Histochemische analyse van resistente en vatbare katoengenotypes
Histochemisch onderzoek van transversale wortel- en stengeldwarsdoorsneden in het stadium van de echte bladeren onthulde visuele verschillen tussen resistente en susceptible genotypen, zoals aangetoond in Figuur 4, Figuur 5 en Aanvullende Figuur 1 (transversale stengeldwarsdoorsneden). Hogere vergrotingen (100x–300x) boden gedetailleerde beelden van deze verschillen (Figuur 4A–C en Figuur 5A–C voor resistente genotypen en Figuur 4D–F en Figuur 5D–F voor susceptible genotypen). De ligninekleuringspatronen verschilden per weefseltype: resistente genotypen vertoonden lagere of vergelijkbare ligninekleuringspatronen in de stengels, terwijl susceptible genotypen visueel een relatief hogere lignificatie van de stengel vertoonden (Aanvullende Figuur 1A–D).
Kwantitatieve beeldanalyse van ligninekleuring
Deltapine 16, een vatbare cultivar die in deze studie is opgenomen, vertoonde een lagere ligninekleuring (Figuur 6A–C) met waarden voor het percentage gekleurd oppervlak van 12, 17,8 en 16,3 (Figuur 6D). Het vatbare genotype A2-40 had waarden voor het percentage gekleurd oppervlak van 25,2, 19,9 en 28,75, terwijl het resistente genotype, A2-995, waarden voor het percentage gekleurd oppervlak vertoonde van 54,95, 58,71 en 69,85 (Figuur 7). Echter had A2-20 waarden voor het percentage gekleurd oppervlak van 16,6, 21,3 en 20,4, terwijl A2-514 waarden voor het percentage gekleurd oppervlak vertoonde van 49,8, 34,1 en 43,38 (Figuur 8). De vergelijking leverde een p-waarde op van 0,06. Omdat deze waarden waren gegenereerd met verschillende drempelwaarden, werd een ImageJ-analyse met een uniforme drempelwaarde uitgevoerd met identieke drempels voor tint, verzadiging en helderheid om de reproduceerbaarheid tussen de herhalingen te waarborgen. Het resistente genotype (A2-514) vertoonde een relatief sterkere kleuring dan het vatbare genotype (A2-20). Het percentage gekleurd oppervlak werd berekend als de ratio van lignine-positieve pixels ten opzichte van het totaal aantal weefselpixels binnen de sectie. De kwantitatieve vergelijking met uniforme drempelwaarde van het vatbare genotype A2-20 en het resistente genotype A2-514 wordt getoond in Figuur 9. Over het algemeen laat de analyse met uniforme drempelwaarden zien dat er genotype-specifieke verschillen in lignificatie bestaan tussen deze genotypes.
DATABESCHIKBAARHEID:
Ruwe gegevens zijn toegevoegd als een aanvullend bestand.

Figuur 1: Microscopisch beeld van niervormige nematoden die zich voeden met katoenwortels. Niervormige nematoden die zich voeden met katoenwortels worden getoond bij een vergroting van 50x na kleuring met rode voedselkleurstof. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 2: Voorbereiding van plantmateriaal voor lignine-histochemische analyse. De workflow bestaat uit de volgende stappen: (1) week katoenzaad in water; (2) plaats de zaden op natte papieren handdoeken in een gelabelde steriele Petri-schaal; (3) laat de zaden 2 dagen kiemen en transfereer de zaailingen naar gelabelde potten met aarde; (4) kweek de zaailingen tot het cotyledonstadium; (5) kweek de planten verder tot het stadium van de echte bladeren en bereid dwarsdoorsneden van de stengels en wortels; en (6) kleur de verzamelde weefselcoupes en observeer deze onder een microscoop. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 3: Verzamelen en kleuren van dwarsdoorsneden van katoenwortels en -stengels met phloroglucinol-HCl. De workflow bestaat uit de volgende stappen: (1) kweek drie biologische replica's tot het stadium van de echte bladeren; (2) verwijder de planten voorzichtig uit de bodem, spoel ze af met water en bereid ze voor op doorsnijden; (3) gebruik een steriel mesje om transversale dwarsdoorsneden van de stengel te maken; (4) gebruik een steriel mesje om transversale dwarsdoorsneden van de wortel te maken; (5) kleur de stengeldoorsneden met 3% phloroglucinol-HCl, spoel ze af met water en observeer ze onder een microscoop; (6) kleur de worteldoorsneden met 3% phloroglucinol-HCl, spoel ze af met water en observeer ze onder een microscoop; en (7) observeer de gekleurde doorsneden onder een microscoop om verschillen in phloroglucinol-kleuring te visualiseren en leg afbeeldingen vast. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 4: Ligninekleuring in transversale wortendoorsneden van A2-514 en A2-20 katoengenotypes. Lignine-gekleurde transversale wortendoorsneden van het resistente genotype A2-514 bij (A) 100x, (B) 200x, en (C) 300x vergroting. Lignine-gekleurde transversale wortendoorsneden van het vatbare genotype A2–20 bij (D) 100x, (E) 200x, en (F) 300x vergroting. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 5: Ligninekleuring in transversale wortelsecties van A2-995 en A2-40 katoengenotypes. Lignine-gekleurde transversale wortelsecties van het resistente genotype A2-995 bij (A) 100x, (B) 200x, en (C) 300x vergroting. Lignine-gekleurde transversale wortelsecties van het vatbare genotype A2-40 bij (D) 100x, (E) 200x, en (F) 300x vergroting. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 6: Ligninekleuring en kwantitatieve analyse van transversale worteldoorsneden van Deltapine 16. Met lignine gekleurde transversale worteldoorsneden van drie biologische replica's van de vatbare cultivar Deltapine 16 bij 100x vergroting: (A) biologische replica 1, (B) biologische replica 2 en (C) biologische replica 3. (D) Percentage gekleurd oppervlak voor de drie biologische replica's, bepaald door kwantitatieve ImageJ-analyse. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 7: Kwantitatieve analyse van ligninekleuring in A2-40 en A2-995 katoengenotypes. Percentage gekleurd oppervlak bepaald via ImageJ-analyse voor drie biologische herhalingen van het gevoelige genotype A2-40 en het resistente genotype A2-995. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 8: Kwantitatieve analyse van ligninekleuring in katoengenotypes A2-20 en A2-514. Percentage gekleurd area bepaald door ImageJ-analyse voor drie biologische replica's van het vatbare genotype A2-20 en het resistente genotype A2-514. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 9: Uniforme drempelwaarde-kwantificatie van ligninekleuring in A2-20 en A2-514 katoengenotypes. Percentage gekleurd oppervlak in het vatbare genotype A2-20 en het resistente genotype A2-514 na beeldanalyse met een uniforme drempelwaarde. De statistische vergelijking is uitgevoerd met de t-toets van Welch (t = −1.52, p = 0.267). Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 10: Visualisatie van ligninekleuring in verschillende wortelregio's. Representatieve beelden die de ligninekleuring tonen in de rijpingszone, de elongatiezone en de worteltopregio. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
Aanvullende figuur 1: Ligninekleuring in dwarsdoorsneden van de stengel van resistente en gevoelige katoengenotypes. Lignine-gekleurde dwarsdoorsneden van de stengel bij 100x vergroting van (A) gevoelige A2-20, (B) resistente A2-514, (C) gevoelige A2-40 en (D) resistente A2-995. Klik hier om dit bestand te downloaden.