In dit protocol werd CRISPR-Cas9 genoomredigering aangepast voor M. ciceri CC1192 door het nodC-locus te targeten. Om functieverlies te bevorderen, werden sgRNA's ontworpen om de 5′-proximale regio van de coderende sequentie van nodC te targeten, waardoor een DSB in het begin van de coderende regio werd geïntroduceerd om de translatie van het gecodeerde eiwit te verstoren (Figuur 1A).

Figuur 1Ontwerp van single-guide RNA's (sgRNA's) gericht tegen de nodC locus in Mesorhizobium ciceri. (A) Schematische weergave van de M. ciceri nodC locus die de posities van de twee 20-bp sgRNA's laat zien die zijn ontworpen voor CRISPR-Cas9-gemedieerde targeting. De targetsites van de sgRNA's zijn in het blauw weergegeven. (B) Nucleotidesequenties van sgRNA1 en sgRNA2 gericht tegen de nodC locus. Het protospacer adjacent motif (PAM; 5′-NGG-3′) is in rood aangegeven, en de nodC het startcodon voor translatie (ATG) is geel gemarkeerd. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
Twee doelsequenties van 20 bp werden geïdentificeerd direct stroomopwaarts van een 5′-NGG-3′ PAM-sequentie (Figuur 1B). In silico analyse van deze kandidaat-sgRNA's met behulp van het algoritme van Hsu et al.19 leverde specificiteitsscores van 100 op, wat wijst op een hoge voorspelde target-specificiteit waarbij geen significante off-target complementariteit werd gedetecteerd binnen het genoom van M. ciceri. Kleine verschillen werden waargenomen in de voorspelde on-target efficiëntiescores van de geselecteerde sgRNA's (Tabel 3), wat de selectie van de gidsen voor verdere experimentele evaluatie heeft bepaald.
Doelpositie
(bp) | Streng | sgRNA-sequentie (5'′ 3′) | PAM | Specificiteitsscore | Efficiëntiescore |
| 77 | + | TGTTTACAGAGGCATGCAAG | CGG | 100 | 43.58 |
| 139 | + | GCTTGTTCGGATCCGACCGT | TGG | 99.7 | 47.63 |
Tabel 3: Kandidaat single-guide RNA's (sgRNA's) ontworpen voor CRISPR-Cas9-gemedieerde editing van het nodC-gen in Mesorhizobium ciceri. Kandidaat sgRNA's werden ontworpen met de Benchling CRISPR Guide Design Tool, waarbij Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 als referentiegenoom diende. De guides werden gerangschikt op basis van de voorspelde specificiteit en on-target efficiëntiescores; gidsen die gericht waren op sequenties nabij het translationele startcodon van nodC en die het vereiste NGG protospacer adjacent motif (PAM) voor Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9) bevatten, werden geselecteerd.
Om HDR en fluorescentie-gebaseerde screening van vermoedelijke mutanten te faciliteren, werd een HDR-cassette geassembleerd met behulp van de pUC18-kloonvector (Figuur 2). De gfp-reportercassette werd uit pRJPaph-bjGFP gesneden door restrictiedigestie met SacI en KpnI en geligeerd in de gelineariseerde pUC18-backbone (Figuur 2A). Na transformatie in E. coli werden vermoedelijke positieve klonen geïdentificeerd via blue-white screening. De integratie van het gfp-insert in de pUC18-backbone werd verder gevalideerd door PCR-amplificatie met gen-specifieke primers, wat in positieve klonen het verwachte amplicon van 500 bp opleverde (Figuur 2A).

Figuur 2. Constructie van het CRISPR-Cas9 homology-directed repair (HDR)-systeem voor disruptie van nodC. (A) Constructie en validatie van het pUC18-gfp intermediair plasmide. Het bovenste paneel toont de plasmidekaart van pUC18-gfp, gegenereerd door insertie van de green fluorescent protein (gfp)-cassette in de pUC18 backbone. Het middelste paneel toont representatieve kolonies na blauw-wit screening. Het onderste paneel toont colony polymerase chain reaction (PCR) validatie met gebruik van het primerpaar BjGFP_BP_F1 en BjGFP_BP_R2. (B) Sequentiële assemblage van het HDR-template in de pUC18 backbone. Plasmidekaarten en restrictiedigestie-analyses bevestigen de insertie van de upstream homology arm (UHA), de downstream homology arm (DHA) en de volledige UHA-gfp-DHA HDR-cassette. (C) Klonering en validatie van de UHA-gfp-DHA HDR-cassette in de pCasPP CRISPR-Cas9 vector. Het bovenste paneel toont de uiteindelijke pCasPP-HDR plasmidekaart, en het onderste paneel toont de restrictiedigestie die de insertie van de HDR-cassette bevestigt. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
Het HDR-construct werd vervolgens geassembleerd door nodC-homologiearmen rond de gfp-cassette te introduceren. Een 500 bp UHA en een 400 bp DHA, gepositioneerd naast de voorspelde Cas9-splitsingsplaats, werden sequentieel in het pUC18-gfp-construct gekloond via restrictiedigestie en ligatie (Figuur 2B). De assemblage van de UHA-gfp-DHA-cassette werd bevestigd door restrictiedigestie-analyse, wat het verwachte fragment van 2012 bp opleverde (Figuur 2B). De complete HDR-cassette werd vervolgens gesubkloneerd in de CRISPR-vector pCasPP met een breed gastheerbereik (Figuur 2C). Restrictiedigestie-analyse bevestigde de integriteit van het uiteindelijke construct en de succesvolle assemblage van de delivery-vector voor genoomredactie van M. ciceri (Figuur 2C).
Biparentale paring werd uitgevoerd tussen de donor E. coli S17-1λpir en de recipient M. ciceri stam om het pCasPP-gRNA-HDR construct in M. ciceri over te brengen (Figuur 3A). Figuur 3B illustreert de organisatie van het nod operon en de voorspelde vervanging van de nodC locus door de gfp cassette via homologe recombinatie met behulp van het HDR-sjabloon. Transconjugantkolonies werden aanvankelijk geïdentificeerd door GFP-fluorescentiescreening na de biparentale paring (Figuur 3B en 3C). Meer dan 80% van de teruggewonnen kolonies vertoonde GFP-fluorescentie met gRNA2, en meer dan 65% van de kolonies vertoonde fluorescentie na introductie van gRNA1 (Figuur 3C). Omdat fluorescentiescreening alleen geen onderscheid kan maken tussen GFP-expressie via het plasmide en succesvolle genomische integratie, werd naderhand moleculaire validatie uitgevoerd om de locus-specifieke insertie van de reportercassette te bevestigen.

Figuur 3. CRISPR-Cas9-gemedieerde disruptie van de nodC-locus in Mesorhizobium ciceri. (A) Schematische weergave van de biparentale paring die werd gebruikt om het pCasPP-gRNA-HDR-construct over te dragen van Escherichia coli S17-1λpir donorcellen naar M. ciceri recipientcellen. (B) Diagram dat de homologie-gestuurde reparatie (HDR)-gemedieerde vervanging van de nodC-locus door de gfp-cassette illustreert na CRISPR-Cas9-splitsing. De HDR-template bevat homologiearmen van ongeveer 500 bp stroomopwaarts en 400 bp stroomafwaarts die de gfp-cassette flankeren. (C) Fluorescentiegebaseerde screening van transconjugante M. ciceri-kolonies. Representatieve fluorescentie- en bright-field stereomicroscopiebeelden van GFP-positieve kolonies worden getoond, samen met het percentage fluorescerende transconjuganten dat is teruggewonnen na biparentale paring met gebruik van constructen die sgRNA1 of sgRNA2 bevatten. Foutbalken stellen de standaarddeviatie voor. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
Om de integratie van de gfp-cassette op de nodC-locus te valideren, werden representatieve GFP-positieve kolonies onderworpen aan PCR-analyse. Amplificatie van de genomische regio die nodB en nodC omvat, produceerde een fragment van 1511 bp in de bewerkte klonen, wat consistent is met de integratie van de reportercassette, terwijl de wildtype (WT)-stam een amplicon van 430 bp produceerde (Figuur 4A). PCR-amplificatie met gfp-specifieke en nodC-flankerende primers genereerde een duidelijk fragment van 997 bp in de bewerkte klonen, terwijl er geen amplificatie werd gedetecteerd in de WT-controle, wat de locus-specifieke insertie ondersteunt. De oriëntatie van de reportercassette werd bevestigd middels Sanger-sequencing. Daarnaast werd de GFP-expressie in de bewerkte stammen geëvalueerd met RT-qPCR, waaruit een verhoogde accumulatie van GFP-transcripten bleek ten opzichte van de WT-stam (Figuur 4B). Expressiewaarden werden berekend met de 2−ΔΔCt-methode en genormaliseerd ten opzichte van het referentiegen 16s, waarbij de WT-stam als controle diende. De gegevens representeren het gemiddelde ± SD van drie biologische replica's (n = 3). Statistische significantie werd bepaald via een eenweg-ANOVA, gevolgd door de toets van Dunnett ten opzichte van de WT-controle.
De huidige beperking van de studie is de afwezigheid van een controlevector, zoals een lege-gRNA pCasPP-HDR, om de basislijn van de recombinatiecoëfficiënt vast te stellen. Toekomstige studies zouden een dergelijke controle moeten bevatten.

Figuur 4. Moleculaire validatie van ΔnodC Mesorhizobium ciceri mutanten. (A) PCR-bevestiging van de nodC disruptie. Het linkerpaneel toont amplificatie met het primerpaar F1_nodB en nodC_R. Baan M, DNA-ladder; banen 1–4, ΔnodC M. ciceri mutanten; baan WT, wild-type M. ciceri. Het rechterpaneel toont amplificatie met het primerpaar F1_nodB en gfp_R. Baan M, DNA-ladder; banen 1–4, ΔnodC M. ciceri mutanten; baan WT, wild-type M. ciceri. De verwachte amplicongroottes zijn aangegeven. (B) Relatieve expressie van het groene fluorescerende eiwit (GFP) in ΔnodC M. ciceri mutanten, bepaald via reverse transcription kwantitatieve polymerasekettingreactie (RT-qPCR). Gene-expressie werd genormaliseerd naar het M. ciceri 16S ribosomaal RNA (16S rRNA) referentiegen en uitgedrukt relatief aan de wild-type (WT) controle met de 2^−ΔΔCt methode. Foutenbalken vertegenwoordigen de standaarddeviatie. Statistische significantie werd bepaald ten opzichte van de WT controle. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
De biologische impact van de disruptie van nodC werd geëvalueerd met behulp van infectie-assays met kikkererwten. Planten geïnoculeerd met WT M. ciceri vormden zichtbare wortelknolletjes, terwijl planten geïnoculeerd met ΔnodC M. ciceri een duidelijke vermindering of afwezigheid van knolvorming vertoonden (Figuur 5A). De niet-geïnoculeerde controleplanten bleven vrij van knolletjes, wat bevestigt dat de steriele experimentele condities zijn gehandhaafd (Figuur 5A). Kwantitatieve analyse van plantgroeiparameters toonde verdere verschillen aan tussen planten geïnoculeerd met WT en ΔnodC M. ciceri, waaronder wortellengte, vers wortelgewicht, droog wortelgewicht, scheutlengte, vers scheutgewicht, droog scheutgewicht en het aantal knolletjes (Figuur 5B). WT-geïnoculeerde planten vertoonden hogere aantallen knolletjes en verbeterde groeigerelateerde parameters in vergelijking met ΔnodC M. ciceri-geïnoculeerde en niet-geïnoculeerde controleplanten. Deze bevindingen zijn consistent met de disruptie van de nodC-geassocieerde knolvormingsfunctie en ondersteunen de toepasbaarheid van deze CRISPR-Cas9-gebaseerde workflow voor functionele genomica-studies in M. ciceri. Kwantitatieve gegevens over het plantfenotype werden geëvalueerd om verschillen tussen de behandelingsgroepen te vergelijken. In totaal werden 90 biologische replica's in de analyse opgenomen (n = 30 planten per behandelingsgroep). Gegevens worden weergegeven als gemiddelde ± SD. Statistische significantie werd beoordeeld met behulp van een één-weg variantieanalyse (ANOVA), gevolgd door de post-hoc meervoudige vergelijkingstest van Tukey. Verschillen werden als statistisch significant beschouwd bij P < 0,05.

Figuur 5. Functionele validatie van ΔnodC Mesorhizobium ciceri-mutanten met behulp van een infectieassay bij kikkererwten. (A) Representatieve kikkererwtenplanten (Cicer arietinum) 20 dagen na inoculatie met wild-type M. ciceri, ΔnodC M. ciceri of niet-geïnoculeerde controles. (B) Kwantitatieve analyse van plantengroei- en nodulatieparameters, waaronder wortellengte, nat wortelgewicht, droog wortelgewicht, scheutlengte, nat scheutgewicht, droog scheutgewicht en aantal wortelknolletjes. De gegevens worden gepresenteerd voor planten geïnoculeerd met wild-type M. ciceri, ΔnodC M. ciceri of niet-geïnoculeerde controles. De foutbalken vertegenwoordigen de standaarddeviatie. Statistische significantie werd bepaald via eenrichtingsvariantieanalyse (ANOVA) gevolgd door de Tukey-toets voor meervoudige vergelijkingen. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
Aanvullend bestand 1. Gedetailleerd protocol voor de preparatie en validatie van chemisch competente Escherichia coli cellen.Dit aanvullende bestand bevat de volledige procedure voor het prepareren en valideren van chemisch competente Escherichia coli DH5α en E. coli S17-1λpir cellen, inclusief de preparatie van bacteriële culturen, inductie van competentie, oogsten van cellen, wassen met CaCl₂–glycerolbuffer, aliquoteren, cryopreservatie en validatie via transformatie-efficiëntietests. Kritieke kwaliteitscontrolemaatregelen, bewaaradviezen en acceptatiecriteria voor competentie zijn evenneens opgenomen. Klik hier om dit bestand te downloaden.
Aanvullend bestand 2. Gedetailleerd protocol voor de constructie van homology-directed repair (HDR)-templates en de assemblage van CRISPR-Cas9 genoombewerkingsvectoren.Dit aanvullende bestand bevat gedetailleerde procedures voor de excisie van de green fluorescent protein (GFP)-cassette, de constructie van het pUC18-gfp tussenplasmid, de amplificatie en klonering van stroomopwaartse en stroomafwaartse homologiearmen, de assemblage van het volledige homology-directed repair (HDR)-template, de preparatie van pCasPP-guide RNA (gRNA)-vectoren, de insertie van HDR-templates in CRISPR-Cas9-plasmiden, fluorescentiegebaseerde kloonscreening en de validatie van recombinante plasmiden via restrictieanalyse en Sanger-sequenering. Klik hier om dit bestand te downloaden.
Aanvullend bestand 3. Gedetailleerd protocol voor biparentale paring en generatie van GFP-gelabelde Mesorhizobium ciceri-transconjuganten.Dit aanvullende bestand beschrijft de voorbereiding van donor- en recipientstammen, biparentale paring via membraanfiltratie, herstel en antibiotische selectie van transconjuganten, procedures voor plasmid-curing, fluorescentiegebaseerde screening van recombinante kolonies, moleculaire bevestiging van genoom-bewerkte stammen, en korte- en langetermijnbewaring van bevestigde GFP-positieve M. ciceri-transconjuganten. Gedetailleerde kweekcondities, paringparameters en selectieprocedures worden verstrekt. Klik hier om dit bestand te downloaden.