Details van alle dieren, diëten, reagentia, kits, instrumenten, software en dienstverleggers die in dit protocol worden gebruikt, zijn opgenomen in de Materiaaltabel. Alle dierproeven werden uitgevoerd volgens de richtlijnen van de National Institutes of Health (NIH) voor de verzorging en het gebruik van proefdieren en kregen goedkeuring van het Proefdierencomité van het Provinciaal Ziekenhuis van Shandong (ethische goedkeuring nr. 2022–007, goedgekeurd op 24 januari 2022).
VOORZICHTIG: Dierlijk bloed, ontlasting en weefsels moeten worden behandeld als mogelijk biologisch gevaarlijke stoffen. Alle procedures met levende dieren, biologische monsters, scherpe voorwerpen, organische oplosmiddelen en chemische assayreagentia moeten worden uitgevoerd in overeenstemming met de institutionele regelgeving voor bioveiligheid, dierenverzorging en chemische veiligheid. Dierlijke karkassen, weefsels, met bloed besmette materialen en ontlastingsmonsters moeten worden verzameld in aangewezen containers voor biohazard afval en worden afgevoerd via de institutionele dierenfaciliteit of het bioveiligheidskantoor. Naalden, gavagenaalden, capillaire buizen en andere scherpe stoffen moeten onmiddellijk na gebruik worden weggegooid in goedgekeurde scherpe verpakkingen. Organisch oplosmiddelafval, waaronder methanol, acetonitril en oplossingen met mierzuur, moet worden verzameld in gelabelde containers voor chemisch afval en worden afgevoerd via het institutionele programma voor gevaarlijk chemisch afval. Afval van biochemische en oxidatieve stressassays moet worden verzameld en afgevoerd in overeenstemming met de veiligheidsgegevensbladen van de fabrikant en de institutionele chemische veiligheidsregels.
Proefdieren
Mannelijke C57BL/6J muizen van zes weken oud (n = 4 per groep) werden gehouden onder specifieke ziekteverwekkervrije (SPF) omstandigheden met een 12 uur licht/donker cyclus bij 22 ± 2 °C en 50–60% relatieve luchtvochtigheid. Dieren hadden ad libitum toegang tot voedsel en water, met maximaal vijf muizen per kooi. De controlemuizen kregen een standaard chow-dieet dat bestond uit 70% koolhydraten, 20% eiwitten en 10% vet (kcal). Om het MASLD-muismodel op te stellen, kregen muizen 8 weken lang een vetrijk dieet met 20% koolhydraten, 20% eiwit en 60% vet (kcal). Alle diëten werden bewaard op 4 °C en tweemaal per week aangevuld. Muizen werden willekeurig toegewezen aan experimentele groepen met behulp van een willekeurige getallengenerator, en de steekproefgrootte (n = 4 per groep) werd bepaald op basis van eerdere studies met vergelijkbare door hoog vet geïnduceerde muismodellen en voorlopige experimenten. Alle behandelingen werden elke dag op hetzelfde tijdstip toegediend om circadiane variatie te minimaliseren.
Microalgenolie werd gewonnen en gezuiverd door de Shandong Academie voor Landbouwwetenschappen, met een zuiverheid van ongeveer 99%. De microalgenolie werd opgeslagen bij −30 °C en beschermd tegen licht. Voor toediening werd de olie bereid met een emulgator en grondig gemengd om homogeniteit te waarborgen. Specifiek werd DHA-rijke microalgenolie geëmulgeerd in steriele 0,5% carboxymethylcellulosenatrium met 0,5% Tween-80 in normale zoutoplossing. De microalgenolie en het emulgatorvoertuig werden gemengd in een verhouding van 1:9 (v/v) en direct voor de wandage 2 minuten vortex om een uniforme ophanging te verkrijgen. Muizen in de microalgenolie-behandelde groep kregen de bereiding eenmaal per dag door orale gavage met een steriele voedingsnaald bij een dosis van 10 μL/g lichaamsgewicht. Het gavagevolume werd dagelijks aangepast aan het lichaamsgewicht om dosisconsistentie te waarborgen. Muizen in de controlegroep ontvingen onder dezelfde omstandigheden een gelijkwaardige hoeveelheid steriele normale zoutoplossing. De gebruikte zoutoplossing was 0,9% natriumchloride-injectie.
De probioticabehandeling bestond uit een samengestelde formulering met Lactobacillus plantarum (DY-1), Lactobacillus acidophilus (KDB-03), Lactobacillus casei (KDB-LC) en Bacillus coagulans (GIM 1.645). De vier stammen werden gemengd met een gelijke viable-cel verhouding van 1:1:1:1. Elke stam droeg 2,5 × 107 CFU/mL bij aan de uiteindelijke formulering, wat resulteerde in een totale bacteriële concentratie van 1 × 108 CFU/mL. Het probioticamengsel is gesynthetiseerd door de Shandong Academy of Agricultural Sciences en is niet commercieel verkrijgbaar. De probiotische behandeling bestond uit een samengestelde probiotische fermentatiebouillon met Lactobacillus plantarum DY-1, Lactobacillus acidophilus KDB-03, Lactobacillus casei KDB-LC en Bacillus coagulans GIM 1.645. De bacteriële concentratie van de formulering was 1 × 108 CFU/mL. De probiotische fermentatiebouillon werd voor gebruik bewaard op 4 °C. Muizen in de met probiotica behandelde groep kregen de probiotische formulering eenmaal per dag via orale gavage in een dosis van 0,01 mL/g lichaamsgewicht gedurende de experimentele periode.
Individuele stammen werden onder geschikte omstandigheden gekweekt en geoogst in de midden-log groeifase (OD₆₀₀ ≈ 0,6), waarna ze gecombineerd werden in de aangegeven verhouding. Bacteriële culturen werden gecentrifugeerd om het supernatant te verwijderen, en de pellets werden opnieuw opgehangen in steriele fosfaatgebakken zoutoplossing (PBS). De vers bereide bacteriële suspensie werd vóór toediening op ijs gelegd om de levensvatbaarheid te behouden. De uiteindelijke bacteriële concentratie werd aangepast naar 1 × 108 CFU /mL vóór toediening. Muizen in de probioticagroep kregen de formulering door orale gavage in een dosis van 0,01 mL/g lichaamsgewicht eenmaal per dag gedurende de experimentele periode. Er werd geen antibioticavoorbehandeling toegepast vóór het toedienen van probiotica. Om experimentele bias te verminderen, werd uitkomstbeoordeling uitgevoerd door geblindeerde onderzoekers waar van toepassing. MASLD werd bevestigd door middel van bloedbiochemische analyse.
Bloedanalyse
Aan het einde van de experimentele periode werden muizen 's nachts (12 uur) gevast, met gratis toegang tot water voordat de glucose werd gemeten en het laatste bloed werd afgenomen. Muizen werden diep verdoofd met isofluraan met behulp van een anesthesievaporizer totdat het verlies van de pedaalreflex werd bevestigd. Terminale bloedmonsters werden verzameld door retro-orbitale bloedingen. Na bloedafname werden muizen geëuthanaseerd door een cervicale ontwrichting terwijl ze diep onder narcose stonden, en de dood werd bevestigd door het stoppen van ademhaling en hartslag. Bloed werd bij kamertemperatuur laten stollen en vervolgens 10 minuten gecentrifugeerd bij 3.000 × g om serum te verkrijgen. Serummonsters werden gealiquoteerd en opgeslagen bij −80 °C tot analyse. Serumglucose, totaal cholesterol (TC), triglyceriden (TG), low-density lipoproteïnecholesterol (LDL-c), high-density lipoproteïnecholesterol (HDL-c), aspartaataminotransferase (AST) en alanineaminotransferase (ALT) werden gemeten met een automatische biochemische analyzer, volgens de instructies van de fabrikant. Deze parameters werden gekwantificeerd met enzymatische colorimetrische assays met standaard reagenskits geïntegreerd in het analyzersysteem. Alle biochemische parameters werden genormaliseerd naar het serumvolume en uitgedrukt in de door de fabrikant gespecificeerde eenheden.
Oxidatieve stressassays
Biomarkers voor oxidatieve stress werden gemeten met kits, waaronder die voor malondialdehyde, superoxidedismutase en catalase. Er werden tests uitgevoerd volgens de instructies van de fabrikant. Kort gezegd werden leverweefsels gehomogeniseerd in een ijskoude buffer en gecentrifugeerd om supernatanten voor analyse te verkrijgen. Malondialdehyde (MDA) niveaus werden bepaald met behulp van een thiobarbiturzuur-reactieve stoffen (TBARS) assay; De activiteit van superoxide-dismutase (SOD) werd gemeten aan de hand van het vermogen om superoxide-gemedieerde reacties te remmen; en de activiteit van catalase (CAT) werd gekwantificeerd door het monitoren van de afbraaksnelheid van waterstofperoxide. Metingen werden uitgevoerd met een microplaatlezer en waarden werden berekend met standaardcurves of de formules die in de kits werden geleverd. Oxidatieve stressmarkers werden genormaliseerd op het leverweefselgewicht en uitgedrukt volgens de specificaties van de fabrikant.
16S rRNA-sequencing en microbioomanalyse
Aan het einde van de experimentele periode werden poepmonsters direct van individuele muizen onder steriele omstandigheden verzameld, direct ingevroren in vloeibare stikstof en opgeslagen bij −80 °C tot DNA-extractie. Microbieel DNA werd geëxtraheerd met een commerciële kit volgens het protocol van de fabrikant. De V3–V4-regio van het bacteriële 16S rRNA-gen werd geamplificeerd met primers 341F/806R. PCR-amplificatie werd uitgevoerd in een 25 μL reactiesysteem met template-DNA, 2x PCR mastermix en 0,2 μM van elke primer. Het versterkingsprogramma bestond uit een initiële denaturatie bij 95 °C gedurende 3 minuten, gevolgd door 25 cycli van 95 °C voor 30 s, 55 °C voor 30 s, en 72 °C voor 45 s, met een laatste verlenging bij 72 °C voor 10 minuten. Amplicon-bibliotheken werden gebouwd en gesequenced op een Illumina MiSeq-platform met behulp van een paired-end 2 × 250 bp-strategie door een commerciële sequencing-dienstverlener. De bibliotheekkwaliteit werd beoordeeld vóór het sequencen, en gepoolde bibliotheken werden geladen op de door de fabrikant aanbevolen clusterdichtheid. Laagwaardige leesopdrachten met ambigue basissen, onvoldoende lengte of een gemiddelde kwaliteitsscore onder Q20 werden verwijderd vóór de downstream analyse.
Ruwe sequencing-reads werden verwerkt met QIIME 2 versie 2019.420. Kort gezegd werden gepaarde eindlezingen gedemultiplexeerd, kwaliteitsgefilterd, gedenoised, samengevoegd en chimera-gefilterd met DADA2 met standaardparameters tenzij anders vermeld. Varianten van niet-singleton ampliconsequenties (ASV's) werden behouden voor downstream analyse. De taxonomische toewijzing werd uitgevoerd met behulp van de Greengenes-database versie 13_8, geïmplementeerd in QIIME221. Gezien de inherente resolutiebeperkingen van 16S rRNA-gensequencing, vooral bij gebruik van de Greengenes-database, werden taxonomische annotaties uitsluitend op geslachtsniveau geïnterpreteerd. Classificatie op soortniveau werd niet als betrouwbaar beschouwd en werd daarom niet gebruikt in downstream-analyses, statistische vergelijkingen of biologische interpretaties. Alle microbiële kenmerken werden vóór visualisatie en analyse tot het geslachtsniveau ingeklapt.
Alpha-diversiteitsmetrieken (Chao1, Waargenomen soorten, Shannon, Simpson, Faith's PD en Pielou's gelijkheid) werden gebruikt. Statistische vergelijkingen van alfadiversiteit tussen groepen werden uitgevoerd met behulp van geschikte niet-parametrische tests (bijv. Kruskal–Wallis-test). De Jaccard-afstand en de Bray-Curtis-verschillen werden gebruikt als metrieken voor bèta-diversiteit. Principal Coordinate Analysis (PCoA) plots, niet-metrische multidimensionale schaal (NMDS) en lineaire discriminant analysis effectgrootte (LEfSe) werden gebruikt om veranderingen in microbiomegemeenschappen te illustreren, met een LDA-score drempel van 2,0. Permutatieve multivariate variantieanalyse (PERMANOVA) werd gebruikt om de statistische significantie in bètadiversiteit te beoordelen. Datavisualisatie en statistische analyses werden uitgevoerd met het GenesCloud-platform (https://www.genescloud.cn).
Microbiële functionele profielen werden afgeleid uit 16S rRNA-sequencinggegevens in plaats van direct gemeten met shotgun metagenomic of transcriptomic sequencing. Op basis van de genormaliseerde pathway of functionele groepsabundantietabel werden voorspelde functionele eenheden in kaart gebracht naar veelgebruikte databases, waaronder KEGG, MetaCyc en COG. De abundantie van de KEGG-routes werd samengevat volgens de hiërarchische functionele categorieën, waarbij niveau 2-padclassificaties werden gebruikt voor downstream vergelijkingen. De gemiddelde abundantie van elke padcategorie werd berekend met R-software.
Ongerichte metabolomics-analyse van levermonsters
Leverweefsels werden direct na de bevestiging van overlijden snel verwijderd, direct ingevroren in vloeibare stikstof en opgeslagen bij −80 °C vóór de analyse. Ongeveer 50 mg bevroren leverweefsel werd gehomogeniseerd in ijskoude methanol: water (4:1, v/v) aangevuld met interne standaarden. De verhouding tussen weefsel en extractie oplosmiddel was 1:10 (w/v). Monsters werden 1 minuut vortex, 10 minuten op ijs gesoniceerd, en vervolgens 30 minuten geïncubeerd bij −20 °C om de eiwitprecipitatie te verbeteren. De homogenaten werden grondig gemengd, onderworpen aan sonicatie op ijs en gecentrifugeerd op 12.000 × g gedurende 15 minuten bij 4 °C. De supernatanten werden zorgvuldig verzameld, verdampt onder een milde stikstofstroom en gereconstitueerd in 50% methanol voor latere analyse.
Kwaliteitscontrolemonsters (QC) werden gegenereerd door gelijke volumes van elk monster te bundelen en werden gedurende de run met tussenpozen geanalyseerd om de analytische stabiliteit en reproduceerbaarheid te evalueren. Ongerichte metabolomics-analyse werd uitgevoerd met een ultra-high-performance vloeistofchromatografiesysteem gekoppeld aan hoogresolutie massaspectrometrie, beheerd door een commerciële dienstverlener. Metabolieten werden gescheiden op een omgekeerde fase C18-kolom met behulp van een binair oplosmiddelsysteem bestaande uit water met 0,1% mierenzuur en acetonitril met 0,1% mierenzuur. Het injectievolume was 2 μL, de kolomtemperatuur bleef 40 °C en de debiet werd ingesteld op 0,30 mL/min. Er werd een gradiënt-elusieprogramma gebruikt om brede metabolietseparatie te bereiken. Massaspectrometrische detectie werd uitgevoerd in zowel positieve als negatieve elektrospray-ionisatiemodi over een m/z-bereik van 70–1.000 om een brede metabolietdekking te bereiken. De ionensproeispanning werd ingesteld op 3,5 kV in positieve modus en −2,5 kV in negatieve modus. De capillaire temperatuur bleef op 320 °C en de gegevens werden verkregen in full-scan MS-modus met data-afhankelijke MS/MS-acquisitie voor metabolietannotatie. Ruwe data werden verwerkt met speciale metabolomics-software (MassLynx v4.1) voor feature-detectie, uitlijning en normalisatie. Metabolietidentificatie werd uitgevoerd op basis van nauwkeurige massa, retentietijd en MS/MS-fragmentatiepatronen door vergelijking met openbare databases, waaronder de Human Metabolome Database (HMDB) en de Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) (v2023), waar van toepassing.
Multivariate en padanalyse
Verwerkte metabolomics-gegevens werden onderworpen aan multivariate statistische analyses, waaronder principal component analysis (PCA) en partial least squares discriminant analysis (PLS-DA), om metabole verschillen tussen experimentele groepen te visualiseren. Differentiële metabolieten werden geïdentificeerd op basis van een combinatie van variabele belang in projectie (VIP) scores (>1,0) en statistische significantie (p < 0,05). Geïdentificeerde metabolieten werden verder in kaart gebracht naar metabole routes met behulp van KEGG-routeverrijkingsanalyse om biologische processen te verduidelijken die geassocieerd zijn met DHA-rijke microalgenolie-supplementatie.
Statistische analyse
De gegevens werden gepresenteerd als gemiddelde ± SEM en geanalyseerd met behulp van eenrichtingsvariantieanalyse (ANOVA), gevolgd door Tukey's meervoudige vergelijkingstest. Statistische significantie werd gedefinieerd als p < 0,05. Verrijkingsanalyse van levermetabolieten werd uitgevoerd met R (versie 4.4.1). Paargewijze associaties tussen microbiële genera en levermetabolieten werden geanalyseerd met behulp van Spearman-rangcorrelaties. Alleen significante correlaties (valse ontdekkingspercentage, FDR < 0,05) met |ρ| ≥ 0,6 werden opgenomen in de integratieve netwerkanalyses. De verwerking van microbioom- en metabolomicsgegevens werd uitgevoerd zoals hierboven beschreven, inclusief het gebruik van het GenesCloud-platform en kwaliteitscontroleprocedures.