Alle procedures voldeden aan institutionele en nationale regelgeving en werden goedgekeurd door de Ethische Commissie van het Xingtai Volksziekenhuis (nr. 2024-124). De eis van schriftelijke geïnformeerde toestemming werd opgeheven omdat routinematig verzamelde klinische gegevens en residuele monsters werden gebruikt. Alle gegevens werden geanonimiseerd voorafgaand aan de analyse.
Studieontwerp, setting en algemene schema
Deze studie werd uitgevoerd als een observationele cohort met één centrum, ontworpen om de klinische implicaties van serum MMP-12 en tumor CDH13, afzonderlijk en in combinatie, te evalueren voor longkanker moleculaire subtypering en gepersonaliseerde therapie. De studie werd uitgevoerd in het Xingtai People's Hospital. In aanmerking komende patiënten die tussen januari 2021 en juni 2022 werden behandeld, werden geïdentificeerd, en 262 opeenvolgende patiënten die voldeden aan de vooraf gespecificeerde inclusie- en exclusiecriteria werden ingeschreven.
De algemene studieworkflow is geïllustreerd in Figuur 1. Het schema toont het volledige proces van patiëntidentificatie tot analyse, inclusief patiëntscreening en inschrijving, basislijn klinisch-pathologische karakterisering en moleculaire profilering afkomstig van routinematige klinische tests, verzameling en verwerking van pre-behandeling serum, tumorweefselvoorbereiding voor CDH13-immunohistochemie, kwantificering van serum MMP-12, CDH13 immunoreactieve score, classificatie van eerstelijnstherapie en daaropvolgende behandelroutes, en longitudinale uitkomsten vaststelling, inclusief therapierespons, progressievrije overleving en algehele overleving. Het schema onderscheidt diagnostische en moleculaire subtyperingsanalyses van behandelings- en uitkomstanalyses en geeft de tijdspunten aan waarop biospecimens zijn verzameld, moleculaire resultaten zijn gegenereerd, therapie is gestart en vervolgbeoordelingen zijn uitgevoerd.
Participatiescreening, geschiktheidscriteria en abstractie van klinische gegevens
Potentieel in aanmerking komende patiënten werden geïdentificeerd uit het ziekenhuisinformatiesysteem en het pathologieregister tijdens het vooraf gespecificeerde inschrijvingsvenster (januari 2021 tot juni 2022). Primaire longkanker werd bevestigd met histopathologie, aangevuld met multidisciplinaire klinische beoordeling indien nodig. Opeenvolgende volwassen patiënten die aan alle toelatingscriteria voldeden, werden ingeschreven. Inclusiecriteria omvatten histologisch bevestigde primaire longkanker, beschikbaarheid van een serummonster vóór de behandeling dat werd verkregen vóór de start van antitumortherapie (en vóór chirurgie bij patiënten die een voorresectie ondergaan), beschikbaarheid van tumorweefsel dat voldoende is voor CDH13-immunohistochemie, en beschikbaarheid van moleculaire subtype-informatie die wordt gegenereerd als onderdeel van routinematige klinische zorg. Patiënten met een gedocumenteerde voorgeschiedenis van een andere kwaadaardige tumor vóór inschrijving, patiënten met onvoldoende serumvolume of verminderde monsterintegriteit, patiënten zonder waardevol tumorweefsel voor CDH13-beoordeling, en patiënten die systemische antikankertherapie kregen vóór de basisbloedafname werden uitgesloten.
Klinische pathologische en behandelgegevens werden uit elektronische medische dossiers gehaald met behulp van een gestandaardiseerd casusrapport met vooraf gedefinieerde variabelendefinities en coderingsregels. Geregistreerde variabelen omvatten demografie (leeftijd en geslacht), rookblootstelling, prestatiestatus van de Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG), comorbiditeiten, basisbeeldvormingsbevindingen, histologisch subtype, tumor-node-metastasis (TNM) stadium (volgens het stadiesysteem dat tijdens de studieperiode in de reguliere klinische praktijk wordt gebruikt), laboratoriumparameters en gedetailleerde behandelinformatie (inclusief eerstelijnsregime, startdata, dosisaanpassingen en behandelingsovergangen). Blootstelling aan roken werd gekwantificeerd in pakjaren als volgt: pakjaren = (sigaretten per dag ÷ 20) × jaren gerookt. Wanneer rookgeschiedenis onvolledig of inconsistent is tussen de gegevens, werd de rookvariabele als onbekend geclassificeerd en werd de bron als een discrepantie in het abstractielogboek gedocumenteerd; Ontbreken werd behandeld volgens het vooraf gespecificeerde statistische analyseplan.
Verzameling, verwerking en opslag van exemplaren
Perifere veneuze bloed werd bij de baseline verzameld vóór de start van enige antitumortherapie. Serum werd gescheiden door centrifugatie op 1.500 × g gedurende 10 minuten bij kamertemperatuur. Het serumsupernatant werd overgebracht naar laagbindende cryovialen zonder de cellulaire laag te verstoren. Serum werd gealiquoteerd in porties van 200–500 μL om vries-dooicycli te minimaliseren, en de aliquots werden opgeslagen bij −80 °C tot batchanalyse. Het interval van bloedafname tot bevriezing voor elk exemplaar werd geregistreerd, en monsters met een periode van verzameling tot bevriezing van meer dan 2 uur werden uitgesloten.
Vooraf bepaalde pre-analytische kwaliteitscontroleprocedures werden toegepast door hemolyse en lipemie tijdens de verwerking te documenteren. Zichtbaar gehemolyseerde exemplaren werden uitgesloten van de ELISA-kwantificatie. Serum-aliquoten werden direct voor de assay op ijs ontdooid, door zachte inversie gemengd en 5 minuten gecentrifugeerd op 2.000 × g om indien nodig deeltjes te verwijderen. Hevige beweging en vortexing werden vermeden om bellenvorming en optische artefacten tijdens absorptiemetingen te voorkomen.
Tumorweefselverwerving en voorbereiding
Tumorweefsel uit routinematige diagnostische procedures (biopsie, bronchoscopie, kernnaaldbiopsie of chirurgische resectie) werd verkregen. Het weefsel werd gefixeerd in neutraal gereserveerde formaline volgens de standaard pathologische praktijk en ingebed in paraffine. Secties (3–4 μm) werden gemaakt op geladen glaasjes voor immunohistochemie. Ongekleurde glaasjes werden in een droge omgeving bij kamertemperatuur bewaard en binnen een vooraf bepaalde interval gekleurd om antigeenafbraak te minimaliseren. Er werd een keten-van-custody-logboek bijgehouden waarin specimenidentificaties werden gekoppeld aan gedeïdentificeerde studiecodes. De patholoog die CDH13-scoring uitvoerde, was geblindeerd voor serum MMP-12-waarden, moleculair subtype, behandeling en uitkomsten.
Serum MMP-12 kwantificatie door enzymgebonden immunosorbentassay (ELISA)
Perifere veneuze bloed werd afgenomen vóór elke antitumortherapie, idealiter binnen 7 dagen vóór een biopsie of het starten van de behandeling. Serum MMP-12 werd gemeten met een commerciële menselijke MMP-12 ELISA-kit. Elke serum aliquot werd eenmaal ontdooid op ijs, zachtjes gemengd en in duplicaat getest volgens de instructies van de kit. Op elke plaat werd een standaardcurve gegenereerd met seriële verdunning van de meegeleverde recombinante standaard, en de absorptie werd gemeten op 450 nm met een referentiecorrectie met een microplaatlezer. Concentraties werden berekend door een vier-parameter logistische regressiestandaardcurve te passen. Om analytische robuustheid te waarborgen, werden interne kwaliteitscontroleserum (QC) op elke plaat opgenomen en gemonitord op precisie binnen en tussen de test (doelcoëfficiënten van variatie die consistent zijn met testvalidatie). Als de resultaten onder de ondergrens van kwantificatie vielen, werd de helft van die limiet toegekend voor statistische analyse; als de resultaten de bovengrens overschreden, werd de meting herhaald na passende verdunning. Om batch-effecten te minimaliseren, werden monsters willekeurig verdeeld over platen, en werd op elke plaat een identieke set QC-serum toegevoegd om de variabiliteit tussen platen te volgen. Het laboratoriumpersoneel dat ELISA uitvoerde, was blind voor klinische groepering en uitkomsten.
Tumor CDH13 immunohistochemie en immunoreactieve scoreing
CDH13-immunohistochemie werd uitgevoerd op formaline-gefixeerde, paraffine-ingebedde tumorsecties met behulp van een gevalideerd anti-CDH13 primair antilichaam. Antigeen–antistofcomplexen werden gedetecteerd met een polymeergebaseerd detectiesysteem, en de kleuring werd gevisualiseerd met 3,3′-diaminobenzidine (DAB). Een identieke kleuringsworkflow werd toegepast op alle studiemonsters; De dia's werden in batches verwerkt en de juiste controles werden meegeleverd.
Paraffineblokken werden in secties gesneden op 3–4 μm, gedeparaffiniseerd in xyleen en gerehydrateerd via gegradueerd ethanol tot gedestilleerd water. Warmte-geïnduceerde epitoopwinning werd uitgevoerd in een citraatbuffer (10 mM, pH 6,0) met een magnetron bij 95–100 °C gedurende 15 minuten, gevolgd door afkoeling tot kamertemperatuur gedurende 20 minuten. Endogene peroxidaseactiviteit werd 10 minuten bij kamertemperatuur gedempt met 3% waterstofperoxide, en eiwitblokking werd uitgevoerd met een normale serumblokkerende oplossing gedurende 20 minuten bij kamertemperatuur. Secties werden 's nachts geïncubeerd met het primaire anti-CDH13-antilichaam bij 4 °C. Na het wassen werd het op polymeer gebaseerde secundaire detectiereagens 20–30 minuten bij kamertemperatuur aangebracht, gevolgd door visualisatie met 3,3′-DAB chromogeen gedurende 3–5 minuten onder microscopische monitoring. De secties werden gekleurd met hematoxyline, gedehydrateerd door gegradueerd ethanol, vrijgemaakt met xyleen en gemonteerd met permanent montagemedium.
Bij elke kleurbeurt waren interne kwaliteitscontroles inbegrepen. Een bekende CDH13-positieve weefselsectie werd parallel verwerkt als positieve controle, en het primaire antilichaam werd weggelaten in de negatieve controle. Een run werd alleen geaccepteerd wanneer de positieve controle het verwachte kleuringpatroon met de juiste intensiteit liet zien, en de negatieve controle geen specifieke kleuring. Kleuring werd herhaald bij runs met overmatige achtergrond, mislukte besturingsprestaties of met een niet-specifiek signaal dat de interpretatie belemmert.
CDH13-expressie werd gekwantificeerd met behulp van een immunoreactieve score (IRS) die werd afgeleid uit de kleuringsintensiteit en het aandeel positieve tumorcellen. Twee getrainde pathologen beoordeelden onafhankelijk alle glaasjes terwijl ze blind waren voor serumbiomarkermetingen, moleculaire subtype, behandeling en uitkomsten. Afwijkende scores werden opgelost door gezamenlijke beoordeling bij een multiheaded microscoop, en de beoordeelde IRS werd geregistreerd. De kleurintensiteit werd toegekend als 0 (geen kleuring), 1 (zwak), 2 (matig) of 3 (sterk). Het aandeel positieve tumorcellen werd toegekend als 0 (0%), 1 (1–10%), 2 (11–50%), 3 (51–80%) of 4 (81–100%). De IRS werd als volgt berekend: IRS = intensiteitsscore × proportiescore. IRS-waarden varieerden van 0 tot 12. Een lage CDH13-expressie werd gedefinieerd als IRS ≤ 3, gebaseerd op een veelgebruikte drempel voor immunoreactieve score. IRS bleef behouden als zowel een continue variabele als een dichotomiseerde categorie voor downstream-analyses, inclusief subgroepvergelijkingen en gecombineerde biomarkermodellering. Interobserver-overeenstemming werd geëvalueerd in een vooraf gespecificeerde willekeurige steekproef die 30% van de gevallen omvatte met behulp van een gewogen kappa-statistiek, en de steekproefprocedure, de schatting van overeenstemming en de beslissingen werden vastgelegd in een auditspoor.
Moleculaire subtypering en behandelingsclassificatie
Moleculaire subtype-informatie werd verkregen uit routinematige klinische tests uitgevoerd op diagnostisch tumorweefsel. De resultaten werden gegenereerd door klinisch gevalideerde assays die in standaardzorg werden toegepast, waaronder gerichte PCR-gebaseerde tests, gerichte next-generation sequencing panels, immunohistochemie en fluorescentie in situ hybridisatie. Voor elke patiënt werden het type test, de bron van het monster, de toereikendheid van het monster en de rapportagedatum geregistreerd. Patiënten werden geclassificeerd op basis van de status van actiebare driververandering, waaronder EGFR-activerende mutaties, ALK-herschikkingen, ROS1-herschikkingen, KRAS-mutaties, BRAF-mutaties, MET-exon 14-skipping-aanpassingen, RET-herschikkingen, ERBB2-veranderingen en NTRK-fusies. De PD-L1 tumorproportiescore werd geregistreerd waar deze werd uitgevoerd, en PD-L1-expressie werd gecategoriseerd volgens de strata die tijdens de studieperiode in routinematige praktijk werden gebruikt. Alle moleculaire subtyperingscategorieën waren vooraf gespecificeerd vóór de analyse. Wanneer meer dan één uitvoerbare wijziging werd gerapporteerd, werden patiënten toegewezen volgens een vooraf gedefinieerde hiërarchische classificatieregel die prioriteit gaf aan veranderingen met vastgestelde genotype-gerichte therapeutische implicaties in de volgende volgorde: EGFR-mutaties, ALK-herschikkingen, ROS1-herschikkingen, BRAF-mutaties, MET-exon 14-overslaande veranderingen, RET-herschikkingen, ERBB2-veranderingen, NTRK-fusies en KRAS-mutaties.
Behandelinformatie werd gehaald uit medische dossiers, waaronder het eerste lijnregime, start- en stopdata en de daaropvolgende therapielijnen. De eerste behandeling werd ingedeeld in wederzijds exclusieve behandelcategorieën die a priori werden gedefinieerd: genotype-gerichte gerichte therapie, immuuncheckpoint-remmertherapie, chemotherapie-gebaseerde therapie en multimodaliteitsbeheer waarbij chirurgie wordt gecombineerd met perioperatieve systemische behandeling indien van toepassing. De indexdatum werd gedefinieerd als de startdatum van eerstelijns systemische therapie; Voor patiënten die werden behandeld met een voorlopige resectie was de indexdatum de datum van de operatie, en werd de daaropvolgende systemische therapie volgens het klinisch dossier als adjuvans geclassificeerd. Voor analyses die gepersonaliseerde therapie behandelden, werden patiënten gezamenlijk gestratificeerd op moleculair subtype en behandelcategorie, en werden serum MMP-12-concentraties en tumor-CDH13-expressie vergeleken tussen driver-positieve en driver-negatieve ziekte en tussen gerichte therapie- en immuuncheckpoint-remmer-gebaseerde behandelgroepen.
Definities van uitkomsten en vervolg
De indexdatum werd gedefinieerd als de datum van start van eerstelijns antitumortherapie. Voor patiënten die werden behandeld met een voorafgaande chirurgische resectie, werd de indexdatum gedefinieerd als de datum van de operatie; De daaropvolgende systemische therapie werd volgens het medisch dossier als adjuvans of palliatief geclassificeerd. Elke patiënt werd gevolgd vanaf de indexdatum tot aan overlijden, de datum van laatst bevestigd contact, of de administratieve censuurdatum, afhankelijk van wat het eerst voorkomt. De follow-upduur werd in maanden geregistreerd, en voor elk eindpunt werden de gebeurtenisindicator en de bijbehorende gebeurtenis- of censuurdatum behouden. Uitkomsten werden vastgesteld door gestructureerde abstractie van het elektronische medisch dossier, inclusief radiologierapporten, oncologiepraktijkdocumentatie, opnamedossiers en telefonische follow-up indien nodig. Er werd een vooraf gespecificeerd casusrapportformulier gebruikt en uniforme regels voor bronhiërarchie werden toegepast. Wanneer data of classificaties verschilden tussen dossiers, werden discrepanties opgelost door gelijktijdige radiologierapporten en behandelingsbeslissingen te prioriteren; De definitieve beoordeelde waarde en de bijbehorende bronnen werden gedocumenteerd. Er werd een follow-up logboek bijgehouden met beelddata, behandelingsovergangen, ziekenhuisopnames en contactpogingen om verlies aan follow-up te minimaliseren en traceerbaarheid te waarborgen.
De tumorrespons werd beoordeeld bij patiënten met meetbare ziekte volgens RECIST versie 1.1. De beste algehele respons werd geclassificeerd als volledige respons, gedeeltelijke respons, stabiele ziekte of progressieve ziekte. Objectieve responsrate werd gedefinieerd als volledige of gedeeltelijke respons, en ziektebestrijdingssnelheid als volledige respons, gedeeltelijke respons of stabiele ziekte. Respons- en progressiedata werden toegekend op basis van het vroegst gedocumenteerde bewijs.
Progressievrije overleving (PFS) werd gedefinieerd als het interval van de indexdatum tot het eerste optreden van ziekteprogressie of overlijden door welke oorzaak dan ook, afhankelijk van wat het eerst optreedt. De progressie werd voornamelijk bepaald op basis van radiologierapporten die de progressie documenteren volgens RECIST 1.1. Wanneer radiologie niet beschikbaar is op het moment van klinische achteruitgang, werd door clinici gedocumenteerde progressie geaccepteerd als deze expliciet in verband wordt gebracht met een verslechtering van de tumorlast en een verandering in het beheer van kanker teweegbrengt. Patiënten zonder een gebeurtenis op de datum van de laatste objectieve beoordeling werden gecensureerd, wat de afwezigheid van progressie bevestigde. Als een nieuwe lijn systemische therapie werd gestart zonder expliciete documentatie van het voortgang, werd de beeldvorming beoordeeld en werd er gelijktijdige klinische documentatie verstrekt. Als de progressie niet kon worden bevestigd, werden patiënten gecensureerd bij de laatste röntgenbeoordeling voorafgaand aan een behandelingswijziging, en werd de toegepaste beslissingsregel geregistreerd.
De algehele overleving (OS) werd gedefinieerd als het interval van de indexdatum tot de dood door welke oorzaak dan ook. De vitale status werd vastgesteld met behulp van ziekenhuisdossiers en poliklinische vervolgnotities, aangevuld met gestructureerde telefonische bevestiging indien nodig. De overlijdensdatum werd vastgelegd in het medisch dossier of, indien niet beschikbaar, als de datum bevestigd door familie tijdens het vervolgcontact, met ondersteunende documentatie in het vervolglogboek. Patiënten die nog leefden op de datum van het laatst bevestigde contact werden gecensureerd.
Er werd een gestandaardiseerde opvolgworkflow geïmplementeerd die aansluit bij routinematige zorgtrajecten. Tijdens actieve systemische therapie werden klinische beoordelingen bij elke behandelcyclus gedocumenteerd en werden radiologische herbeoordelingen op regelmatige intervallen vastgelegd volgens klinisch protocol, waarbij beeldvormingsmodaliteit en datum voor elke beoordeling werden vastgelegd. Na voltooiing van eerstelijnstherapie of tijdens postoperatieve surveillance werden vervolgbezoeken en beeldvormende evaluaties geregistreerd volgens het inrichtingsschema. Wanneer een persoonlijke follow-up niet kon worden uitgevoerd, werd een gestructureerde telefonische follow-up uitgevoerd om voortzetting van de behandeling te bevestigen, intervallen te documenteren, de ziektestatus zoals aangetoond door externe beeldvorming, indien van toepassing, te bevestigen en de overlevingsstatus te bevestigen. Alle gemiste bezoeken, onbereikbare pogingen en redenen voor het stopzetten van de follow-up werden gedocumenteerd. Voordat een patiënt als verloren door follow-up werd geclassificeerd, werd contact minstens 2 extra keer op verschillende dagen geprobeerd en elke poging werd geregistreerd.
Er werd procedurele scheiding gehandhaafd tussen biomarkerbeoordeling en uitkomstbepaling. Personeel dat serum MMP-12 metingen en CDH13-scoring uitvoerde, waren geblindeerd voor klinische uitkomsten. Outcome abstractie werd uitgevoerd zonder toegang tot biomarkerresultaten waar mogelijk. Er werd een tweefasig beoordelingsproces toegepast voor progressie- en responseindpunten. Een getrainde abstractor wees evenementclassificatie en data toe volgens de vooraf gespecificeerde regels, waarna een senior clinicus de toewijzingen onafhankelijk beoordeelde. Ongelijkheden werden opgelost door een gezamenlijke beoordeling van het oorspronkelijke radiologierapport, oncologienotities en behandeltijdlijn, en een auditspoor van alle beslissingen werd bijgehouden.
Consistentiecontroles om onwaarschijnlijke sequenties te identificeren, waaronder gebeurtenissen gedateerd vóór de indexdatum, behandelingsovergangen zonder bijbehorende beoordelingen, of sterfdata zonder ondersteunende documentatie, werden uitgevoerd. Gemarkeerde gevallen werden afgestemd door terug te keren naar brondocumenten en de dataset bij te werken met een gedateerde correctienotitie waarin de reden voor de wijziging en het ondersteunende bewijs worden gespecificeerd.
Statistische analyse
Statistische analyses werden uitgevoerd met SPSS (versie 26.0) en R (versie 4.3.0). Continue variabelen werden gepresenteerd als gemiddelde ± standaarddeviatie of mediaan (interkwartielbereik), indien van toepassing, en categorische variabelen werden gepresenteerd als tellingen en percentages. Groepsvergelijkingen gebruikten parametrische of niet-parametrische tests waar van toepassing, met chi-kwadraat of Fisher's exacte tests voor categorische gegevens. Alle tests waren tweezijdig, waarbij P < 0,05 als statistisch significant werd beschouwd.
Covariaten werden a priori geselecteerd op basis van klinische relevantie en voorafgaand bewijs, en dezelfde covariatenset werd toegepast op gerelateerde modellen om vergelijkbaarheid te ondersteunen. Kernaanpassingsvariabelen omvatten leeftijd, geslacht, rookblootstelling, TNM-stadium, ECOG-prestatiestatus en histologisch subtype, met aanvullende aanpassing voor de behandelgroep wanneer het analysedoel het moleculaire subtype binnen behandelde populaties is. Multicollineariteit werd beoordeeld met behulp van variantie-inflatiefactoren, en problematische collineariteit werd aangepakt met vooraf gespecificeerde variabele-reductieregels. Aangepaste odds ratio's met 95% betrouwbaarheidsintervallen en tweezijdige P-waarden werden gerapporteerd. Het aantal covariaten dat werd opgenomen in de multivariabele logistische en Cox-regressiemodellen was vooraf gespecificeerd en beperkt ten opzichte van het aantal uitkomstgebeurtenissen om het risico op overfitting te minimaliseren. De gebeurtenissen-per-variabele ratio bleef acceptabel (≥10) voor alle modellen. Voor multicategorie moleculaire subtype-uitkomsten werden ofwel multinomiale logistische regressiemodellen geïnstalleerd, of werd een set binaire logistische vergelijkingen uitgevoerd met een vooraf gespecificeerde referentiecategorie, waarbij de modelleringsstrategie duidelijk werd uiteengezet.
Progressievrije overleving en algehele overleving werden geanalyseerd met behulp van Kaplan–Meier-schattingen, en de overlevingscurves werden vergeleken met de log-rank test. Verbanden tussen biomarkers en uitkomsten werden gekwantificeerd met behulp van Cox proportionele hazards regressie, waarbij hazard ratio's werden gerapporteerd met 95% betrouwbaarheidsintervallen. Meervariabele Cox-modellen werden opgebouwd met vooraf gespecificeerde klinisch-pathologische covariaten, waaronder moleculair subtype en behandelingscategorie, om de implicaties voor gepersonaliseerde therapie te beoordelen. De aanname van proportionele gevaren werd geverifieerd met behulp van Schoenfeld-residudiagnostiek en log-minus-log overlevingsgrafieken. Als de aanname van proportionele gevaren werd geschonden voor een covariaat, werd het probleem aangepakt met een vooraf gespecificeerde benadering, zoals stratificatie op die covariaat of het opnemen van een tijdsafhankelijke interactieterm, en werd de definitieve modelspecificatie gerapporteerd.
Ontbrekende gegevens werden behandeld met een vooraf gespecificeerde strategie. Wanneer de ontbreking minimaal was, werden complete casusanalyses uitgevoerd; anders werd meervoudige imputatie met kettingvergelijkingen gebruikt, inclusief alle variabelen in de analytische modellen. Tien geïmputeerde datasets werden gegenereerd en gepoolde schattingen werden berekend volgens de regels van Rubin. Voor analyses met meerdere subtypevergelijkingen of meerdere eindpunten werd het valse ontdekkingspercentage gecontroleerd met een vooraf bepaalde procedure, of werden analyses duidelijk als verkennend aangewezen om transparantie over multipliciteit te waarborgen.
De analysedataset werd vergrendeld vóór de modelfitting, en er werd een uitgebreid datadictionary bijgehouden waarin elke variabele, eenheid, coderingsschema en toegestane reeks werd gedefinieerd. Dubbele kwaliteitscontrolemonsters over assayplaten werden opgenomen om variabiliteit tussen platen te kwantificeren en drift te monitoren. Voor immunohistochemie-scoring werden de beoordelingsrubriek, blindingprocedures en interobserver-overeenkomstbeoordeling gedocumenteerd, en werden beoordelingslogboeken bijgehouden voor afwijkende gevallen. Geprogrammeerde bereikcontroles en logische consistentiecontroles over belangrijke variabelen, waaronder indexdatum, monsterverzameldatum, startdatum van behandeling en uitkomstdata, werden geïmplementeerd. Alle statistische scripts en versiegestuurde outputlogs werden bewaard om volledige replicatie van de analytische workflow mogelijk te maken.