YTHDC1 bevordert de cytoplasmatische export van m6A-gemodificeerde Rab27A, terwijl IGF2BP2 Rab27A in het cytoplasma stabiliseert, waardoor de differentiatie van osteoclast wordt versterkt en bijdraagt aan osteoporose.
Een abonnement op JoVE is vereist om deze inhoud te bekijken. Log in of start vandaag met uw gratis proefperiode.
Onderzoeksartikel
* These authors contributed equally
YTHDC1 bevordert de cytoplasmatische export van m6A-gemodificeerde Rab27A, terwijl IGF2BP2 Rab27A in het cytoplasma stabiliseert, waardoor de differentiatie van osteoclast wordt versterkt en bijdraagt aan osteoporose.
De ontwikkeling van nieuwe therapieën voor osteoporose heeft steeds meer aandacht gekregen. Rab27A wordt opgereguleerd tijdens osteoclastdifferentiatie, en N6-methyladenosine (m6A) modificatie is uitgegroeid tot een belangrijke epigenetische regulator bij orthopedische aandoeningen. Bio-informatische analyses voorspelden dat Rab27A meerdere m6A-modificatieplaatsen bevat en interageert met verschillende m6A-geassocieerde eiwitten. Knockdown-experimenten werden uitgevoerd om de rol van Rab27A in osteoclastdifferentiatie en osteoporose te evalueren met behulp van een ovariectomeerd (OVX) muismodel. Rab27A-depletie verminderde osteoporose en verhoogde het botvormingspercentage van 14,73% naar 28,13% (P < 0,05) bij OVX-muizen. Western blotting en kwantitatieve PCR toonden aan dat Rab27A knockdown de eiwit- en mRNA-expressie van de osteoclastmarkers TRAP, NFATc1 en c-FOS verminderde, waardoor de osteoclastdifferentiatie van beenmerg-afgeleide macrofagen (BMM's) geïnduceerd door macrophage colony-stimulating factor (M-CSF) en receptoractivator van nucleaire factor-κB ligand (RANKL) werd onderdrukt. TRAP-kleuring toonde verder aan dat een uitputting van Rab27A de activiteit van TRAP significant verminderde van 24,1% naar 12,9% (P < 0,01) na M-CSF en RANKL-inductie. RNA-immunoprecipitatie-assays bevestigden interacties tussen Rab27A en de m6A-lezereiwitten YTHDC1 en IGF2BP2. Nucleaire en cytoplasmatische fractionering toonde aan dat YTHDC1 de cytoplasmatische export van m6A-gemodificeerde Rab27A faciliteert. Daarnaast toonden q-PCR- en western blot-analyses aan dat knockdown van ofwel YTHDC1 of IGF2BP2 de expressie van Rab27A verminderde en de expressie van TRAP, NFATc1 en c-FOS verminderde, waardoor de osteoclastdifferentiatie geïnduceerd door M-CSF en RANKL werd onderdrukt. Gezamenlijk geven deze bevindingen aan dat door YTHDC1 gemedieerde cytoplasmatische export en IGF2BP2-gemedieerde stabilisatie van m6A-gemodificeerde Rab27A osteoclastdifferentiatie bevorderen en bijdragen aan botverlies in het OVX-muismodel.
Osteoporose (OP) is een veelvoorkomende skeletaandoening die wordt gekenmerkt door achteruitgang van de botmicroarchitectuur en verminderde botmineralendichtheid, wat wereldwijd leidt tot een verhoogd risico op breuken 1,2,3. Osteoporotische fracturen komen het vaakst voor in de onderarm, humerus, heup en wervelkolom en komen vooral voor bij oudere volwassenen. Deze breuken verzwakken de kwaliteit van leven aanzienlijk en leggen aanzienlijke fysieke, psychologische en sociaaleconomische lasten op voor patiënten, hun families en zorgsystemen3. Daarom blijven preventie, beheer en behandeling van osteoporose belangrijke klinische en volksgezondheidsprioriteiten.
Er zijn verschillende therapeutische strategieën ontwikkeld voor osteoporose en kunnen over het algemeen worden ingedeeld in twee categorieën: botvormende middelen en anti-resorptieve therapieën 4,5. Traditionele anti-resorptieve middelen zijn bisfosfonaten, raloxifeen en strontiumranelaat, terwijl nieuwere middelen denosumab, odanacatib en saracatinib zijn. Botvormende therapieën omvatten parathyreoïdhormoon (PTH 1–84), terwijl verschillende aanvullende kandidaten, zoals MK-5442, AMG 785 en BHQ 880, nogklinische ontwikkeling ondergaan. Hoewel deze behandelingen effectief kunnen zijn, zijn veel daarvan geassocieerd met significante bijwerkingen, beperkte langetermijneffectiviteit of beperkingen op langdurig gebruik 4,6,7,8,9. Langdurige toediening van aminobisfosfonaten en denosumab kan bijvoorbeeld de normale botremodelleringbelemmeren. Daarom blijft het identificeren van veiligere en effectievere therapeutische doelen een belangrijk doel in osteoporoseonderzoek.
Rab-eiwitten zijn belangrijke regulatoren van intracellulaire vesikeltransport en celsignalering en nemen deel aan diverse biologische processen, waaronder virale infectie, autofagie en cytoskeletorganisatie10. In de afgelopen jaren is er steeds meer aandacht geweest voor de rol van Rab-familie-eiwitten in botmetabolisme en osteoporose. Rab44 is gerapporteerd als het regulerend van osteoclastdifferentiatie door het moduleren van intracellulaire Ca2⁺-signalering en het activeren van de nucleaire factor van geactiveerde T-cellen 1 (NFATc1) in receptoractivator van nucleaire factor-κB ligand (RANKL)-behandelde macrofagen11. Osteoclasten zijn meerkernige cellen afkomstig van macrofagen-voorlopers en spelen essentiële rollen bij botresorptie en skelethomeostase 12,13,14,15,16,17,18,19. Daarom is het begrijpen van de moleculaire mechanismen die osteoclastdifferentiatie reguleren cruciaal voor het ontwikkelen van nieuwe therapeutische benaderingen voor osteoporose.
Rab27A is een belangrijk lid van de Rab GTPase-familie en wordt veel tot expressie gebracht in secretorische en immuuncellen. Het speelt een cruciale rol bij blaastransport, exocytose en intracellulaire signalering 20,21,22,23,24,25,26,27. Eerdere studies hebben aangetoond dat Rab27A eosinofieldegranulatie reguleert tijdens luchtwegontsteking en de vesiculaire mobilisatie die geassocieerd wordt met NADPH oxidase-activiteit in geactiveerde macrofagencontroleert 20.23. Opmerkelijk is dat steeds meer bewijs aangeeft dat de expressie van Rab27A significant wordt opgereguleerd tijdens osteoclastdifferentiatie. Shimada-Sugawara et al. rapporteerden dat de expressie van Rab27A toeneemt tijdens de differentiatie van beenmerg-afgeleide macrofagen (BMM's) tot osteoklasten, wat wijst op een mogelijke rol in osteoclastogenese28. Gezamenlijk suggereren deze bevindingen dat Rab27A de vorming en functie van osteoclasten kan beïnvloeden door het reguleren van vesiculaire verkeers- en intracellulaire signaalroutes28,29.
N6-methyladenosine (m6A) is de meest voorkomende interne RNA-modificatie in eukaryote boodschapper-RNA's en niet-coderende RNA's en dient als een cruciale regulator van RNA-metabolisme en genexpressie. Als de eerste geïdentificeerde mRNA-modificatie bij zoogdieren is m6A betrokken bij tal van biologische processen, waaronder RNA-stabiliteit, splicing, transport en translatie. Wang et al. toonden aan dat m6A-modificaties, die vaak voorkomen binnen geconserveerde sequentiemotieven, worden herkend door YTH-domeinhoudende eiwitten en bijdragen aan de regulatie van mRNA-stabiliteit en metabolisme30. Bovendien is m6A-modificatie betrokken bij diverse biologische functies, waaronder genoomstabiliteit, transcriptieregulatie, chromatineorganisatie, kankerprogressie en immuunresponsen31. Recente studies hebben ook belangrijke rollen van m6A-signalering bij botgerelateerde ziekten en osteoporose32 benadrukt.
Onder m6A-lezereiwitten functioneert YTHDC1 als een nucleaire lezer die RNA-verwerking en nucleaire export reguleert, terwijl het insuline-achtige groeifactor 2 mRNA-bindend eiwit 2 (IGF2BP2) m6A-gemodificeerde transcripten in het cytoplasma stabiliseert. Chen et al. toonden aan dat YTHDC1 de nucleaire export van m6A-gemodificeerde circNSUN2 bevordert, die vervolgens met IGF2BP2 interageert om HMGA2-mRNA te stabiliseren en colorectale kankermetastase33 te bevorderen. Deze bevindingen suggereren dat gecoördineerde regulatie door YTHDC1 en IGF2BP2 een algemeen mechanisme kan zijn dat het lot van m6A-gemodificeerde transcripten controleert.
De huidige studie onderzocht voorspelde m6A-modatieplaatsen binnen Rab27A mRNA en onderzocht de interacties met YTHDC1 en IGF2BP2. Van YTHDC1 werd vastgesteld dat het de nucleaire export van m6A-gemodificeerde Rab27A-transcripten vergemakkelijkte, terwijl IGF2BP2 interageerde met Rab27A in het cytoplasma en de stabiliteit ervan verbeterde. Door dit regulerende mechanisme bevorderde Rab27A de differentiatie van osteoclast en droeg het bij aan de progressie van osteoporose. Gezamenlijk identificeren de bevindingen een voorheen niet erkende m6A-afhankelijke regulatieroute die YTHDC1, IGF2BP2 en Rab27A omvat bij osteoclastdifferentiatie. Deze resultaten bieden nieuwe inzichten in de moleculaire pathogenese van osteoporose en kunnen de ontwikkeling van nieuwe therapeutische strategieën vergemakkelijken gericht op m6A-gemedieerde regulatie van Rab27A.
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Alle dierprocedures zijn goedgekeurd door de Commissie voor Dierbescherming en Benutting van het Affiliated Hospital van Southwest Medical University (Goedkeuringsnr. 2024-Ethics-042). Alle experimenten werden uitgevoerd in overeenstemming met de ARRIVE-richtlijnen, de Britse Animals (Scientific Procedures) Act 1986 en bijbehorende richtlijnen, EU-richtlijn 2010/63/EU, en de National Institutes of Health Guide for the Care and Use of Laboratory Animals (NIH Publicatie nr. 8023, herzien 1978). Muizen werden willekeurig toegewezen aan experimentele groepen en de toewijzingsvolgorde werd voor de onderzoeker verborgen. Alle gegevensverzameling en -analyses, inclusief histologische evaluatie, micro-computertomografie (micro-CT) beeldanalyse en statistische analyses, werden uitgevoerd door onderzoekers die blind waren voor groepstoewijzing. Geen dieren of monsters werden uitgesloten van de analyses. Alle reagentia, apparatuur, software en andere middelen die in dit protocol worden gebruikt, staan vermeld in de Materiaalkunde.
1. Constructie van het Ovariectomiemodel (OVX)
Vierentwintig vrouwelijke wildtype C57BL/6 muizen van 8 weken oud werden gebruikt om een osteoporosemodel op te zetten. Na een acclimatisatieperiode van één week werden muizen willekeurig toegewezen aan de Sham- of OVX-groep. Het OVX-model werd vastgesteld door bilaterale ovariectomie zoals eerder beschreven 34,35. Sham-opererende muizen ondergingen een chirurgische blootstelling van de eierstokken zonder verwijdering.
Voor intrafemorale genafgifte werden lentivirale vectoren die sh-Rab27A of sh-NC expressief uitdrukken, 7 dagen na de OVX-operatie geïnjecteerd, zoals eerder gerapporteerd36,37. Kort gezegd werden geconcentreerde lentivirale deeltjes (1 × 106 transducerende eenheden/mL) via de patellaire route in het dijbeen geïnjecteerd met een 22-gauge naald onder narcose. Elke muis kreeg 20 μL lentivirale suspensie. De incisie werd vervolgens gehecht en de dieren werden gedurende het herstel gemonitord.
Alle dierproeven werden uitgevoerd onder specifieke ziekteverwekkervrije omstandigheden. Femure monsters werden 8 weken na de operatie afgenomen. Minstens zes muizen per groep werden gebruikt voor histologische analyses en RNA- of eiwitextractie.
2. In-vivo micro-CT beeldvorming
Micro-computertomografie (micro-CT) werd uitgevoerd om de morfologie van het trabeculaire bot te evalueren. Het rechter scheenbeen van elke muis werd in vivo gescand vóór de OVX-operatie op 14 weken leeftijd. Vervolgscans werden wekelijks uitgevoerd tot de leeftijd van 22 weken. Minstens zes muizen per groep werden opgenomen in de micro-CT-analyse.
Muizen werden verdoofd met intraperitoneale natriumpentobarbital (50 mg/kg lichaamsgewicht). Voldoende anesthesie werd bevestigd door het ontbreken van de teenpnijpreflex en door continue monitoring van de ademhalingsfrequentie, en deze werd gedurende de hele beeldvorming gehandhaafd. Alle euthanasieprocedures werden uitgevoerd in overeenstemming met het goedgekeurde dierenprotocol, institutionele richtlijnen voor dierenwelzijn en nationale regelgeving voor laboratoriumdieren euthanasie.
Op 24-jarige leeftijd werden muizen geëuthanaseerd door cervicale ontwrichting na diepe anesthesie, en beide scheenbeen werden geoogst voor ex vivo scanning met hetzelfde beeldvormingsprotocol. De scanparameters omvatten een voxelgrootte van 10,4 μm, een spanning van 55 kV, een stroom van 145 μA, een gezichtsveld van 32 mm, 1500/750 monsters per projectie en een integratietijd van 100 ms.
Beelden werden verwerkt met een derde-orde polynomiale beam-hardening correctie-algoritme gekalibreerd tegen een 1200 mg HA/cm3 phantom. Botvolumefractie (BV/TV), trabeculaire dikte (Tb.Th) en trabeculaire aantal (Tb.N) werden gekwantificeerd in de distale femorale metafyse die zich 1,0 mm proximaal van de groeiplaat bevindt.
3. Plasmidtransfectie
sh-Rab27A- en sh-NC-plasmiden werden gegenereerd en gebruikt voor de productie van lentivirussen. Lentivirale verpakkingsplasmiden en shRNA-constructies werden volgens de instructies van de fabrikant co-transfecteerd in HEK293T cellen. Virale titers werden bepaald vóór intrafemorale toediening, zoals eerder beschreven36. Er werden drie onafhankelijke biologische replicaten uitgevoerd.
4. Hematoxyline- en eosinekleuring (HE)
Femorale monsters werden 24 uur gefixeerd in 4% paraformaldehyde, 4 weken gedecalcificeerd in 10% EDTA, cryobeschermd in 30% sucrose/PBS, ingebed in paraffine en gesneden op een dikte van 5 μm. Weefseldoorsneden werden gekleurd met hematoxyline en eosine en onderzocht met een lichtmicroscoop. Er werden minstens zes muizen per groep geanalyseerd.
5. Tartraatbestendige zuurfosfatase (TRAP) kleuring
TRAP-kleuring van femorale secties werd uitgevoerd volgens de instructies van de fabrikant38. TRAP-activiteit in beenmerg-afgeleide macrofagen (BMM's) werd geëvalueerd met behulp van een TRAP-kleuringsassay. Rijpe osteoclasten werden gedefinieerd als TRAP-positieve multinucleaire cellen met ten minste drie kernen. Er werden drie onafhankelijke biologische replicaten uitgevoerd, elk met drie technische replicaten.
6. q-PCR
Totaal RNA werd geïsoleerd met behulp van TRIzol-reagens volgens de instructies van de fabrikant. Complementair DNA werd gesynthetiseerd met reverse transcriptase en onderworpen aan kwantitatieve realtime PCR met behulp van SYBR Green-chemie. Er werden drie onafhankelijke biologische replicaten uitgevoerd, elk met drie technische replicaten.
De primerreeksen waren als volgt:
Rab27A: F, TTCCTGCTTCTGTTCGACCT; R, GGCAGCACTGGTTTCAAAAT
VAL: F, TGTTGACAGCGGTCCATCTA; R, CCTCCTTCTTAACCCGAAGC
NFATc1: F, GGTGCTGTCTGGCCATAACT; R, GCGGAAAGGTGGTATCTCAA
C-FOS: F, TACTACCATTCCAGCCGA; R, GCTGTCACCGTGGGGATAAA
YTHDC1: F, GAAGTGGAAGCTCTGCATCAG; R, TTGATCTTTTCGGACAGCACG
IGF2BP2: F, GACTACCCCGACCAGAACTG; R, GAGGCGGGATGTTCCGAATC
β-actine: F, GGGAAATCGTGGTGACATTAAG; R, TGTGTTGGCGTACAGGTCTTTG
7. Western-blotting
Cellen of weefsels werden gelyseerd met behulp van een RIPA-buffer aangevuld met proteaseremmers. De eiwitconcentraties werden bepaald met behulp van een Bradford-assay. Gelijke hoeveelheden eiwit (20 μg) werden gescheiden door SDS-PAGE en overgebracht naar polyvinylidienfluoride (PVDF) of nitrocellulosemembranen. De membranen werden 1 uur lang geblokkeerd met 5% magere melk bij kamertemperatuur en 's nachts geïncubeerd bij 4 °C met primaire antilichamen tegen TRAP, NFATc1, c-FOS, Rab27A, YTHDC1, IGF2BP2 of β-actine. Na het wassen werden membranen geïncubeerd met de juiste secundaire antilichamen gedurende 1 uur bij kamertemperatuur. Eiwitbanden werden visualiseerd met standaard detectieprocedures. Er werden drie onafhankelijke biologische replicaten uitgevoerd.
8. Celcultuur
Macrofagen (BMM's) afkomstig van beenmerg werden geïsoleerd zoals eerder beschreven39. Beenmergcellen die uit muisdijbeen werden geoogst, werden 's nachts gekweekt in α-minimaal essentieel medium, aangevuld met 10% foetaal rundserum, 30 ng/mL macrofagenkoloniestimulerende factor (M-CSF) en 1% penicilline/streptomycine bij 37 °C in een bevochtigde atmosfeer met 5% CO₂. Niet-hechtende cellen werden verzameld en gekweekt in een stromaalcelvrij systeem met 30 ng/mL M-CSF. Na 3 dagen werden adherente cellen als BMM's geoogst en verder gekweekt in aanwezigheid van 30 ng/mL M-CSF en 50 ng/mL receptoractivator van nucleaire factor-κB ligand (RANKL) gedurende 72 uur om osteoclastdifferentiatie te induceren.
9. RNA-interferentie (RNAi)
Kleine interfererende RNA's (siRNA's) werden gesynthetiseerd en getransfecteerd met behulp van een lipide-gebaseerd transfectie-reagens volgens de instructies van de fabrikant. Cellen werden gezaaid met een dichtheid van 2 × 104 cellen per put in platen met zes putjes vóór transfectie. Er werden drie onafhankelijke biologische replicaten uitgevoerd.
De doelsequenties waren als volgt:
si-Rab27A: GGACUUAAUCAUCTAAGAGAAUGGAA
si-YTHDC1: GCAAGGAGUGUUAUCUUAATT
si-IGF2BP2: CCGUUAACCAACAAGCCAATT
10. Immunofluorescentie
De cellen werden 20 minuten gefixeerd met 4% paraformaldehyde en 10 minuten permeabilisiseerd met 0,1% Triton X-100. Na 30 minuten blokken met 5% rundereserumalbumine, werden cellen 's nachts geïncubeerd met primaire antilichamen bij 4 °C.
Na het wassen werden fluorofoor-geconjugeerde secundaire antilichamen 30 minuten bij kamertemperatuur aangebracht. Kernen werden tegengekleurd met DAPI en beelden werden gemaakt met behulp van confocale microscopie. Er werden drie onafhankelijke biologische replicaten uitgevoerd.
11. Nucleaire en cytoplasmatische scheiding
Nucleaire en cytoplasmatische fracties werden geïsoleerd volgens de instructies van de fabrikant. Cellen werden 10 minuten op ijs gelyseerd en 3 minuten gecentrifugeerd bij 500 × g bij 4 °C. Het supernatant met cytoplasmatische componenten werd verzameld, terwijl de pellet met kernen werd gewassen en apart verwerkt.
12. RNA-bindende eiwitimmunoprecipitatie (RIP)
RNA-immunoprecipitatie (RIP) assays werden uitgevoerd volgens de instructies van de fabrikant. Kort werden cellen 30 minuten op ijs gelyseerd. Na centrifugatie werden de supernatanten 's nachts geïncubeerd met antilichamen en eiwit A/G agarosekralen. Na het wassen werden immunoprecipitatieve eiwitten geanalyseerd met western blotting, en co-immunoprecipiteerd RNA werd geanalyseerd met kwantitatieve realtime PCR. Er werden drie onafhankelijke biologische replicaten uitgevoerd.
13. Rab27A mRNA stabiliteitsassay
Totaal RNA werd op de aangegeven tijdstippen na IGF2BP2 knockdown verwijderd. Vervolgens werden omgekeerde transcriptie en kwantitatieve realtime PCR uitgevoerd. De Rab27A mRNA-niveaus werden genormaliseerd naar de overeenkomstige si-NC-groep bij 0 uur. Er werden drie onafhankelijke biologische replicaten uitgevoerd.
14. Statistische analyse
Alle experimenten werden onafhankelijk uitgevoerd met ten minste drie biologische replicata. Voor q-PCR, RNA-interferentie, TRAP-kleuring, western blotting en andere celgebaseerde assays omvatte elke biologische replicatie drie technische replicaten, tenzij anders gespecificeerd. De gegevens worden gepresenteerd als het gemiddelde ± standaarddeviatie (SD).
Statistische analyses werden uitgevoerd met GraphPad Prism versie 9.0 en SPSS-software. Vergelijkingen tussen twee groepen werden uitgevoerd met behulp van een tweezijdige Student's t-test. Vergelijkingen tussen meerdere groepen werden geanalyseerd met behulp van een tweerichtingsvariantieanalyse (ANOVA), gevolgd door Tukey's multiple comparison post hoc test om te corrigeren voor meervoudige vergelijkingen. Een P-waarde < 0,05 werd als statistisch significant beschouwd.
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Knockdown van Rab27A verminderde osteoporose in vivo.
Om de rol van Rab27A bij osteoporose te onderzoeken, werd Rab27A knockdown uitgevoerd in een eierrot (OVX) muismodel dat eerder gerapporteerd is met methoden34,40. Het algemene onderzoeksontwerp wordt samengevat in Figuur 1. Micro-computertomografie toonde aan dat botmineraaldichtheid, botvolum...
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Osteoclastdifferentiatie speelt essentiële rollen bij botremodellering, botresorptie, breukherstel en skelethomeostase12˒15˒17˒18˒42˒43. Overmatige osteoclastactiviteit is een belangrijke factor in osteoporose, waardoor het identificeren van regulerende routes die osteoclastdifferentiatie reguleren een belangrijk onderzoeksdoel is. Verschillende ...
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
De auteurs geven geen concurrerende financiële belangen of belangenconflicten aan.
Dit werk werd financieel ondersteund door het Wetenschappelijk en Technologisch Strategisch Samenwerkingsproject tussen het Pengzhou Volksziekenhuis en de Southwest Medical University (subsidienummer 2023PZXNYD01) aan Lian Tang.
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
| Naam | Bedrijf | Catalogusnummer | Opmerkingen |
|---|---|---|---|
| 4% Paraformaldehyde | Thermo Fisher Scientific | A5818101 | Tissue and cell fixation |
| Alexa Fluor 488 secondary antibody | Thermo Fisher Scientific | A-11001 | Fluorescent secondary antibody for immunofluorescence; RRID: AB_2534069 |
| Alexa Fluor 546 secondary antibody | Thermo Fisher Scientific | A-11035 | Fluorescent secondary antibody for immunofluorescence; RRID: AB_2534093 |
| Bovine serum albumin (BSA) | Merck | A2153 | Blocking reagent |
| Bradford Protein Assay | Merck | B6916 | Protein quantification |
| C57BL/6JSlac mice | Shanghai SLAC Laboratory Animal Co., Ltd. | — | Female, 8 weeks old; RRID: MGI:2159769 |
| c-FOS antibody | Abcam | ab222699 | Primary antibody for western blotting; RRID: AB_2891049 |
| Confocal laser scanning microscope (SP8) | Leica Microsystems | SP8 | Immunofluorescence image acquisition; RRID: SCR_018169 |
| DAPI | Thermo Fisher Scientific | D3571 | Nuclear counterstain for immunofluorescence; RRID: AB_2307445 |
| EDTA | Merck | V900081-500G | Tissue decalcification reagent |
| Eosin | Solarbio | G1100 | Histological cytoplasmic stain |
| Fetal bovine serum (FBS) | Thermo Fisher Scientific | A5669701 | Cell culture supplement |
| GraphPad Prism | GraphPad Software | Version 9.0 | Statistical analysis software; RRID: SCR_002798 |
| Hematoxylin | Cell Signaling Technology | #14166 | Histological nuclear stain |
| IBM SPSS Statistics | IBM | Windows version | Statistical analysis software; RRID: SCR_016479 |
| IGF2BP2 antibody | Proteintech | 11601-1-AP | Primary antibody for western blotting and immunofluorescence; RRID: AB_2122672 |
| Inverted light microscope (DMi8) | Leica Microsystems | DMi8 | Histological image acquisition; RRID: SCR_026672 |
| Lentiviral titer quantification kit | Takara Bio | 631235 | Lentiviral titer determination |
| Lipofectamine 3000 | Thermo Fisher Scientific | L3000015 | Plasmid transfection reagent |
| Lipofectamine RNAiMAX | Thermo Fisher Scientific | 13778150 | siRNA transfection reagent |
| M-CSF | MedChemExpress | HY-P7085 | Osteoclast differentiation factor |
| Micro-computed tomography system | Scanco Medical | VivaCT80 | Bone morphometric analysis |
| M-MLV Reverse Transcriptase | Promega | M1701 | cDNA synthesis |
| NFATc1 antibody | Santa Cruz Biotechnology | sc-7294 | Primary antibody for western blotting; RRID: AB_2152503 |
| PARIS Kit | Thermo Fisher Scientific | AM1556 | Nuclear and cytoplasmic fractionation |
| Penicillin/Streptomycin | Thermo Fisher Scientific | 15140122 | Antibiotic supplement for cell culture |
| Power SYBR Green Master Mix | Thermo Fisher Scientific | 4367659 | Quantitative real-time PCR |
| Protease inhibitor cocktail | Thermo Fisher Scientific | 78429 | Prevention of protein degradation |
| Protein A/G agarose beads | Merck | IP05 | Immunoprecipitation |
| PVDF membrane | Thermo Fisher Scientific | 88520 | Protein transfer membrane for western blotting |
| Rab27A antibody | Abcam | ab55667 | Primary antibody for western blotting and immunofluorescence; RRID: AB_945112 |
| RANKL | MedChemExpress | HY-P7425 | Osteoclast differentiation factor |
| Real-time PCR system | Applied Biosystems | ABI7900HT | Quantitative real-time PCR instrument |
| RIPA buffer | Thermo Fisher Scientific | 78501 | Protein extraction buffer |
| RNA Immunoprecipitation (RIP) Kit | Millipore | RIP-12RXN | RNA immunoprecipitation assay |
| SDS-PAGE reagents | Thermo Fisher Scientific | BT041210BOX | Protein electrophoresis |
| shRNA plasmids | RiboBio | — | Gene silencing by RNA interference |
| Small interfering RNAs (siRNAs) | GenePharma | — | Gene silencing by RNA interference |
| SRAMP | Online resource | — | Prediction of m6A modification sites; RRID: SCR_024500 |
| StarBase (ENCORI) | Online resource | — | RNA interaction prediction database; RRID: SCR_016303 |
| TRAP antibody | Abcam | ab2391 | Primary antibody for western blotting; RRID: AB_303034 |
| TRAP staining kit | Merck | 387A | Detection of osteoclast activity |
| Triton X-100 | Thermo Fisher Scientific | 85111 | Cell permeabilization reagent |
| TRIzol Reagent | Thermo Fisher Scientific | 15596026CN | Total RNA isolation |
| YTHDC1 antibody | Abcam | ab122340 | Primary antibody for western blotting; RRID: AB_11128253 |
| α-MEM | FUJIFILM Wako Pure Chemical Corporation | 139-15651 | Cell culture medium |
| β-Actin antibody | Merck | A5441 | Loading control for western blotting; RRID: AB_476744 |
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.