Method Article

EasyFiji: Een grafische interface voor gebruiksvriendelijke fluorescentiebeeldverwerking in Fiji

DOI:

10.3791/69441

⸱

February 20th, 2026

 , 
1Center for Bioimage Informatics, St. Jude Children's Research Hospital, 2Cell and Tissue Imaging Center, St. Jude Children's Research Hospital

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

EasyFiji is een grafische gebruikersinterface-plugin voor Fiji (ImageJ) die een zorgvuldig samengestelde suite van fluorescentiebeeldvisualisatie- en verwerkingstools biedt die vaak door life scientists worden gebruikt.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Fiji (Fiji Is Just ImageJ) is een uitgebreid en uitbreidbaar open-source beeldverwerkingspakket dat veel wordt gebruikt door de bioimage-analysegemeenschap. Voor niet-computationele life scientists vereist het handmatig omgaan met de vele mogelijkheden van Fiji echter het leren en navigeren door een diep gelaagd menusysteem. Bovendien zijn sommige commando's standaard gedrag niet ideaal voor fluorescentiebeeldweergave en -verwerking. Om de efficiëntie te verhogen voor levenswetenschappers die werken met fluorescentiemicroscopiebeelden, hebben we EasyFiji ontwikkeld, een samengestelde grafische gebruikersinterface (GUI) plugin voor Fiji. Elk EasyFiji-commando wordt uitgevoerd via tooltip-enhanced knoppen en schuifregelaars en vertoont altijd kanaalspecifieke uitvoering, zoals vereist voor fluorescentiebeelden. Commando's die pixelintensiteiten veranderen zijn ook one-click onuitvoerbaar om interactievere verwerking mogelijk te maken en kunnen automatisch worden opgenomen en opgeslagen als tekst voor registratie. Een afbeeldingsinformatiepaneel toont instellingen die cruciaal zijn voor beeldinterpretatie. Er zijn ook nieuwe functies voor beeldrendering en bleekcorrectie beschikbaar. De plugin is vrij beschikbaar op GitHub en als Fiji Update Site. Dit protocol beschrijft de stappen om de interface van EasyFiji te gebruiken voor visualisatie en verwerking van fluorescentiemicroscopiebeelden.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Fiji (Fiji is Just ImageJ) is een uitgebreid en uitbreidbaar open-source beeldverwerkingspakket dat veel wordt gebruikt door de bioimage-analysegemeenschap 1,2. Fiji's grote codebase van algemene algoritmen, samen met de macrotaal en plugin-interface, kan gemakkelijk worden ingezet door computationele analisten om een oplossing te bieden voor vrijwel elk probleem van beeldverwerking of analyse. Voor life science-gebruikers met weinig rekenervaring kunnen FIJI's >1.100 commando's, verspreid over een diep gelaagd dropdownmenu, ontzettend complex zijn om effectief te navigeren en....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Dit protocol beschrijft hoe je EasyFiji installeert en gebruikt.

1. Om EasyFiji te installeren...

  1. Download de nieuwste versie van Fiji (>1.54g) die geschikt is voor het besturingssysteem en installeer deze in een map waartoe de gebruiker lees-/schrijftoegang heeft (zie de Materiaaltabel voor een link naar de Fiji downloadsite).
  2. Start Fiji en navigeer naar Help | Update... In de menubalk.
  3. Klik in het Updater-venster op Websites beheren. Selecteer EasyFiji uit de lijst en klik ....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Pseudo-gekleurde weergaven van multikanaals fluorescentiebeelden kunnen worden gebruikt om de ruimtelijke of intensiteitsrelaties tussen signalen te illustreren; echter, het oorspronkelijke Fiji biedt alleen een RGB-composietrenderingstechniek die van nature kleur- en helderheidsniveau op perceptueel niveau verstoort. Om dit probleem te illustreren, gebruikt Figuur 2 een tweekanaalsafbeelding van N-Myc en RNA Polymerase II (RNAPolII). In

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Fiji is een open-source beeldverwerkings- en analysesoftware die zeer populair is onder beeldanalisten. De complexe menu-interface en soms onlogische gedragingen met betrekking tot het weergeven en verwerken van fluorescentiebeelden vormen echter uitdagingen voor niet-computationele levenswetenschappers. EasyFiji biedt life scientists een zorgvuldig georganiseerde set thematisch georganiseerde en tooltip-versterkte knoppen en schuifregelaars die consequent kanaalspecifiek gedrag vertonen.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

De auteurs verklaren dat zij geen concurrerende financiële belangen of andere belangenconflicten hebben.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Wij danken de leden van St. Jude's Cell and Tissue Imaging Center en het Center for BioImage Informatics voor hun opmerkingen over het manuscript. Biologische beelden werden vriendelijk geleverd door: Figuur 2: Melissa Marzahn en Tanja Mittag; Figuur 3: Peng Wei en James Morgan; Figuur 4A: Aaron Pitre; Figuur 4B: Aaron Pitre en Woo Jung Cho; Figuur 5A: Helen Chen en Heather Mefford; Figuur 5B: Sauradeep Sinha en Giedre Krenciute.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
EasyFiji GitHub SiteOpen Sourcehttps://github.com/stjude/EasyFiji
EasyFiji Image.sc forumOpen Sourcehttps://forum.image.sc/t/announcing-easyfiji-a-user-friendly-gui-plugin-for-fiji/117617
EasyFiji ImageJ.net siteOpen Sourcehttps://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin#quick-start
FIJI SoftwareOpen Sourcehttps://imagej.net/software/fiji/downloads
VLC Media PlayerOpen Sourcehttps://www.videolan.org/vlc/

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Schindelin, J., et al. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).
  2. Rueden, C. T., et al. ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data. BMC Bioinformatics. 18 (1), 5....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Fluorescence Image ProcessingFiji PluginGraphical User InterfaceBioimage AnalysisChannel AdjustmentBleach CorrectionMaximum Intensity ProjectionColocalization AnalysisImage MetadataGaussian Blur

Related Articles