Een abonnement op JoVE is vereist om deze inhoud te bekijken. Log in of start vandaag met uw gratis proefperiode.
Onderzoeksartikel
* These authors contributed equally
Deze studie integreert openbare datasets, validatie met gepaarde weefsels, celmigratie-assays, voorspelling van target-netwerken en analyse van immuunsignaturen om miR-192-5p in colorectale kanker te evalueren. De bevindingen benadrukken de discrepantie tussen de expressiegegevens van TCGA/GDC en lokale qRT-PCR-resultaten en waarschuwen tegen overinterpretatie van de diagnostische, prognostische, functionele en immuun-gerelateerde significantie ervan.
Colorectaal carcinoom (CRC) is een heterogene maligniteit waarbij microRNA's kunnen bijdragen aan tumorprogressie en de ontdekking van biomarkers. Deze studie evalueerde de klinische significantie, immuunassociaties en het functionele netwerk van miR-192-5p bij CRC door de integratie van bioinformatische analyses van TCGA/GDC en GEO, qRT-PCR-validatie van gepaarde weefsels, targetvoorspelling, analyse van immuunsignaturen en wound-healing-experimenten met HT29-cellen. Heranalyse van TCGA/GDC miRNA-seq-data omvatte 616 tumor- en 11 normale COADREAD-monsters en toonde een hoger hsa-mir-192-signaal op databaseniveau in tumor-monsters dan in normale monsters (Mann-Whitney p = 9.96 x 10-8). Dezelfde trend werd waargenomen in 11 gepaarde TCGA-gevallen (mediaan verschil tumor-normaal = 3.13 log2[RPM + 1], Wilcoxon p = 0.0029), terwijl lokale qRT-PCR in gepaarde klinische weefsels een lagere expressie van volwassen miR-192-5p in CRC-weefsels ondersteunde. Op TCGA gebaseerde ROC-analyse toonde een sterke scheiding tussen tumor en normaal weefsel, maar gebalanceerde resampling- en leave-one-normal-out-analyses bevestigden dat dit resultaat voorzichtig geïnterpreteerd moet worden vanwege het beperkte aantal normale monsters. Clinicopathologische analyse suggereerde associaties met N-stadium en leeftijd in de TCGA-cohort, terwijl T-stadium en M-stadium niet significant waren in de samenvattende tabel, en de analyse van de algehele overleving geen significante prognostische associatie liet zien. Analyses van kandidaat-hubgenen met behulp van TCGA RNA-seq leverden exploratief bewijs voor expressie, correlatie en overleving, maar stelden geen directe targeting door miR-192-5p vast. Analyse van immuunsignaturen toonde heterogene, grotendeels zwakke correlaties. Functioneel gezien reduceerde transfectie met een miR-192-5p-mimic de wondsluiting van HT29. Deze bevindingen geven aan dat miR-192-5p biologisch relevant is voor CRC, maar dat de expressierichting en klinische interpretatie platformafhankelijk zijn en verdere experimentele validatie vereisen.
Colorectaal carcinoom (CRC) is een van de meest voorkomende maligniteiten wereldwijd en blijft een belangrijke oorzaak van kankergerelateerde mortaliteit1,2. Hoewel colonoscopie, immunochemische ontlastingstests, SEPT9-methyleringstests, circulerende tumormarkers en moleculaire profilering de detectie en het klinische beheer van CRC hebben verbeterd3,4, blijft er aanzienlijke heterogeniteit bestaan in de tumorbiologie, de behandelrespons en de uitkomsten voor de patiënt5,6,7. Biomarkers die helpen bij het karakteriseren van de CRC-biologie kunnen daarom bijdragen aan risicostratificatie en aan de ontwikkeling van meer geïndividualiseerde therapeutische strategieën8.
Micro-RNA's (miRNA's) zijn kleine niet-coderende RNA's, ongeveer 19–24 nucleotiden lang, die genexpressie reguleren voornamelijk via post-transcriptionele mechanismen9. Ontregelde miRNA-expressie kan de proliferatie, migratie, invasie, apoptose, immuuninteracties en behandelingsrespons van kankercellen beïnvloeden10. Er is gerapporteerd dat miR-192-5p op een contextafhankelijke manier werkt bij verschillende ziekten en kankers, met zowel oncogene als tumor-suppressieve associaties, afhankelijk van het weefseltype, de moleculaire achtergrond en het experimentele systeem11,12,13,14,15,16. Bij CRC hebben eerdere studies veranderde miRNA-profielen in klinische monsters en functionele regulatie van maligne fenotypes in colonkankercellen gerapporteerd12,14,15. Analyses van publieke databases laten echter niet altijd dezelfde expressierichting zien, en de klinische significantie, het target-netwerk en de immuunassociaties van miR-192-5p bij CRC vereisen een zorgvuldige evaluatie.
De huidige studie evalueerde miR-192-5p in CRC door de integratie van bio-informatische analyses van TCGA/GDC en GEO, qRT-PCR validatie in gepaarde klinische weefsels, in vitro migratie-assays, voorspelling van kandidaat-doelgenen, pathway-verrijking en correlatieanalyse van immuunsignaturen. De studie was gebaseerd op de hypothese dat rijp miR-192-5p mogelijk downgereguleerd is in CRC-weefsels en een tumorsuppressief effect kan uitoefenen. Omdat het geanalyseerde TCGA/GDC miRNA-seq signaal de tegenovergestelde expressierichting vertoonde, worden de resultaten geïnterpreteerd als exploratief en platformafhankelijk, in plaats van als een enkel definitief expressiepatroon.
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Deze studie werd uitgevoerd in overeenstemming met de Verklaring van Helsinki. Goedkeuring werd verleend door de Ethiekcommissie van de Inner Mongolia Medical University op 21 oktober 2021. Schriftelijke geïnformeerde toestemming werd verkregen van alle deelnemers die aan de studie deelnamen.
Afname van klinische monsters
Gepaarde CRC- en aangrenzende niet-kankerous weefsels werden verzameld van 45 patiënten die tussen december 2017 en februari 2020 een radicale resectie ondergingen. Geen van de patiënten ontving preoperatieve radiotherapie of chemotherapie, en patiënten met andere maligniteiten werden uitgesloten. Aangrenzend niet-kankerous weefsel werd verzameld op ten minste 5 cm van de tumormarge. Monsters werden direct na chirurgische verwijdering ingevroren en bewaard in vloeibare stikstof tot aan de RNA-extractie. De cohort bestond uit 27 mannelijke en 18 vrouwelijke patiënten; 13 patiënten waren jonger dan 60 jaar en 32 waren 60 jaar of ouder. Clinicopathologische variabelen omvatten tumerdiameter, TNM-stadium, differentiatie, vasculaire tumortrombus, lymfekliermetastasen en het preoperatieve CEA-niveau.
Publieke data-acquisitie en preprocessing
Open-access miRNA-seq-, RNA-seq- en klinische gegevens voor TCGA-COAD en TCGA-READ werden verkregen via het Genomic Data Commons-portaal. Primaire tumoren en normale vaste weefselmonsters werden geïdentificeerd op basis van het GDC-monstertype. Metastatische en recidiverende tumorstalen werden uitgesloten van de differentiële expressieanalyse tussen tumor en normaal weefsel. Voor de TCGA miRNA-seq-bestanden was hsa-mir-192 de database-entry die voor deze analyse werd gedetecteerd; expressiewaarden werden geanalyseerd als log2(RPM + 1), waarbij RPM staat voor reads per million gemapte miRNA-reads. Zowel ongepaarde als gepaarde tumor-normaal analyses werden uitgevoerd wanneer overeenkomstige monsters beschikbaar waren. De GEO-datasets GSE89076 en GSE156355 werden gebruikt voor de screening van kandidaat-doelgenen. Differentieel tot expressie gebrachte genen uit GEO werden gescreend met een aangepaste p < 0,05 en een absolute log2 fold-change ≥ 2. De namen van de datasets werden in het gehele manuscript op consistentie gecontroleerd.
Diagnostische, clinicopathologische en overlevingsanalyses
Receiver operating characteristic (ROC)-analyse werd gebruikt om de exploratieve scheiding tussen tumor- en normaalweefsel te beoordelen in TCGA-COAD, TCGA-READ en de gecombineerde COADREAD-cohort. Vanwege het geringe aantal normale monsters werden aanvullende sensitiviteitsanalyses uitgevoerd, waaronder gebalanceerde tumor-normaal resamplings met 5.000 iteraties en leave-one-normal-out-analyse. Voor clinicopathologische associatieanalyses werden primaire tumorstalen verdeeld in groepen met een hoge en lage expressie op basis van het mediane TCGA miR-192-expressieniveau. Analyses werden herhaald voor de gecombineerde COADREAD-cohort en voor COAD en READ afzonderlijk wanneer de steekproefomvang dit toeliet. De algehele overleving werd geëvalueerd met Kaplan-Meier-analyse met de log-ranktoets en univariabele Cox-regressie. Diagnostische, clinicopathologische en overlevingsanalyses werden afzonderlijk gerapporteerd om overschatting van prognostische conclusies te voorkomen.
Analyses van kandidaat-doelgenen en hub-genen
Kandidaat-doelgenen werden geïdentificeerd door miRWalk-voorspellingen te integreren met differentieel tot expressie gebrachte genen uit GSE89076 en GSE156355. De overlap tussen deze drie bronnen werd behouden voor verdere exploratieve analyse. Er werd een eiwit-eiwit-interactienetwerk geconstrueerd met STRING, en hub-genen werden geselecteerd op basis van node-graad en module-connectiviteit met behulp van Cytoscape-gebaseerde cytoHubba- en MCODE-analyses. De behouden hub-genen (KIF20A, TPX2, CDCA5, CCNB1, CDK1, PLP1, NRXN1, GRIK3 en KIF5C) werden verder geëvalueerd met behulp van TCGA RNA-seq data. Verschillen in expressie tussen tumor- en normaalweefsel, Spearman-correlaties met TCGA miR-192 expressie en associaties met de algehele overleving werden samengevat als aanvullende exploratieve analyses. Deze genen werden uitsluitend als kandidaat-doelen beschouwd; er werd op basis van de bio-informatische gegevens geen directe binding, rescue-effect of regulatie op eiwitniveau stroomafwaarts afgeleid.
GO- en KEGG-verrijkingsanalyse
Gene Ontology (GO)- en Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)-verrijkingsanalyses werden uitgevoerd voor de set kandidaatgenen en significante netwerkmodules. GO-termen werden gegroepeerd in categorieën voor biologische processen, cellulaire componenten en moleculaire functies. Verrijkingsresultaten met p < 0,05 werden als statistisch opmerkelijk beschouwd en werden geïnterpreteerd als hypothese-genererende signalen voor pathways in plaats van experimenteel gevalideerde mechanismen.
RNA-extractie en qRT-PCR-analyse
Totaal RNA werd geëxtraheerd uit 45 gepaarde CRC- en aangrenzende niet-kankerous weefselmonsters met TRIzol-reagens volgens het protocol van de fabrikant. De RNA-zuiverheid en -concentratie werden spectrofotometrisch bepaald, en monsters met A260/A280-waarden tussen 1,8 en 2,1 werden gebruikt voor reverse transcriptie. qRT-PCR werd uitgevoerd met een miRNA reverse transcriptie-systeem en SYBR Green-gebaseerde miRNA qPCR-reagentia van TransGen Biotech. Reverse transcriptie en qPCR-amplificatie werden uitgevoerd volgens de instructies van de reagensfabrikant. Elke qRT-PCR-reactie werd in technisch triplikaat uitgevoerd. RNU6B werd gebruikt als interne referentie. De miR-192-5p-primers waren 5'-GGGGCTGACCTATGAATTGA-3' (forward) en 5'-CAGTGCAGGGTCCGAGGT-3' (reverse). De RNU6B-primers waren 5'-ATTGGAACGATACAGAGAAGATT-3' (forward) en 5'-GGAACGCTTCACGAATTTG-3' (reverse). Smeltcurve-analyse werd gebruikt om de amplificatiespecificiteit te beoordelen wanneer dit werd ondersteund door het qPCR-platform. De relatieve expressie werd berekend met de 2-ΔΔCt-methode. Resultaten van gepaarde tumor- en aangrenzende weefsels werden geanalyseerd als gepaarde klinische metingen.
Celkweek en transfectie
De menselijke CRC-cellijn HT29 werd verkregen uit de laboratoriumvoorraad van de auteurs en was geauthenticeerd en bevestigd als vrij van mycoplasma-contaminatie. HT29-cellen werden gekweekt in McCoy's 5A-medium aangevuld met 10% foetaal runderserum, 100 U/mL penicilline en 100 µg/mL streptomycine bij 37 oC in een 5% CO2-atmosfeer. Cellen werden gepasseerd wanneer ze een confluentie van ongeveer 80% bereikten. miR-192-5p mimics en het negatieve-controle-oligonucleotide con238 werden gekocht bij Sangon Biotech (Shanghai, China) en gebruikt voor transiënte transfectie. HT29-cellen werden uitgeplaat in 6-wells platen en getransfecteerd wanneer de celdichtheid ongeveer 20–30% bereikte, met een uiteindelijke oligonucleotideconcentratie van 50 nM en een lipid-gebaseerd transfectieprotocol dat werd uitgevoerd volgens de instructies van de fabrikant van het reagens. De exacte reagens-oligonucleotide-verhouding en reagenshoeveelheid volgden het door de fabrikant aanbevolen protocol zoals vastgelegd in de laboratoriumverslagen van de auteurs. Cellen werden geïncubeerd met transfectiecomplexen onder standaard kweekcondities, waarna downstream transfectie-imaging en wound-healing assays werden uitgevoerd volgens het experimentele schema. Alleen gegevens van HT29-cellen werden in de huidige studie opgenomen.
Wondgenezingsassay
Getransfecteerde HT29-cellen werden uitgezaaid in 6-wells platen en gekweekt tot er een confluente monolaag was gevormd. Met een steriele 200 µL pipetpunt werd een lineaire kras aangebracht, waarna losgekomen cellen werden verwijderd door te wassen met PBS. Het medium werd vervolgens vervangen door serumvrij medium om proliferatie-gerelateerde effecten tijdens de beoordeling van de migratie te verminderen. Beelden van de wond werden vastgelegd op 0 h, 24 h en 48 h. De wound-healing assay werd uitgevoerd in drie onafhankelijke biologische replica's, waarbij voor elke groep en elk tijdstip meerdere microscopische velden werden gemeten. De wondbreedte werd gekwantificeerd op basis van microscopiebeelden met behulp van beeldanalyse-software; de exacte softwareversie die werd gebruikt voor de oorspronkelijke metingen was niet beschikbaar in de brondocumentatie. De wondgenezingssnelheid werd berekend als [(wondbreedte op 0 h - wondbreedte op het aangegeven tijdstip) / wondbreedte op 0 h] x 100%. Omdat de beschikbare manuscriptgegevens geen apart proliferatie-controle-experiment bevatten, werden de wound-healing resultaten geïnterpreteerd als migratie-gerelateerd, maar zonder proliferatie-effecten volledig uit te sluiten.
Correlatieanalyse van immuunhandtekeningen
De associatie tussen TCGA miR-192 expressie en immuun-gerelateerde signatures werd opnieuw beoordeeld met behulp van RNA-seq data van primaire tumoren. In totaal werden 425 tumorstalen met bijbehorende miRNA- en RNA-seq data opgenomen in de correlatieanalyse van de signature-scores. De expressie van miR-192 vertoonde na correctie voor de false-discovery rate statistisch significante, maar zwakke negatieve correlaties met verschillende immuun-signatures, waaronder Tfh-cellen (rho = -0.205, FDR = 0.00049), geactiveerde dendritische cellen (rho = -0.186, FDR = 0.00098), Treg-cellen (rho = -0.185, FDR = 0.00098), plasmacytoïde dendritische cellen (rho = -0.169, FDR = 0.0027) en macrofagen (rho = -0.149, FDR = 0.0092). Positieve correlaties werden hoofdzakelijk waargenomen voor eosinofiele (rho = 0.139, FDR = 0.0155) en Th17-cel signatures (rho = 0.121, FDR = 0.0296). Deze bevindingen wijzen op heterogene en over het algemeen zwakke immuunassociaties in plaats van een uniform positief patroon van immuuninfiltratie.
Statistische analyse
Statistische analyses werden uitgevoerd met behulp van GraphPad Prism 9.0, SPSS 25.0 en R-software 3.6.3. Continue variabelen werden samengevat als gemiddelde ± standaarddeviatie of mediaan met interkwartielafstand, afhankelijk van de geschiktheid. Gepaarde weefselvergelijkingen werden geanalyseerd met gepaarde tests wanneer tumor- en aangrenzende weefselmonsters waren gekoppeld. Non-parametrische tests werden gebruikt wanneer de aannames voor normaliteit niet werden behaald. ROC-curves, gebalanceerde resampling en leave-one-normal-out analyse werden gebruikt voor exploratieve diagnostische discriminatie; Chi-kwadraat-tests werden gebruikt voor categorische clinicopathologische associaties; log-rank en Cox-modellen werden gebruikt voor overlevinganalyses; en Spearman-correlatie werd gebruikt voor analyses van immuun- en hub-genen. Tweezijdige p < 0,05 werd beschouwd als statistisch significant, waarbij correctie voor de false-discovery rate werd gerapporteerd voor correlaties van immuunhandtekeningen.
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Expressieanalyse in publieke datasets en gepaarde klinische weefsels
Het expressiepatroon van miR-192 werd opnieuw beoordeeld met behulp van GDC-afgeleide TCGA-COAD en TCGA-READ miRNA-seq data (Figuur 1). In deze bestanden was de vermelding op databaseniveau geannoteerd als hsa-mir-192 in plaats van direct als de mature hsa-miR-192-5p soort; daarom werd dit resultaat uit de openbare database geïnterpreteerd als een TCGA miR-192 signaal. In de geco...
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Deze studie evalueerde de klinische en biologische relevantie van miR-192-5p bij CRC door publieke datasetanalyse, lokale weefselvalidatie, targetnetwerkvoorspelling, immuunsignatuuranalyse en in vitro migratie-experimenten te combineren. De analyses maakten gebruik van geverifieerde TCGA-monsterdefinities, scheidden COAD en READ waar mogelijk, gebruikten log2(RPM + 1) miRNA-waarden, maakten onderscheid tussen gepaarde en ongepaarde vergelijkingen, testten de robuustheid van de ROC en voegden RNA-seq-gevoeligheidsanalyse...
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
De auteurs hebben geen belangenverstrengeling te verklaren.
De auteurs danken het Molecular Diagnostic Laboratory of Tumor van de Inner Mongolia Medical University voor de technische ondersteuning. Dit werk werd ondersteund door het Scientific Research Project van de Yancheng Municipal Health Commission (Grant No. YK2023101), die ook de kosten voor de publicatie van het artikel heeft gefinancierd.
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
| Naam | Bedrijf | Catalogusnummer | Opmerkingen |
|---|---|---|---|
| 0,25%+2:60 trypsine-EDTA | Biological Industries | 03-054-1 | Celldigestie/passaging |
| 10% ammoniumpersulfaat | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | A8090 | SDS-PAGE reagens |
| 10% natriumdodecylsulfaat | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | SIS1070 | SDS-PAGE reagens |
| 4x protein-laadbuffer | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | P1016 | Voorbereiding van proteinemonsters |
| Ultra-lage temperatuurvriezer (-80 °C) | Qingdao Haier Biomedical Co., Ltd. | https://www.haiermedical.com/ | Monsteropslag |
| Anti-Myc mycoplasma-verwijderingsreagens | Wuhan Procell Life Science & Technology Co., Ltd. | P-CMR-001 | Mycoplasma-decontaminatie |
| ARL2, BATF2, MEN1 en beta-actine primer-sets | Sangon Biotech Co., Ltd., Shanghai, China | Custom synthesized | mRNA qPCR-primers |
| Automatische microplatereader | PerkinElmer, USA | VICTOR Nivo | Absorbantiemeting |
| BCA Protein Assay Kit | Thermo Fisher Scientific | 23225 | Proteinkwantificering |
| Biosafety cabinet / clean bench | Qingdao Haier Biomedical Co., Ltd. | https://www.haiermedical.com/ | Aseptische celkweek |
| Celtelekamer / hemocytometer | Shanghai Qiujing Biochemical Reagent Instrument Co., Ltd. | http://www.shqiujing.net/ | Celtelling |
| Cell Counting Kit-8 (CCK-8) | Biosharp | BS350B | Celproliferatie/cytotoxiciteitsassay |
| Celkweekflessen, kweekplaten, centrifugebuizen en pipetpunten | Corning | https://www.corning.com/in/en.html | Algemene verbruiksartikelen voor celkweek |
| Cell Cycle and Apoptosis Detection Kit | Meilun Biotechnology Co., Ltd., Dalian, China | https://www.chemicalbook.com/ShowSupplierProductsList13366/0_EN.htm | Flowcytometrische celcyclus-/apoptoseanalyse |
| CO2-celincubator | Qingdao Haier Biomedical Co., Ltd. | https://www.haiermedical.com/ | Celkweek |
| con238 negatieve-controle oligonucleotide | Sangon Biotech Co., Ltd., Shanghai, China | Custom synthesized | Transfectiecontrole |
| Cytoscape software | Cytoscape Consortium | https://cytoscape.org/ | Visualisatie van netwerkmodules en hub-genen |
| Digitale thermostatische magnetroerder | Changzhou Saipu Experimental Instrument Factory | https://czxtyq.en.alibaba.com/ | Bereiding van oplossingen |
| Elektrische thermostatische blast-droogoven | Nanjing Wohuan Technology Industry Co., Ltd. | https://www.wtsensor.com/about-wt/aboutwt/ | Ondersteuning bij drogen/sterilisatie |
| Elektroforesesysteem | Bio-Rad Laboratories | Mini-PROTEAN 3 Cell | Gelelektroforese |
| Elektrotransfer-systeem | Hoefer | TE77XP | Proteïnetransfer |
| Foetaal bovien serum | Biological Industries | 04-001-1ACS | Supplement voor celkweek |
| Flowcytometer | ACEA Biosciences | NovoCyte | Flowcytometrie |
| Fluorescentie-inverted-microscoop | Ningbo Sunny Instruments Co., Ltd. | https://www.sunny-instrument.com/en | Beeldvorming van cellen en wonden |
| GDC/TCGA portaal | National Cancer Institute | Open-access database | Publieke miRNA-seq, RNA-seq en klinische gegevens |
| GEO-database | National Center for Biotechnology Information | GSE89076 en GSE156355 | Publieke genexpressie-datasets |
| GraphPad Prism | GraphPad Software | Version 9 | Statistische analyse en grafieken |
| Hogesnelheids gekoelde centrifuge | Shanghai Huxiangyi Centrifuge Instrument Co., Ltd. | https://www.bioridgecentrifuge.com/ | Monsterbereiding |
| HT29-cellen | Celvoorraad laboratorium auteurs | Not applicable | Humane colorectale kankercellijn |
| Beeldanalyse-software | ImageJ | Not applicable | Kwantificering van wondbreedte |
| Beeldvormingssysteem | Tanon Science & Technology Co., Ltd. | Tanon-5200 | Gel/blot-beeldvorming |
| IncuCyte S3 systeem voor dynamische celobservatie en functionele analyse | Beijing Sensi Wantong Technology Co., Ltd. | IncuCyte S3 | Live-cell imaging/functieanalyse |
| Intelligent thermostatisch waterbad | Leica | HI1210 | Temperatuurgecontroleerde incubatie |
| Lentivirus en infectiereagens | Shanghai GeneChem Co., Ltd. | https://synapse.patsnap.com/organization/04ffbf33ff2a6311226a8fa05498cec4 | Stabiele celtransductie |
| Handmatige pipetten | Gilson | PIPETMAN P | Vloeistofbehandeling |
| McCoy's 5A basaal medium | Wuhan Procell Life Science & Technology Co., Ltd. | PM150710 | HT29 celkweekmedium |
| Medische centrifuge | Fabrikant uit Zhuhai niet gespecificeerd | 3200 | Monsterbereiding |
| Medische koelkast-vriezer | Qingdao Haier Biomedical Co., Ltd. | https://www.haiermedical.com/ | Opslag van reagentia/monsters |
| Meilunbio Fixer Supersensitive ECL Chemiluminescent Substraat | Meilun Biotechnology Co., Ltd., Dalian, China | MA0186 | Immunoblot-detectie |
| Minicentrifuge | Beijing DLAB Scientific Co., Ltd. | https://www.dlabsci.com/ | Monsterbereiding |
| miR-192-5p en U6 primer-sets | TIANGEN Biotech Co., Ltd., Beijing, China | Custom synthesized | miRNA qPCR-primers |
| miR-192-5p mimic | Sangon Biotech Co., Ltd., Shanghai, China | Custom synthesized | Oligonucleotide voor transiënte transfectie |
| miRcute Enhanced miRNA First-Strand cDNA Synthesis Kit | TIANGEN Biotech Co., Ltd., Beijing, China | KR211 | miRNA reverse transcriptie |
| miRcute Enhanced miRNA Fluorescence Quantitation Kit (SYBR Green FP) | TIANGEN Biotech Co., Ltd., Beijing, China | FP411 | miRNA qPCR |
| miRWalk | Publieke database | Webdatabase | miRNA-target voorspellingsdatabase |
| Nitrocellulosemembraan | Millipore | HATF00010 | Membraan voor proteïnetransfer |
| Vetvrije melkpoeder | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | D8340 | Immunoblot blokkeringsreagens |
| Gepaarde colorectale kanker- en aangrenzende niet-kankeuwevloeden | Instituut van de auteurs | Not applicable | Klinische specimens |
| PCR-buisjes | Corning | PCR-02-C | PCR/qRT-PCR opstelling |
| Penicilline-streptomycine oplossing | Biological Industries | 03-031-1B | Antibioticum voor celkweek |
| PerfectStart Uni RT&qPCR Kit | TransGen Biotech Co., Ltd., Beijing, China | AUQ-01 | mRNA reverse transcriptie en qPCR |
| Fosfaatgebufferde zoutoplossing (PBS) | Biological Industries | 02-023-1A | Celwasbuffer |
| Prestained protein marker | Fermentas | 26619 | Moleculaire gewichtsmarker voor proteïnen |
| Systeem voor de bereiding van zuiver water | China Moer | Not available | Bereiding van zuiver water |
| Puromycine | Phygene | PH1143 | Selectie van getransduceerde cellen |
| R software | R Foundation for Statistical Computing | Version 3.6.3 | Statistische analyse en bioinformatica |
| Rapid transfer buffer | Crisbio | Not applicable | Proteïne-elektrotransfer |
| Real-time fluorescentie kwantitatief PCR-systeem | Applied Biosystems (ABI), USA | Not available | qRT-PCR detectie |
| RIPA lysisbuffer | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | R0020 | Proteïne-extractie |
| RNase-vrije microcentrifugebuisjes | Corning | 3208 | RNA-behandeling |
| Serumvrij celcryopreservatiemedium | New Cell & Molecular Biotech Co., Ltd. | C40100 | Celcryopreservatie |
| SPSS Statistics | IBM | Version 25 | Statistische analyse |
| Gestabiliseerde antilichaamverdunner | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | Not applicable | Verdunning van primaire/secundaire antilichamen |
| Steriele pipetpunten | Wuhan Servicebio Technology Co., Ltd. | TP-10-C | Tool voor wondgenezing-scratch |
| STRING-database | STRING Consortium | Webdatabase | Analyse van proteïne-interactienetwerken |
| TEMED | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | T8090 | SDS-PAGE reagens |
| TransZol Up | TransGen Biotech Co., Ltd., Beijing, China | ET111-01 | RNA-extractie |
| Tris-HCl buffer, pH 6,8 | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | T1020 | SDS-PAGE stacking-gel buffer |
| Tris-HCl buffer, pH 8,8 | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | T1010 | SDS-PAGE resolving-gel buffer |
| Tween-20 | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | T8220 | Immunoblot wasreagens |
| Verticale overdrukstoomsterilisator | Shanghai Boxun Medical Biological Instrument Corp. | BXM-30R | Sterilisatie |
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.