Name: Fabricage en gebruik van micro-omgeving microarrays (MEArrays) (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-10-11T12:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 57 s
Description: Leer hoe je micro-omgeving microarrays (MEArrays) fabriceert en gebruikt om cellulaire functies te bestuderen. Deze methode maakt systematische analyse van differentiatie en proliferatie mogelijk.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

ML wordt ondersteund door de NIA (R00AG033176 en R01AG040081) en door Laboratorium Gerichte Research and Development, US Department of Energy contract # DE-AC02-05CH11231.

<ol><li>Bissell, M. J., Labarge, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Context%2C+tissue+plasticity%2C+and+cancer%3A+are+tumor+stem+cells+also+regulated+by+the+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">Context, tissue plasticity, and cancer: are tumor stem cells also regulated by the microenvironment.</a> Cancer Cell. 7, 17-23 (2005).</li>
<li>Engler, A. J., Sen, S., Sweeney, H. L., Discher, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Matrix+elasticity+directs+stem+cell+lineage+specification%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Matrix elasticity directs stem cell lineage specification.</a> Cell. 126, 677-689 (2006).</li>
<li>McBeath, R., Pirone, D. M., Nelson, C. M., Bhadriraju, K., Chen, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+shape%2C+cytoskeletal+tension%2C+and+RhoA+regulate+stem+cell+lineage+commitment%5BTitle%5D)+AND+%22Dev.+Cell%22%5BJournal%5D)">Cell shape, cytoskeletal tension, and RhoA regulate stem cell lineage commitment.</a> Dev. Cell. 6, 483-495 (2004).</li>
<li>LaBarge, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+mammary+progenitor+cell+fate+decsions+are+products+of+interactions+with+combinatorial+microenvironments%5BTitle%5D)+AND+%22Integrative+Biology%22%5BJournal%5D)">Human mammary progenitor cell fate decsions are products of interactions with combinatorial microenvironments.</a> Integrative Biology. 1, 70-79 (2009).</li>
<li>Kim, H. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Patterning+Methods+for+Polymers+in+Cell+and+Tissue+Engineering%5BTitle%5D)+AND+%22Annals+of+biomedical+engineering%22%5BJournal%5D)">Patterning Methods for Polymers in Cell and Tissue Engineering.</a> Annals of biomedical engineering. , (2012).</li>
<li>Boudou, T., Ohayon, J., Picart, C., Pettigrew, R. I., Tracqui, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nonlinear+elastic+properties+of+polyacrylamide+gels%3A+implications+for+quantification+of+cellular+forces%5BTitle%5D)+AND+%22Biorheology%22%5BJournal%5D)">Nonlinear elastic properties of polyacrylamide gels: implications for quantification of cellular forces.</a> Biorheology. 46, 191-205 (2009).</li>
<li>Tse, J. R., Engler, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparation+of+hydrogel+substrates+with+tunable+mechanical+properties%5BTitle%5D)+AND+%22Current+protocols+in+cell+biology%22%5BJournal%5D)">Preparation of hydrogel substrates with tunable mechanical properties.</a> Current protocols in cell biology. Chapter 10, Unit 10(2010).</li>
<li>Flaim, C. J., Chien, S., Bhatia, S. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+extracellular+matrix+microarray+for+probing+cellular+differentiation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">An extracellular matrix microarray for probing cellular differentiation.</a> Nat. Methods. 2, 119-125 (2005).</li>
<li>Soen, Y., Mori, A., Palmer, T. D., Brown, P. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+regulation+of+human+neural+precursor+cell+differentiation+using+arrays+of+signaling+microenvironments%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Syst.+Biol%22%5BJournal%5D)">Exploring the regulation of human neural precursor cell differentiation using arrays of signaling microenvironments.</a> Mol. Syst. Biol. 2, 37(2006).</li>
</ol>

Geen belangenconflicten verklaard.

De MEArray methode hier gepresenteerde maakt functionele analyses van cel-en combinatorische micro-omgeving interacties 4. MEArray analyse combineert het gebruik van elementaire micropatterning technologieën, celbiologie, en microarray afdrukken robots en analyse apparaten die beschikbaar zijn in een groot aantal multi-user faciliteiten. MEArray schermen zijn compatibel met de meeste hechtende celtypen, maar serumvrije media formuleringen kunnen aangepast worden in sommige gevallen BSA of &lt;1% serum, die ku...

<table border="1"><tbody><tr><td> Naam van het reagens </td><td> Vennootschap </td><td> Catalogusnummer </td><td> Opmerkingen (optioneel) </td></tr><tr><td> Glasplaten 25 mm x 75 mm </td><td> VWR </td><td> 48311-600 </td><td></td></tr><tr><td> Dekglaasjes (no.1) 24 mm x 50 mm </td><td> VWR </td><td> 48393-241 </td><td></td></tr><tr><td> Kleuring schotel (of Coplan pot) </td><td> VWR </td><td> 25461-003 </td><td></td></tr><tr><td> Petrischalen (15 cm) </td><td> BD Falcon </td><td> 351058 </td><td></td></tr><tr><td> NaOH (1,0 N) </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> S2567 </td><td></td></tr><tr><td> APES (&gt; 98% (3-aminopropyl) triethoxysilaan) </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> A3648 </td><td></td></tr><tr><td> Glutaaraldehyde </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> G7651 </td><td> 50% in water </td></tr><tr><td> APS (&gt; 98% ammoniumpersulfaat) </td><td> SIGMA-Aldrich </td><td> A3678 </td><td> Bereid 10% werkende oplossing met ddH 2 O </td></tr><tr><td> TEMED (N, N, N &#39;, N&#39;-tetramethylethyleendiamine) </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> T9281 </td><td></td></tr><tr><td> Acrylamide (40%) </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> A4058 </td><td></td></tr><tr><td> Bis-acrylamide (2% w / v) </td><td> Fisher BioReagents </td><td> BP1404-250 </td><td></td></tr><tr><td> 0,45 urn spuitfilter 4 mm nylon </td><td> Nalgene </td><td> 176-0045 </td><td></td></tr><tr><td> FITC </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> F4274 </td><td></td></tr><tr><td> PDMS (polydimethylsiloxaan) </td><td> Dow Corning </td><td> 3097358-1004 </td><td> Sylgard 184 Elastomeer-kit via Ellsworth Lijmen </td></tr><tr><td> 2-kamer dia&#39;s </td><td> NUNC </td><td> 177380 </td><td></td></tr><tr><td> Pluronic F108 </td><td> BASF </td><td> 30089186 </td><td></td></tr><tr><td> Aquarium kit </td><td> Dow Corning </td><td> DAP 00688 </td><td></td></tr><tr><td> Fluormount-G </td><td> Zuid-Biotech </td><td> 0100-01 </td><td></td></tr><tr><td> Wegwerp plastic bekers </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Tongspatels </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Nitril handschoenen </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Plastic microscoopglaasje dozen </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Spin coater </td><td> WS-400B-6NPP/LITE </td><td> Laurell Technologies Corporation </td><td></td></tr><tr><td> Oven </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Digitale kookplaat </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> 384-putjes </td><td></td><td></td><td> Een merk geschikt is voor de microarray robot </td></tr><tr><td> Microarray afdrukken robot </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Omgekeerde fase en fluorescentiemicroscoop </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Axon microarray scanners </td><td> Molecular Devices </td><td></td><td> Meerdere configuraties bestaan </td></tr></tbody></table>

fabricage en gebruik van micro-omgeving microarrays (mearrays)

Fabrication and Use of MicroEnvironment microArrays (MEArrays)

De interacties tussen cellen en hun omgeving micro-omgeving hebben functionele gevolgen voor cellulaire gedrag. Op enkele cel kunnen verschillende micro-omgevingen opleggen differentiatie, migratie en proliferatie fenotypes en op weefselniveau de micro verwerkt complex als morfogenese en tumorigenese 1. Niet alleen de cel en moleculaire inhoud van micro-omgevingen invloed hebben op de cellen binnen, maar dat doen de elasticiteit 2 en geometrie 3 van het weefsel. Gedefinieerd als de som van cel-cel-ECM en oplosbare factor interacties, in aanvulling op fysieke kenmerken, is het micro complex. Het fenotype van cellen in een weefsel gedeeltelijk vanwege hun genomische inhoud en mede door de combinatorische interacties met de microenviroment. Een belangrijke uitdaging is om specifieke combinaties van microenvironmental componenten verbinden met onderscheidende gedrag. ent &quot;&gt; Hier geven we de micro microarray (MEArray) platform voor cel-gebaseerde functionele screening van combinatorische interactie met micro-omgevingen 4. Werkwijze maakt gelijktijdig regelen van de moleculaire samenstelling en de elastische modulus, en combineert de van veelgebruikte microarray en micropatterning technologieën. MEArray schermen moet zo weinig 10.000 cellen per array, welke functionele studies van zeldzame celtypen zoals volwassen stamcellen vergemakkelijkt. Een beperking van de technologie is dat gehele weefsel micromilieus niet volledig worden samengevat op MEArrays. Uit een vergelijking van reacties in hetzelfde celtype talrijke verwante micromilieus bijvoorbeeld paarsgewijze combinaties van ECM eiwitten die een bepaald weefsel karakteriseren zal inzicht in hoe microenvironmental componenten opwekken weefselspecifieke functionele fenotypes. MEArrays kunnen worden afgedrukt met een groot aantal recombinant growth factoren, cytokines en gezuiverde ECM eiwitten en combinaties daarvan. Het platform wordt alleen beperkt door de beschikbaarheid van specifieke reagentia. MEArrays vatbaar zijn voor time-lapsed analyse, maar meestal worden gebruikt voor eindpunt analyse van cellulaire functies die meetbaar met fluorescerende probes. Zo worden DNA synthese, apoptose, verwerving van gedifferentieerde toestanden of productie van specifieke genproducten gewoonlijk gemeten. Kort de basis luchtstroom van een MEArray experiment is bekleed met dia afdrukken substraat te bereiden en de masterplaat van eiwitten die moeten worden afgedrukt bereiden. Dan de arrays zijn bedrukt met een microarray robot worden cellen mogen hechten, in cultuur groeien en vervolgens chemisch gefixeerd bij het bereiken van de experimentele eindpunt. Fluorescerende of colorimetrische testen, afgebeeld met traditionele microscopen of microarray scanners, gebruikt om relevante moleculaire en cellulaire fenotypes (figuur 1) tonen.

Een combinatorische functionele screening methode voor het verkrijgen van inzicht in de effecten van de moleculaire samenstelling van micro-omgevingen op cellulaire functies beschreven. De methode maakt gebruik van bestaande micro-array gebaseerde technologieën voor het genereren van arrays van gedefinieerde combinatorische micro-omgevingen die ondersteuning bieden voor celadhesie en functionele analyse.

Fabricage en gebruik van micro-omgeving microarrays (MEArrays)

De interacties tussen cellen en hun omringende micro-omgeving hebben functionele gevolgen voor het cellulaire gedrag. Op het niveau van de enkele cel...

Het algemene doel van het volgende experiment is om de effecten van verschillende micro-omgevingen op de cellulaire functies van adherente celtypen te meten door deze parallel bloot te stellen aan een diverse collectie Combinator micro-omgevingen. Dit wordt bereikt door eerst printsubstraten te vervaardigen die de absorptie van mengsels van micro-omgevingsproteïnen ondersteunen. Vervolgens worden masterplates van micro-omgevingsproteïnen klaargemaakt, die worden gebruikt om ME-arrays te printen met behulp van een microarray-printrobot met een quill- of capillairpin.Vervolgens worden masterplates van micro-omgevingsproteïnen geprepareerd. Daarna worden adherente cellen gekweekt op de ME-array, waarbij de optie bestaat om het aantal cellen te beperken. De verkregen resultaten tonen de impact van de verschillende micro-omgevingen op cellulaire functies, zoals differentiatie of proliferatie, op basis van immunofluorescentieanalyse.We kregen voor het eerst het idee voor deze methode toen we de effecten van weefselmicro-omgevingen op het lot van menselijke geheugenstamcellen wilden kwantificeren, maar we realiseerden ons dat werken in vivo onmogelijk is. Nu de methode is ontwikkeld, heef

fabrication-and-use-of-microenvironment-microarrays-mearrays

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Een eenvoudige procedure van het uitvoeren van op maat microRNA microarray experimenten beschreven. De stappen omvatten het isoleren van RNA, etikettering RNA en DNA, het hybridiseren van het monsters microarrays, het scannen van de microarrays, kwantificeren en analyseren van hybridisatie signalen.

Het uitvoeren van op maat MicroRNA microarray experimenten

Een beschrijving van de vorming van een polymeer met een microarray on-chip fotopolymerisatie techniek. De high throughput oppervlaktekarakterisering behulp van atomic force microscopy, water contacthoekmetingen, X-ray foto-elektron spectroscopie en vluchttijden secundaire ionen massaspectrometrie en celhechting assay wordt ook beschreven.

Polymeer Microarrays voor High Throughput Ontdekking van biomaterialen

This video demonstrates a technique that applies peptide microarray technology to profile the specificity of antibodies recognizing post-translational modifications (PTMs) on histone peptides. A microarray slide containing immobilized fluorophore-conjugated histone peptides with known PTM combinations is treated with target PTM-specific antibodies. This process helps identify the antibody's specificity for the target and its potential cross-reactivity with non-target PTMs.

A Peptide Microarray Technology for Specificity Profiling of Antibodies

Een amplificatie microarray combineert asymmetrische PCR-amplificatie en microarray hybridisatie in een enkele kamer, die aanzienlijk stroomlijnt microarray workflow voor de eindgebruiker. Vereenvoudiging microarray workflow is een noodzakelijke eerste stap voor het maken van microarray-gebaseerde diagnostiek die routinematig kan worden gebruikt in een lagere-resource-omgevingen.

Aantonen van een multiresistente<em&gt; Mycobacterium tuberculosis</em&gt; Versterking Microarray

Beschreven worden protocollen voor het kwantificeren van mechanische interacties tussen aderente cellen en microgestructureerde substraten. Deze interacties zijn nauw verbonden met essentiële celgedragingen, waaronder migratie, proliferatie, differentiatie en apoptose. De protocollen presenteren een open-source beeldanalysesoftware genaamd MechProfiler, die de bepaling van betrokken krachten voor elke micropost mogelijk maakt.

Gemakkelijk en nauwkeurig voor mechanische profilering op MicroPOST Arrays

Celdifferentiatie wordt gereguleerd door een groot aantal micro-omgeving factoren, met inbegrip van zowel matrix samenstelling en de ondergrond eigenschappen. We beschrijven hier een techniek gebruikmaking cel microarrays in samenhang met trekkracht microscopie zowel celdifferentiatie en biomechanische cel- substraatinteracties als functie van de micro-omgeving context evalueren.

Een High-throughput Cell Microarray Platform voor Correlatieve Analyse van de Cel Differentiatie en trekkrachten

De ontwikkeling van microbiële gemeenschappen hangt af van een combinatie van factoren, waaronder milieu-architectuur, lidmaatschap, eigenschappen en interacties. Dit protocol beschrijft een synthetische microfabriek die gelijktijdig wordt bijgehouden van duizenden gemeenschappen in femtoliterputten, waar sleutelfactoren zoals nisgrootte en bevalling kunnen worden benaderd.

Montage en Tracking van Microbiële Community Development binnen een Microwell Array Platform

Dit artikel beschrijft de gedetailleerde methodologie ter voorbereiding van een Multiplexed kunstmatige cellulaire communicatie (MACME)-array voor high-throughput manipulatie van fysische en chemische cues nabootsen in vivo cellulaire microenvironments en aan het identificeren van de optimale cellulaire omgeving voor menselijke pluripotente stamcellen (hPSCs) met eencellige profilering.

Fabricage van een Multiplexed kunstmatige cellulaire communicatie Array

Het doel van de hier gepresenteerde methode is om te laten zien hoe micro Environment micro arrays (MEMA) kunnen worden gefabriceerd en gebruikt voor het ondervragen van de impact van duizenden eenvoudige combinatorische micro-omgevingen op het fenotype van gekweekte cellen.

Micro arrays gebruiken om micro-milieueffecten te ondervragen op cellulaire fenotypes bij kanker

Bacteriële Gene Expression analyse met behulp van Microarrays

Leer hoe je micro-omgeving microarrays (MEArrays) fabriceert en gebruikt om cellulaire functies te bestuderen. Deze methode maakt systematische analyse van differentiatie en proliferatie mogelijk.

Fabricage en gebruik van micro-omgeving microarrays (MEArrays)

Meer video's verkennen