Name: Bemonstering Human Inheemse Speeksel peptidoom Met behulp van een Lollipop-Like Ultrafiltratie Probe: vereenvoudigen en te verbeteren Peptide Detection voor Klinische massaspectrometrie (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-08-07T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 37 s
Description: Ontdek een lolly-achtige ultrafiltratieprobe voor speekselbemonstering die detectie van laag-abundante peptiden verbetert via directe NanoLC-LTQ massaspectrometrie. Deze methode vereenvoudigt klinische diagnostiek.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Dit werk werd ondersteund door de National Institutes of Health Grants (R01-AI067395-01, R21-R022754-01 en R21-I58002-01). Wij danken C. Niemeyer voor de kritische lezing van het manuscript.

<ol><li>Denny, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+proteomes+of+human+parotid+and+ubmandibular%2Fsublingual+gland+salivas+collected+as+the+ductal+secretions%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">The proteomes of human parotid and ubmandibular/sublingual gland salivas collected as the ductal secretions.</a> J. Proteome Res. 7, 1994-2006 (2008).</li>
<li>Hu, S., Loo, J. A., Wong, D. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+saliva+proteome+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Ann.+N.Y.+Acad.+Sci%22%5BJournal%5D)">Human saliva proteome analysis.</a> Ann. N.Y. Acad. Sci. 1098, 323-329 (2007).</li>
<li>Ng, D. P., Koh, D., Choo, S. G., Ng, V., Fu, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+storage+conditions+on+the+extraction+of+PCR-quality+genomic+DNA+from+saliva%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chim.+Acta%22%5BJournal%5D)">Effect of storage conditions on the extraction of PCR-quality genomic DNA from saliva.</a> Clin. Chim. Acta. 343, 191-194 (2004).</li>
<li>Wade, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+oral-diffusion-sink+device+for+extended+sampling+of+multiple+steroid+hormones+from+saliva%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">An oral-diffusion-sink device for extended sampling of multiple steroid hormones from saliva.</a> Clin. Chem. 38, 1878-1882 (1992).</li>
<li>Hu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Large-scale+identification+of+proteins+in+human+salivary+proteome+by+liquid+chromatography%2Fmass+spectrometry+and+two-dimensional+gel+electrophoresis-mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Large-scale identification of proteins in human salivary proteome by liquid chromatography/mass spectrometry and two-dimensional gel electrophoresis-mass spectrometry.</a> Proteomics. 5, 1714-1728 (2005).</li>
<li>Huang, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+proteomic+analysis+of+human+whole+saliva%5BTitle%5D)+AND+%22Arch.+Oral+Biol%22%5BJournal%5D)">Comparative proteomic analysis of human whole saliva.</a> Arch. Oral Biol. 49, 951-962 (2004).</li>
<li>Guerrier, L., Lomas, L., Boschetti, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simplified+monobuffer+multidimensional+chromatography+for+high-throughput+proteome+fractionation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chromatogr.+A%22%5BJournal%5D)">A simplified monobuffer multidimensional chromatography for high-throughput proteome fractionation.</a> J Chromatogr. A. 1073, 25-33 (2005).</li>
<li>Huang, C. M., Wang, C. C., Kawai, M., Barnes, S., Elmets, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Surfactant+sodium+lauryl+sulfate+enhances+skin+vaccination%3A+molecular+characterization+via+a+novel+technique+using+ultrafiltration+capillaries+and+mass+spectrometric+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Surfactant sodium lauryl sulfate enhances skin vaccination: molecular characterization via a novel technique using ultrafiltration capillaries and mass spectrometric proteomics.</a> Mol. Cell Proteomics. 5, 523-532 (2006).</li>
<li>Huang, C. M., Wang, C. C., Kawai, M., Barnes, S., Elmets, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+protein+sampling+using+capillary+ultrafiltration+semi-permeable+hollow+fiber+and+protein+identification+via+mass+spectrometry-based+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chromatogr.+A%22%5BJournal%5D)">In vivo protein sampling using capillary ultrafiltration semi-permeable hollow fiber and protein identification via mass spectrometry-based proteomics.</a> J. Chromatogr. A. 1109, 144-151 (2006).</li>
<li>Huang, C. M., Wang, C. C., Barnes, S., Elmets, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+detection+of+secreted+proteins+from+wounded+skin+using+capillary+ultrafiltration+probes+and+mass+spectrometric+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">In vivo detection of secreted proteins from wounded skin using capillary ultrafiltration probes and mass spectrometric proteomics.</a> Proteomics. 6, 5805-5814 (2006).</li>
<li>Huang, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+spectrometric+proteomics+profiles+of+in+vivo+tumor+secretomes%3A+capillary+ultrafiltration+sampling+of+regressive+tumor+masses%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Mass spectrometric proteomics profiles of in vivo tumor secretomes: capillary ultrafiltration sampling of regressive tumor masses.</a> Proteomics. 6, 6107-6116 (2006).</li>
<li>Ahmed, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+approach+to+remove+albumin+for+the+proteomic+analysis+of+low+abundance+biomarkers+in+human+serum%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">An approach to remove albumin for the proteomic analysis of low abundance biomarkers in human serum.</a> Proteomics. 3, 1980-1987 (2006).</li>
<li>Michishige, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+saliva+collection+method+on+the+concentration+of+protein+components+in+saliva%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Med.+Invest%22%5BJournal%5D)">Effect of saliva collection method on the concentration of protein components in saliva.</a> J. Med. Invest. 53, 140-146 (2006).</li>
<li>Kruger, C., Breunig, U., Biskupek-Sigwart, J., Dorr, H. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Problems+with+salivary+17-hydroxyprogesterone+determinations+using+the+Salivette+device%5BTitle%5D)+AND+%22Eur.+J.+Clin.+Chem.+Clin.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Problems with salivary 17-hydroxyprogesterone determinations using the Salivette device.</a> Eur. J. Clin. Chem. Clin. Biochem. 34, 926-929 (1996).</li>
<li>Luque-Garcia, J. L., Neubert, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sample+preparation+for+serum%2Fplasma+profiling+and+biomarker+identification+by+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chromatogr.+A%22%5BJournal%5D)">Sample preparation for serum/plasma profiling and biomarker identification by mass spectrometry.</a> J. Chromatogr. A. 1153, 259-276 (2007).</li>
<li>Ramstrom, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Depletion+of+high-abundant+proteins+in+body+fluids+prior+to+liquid+chromatography+fourier+transform+ion+cyclotron+resonance+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Proteome.+Res%22%5BJournal%5D)">Depletion of high-abundant proteins in body fluids prior to liquid chromatography fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry.</a> J. Proteome. Res. 4, 410-416 (2005).</li>
<li>Messana, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+the+human+salivary+basic+proline-rich+protein+complex+by+a+proteomic+approach%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Proteome.+Res%22%5BJournal%5D)">Characterization of the human salivary basic proline-rich protein complex by a proteomic approach.</a> J. Proteome. Res. 3, 792-800 (2004).</li>
<li>Li, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Possible+release+of+an+ArgGlyArgProGln+pentapeptide+with+innate+immunity+properties+from+acidic+proline-rich+proteins+by+proteolytic+activity+in+commensal+streptococcus+and+actinomyces+species%5BTitle%5D)+AND+%22Infect.+Immun%22%5BJournal%5D)">Possible release of an ArgGlyArgProGln pentapeptide with innate immunity properties from acidic proline-rich proteins by proteolytic activity in commensal streptococcus and actinomyces species.</a> Infect. Immun. 68, 5425-5429 (2000).</li>
<li>Davtyan, T. K., Manukyan, H. A., Mkrtchyan, N. R., Avetisyan, S. A., Galoyan, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hypothalamic+proline-rich+polypeptide+is+a+regulator+of+oxidative+burst+in+human+neutrophils+and+monocytes%5BTitle%5D)+AND+%22Neuroimmunomodulation%22%5BJournal%5D)">Hypothalamic proline-rich polypeptide is a regulator of oxidative burst in human neutrophils and monocytes.</a> Neuroimmunomodulation. 12, 270-284 (2005).</li>
<li>Jonsson, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gln-Gly+cleavage%3A+correlation+between+collision-induced+dissociation+and+biological+degradation%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Soc.+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Gln-Gly cleavage: correlation between collision-induced dissociation and biological degradation.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 12, 337-342 (2001).</li>
<li>Gibbons, R. J., Hay, D. I., Schlesinger, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Delineation+of+a+segment+of+adsorbed+salivary+acidic+proline-rich+proteins+which+promotes+adhesion+of+Streptococcus+gordonii+to+apatitic+surfaces%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">Delineation of a segment of adsorbed salivary acidic proline-rich proteins which promotes adhesion of Streptococcus gordonii to apatitic surfaces.</a> Infect Immun. 59, 2948-2954 (1991).</li>
<li>Li, T., Johansson, I., Hay, D. I., Stromberg, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Strains+of+Actinomyces+naeslundii+and+Actinomyces+viscosus+exhibit+structurally+variant+fimbrial+subunit+proteins+and+bind+to+different+peptide+motifs+in+salivary+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">Strains of Actinomyces naeslundii and Actinomyces viscosus exhibit structurally variant fimbrial subunit proteins and bind to different peptide motifs in salivary proteins.</a> Infect Immun. 67, 2053-2059 (1999).</li>
<li>Hardt, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+defining+the+human+parotid+gland+salivary+proteome+and+peptidome%3A+identification+and+characterization+using+2D+SDS-PAGE%2C+ultrafiltration%2C+HPLC%2C+and+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Toward defining the human parotid gland salivary proteome and peptidome: identification and characterization using 2D SDS-PAGE, ultrafiltration, HPLC, and mass spectrometry.</a> Biochemistry. 44, 2885-2899 (2005).</li>
<li>Wilmarth, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two-dimensional+liquid+chromatography+study+of+the+human+whole+saliva+proteome%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Two-dimensional liquid chromatography study of the human whole saliva proteome.</a> J. Proteome Res. 3, 1017-1023 (2004).</li>
<li>Saitoh, E., Isemura, S., Sanada, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+amino+acid+sequence+of+a+basic+proline-rich+peptide%2C+P-D%2C+from+human+parotid+saliva%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Complete amino acid sequence of a basic proline-rich peptide, P-D, from human parotid saliva.</a> J. Biochem. 93, 495-502 (1983).</li>
<li>Slomiany, B. L., Piotrowski, J., Czajkowski, A., Shovlin, F. E., Slomiany, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+expression+of+salivary+mucin+bacterial+aggregating+activity+with+caries+status%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+J.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Differential expression of salivary mucin bacterial aggregating activity with caries status.</a> Int. J. Biochem. 25, 935-940 (1993).</li>
<li>Juarez, Z. E., Stinson, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+extracellular+protease+of+Streptococcus+gordonii+hydrolyzes+type+IV+collagen+and+collagen+analogues%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">An extracellular protease of Streptococcus gordonii hydrolyzes type IV collagen and collagen analogues.</a> Infect Immun. 67, 271-278 (1999).</li>
<li>Lo, C. S., Hughes, C. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+characterization+of+a+protease+from+Streptococcus+oralis+C104%5BTitle%5D)+AND+%22Oral+Microbiol.+Immunol%22%5BJournal%5D)">Identification and characterization of a protease from Streptococcus oralis C104.</a> Oral Microbiol. Immunol. 11, 181-187 (1996).</li>
<li>Harrington, D. J., Russell, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+characterisation+of+two+extracellular+proteases+of+Streptococcus+mutans%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol.+Lett%22%5BJournal%5D)">Identification and characterisation of two extracellular proteases of Streptococcus mutans.</a> FEMS Microbiol. Lett. 121, 237-241 (1994).</li>
<li>Huang, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+secretome+sampling+technology+for+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics+Clin.+Appl%22%5BJournal%5D)">In vivo secretome sampling technology for proteomics.</a> Proteomics Clin. Appl. 1, 953-962 (2007).</li>
<li>Skepo, M., Linse, P., Arnebrant, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coarse-grained+modeling+of+proline+rich+protein+1+%28PRP-1%29+in+bulk+solution+and+adsorbed+to+a+negatively+charged+surface%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Phys.+Chem.+B%22%5BJournal%5D)">Coarse-grained modeling of proline rich protein 1 (PRP-1) in bulk solution and adsorbed to a negatively charged surface.</a> J. Phys. Chem. B. 110, 12141-12148 (2006).</li>
<li>Losic, D., Rosengarten, G., Mitchell, J. G., Voelcker, N. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pore+architecture+of+diatom+frustules%3A+potential+nanostructured+membranes+for+molecular+and+particle+separations%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Nanosci.+Nanotechnol%22%5BJournal%5D)">Pore architecture of diatom frustules: potential nanostructured membranes for molecular and particle separations.</a> J. Nanosci. Nanotechnol. 6, 982-989 (2006).</li>
<li>Linhares, M. C., Kissinger, P. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pharmacokinetic+monitoring+in+subcutaneous+tissue+using+in+vivo+capillary+ultrafiltration+probes%5BTitle%5D)+AND+%22Pharm+Res%22%5BJournal%5D)">Pharmacokinetic monitoring in subcutaneous tissue using in vivo capillary ultrafiltration probes.</a> Pharm Res. 10, 598-602 (1993).</li>
<li>Li, W., Hendrickson, C. L., Emmett, M. R., Marshall, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+intact+proteins+in+mixtures+by+alternated+capillary+liquid+chromatography+electrospray+ionization+and+LC+ESI+infrared+multiphoton+dissociation+Fourier+transform+ion+cyclotron+resonance+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Identification of intact proteins in mixtures by alternated capillary liquid chromatography electrospray ionization and LC ESI infrared multiphoton dissociation Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 71, 4397-4402 (1999).</li>
<li>Whitelegge, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protein-Sequence+Polymorphisms+and+Post-translational+Modifications+in+Proteins+from+Human+Saliva+using+Top-Down+Fourier-transform+Ion+Cyclotron+Resonance+Mass+Spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+J.+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Protein-Sequence Polymorphisms and Post-translational Modifications in Proteins from Human Saliva using Top-Down Fourier-transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometry.</a> Int. J. Mass Spectrom. 268, 190-197 (2007).</li>
<li>Castro, P., Tovar, J. A., Jaramillo, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adhesion+of+Streptococcus+mutans+to+salivary+proteins+in+caries-free+and+caries-susceptible+individuals%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Odontol.+Latinoam%22%5BJournal%5D)">Adhesion of Streptococcus mutans to salivary proteins in caries-free and caries-susceptible individuals.</a> Acta Odontol. Latinoam. 19, 59-66 (2006).</li>
<li>Challacombe, S. J., Sweet, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oral+mucosal+immunity+and+HIV+infection%3A+current+status%5BTitle%5D)+AND+%22Oral+Dis%22%5BJournal%5D)">Oral mucosal immunity and HIV infection: current status.</a> Oral Dis. 8, 55-62 (2002).</li>
<li>Jensen, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Salivary+acidic+proline-rich+proteins+in+rheumatoid+arthritis%5BTitle%5D)+AND+%22Ann.+N.Y.+Acad.+Sci%22%5BJournal%5D)">Salivary acidic proline-rich proteins in rheumatoid arthritis.</a> Ann. N.Y. Acad. Sci. 842, 209-211 (1998).</li>
</ol>

Geen belangenconflicten verklaard.

Wij hebben gevonden dat veel peptide fragmenten bestaan ​​menselijke onverteerd speeksel. Deze peptide fragmenten daarvan aan verschillende vormen van proline-rijke eiwitten, actine, alfa-amylase, alpha 1 globine, beta-globine, histain 1, keratine 1, mucine 7 polymère immunoglobuline receptor, satherin, S100A9. Er kunnen vele factoren de productie van peptiden met een onbepaald knipplaatsen. Bijvoorbeeld, sommige peptidefragmenten van nature aanwezig in humaan speeksel. Veel peptiden met-PQ C-termini vastgesteld <strong...

<table border="1"><tbody><tr><td> Naam van het serum </td><td> Vennootschap </td><td> Catalogusnummer </td><td> Reacties </td></tr><tr><td> Polyethersulfon membranen </td><td> Pall Corporation </td><td></td><td> 30 kDa MWCO </td></tr><tr><td> Teflon gefluoreerde etheen-propeen buis </td><td> Upchurch Wetenschappelijk </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Blue dextran </td><td> Sigma </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Nano LC systeem </td><td> Eksigent </td><td></td><td></td></tr><tr><td> C18 val kolom </td><td> Agilent </td><td> 5065-9913 </td><td></td></tr><tr><td> LTQ lineaire ion-trap massaspectrometer </td><td> Thermo Fisher </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Sorcerer 2 </td><td> Sage-N ReseaRCH </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Acetonitril-0.1% mierenzuur </td><td> JT Baker </td><td> 9832-03 </td><td> LC / MS klasse </td></tr><tr><td> Water-0.1% mierenzuur </td><td> JT Baker </td><td> 9834-03 </td><td> LC / MS klasse </td></tr></tbody></table>

bemonstering human inheemse speeksel peptidoom met behulp van een lollipop-like ultrafiltratie probe: vereenvoudigen en te verbeteren peptide detection voor klinische massaspectrometrie

Sampling Human Indigenous Saliva Peptidome Using a Lollipop-Like Ultrafiltration Probe: Simplify and Enhance Peptide Detection for Clinical Mass Spectrometry

Hoewel het menselijk speeksel proteoom en peptidoom zijn geopenbaard 1-2 werden ze majorly geïdentificeerd uit eiwit hydrolysaten van speeksel eiwitten. Identificatie van de inheemse peptidoom van het menselijk speeksel zonder voorafgaande vertering met exogene enzymen wordt het absoluut noodzakelijk, omdat natieve peptiden in menselijk speeksel verstrekt potentiële waarden voor de diagnose van de ziekte, het voorspellen van progressie van de ziekte, en het toezicht op de therapeutische werkzaamheid. Passende steekproef is een cruciale stap voor de verbetering van de identificatie van menselijke inheemse speeksel peptidoom. Traditionele methoden van bemonstering van menselijk speeksel met centrifugeren om vuil te verwijderen 3-4 mei te veel tijd in beslag van toepassing te zijn voor klinisch gebruik. Bovendien kan vuil verwijderd door centrifugatie niet kunnen meeste geïnfecteerde pathogenen reinigen en de hoge overvloed eiwitten die vaak belemmeren de identificatie van geringe hoeveelheden peptidoom verwijderen. Conventionele proteomische benaderingen die priMarily gebruik tweedimensionale gel-elektroforese (2-DE) gels in conjugatie met in-gel digestie staat zijn om vele speeksel eiwitten 5-6. Deze aanpak is algemeen niet gevoelig genoeg om geringe hoeveelheden peptiden / eiwitten te detecteren. Vloeistofchromatografie-massaspectrometrie (LC-MS) op basis van proteomics is een alternatief dat eiwitten zich kunnen identificeren zonder voorafgaande 2-DE-scheiding. Hoewel deze benadering levert een hogere gevoeligheid moet algemeen vooraf mon-fractionering 7 en pre-digestie met trypsine, waardoor het moeilijk voor klinisch gebruik. Om de hinder in de massa spectrometrie als gevolg van monstervoorbereiding te omzeilen, hebben we een techniek genaamd capillaire ultrafiltratie (CUF) sondes 8-11. De gegevens van ons laboratorium aangetoond dat de CUF probes in staat zijn om het vastleggen van eiwitten in vivo van verschillende micro-omgevingen bij dieren in een dynamische en minimaal invasieve manier 8 -11. Geen centrifugeren is nodig omdat een negatieve druk wordt gecreëerd door gewoon spuit te trekken tijdens de monstername. De CUF sondes in combinatie met LC-MS hebben met succes geïdentificeerd tryptische-eiwitten verteerd 8-11. In deze studie hebben we een upgrade van de ultrafiltratie sampling techniek door het creëren van een lolly-achtige ultrafiltratie (LLUF) probe die gemakkelijk kunnen passen in de menselijke mondholte. De directe analyse van LC-MS zonder trypsinedigestie gebleken dat menselijk speeksel aangekocht bevat veel peptide fragmenten afkomstig van verschillende eiwitten. Bemonstering speeksel met LLUF sondes vermeden centrifugeren, maar effectief verwijderd veel groter en hoge overvloed eiwitten. Onze massaspectrometrische resultaten blijkt dat veel lage abundantie peptiden werden gedetecteerd na het uitfilteren van grotere eiwitten met LLUF sondes. Detectie van lage abundantie heeft speeksel peptiden was onafhankelijk van de verschillende voor-stap voorbeeld scheiding met chromatografie. Voor klinische toepassing, de LLUF sondes te nemend met LC-MS zou kunnen worden gebruikt in de toekomst progressie van de ziekte van speeksel te controleren.

Rekening houdend met speeksel bemonstering voor toekomstige klinische toepassing, is een lolly-achtige ultrafiltratie (LLUF) probe gemaakt om te passen in de menselijke mondholte. Directe analyse van onverteerd speeksel door nanoLC-LTQ massaspectrometrie werd aangetoond dat LLUF sondes om grote eiwitten en een hoge overvloed eiwitten te verwijderen, en maak een lage overvloedige peptiden meer aantoonbaar.

Bemonstering Human Inheemse Speeksel peptidoom Met behulp van een Lollipop-Like Ultrafiltratie Probe: vereenvoudigen en te verbeteren Peptide Detection voor Klinische massaspectrometrie

Hoewel het menselijke saliva-proteoom en peptidoom zijn onthuld 1-2, werden deze hoofdzakelijk geïdentificeerd op basis van tryptische digesten van salivaproteïnen. Identificatie ...

Deze studie naar spekselpeptiden maakt gebruik van een lolly-achtige ultrafiltratieprobe, gevolgd door directe nano lc LT Q massaspectrometrie-analyse. Assembleer eerst de LLUF-probe met behulp van een polyethersulfonmembraan en een ethyleenpropeenbuisje. Verzamel vervolgens spekselfracties van vrijwilligers en verwerk deze via de LLUF-probe om het speksel te bemonsteren.Ga vervolgens direct over tot nano L-C-L-T-Q massaspectrometrie en analyseer de gegevens van speekselmonsters met en zonder LLUF-probebehandeling. Uiteindelijk kan het speekselpéptiid worden verkregen door de L-C-M-S-S-gegevens te analyseren en de geïdentificeerde peptiden tussen de twee monsters te vergelijken. Deze aanpak, waarbij een lolly-achtige ultrafiltratieprobe wordt gekoppeld aan een directe nano LC LTQ massaspectrometrie-analyse, biedt belangrijke voordelen ten opzichte van andere methoden, zoals het verteren van speekseleiwitten tot peptiden.Vervolgens wordt massaspectrometrieanalyse uitgevoerd; de LUF PRO vereenvoudigt en reinigt het speeksel en verbetert tevens de MS-detectie van peptiden in het totale speeksel voor klinische toepassingen. Gebruik epoxylijm om de polyether-cellulosemembranen op de ran

sampling-human-indigenous-saliva-peptidome-using-lollipop-like

Research

JoVE Journal

Medicine

Geneeskunde

Stabiele Isotopen Normen en Capture door Anti-peptide antilichamen (SISCAPA) paren affiniteit verrijking van peptiden met stabiele isotoop verdunning massaspectrometrie (MRM-MS) voor kwantitatieve meting van peptiden te bieden als surrogaat voor hun respectievelijke eiwitten. Hier beschrijven we het protocol met behulp van magnetische deeltjes in een deels geautomatiseerde formaat.

Kwantificering van eiwitten met behulp van immuno-peptide Verrijking gekoppeld aan massaspectrometrie

Een methode voor massaspectrometrische analyse van endogene peptiden in menselijke cerebrospinale vloeistof (CSF) wordt gepresenteerd. Door molecuulgewicht cut-off filtratie, chromatografische pre fractionering, massaspectrometrische analyse en een daaropvolgende combinatie van peptide identificatie strategieën, bleek het mogelijk om uit te breiden van de bekende CSF peptidome bijna tien keer in vergelijking naar eerdere studies.

Bereiding van de monsters voor de analyse van de Endopeptidomic van menselijke cerebrospinale vloeistof

We presenteren een methode voor de zuivering, detectie en identificatie van diGly peptiden die afkomstig zijn van ubiquitinated eiwitten uit complexe biologische monsters. De gepresenteerde methode is reproduceerbaar, robuust en presteert beter dan gepubliceerde methoden met betrekking tot het diepteniveau van de ubiquitinomenanalyse.

Detectie van eiwitubiquitinatiesites door peptideverrijking en massaspectrometrie

Dit artikel introduceert monsterbereidingsmethoden voor een unieke real-time analytische methode op basis van de omgevingsmassaspectrometrie. Deze methode stelt ons in staat om real-time analyses uit te voeren van de biologische moleculen in vivo zonder speciale voorbehandelingen.

Monster voorbereiding voor Probe Electrospray Ionization Mass Spectrometry

Beschreven is een proteomica-workflow voor het identificeren van eiwit interactie partners uit een nucleaire subcellulaire fractie met behulp van immunoaffinity verrijking van een gegeven proteïne van belang en label-vrije massaspectrometrie. De workflow omvat subcellulaire fractionering, immunoprecipitatie, filter aided monstervoorbereiding, offline opruimen, massaspectrometrie, en een downstream bioinformatica pijpleiding.

Label-vrije Immunoprecipitation massaspectrometrie workflow voor grootschalige nucleaire interactome profilering

Dit protocol omvat een gedetailleerde analyse van de peptidoglycaansamenstelling met behulp van vloeistofchromatografie massaspectrometrie in combinatie met geavanceerde functie-extractie en bio-informatica-analysesoftware.

Semi-kwantitatieve analyse van peptidoglycaan door vloeistofchromatografie, massaspectrometrie en bio-informatica

Posttranslationele modificaties (PTM's) veranderen eiwitstructuren en -functies. Methoden voor de gelijktijdige verrijking van meerdere PTM-typen kunnen de dekking in analyses maximaliseren. We presenteren een protocol met behulp van dual-functionele Ti(IV)-geïmmobiliseerde metaalaffiniteitschromatografie gevolgd door massaspectrometrie voor de gelijktijdige verrijking en analyse van eiwit N-glycosylatie en fosforylering in pancreasweefsels.

Een spin-tipverrijkingsstrategie voor gelijktijdige analyse van N-glycopeptiden en fosfopeptiden uit menselijke pancreasweefsels

Er wordt een protocol gepresenteerd voor de bepaling van biomarkers met een lage abundantie uit gedroogde serummonsters, geïllustreerd met de biomarker progastrine-releasing peptide (ProGRP). Antilichaam-gecoate magnetische kralen worden gebruikt voor de selectieve reiniging en verrijking van een proteotypisch ProGRP-peptide. Het gevangen peptide wordt vervolgens geanalyseerd met vloeistofchromatografie-tandem massaspectrometrie.

Microsampling in gerichte massaspectrometrie-gebaseerde eiwitanalyse van eiwitten met een lage abundantie

Er wordt een gedetailleerd protocol opgesteld voor het reinigen en hergebruiken van ultracentrifugebuisjes van polycarbonaat om extracellulaire blaasjesisolatie uit te voeren die geschikt is voor proteomics-experimenten.

Hergebruik van polycarbonaat ultracentrifugebuis in proteomische analyses van extracellulaire blaasjes

Dit paper illustreert een vernieuwende visuele aanpak (Photovoice of foto-elicitatie) om een ​​eerlijk proces te bereiken in de klinische zorg voor patiënten die leven met chronische aandoeningen, verlichten hiaten in de klinische kennis, smederij betere therapeutische relaties en het identificeren van de patiënt centraal doelen en mogelijkheden voor genezing .

Met behulp van visuele en narratieve methoden om een ​​eerlijk proces te bereiken in de klinische zorg

Ontdek een lolly-achtige ultrafiltratieprobe voor speekselbemonstering die detectie van laag-abundante peptiden verbetert via directe NanoLC-LTQ massaspectrometrie. Deze methode vereenvoudigt klinische diagnostiek.

Bemonstering Human Inheemse Speeksel peptidoom Met behulp van een Lollipop-Like Ultrafiltratie Probe: vereenvoudigen en te verbeteren Peptide Detection voor Klinische massaspectrometrie (Video) | JoVE Journal

Bemonstering Human Inheemse Speeksel peptidoom Met behulp van een Lollipop-Like Ultrafiltratie Probe: vereenvoudigen en te verbeteren Peptide Detection voor Klinische massaspectrometrie

Meer video's verkennen