Electroacupunctuur verbetert de hartfunctie en vermindert myocardiale beschadiging bij ratten met chronisch hartfalen
Om de effecten van EA op CHF te beoordelen, werd het ratmodel tot stand gebracht via ligatie van de LAD-kransslagader, gevolgd door specifieke EA- of Sham EA-interventies. Er werden systematische evaluaties uitgevoerd, waaronder echocardiografie, biochemische analyses en histologische kleuringen (Figuur 2A). Functioneel vertoonde de CHF-groep ventriculaire dilatatie en een verslechtering van de contractiliteit. EA-behandeling verbeterde de afnames in LVEF en LVFS die werden waargenomen bij CHF-ratten, terwijl de Sham EA-groep cardiac functieniveaus vertoonde die vergelijkbaar waren met die van de CHF-groep (Figuur 2B en Figuur 2C).
Bovendien verlaagde EA de serumspiegels van NT-proBNP en cTnT, wat duidt op een verminderde cardiale belasting en een beperkte myocardiale beschadiging. In tegenstelling hiermee vertoonde de Sham EA-groep biochemische parameters die vergelijkbaar waren met die van de CHF-groep (Figuur 2E,F). Histologische analyse toonde aan dat de CHF-groep myocardiale structurele schade en fibrose vertoonde. EA-behandeling verbeterde de myocardiale architectuur en verminderde de CVF, terwijl de Sham EA-groep pathologische veranderingen en CVF-niveaus behield die vergelijkbaar waren met die in de CHF-groep (Figuur 2D). Over het algemeen oefende EA cardioprotectieve effecten uit tegen CHF, terwijl de Sham EA-interventie geen soortgelijke therapeutische resultaten opleverde.
Electroacupunctuur activeert neuronen in de nucleus tractus solitarius van ratten met chronisch hartfalen
Om vast te stellen of de NTS de centrale respons op EA-behandeling medieert, werd de neuronale activatie beoordeeld door kleuring voor c-Fos, een marker voor neurale excitatie. Immunofluorescentie-beeldvorming (Figuur 3A) en kwantitatieve celtellingen (Figuur 3B) onthulden dat het aantal c-Fos-positieve neuronen in de NTS lager was in de CHF-groep vergeleken met de Sham-groep. EA-behandeling verhoogde echter de c-Fos-expressie tot niveaus die vergelijkbaar waren met de Sham-baseline. Parallel aan de perifere functionele resultaten vertoonde de Sham EA-groep vergelijkbare c-Fos-expressieniveaus als de CHF-groep.
Om de functionele status van deze NTS-neuronen te evalueren, werden in vivo elektrofysiologische signalen geregistreerd. De spike-discharge-sporen (Figuur 3C) en de kwantitatieve gemiddelde vuursnelheid (Figuur 3D) kwamen overeen met de histologische bevindingen. De spontane vuurfrequentie van NTS-neuronen was verminderd onder CHF-condities. In tegenstelling hiermee verhoogde de EA-interventie de neuronale vuursnelheid, terwijl de Sham EA-procedure geen dergelijke elektrofysiologische veranderingen teweegbracht.
Dit patroon van neurale activatie werd ondersteund door de analyse van de lokale veldpotentialen. Zoals weergegeven in de 2D LFP-kleurenschaal-spectrogrammen en de 3D power spectral density-kaarten (Figuur 3E), was de neurale oscillatie-energie binnen de NTS verminderd tijdens de CHF-toestand. Na EA-behandeling was er een toename in power-intensiteit over het neurale frequentiespectrum, wat wijst op netwerkactivatie, welke afwezig was in de Sham EA-cohort.
Om de fysiologische relevantie van deze centrale activatie te onderzoeken, werd een Pearson-correlatieanalyse uitgevoerd, waarbij perifere cardiale metrieken werden geïntegreerd met de centrale neuronale activiteit van de NTS (Figuur 3F). De analyse toonde aan dat de gemiddelde vuursnelheid en c-Fos-expressie binnen de NTS positief correleerden met de LVEF. Omgekeerd vertoonden deze indicatoren van centrale neurale activiteit een negatieve correlatie met de serummarker voor hartfalen NT-proBNP. Deze correlaties geven aan dat de neurale activatie van de NTS, gemoduleerd door EA, gekoppeld is aan de perifere cardioprotectieve werkzaamheid ervan.
Elektroacupunctuur verandert het globale proteomische profiel in de nucleus tractus solitarius
Vanwege het gebrek aan therapeutische effectiviteit dat werd waargenomen in de Sham EA-groep tijdens de voorafgaande functionele evaluaties, omvatte de proteomics-fase alleen de Sham-, CHF- en EA-groepen. Voorafgaand aan de weefselafname ondergingen 12 ratten per groep een echocardiografische beoordeling om de therapeutische effecten van EA te evalueren, en deze resultaten worden gepresenteerd in Aanvullende Figuur 1A. Na deze evaluatie werden 6 biologische replica's van elke groep onderworpen aan een kwantitatieve proteomische analyse op basis van massaspectrometrie.
Kwaliteitscontrole en multivariate analyses werden uitgevoerd om de betrouwbaarheid en de algemene distributie van de proteomische gegevens te beoordelen. Het totale aantal geïdentificeerde eiwitten was 5.914 in de Sham-groep, 5.980 in de CHF-groep en 5.836 in de EA-groep, wat wijst op een vergelijkbare eiwitdetectie over de drie experimentele groepen (Figuur 4A en Aanvullende Tabel 1). Partial least squares discriminantanalyse toonde een duidelijke scheiding aan tussen de Sham-, CHF- en EA-groepen, wat wijst op verschillende globale proteomische profielen die geassocieerd zijn met de ziektestatus en de EA-interventie (Figuur 4B).
Paarsgewijze orthogonale partiële kleinste-kwadraten discriminantanalyse toonde verder een scheiding aan tussen de Sham- en CHF-groepen (Figuur 4C) en tussen de CHF- en EA-groepen (Figuur 4D). De overeenkomstige permutatietesten ondersteunden de betrouwbaarheid van de respectieve modellen. Daarnaast vertoonde de Pearson-correlatieheatmap hoge binnen-groeps-correlaties en duidelijke tussen-groeps-patronen onder de proteomische monsters, wat de reproduceerbaarheid van de biologische replica's ondersteunt (Figuur 4E). Gezamenlijk gaven deze kwaliteitscontroles en multivariate analyses aan dat de proteomische dataset voldoende robuust was voor de daaropvolgende identificatie en bioinformatische analyse van differentieel tot expressie gebrachte eiwitten.
Electroacupunctuur moduleert kernproteïnen met differentiële expressie en signaleringspaden in de nucleus tractus solitarius
Om de moleculaire doelwitten van EA te onderzoeken, werden de eiwitveranderingen geanalyseerd. De volcano-plots toonden de distributie van opgereguleerde en neergereguleerde eiwitten in de vergelijkingen Sham versus CHF en CHF versus EA (Figuur 5A, Aanvullende Tabel 2 en Aanvullende Tabel 3). Om de therapeutische doelwitten te identificeren, werd een intersectieanalyse uitgevoerd. Zoals geïllustreerd in de Venn-diagrammen, werden 58 eiwitten geïdentificeerd die opgereguleerd waren in de CHF-groep maar neergereguleerd na EA-behandeling, samen met 27 eiwitten die neergereguleerd waren in de CHF-groep en opgereguleerd door EA-interventie (Figuur 5B en Aanvullende Tabel 4). Deze screening leverde in totaal 85 kern-differentieel tot expressie gebrachte eiwitten op. De heatmap van de hiërarchische clustering toonde aan dat de EA-interventie de abnormale expressiepatronen van deze 85 eiwitten moduleerde, waardoor hun profielen verschoven richting de Sham-baseline (Figuur 5C).
Om de biologische functies van deze kern-targets te bepalen, werden GO- en KEGG-enrichmentanalyses afzonderlijk uitgevoerd voor de twee verschillende eiwit-subsets. Voor de subset van 58 eiwitten die werden gedownreguleerd door EA, toonde de GO-bubbleplot een significante verrijking aan in biologische processen, waaronder de organisatie van de extracellulaire matrix en de organisatie van de extracellulaire structuur, naast cellulaire componenten zoals de externe inkapselende structuur en collageen-trimeren, en moleculaire functies, waaronder collageenbinding en glutamaatreceptorbinding (Figuur 5D en Aanvullende Tabel 5). De daaropvolgende KEGG-pathwayanalyse, gevisualiseerd met chord- en Sankey-diagrammen, onthulde dat deze 58 eiwitten deelnemen aan cascades waaronder eiwitvertering en -absorptie, het cytoskelet in spiercellen en de TGF-β-signaleringsroute (Figuur 5E en Aanvullende Tabel 6). Deze topologische visualisaties benadrukten specifieke eiwitten, waaronder COL3A1, COL14A1, MYH1, DCN en DPF2, als prominente knooppunten die meerdere pathologische routes verbinden.
Omgekeerd werd een functionele annotatie uitgevoerd voor de subset van 27 eiwitten die waren opgereguleerd door de EA-interventie. De GO-verrijkingsanalyse wees op betrokkenheid bij biologische processen zoals de regulatie van celgroei en de positieve regulatie van DNA-templated transcriptie-elongatie, evenals moleculaire functies waaronder calciumafhankelijke eiwitbinding en tetrapyroolbinding (Figuur 5F en Aanvullende Tabel 7). De overeenkomstige KEGG-koord- en Sankey-diagrammen koppelden deze eiwitten aan kritieke routes, waaronder ATP-afhankelijk chromatineremodellering en het polycomb-repressieve complex (Figuur 5G en Aanvullende Tabel 8). Opmerkelijk is dat deze netwerkkartering sleuteleiwitten zoals YY1, E2F2 en ENTPD5 isoleerde, die een brug vormen tussen deze centrale signaleringsnetwerken. Deze uitgebreide functionele stratificatie vormde de structurele basis voor de daaropvolgende validatie van de kern-doelwitten.
Netwerktopologie en expressieprofilering identificeren YY1 als een kandidaat-doelwit dat geassocieerd is met de effecten van elektroacupunctuurinterventie
Om het hub-gen te bepalen tussen de 85 differentieel tot expressie gebrachte eiwitten, werd een eiwit-eiwit-interactienetwerk geconstrueerd. Topologische analyse identificeerde 18 knooppunten met hoge connectiviteitsscores (Figuur 6A en Aanvullende Tabel 9). Vervolgens werd de KEGG-pathwayanalyse specifiek uitgevoerd voor deze 18 hub-eiwitten. De bijbehorende chord- en Sankey-diagrammen brachten de complexe relaties tussen deze hubs en verrijkte signaleringscascades in kaart, waaronder ATP-afhankelijk chromatineremodeling, het polycomb-repressieve complex en de TGF-β-signaleringsroute (Figuur 6A en Aanvullende Tabel 10). Op basis van deze functionele profilering werden de top 10 prominent verrijkte eiwitten geselecteerd voor verdere screening. Omdat het therapeutische doelwit van EA zich in het centrale zenuwstelsel bevindt, werden deze 10 kandidaten geëvalueerd met behulp van de GTEx-database voor expressie in menselijk weefsel (Figuur 6B en Aanvullende Figuur 1B–J). De resultaten gaven aan dat alleen YY1 (Figuur 6B), DMAP1 (Aanvullende Figuur 1C) en DPF2 (Aanvullende Figuur 1D) tot expressie kwamen in hersenweefsels.
Om het zeer responsieve kandidaat-doelwit van EA te isoleren, werden in vivo moleculaire experimenten uitgevoerd met NTS-weefsels. Kwantitatieve real-time PCR werd gebruikt om de transcriptionele responsiviteit van de 3 hersen-verrijkte kandidaten te evalueren. De mRNA-expressie van YY1 was verminderd onder CHF-condities en verhoogd na EA-behandeling, terwijl de mRNA-expressieniveaus van DPF2 en DMAP1 geen statistisch significante veranderingen vertoonden tussen de experimentele groepen (Figuur 6C). Deze transcriptionele screening sloot DPF2 en DMAP1 uit van verdere validatie en ondersteunde YY1 als de primaire responsieve kandidaat. Vervolganalyse via Western blot gaf aan dat YY1-proteineniveaus verminderd waren in de CHF-groep ten opzichte van de Sham-nulmeting, terwijl de EA-interventie deze trend tegenging en de YY1-proteïne-expressie verhoogde (Figuur 6D en Figuur 6E). Deze experimentele resultaten geven aan dat EA de expressie van YY1 binnen de NTS opreguleert.
Om de stroomopwaartse regulatiemechanismen die de expressie van YY1 bepalen te onderzoeken, werden de gerelateerde histonmodificaties en transcriptiefactoren geanalyseerd. Het is belangrijk op te merken dat deze bevindingen uitsluitend gebaseerd zijn op computationele bio-informatica-voorspellingen afgeleid van de Cistrome Data Browser en geen directe experimentele ChIP-seq-validatie vertegenwoordigen. De epigenetische voorspelling wees op histonmodificaties, waaronder H3K27ac, H3K27me3 en H3K4me3, met hoge scores voor regulatoir potentieel voor de YY1-locus (Figuur 6F). Tegelijkertijd identificeerde de score voor regulatoir potentieel transcriptiefactoren zoals CDK9, PRDM1 en ELL2 als stroomopwaartse regulatoren van YY1 (Figuur 6G). Deze bio-informatica-voorspellingen schetsen de potentiële epigenetische en transcriptionele netwerken die de expressie van YY1 in de NTS controleren.
Samenvattend tonen de gepresenteerde gegevens aan dat EA-interventie de systemische hartfunctie effectief verbetert en myocardiale beschadiging bij ratten met CHF vermindert. Deze perifere cardioprotectieve effecten gaan centraal gepaard met het herstel van de neuronale vuuractiviteit en de neurale oscillatoire energie binnen de NTS. Bovendien identificeerde kwantitatieve proteomische screening 85 kern-differentieel tot expressie gebrachte eiwitten en markeerde het de transcriptiefactor YY1 als een zeer responsieve kandidaat-target. Gezamenlijk suggereren deze bevindingen dat de therapeutische effectiviteit van EA tegen CHF nauw verbonden is met het herstel van de neurale functie van de NTS en dat de opregulatie van YY1 betrokken kan zijn bij dit centrale neurobiologische proces.
Beschikbaarheid van gegevens
Alle gegevens die zijn gegenereerd en geanalyseerd ter ondersteuning van de bevindingen van deze studie zijn opgenomen in het manuscript en het Aanvullend Bestand 1. Om te voldoen aan de vereiste voor openbare toegankelijkheid van gegevens, zijn alle beschikbare ruwe gegevens ten grondslag aan dit onderzoek gedeponeerd in de openbare Zenodo-repository en zijn deze vrij toegankelijk via de volgende link: https://doi.org/10.5281/zenodo.2030720. Aanvullende ondersteunende gegevens zijn op redelijk verzoek verkrijgbaar via de corresponderende auteurs.

Figuur 1: Experimenteel ontwerp, totstandkoming van het ratmodel voor chronisch hartfalen en elektroacupunctuurinterventie. (A) Algemeen experimenteel stroomschema, inclusief de tijdlijn en groepsindeling voor de twee onafhankelijke experimentele series. (B) Representatieve elektrocardiogramregistraties voor en na de ligatie van de LAD-kransslagader, waarbij pijlen de ST-segmentelevatie aangeven die myocardiale ischemie bevestigt. (C) Kwantitatieve analyse van de LVEF 4 weken na de operatie om de succesvolle modellering te bevestigen (biologische replica's n = 6, gemiddelde ± SD). ***p < 0,01 t.o.v. de Sham-groep. (D) EA-interventie bij de bilaterale HT7-acupunctuurpunten. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 2: Elektroacupunctuur verbetert de hartfunctie en vermindert myocardiale beschadiging bij ratten met chronisch hartfalen. (A) Representatieve M-mode echocardiogrammen naast afbeeldingen van hematoxyline-eosin en Masson trichroom kleuringen van myocardweefsels over de 4 experimentele groepen (schaalbalk = 50 µm). (B) Kwantitatieve analyse van de LVEF over de groepen (biologische replica's n = 6, gemiddelde ± SD). ***p < 0,01 t.o.v. de Sham-groep; ###p < 0,01 t.o.v. de CHF-groep; ns, niet significant t.o.v. de CHF-groep. (C) Kwantitatieve analyse van de LVFS over de groepen (biologische replica's n = 6, gemiddelde ± SD). ***p < 0,01 t.o.v. de Sham-groep; ###p < 0,01 t.o.v. de CHF-groep; ns, niet significant t.o.v. de CHF-groep. (D) Kwantitatieve analyse van de CVF over de groepen (biologische replica's n = 3, gemiddelde ± SD). ***p < 0,01 t.o.v. de Sham-groep; ##p < 0,01 t.o.v. de CHF-groep; ns, niet significant t.o.v. de CHF-groep. (E) Kwantitatieve analyse van serum NT-proBNP-spiegels over de groepen (biologische replica's n = 6, gemiddelde ± SD). ***p < 0,001 t.o.v. de Sham-groep; ###p < 0,01 t.o.v. de CHF-groep; ns, niet significant t.o.v. de CHF-groep. (F) Kwantitatieve analyse van serum cTnT-spiegels over de groepen (biologische replica's n = 6, gemiddelde ± SD). ***p < 0,01 t.o.v. de Sham-groep; ###p < 0,01 t.o.v. de CHF-groep; ns, niet significant t.o.v. de CHF-groep. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 3: Elektroacupunctuur herstelt de neuronale activiteit in de nucleus tractus solitarius bij ratten met chronisch hartfalen. (A) Representatieve immunofluorescentiebeelden van c-Fos-expressie in de NTS over de groepen heen. Kernen zijn tegengekleurd met DAPI en c-Fos-positieve cellen zijn groen gekleurd. De stippellijnen omlijnen de anatomische regio en witte pijlpunten geven representatieve c-Fos-positieve neuronen aan (schaalbalk = 30 µm). (B) Kwantitatieve analyse van de aantallen c-Fos-positieve cellen over de groepen heen (biologische replica's n = 3, gemiddelde ± SD). ***p < 0.01 t.o.v. de Sham-groep; ###p < 0.01 t.o.v. de CHF-groep; ns, niet significant t.o.v. de CHF-groep. (C) Representatieve in vivo elektrofysiologische spike-ontladingssporen van de NTS over de groepen heen. (D) Kwantitatieve analyse van de gemiddelde neuronale vuursnelheid over de groepen heen (biologische replica's n = 3, gemiddelde ± SD). ***p < 0.01 t.o.v. de Sham-groep; ###p < 0.01 t.o.v. de CHF-groep; ns, niet significant t.o.v. de CHF-groep. (E) Representatieve 2D lokale veldpotentiaal-spectrogrammen en 3D vermogensspectrale dichtheidstopografieën die de neurale oscillatie-energie binnen de NTS illustreren. (F) Correlatiematrix die de relaties tussen perifere cardiovasculaire fenotypes en centrale neurale activiteitsparameters evalueert. Rode en blauwe cirkels geven respectievelijk positieve en negatieve correlaties aan. **p < 0.01; ***p < 0.01. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 4: Kwaliteitscontrole en multivariate statistische evaluatie van de proteomische profielen in de nucleus tractus solitarius. (A) Kwantitatief overzicht van de geïdentificeerde eiwitten over de 3 experimentele groepen (biologische replica's n = 6). (B) Scoreplot van de partial least squares discriminant analyse die de algemene ruimtelijke distributie en scheiding tussen de groepen illustreert. (C) Scoreplot van de orthogonale partial least squares discriminant analyse en de bijbehorende permutatietest die de betrouwbaarheid van het model valideert voor de vergelijking tussen Sham en CHF (20 permutaties). (D) Scoreplot van de orthogonale partial least squares discriminant analyse en de bijbehorende permutatietest die de betrouwbaarheid van het model valideert voor de vergelijking tussen CHF en EA (20 permutaties). (E) Heatmap van hiërarchische clustering van Pearson-correlatiecoëfficiënten ter evaluatie van de reproduceerbaarheid binnen de groepen en de variantie tussen de groepen over alle proteomische monsters. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 5: Identificatie en functionele verrijkingsanalyse van kern-differentieel tot expressie gebrachte eiwitten gemoduleerd door elektroacupunctuur in de nucleus tractus solitarius. (A) Volcano plots die de distributie van opgereguleerde en neergereguleerde eiwitten illustreren in de vergelijkingen Sham versus CHF en CHF versus EA. (B) Venn-diagrammen die de intersectieanalyse weergeven om de neergereguleerde en opgereguleerde kern-eiwitten na de EA-interventie te identificeren. (C) Hiërarchische clustering heatmap van de expressieprofielen van de kern-differentieel tot expressie gebrachte eiwitten. (D) GO-bubbelplots die de verrijkte biologische processen, cellulaire componenten en moleculaire functies voor de subset van neergereguleerde eiwitten specificeren. (E) KEGG-chord- en Sankey-diagrammen die de signaleringspaden in kaart brengen die verrijkt zijn door de neergereguleerde eiwitten. (F) GO-bubbelplots die de verrijkte biologische processen, cellulaire componenten en moleculaire functies voor de subset van opgereguleerde eiwitten specificeren. (G) KEGG-chord- en Sankey-diagrammen die de signaleringspaden in kaart brengen die verrijkt zijn door de opgereguleerde eiwitten. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 6: Netwerktopologie, weefselexpressieprofilering en moleculaire validatie identificeren YY1 als een kandidaat-doelwit geassocieerd met elektroacupunctuur. (A) Proteïne-proteïne interactienetwerk, koorddiagram en Sankey-diagram van de geïdentificeerde hub-proteïnen. (B) Menselijk weefselexpressieprofiel van YY1 afgeleid uit de GTEx-database, waarbij het rode kader hersenweefsels markeert. (C) Kwantitatieve analyse van YY1, DPF2 en DMAP1 mRNA-expressie in de NTS over de groepen (biologische replica's n = 6, gemiddelde ± SD). **p < 0,01, ***p < 0,01 vs. de Sham-groep; ###p < 0,01 vs. de CHF-groep; ns, niet significant vs. de CHF-groep. (D) Representatieve Western blot-banden van YY1 en β-actin in de NTS over de groepen. (E) Kwantitatieve analyse van YY1-proteïne-expressie over de groepen (biologische replica's n = 3, gemiddelde ± SD). ***p < 0,01 vs. de Sham-groep; #p < 0,05 vs. de CHF-groep. (F) Bio-informatica-voorspelling van epigenetische histonmodificaties die de YY1-locus reguleren op basis van regulatory potential scores. (G) Bio-informatica-voorspelling van upstream transcriptiefactoren die de YY1-locus reguleren op basis van regulatory potential scores. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 7: Voorgesteld model van de associatie tussen elektroacupunctuur bij HT7, YY1-upregulatie, herstelde neuronale activiteit in de nucleus tractus solitarius en verbeterde chronische hartinsufficiëntie. (Links) Pathologische toestand: In het CHF-model geïnduceerd door LAD-kransslagaderligatuur is de neuronale activiteit binnen de NTS verminderd, vergezeld door de onderdrukking van de transcriptiefactor YY1. Deze centrale neurale inhibitie is geassocieerd met pathologische cardiale remodellering, wat zich manifesteert als een afname van de LVEF, toegenomen myocardfibrose en verhoogde serummarkers voor hartinsufficiëntie. (Rechts) EA-behandeling: EA-interventie bij het HT7-acupunt reguleert de expressie van YY1 in de NTS op en herstelt de neuronale vuring. Deze centrale neuromodulatie oefent cardioprotectieve effecten uit, waardoor pathologische remodellering wordt afgezwakt en de systemische hartfunctie verbetert. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
Aanvullende figuur 1: Beoordeling van de hartfunctie van de proteomische cohort en menselijke weefselexpressieprofielen van kandidaat-hubgenen. (A) Kwantitatieve analyse van de LVEF en LVFS over de groepen (biologische replica's n = 12, gemiddelde ± SD). ***p < 0,01 t.o.v. de Sham-groep; ###p < 0,01 t.o.v. de CHF-groep. (B-J) Menselijke weefselexpressieprofielen van kandidaat-hubgenen afgeleid uit de GTEx-database, waaronder COL3A1 (B), DMAP1 (C), DPF2 (D), FMOD (E), MYH1 (F), E2F2 (G), LUM (H), DCN (I) en COL14A1 (J).Klik hier om dit bestand te downloaden.
Aanvullende Tabel 1: Uitgebreide identificatie- en kwantificatiematrix van het globale proteoom in het nucleus tractus solitarius.Deze tabel presenteert de volledige kwantitatieve proteomics-dataset over alle experimentele cohorten. Belangrijke kolommen zijn Protein ID (UniProt-toegangsnummer), Gene (genesymbool), First.Protein.Description (functionele annotatie) en de genormaliseerde proteïne-intensiteitswaarden voor elk biologisch replica in de Sham-, CHF- en EA-groepen (n = 6 per groep).Klik hier om dit bestand te downloaden.
Aanvullende tabel 2: OPLS-DA variable importance in projection scores voor eiwitten in de vergelijking tussen Sham en CHF.Deze tabel vermeldt de kenmerken die de Sham- en CHF-groepen onderscheiden volgens het OPLS-DA-model. De belangrijkste kolommen zijn feature (die de identifier van het specifieke eiwit/gen vertegenwoordigt) en de VIP_value (Variable Importance in Projection), die de bijdrage van elk kenmerk aan de groepsscheiding aangeeft (drempelwaarde VIP > 1.0).Klik hier om dit bestand te downloaden.
Aanvullende Tabel 3: OPLS-DA variable importance in projection-scores voor eiwitten in de vergelijking tussen CHF en EA.Deze tabel bevat de kenmerken die de CHF- en EA-groepen onderscheiden op basis van het OPLS-DA-model. Net als in Tabel S2 bevat deze de kolom met kenmerken en de bijbehorende VIP_value, waarbij de kenmerken die het meest reageren op de EA-interventie worden benadrukt.Klik hier om dit bestand te downloaden.
Aanvullende tabel 4: Gedetailleerde lijst van de 85 kern-differentieel tot expressie gebrachte eiwitten die worden gemoduleerd door elektroacupunctuur. Deze tabel geeft de overlap weer van eiwitten die significant waren veranderd door CHF en vervolgens werden teruggedraaid door de EA-interventie. Belangrijke kolommen zijn Protein_ID, Gene, log2FC (log2 Fold Change die de expressievariatie aangeeft), P_value voor statistische significantie (drempelwaarde p < 0,05), en VIP_value ter evaluatie van de modelbijdrage.Klik hier om dit bestand te downloaden.
Aanvullende tabel 5: Gene Ontology-verrijkingsanalyse van de subset van downgereguleerde kernproteïnen.Deze tabel toont de functionele Gene Ontology (GO)-annotatie voor de 58 proteïnen die downgereguleerd werden door EA. Belangrijke kolommen zijn ONTOLOGY (gecategoriseerd in Biological Process [BP], Cellular Component [CC] en Molecular Function [MF]), functionele Description, p.adjust (gecorrigeerde p-waarde voor meervoudig testen) en geneID, die verwijst naar de specifieke genen die verrijkt zijn in elke term.Klik hier om dit bestand te downloaden.
Aanvullende Tabel 6: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway-verrijkingsanalyse van de subset van downgereguleerde kernproteïnen.Deze tabel illustreert de verrijkte signaleringscascades voor de 58 downgereguleerde proteïnen. Belangrijke kolommen zijn de pathway-term, de aangepaste p-waarde die de statistische significantie van de verrijking aangeeft, en de specifieke intersecterende genen die betrokken zijn bij elke pathway.Klik hier om dit bestand te downloaden.
Aanvullende Tabel 7: Gene Ontology-verrijkingsanalyse van de subset van opgereguleerde kernproteïnen.Deze tabel toont de functionele annotatie van de Gene Ontology (GO) voor de 27 proteïnen die zijn opgereguleerd door EA. Het formaat en de kolomdefinities (ONTOLOGY [BP, CC, MF], Description, p.adjust, geneID) zijn identiek aan die beschreven in Tabel S5.Klik hier om dit bestand te downloaden.
Aanvullende Tabel 8: Pathway-verrijkingsanalyse van de Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes voor de subset van opgereguleerde kernproteïnen.Deze tabel illustreert de verrijkte signaleringscascades voor de 27 opgereguleerde proteïnen. Het formaat en de kolomdefinities (Term, Gecorrigeerde p-waarde, Genen) zijn identiek aan die beschreven in Tabel S6.Klik hier om dit bestand te downloaden.
Aanvullende tabel 9: Topologische connectiviteitsscores van de 18 hub-eiwitten afgeleid van het eiwit-eiwitinteractienetwerk.Deze tabel vat de topologische netwerkparameters samen die zijn gebruikt om de kern-hubgenen te identificeren. Belangrijke kolommen bevatten de gennaam en centrale netwerkmetrieken zoals Degree, Betweenness Centrality en Closeness Centrality, die de relatieve belangrijkheid en connectiviteit van elke knoop binnen het biologische netwerk kwantificeren.Klik hier om dit bestand te downloaden.
Aanvullende tabel 10: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway-verrijkingsanalyse van de 18 netwerkhub-eiwitten.Deze tabel presenteert de specifieke signaleringspaden die exclusief verrijkt zijn door de 18 geïdentificeerde hub-eiwitten. Belangrijke kolommen omvatten de Term van het pad, de aangepaste p-waarde voor significantie en de betreffende genen die de functionele verrijking aansturen.Klik hier om dit bestand te downloaden.
Aanvullend bestand 1: R-scripts gebruikt voor data-analyse en visualisatie en onbijgesneden Western blot-afbeeldingen. Het aanvullende bestand bevat de R-scripts die zijn gebruikt voor Pearson-correlatieanalyse, het genereren van dubbele volcano-plots en de identificatie van EA-omgekeerde eiwitten, Gene Ontology (GO) verrijkingsanalyse, het genereren van hiërarchische clustering heatmaps, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) verrijkingsvisualisatie, orthogonale partial least squares discriminant analyse (OPLS-DA) en permutatietesten, partial least squares discriminant analyse (PLS-DA), het genereren van proteomische monster-correlatie heatmaps en Venn-diagramanalyse.Klik hier om dit bestand te downloaden.