Name: Kwantificering van Orofacial Phenotypes in Xenopus (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-11-06T15:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 26 s
Description: Leer kwantificering van orofaciale fenotypes in Xenopus laevis embryo's met geometrische morfometrie. Deze methode combineert grootte- en vormanalyse voor inzicht in ontwikkelingsbiologie en congenitale defecten.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Start-up gelden aan A. Dickinson uit VCU dit werk ondersteund. De auteurs willen Dan Nacu erkennen voor zijn artistieke talent in het maken van de schematische weergave.

<ol><li>Mossey, P. A., Little, J., Munger, R. G., Dixon, M. J., Shaw, W. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cleft+lip+and+palate%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet%22%5BJournal%5D)">Cleft lip and palate.</a> Lancet. 374, 1773-1785 (2009).</li>
<li>Kennedy, A. E., Dickinson, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Median+facial+clefts+in+Xenopus+laevis%3A+roles+of+retinoic+acid+signaling+and+homeobox+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Median facial clefts in Xenopus laevis: roles of retinoic acid signaling and homeobox genes.</a> Dev Biol. 365, 229-240 (2012).</li>
<li>Kennedy, A. E., Dickinson, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+Analysis+of+Orofacial+Development+and+Median+Clefts+in+Xenopus+Laevis%5BTitle%5D)+AND+%22Anat+Rec+%28Hoboken%29%22%5BJournal%5D)">Quantitative Analysis of Orofacial Development and Median Clefts in Xenopus Laevis.</a> Anat Rec (Hoboken). , (2014).</li>
<li>Dickinson, A., Sive, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Positioning+the+extreme+anterior+in+Xenopus%3A+cement+gland%2C+primary+mouth+and+anterior+pituitary%5BTitle%5D)+AND+%22Semin+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Positioning the extreme anterior in Xenopus: cement gland, primary mouth and anterior pituitary.</a> Semin Cell Dev Biol. 18, 525-533 (2007).</li>
<li>Dickinson, A. J., Sive, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+the+primary+mouth+in+Xenopus+laevis%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Development of the primary mouth in Xenopus laevis.</a> Dev Biol. 295, 700-713 (2006).</li>
<li>Dickinson, A. J., Sive, H. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Wnt+antagonists+Frzb-1+and+Crescent+locally+regulate+basement+membrane+dissolution+in+the+developing+primary+mouth%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">The Wnt antagonists Frzb-1 and Crescent locally regulate basement membrane dissolution in the developing primary mouth.</a> Development. 136, 1071-1081 (2009).</li>
<li>Barnett, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Syndrome+Transcription+Factor+is+critical+for+neural+crest+cell+function+in+Xenopus+laevis%5BTitle%5D)+AND+%22Mech+Dev%22%5BJournal%5D)">Syndrome Transcription Factor is critical for neural crest cell function in Xenopus laevis.</a> Mech Dev. 129, 324-338 (2012).</li>
<li>Gonzales, B., Yang, H., Henning, D., Valdez, B. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cloning+and+functional+characterization+of+the+Xenopus+orthologue+of+the+Treacher+Collins+syndrome+%28TCOF1%29+gene+product%5BTitle%5D)+AND+%22Gene%22%5BJournal%5D)">Cloning and functional characterization of the Xenopus orthologue of the Treacher Collins syndrome (TCOF1) gene product.</a> Gene. 359, 73-80 (2005).</li>
<li>Reisoli, E., De Lucchini, S., Nardi, I., Ori, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Serotonin+2B+receptor+signaling+is+required+for+craniofacial+morphogenesis+and+jaw+joint+formation+in+Xenopus%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Serotonin 2B receptor signaling is required for craniofacial morphogenesis and jaw joint formation in Xenopus.</a> Development. 137, 2927-2937 (2010).</li>
<li>Schuff, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((FoxN3+is+required+for+craniofacial+and+eye+development+of+Xenopus+laevis%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Dyn%22%5BJournal%5D)">FoxN3 is required for craniofacial and eye development of Xenopus laevis.</a> Dev Dyn. 236, 226-239 (2007).</li>
<li>Slater, B. J., Liu, K. J., Kwan, M. D., Quarto, N., Longaker, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cranial+osteogenesis+and+suture+morphology+in+Xenopus+laevis%3A+a+unique+model+system+for+studying+craniofacial+development%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Cranial osteogenesis and suture morphology in Xenopus laevis: a unique model system for studying craniofacial development.</a> PLoS One. 4, (2009).</li>
<li>Vandenberg, L. N., Adams, D. S., Levin, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Normalized+shape+and+location+of+perturbed+craniofacial+structures+in+the+Xenopus+tadpole+reveal+an+innate+ability+to+achieve+correct+morphology%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Dyn%22%5BJournal%5D)">Normalized shape and location of perturbed craniofacial structures in the Xenopus tadpole reveal an innate ability to achieve correct morphology.</a> Dev Dyn. 241, 863-878 (2012).</li>
<li>Bugaighis, I., Mattick, C. R., Tiddeman, B., Hobson, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3D+Facial+Morphometry+in+Children+with+Oral+Clefts%5BTitle%5D)+AND+%22Cleft+Palate+Craniofac+J%22%5BJournal%5D)">3D Facial Morphometry in Children with Oral Clefts.</a> Cleft Palate Craniofac J. , (2013).</li>
<li>Farkas, L. G., Katic, M. J., Forrest, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Surface+anatomy+of+the+face+in+Down%27s+syndrome%3A+anthropometric+proportion+indices+in+the+craniofacial+regions%5BTitle%5D)+AND+%22J+Craniofac+Surg%22%5BJournal%5D)">Surface anatomy of the face in Down's syndrome: anthropometric proportion indices in the craniofacial regions.</a> J Craniofac Surg. 12, 519-524 (2001).</li>
<li>Scheuer, H. A., Holtje, W. J., Hasund, A., Pfeifer, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prognosis+of+facial+growth+in+patients+with+unilateral+complete+clefts+of+the+lip%2C+alveolus+and+palate%5BTitle%5D)+AND+%22J+Craniomaxillofac+Surg%22%5BJournal%5D)">Prognosis of facial growth in patients with unilateral complete clefts of the lip, alveolus and palate.</a> J Craniomaxillofac Surg. 29, 198-204 (2001).</li>
<li>Parsons, K. J., Andreeva, V., James Cooper, W., Yelick, P. C., Craig Albertson, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Morphogenesis+of+the+zebrafish+jaw%3A+development+beyond+the+embryo%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Morphogenesis of the zebrafish jaw: development beyond the embryo.</a> Methods Cell Biol. 101, 225-248 (2011).</li>
<li>Farkas, L. G., Katic, M. J., Forrest, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Surface+anatomy+of+the+face+in+Down%27s+syndrome%3A+age-related+changes+of+anthropometric+proportion+indices+in+the+craniofacial+regions%5BTitle%5D)+AND+%22J+Craniofac+Surg%22%5BJournal%5D)">Surface anatomy of the face in Down's syndrome: age-related changes of anthropometric proportion indices in the craniofacial regions.</a> J Craniofac Surg. 13, 368-374 (2002).</li>
<li>Cooper, W. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bentho-pelagic+divergence+of+cichlid+feeding+architecture+was+prodigious+and+consistent+during+multiple+adaptive+radiations+within+African+rift-lakes%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Bentho-pelagic divergence of cichlid feeding architecture was prodigious and consistent during multiple adaptive radiations within African rift-lakes.</a> PLoS One. 5, (2010).</li>
<li>Klingenberg, C. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prenatal+alcohol+exposure+alters+the+patterns+of+facial+asymmetry%5BTitle%5D)+AND+%22Alcohol%22%5BJournal%5D)">Prenatal alcohol exposure alters the patterns of facial asymmetry.</a> Alcohol. 44, 649-657 (2010).</li>
<li>Zhao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolated+cleft+palate+in+mice+with+a+targeted+mutation+of+the+LIM+homeobox+gene+lhx8%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Isolated cleft palate in mice with a targeted mutation of the LIM homeobox gene lhx8.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 96, 15002-15006 (1999).</li>
<li>Allam, K. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+spectrum+of+median+craniofacial+dysplasia%5BTitle%5D)+AND+%22Plast+Reconstr+Surg%22%5BJournal%5D)">The spectrum of median craniofacial dysplasia.</a> Plast Reconstr Surg. , 812-821 (2011).</li>
<li>Sive, H. L., Grainger, R., Harlard, R. Early development of Xenopus laevis: a laboratory manual. , Cold Spring Harbor Laboratory Press. (2000).</li>
<li>Cross, M. K., Powers, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Obtaining+eggs+from+Xenopus+laevis+females%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Obtaining eggs from Xenopus laevis females.</a> J Vis Exp. , (2008).</li>
<li>Nieuwkoop, P. D., Faber, J. Normal Table of Xenopus Laevis (Daudin). , Garland Publishing Inc. (1967).</li>
<li>Nieuwkoop, P. D. aF. J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aNieuwkoop%2C+PDaFJ+%22Normal+Table+of+Xenopus+laevis+%28Daudin%29%3A+A+Systematical+and+Chronological+Survey+of+the+Development+from+the+Fertilized+Egg+till+the+End+of+Metamorphosis%22">Normal Table of Xenopus laevis (Daudin): A Systematical and Chronological Survey of the Development from the Fertilized Egg till the End of Metamorphosis</a>. , Garland Publishing Inc. (1994).</li>
<li>Abdi, H., Williams, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Principal+Component+Analysis%5BTitle%5D)+AND+%22WIREs+Computational+Statistics%22%5BJournal%5D)">Principal Component Analysis.</a> WIREs Computational Statistics. 2, (2010).</li>
<li>Hill, T. L. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aHill%2C+TL+%22P.+STATISTICS%3A+Methods+and+Applications%22">P. STATISTICS: Methods and Applications</a>. , StatSoft, Inc. Tulsa, OK. (2013).</li>
</ol>

De auteurs hebben niets te onthullen.

Xenopus laevis is uitgegroeid tot een nuttig instrument voor het ontleden van de ontwikkelingsbiologie mechanismen onderliggend orofaciale ontwikkeling; Er zijn nog geen protocollen beschrijven grootte en vorm veranderingen van deze regio bij kikkers. De hier beschreven methode zal een belangrijke bijdrage leveren op het gebied van orofaciale ontwikkeling te creëren door meer rigoureuze kwantificering van orofaciale fenotypes in Xenopus en andere gewervelde dieren. De eerst...

Een van de meest voorkomende en verwoestende types van menselijke aangeboren afwijkingen zijn degenen die de mond en het gezicht, zoals orofaciale schisis 1. Kinderen met misvormde orofaciale structuren ondergaan meerdere operaties gedurende hun leven en worstelen met het gezicht misvormingen, spraak, gehoor en eetproblemen. Daarom is het faciliteren van nieuw onderzoek in cranio- en orofaciale ontwikkeling is van cruciaal belang voor de preventie en behandeling van deze vormen van aangeboren afwijkingen bij de mens. Xenopus laevis heeft ontpopt als een nieuw instrument voor het ontleden van de mechanismen die craniofaciale ontwikkeling (enkele voorbeelden zijn 2,3,4 -11). Daarom kan een kwantitatieve methode om de grootte en vorm verandert analyseren tijdens de ontwikkeling van het hoofd en gezicht van deze soort zeer krachtig 3. Hier presenteren we een dergelijke werkwijze; een combinatie van traditionele grootte metingen met geometrische morfometrie aangepast van een Xenopus studie 12 </sup&gt; en een schat aan studies analyseren van menselijk gezicht vorm 13-15. Het doel van dit protocol is om onderzoekers aan het gezicht grootte en vormen te kwantificeren om onderscheid te maken tussen verschillende orofacial fenotypes tijdens normale en abnormale ontwikkeling. Deze analyse maakt het mogelijk voor een betere differentiatie tussen subtiele craniofaciale defecten, zoals die welke voortvloeien uit synergetische effecten van genen en / of omgevingsfactoren. Daarnaast kan dit kwantificeringsmethode ook zelfs lichte verbetering of redden van een orofacial defect onthullen. Dit maakt het een handige gids bij het analyseren van potentiële therapieën dan ook. De combinatie gezichts metingen en geometrische morfometrie dat wij hier presenteren maakt een bredere statistische analyse van zowel de grootte en vorm van het orofaciale gebied dan de huidige protocollen die grotendeels gebruik slechts één of de ander 15-18. Verder presenteren we een eenvoudige manier om zowel de mediale en laterale gebieden van beoordelenhet gezicht zonder dat geavanceerde driedimensionale beeldvormende apparatuur die wordt gebruikt in de huidige studies 13,19. We tonen dit protocol op Xenopus laevis embryo&#39;s die behandeld worden met een retinolzuurreceptor remmer dat abnormale orofacial ontwikkeling en een mediaan gespleten gehemelte 2,3 induceert. Kwantificering van de afmetingen en vorm van het orofaciale gebied in deze embryo heeft wijzigingen in de midface die analoog aan mensen met gelijke palatinale kloven en muismodellen 20,21 geopenbaard. Echter, dit protocol worden gebruikt om de effecten van andere verbindingen op orofaciale ontwikkeling zoals natuurlijke stoffen, herbiciden of eiwitten zoals groeifactoren beoordelen. Verder, orofaciale grootte en vorm verandert als gevolg van verstoring van de genexpressie via verlies of overexpressie-experimenten (met behulp van antisense morpholinos of Crispers / Talens) kan ook worden gekwantificeerd met behulp van dit protocol. Tenslotte, deze methode specificatie ontwikkelden welly om Xenopus morfologie beoordelen; echter gemakkelijk aangepast voor analyse van alle gewervelde. Andere toepassingen kunnen ook met behulp van dit protocol voor het vergelijken van nauw verwante soorten voor evolutionaire of ecologische studies. Terwijl het voorbeeld dat we hier bieden maakt gebruik van dit protocol om de analyse van het orofaciale gebied te beschrijven, kan het gemakkelijk worden aangepast voor de analyse van andere regio&#39;s, organen, of structuren. Dit orofaciale kwantificering protocol zal een waardevolle bron voor de onderzoeksgemeenschap, evenals een uitstekend leermiddel voor studenten als een video-demonstratie geworden.

<table><tbody><tr><td>Dissecting microscope</td><td>Zeiss</td><td></td><td>uitgerust met AxioCamICC1 camera</td></tr><tr><td>Dumont #5 Inox forceps</td><td>Fine Science Tools</td><td>11251-10</td><td></td></tr><tr><td>Steriele, wegwerp scalpel</td><td>Sklar</td><td>06-2015</td><td></td></tr><tr><td>24-well plate</td><td>Fisher Scientific</td><td>087721</td><td></td></tr><tr><td>Standaard wegwerp overdracht pipetten</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-711-7M</td><td></td></tr><tr><td>150 mm x 15 mm Petri schotels</td><td>Falcon</td><td>351058</td><td></td></tr><tr><td>Incubators</td><td>Ectotherm</td><td></td><td> ingesteld op 15 °C of 20 °C</td></tr><tr><td>Modelleringsklei</td><td>Premo, of andere niet-giftige modelklei</td><td></td><td>in zwart of wit</td></tr><tr><td>Rechte priknaald</td><td>Thermo Scientific</td><td>19010</td><td></td></tr><tr><td>Capillaire buis (voor naalden)</td><td>FHC</td><td>30-30-1</td><td>Borosil 1,0 mm OD x 0,5 mm ID/Fiber, 100 mm elk</td></tr><tr><td>Naaldtrekker, Model P-97</td><td>Sutter Instrument Co.</td><td>Naaldtrekker: P-97 Flaming/Bown micropipettrekker Filament: FB300B</td><td>Voor filamenten, gebruik Sutter 3,00 mm vierkante doosfilamenten, 3,0 mm breed.</td></tr><tr><td>Pipettemen</td><td>Gilson</td><td>F144802, F123600, F123602</td><td></td></tr><tr><td>BMS-453</td><td>Tocris</td><td>3409</td><td></td></tr><tr><td>DMSO</td><td>American Bioanalytical</td><td>AB00435-01000</td><td></td></tr><tr><td>Cysteïne</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>52-90-4</td><td></td></tr><tr><td>Paraformaldehyde poeder</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>158127</td><td></td></tr><tr><td>Petri schotels</td><td>Falcom</td><td>353003, 351058</td><td>100 mm diameter en 150 mm in diameter</td></tr><tr><td>100% Ethanol</td><td>VWR</td><td>89125-170</td><td></td></tr></tbody></table>

kwantificering van orofacial phenotypes in xenopus

Quantification of Orofacial Phenotypes in Xenopus

Xenopus is uitgegroeid tot een belangrijk instrument voor het ontleden van de mechanismen die craniofaciale ontwikkeling en defecten. Een methode om orofacial ontwikkeling te kwantificeren zal zorgen voor meer grondige analyse van orofaciale fenotypes bij intrekking met stoffen die genetisch of moleculair kunnen manipuleren genexpressie of eiwit functie. Met tweedimensionale afbeeldingen van de embryonale koppen worden traditionele size-afmetingen zoals orofaciale breedte, hoogte en gebied- gemeten. Daarnaast wordt een ronding maat voor de embryonale mondopening gebruikt om de vorm van de mond beschreven. Geometrische morfometrie van deze tweedimensionale beelden wordt ook uitgevoerd om een ​​meer verfijnde weergave van veranderingen in de vorm van de orofaciale regio. Plaatsen zijn toegewezen aan specifieke punten in het orofaciale gebied en coördinaten worden gecreëerd. Een principle component analyse wordt gebruikt om de mijlpaal coördinaten principe componenten die vervolgens discrimineren de behandeling te verminderengroepen. Deze resultaten worden weergegeven als een scatterplot waarin individuen met gelijkaardige orofacial vormen samen te clusteren. Het is ook nuttig om een ​​discriminantfunctieanalyse die statistisch vergelijkt de posities van de herkenningspunten tussen twee behandelingsgroepen voeren. Deze analyse wordt op een transformatie rooster waar positieveranderingen landmark worden beschouwd als vectoren. Een raster wordt over deze vectoren zodat een kromtrekken patroon wordt weergegeven om aan te geven waar de belangrijke posities mijlpaal zijn veranderd. Vormveranderingen in de discriminantfunctieanalyse zijn gebaseerd op een statistische maat, en derhalve kan worden geëvalueerd door een p-waarde. Deze analyse is eenvoudig en toegankelijk is, is er slechts een stereoscoop en freeware software, en zal dus een waardevol onderzoek en onderwijs resource zijn.

Hier wordt een kwantitatieve analyse van orofaciale grootte en vorm werd aangetoond vergelijken embryo&#39;s behandeld met een retinoïnezuur receptor inhibitor (RAR remmer) onbehandelde controles. Embryo&#39;s werden behandeld met een 1 uM concentratie van deze chemische remmer uit fase 24 tot 30 (26-35 HPF), uitgewassen en in stadium 42 (82 HPF) vast. Zij werden vervolgens verwerkt en geanalyseerd zoals beschreven in het protocol. De resultaten zijn oorspronkelijke gegevens, maar in overeenstemming met waarnemingen in ...

Werkwijze voor het orofaciale grootte en vorm van Xenopus laevis embryo kwantificeren ontwikkeld. In dit protocol worden metingen traditionele formaat gecombineerd met geometrische morfometrie te zorgen voor meer geavanceerde analyses van orofaciale ontwikkeling en defecten.

Kwantificering van Orofacial Phenotypes in Xenopus

Xenopus has become an important tool for dissecting the mechanisms governing craniofacial development and defects. A method to quantify orofacial ...

Het algemene doel van de volgende procedure is om orale gezichtsfenotypen van xap Levis-embryo's op een kwantitatieve statistische manier te beschrijven. Dit wordt bereikt door eerst losgemaakte xip-embryo-hoofden in een kleimold te monteren voor fotodocumentatie met behulp van de afbeeldingen. Gezichtsafmetingen worden gemeten om informatie te verstrekken over de grootte van het orale gezichtsgebied.Vervolgens worden via geometrische morfometrie landmarken toegepast om de vorm van het orale gezichtsgebied te beoordelen. De resultaten tonen significante grootte- en vormveranderingen in het orale gezichtsgebied van Opus op basis van statistische analyses van gezichtsafmetingen en relatieve landmark-positie. Hoewel deze methode inzicht kan geven in opus of gezichtsontwikkeling, kan deze ook worden toegepast op andere morfologische studies van gewervelde dieren, zoals vergelijkingen van nauw verwante soorten voor evolutionaire of ecologische doeleinden.Deze sectie beschrijft hoe je kleikoppelingsschotels kunt maken om embryohoofden vast te houden voor hun fotodocumentatie. Maak eerst wat modelleerklei plat tot een schotel, elke maat is voldoende, en maak het glad om de hele plaat te bedekken. Druk vervolgens lichtjes een rechte priknaald in de klei onder een hoek van 45 graden.Houd de naald stevig vast en beweeg de schotel langzaam om een verzonken lijn te maken. Gebruik vervolgens een glazen pipetten om ondiepe cirkelvormige kuiltjes langs elke lijn te maken. In elke kuil kan een embryohoofd worden geplaatst voordat het wordt geladen.De hoofden vullen de schotel met PBT. Details over het kweken van zap piss worden in het tekstprotocol beschreven, evenals details over het fixeren van embryo's. Voor dit protocol fixeer embryo's tussen stadia 42 en 45. Dienovereenkomstig.Plaats eerst de gefixeerde embryo's in een 150 millimeter petrischaal met ongeveer 100 milliliter PBT. Sever nu hun hoofden. Houd eerst een embryo vast met een paar pincetten en gebruik een scalpel om een incisie te maken aan de achterzijde van de darm.Maak vervolgens een incisie aan de voorzijde van de darm nabij het hart om het hoofd volledig te verwijderen. Gebruik een pipetten om de hoofden over te brengen naar de kleikoppelingschotel. Het is van cruciaal belang dat embryohoofden in de klei in exact dezelfde oriëntatie worden geplaatst voor fotografie.Gebruik de in de klei getrokken rijen als gidsen om succes te garanderen. Het is ook gunstig als dezelfde persoon alle afbeeldingen op dezelfde dag maakt. Voor de vooraanzichtfoto's plaats je de hoofden met de achterste kant naar beneden in de kuiltjes.Gebruik pincetten om de hoofden en de omringende klei te manipuleren zodat de hoofden vast staan en niet kantelen voor de zijkant. Foto's plaats je de hoofden zodat hun zijden allemaal in dezelfde richting staan. Manipulate de hoofden en de omringende klei, zodat alle cementklieren naar beneden in dezelfde hoek wijzen.Gebruik nu een dissectiemicroscoop met beeldacquisitiecapaciteiten om afbeeldingen van de kikkervisjeskoppen te verzamelen. Gebruik meerdere lichtbronnen om overmatige schaduwvorming te voorkomen en gebruik de hoogst mogelijke vergroting. Fotografeer elke kop op dezelfde manier.Sla vervolgens de afbeeldingen ongecomprimeerd op en met de hoogst mogelijke resolutie. Meet van de afbeeldingen de orale gezichtsafmetingen. Bepaal eerst de gezichtsbreedte.Identificeer de punten waar de ventrale kant van elk oog de randen van het gezicht ontmoet en meet de afstand tussen deze punten. Details over het meten van de gezichtshoogte en het orale gezichtsgebied staan in het tekstprotocol. Besteed bijzondere aandacht aan het bepalen van de snuitlengte. Op laterale afbeeldingen maak je een verticale lijn die het voorste punt van het oog markeert.Meet vervolgens de horizontale afstand vanaf het voorste punt waar het gezicht de dorsale rand van de cementklier ontmoet tot de verticale lijn die het voorste punt van het oog markeert. Andere afmetingen zoals mondbreedte en rondheid worden in het tekstprotocol voor deze analyse uitgelegd. Faciale landmarkcoördinaten moeten worden gestandaardiseerd en opgeslagen in een bestand. De landmarken moeten de vorm van het beeld vastleggen en bruikbaar zijn in alle afbeeldingen.Gebruik dus geen structuren die mogelijk niet in alle steekproeven bestaan. Open nu het eerste afbeeldingsbestand. Om te beoordelen, selecteert u het tabblad invoegtoepassingen op de hoofdwerkbalk en kiest u puntkiezer.Selecteer in het vervolgkeuzemenu het tabblad punten toevoegen en plaats de landmarkpunten op de afbeelding. Ze verschijnen als veelkleurig. Kruisen schakelen tussen landmarkpunten met behulp van het gereedschap kruisen verplaatsen.Zodra ze allemaal zijn geplaatst, selecteert u het tabblad resultaten weergeven op de hoofdwerkbalk en kiest u de optie weergeven. Dit geeft de landmarkcoördinaten weer. Kopieer vervolgens de coördinaten naar een spreadsheetprogramma in een lege rij boven de geplaatste gegevenstype LM gelijk aan gevolgd door het aantal landmarks in de steekproef in de onderstaande rij.Het geplaatste gegevenstype ID gelijk aan gevolgd door de naam die de steekproef identificeert. Elke steekproef moet een uniek identificatienummer hebben. Herhaal dit proces totdat alle steekproefabeeldingen zijn gekarteerd en in de spreadsheet zijn ingevoerd.Kopieer vervolgens de kolommen met een steekproefidentificatie en coördinaten van elk landmark en sla het op in een tekstdocument. Open vervolgens het morfometrische softwareprogramma. Selecteer in deze software nieuwe dataset maken vanuit het hoofdmenu.Noem het bestand en de dataset in het pop-upvenster en importeer het bestand als TPS. Selecteer nu een tekstbestand met coördinaten om de dataset te maken. Voer vervolgens een procrustes-aanpassing en -uitlijning uit.Markeer eerst de dataset in het tabblad projectboom. Kies vervolgens voorlopers op de hoofdwerkbalk en nieuwe procrustes-aanpassing uit het vervolgkeuzemenu. Kies uit de beschikbare selecties gealigneerd door de hoofdas.Selecteer ver

quantification-of-orofacial-phenotypes-in-xenopus

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Xenopus embryonale epitheel is een ideaal modelsysteem om cel gedrag, zoals polariteit ontwikkeling en vorm veranderen tijdens epitheliale morfogenese bestuderen. Traditionele histologie van vaste monsters wordt in toenemende mate aangevuld door live-cell imaging confocale. Hier laten we zien methoden om de kikker weefsel te isoleren en te visualiseren live-epitheliale cellen en hun cytoskelet met behulp van live-cell confocale microscopie.

Live-cell imaging en kwantitatieve analyse van de embryonale epitheelcellen in Xenopus laevis</em

Craniofaciale kraakbeen te ontwikkelen in nauw contact met andere weefsels en zijn moeilijk te manipuleren in levende dieren. Wij maken gebruik van elektroporatie van moleculaire tools te leveren tijdens de groei van het craniofaciale skelet, terwijl het omzeilen van de vroege embryonale effecten. Deze aanpak stelt ons in staat om efficiënt te testen...

Elektroporatie van Craniofaciale Mesenchym

Een techniek voor het transplanteren "Extreme Voorste Domain" tissues tussen Xenopus laevis embryo ontwikkeld. Weefsel kan worden verplaatst van de ene genexpressie achtergrond in de andere, waardoor de studie van de lokale vereisten voor craniofaciale ontwikkeling en voor het signaleren van interacties tussen het gezicht regio.

Facial Transplantaties in<em&gt; Xenopus laevis</em&gt; Embryo&#39;s

In Xenopus embryo's, cellen van het dak van de blastocoel zijn pluripotent en kunnen worden geprogrammeerd om verschillende weefsels te genereren. Hier beschrijven we protocollen om uitstrijkjes van de amfibische blastocoel-dak als een assaysysteem te gebruiken om belangrijke in vivo en in vitro kenmerken van vroege neurale ontwikkeling te onderzoeken.

Stamcelachtige<em&gt; Xenopus</em&gt; Embryonale Explantaten om te studeren Early Neural Developmental Kenmerken<em&gt; In Vitro</em&gt; En<em&gt; In Vivo</em

Dit protocol toont een fluorescentie gebaseerde methode om de vasculatuur te visualiseren en de complexiteit ervan te kwantificeren in Xenopus tropicalis . Bloedvaten kunnen na de injectie van een fluorescerende kleurstof in het kloppende hart van een embryo worden gedetecteerd na genetische en / of farmacologische manipulaties om in vivo cardiovasculaire ontwikkeling te bestuderen.

Visualisatie en kwantitatieve analyse van embryonale angiogenese in<em&gt; Xenopus tropicalis</em

Xenopus kikkervisjes bieden een uniek platform voor het onderzoek naar de functie van het zenuwstelsel in vivo. We beschrijven methodologieën voor evaluatie van de verwerking van olfactorische informatie in levende Xenopus larven bij fokken normaal of na blessure.

Functionele evaluatie van olfactorische trajecten in levende Xenopus kikkervisjes

Dit protocol is bedoeld om te laten zien hoe een DNA/DOTAP mengsel microinjecteert in de eyebuds van een dag oude Xenopus laevis embryo's, en hoe te beeld en reconstrueren individuele groene fluorescerende eiwitten (GFP) uitdrukken optische axonale Arbors in tectal midbrains van intact, levende Xenopus tadpoles.

Micro injectie van DNA in de Oogtoppen van Xenopus laevis embryo's en beeldvorming van GFP dat optische axonale Arbors uitdrukt in intact, levend Xenopus tadpoles

Regulatoren van melanocytenfuncties regelen zichtbare verschillen in de pigmentatie-uitkomst. Het ontcijferen van de moleculaire functie van het kandidaat-pigmentatiegen vormt een uitdaging. Hierin demonstreren we het gebruik van een zebravismodelsysteem om kandidaten te identificeren en in te delen in regulatoren van melaninegehalte en melanocytenaantal.

Omgekeerde genetische benadering om regulatoren van pigmentatie te identificeren met behulp van zebravissen

Het Drosophila-oogsysteem is een nuttig hulpmiddel voor het bestuderen van verschillende biologische processen, met name menselijke neurodegeneratieve ziekten. Handmatige kwantificering van fenotypes van ruwe ogen kan echter vertekend en onbetrouwbaar zijn. Hier beschrijven we een methode waarmee ilastik en Flynotyper worden gebruikt om het oogfenotype op een onbevooroordeelde manier te kwantificeren.

Kwantificeren van Drosophila melanogaster oogfenotypes: een computationele benadering die ilastik en Flynotyper integreert

Hier presenteren we een snelle, goedkope workflow voor beeldvorming met hoge resolutie van volwassen Drosophila-ogen om patronen en groeidefecten te kwantificeren. We beschrijven ons protocol voor monstervoorbereiding door middel van puntmontage, beeldacquisitie met hoge resolutie en beeldanalyse.

Een snelle, eenvoudige workflow voor het kwantificeren van externe volwassen Drosophila-structuren

Dit werk beschrijft een protocol voor het kwantificeren van de vorm van craniofaciaal kraakbeen met behulp van vrije software (tpsDigs2, MorphoJ en PAST) om veranderingen in gezichtsstructuur bij zebravislarven te meten.

Morfometrische analyses van vorm: De analysesoftware-toolbox voor craniofaciale vormkwantificatie bij zebravissen

Leer kwantificering van orofaciale fenotypes in Xenopus laevis embryo's met geometrische morfometrie. Deze methode combineert grootte- en vormanalyse voor inzicht in ontwikkelingsbiologie en congenitale defecten.

Kwantificering van Orofacial Phenotypes in Xenopus

Meer video's verkennen