Hoge efficiëntie transformatie is een grote beperking in de studie van mycobacteriën. Het geslacht Mycobacterium kan moeilijk zijn om te transformeren, dit wordt voornamelijk veroorzaakt door de dikke en de wasachtige celwand, maar wordt verergerd door het feit dat de meeste moleculaire technieken zijn ontwikkeld voor de verte-verwante soorten, zoals Escherichia coli en Bacillus subtilis. Ondanks deze obstakels, hebben mycobacteriële plasmiden zijn geïdentificeerd en DNA-transformatie van een groot aantal mycobacteriële soorten zijn inmiddels beschreven. De meest succesvolle methode voor het introduceren van DNA in mycobacteriën is elektroporatie. Veel parameters bij te dragen tot een succesvolle transformatie, deze omvatten de soort / stam, de aard van het transformerende DNA, de gebruikte selecteerbare merker, het groeimedium, en de voorwaarden voor de elektroporatie pols. Geoptimaliseerde methoden voor de transformatie van zowel langzaam-en snel-groeier zijn hier beschreven. Transformatie efficiëntie voor verschillende mycobacteriële species en met verschillende selecteerbare merkers worden gerapporteerd.