Dit studieprotocol is ontworpen om systematisch de potentiële chondroprotectieve effecten van Fructus Xanthii-extract bij artrose te onderzoeken via geïntegreerde multi-omics-analyses en in vivo-experimenten .
Onderzoeksartikel
* These authors contributed equally
Dit studieprotocol is ontworpen om systematisch de potentiële chondroprotectieve effecten van Fructus Xanthii-extract bij artrose te onderzoeken via geïntegreerde multi-omics-analyses en in vivo-experimenten .
Artrose (OA) is een progressieve degeneratieve gewrichtsaandoening waarbij huidige farmacologische en chirurgische ingrepen vooral symptomen verlichten in plaats van de onderliggende pathologische veranderingen omkeren, wat de dringende behoefte aan nieuwe therapeutische middelen benadrukt. Dit protocol was bedoeld om de potentiële chondroprotectieve effecten van Fructus Xanthii-extract tegen OA te onderzoeken. Ten eerste werd niet-gerichte metabolomics-profilering uitgevoerd met ultra-high-performance vloeistofchromatografie in combinatie met hoogresolutie tandemmassaspectrometrie (UHPLC-HRMS/MS) om de chemische bestanddelen van het extract te karakteriseren. Een geïntegreerde strategie die netwerkfarmacologie en transcriptomic mining combineert, werd vervolgens toegepast om bioactieve componenten en veronderstelde doelen van het extract te identificeren, gevolgd door kruisanalyse met OA-gerelateerde ontregelde genen om kerngenen te verkrijgen. Gene Ontology (GO) en Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) verrijkingsanalyses werden uitgevoerd om de belangrijkste biologische processen en signaalroutes die door het extract worden gemoduleerd, te annoteren. Voor in vivo validatie werden zebraviskraakbeenbeschadigingsmodellen en muis-OA-modellen gebruikt om de chondroprotectieve effecten van het extract te evalueren. RNA-sequencing (RNA-seq) werd verder toegepast om transcriptomische veranderingen in chondrocyten na behandeling te analyseren, met de nadruk op OA-geassocieerde routes en genexpressieprofielen; Vervolgens werd een enzym-gekoppelde immunosorbentassay (ELISA) uitgevoerd om de expressieniveaus van belangrijke eiwitten/receptoren die door RNA-seq werden gescreend te verifiëren, om zo de regulerende effecten van Fructus Xanthii-extract op kern-OA-doelwitten verder te bevestigen. Dit geïntegreerde multi-omics en experimentele protocol biedt een systematische benadering om het potentieel van Fructus Xanthii-extract als veelbelovende botanische kandidaat voor OA-interventie te verkennen.
Artrose (OA) is een degeneratieve gewrichtsaandoening die wordt gekenmerkt door de progressieve afbraak van gewrichtskraakbeen, subchondrale botsclerose, synoviale ontsteking en osteofytenvorming1. Volgens de Global Burden of Disease (GBD) studie is de prevalentie van OA gestaag toegenomen in 204 landen en gebieden van 1990 tot 2020, waarbij deze trend naar verwachting zal versnellen naast de wereldwijde demografische verouderingvan 3. Huidige schattingen geven aan dat wereldwijd meer dan 250 miljoen mensen getroffen zijn, wat een aanzienlijke druk legt op het welzijn, de gezondheidszorgsystemen en de sociaaleconomische structuren4. De huidige behandelingen zijn voornamelijk gericht op verlichting van symptomen, waarbij niet-steroïde ontstekingsremmers (NSAID's) en intraarticulaire viscosupplementatie met hyaluronzuur (HA) de meest voorkomende interventies zijn. Deze benaderingen bieden echter beperkte klinische voordelen en zijn geassocieerd met aanzienlijke bijwerkingen 5,6. Dit benadrukt de cruciale noodzaak van effectieve ziekte-modificerende artrosegeneesmiddelen (DMOAD's).
Traditionele Chinese Geneeskunde (TCM) wordt al lange tijd gebruikt bij de behandeling van OA, gebaseerd op het concept van "bone bi", een subtype van het "bi-syndroom". In dit kader wordt de pathogenese van OA voornamelijk toegeschreven aan een tekort aan lever- en nieressence, een tekort aan qi en bloed, en de daaropvolgende invasie door wind, kou en vocht8. Daarom richten therapeutische strategieën zich op het verhelpen van windvocht, het verspreiden van kou en het ontstoppen van de neven. TCM-behandelingen staan bekend om hun multi-doeleffecten effecten, gunstige bijwerkingprofielen en klinisch significante effectiviteit10. Opmerkelijke formuleringen zoals Buqi Tongluo Capsule (BQTL) en Fuzi Decoction (FZD) hebben duidelijke anti-OA-effecten laten zien in de klinische praktijk, terwijl Du Huo Ji Sheng Tang (DHJST) OA-symptomen verlicht door het NLRP3-inflammasoompad te onderdrukken, ondersteund door eeuwenlang empirisch gebruik. Evenzo vermindert Shenjinhuoxue Mixture (SHM) pijn en kraakbeendegeneratie door afregulering van pro-inflammatoire mediatoren zoals IL-1β en TNF-α 11,12,13. Op monomeerniveau zijn verbindingen zoals icariïne (Cyanoside A, CyA) en erianine, afkomstig van medicinale planten, gerapporteerd als bevorderaar van chondrocytproliferatie, remmen ze de afgifte van inflammatoire cytokinen en behouden ze de gewrichtshomeostase14,15. TCM biedt samen een allesomvattende therapeutische aanpak met ontstekingsremmende, chondroprotectieve en symptoomverlichtende eigenschappen. De complexiteit van de mechanismen en kwesties rond standaardisatie vereisen echter doorlopend, rigoureus onderzoek.
De gedroogde rijpe vruchten van Fructus Xanthii (Compositae), algemeen bekend als "Cang-Er-Zi", vertonen een breed scala aan farmacologische activiteiten, waaronder antimicrobiële, ontstekingsremmende, antioxidante, pijnstillende, antineoplastische en immunomodulerende effecten16. Fenolzuren geïsoleerd uit Fructus Xanthii verminderen effectief synoviale hyperplasie bij reumatoïde artritis (RA)17. Onder deze is chlorogenzuur (CGA), een representatief afgeleid caffeoylquininezuur, gevonden dat het de proliferatie en differentiatie van osteoblasten stimuleert terwijl het de door RANKL gemedieerde osteoclastogenese remt, waardoor skelethomeostase18 behouden blijft. Andere fenolzuur die in hetzelfde extract zijn geïdentificeerd, zoals neochlorogeen zuur (5-CQA), cryptochlorogeen zuur (CCA) en protocatechuïnezuur, vertonen ook antimicrobiële, ontstekingsremmende, antitumor- en antioxidante eigenschappen 19,20,21. Naast fenolzuur dragen verschillende secundaire metabolieten in Cang-Er-Zi bij aan deze bioactiviteiten: 16,20,22,23,24,25. De precieze rol en onderliggende mechanismen van Fructus Xanthii-extract in OA zijn echter grotendeels ononderzocht.
Non-Targeted Liquid Chromatography-Tandem Mass Spectrometry (LC-MS/MS) Metabolomics wordt gekenmerkt door hypothesevrije, hoge doorvoer en wereldwijde dekkingsmogelijkheden. Het maakt gelijktijdige detectie van duizenden metabolietkenmerken mogelijk, biedt een panoramisch beeld van metabole netwerken en maakt systematische ontdekking van nieuwe biomarkers en abnormale metabole routes mogelijk zonder voorafgaande doelprespecificatie26,27. In combinatie met hoogresolutie massaspectrometrietechnologie is deze aanpak geschikt voor de uitgebreide analyse van verschillende soorten biologische monsters (bijv. serum, synoviale vloeistof, urine, kraakbeenweefsel, enz.) en heeft het aanzienlijke voordelen aangetoond in artrose (OA)-onderzoek. Enerzijds kan het uitgebreid screenen naar differentiële metabolieten die nauw samenhangen met de pathologische progressie van OA (zoals verschillende klassen metabolieten die in synoviale vloeistof en synoviaal weefsel worden geïdentificeerd) en deze in kaart brengen naar belangrijke routes, waaronder energiemetabolisme, kraakbeenherstel, osteogenese en lipidmetabolisme, waardoor het begrip van OA-pathogenese wordt verdiept. Aan de andere kant helpt het integreren van multi-omics-gegevens zoals transcriptomics en proteomics om de rol van metabole herprogrammering bij kraakbeendegeneratie, ontstekingsreacties en schade aan de gewrichtsstructuur te onthullen, wat cruciaal bewijs levert voor het identificeren van vroege diagnostische biomarkers, het evalueren van ziekteprogressie en het ontwikkelen van gerichte metabole interventiestrategieën (bijv. het reguleren van galzuur, tryptofaan of vetzuurmetabolisme), waarbij het translationele potentieel in onderzoek naar OA-precisie-typing en gepersonaliseerde behandeling.
Zebravis dient als een uitstekend modelorganisme dankzij meerdere voordelen: zijn genoom is sterk geconserveerd met dat van mensen en deelt homologie met ongeveer 70% van de menselijke eiwitcoderende genen28,29. Het vertoont belangrijke kenmerken zoals snelle ontwikkeling, in-vitrofertilisatie, transparante embryo's die gemakkelijke in vivo beeldvorming mogelijk maken, hoge vruchtbaarheid en lage onderhoudskosten 30,31,32,33. In skeletonderzoek maken zebravissen een duidelijke visualisatie van botvorming, mineralisatieprocessen en regeneratievermogen mogelijk, en kunnen ze worden gebruikt om pathologische aandoeningen zoals osteoporose en kraakbeenschade te simuleren. In de studie van artrose (OA), een complexe aandoening van het hele gewricht die wordt gekenmerkt door degeneratie van het gewrichtskraakbeen, synoviale ontsteking en subchondrale botveranderingen, blijft de toepassing van het zebravismodel echter relatief beperkt.
Dit artikel presenteert een protocol dat UHPLC-HRMS/MS-gebaseerde niet-gerichte metabolomics, netwerkfarmacologie, transcriptomic mining en in vivo experimentele validatie integreert om het potentieel van Xanthium sibiricum-extract als een levensvatbare plantkandidat voor OA-interventie te verkennen. Het doel is niet alleen om de bioactieve componenten, potentiële doelwitten en kernregulerende routes van Xanthium sibiricum-extract gerelateerd aan OA te identificeren via multi-omics-integratie en computationele analyse, maar ook om het chondroprotectieve effect op OA te verifiëren via in vivo-modellen en het regulerende mechanisme op het chondrocyttranscriptoom verder te verduidelijken.
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Alle experimenten met klinische monsters en muizen werden uitgevoerd volgens het protocol dat is goedgekeurd door de Ethische Beoordelingscommissie van het Provinciaal Medisch Biotechnologisch Onderzoekscentrum van Shandong. De reagentia en de gebruikte apparatuur worden vermeld in de Materiaaltabel.
1. Isolatie en kweek van menselijke gewrichtschondrocyten
Menselijke articulaire kraakbeenmonsters zijn verkregen van patiënten die een arthroscopische operatie of totale gewrichtsartroplastiek ondergaan in het First Affiliated Hospital van de Shandong First Medical University. Kraakbeenplakjes werden binnen 30 minuten na chirurgische excisie op ijs naar het laboratorium vervoerd. Het weefsel werd grondig gewassen met ijskoude Dulbecco's fosfaatgebakken zoutoplossing (DPBS; 3–5 wasbeurten), waarna het met een steriele chirurgische schaar fijn werd gehakt tot ongeveer 1 mm3 fragmenten. Sequentiële enzymatische vertering werd uitgevoerd, beginnend met voorverteering met 0,25% trypsine-EDTA gedurende 30 minuten bij 37 °C. Het verteringsproces werd gemonitord totdat de kraakbeenfragmenten verdund, kleiner en doorschijnend werden, waarna de kraakbeenfragmenten werden verzameld door centrifugatie (200 × g, 5 min) bij kamertemperatuur. Hierop volgde een nachtelijke spijsvertering (8 uur, 37 °C) met 0,2% type II collagenase onder continue zachte agitatie. Het verteringsproces werd gecontroleerd totdat alle macroscopisch zichtbare kraakbeenfragmenten volledig waren opgelost. De vrijgekomen cellen werden verzameld door centrifugatie (200 × g, 5 min) bij kamertemperatuur, opnieuw opgehangen in een complete DMEM, aangevuld met 10% foetaal rundserum, 100 U/mL penicilline en 100 μg/mL streptomycine, en gezaaid in 75 cm2 kweekkolven. Cellen werden op 37 °C gehouden in een bevochtigde atmosfeer met 5%CO2. Adherente chondrocyten werden losgemaakt met 0,25% trypsine-EDTA, en de cellen werden subgekweekt in een verhouding van 1:3 wanneer de adherente cellen 80% samenvloeiing van het kweekflesoppervlak bereikten.
2. Bereiding van Fructus Xanthii-extract
Gedroogde rijpe vruchten van Xanthium strumarium L. (Fructus Xanthii) werden verzameld uit natuurlijk voorkomende populaties in Noord-China en geverifieerd door een senior farmakognos. Het exemplaar werd gedeponeerd in het herbarium van de Eerste Medische Universiteit van Shandong. 20 g fijn gemalen Fructus Xanthii werd in een extractie-vingerhoed gedaan, en een uitputtende Soxhlet-extractie werd uitgevoerd met 95% ethanol (ongeveer 250 mL) totdat zeven tot acht sifoncycli waren voltooid. Het ethanolische extract werd gefilterd en het filtraat werd geconcentreerd tot droogte onder verminderde druk van 45 °C met behulp van een roterende verdamper. Het resulterende residu werd opnieuw opgehangen in 60 ml dubbel gedestilleerd water en achtereenvolgens verdeeld met 60 ml ethylacetaat in een scheidingstrechter. Het mengsel werd krachtig geschud en liet fase-scheiding ondergaan bij 4 °C gedurende 24 uur. De waterige laag werd vervolgens verzameld, gelyofilieerd en opgeslagen bij −80 °C tot verder gebruik.
3. Gestandaardiseerde workflow voor niet-gerichte LC-MS/MS metabolomics
4. Netwerkfarmacologieanalyse
5. Bepaling van de maximaal tolerante concentratie (MTC) bij zebravissen
Transgene zebravislarven (Tg col2a1a:EGFP) werden 2 dagen na bevruchting (2 dpf) willekeurig verdeeld over 6-wellplaten met een dichtheid van 30 larven per put. Elke put werd aangevuld met 3 mL blootstellingsmedium met seriële verdund Fructus Xanthii-extract . Stervende of overleden larven werden dagelijks verwijderd. De larven werden continu blootgesteld bij 28 °C gedurende 72 uur, waarna de maximaal tolereerde concentratie (MTC) werd bepaald als de hoogste concentratie waarbij de larvale sterfte niet boven de 10% uitkwam.
6. Vaststelling van het zebravisbotletselmodel
Tg col2a1a: EGFP zebravislarven werden 2 dagen na bevruchting (2 dpf) ingedeeld in vier groepen: controle, model, chondroïtinesulfaat (CS) positieve controle en Fructus Xanthii-extractbehandeling . Alle groepen behalve de controlegroep werden 24 uur blootgesteld aan Staphylococcus aureus (OD600 = 0,8, 1 × 108 CFU/mL) om botschade te induceren. Het succesvolle modelopzetten werd bevestigd door een vermindering van minstens 50% in kraakbeenspecifieke groene fluorescentieintensiteit in het craniofaciale gebied ten opzichte van de controlegroep onder een epifluorescentiemicroscoop te verifiëren.
7. Kwantitatieve beoordeling van kraakbeenspecifieke fluorescentie bij zebravislarven
De larven werden continu blootgesteld aan gegradueerde concentraties van Fructus Xanthii-extract of 1.000 μg/mL natriumchondroïtine sulfaat A (positieve controle) bij 28 °C gedurende 72 uur. Vervolgens werden 10 larven willekeurig geselecteerd uit elke 6-put replicatie (n = 30 per groep). De geselecteerde larven werden verdoofd met 0,016% tricaïne en lateraal geplaatst op 1% laagsmeltende agarosekussens. Fluorescentiebeelden werden gemaakt met 2× vergroting (excitatie 488 nm, emissie 525/50 nm) met een stereomicroscoop uitgerust met een fluorescentiecamera. Kraakbeenspecifieke EGFP-intensiteit in het craniofaciale gebied, inclusief het ceratohyale en Meckel-kraakbeen, werd gekwantificeerd met behulp van beeldanalysesoftware. Achtergrondcorrectie werd uitgevoerd op de geïntegreerde dichtheidswaarden, en de gecorrigeerde waarden werden genormaliseerd naar de controlegroep voor statistische analyse van chondroprotectieve effectiviteit.
8. Inductie van OA bij C57BL/6J-muizen
Mannelijke C57BL/6J muizen (6–8 weken oud, 20–22 g) werden gehuisvest onder specifieke pathogenevrije (SPF) omstandigheden bij 22 °C ± 2 °C met een licht/donker cyclus van 12 uur. De muizen mochten een week acclimatiseren en werden vervolgens willekeurig ingedeeld in drie groepen (n = 8 per groep) met behulp van een willekeurige getalletabel: (1) schijngecontroleerde controle, (2) ACLT-geïnduceerde OA (ACLT), en (3) ACLT plus Fructus Xanthii-extractinterventie (ACLT + Fructus Xanthii-extract ). Alle chirurgische ingrepen werden uitgevoerd onder steriele omstandigheden volgens een eerder gevalideerd protocol.
De muizen werden verdoofd met intraperitoneale natriumpentobarbital (50 mg/kg) (volgens institutioneel goedgekeurde protocollen), en er werd een mediale parapatellaire incisie gemaakt om de rechter kniegewrichtscapsule bloot te leggen. Het voorste kruisband werd onder een operatiemicroscoop doorgesneden om gewrichtsinstabiliteit te induceren, waarna de gewrichtscapsule en huid in lagen werden gesloten met behulp van 6-0 absorberbare hechtingen. Sham-opererende muizen ondergingen identieke arthrotomieprocedures zonder ligamentdoorsnijding. De gewrichtsstabiliteit werd geëvalueerd en het succesvolle modelopzetten werd bevestigd door het uitvoeren van de drawer test of door het beoordelen van de mate van gewrichtsletsel in histologische secties van de muis uit de modelgroep.
Postoperatieve analgesie met buprenorfine (0,1 mg/kg, subcutane injectie) werd drie opeenvolgende dagen toegediend. De behandelmiddelen werden eenmaal per dag toegediend via gavage. De ACLT + Fructus Xanthii-extractgroep kreeg 100 μL van 1.000 μg/mL Fructus Xanthii-extract verdund in normale zoutoplossing, terwijl de andere twee groepen 100 μL normale zoutoplossing als voertuigcontrole ontvingen. Acht weken na de operatie werden de muizen geëuthanaseerd door CO-2-verstikking gevolgd door een cervicale ontwrichting, en werden de kniegewrichten geoogst voor histologische analyses.
9. Histopathologische kleuring
10. RNA-sequencing (RNA-seq)
Primaire menselijke articulaire chondrocyten (passages 2–3) werden gezaaid in 6-wellplaten met een dichtheid van 5 × 105 cellen per put. De cellen werden 24 uur lang serum-uitgehongerd en vervolgens verdeeld in twee groepen (n = 3 per groep): (1) Controlegroep: cellen werden behandeld met alleen het voertuig (0,1% DMSO); (2) Fructus Xanthii-extractgroep : cellen werden behandeld met 1.000 μg/mL Fructus Xanthii-extract opgelost in DMSO.
De cellen werden 24 uur behandeld, waarna het totale RNA werd geëxtraheerd met behulp van TRIzolreagens volgens het protocol van de fabrikant. RNA-integriteit (RIN ≥7,0) en concentratie werden beoordeeld met een RNA-analyzer. Streng-specifieke cDNA-bibliotheken werden voorbereid met een RNA-sequencing library voorbereidingskit en gesequenced op een high-throughput next-generation sequencing (NGS) platform in paired-end 150 bp (PE150) modus. Kwaliteitscontrole van de ruwe FASTQ-bestanden werd uitgevoerd met FastQC, gevolgd door adapter- en kwaliteitstrimning met Trimmomatic voorafgaand aan de downstream-analyse.
11. RNA-seq gegevensverwerking
Differentieel tot expressie gebrachte genen worden verlaagd door Fructus Xanthii-extract (in tegenstelling tot controlegroep; p < 0,05 en logFC < −0,5) werden geëxtraheerd uit de RNA-seq dataset en gekruist met de top 10 hub-doelen. De resulterende kerndoelen geassocieerd met Fructus Xanthii-extract en artrose werden gevisualiseerd met behulp van het ggvenn-pakket.
12. ELISA
Primaire menselijke articulaire chondrocyten bij passages 2–3 werden gezaaid in 6-well platen met een dichtheid van 5 × 105 cellen per put. Cellen werden 24 uur lang geïncubeerd in serumvrij medium om rust te brengen. De cellen werden vervolgens verdeeld in de volgende drie groepen (n = 3 per groep):
(1) Blanke controle: cellen werden alleen met voertuig behandeld (0,1% DMSO); (2) Positieve controle: cellulaire ontsteking werd geïnduceerd met IL-1β, gevolgd door behandeling met vehicle (0,1% DMSO); (3) Fructus Xanthii-extractgroep : cellulaire ontsteking werd geïnduceerd met IL-1β, gevolgd door behandeling met 1000 μg/mL Fructus Xanthii-extract opgelost in 0,1% DMSO. Cellcultuursupernatanten werden na 24 uur incubatie verzameld en bewaard bij −80 °C tot gebruik. De niveaus van MMP1 en PGR in de kweeksupernatanten werden bepaald met commercieel verkrijgbare enzymgekoppelde immunosorbentassay (ELISA) kits die specifiek zijn voor respectievelijk humane MMP1 en PGR. De assays werden uitgevoerd volgens de instructies van de fabrikant.
13. Statistische analyse
Alle statistische analyses werden uitgevoerd met behulp van statistische analyse- en grafieksoftware, en de gegevens werden gepresenteerd als gemiddelde ± standaardafwijking (SD). De normaliteit van de gegevens werd beoordeeld met de Shapiro–Wilk-test, en de homoscedasticiteit werd geëvalueerd met de Levene-test. Intergroepsvergelijkingen werden uitgevoerd met eenrichtings- of tweerichtingsvariantieanalyse (ANOVA), gevolgd door Tukey- of Šidák-post-hoc tests, afhankelijk van toepassing. Paargewijze vergelijkingen werden uitgevoerd met behulp van een tweezijdige Student's t-test. Niet-parametrische gegevens werden geanalyseerd met behulp van de Mann–Whitney U-test. Een tweezijdige P-waarde < 0,05 werd als statistisch significant beschouwd.
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Kwaliteitsbeoordeling en metabolisch landschap van niet-gerichte LC-MS/MS-gegevens
QC-monsters toonden uitstekende reproduceerbaarheid, zoals blijkt uit sterk overlappende TIC-chromatogrammen in zowel positieve als negatieve ionmodi, waarbij de retentietijddrift onder de 0,05 minuten bleef over de gehele analytische batch. Ruwe data ondergingen XCMS-gebaseerde preprocessing, waaronder piekdetectie, integratie en uitlijning tijdens retentietijd. Veronderstelde metabolieten werd...
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
OA is een veelvoorkomende degeneratieve gewrichtsaandoening en een van de belangrijkste oorzaken van invaliditeit wereldwijd36. De pathogenese is complex en multifactorieel, en omvat biochemische, cellulaire en moleculaire veranderingen in gewrichtsweefsels. Ooit beschouwd als een eenvoudig "slijtagefenomeen" van gewrichtskraakbeen, wordt OA nu algemeen erkend als een chronische aandoening van het hele gewricht die wordt gekenmerkt door kraakbeenafbraak, synoviale...
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
De auteurs geven aan dat er geen bekende concurrerende financiële belangen of persoonlijke relaties zijn die invloed hadden kunnen hebben op het werk dat in dit artikel wordt gerapporteerd.
Dit onderzoek werd financieel ondersteund door de Shandong Nature Fund Surface Project Grant (nr. ZR2024MH088), het Shandong Province Traditional Chinese Medicine Technology Project (nr. 2020M070), en het Kweekfonds van het Eerste Geaffilieerde Ziekenhuis van de Shandong First Medical University & Shandong Provincial Qianfoshan Hospital (Subsidie nr. QYPY2022NSFC0601)".
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
| Naam | Bedrijf | Catalogusnummer | Opmerkingen |
|---|---|---|---|
| 4% PFA | Biosharp, China | BL539A | pH 7.4, steriel |
| C57BL/6 Muizen | Vital River Laboratory Animal Technology Co.,Ltd, China | N/A | Mannetje, 8-10 weken oud, 20-25g |
| Chondroitinesulfaat | MCE, Amerika | HY-B2162 | Zuiverheid ≥98% |
| ClusterProfiler (R-pakket) | Bioconductor | Gratis toegang | Geïntegreerd in R v4.2.2 |
| Collageenase, Type II, poeder | Gibco, Amerika | 17101015 | ≥125 U/mg |
| Cytoscape | Cytoscape Consortium | Gratis toegang (https://cytoscape.org/) | v3.9.1 (met CytoHubba) |
| Cytoscape | Cytoscape Consortium | Gratis toegang | Versie 3.9.1 |
| DESeq2 (R-pakket) | Bioconductor | Gratis toegang | Geïntegreerd in R v4.2.2 |
| DMEM, hoge glucose | Gibco, Amerika | 11965092 | Steriele medium |
| Ethanol | Sinopharm Chemical Reagent Co.,Ltd, China | 10009218 | Analytische kwaliteit, 95% |
| Ethylacetaat | Sinopharm Chemical Reagent Co.,Ltd, China | 10009418 | Analytische kwaliteit |
| Fetaal bovien serum (FBS) | Cellmax, China | SA102.02 | Warmte-geïnactiveerd |
| Fluorescentiemicroscoop | Nikon, Japan | Eclipse Ti2-U | Uitgerust met GFP-filter (488nm excitatie) & digitale camera |
| GEO Database | NCBI | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r | GEO2R analysetool |
| GraphPad Prism | GraphPad Software, LLC, Amerika | Commercieel | Versie 9.5.1 |
| Hematoxiline-Eosine(HE) Kleurkit | Solarbio, China | G1120 | Klaar voor gebruik kit |
| HERB Database | Chinese Academy of Sciences | http://herb.ac.cn/ | V2.0 |
| Human MMP-1 ELISA Kit | Yamei Biotechnology, China | HJ088 | Voor mensen, 96-well plaat |
| Human Progesterone Receptor (PR) ELISA Kit | Shanghai Enzyme-Linked Biotechnology Co., Ltd., China | ml05997 | Voor mensen, 96-well plaat |
| ImageJ | National Institutes of Health (NIH) | Gratis toegang | Versie 1.53t |
| Lichtmicroscoop | Olympus, Japan | BX53 | 10×/20× objectieven & digitale camera |
| Lyofiliseerapparaat | Christ, Duitsland | Alpha 1-4 LDplus | Vriesdroogsysteem |
| Gewijzigde Saffron-O En Fast Green Stain Kit | Solarbio, China | G1371 | Voor bot/kraakbeenkleuring |
| Neutral Balsam | Solarbio, China | G8590 | Montagemedium |
| Penicilline-Streptomycine | Gibco, Amerika | 15070063 | 100×, sterieel |
| Fosfaat-bufferoplossing (PBS) | Sparkjade, China | CR0013-500ML | pH 7.2-7.4, sterieel |
| R software | R Foundation for Statistical Computing | Gratis toegang (https://www.r-project.org/) | v4.4.1 (met ggvenn) |
| Serumvrij celvriesmedium | Biosharp, China | BL203B | Sterieel |
| Staphylococcus aureus | American Type Culture Collection (ATCC) | ATCC 25923 | Standaard stam |
| STRING Database | STRING Consortium | https://string-db.org/ | Eiwitinteractieanalyse |
| TCMID Database | Shaanxi Qinling Qiyao Collaborative Innovation Center | https://www.tcmsp-e.com/tcmspsearch.php | V3.0 |
| Tg(col2a1a:EGFP) Zebravis | Zebrafish International Resource Center (ZIRC) | N/A | Larvae (2 dpf), AB-stam |
| TRIzol Reagens | Thermo Fisher, Amerika | 15596018CN | Voor totale RNA extractie |
| Trypsine-EDTA (0,25%), fenol rood | Gibco, Amerika | 25200056 | Steriele oplossing |
| Ultra-hoog prestatie vloeistof chromatografie (UHPLC) | Thermo Fisher, Amerika | Q Exactive Focus | Gekoppeld met HRMS/MS |
| XCMS-online | Scripps Research Institute | Gratis toegang | Webgebaseerd platform |
Toestemming aanvragen om de tekst of afbeeldingen van dit JoVE-artikel te hergebruiken
Toestemming aanvragen