Split-en-zwembad Synthese en karakterisatie van peptide Tertiaire amide Bibliotheek

Het algemene doel van deze procedure is om aan te tonen hoe men een combinatorische bibliotheek kan synthetiseren die peptide tertiaire amide of PTA-eenheden bevat. Dit wordt bereikt door eerst een PTA-submonomeer te bereiden uit natuurlijke aminozuren. De tweede stap is het synthetiseren van een peptide-linkerregio op een vaste drager.

Vervolgens wordt een combinatorische bibliotheek gesynthetiseerd die PTA- en peptide-subeenheden bevat. De laatste stap is het karakteriseren van de gesynthetiseerde bibliotheek om de kwaliteit van de synthese te garanderen. Uiteindelijk wordt een combinatorische bibliotheek gesynthetiseerd die conformationeel beperkte PTA-subeenheden bevat en een dergelijke bibliotheek kan worden gebruikt voor high-throughput screening om eiwitliganden te leveren en tot nieuwe medicijnontdekking te leiden.

Dus de chemie die het onderwerp van dit artikel is, werd ontwikkeld in een poging om moleculen te vinden die veel stijver waren dan enkele van de peptiden en andere dingen waarmee we eerder hadden gewerkt. Het idee is dat als men bibliotheken van stijvere moleculen identificeert en ze zich met veel hogere affiniteiten aan eiwitdoelen binden, en we dachten dat dit erg, erg belangrijk was bij het proberen geneesmiddelen verder te ontwikkelen of, of zelfs interessante sondevoedingsstoffen. Visuele demonstratie van deze PTA-suborde synthese is erg cruciaal omdat de synthese moeilijk te leren is omdat de temperatuur en timingscontrole echt cruciaal zijn voor een succesvolle synthese.

Voeg eerst 8,9 gram dine en 11,9 gram kaliumbromide toe aan een 500 milliliter driehalsronde bodemkolf met een magnetische roerder. Voeg vervolgens 100 milliliter van een eerder bereide 30% waterstofbromide-oplossing toe aan de kolf. Na het plaatsen van de kolf in een ethyleenglycol-dry ice-bad van negatief 10 graden Celsius, blaas argon door een lange naald vanaf de bodem van de kolf gedurende 10 minuten.

Roer de oplossing met de magnetische roerder op 300 RPM. Voeg vervolgens een eerder bereide natriumnitrietoplossing toe aan een druklijvende druppeltrechter die aan de driehalsronde bodemkolf is bevestigd en verzegel deze met een septum. Open langzaam de klep van de druppeltrechter en laat de natriumnitrietoplossing druppelen in de kolf.

Regel de klep om de druppelsnelheid aan te passen tot ongeveer twee druppels per seconde. Nadat de natriumnitriettoevoeging voltooid is, blijf de oplossing nog drie uur roeren, waarbij de temperatuur opwarmt van negatief 10 graden Celsius tot kamertemperatuur. Als de kleur van de oplossing te donker is, breng dan een vacuüm aan om de overtollige stikstofoxide en eventueel gevormd broom tijdens de reactie te verwijderen.

Zodra de oplossing is overgebracht naar een extractietrechter, extraheert u het product drie keer met 35 milliliter daethylether. Na het combineren van de organische fase en wassen met verzadigde pekel, verzamel het in een kolf en droog het gedurende zes uur over natriumsulfaat. Na filtratie van het natriumsulfaat, verdampt u het oplosmiddel onder vacuüm tot een heldere tot lichtgele olie.

Ren de ruwe product door silicagelkolomchromatografie met drie tot een hexaan ethylacetaat voor isotopenlabeling. Los 300 milligram L-alanine op met 10 milliliter gedeutereerd water in een 50 milliliter polyethyleenbuis. Na het toevoegen van 10 milligram alfa-ketoglutaraat als cosubstraat, verwarm de buis tot 37 graden Celsius. Wanneer u klaar bent, stelt u de pH in op 8,5 tot 8,7 met behulp van een eenmolaire natriumduteoxide-oplossing en pH-teststrips.

Voeg vervolgens 0,1 milligram alanine-transaminase toe aan de oplossing. Plaats de buis in een incubator van 37 graden Celsius en incubeer deze met licht schudden bij 10 tot 30 RPM. Op dit punt zwelt een gram 90 micron, 10 tot gel-kralen op met Ram-linker in 10 milliliter dimethylformamide gedurende drie uur in een 12 milliliter spuitreactor met licht schudden, tappen de dimethylformamide uit de reactor en voeg 10 milliliter 20%pi Perine dimethylformamide-oplossing toe om de FOC-groep van de rink-amide-linker te beschermen.

Na het schudden van de kralen met de 20%Pepperdine-oplossing gedurende 30 minuten, was ze vijf keer met dimethylformamide om alle Pepperdine te verwijderen. Vervolgens verwijdert u enkele kralen uit de spuit en test ze met een chlooraltest. Voeg twee milliliter van een tweemolaire bromoazijnzuurdimethylformamide-oplossing toe aan de kralen en schud zachtjes.

Voeg vervolgens twee milliliter van een tweemolaire diop-propyl carbo diamine dimethylformamide-oplossing toe aan de kralen. Na het verzegelen van de spuit met een plunjer, schudt u de kralen op een shaker gedurende 10 minuten. Zodra de kralen grondig zijn gewassen met dimethylformamide, voegt u twee milliliter van een eerder bereide eenmolaire methoxyethyldimethylformamide-oplossing toe.

Na het schudden van de kralen en het vijf keer wassen met dimethylformamide, controleert u enkele van de kralen met een chlooraltest. Voeg vervolgens 10 milliliter van een één-op-één di-chloormethaandimethylformamide-oplossing toe aan de eerder gebruikte spuit. Verdeel alle gramkralen gelijkmatig in drie vijf milliliter spuitreactoren met behulp van een 1000 microliter pipette met een afgesneden pipettetip.

Na het wassen van de drie spuiten drie keer met chloormethaand was de r- en s-gelabelde spuiten drie keer met anhydrous tetra hydro furin en de B-gelabelde spuit drie keer met dimethylformamide. Voor tristine-koppeling van bromopropaan NOIC-zuur, voegt u ongeveer 200 milligram tristine toe aan een flesje in een afzuigkap. Zodra het flesje is afgesloten, weegt u de hoeveelheid tristine in het flesje.

Voeg vervolgens de juiste hoeveelheid anhydrous tetra hydro ferran toe aan het flesje om een oplossing van 20 milligram per milliliter Tri phosgene tetra hydro ferran te maken. Om het bromozuur-tri