Name: Isolatie van Kleine Noncoding RNAs uit humaan serum (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-06-19T13:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 44 s
Description: Leer een geoptimaliseerde methode voor de isolatie van kleine noncoding RNA's uit humaan serum met behulp van phase lock tubes en flash centrifugatie. Deze techniek maximaliseert de opbrengst en zuiverheid voor downstream applicaties zoals qPCR en microarray-analyse.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Samantha Khoury en Pamela Ajuyah worden ondersteund door de Australische Postgraduate Award. We willen ook graag de Translational Cancer Research Network, Lowy Cancer Research Centre, Universiteit van New South Wales en de noordelijke Translational Cancer Research Unit erkennen voor hun extra ondersteuning van Samantha Khoury.

Opmerking: Human serum monsters van gezonde patiënten of patiënten met kanker werden verkregen met geïnformeerde toestemming op grond van goedgekeurde menselijke ethische protocollen van het Royal Prince Alfred Hospital van Sydney (Protocolnummer X10-0016 en HREC/10/RPAH/24) en de University of Technology, Sydney. Serummonsters werden verzameld van patiënten voor de operatie uit verschillende Sydney ziekenhuizen en in opslag bij -80 ° C. 1. Kleine RNA isolatie uit serum Totaal RNA werd bereid uit humaan serum met een aangepaste versie van de Tri-Reagent RT LS protocol. <ol><li> Ontdooi bevroren serum monster op ijs en vervolgens overbrengen 400 ul van de vers ontdooide serum in een gemerkte microcentrifugebuis. </li><li> Verdun het serum met 100 ul RNase-free H2O en voeg proteinase K in een concentratie van 1 mg / ml. </li><li> Incubeer bij 37 ° C gedurende 20 minuten om eiwitvertering zodat door proteïnase K </li><li> To zorgen voor volledige oplossen, voeg 1,5 maal het volume van Tri-reagens RT LS en 100 ul van 4-broomanisol. </li><li> Kort keren de homogenaat, repetitieve pipetteren voor 5 sec en overbrengen naar een gelabelde 2 ml Heavy Phase Lock buis. </li><li> Draai het homogenaat bij 12.000 xg gedurende 20 min bij 4 ° C. </li><li> Giet voorzichtig minimaal 1 ml van de verkregen waterige oplossing in een nieuwe DNA LoBind buis. De organische en interfase moeten worden gevangen onder de witte gel van de Phase Lock buis. </li><li> Voeg 5,0 ui glycogeen (5 mg / ml) en 500 ul 100% isopropanol aan de waterige oplossing, te mengen door omkeren en incubeer O / N bij -20 ° C. </li><li> Na O / N incubatie gecentrifugeerd het monster gedurende 20 minuten bij 12.000 xg bij 4 ° C gecentrifugeerd. </li><li> Verwijder het supernatant helder en uitvoeren van een &quot;flash&quot; rotatie gedurende 2 min bij 16.000 xg bij 4 ° C gecentrifugeerd. </li><li> Verwijder voorzichtig de heldere solution rondom de pellet met behulp van een pipet. </li><li> Was de pellet met 1 ml 70% ethanol en centrifugeer bij 10.000 xg gedurende 10 minuten. Giet het wassen oplossing en herhaal wasstap. </li></ol> 2. RNA Resuspension in Solution <ol><li> Resuspendeer de pellet in 10 ul RNase-free H2O, zodat de tablet volledig is opgelost. Om het RNA volledig opgelost het monster tot 55 ° C gedurende 5 minuten worden verwarmd. Gedurende deze tijd, meng het monster met herhaalde pipetteren. Voor een hogere totale RNA opbrengst, bundelen twee RNA voorbereidingen van dezelfde patiënt. </li><li> Kwantificeren de geresuspendeerd RNA met behulp van een UV-Vis spectrofotometer en de RNA kwaliteit te beoordelen met behulp van een 2100 Bioanalyzer. Bewaar de samengevoegde RNA monsters bij -80 ° C voor gebruik in stroomafwaartse toepassingen. </li></ol>

<ol><li>Babu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Monitoring+extraction+efficiency+of+small+RNAs+with+the+Agilent+2100+Bioanalyzer+and+the+Small+RNA+Kit%5BTitle%5D)+AND+%22Agilent+Application+Note%22%5BJournal%5D)">Monitoring extraction efficiency of small RNAs with the Agilent 2100 Bioanalyzer and the Small RNA Kit.</a> Agilent Application Note. , (2010).</li>
<li>Tran, N., Hutvagner, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biogenesis+and+the+regulation+of+the+maturation+of+miRNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Essays+Biochem%22%5BJournal%5D)">Biogenesis and the regulation of the maturation of miRNAs.</a> Essays Biochem. 54, 17-28 (2013).</li>
<li>Chim, S. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+and+characterization+of+placental+microRNAs+in+maternal+plasma%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">Detection and characterization of placental microRNAs in maternal plasma.</a> Clin. Chem. 54, 482-490 (2008).</li>
<li>Lodes, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+cancer+with+serum+miRNAs+on+an+oligonucleotide+microarray%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Detection of cancer with serum miRNAs on an oligonucleotide microarray.</a> PLoS One. 4, (2009).</li>
<li>Chen, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+microRNAs+in+serum%3A+a+novel+class+of+biomarkers+for+diagnosis+of+cancer+and+other+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Characterization of microRNAs in serum: a novel class of biomarkers for diagnosis of cancer and other diseases.</a> Cell Res. 18, 997-1006 (2008).</li>
<li>Burgos, K. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+extracellular+miRNA+in+human+cerebrospinal+fluid+by+next-generation+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Identification of extracellular miRNA in human cerebrospinal fluid by next-generation sequencing.</a> RNA. 19, 712-722 (2013).</li>
<li>Chomczynski, P., Sacchi, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-step+method+of+RNA+isolation+by+acid+guanidinium+thiocyanate-phenol-chloroform+extraction%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction.</a> Anal. Biochem. 162, 156-159 (1987).</li>
<li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alterations+in+miRNA+processing+and+expression+in+pleomorphic+adenomas+of+the+salivary+gland%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+J.+Cancer%22%5BJournal%5D)">Alterations in miRNA processing and expression in pleomorphic adenomas of the salivary gland.</a> Int. J. Cancer. 124, 2855-2863 (2009).</li>
<li>Chomczynski, P., Sacchi, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+single-step+method+of+RNA+isolation+by+acid+guanidinium+thiocyanate-phenol-chloroform+extraction%3A+twenty-something+years+on%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">The single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction: twenty-something years on.</a> Nat. Protoc. 1, 581-585 (2006).</li>
<li>Kirschner, M. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Haemolysis+during+sample+preparation+alters+microRNA+content+of+plasma%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Haemolysis during sample preparation alters microRNA content of plasma.</a> PLoS One. 6, (2011).</li>
<li>Murphy, N. R., Hellwig, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+nucleic+acid+organic+extraction+through+use+of+a+unique+gel+barrier+material%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">Improved nucleic acid organic extraction through use of a unique gel barrier material.</a> Biotechniques. 21, 934-936 (1996).</li>
<li>Taylor, C. J., Satoor, S. N., Ranjan, A. K., Pereira e Cotta, M. V., Joglekar, M. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+protocol+for+measurement+of+noncoding+RNA+in+human+serum%5BTitle%5D)+AND+%22Experimental+Diabetes+Research%22%5BJournal%5D)">A protocol for measurement of noncoding RNA in human serum.</a> Experimental Diabetes Research. 2012, (2012).</li>
<li>Ichikawa, M., Akiyama, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Combination+of+Extraction+Reagent+and+DNA+Microarray+That+Allows+for+the+Detection+of+Global+MiRNA+Profiles+from+Serum%2FPlasma%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">A Combination of Extraction Reagent and DNA Microarray That Allows for the Detection of Global MiRNA Profiles from Serum/Plasma.</a> Methods Mol. Biol. 1024, 247-253 (2013).</li>
<li>Fromm, B., Harris, P. D., Bachmann, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MicroRNA+preparations+from+individual+monogenean+Gyrodactylus+salaris-a+comparison+of+six+commercially+available+totalRNA+extraction+kits%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Res.+Notes%22%5BJournal%5D)">MicroRNA preparations from individual monogenean Gyrodactylus salaris-a comparison of six commercially available totalRNA extraction kits.</a> BMC Res. Notes. 4, 217 (2011).</li>
<li>Li, Y., Kowdley, K. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Method+for+microRNA+isolation+from+clinical+serum+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Method for microRNA isolation from clinical serum samples.</a> Anal. Biochem. 431, 69-75 (2012).</li>
<li>McAlexander, M. A., Phillips, M. J., Witwer, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+Methods+for+miRNA+Extraction+from+Plasma+and+Quantitative+Recovery+of+RNA+from+Cerebrospinal+Fluid%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Genetics%22%5BJournal%5D)">Comparison of Methods for miRNA Extraction from Plasma and Quantitative Recovery of RNA from Cerebrospinal Fluid.</a> Frontiers in Genetics. 4, 83 (2013).</li>
<li>Kim, Y. K., Yeo, J., Kim, B., Ha, M., Kim, V. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Short+structured+RNAs+with+low+GC+content+are+selectively+lost+during+extraction+from+a+small+number+of+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell%22%5BJournal%5D)">Short structured RNAs with low GC content are selectively lost during extraction from a small number of cells.</a> Mol. Cell. 46, 893-895 (2012).</li>
</ol>

Er is niets te onthullen.

De bevolking van microRNA vormt ongeveer 0,4-0,5% van het totaal RNA in het serum gevonden. Verder is er ook een hoog eiwitgehalte in humaan serum. RNA verbeteren en zowel eiwit en fenol verontreinigt hebben we de traditionele benadering Chomczynski 9 gemodificeerd met de toevoeging van verschillende stappen. Totaal RNA werd geïsoleerd uit serum met behulp van de standaard Tri-reagens RT-LS (Molecular Research Centre) maar wanneer deze wordt uitgevoerd in ons laboratorium, deze me...

In de afgelopen jaren is er een groeiende druk om nieuwe biomarkers te ontdekken voor de vroege opsporing van ziekten bij de mens. Veel aandacht is gericht op het gebruik van kleine RNA&#39;s zoals microRNA 2 (miRNAs of miRs) als potentiële markers. Deze kleine RNAs worden aangetroffen in lichaamsvloeistoffen zoals serum en studies hebben aangetoond ze bestand tegen afbraak en stabiel zijn over een bereik van variërende omgevingsomstandigheden 3. Gezien deze kenmerken, serum of circuleren miRNAs zijn de ideale biomarker 4, 5. Momenteel zijn er twee belangrijke benaderingen voor het isoleren van kleine RNA uit biologische vloeistoffen. De eerste benadering maakt gebruik van kolommen gebaseerde technologie te binden en elueren de kleine RNAs 6, terwijl de tweede benadering gebruikt de langdurige protocol met fenol en guanidine thiocyanaat reagentia 7. We hebben een eenvoudig, effectief, kolomvrije protocol om kleine RNA te isoleren uit humaan serum ontwikkeld. Het geïsoleerde RNA is onmiddellijklijk bruikbaar in afgeleide toepassingen, met inbegrip van DNA-oligonucleotide arrays en RNA sequencing. Dit protocol is ontwikkeld omdat we werden geconfronteerd met een aantal problemen bij het gebruik van fenol gebaseerde methoden voor het isoleren van RNA uit serum. De traditionele benadering Chomczynski wordt vaak gebruikt in de meeste laboratoria met verschillende reagentia verkrijgbaar bij de meeste commerciële verkopers. Maar gezien de grootschalige toepassing ervan, strenge richtlijnen zijn niet ontwikkeld om consequent produceren hoogwaardige RNA van lichaamsvloeistoffen, met name bloed of serum. Veel voorkomende problemen in verband met het isoleren van RNA uit het serum onder lage opbrengsten RNA en besmetting met reagentia gebruikt tijdens de isolatie, met name fenol. Onze aanpak elimineert deze fenol verontreinigingen van hoge kwaliteit RNA voor downstream-analyse zoals kwantitatieve PCR (qPCR) en RNA sequencing. We hebben verder getest dit RNA op miRNA arrays.

<table><tbody><tr><td>Tri-Reagent RT LS</td><td>Molecular Research Center, USA</td><td>TR 118</td><td></td></tr><tr><td>RNase free H2O</td><td>GIBCO Invitrogen</td><td>10977-023</td><td></td></tr><tr><td>Proteinase K</td><td>Finnzymes, Finland</td><td>EO0491</td><td></td></tr><tr><td>Heavy Phase Lock tube</td><td>5PRIME</td><td>2302830</td><td>2 ml capaciteit</td></tr><tr><td>DNA Lobind tube</td><td>Eppendorf</td><td>0030 108.078</td><td>1,5 ml capaciteit</td></tr><tr><td>Glycogen</td><td>Invitrogen, USA</td><td>10814-010</td><td>5 mg/ml</td></tr><tr><td>RNA grade isopropanol</td><td>Sigma Aldrich, USA</td><td>I9516</td><td>100%</td></tr><tr><td>Gekoelde centrifuge</td><td>John Morris</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Nanodrop UV-Vis spectrofotometer</td><td>Thermo Fisher Scientific, USA</td><td></td><td></td></tr><tr><td>RNA grade ethanol</td><td>Sigma Aldrich, USA</td><td>E7023</td><td>70%</td></tr><tr><td>Agilent 2100 Bioanalyzer</td><td>Agilent, USA</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

isolatie van kleine noncoding rna&#39;s uit humaan serum

Isolation of Small Noncoding RNAs from Human Serum

De analyse van RNA en de expressie ervan is een gemeenschappelijk kenmerk in veel laboratoria. Van belang is het ontstaan ​​van kleine RNAs, zoals microRNAs, die worden aangetroffen in zoogdiercellen. Deze kleine RNA&#39;s zijn krachtige gen regelgevers beheersen van vitale routes zoals groei, ontwikkeling en dood en veel belangstelling is gericht op hun expressie in lichaamsvloeistoffen. Dit komt door de ontregeling in menselijke ziekten zoals kanker en hun mogelijke toepassing als serumbiomarkers. Echter, de analyse van miRNA expressie in serum problematisch zijn. In de meeste gevallen is de hoeveelheid serum wordt beperkt en serum bevat geringe hoeveelheden totaal RNA, waarvan slechts kleine RNAs vormen 0,4-0,5% 1. Dus de isolatie van voldoende hoeveelheden van kwaliteit RNA uit serum is een grote uitdaging voor onderzoekers vandaag. In dit technische document tonen we een werkwijze die op 400 gl menselijk serum gebruikt om voldoende RNA voor zowel DNA arrays of qPCR analyse. De eendvantages van deze werkwijze zijn de eenvoud en het vermogen om hoge kwaliteit RNA opbrengst. Het vereist geen speciale kolommen voor zuivering van kleine RNA&#39;s en maakt gebruik van algemene reagentia en hardware gevonden in gemeenschappelijke laboratoria. Onze werkwijze gebruikt een Phase Lock Gel fenol verontreiniging te elimineren terwijl tegelijkertijd de hoge kwaliteit waardoor RNA. We introduceren ook een extra stap om alle verontreinigingen verder te verwijderen tijdens de isolatie stap. Dit protocol is zeer effectief bij het isoleren van totaal RNA opbrengst tot 100 ng / ul uit serum, maar kan ook worden aangepast voor andere biologische weefsels.

Figuur 1 toont een typische UV / Vis-spectrum van RNA geïsoleerd uit serum. Uit dit profiel hebben we vastgesteld eiwit verontreinigingen bij 280 nm met fenol en organische verontreinigingen zowel 270 nm en 230 nm respectievelijk. Residu guanidinium thiocyanaat werd waargenomen bij 260 nm. Om verontreinigingen te verminderen, een aantal optimalisatie stappen gezet naar de standaard Tri-reagens RT-LS procedure. We voegden 5 mg / ml glycogeen om zowel de totale RNA opbrengst te verhogen en te verminderen ...

Dit protocol beschrijft een werkwijze voor het extraheren van kleine RNA uit menselijk serum. We hebben deze methode om microRNA kanker serum te isoleren voor gebruik in DNA arrays en ook singleplex kwantitatieve PCR. Het protocol maakt gebruik van fenol en guanidiniumthiocyanaat reagentia met modificaties van hoge kwaliteit RNA opleveren.

Isolatie van Kleine Noncoding RNA&#39;s uit humaan serum

The analysis of RNA and its expression is a common feature in many laboratories. Of significance is the emergence of small RNAs like microRNAs, which are ...

Het algemene doel van deze procedure is het isoleren van RNA van hoge kwaliteit uit serummonsters, met gebruik van onze geoptimaliseerde versie van het gangbare MRC try reagent RTLS-protocol. Dit wordt bereikt door het serum eerst in een verhouding van één op vijf te verdunnen met nucleasevrij water om de eiwitcontaminatie te verlagen.De tweede stap is het toevoegen van twee milliliter phase lock-buisjes voor de eerste centrifugatiestap. Dit vangt het merendeel van de verontreinigingen, zoals fenol en eiwitten, op in de organische fase. Vervolgens is de derde en laatste optimalisatiestap een korte centrifugatieronde op 12, 000 g, waarmee eventuele resterende contaminatie uit het RNA-pellet wordt verwijderd voorafgaand aan de ethanolwasbeurten.De laatste stap is het samenvoegen van twee gemodificeerde RNA-preparaten van dezelfde patiënt als een hogere totale RNA-opbrengst vereist is. Uiteindelijk tonen we aan dat het mogelijk is om het herstel van kleine non-coding RNA's uit een RNA-isolatie uit serum te maximaliseren door gebruik te maken van deze gemodificeerde methode, waarbij serum wordt gesolubiliseerd in nucleasevrij water, een phase lock tube wordt gebruikt om belangrijke ver

isolation-of-small-noncoding-rnas-from-human-serum

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Deze paper toont voor de isolering, zuivering en detectie van exosomes, evenals technieken voor de analyse van hun moleculaire inhoud. Deze methoden zijn aanpasbaar voor exosome isolatie van zowel de media voor celkweek en biologische vloeistoffen, en kan daarna analyse van moleculaire content ook nuttig zijn in functionele studies.

Isolatie en karakterisatie van RNA-bevattende Exosomes

Veel mRNAs coderend mitochondriale eiwitten zijn geassocieerd met de mitochondriën buitenmembraan. We beschrijven een subcellulaire fractionering procedure gericht op isolatie van gist mitochondriën met de bijbehorende mRNA en ribosomen. Dit protocol kan worden toegepast op cellen onder verschillende omstandigheden gekweekt om de mechanismen van mRNA lokalisatie en translatie gelokaliseerd nabij de mitochondriën onthullen.

Isolatie van mRNA&#39;s geassocieerd met Gist Mitochondriën Mechanismen van Gelokaliseerde Vertaling Studie

Dit manuscript beschrijft een aanpak om selectieve cognate RNP's te isoleren die in eukaryote cellen worden gevormd via een specifieke oligonucleotide-gestuurde verrijking. We tonen de toepasbaarheid van deze aanpak door een cognate RNP te isoleren die gebonden is aan het retrovirale 5' niet-vertaalde gebied dat is samengesteld uit DHX9/RNA-helicase A.

Isolatie van Cognate RNA-eiwitcomplexen van cellen met behulp van oligonucleotide-gerichte Elution

RNA-eiwitinteracties liggen aan de basis van veel cellulaire processen. Hier beschrijven we een in vivo methode om specifiek RNA te isoleren en nieuwe eiwitten te identificeren die ermee geassocieerd zijn. Dit kan nieuw licht werpen op hoe RNA's in de cel worden gereguleerd.

Novel-RNA-bindende eiwitten Isolatie door de snelle Methodologie

Dit protocol beschrijft de isolatie en kwantificering van kleine RNA's met hoge dichtheidslipoproteïnen.

Isolatie van lipoproteïnen met hoge dichtheid voor niet-coderende RNA kwantificering Klein

Een tandem RNA isolatie procedure (reis) voor herstel van endogeen gevormde mRNA-eiwitcomplexen wordt beschreven. Specifiek, RNA-eiwitcomplexen kruisverwijzende in vivo, polyadenylated RNAs zijn geïsoleerd uit extracten met oligo(dT) kralen en bepaalde mRNAs met gemodificeerde RNA antisense oligonucleotides worden vastgelegd. Eiwitten gebonden aan mRNAs worden gedetecteerd door analyse van de immunoblot.

Een Oligonucleotide gebaseerde Tandem RNA isolatie Procedure om te herstellen van eukaryotische mRNA-eiwitcomplexen

Dit protocol laat zien hoe om te zuiveren van extracellulaire microRNAs van cel voedingsbodems voor kleine RNA bibliotheek constructie en de volgende generatie sequencing. Verschillende kwaliteitscontrole controlepunten worden beschreven om lezers te begrijpen wat u kunt verwachten wanneer u werkt met lage input monsters als exRNAs.

Isoleren, Sequencing en analyseren van extracellulaire MicroRNAs van menselijke mesenchymale stamcellen

Hier beschrijven we een stapsgewijze strategie voor het isoleren van kleine Rna's, verrijkend voor Microrna's en het voorbereiden van samples voor sequentiëren met hoge doorvoer. Vervolgens beschrijven we hoe u de volgorde leest en lijnt u deze uit op microRNAs met behulp van open source tools.

Een complete pijplijn voor het isoleren en Sequentiëren van Microrna's en het analyseren ervan met open source tools

Circulaire Rna's (Circrna's) zijn niet-Codeer Rna's die mogelijk rollen hebben in transcriptionele regulatie en die interacties tussen eiwitten bemiddel- Na beoordeling van verschillende parameters voor de bouw van circRNA sequencing Bibliotheken, een protocol werd gecompileerd met behulp van gestrande Total RNA Library voorbereiding met RNase R pre-behandeling en wordt hier gepresenteerd.

Identificatie van circulaire Rna's met RNA-sequencing

Het huidige protocol beschrijft de isolatie van microRNA's uit teken speekselklieren en gezuiverde extracellulaire blaasjes. Dit is een universele procedure die veelgebruikte reagentia en benodigdheden combineert. De methode maakt ook het gebruik van een klein aantal teken mogelijk, wat resulteert in hoogwaardige microRNA's die gemakkelijk kunnen worden gesequenced.

Isolatie van microRNA's van Tick Ex Vivo Speekselklierculturen en Extracellulaire Blaasjes

Leer een geoptimaliseerde methode voor de isolatie van kleine noncoding RNA's uit humaan serum met behulp van phase lock tubes en flash centrifugatie. Deze techniek maximaliseert de opbrengst en zuiverheid voor downstream applicaties zoals qPCR en microarray-analyse.

Isolatie van Kleine Noncoding RNA's uit humaan serum

Meer video's verkennen