Proteomics. 19 (1), 181-197 (2020).
  10. Barbier Saint Hilaire, P., et al. Comparative evaluation of data-dependent and data-independent acquisition workflows implemented on an Orbitrap Fusion for untargeted metabolomics. Metabolites. 10 (4), 158(2020).
  11. Zheng, R. L., et al. Screening and extraction process optimization for potential α-glucosidase inhibitors from quinoa seeds. Food Med Homol. 1, 9420004(2024).
  12. Cao, Z. X., et al. Analysis and comparison of staminate flowers components in five Chinese walnut varieties. Food Med Homol. 1, 9420005(2024).
  13. Zhou, J. W., et al. Anti-virulence potential of carvone against Serratia marcescens. Food Med Homol. 1, 9420001(2024).
  14. Tabb, D. L., et al. Interrogating dataindependent acquisition LCMS/MS for affinity proteomics. J Proteins Proteom. 15 (3), 281-298 (2024).
  15. Wartmann, Y., Boxler, M. I., Kraemer, T., Steuer, A. E. Impact of three different peak picking software tools on the quality of untargeted metabolomics data. J Pharm Biomed Anal. 248, 116302(2024).
  16. Bilbao, A., et al. Processing strategies and software solutions for data-independent acquisition in mass spectrometry. Proteomics. 15 (56), 964-980 (2015).
  17. Guan, S., Taylor, P. P., Han, Z., Moran, M. F., Ma, B. Data-dependentindependent acquisition (DDIA) proteomics. J Proteome Res. 19 (8), 3230-3237 (2020).

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Herprints en machtigingen

Toestemming aanvragen om de tekst of afbeeldingen van dit JoVE-artikel te hergebruiken

Toestemming aanvragen

Trefwoorden

DDA acquisitieTraditionele Chinese GeneeskundeIdentificatie van verbindingenMS MS spectrale kwaliteitDetectiegevoeligheidChemische profilering

Gerelateerde artikelen