Name: Split-en-zwembad Synthese en karakterisatie van peptide Tertiaire amide Bibliotheek (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-06-20T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 37 s
Description: Leer de split-en-zwembad synthese van peptide tertiaire amide bibliotheken met natuurlijke aminozuren. Deze methode maakt high-throughput screening mogelijk voor nieuwe eiwitliganden in drug discovery.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

De auteurs willen graag Dr Jumpei Morimoto en Dr Todd Doran bedanken voor waardevolle hulp. Dit werk werd ondersteund door een contract van de NHLBI (NO1-HV-00242).

1. Basis van Split-en-zwembad Synthese Om efficiënt genereren van een groot aantal verbindingen op vaste fase wordt split-and-pool synthese vaak gebruikt als een algemene strategie. Zoals getoond in figuur 4, TentaGel kralen worden eerst gesplitst in drie porties. Elk deel wordt omgezet met een ander reagens, genereren van de eerste rest van kralen. Na de eerste reactie worden drie porties samengevoegd, gemengd en opnieuw verdeeld in drie porties. Elk deel zal weer reageren met een ander reagens, het genereren van het tweede residu op kralen. Na twee stappen split-en-zwembad, zijn negen verbindingen gegenereerd. In sub-monomeer synthese worden kralen eerst verdeeld in verschillende porties met verschillende broom zuren bij aanwezigheid van een koppelingsreagens. Na wassen met oplosmiddel alle kralen elkaar en gemengd worden samengevoegd, opnieuw verdeeld in meerdere porties reageren met verschillendeprimaire aminen. Na aminering worden alle kralen samengevoegd en grondig gewassen, het voltooien van een volledige monomeer op elke kraal. Dit proces kan worden herhaald totdat de gewenste diversiteit wordt bereikt. 2. Voorbereiding van zuurbromide van Natural Aminozuren In sub-monomeer synthese, wordt de synthese van elke monomeer bestaat uit twee stappen: 1. Koppeling van zuurbromide en 2 aminering met primaire aminen (figuur 2).. Om een ​​peptide tertiair amide synthetiseren, zullen chirale zuurbromiden met zijketens op de alfa koolstof worden bereid uit natuurlijke aminozuren. Hier beschrijven we de werkwijze het transformeren van een natuurlijk aminozuur in het overeenkomstige zuur bromide met high fidelity stereo. Wij gebruiken alanine als voorbeeld; andere aminozuren zoals serine, threonine, asparaginezuur, glutaminezuur, asparagine, glutamine, glycine, valine, isoleucine, fenylalanine kan ook worden omgezet in broom zuren onder vergelijkbare conditions. Merk op dat sommige van de aminozuren met functionele groepen zoals fenol, guanidine en amine beschermd moeten worden voor de transformatie. Het reactiemengsel instelling wordt getoond in figuur 3. Veiligheidsmaatregelen: Voor de volgende reacties met HBr, nano 2 en andere bijtende / giftige chemicaliën, de juiste veiligheidsuitrusting zoals een veiligheidsbril, laboratoriumjas, en chemisch bestendige handschoenen zijn nodig. Alle reacties dienen in een zuurkast worden uitgevoerd door ervaren chemicus. <ol><li> Voeg 370 ml water in 630 ml 48% HBr oplossing voor een 1 L, 30% HBr oplossing te bereiden. Voeg 500 ml ethyleenglycol in een 1 L bad container; voeg droog ijs om de temperatuur op -10 ° C te houden Let op: 48% HBr-oplossing is sterk zuur en bijtend, met zorg te behandelen. Lees het veiligheidsinformatieblad voor gebruik. </li><li> D-alanine (8,9 g, 0,1 mol) en KBr (11,9 g, 0,1 mol) In een 250 ml drie-hals rondbodemkolf met een magnetische roerstaaf. Voeg 100 ml, en de 30% HBr voorbereid in thij vorige stap. Plaats de kolf in een bad ethyleenglycol bereid in stap 2.1 en houd de temperatuur op -10 ° C. Bubble argon via een lange naald uit de bodem van de kolf gedurende 10 minuten zoals getoond in figuur 3. Roer de oplossing met magnetische roerstaaf bij 300 tpm. </li><li> Los NaNO 2 (8.28 g, 0.12 mol) in een bekerglas van 100 ml met 20 ml water. Voeg de oplossing in de druk druppeltrechter en sluit de druppeltrechter met een septum. Draai langzaam aan op het ventiel van de trechter met kraan en laat de Nano 2 oplossing vallen in de kolf. Controle van de klep naar de druipende tarief aan te passen tot ongeveer 2 druppels per sec. Houd het roeren bij 300 tpm en houdt het argon borrelen vanaf de bodem van de kolf. De kolf moet ethyleenglycol water worden bewaard bij -10 ° C totdat alle NaNO 2 wordt toegevoegd. Let op: Deze stap genereert warmte en gas tijdens de toevoeging van NaNO 2 oplossing. Druipend tarief moet zorgvuldig con zijngecontroleerde en het hele systeem moet open zijn door de argon stopcontact. </li><li> Blijf roeren nog 3 uur en laat de temperatuur opwarmen van -10 ° C tot kamertemperatuur. De verkregen oplossing moet helder tot lichtgeel te zijn; Als de kleur te donker toepassing vacuüm de overmaat stikstofoxiden en mogelijke Br2 die tijdens de reactie te verwijderen. </li><li> Extraheer het product uit de oplossing met 3x 35 ml diethylether met extractiemiddel trechter. Combineer de organische fase en was het met verzadigde pekel. De organische fase kan ook een kleine hoeveelheid NaHCO3 gewassen vóór wassen met zoutoplossing om de kleur te verwijderen als het donker is. Droog de ​​organische fase op natriumsulfaat 2 SO 4 6 uur. </li><li> Filteren uit de Na 2 SO 4 en verdampen van het oplosmiddel onder vacuüm, moet ruwe product worden verkregen als duidelijk gele olie bleek. Het ruwe product kan verder worden gezuiverd door destillatie bij 115 ° C, 3 mm Hg, ofsilicakolom met 03:01 hexaan: ethylacetaat. </li><li> Zuivere product verkregen als heldere olie, 6,6 g (opbrengst 74%), dichtheid = 1,69 g / ml, [α] D20 = +24 ° (methanol), 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 4,41 (q, J = 7,0 Hz, 1H), 1,86 (d, J = 7,0 Hz, 3H). In het geval van (S)-2-broompropaanzuur-d 4 (bereid uit d 4-L-alanine) zuiver product verkregen als heldere olie, opbrengst 78%, dichtheid = 1,72 g / ml, [α] D20 = -19 ° (methanol). 1H NMR, is geen significante H signaal waargenomen. ESI-MS - [M-1] - = 155,1 (verwacht 154,97). Voor (S)-2-broom-4-methylpentaanzuur (bereid uit L-leucine volgens dezelfde procedure) zuiver product verkregen als heldere olie, opbrengst 89%, [α] D20 = +37 ° (methanol), 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 4,30 (t, J = 7,7 Hz, 1H), 1,94 (dd, J = 10,8, 3,9 Hz, 2H), 1,81 (tt, J = 13,2, 6,5 Hz, 1H), 0,96 (dd, J = 18,2, 6,6 Hz, 7H). In het geval van (S)-2-broom-3-phenylpropanoic zuur (bereid uit L-fenylalanine volgens dezelfde procedure) zuiver product verkregen als lichtgele olie, opbrengst 72%, [α] D20 = +17 ° (methanol), 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7,38 - 7,19 (m, 5H), 4,42 (dd, J = 8,1, 7,3 Hz, 1H), 3,47 (dd, J = 14,2, 8,2 Hz, 1H), 3,25 (dd, J = 14,2, 7,2 Hz, 1H). </li></ol> 3. Isotopische labeling van alanine behulp Transaminase In combinatorische bibliotheek synthese, vooral in de split-and-pool synthese van een-tje een-verbinding (OBOC) bibliotheken, de hoeveelheid verbinding die kan worden verkregen uit elke kraal is relatief klein. (Typisch 1 pmol tot 10 nmol). Bovendien wordt massaspectrometrie schaal gebruikt voor de identificatie en karakterisering van de uiteindelijke verbinding vanwege de hoge gevoeligheid. Om massaspectrometrie om de absolute stereochemie bepalen op de chirale centra van de uiteindelijke PTA producten moeten broomzuur enantiomeren isoto zijnpically gelabeld voor gebruik. Hier beschrijven we de methode van het gebruik transaminase en D 2 O labelen L-alanine. <ol><li> Los op L-alanine (300 mg, 3,36 mmol) met 10 ml D 2 O in een 50 ml polyethyleen buis. Voeg α-ketoglutarate (10 mg, 0.068 mmol) als co-substraat. Verwarm de buis tot 37 ° C en stel het Pd naar 8,5-8,7 met een 1 M NaOD soution. Opmerking: PD wordt bepaald door de pH teststrips. Traditionele electro pH-meter met glas-elektrode selectief voor H + kan geven onjuiste voorgelezen voor D +. </li><li> Voeg alaninetransaminase (0,1 mg, EC 2.6.1.2 van varken hart, Roche Diagnostics, Indianapolis, IN) op de PD 8,5-8,7, 37 ° C oplossing bereid uit de vorige stap. Zet de buis in een 37 ° C incubator en incubeer overnacht te schudden met milde, is 10 tot 30 rpm voorkeur. </li><li> Na overnacht incubatie neem 0,5 ml van de D2O oplossing en controleer de reactievoortgang door 1H-NMR. Alle proton signalen van eenlanine, δ 3,76 (q, J = 7,2 Hz, 1H), 1,46 (d, J = 7,3 Hz, 3H), 1H NMR 400 MHz, moet sterk worden onderdrukt door deuterering. Meer dan 98% van de protonen worden uitgewisseld deuterium zoals eerder 23 beschreven. Noot: D 2 O kan gedeeltelijk worden teruggewonnen door destillatie als de reactie wordt uitgevoerd op grote schaal (&gt; 200 ml D 2 O). Gewoonlijk kan 60% tot 80% van D2O worden gedestilleerd uit de oplossing. </li><li> Bevries de bovenstaande oplossing met vloeibare stikstof en lyofiliseren met behulp van een vriesdroger om witte deuterated L-alanine poeder te verkrijgen. </li></ol> 4. Synthese van peptoïde linkergebied Het linkergebied is niet vereist voor PTA bibliotheek synthese. Echter, teneinde de hoge achtergrond in de laagmoleculaire bereik (100-600) van MALDI massaspectrometrie voorkomen en de ionisatie van de verbindingen te verbeteren, een peptoïde linker met meerdere polaire residuen vaak gebruikt. Dit peptoïde linker kan worden gesynthetiseerd via standaard peptoïde synthese procedure. Hier zullen we een pentameer van N-methoxyethyl glycine synthetiseren als linker (zie figuur 5). <ol><li> Swell 90 urn Tentagel kralen RAM linker (1 g, 0,27 mmol / g) in 10 ml DMF gedurende 3 uur in een 12 ml spuit reactor met milde schudden. </li><li> Giet de DMF uit de reactor en voeg 10 ml 20% piperidine DMF oplossing voor de fmoc groep bescherming te ontdoen van de Rink amide linker. Schud de bolletjes met 20% piperidine-oplossing gedurende 30 minuten. Wassen met DMF 5x alle piperidine te verwijderen. </li><li> Neem een ​​paar parels uit de spuit en test het met chloranil test. Kralen moeten donkerbruin (chloranil testen positief voor primair amine) uitschakelen als fmoc succes wordt ontschermd. </li><li> Bereid de volgende oplossingen:. 1 20 ml, 2 M broomazijnzuur / DMF oplossing; 2 20 ml, 2 M DIC / DMF oplossing.; 3. 10 ml, 1 M methoxylethylamine / DMF oplossing. </li><li> Voeg 5 ml 2 M broomazijnzuur / DMF oplossingde kralen, schud voorzichtig. Voeg vervolgens 5 ml 2 M DIC / DMF oplossing van de kralen; sluit de spuit met de zuiger en zet het op de shaker. Schud gedurende 10 minuten. </li><li> Was de kralen met DMF grondig. Voeg 2 ml van 1 M methoxyethylamine / DMF oplossing bereid uit stap 4.4 om de kralen. Dicht de spuit met de zuiger en schud het op de shaker gedurende 30 minuten. </li><li> Was de kralen met DMF 5x. Check een paar kralen met chloranil test, als positief (kralen blauw worden), ga dan verder met de volgende stap. Anders, herhaal stap 4.6. </li><li> Herhaal stap 4,5-4,7, 4x het pentameer voltooien. </li></ol> . 5 Split-en-zwembad Synthese van PTA Bibliotheek met (R) - en (S)-2-bromopropionic Zuren Hier beschrijven we de synthese van een kleine PTA bibliotheek met een theoretische diversiteit van 9261 verbindingen met de 1 g korrels uit stap 4.8. Merk op dat een 90 micrometer TentaGel kraal bevat ongeveer 2.900.000 kralen per gram; daarom redundantie vande bibliotheek zal zijn 2,9 x 10 6/9261 = 312 exemplaren. We zullen broomazijnzuur, (R)-2-bromopropanoic en isotopen gelabeld (S)-2-broompropaanzuur-d4 als de zuren en 7 verschillende aminen (A1 ~ A7, zie Figuur 5 voor details) voor aminering. Spuit reactoren en een vacuüm spruitstuk wordt gebruikt om de synthese te voeren. <ol><li> Voeg 10 ml van 01:01 DCM: DMF om de spuit uit stap 4.8; gebruik maken van een 1000 ui pipet met een afgeknotte pipet tip om alle 1 g kralen gelijkmatig verdeeld in drie 5 ml spuit reactoren. Label deze als B (broomazijnzuur), R ((R)-2-bromopropanoic) en S ((S)-2-broompropaanzuur-d4). Was alle 3 spuiten met DCM 3x, en was spuiten gelabeld met R en S met watervrij THF 3x, wassen spuit gemerkt met B met DMF 3x. </li><li> Spuit R en S. BTC koppeling van broompropaanzuur. <ol><li> Bereid een verse BTC / THF oplossing. Voeg eenpproximately 200 mg van BTC in het flesje in een zuurkast, sluit deze af met de dop. Weeg de hoeveelheid van BTC in de flacon. Bereken de hoeveelheid oplosmiddel nodig is en voeg watervrij THF in de flacon een 20 mg / ml BTC / THF oplossing. </li><li> Bereid de broom zuren / BTC mengsel. Voeg (R)-2-broompropaanzuur (89 pl, 0,95 mmol) en (S)-2-broompropaanzuur-d 4 (89 pl, 0,95 mmol) in twee kleine flesjes apart. Om elke flacon, voeg 5 ml van de meer dan 20 mg / ml BTC / THF oplossing. Dicht de twee flacons en zet ze in -20 ° C vriezer gedurende 20 minuten. </li><li> Voeg 1125 pi, 02:01 THF / DIPEA (750 pi THF, 375 ul DIPEA, 2,2 mmol) op R en S spuit afzonderlijk. Meng de kralen met de pipet tip. Laat ze gaan zitten voor 5 minuten. </li><li> Neem de twee gekoelde broom zuren / BTC mengsels van stap 5.2.2, voeg 2,4,6-trimethylpyridine (356 pl, 2,7 mmol) aan elk flesjes. Wit neerslag onmiddellijk gevormd. Breng de bijbehorende schorsing directde basisch gemaakt kralen (spuit R en S in stap 5.2.3) zo snel mogelijk en zet ze op een shaker te schudden onder 120 rpm gedurende 2 uur. Opmerking: De oplossing in de injectiespuit reactoren zou een lichtgele suspensie gedurende het hele verloop van de reactie. Een donkere kleur is een indicatie van excessieve warmte die vrijkomt bij de eerste toevoeging van het zuurchloride oplossing. Dit kan opgelost worden door verdere afkoeling of verdunde het broom zuren / BTC mengsel. </li></ol></li><li> Spuit B. Broomazijnzuur koppeling met DIC <ol><li> Bereid een verse 20 ml, 2 M broomazijnzuur / DMF oplossing. Bereid een 20 ml, 2 M DIC / DMF oplossing. </li><li> Voeg 2 ml 2 M broomazijnzuur / DMF oplossing voor spuit B, schud voorzichtig. Voeg 2 ml 2 M DIC / DMF oplossing voor spuit B, schud voorzichtig. </li><li> Zet spuit B op dezelfde shaker als spuit R en S </strong&gt; Schud gedurende 2 uur. Merk op dat de koppelingsreactie broomazijnzuur / DIC gebeurt binnen 30 minuten; langere reactietijd is voor het gemak van split-en-zwembad synthese. </li></ol></li><li> Na 2 uur, neemt injectiespuit R, S en B van de shaker. Was alle drie spuiten grondig met DCM 5x. Daarna wassen met DMF 5x. Let spuit R en S kan niet met DMF gewassen voordat het gewassen met DCM en THF eerste. </li><li> Pool alle kralen uit spuiten R, S en B in een 12 ml spuit reactor. Was alle kralen met DMF 5x. </li><li> Voeg 10 ml 1:1 DCM: DMF op de spuit; gebruik maken van een 1000 ui pipet met een afgeknotte pipet tip om alle kralen gelijkmatig verdeeld in 7 individuele 2 ml spuiten, ze bestempelen als A1-A7. </li><li> Aminering. Bereid 10 ml, 2 M primaire amine / DMF oplossing voor elk van de 7 aminen in figuur 5 weergegeven. Voeg 5 ml each amine oplossing in de overeenkomstige injectiespuit A1-A7. Incubeer alle 7 spuiten in een 60 ° C incubator met schudden &#39;s nachts. </li><li> Na incubatie, was alle kralen grondig met DMF. Neem een ​​paar van kralen uit elke spuit en laat met chloranil test. Als de kralen groen (positief) binnen 3 minuten, ga verder met de volgende stap. Indien negatief, herhaal stap 5.7 voor de negatieve spuiten. </li><li> Herhaal stap 5,1-5,8 2x de trimeer voltooien. Optionele stap: Na elke cyclus, raden we aan om de kwaliteit synthese controleren door massaspectrometrie, zoals hieronder beschreven. Alle 9261 verbindingen worden nu gesynthetiseerd op TentaGel kralen als OBOC bibliotheek. </li><li> Massaspectroscopische bevestiging van PTA. PTA&#39;s zijn zeer gestructureerd oligomeren en bezitten vele gemeenschappelijke kenmerken van N-gemethyleerde peptiden. Een van de gemeenschappelijke problemen van vaste fase synthese van N-gemethyleerde peptiden de zure afbraak tijdens TFA klieving. Om zuur degradatie, splitsing van moleculen zoals cyclosporine uit onderdrukkenvaste drager wordt vaak uitgevoerd onder lage temperatuur uitgevoerd. We vergeleken verschillende splitsende voorwaarden voor het klieven verschillende PTA moleculen van de vaste drager. We vonden dat algemeen lage temperatuur en verminderde TFA concentratie kan effectief onderdrukken zuur afbraak en zorgen zuivere verbindingen. <ol><li> Bereid 10 ml 01:01 TFA / DCM oplossing in een 15 ml buis. Dicht de buis en zet het in een -20 ° C vriezer gedurende 20 minuten. </li><li> Was de kralen die moeten worden gesplitst met DCM 5x. Schud de kralen in DCM gedurende 15 minuten en was de kralen opnieuw met DCM 5x. </li><li> Giet de DCM uit de spuit. Gebruik een lichtmicroscoop en een pipet met afgeknotte tip om elke individuele kraal te zetten in een 96-well plaat, een kraal per putje. </li><li> Bedek de plaat met 96 putjes met een dekglas. Plaats de plaat in een -20 ° C vriezer gedurende 15 minuten. </li><li> Neem de afgekoelde 01:01 TFA / DCM oplossing van stap 5.10.1 en voeg 20 ul aan elk van de putjes die een kraal bevat. Plaats het deksel slip rug en put 96-well plaat op een schudder in de -20 ° C koelkast. </li><li> Schud gedurende 20 minuten. Neem de 96-well plaat uit en trek het deksel slip. Föhnen van de TFA / DCM uit elk putje door te blazen lucht of argon overheen. Indien meer dan 10 korrels worden gesplitst, kan een speedvac worden droog TFA / DCM het hele bord. Merk op dat op dit moment niet alle verbindingen zijn afgesplitst de kralen, maar het gesplitste verbindingen zou meer dan genoeg om de massa spectroscopie analyse uit te voeren. </li><li> Voeg 20 ul 06:04 ACN: H2O oplossing voor het gesplitste verbindingen oplossen van elk putje. Spot 0,6 ul van elke verbinding oplossing samen met 0,6 pi CHCA MALDI matrix op de MALDI plaat. </li><li> Gebruik MALDI massaspectrometrie om het molecuulgewicht en sequentie (MS / MS) van elke verbinding te bepalen. </li></ol></li></ol> 6. Chloranil Test <ol><li> Bereid de volgende reagentia vers voor elke test. Oplossing A: 2% chloranil (CAS: 118-75-2) in DMF. OplossingB: 2% acetaldehyde (CAS: 75-07-0) in DMF. </li><li> Meng 100 ul oplossing A met 100 ul oplossing B voor de test in een 1,5 ml buis; laat de kralen in en schud. Als parels worden blauw binnen 5 min, duidt de aanwezigheid van secundaire amine op het oppervlak van de korrels. Primaire amines een donker bruine kleur in plaats van zich blauw. </li></ol>

<ol><li>Xiao, X., Yu, P., Lim, H. -S., Sikder, D., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+Synthesis+of+a+Cell-Permeable+Synthetic+Transcription+Factor+Mimic%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Combinatorial+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Design and Synthesis of a Cell-Permeable Synthetic Transcription Factor Mimic.</a> Journal of Combinatorial Chemistry. 9, 592-600 (2007).</li>
<li>Miller, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteolytic+Studies+of+Homologous+Peptide+and+N-Substituted+Glycine+Peptoid+Oligomers%5BTitle%5D)+AND+%22Bioorganic+%26+Medicinal+Chemistry+Letters%22%5BJournal%5D)">Proteolytic Studies of Homologous Peptide and N-Substituted Glycine Peptoid Oligomers.</a> Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 4, 2657-2662 (1994).</li>
<li>Grauer, A., Konig, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptidomimetics+-+A+Versatile+Route+to+Biologically+Active+Compounds%5BTitle%5D)+AND+%22European+Journal+of+Organic+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Peptidomimetics - A Versatile Route to Biologically Active Compounds.</a> European Journal of Organic Chemistry. 30, 5099-5111 (2009).</li>
<li>Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+method+for+the+preparation+of+peptoids+%5Boligo%28N-substituted+glycines%29%5D+by+submonomer+solid-phase+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis.</a> Journal of the American Chemical Society. 114, 10646-10647 (1992).</li>
<li>Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+of+N-substituted+glycine+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Enzymology%22%5BJournal%5D)">Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries.</a> Methods in Enzymology. 267, 437-447 (1996).</li>
<li>Seebach, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((beta-peptides%3A+Synthesis+by+Arndt-Eistert+homologation+with+concomitant+peptide+coupling.+Structure+determination+by+NMR+and+CD+spectroscopy+and+by+X-ray+crystallography.+Helical+secondary+structure+of+a+beta-hexapeptide+in+solution+and+its+stability+towards+pepsin%5BTitle%5D)+AND+%22Helv+Chim+Acta%22%5BJournal%5D)">beta-peptides: Synthesis by Arndt-Eistert homologation with concomitant peptide coupling. Structure determination by NMR and CD spectroscopy and by X-ray crystallography. Helical secondary structure of a beta-hexapeptide in solution and its stability towards pepsin.</a> Helv Chim Acta. 79, 913-941 (1996).</li>
<li>Lam, K. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+New+Type+of+Synthetic+Peptide+Library+for+Identifying+Ligand-Binding+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A New Type of Synthetic Peptide Library for Identifying Ligand-Binding Activity.</a> Nature. 354, 82-84 (1991).</li>
<li>Simon, R. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+-+a+Modular+Approach+to+Drug+Discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Peptoids - a Modular Approach to Drug Discovery.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89, 9367-9371 (1992).</li>
<li>Burkoth, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+the+synthesis+of+artificial+proteins%3A+the+discovery+of+an+amphiphilic+helical+peptoid+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Toward the synthesis of artificial proteins: the discovery of an amphiphilic helical peptoid assembly.</a> Chem Biol. 9, 647-654 (2002).</li>
<li>Alluri, P. G., Reddy, M. M., Bachhawat-Sikder, K., Olivos, H. J., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+protein+ligands+from+large+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Isolation of protein ligands from large peptoid libraries.</a> Journal of the American Chemical Society. 125, 13995-14004 (2003).</li>
<li>Lim, H. S., Archer, C. T., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+peptoid+inhibitor+of+the+proteasome+19S+regulatory+particle%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Identification of a peptoid inhibitor of the proteasome 19S regulatory particle.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 7750-7751 (2007).</li>
<li>Wrenn, S. J., Weisinger, R. M., Halpin, D. R., Harbury, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthetic+ligands+discovered+by+in+vitro+selection%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Synthetic ligands discovered by in vitro selection.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 13137-13143 (2007).</li>
<li>Aina, O. H., Marik, J., Liu, R. W., Lau, D. H., Lam, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+novel+targeting+peptides+for+human+ovarian+cancer+cells+using+%26%2334%3Bone-bead+one-compound%26%2334%3B+combinatorial+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cancer+Ther%22%5BJournal%5D)">Identification of novel targeting peptides for human ovarian cancer cells using &#34;one-bead one-compound&#34; combinatorial libraries.</a> Mol Cancer Ther. 4, 806-813 (2005).</li>
<li>Udugamasooriya, D. G., Dineen, S. P., Brekken, R. A., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Peptoid+%E2%80%9CAntibody+Surrogate%E2%80%9D+That+Antagonizes+VEGF+Receptor+2+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">A Peptoid “Antibody Surrogate” That Antagonizes VEGF Receptor 2 Activity.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 5744-5752 (2008).</li>
<li>Shah, N. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oligo%28+N-aryl+glycines%29%3A+A+New+Twist+on+Structured+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Oligo( N-aryl glycines): A New Twist on Structured Peptoids.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 16622-16632 (2008).</li>
<li>Chongsiriwatana, N. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+that+mimic+the+structure%2C+function%2C+and+mechanism+of+helical+antimicrobial+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105, 2794-2799 (2008).</li>
<li>Paul, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((N-Naphthyl+Peptoid+Foldamers+Exhibiting+Atropisomerism%5BTitle%5D)+AND+%22Organic+Letters%22%5BJournal%5D)">N-Naphthyl Peptoid Foldamers Exhibiting Atropisomerism.</a> Organic Letters. 14, 926-929 (2012).</li>
<li>Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+peptoid+ribbon+secondary+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie%22%5BJournal%5D)">A peptoid ribbon secondary structure.</a> Angewandte Chemie. 52, 5079-5084 (2013).</li>
<li>Gorske, B. C., Stringer, J. R., Bastian, B. L., Fowler, S. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+strategies+for+the+design+of+folded+peptoids+revealed+by+a+survey+of+noncovalent+interactions+in+model+systems%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">New strategies for the design of folded peptoids revealed by a survey of noncovalent interactions in model systems.</a> J Am Chem Soc. 131, 16555-16567 (2009).</li>
<li>Stringer, J. R., Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraordinarily+robust+polyproline+type+I+peptoid+helices+generated+via+the+incorporation+of+alpha-chiral+aromatic+N-1-naphthylethyl+side+chains%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">Extraordinarily robust polyproline type I peptoid helices generated via the incorporation of alpha-chiral aromatic N-1-naphthylethyl side chains.</a> J Am Chem Soc. 133, 15559-15567 (2011).</li>
<li>Huang, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+threaded+loop+conformation+adopted+by+a+family+of+peptoid+nonamers%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">A threaded loop conformation adopted by a family of peptoid nonamers.</a> Journal of the American Chemical Society. 128, 1733-1738 (2006).</li>
<li>Lee, J. H., Kim, H. S., Lim, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+Facile+Solid-Phase+Synthesis+of+Conformationally+Constrained+Bicyclic+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22Organic+Letters%22%5BJournal%5D)">Design and Facile Solid-Phase Synthesis of Conformationally Constrained Bicyclic Peptoids.</a> Organic Letters. 13, 5012-5015 (2011).</li>
<li>Gao, Y., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+and+Screening+of+Stereochemically+Diverse+Combinatorial+Libraries+of+Peptide+Tertiary+Amides%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Synthesis and Screening of Stereochemically Diverse Combinatorial Libraries of Peptide Tertiary Amides.</a> Chem Biol. 20, 360-369 (2013).</li>
<li>Urban, J., Vaisar, T., Shen, R., Lee, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lability+of+N-alkylated+peptides+towards+TFA+cleavage%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Pept+Protein+Res%22%5BJournal%5D)">Lability of N-alkylated peptides towards TFA cleavage.</a> Int J Pept Protein Res. 47, 182-189 (1996).</li>
<li>Rzuczek, S. G., Gao, Y., Tang, Z., Thornton, C. A., Kodadek, T., Disney, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Features+of+Modularly+Assembled+Compounds+That+Impart+Bioactivity+Against+an+RNA+Target%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Features of Modularly Assembled Compounds That Impart Bioactivity Against an RNA Target.</a> ACS Chemical Biology. 8 (10), 2312-2321 (2013).</li>
<li>Thern, B., Rudolph, J., Jung, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Triphosgene+as+highly+efficient+reagent+for+the+solid-phase+coupling+of+N-alkylated+amino+acids%E2%80%94total+synthesis+of+cyclosporin+O%5BTitle%5D)+AND+%22Tetrahedron+Letters%22%5BJournal%5D)">Triphosgene as highly efficient reagent for the solid-phase coupling of N-alkylated amino acids—total synthesis of cyclosporin O.</a> Tetrahedron Letters. 43, 5013-5016 (2002).</li>
<li>Sleebs, M. M., Scanlon, D., Karas, J., Maharani, R., Hughes, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Total+Synthesis+of+the+Antifungal+Depsipeptide+Petriellin+A%5BTitle%5D)+AND+%22J+Org+Chem%22%5BJournal%5D)">Total Synthesis of the Antifungal Depsipeptide Petriellin A.</a> J Org Chem. 76, 6686-6693 (2011).</li>
<li>Vaisar, T., Urban, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gas-phase+fragmentation+of+protonated+mono-N-methylated+peptides.+Analogy+with+solution-phase+acid-catalyzed+hydrolysis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Gas-phase fragmentation of protonated mono-N-methylated peptides. Analogy with solution-phase acid-catalyzed hydrolysis.</a> Journal of Mass Spectrometry. 33, 505-524 (1998).</li>
<li>Creighton, C. J., Romoff, T. T., Bu, J. H., Goodman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanistic+studies+of+an+unusual+amide+bond+scission%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Mechanistic studies of an unusual amide bond scission.</a> Journal of the American Chemical Society. 121, 6786-6791 (1999).</li>
<li>Sewald, N., Sewald, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient%2C+racemization-free+peptide+coupling+of+N-alkyl+amino+acids+by+using+amino+acid+chlorides+generated+in+situ--total+syntheses+of+the+cyclopeptides+cyclosporin+O+and+omphalotin+A%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie+%28International+ed.+in+English%29%22%5BJournal%5D)">Efficient, racemization-free peptide coupling of N-alkyl amino acids by using amino acid chlorides generated in situ--total syntheses of the cyclopeptides cyclosporin O and omphalotin A.</a> Angewandte Chemie (International ed. in English). 41, 4661-4663 (2002).</li>
<li>Astle, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seamless+Bead+to+Microarray+Screening%3A+Rapid+Identification+of+the+Highest+Affinity+Protein+Ligands+from+Large+Combinatorial+Libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Seamless Bead to Microarray Screening: Rapid Identification of the Highest Affinity Protein Ligands from Large Combinatorial Libraries.</a> Chem Biol. 17, 38-45 (2010).</li>
<li>Strohalm, M., Kavan, D., Novak, P., Volny, M., Havlicek, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mMass+3%3A+a+cross-platform+software+environment+for+precise+analysis+of+mass+spectrometric+data%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">mMass 3: a cross-platform software environment for precise analysis of mass spectrometric data.</a> Anal Chem. 82, 4648-4651 (2010).</li>
</ol>

De auteurs verklaren dat zij geen concurrerende financiële belangen.

Peptide tertiaire amiden (PTA&#39;s) zijn een superfamilie van peptidomimetische oligomeren. Naast de goed bestudeerde peptiden, peptoïden en N-gemethyleerd peptiden, een groot deel van verbindingen binnen deze familie blijft understudied, majorly gebrek aan synthesemethode om algemene N-gealkyleerde peptiden. Hier een efficiënte methode beschrijven we PTA synthetiseren met chirale bouwstenen afgeleid van aminozuren. Eerder hebben we gemeld dat zij een nieuwe sub-monomeer route naar synthese bibliotheken van PTA molecul...

Peptidomimetica zijn verbindingen die de structuur van natuurlijke peptiden nabootsen. Ze zijn ontworpen om de biologische activiteit te behouden terwijl het overwinnen van enkele van de problemen in verband met natuurlijke peptiden, waaronder celdoorlaatbaarheid en stabiliteit tegen proteolyse 1-3. Vanwege de oligomere aard van deze verbindingen kunnen grote synthetische bibliotheken gemakkelijk toegankelijk via monomere of sub-monomere syntheseroutes 4-7. Een van de meest bestudeerde klassen van peptidomimetica is peptoïden. Peptoïden zijn oligomeren van N-gealkyleerde glycines die gemakkelijk kunnen worden gesynthetiseerd met behulp van een sub-monomeer strategie 8, 9. Veel nuttige eiwitliganden zijn succes geïdentificeerd door screenen van grote bibliotheken van synthetische peptoïde tegen eiwitdoelstellingen 1, 10-14. Niettemin, &quot;hits&quot; geïdentificeerd uit peptoïde bibliotheken zelden archiveren zeer hoge affiniteit voor eiwit targets 1,10-14,22. Een major verschil tussen peptoïden en natuurlijke peptiden is dat de meeste peptoids algemeen niet de mogelijkheid om de secundaire structuur te vormen door het ontbreken van chirale centra en conformationele beperkingen. Om dit probleem op te lossen, zijn verschillende strategieën ontwikkeld in de afgelopen tien jaar, grotendeels gericht op de modificatie van zijketens die op de hoofdketen stikstofatomen 15-22. Onlangs hebben we een nieuwe synthetische route naar natuurlijke aminozuren zijketens introduceren op een peptoïde ruggengraat peptide tertiaire amides 23 te creëren ontwikkeld. Peptide tertiaire amides (PTA) zijn een superfamilie van peptidomimetica die omvatten maar zijn niet beperkt tot peptiden (R2 = H), peptoïden (R1 = H) en N-gemethyleerd peptiden (R1 ≠ H, R2 = Me) . (Zie figuur 1) De syntheseweg wendt natuurlijk voorkomende aminozuren als de bron van chiraliteit en zijketens op de45, koolstof, en commercieel verkrijgbare primaire aminen N-substituties verschaffen. Daarom kan een grotere chemische ruimte dan eenvoudige peptiden, peptoiden of N-gemethyleerd peptiden onderzocht. Circulaire dichroïsme spectra blijkt dat PTA moleculen zeer gestructureerd in oplossing. Karakterisering van een van de PTA-eiwitcomplexen duidelijk dat de conformationele beperkingen PTA vereist voor binding. Recent hebben wij ook ontdekt dat sommige van de PTA moleculen bezitten verbeterde celdoorlaatbaarheid dan hun peptoïde en peptide tegenhangers. Wij geloven dat deze PTA bibliotheken een goede bron van liganden met hoge affiniteit voor eiwit targets kunnen zijn. In dit artikel gaan we de synthese van een steekproef een-tje een-verbinding (OBOC) PTA bibliotheek in detail samen met een aantal verbeterde voorwaarden voor de koppeling en de splitsing van deze verbindingen te bespreken.

<table><tbody><tr><td>2,4,6 trimethylpyridine</td><td>ACROS</td><td>161950010</td><td>CAS:108-75-8</td></tr><tr><td>2-morpholinoethanamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>06680</td><td>CAS:2038-03-1&nbsp;&nbsp;</td></tr><tr><td>48% HBr water solution</td><td>ALFA AESAR</td><td>AA14036AT</td><td>CAS:10035-10-6</td></tr><tr><td>Acetaldehyde</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>402788</td><td>CAS:75-07-0&nbsp;&nbsp;</td></tr><tr><td>Acetonitrile</td><td>Fisher</td><td>SR015AA-19PS</td><td>CAS:75-05-8</td></tr><tr><td>Anhydrous tetrahydrofuran (THF)</td><td>EMD</td><td>EM-TX0277-6</td><td>CAS:109-99-9</td></tr><tr><td>Benzylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>185701</td><td>CAS:100-46-9</td></tr><tr><td>bis(Trichloromethyl) carbonate (BTC)</td><td>ACROS</td><td>258950050</td><td>CAS:32315-10-9</td></tr><tr><td>Bromoacetic acid</td><td>ACROS</td><td>106570010</td><td>CAS:79-08-3</td></tr><tr><td>Chloranil</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>23290</td><td>CAS:118-75-2</td></tr><tr><td>Cyclohexanemethylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>101842</td><td>CAS:3218-02-8</td></tr><tr><td>D2O</td><td>Cambridge Isotope</td><td>DLM-4-99.8-1000</td><td>CAS:7789-20-0</td></tr><tr><td>D-Alanine</td><td>Anaspec</td><td>61387-100</td><td>CAS:338-69-2</td></tr><tr><td>Dichloromethane (DCM)</td><td>Fisher</td><td>BJ-NS300-20</td><td>CAS:75-09-2</td></tr><tr><td>Dimethylformamide (DMF)</td><td>Fisher</td><td>BJ-076-4</td><td>CAS:68-12-2</td></tr><tr><td>Ethylene glycol</td><td>Oakwood</td><td>44710</td><td>CAS:107-21-1</td></tr><tr><td>Isopentylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>W321907</td><td>CAS:107-85-7</td></tr><tr><td>KBr</td><td>ACROS</td><td>424070025</td><td>CAS:7758-02-3</td></tr><tr><td>L-Alanine</td><td>Anaspec</td><td>61385-100</td><td>CAS:56-41-7</td></tr><tr><td>3-Methoxypropylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M25007</td><td>CAS:5332-73-0</td></tr><tr><td>2-Methoxyethylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>143693</td><td>CAS:109-85-3</td></tr><tr><td>N-(3-Aminopropyl)-2-pyrrolidinone</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>136565</td><td>CAS:7663-77-6&nbsp;</td></tr><tr><td>N,N'-Diisopropylcarbodiimide (DIC)</td><td>ACROS</td><td>115211000</td><td>CAS:693-13-0</td></tr><tr><td>N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D125806</td><td>CAS:7087-68-5</td></tr><tr><td>NaNO2</td><td>ACROS</td><td>424340010</td><td>CAS:7631-99-4</td></tr><tr><td>NAOD 40% solution in water</td><td>ACROS</td><td>200058-506</td><td>CAS:7732-18-5</td></tr><tr><td>Piperidine</td><td>ALFA AESAR</td><td>A12442-AE</td><td>CAS:110-89-4</td></tr><tr><td>Piperonylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P49503</td><td>CAS:2620-50-0</td></tr><tr><td>Propylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>240958</td><td>CAS:107-10-8</td></tr><tr><td>Trifluoroacetic acid</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>299537</td><td>CAS:76-05-1</td></tr><tr><td>&alpha;-Cyano-4-hydroxycinnamic acid</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>39468</td><td>CAS:28166-41-8&nbsp;&nbsp;</td></tr><tr><td>&alpha;-Ketoglutarate</td><td>ALFA AESAR</td><td>AAA10256-22</td><td>CAS:328-50-7</td></tr><tr><td>Tentagel Resin with RINK linker</td><td>Rapp-Polymere</td><td>S30023</td><td></td></tr><tr><td>Alanine transaminase</td><td>Roche</td><td>10105589001</td><td>AKA: Glutamate-Pyruvate Transaminase (GPT)</td></tr><tr><td>Incubator</td><td>New Brunswick Scientific</td><td>Innova44</td><td></td></tr><tr><td>NMR</td><td>Bruker</td><td>400 MHz</td><td></td></tr><tr><td>MALDI mass spectrometer</td><td>Applied Biosystems</td><td>4800 MALDI-TOF/TOF</td><td></td></tr><tr><td>Lyophilizer</td><td>SP Scientific</td><td>VirTis benchtop K</td><td></td></tr><tr><td>Syringe reactor</td><td>INTAVIS</td><td>Reaction Column</td><td>3 ml, 5 ml, 10 ml, 20 ml</td></tr><tr><td>Vacuum manifold</td><td>Promega</td><td>A7231</td><td>Vac-Man</td></tr></tbody></table>

split-en-zwembad synthese en karakterisatie van peptide tertiaire amide bibliotheek

Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library

Peptidomimetica zijn grote bronnen van eiwit liganden. De oligomere aard van deze verbindingen stelt ons in staat om grote synthetische bibliotheken op vaste fase met behulp van combinatorische chemie. Een van de meest bestudeerde klassen van peptidomimetics is peptoïden. Peptoïden zijn gemakkelijk te synthetiseren en is aangetoond dat proteolyse-resistente en celpermeable zijn. In de afgelopen tien jaar hebben veel nuttige eiwitliganden geïdentificeerd door middel van screening van peptoïde bibliotheken. Echter, de meeste van de liganden geïdentificeerd uit peptoïde bibliotheken hebben hoge affiniteit niet weergegeven, met zeldzame uitzonderingen. Dit kan ten dele, het gebrek aan chirale centra en conformationele beperkingen in peptoïde moleculen. Onlangs beschreven we een nieuwe synthetische route voor toegang peptide tertiaire amiden (PTA). PTA zijn een superfamilie van peptidomimetica die omvatten maar zijn niet beperkt tot, peptiden, peptoïden en N-gemethyleerd peptiden. Met zijketens aan beide α-koolstof en hoofdketen stikstofatomen,de conformatie van deze moleculen sterk beperkt door sterische hindering en allylische 1,3 stam. (Figuur 1) Onze studie suggereert dat deze PTA moleculen zeer gestructureerd in oplossing en kunnen worden gebruikt om eiwit liganden te identificeren. Wij geloven dat deze moleculen een toekomstige bron van hoge-affiniteit eiwitliganden zijn. Hier beschrijven we de synthetische methode combineert de kracht van beide split-en-zwembad en sub-monomeer strategieën om een ​​monster een-tje een-verbinding (OBOC) bibliotheek van PTA synthetiseren.

Hier laten we drie representatieve MALDI spectra van een PTA trimeer met linker. Zoals getoond in figuur 6A, wanneer gesplitst bij kamertemperatuur met 50% TFA / DCM oplossing, wordt significante afbraak waargenomen. In figuur 6A, pieken 593 en 484 corresponderen met de linker en PTA trimeer respectievelijk blijkt dat het hele molecuul met succes gesynthetiseerd op bead maar afgebroken tijdens splitsing. Wanneer gesplitst bij lage temperatuuromstandigheden zoals hierboven beschreven, wo...

Peptide tertiaire amides (PTA) zijn een superfamilie van peptidomimetica die omvatten maar zijn niet beperkt tot, peptiden, peptoïden en N-gemethyleerd peptiden. Hier beschrijven we een synthetische methode die zowel split-en-zwembad en sub-monomeer strategieën combineert tot een kraal een-verbinding bibliotheek van PTA synthetiseren.

Split-en-zwembad Synthese en karakterisatie van peptide Tertiaire amide Bibliotheek

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid ...

Het algemene doel van deze procedure is om aan te tonen hoe combinatorische bibliotheken kunnen worden gesynthetiseerd die peptide tertiaire amide- of PTA-eenheden bevatten. Dit wordt bereikt door eerst een PTA-submonomeer te prepareren uit natuurlijke aminozuren. De tweede stap is het synthetiseren van een peptide-linkerregio op een vaste drager.Vervolgens wordt een combinatorische bibliotheek gesynthetiseerd die PTA- en peptide-subeenheden bevat. De laatste stap is het karakteriseren van de gesynthetiseerde bibliotheek om de kwaliteit van de synthese te waarborgen. Uiteindelijk wordt een combinatorische bibliotheek gesynthetiseerd die conformationeel beperkte PTA-subeenheden bevat; een dergelijke bibliotheek kan worden gebruikt voor high-throughput screening om proteïneliganden te verkrijgen en tot de ontdekking van nieuwe geneesmiddelen te leiden.De chemie die het onderwerp is van dit artikel werd ontwikkeld in een poging moleculen te vinden die veel stijver waren dan enkele van de peptiden en andere stoffen waarmee we eerder hadden gewerkt. De gedachte is dat als men bibliotheken van stijvere moleculen identificeert, deze met veel hogere affiniteiten aan eiwitdoelen zullen bind

split-pool-synthesis-characterization-peptide-tertiary-amide

Research

JoVE Journal

Chemistry

Scheikunde

Een eenvoudige en algemene handleiding peptoïde synthese methode waarbij basisuitrusting en de handel verkrijgbare reagentia wordt geschetst, zodat peptoids gemakkelijk worden gesynthetiseerd in de meeste laboratoria. De synthese, zuivering en karakterisatie van een amfifiele peptoïde 36mer wordt beschreven, evenals de zelf-assemblage in zeer geordende nanosheets.

Vaste-fase-Submonomer Synthese van peptoïde polymeren en hun zelf-assemblage in zeer geordende nanosheets

De efficiënte solid-phase peptide synthese van een gefunctionaliseerde bis-peptide trimeer gebruik te maken van een "veiligheidspal" decollete procedure vanaf HMBA hars wordt beschreven.

Vaste fase synthese van een gefunctionaliseerd Bis-Peptide Met behulp van &quot;Veiligheid Catch&quot; Methodologie

Een protocol voor het synthetiseren van peptoïden met gemengde kationische functionaliteit in dezelfde sequentie wordt gepresenteerd (lysine- en arginine-achtige monomeren). Het daaropvolgende testen van deze verbindingen tegen Leishmania mexicana, de protozoa-parasieten die cutane leishmaniasis veroorzaken, wordt ook beschreven.

Een efficiënte methode voor de synthese van peptoïden met Gemengde lysine-type / Arginine-type monomeren en evaluatie van hun anti-leishmania Activity

Dit document stelt een methode waarbij de synthese en de karakterisering van monocyt-targeting peptide Amfifiel micellen en de corresponderende testen om te testen voor biocompatibiliteit en het vermogen van de micel binden aan monocyten.

Synthese van monocyt-targeting Peptide Amfifiel micellen voor beeldvorming van atherosclerose

Een protocol wordt beschreven voor de handmatige synthese van oligo-peptoids gevolgd door sequentieanalyse door massaspectrometrie.

Synthese en analyse van de Spectrometrie van de massa van Oligo-peptoids

We presenteren een protocol voor de bouw van thioether/vinyl sulfide-aangebonden spiraalvormige peptiden met behulp van foto-geïnduceerde thiol-Ono/thiol-yne hydrothiolation.

Bouw van de Thioether/Vinyl Sulfide-aangebonden Helical peptiden Via foto-geïnduceerde Thiol-Ono/yne Hydrothiolation

De synthese van peptide polyamine gebaseerde amfifielen (PPA) is een grote uitdaging wegens de aanwezigheid van meerdere amine stikstofatomen, waarvoor oordeelkundig gebruik om groepen te maskeren deze reactieve functionaliteiten te beschermen. In deze paper beschrijven we een facile methode voor de bereiding van deze nieuwe klasse van zelfassemblerende moleculen.

Facile Protocol voor de synthese van het zelf monteren van Peptide Polyamine gebaseerde amfifielen (PPA) en verwante biomaterialen

Een protocol voor de synthese van een 1,2-dithiolane gemodificeerde peptide en de karakterisatie van de supramoleculaire structuren die voortvloeien uit de peptide zelf-assemblage.

Synthese en karakterisering van 1,2-Dithiolane gemodificeerde zelfassemblerende Peptides

Cysteïne-rijke peptides vouwen in verschillende driedimensionale structuren afhankelijk van hun verbindingen bisulfide. Gerichte synthese van individuele bisulfide isomeren is vereist wanneer de buffer oxidatie leidt niet tot de gewenste bisulfide-connectiviteit. Het protocol behandelt de selectieve synthese van peptiden 3-bisulfide-gebonden en hun structurele analyse met behulp van NMR- en MS/MS studies.

Synthese en structuurbepaling van µ-Conotoxin PIIIA-isomeren met verschillende Disulfide Connectivities

Een protocol wordt gepresenteerd voor de synthese van informatie-gecodeerde peptoid oligomeren en voor de sequentie-gerichte zelfassemblage van deze peptoids in moleculaire ladders met behulp van amines en aldehyden als dynamische covalente reactant paren en Lewis zure zeldzame aarde metalen triflates als multi-role reagentia.

Synthese van informatiedragende Peptoids en hun reeks-geleide Dynamische Covalent Zelfassemblage

Dit protocol presenteert de synthese van cyclische peptiden via bisalkylering tussen cysteïne en methionine en de gemakkelijke thiol-yne-reactie veroorzaakt door het propargylsulfoniumcentrum.

Cyclische peptiden construeren met behulp van een on-tether sulfoniumcentrum

Leer de split-en-zwembad synthese van peptide tertiaire amide bibliotheken met natuurlijke aminozuren. Deze methode maakt high-throughput screening mogelijk voor nieuwe eiwitliganden in drug discovery.

Split-en-zwembad Synthese en karakterisatie van peptide Tertiaire amide Bibliotheek

Meer video's verkennen