Sonificatie-extractie van lipide-biomarkers uit sediment

1. Verzamel de benodigde materialen

1. Steekproeven (bladeren, aarde, schimmels, schors, weefsel), meestal bevroren, gevriesdroogd, gemalen en gehomogeniseerd voorafgaand aan extractie, worden in groepen geëxtraheerd om de efficiëntie te maximaliseren. Extracteer drie steekproeven.
2. Afhankelijk van de grootte van het monster kunnen flesjes met volumes variërend van 4-60 mL worden gebruikt. Voor dit experiment worden borosilicaat glazen flesjes (40 mL) en chemische kookvrije doppen gebruikt. Flessjes, borosilicaat glazen pipetten en weegschalen moeten worden verbrand bij 550 °C gedurende 6 uur voorafgaand om verwijdering van mogelijke organische verontreinigingen te garanderen.
3. Dichloormethaan en methanol zijn gebruikelijk in de meeste organische geochemie laboratoria. Ze worden afzonderlijk gebruikt om laboratoriumgereedschappen en glaswerk te spoelen voor gebruik. Een mengsel van dichloormethaan (DCM) tot methanol (MeOH; 9:1) wordt in veel laboratoria gebruikt om biomarkers efficiënt te extraheren met een breed scala aan polariteiten. Oplosmiddelen moeten vrij zijn van organische verontreinigingen.
4. Gebruik een sonische waterbad op kamertemperatuur. Er is een reeks sonische groottes en sonische met of zonder warmte beschikbaar bij grote wetenschappelijke apparatuurverkopers.
5. Flesjesrekken, die waterdicht moeten zijn, zullen in het sonische bad worden geplaatst.
6. Oplosmiddel goedgekeurde chemische kap.

2. Voorbereiding van de steekproef

1. Plaats een verbrande weegschaal op de laboratoriumweegschaal en stel dan af.
2. Spuit de laboratoriumspatel met oplosmiddel, gebruik deze vervolgens om een geschikte massa van het monster over te brengen naar de weegschaal en noteer de massa.
   1. De massa van het monster varieert afhankelijk van het gehalte aan organische stof. Relatief organische arm materiaal (mariene modder) kan enkele grammen vereisen, terwijl organisch rijk materiaal (bladweefsel) veel minder kan vereisen.
3. Breng alle materiaal in de weegschaal over naar een verbrand, vooraf gewogen en gelabelde fles. Sluit de fles af en gooi de weegschaal weg.
4. Voer stappen 2.1 - 2.3 uit voor elke steekproef die moet worden geëxtraheerd.

3. Extractie

1. Gebruik een vooraf verbrande pipet en bulb om ~20 mL van het DCM: MeOH (9:1) mengsel over te brengen naar elke fles (de fles moet ongeveer half vol zijn). Sluit de flesjes af voordat u naar het volgende monster gaat, zodat de vluchtige oplosmiddelen niet verdampen.
   1. De vluchtigheden van DCM en MeOH zijn anders. Verdamping van extractie oplosmiddel door ongedekte monsterflesjes heeft de mogelijkheid om de polariteit te veranderen, en dus de extractie.
2. Plaats de monsterschalen in een waterdichte flesjesrek.
3. Controleer of het waterniveau in het sonische bad slechts diep genoeg is om de monsterschalen tot aan de bovenkant van het extractie-oplosmiddel te laten onderdompelen. Te veel water kan ervoor zorgen dat de flesjes drijven; te weinig water kan ervoor zorgen dat de monsters niet goed worden geagiteerd.
4. Plaats de flesjesrek met de monsters erin direct in het sonische bad.
5. Soniceer gedurende 30 min op kamertemperatuur.
6. Verwijder het monsterstalletje uit de sonicator. Als u sedimenten extracteert, laat het dan 30 min staan om sedimentatie te laten plaatsvinden. Als u een andere set monsters extracteert, zet het op dit moment in de sonicator.
7. Verwijder het DCM: MeOH mengsel van de extractiefles, gebruik een vooraf verbrande pipet en bulb, en plaats het in een andere vooraf gewogen, vooraf verbrand en gelabelde 40-mL fles.
8. Herhaal 3.1 - 3.7 3x voor alle monsters.
9. Laat de geëxtraheerde monsters in hun flesjes drogen, de doppen eruit, en in de kap, losjes bedekt met een stuk folie. Label als 'geëxtraheerd residu' en bewaar.
10. Label de gecombineerde extracten voor elk monster als 'TLE'.