Name: Een klein volume Bioassay om Bacteriële / Fytoplankton Co-cultuur Beoordeel met behulp van water-Pulse-amplitudegemoduleerde (WATER-PAM) fluorometrie (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2015-03-11T13:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 54 s
Description: Leer een miniaturiseerde bioassay voor algen om microbiele interacties snel te screenen met WATER-PAM-fluorometrie. Deze methode meet de fotosynthetische gezondheid en identificeert pathogene of symbiotische effecten.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Dit werk werd ondersteund door Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada (subsidie 402105), Canadian Foundation for Innovation (subsidie 129087) en Alberta Education and Training (subsidie AAETRCP-12-026-SEG) aan RJC.

<ol><li>Scarratt, M. G., Marchetti, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessing+microbial+responses+to+iron+enrichment+in+the+Subarctic+Northeast+Pacific%3A+Do+microcosms+reproduce+the+in+situ+condition%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Deep+Sea+Res+Part+II+Top.+Stud.+Oceanogr%22%5BJournal%5D)">Assessing microbial responses to iron enrichment in the Subarctic Northeast Pacific: Do microcosms reproduce the in situ condition?</a> Deep Sea Res Part II Top. Stud. Oceanogr. 53 (20-22), 2182-2200 (2006).</li>
<li>Bidle, K. D., Haramaty, L., Barcelos E Ramos, J., Falkowski, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viral+activation+and+recruitment+of+metacaspases+in+the+unicellular+coccolithophore%2C+Emiliania+huxleyi%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.+S.+A%22%5BJournal%5D)">Viral activation and recruitment of metacaspases in the unicellular coccolithophore, Emiliania huxleyi.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 104 (14), 6049-6054 (2007).</li>
<li>Moore, L. R., Goericke, R., Chisholm, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+physiology+of+Synechococcus+and+Prochlorococcus%3A+influence+of+light+and+temperature+on+growth%2C+pigments%2C+fluorescence+and+absorptive%5BTitle%5D)+AND+%22Mar.+Ecol.+Prog.+Ser%22%5BJournal%5D)">Comparative physiology of Synechococcus and Prochlorococcus: influence of light and temperature on growth, pigments, fluorescence and absorptive.</a> Mar. Ecol. Prog. Ser. 116, (1995).</li>
<li>Iglesias-Rodriguez, M. D., Halloran, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phytoplankton+calcification+in+a+high-CO2+world%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Phytoplankton calcification in a high-CO2 world.</a> Science. 320 (5874), 336-340 (2008).</li>
<li>Chen, M., Tang, H., Ma, H., Holland, T. C., Ng, K. Y. S., Salley, S. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+nutrients+on+growth+and+lipid+accumulation+in+the+green+algae+Dunaliella+tertiolecta%5BTitle%5D)+AND+%22Bioresour.+Technol%22%5BJournal%5D)">Effect of nutrients on growth and lipid accumulation in the green algae Dunaliella tertiolecta.</a> Bioresour. Technol. 102 (2), 1649-1655 (2011).</li>
<li>Lv, J. -M., Cheng, L. -H., Xu, X. -H., Zhang, L., Chen, H. -L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhanced+lipid+production+of+Chlorella+vulgaris+by+adjustment+of+cultivation+conditions%5BTitle%5D)+AND+%22Bioresour.+Technol%22%5BJournal%5D)">Enhanced lipid production of Chlorella vulgaris by adjustment of cultivation conditions.</a> Bioresour. Technol. 101 (17), 6797-6804 (2010).</li>
<li>Geider, R., Graziano, L., McKay, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Responses+of+the+photosynthetic+apparatus+of+Dunaliella+tertiolecta+%28Chlorophyceae%29+to+nitrogen+and+phosphorus+limitation%5BTitle%5D)+AND+%22Eur.+J.+Phycol%22%5BJournal%5D)">Responses of the photosynthetic apparatus of Dunaliella tertiolecta (Chlorophyceae) to nitrogen and phosphorus limitation.</a> Eur. J. Phycol. 33 (4), 315-332 (1998).</li>
<li>MacIntyre, H. L., Cullen, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+Cultures+to+Investigate+the+Physiological+Ecology+of+Microalgae%5BTitle%5D)+AND+%22Algal+Cult.+Tech%22%5BJournal%5D)">Using Cultures to Investigate the Physiological Ecology of Microalgae.</a> Algal Cult. Tech. , 287-326 (2005).</li>
<li>Blaise, C., Vasseur, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Algal+microplate+toxicity+test%5BTitle%5D)+AND+%22Small-scale+Freshw.+Toxic.+Investig.+Vol.+1+Toxic.+Test+Methods%22%5BJournal%5D)">Algal microplate toxicity test.</a> Small-scale Freshw. Toxic. Investig. Vol. 1 Toxic. Test Methods. , 137-179 (2005).</li>
<li>Skjelbred, B., Edvardsen, B., Andersen, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+high-throughput+method+for+measuring+growth+and+loss+rates+in+microalgal+cultures%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Appl.+Phycol%22%5BJournal%5D)">A high-throughput method for measuring growth and loss rates in microalgal cultures.</a> J. Appl. Phycol. 24, 1589-1599 (2012).</li>
<li>Nagai, T., Taya, K., Annoh, H., Ishihara, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+a+fluorometric+microplate+algal+toxicity+assay+for+riverine+periphytic+algal+species%5BTitle%5D)+AND+%22Ecotoxicol.+Environ.+Saf%22%5BJournal%5D)">Application of a fluorometric microplate algal toxicity assay for riverine periphytic algal species.</a> Ecotoxicol. Environ. Saf. 94, 37-44 (2013).</li>
<li>Seyedsayamdost, M. R., Case, R. J., Kolter, R., Clardy, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Jekyll-and-Hyde+chemistry+of+Phaeobacter+gallaeciensis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Chem%22%5BJournal%5D)">The Jekyll-and-Hyde chemistry of Phaeobacter gallaeciensis.</a> Nat. Chem. 3 (4), 331-335 (2011).</li>
<li>Schreiber, U., Schliwa, U., Bilger, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Continuous+recording+of+photochemical+and+non-photochemical+chlorophyll+fluorescence+quenching+with+a+new+type+of+modulation+fluorometer%5BTitle%5D)+AND+%22Photosynth.+Res%22%5BJournal%5D)">Continuous recording of photochemical and non-photochemical chlorophyll fluorescence quenching with a new type of modulation fluorometer.</a> Photosynth. Res. 10 (1-2), 51-62 (1986).</li>
<li>Jones, R. J., Ward, S., Amri, A. Y., Hoegh-Guldber, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+quantum+efficiency+of+photosystem+II+of+symbiotic+dinoflagellates+of+corals+after+heat+stress%2C+and+of+bleached+corals+sampled+after+the+1998+Great+Barrier+Reef+mass+bleaching+event%5BTitle%5D)+AND+%22Mar.+Freshw.+Res%22%5BJournal%5D)">Changes in quantum efficiency of photosystem II of symbiotic dinoflagellates of corals after heat stress, and of bleached corals sampled after the 1998 Great Barrier Reef mass bleaching event.</a> Mar. Freshw. Res. 51 (345), 659-668 (1998).</li>
<li>Beer, S., Larsson, C., Poryan, O., Axelsson, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Photosynthetic+rates+of+Ulva+%28Chlorophyta%29+measured+by+pulse+amplitude+modulated+fluorometry%5BTitle%5D)+AND+%22Eur.+J.+Phycol%22%5BJournal%5D)">Photosynthetic rates of Ulva (Chlorophyta) measured by pulse amplitude modulated fluorometry.</a> Eur. J. Phycol. 35 (1), 69-74 (2000).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22WATER-PAM+Chlorophyll+Fluorometer.+Instrument+Description+and+Information+for+Users%22">WATER-PAM Chlorophyll Fluorometer. Instrument Description and Information for Users</a>. , Heinz Walz GmbH. Germany. Available at: 
 
 <a target="_blank" href="http://www.walz.com/downloads/manuals/water-pam/waterp3e.pdf">http://www.walz.com/downloads/manuals/water-pam/waterp3e.pdf</a> (2013).</li>
<li>Maxwell, K., Johnson, G. M., Heers, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chlorophyll+fluorescence--a+practical+guide%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Exp.+Bot%22%5BJournal%5D)">Chlorophyll fluorescence--a practical guide.</a> J. Exp. Bot. 51 (345), 659-668 (2000).</li>
<li>Herigstad, B., Hamilton, M., Heersink, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((How+to+optimize+the+drop+plate+method+for+enumerating+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Microbiol.+Methods%22%5BJournal%5D)">How to optimize the drop plate method for enumerating bacteria.</a> J. Microbiol. Methods. 44 (2), Available at:
 
 <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11165341">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11165341</a> 121-129 (2001).</li>
<li>Kooten, O., Snel, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+chlorophyll+fluorescence+nomenclature+in+plant+stress+physiology%5BTitle%5D)+AND+%22Photosynth.+Res%22%5BJournal%5D)">The use of chlorophyll fluorescence nomenclature in plant stress physiology.</a> Photosynth. Res. 25 (3), Available at:
 
 <a target="_blank" href="http://www.springerlink.com/index/r3689k5w72782r50.pdf">http://www.springerlink.com/index/r3689k5w72782r50.pdf</a> 147-150 (1990).</li>
<li>Maxwell, K., Johnson, G. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chlorophyll+fluorescence--a+practical+guide%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Exp.+Bot%22%5BJournal%5D)">Chlorophyll fluorescence--a practical guide.</a> J. Exp. Bot. 51 (345), 659-668 (2000).</li>
<li>Schreiber, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pulse-Amplitude-Modulation+%28PAM%29+Fluorometry+and+Saturation+Pulse+Method%3A+An+Overview%5BTitle%5D)+AND+%22Chlorophyll+a+Fluoresc.+A+Signat.+Photosynth%22%5BJournal%5D)">Pulse-Amplitude-Modulation (PAM) Fluorometry and Saturation Pulse Method: An Overview.</a> Chlorophyll a Fluoresc. A Signat. Photosynth. , 279-319 (2004).</li>
<li>Roháček, K., Barták, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Technique+of+the+modulated+chlorophyll+fluorescence%3A+basic+concepts%2C+useful+parameters%2C+and+some+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Photosynthetica%22%5BJournal%5D)">Technique of the modulated chlorophyll fluorescence: basic concepts, useful parameters, and some applications.</a> Photosynthetica. 37 (3), 339-363 (1999).</li>
<li>Da Silva, J. M., da Silva, A. B., Pádua, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modulated+chlorophyll+a+fluorescence%3A+a+tool+for+teaching+photosynthesis%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Educ%22%5BJournal%5D)">Modulated chlorophyll a fluorescence: a tool for teaching photosynthesis.</a> J. Biol. Educ. 41 (4), 178-183 (2007).</li>
<li>Vieira, S., Ribeiro, L., Jesus, B., Cartaxana, P., da Silva, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Photosynthesis+assessment+in+microphytobenthos+using+conventional+and+imaging+pulse+amplitude+modulation+fluorometry%5BTitle%5D)+AND+%22Photochem.+Photobiol%22%5BJournal%5D)">Photosynthesis assessment in microphytobenthos using conventional and imaging pulse amplitude modulation fluorometry.</a> Photochem. Photobiol. 89 (1), 97-102 (2013).</li>
</ol>

De auteurs hebben niets te onthullen.

Algengroei in een geminiaturiseerde format. De miniaturisatie algenculturen een 1 ml cultuurvolume in een microtiterplaat maakt de replicatie in een experiment te verhogen. Het is van belang de alg gezond gedurende een experiment; voer een groeicurve (figuur 2) met de microtiterplaat formaat naar verschillende media algen beoordelen, te zorgen voor de voedingsbehoeften van de alg wordt voldaan. Bovendien kan het belangrijk zijn om de dagelijkse cyclus (licht en donker periodes)...

Fytoplankton fysiologie is van oudsher bestudeerd in meso-schaal experimenten gaande van 20 ml in erlenmeyers tot 5 L in mandeflessen 1-7. Deze experimentele schaal vereist subsampling voor experimentele monitoring, zoals offeren identieke monsters voor elk tijdstip creëert een onbeheersbare experimentele opstelling. De mogelijkheid om het aantal onafhankelijke experimenten vergroten en met dezelfde dagelijkse incubatorruimte door miniaturiseren experimentele volume algen fysiologie experimenten zal verminderen of elimineren de beperkingen van subsampling en pseudo-replicatie van grote volumes. Een microtiterplaat formaat werd ontwikkeld voor algen bioassays met een 1 ml kweek volume experimenteel manipuleren algen in wisselende omstandigheden. Dit kleine experimentele volume maakt het aantal herhalingen te verhogen, verhoogt experimentele reproduceerbaarheid door een verminderde variabiliteit tussen analysemonsters enexperimenten, en maakt waar replicatie behoud experimentele controles (dwz axenic algenculturen) voor 140 dagen (figuur 2) 12. Deze microtiterplaatformaat geeft ruimte voor verschillende experimentele vragen als: is een bacterie een symbiotische, neutrale of pathogene interactie met algen host? Is de toevoeging van een verbinding stimulerende of toxisch een alg? Deze en andere vragen kunnen worden gericht op een snelle high-throughput manier gebruik van dit nieuwe formaat 9-11. Een 48-well microtiter plaat cultuur kan elk 1 ml en een onafhankelijke experimentele opstelling die wordt bemonsterd op één tijdpunt zijn. Verscheidene parameters kunnen worden bemonsterd uit dit volume 1 ml waaronder, maar niet beperkt tot: chlorofylfluorescentie en fotochemische parameters met WATER-Pulse-amplitudegemoduleerde (WATER-PAM) fluorometrie (zie Materialen en uitrusting tabel) 13. WATER-PAM fluorometrie is een snelle en niet-invasieve techniek die kan worden gebruikt voor experimenten uitgevoerd met algen 13 volgen. Het laat meten van fotosynthetische efficiëntie en PSII de gezondheid van een kleine cultuur volume (150-300 ul van cultuur verdund in middelgrote tot een 2-4 ml volume voor WATER-PAM) 14,15. Naast WATER-PAM fluorometrie, kan deze opstelling worden gebruikt om een ​​verscheidenheid van andere parameters zoals meten, maar niet beperkt tot: microscopie om de bacteriën aan algen cellen en veranderingen in de algen celmorfologie visualiseren; bacteriële kolonievormende eenheid (cfu) tellingen; en flowcytometrie voor algen cellen en het identificeren van subpopulaties.

<table><tbody><tr><td>10 cu. ft. Diurnal incubator (6012-1)</td><td>Caron Corporate</td><td>112310-6012-1-11</td><td><a href="http://www.caronproducts.com">www.caronproducts.com</a></td></tr><tr><td>Nunc EasYFlask 25 cm2, Vent/Close Cap, 7 ml working volume, 200/cs</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>N156340</td><td><a href="http://www.fishersci.ca">www.fishersci.ca</a></td></tr><tr><td>Multiwell TC Plates &ndash; 48-well</td><td>BD Biosciences Discovery Labware</td><td>353078</td><td><a href="http://www.bdbiosciences.com/">www.bdbiosciences.com</a></td></tr><tr><td>P1000 Gilson The Pipetting Standard&mdash;Gilson's Pipetman</td><td>Mandel Scientific Company Inc.</td><td>GF-F123602</td><td><a href="http://www.mandel.ca">www.mandel.ca</a></td></tr><tr><td>P10mL Gilson The Pipetting Standard&mdash;Gilson's Pipetman</td><td>Mandel Scientific Company Inc.</td><td>GF-F161201</td><td><a href="http://www.mandel.ca">www.mandel.ca</a></td></tr><tr><td>Wide Orifice Tips nonsterile [100&ndash;1,250 &micro;l]</td><td>VWR International</td><td>89079-468</td><td><a href="http://www.ca.vwr.com">www.ca.vwr.com</a></td></tr><tr><td>Ultrafine Tips nonsterile [100&ndash;1,250 &micro;l]</td><td>VWR International</td><td>89079-470</td><td><a href="http://www.ca.vwr.com">www.ca.vwr.com</a></td></tr><tr><td>Finntip 10 ml [Vol: 1 - 10 ml]</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>9402151</td><td><a href="http://www.fishersci.ca">www.fishersci.ca</a></td></tr><tr><td>WATER-Pulse Amplitude Modulation (Water-ED)</td><td>Heinz Walz GmbH, Effeltrich, Germany</td><td>EDEE0232</td><td><a href="http://www.walz.com">www.walz.com</a></td></tr><tr><td>15 mm diameter quartz glass cuvette (WATER-K)</td><td>Caron Corporate</td><td></td><td><a href="http://www.caronproducts.com">www.caronproducts.com</a></td></tr><tr><td>Sodium chloride (crystalline/certified ACS), Fisher Chemical</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td><a href="http://www.fishersci.ca">www.fishersci.ca</a></td></tr><tr><td>BD Difco Marine Broth 2216</td><td>BD Biosciences Discovery Labware</td><td>BD Biosciences Discovery Labware</td><td><a href="http://www.bdbiosciences.com">www.bdbiosciences.com</a></td></tr><tr><td>BD Bacto Agar</td><td>BD Biosciences Discovery Labware</td><td>BD Biosciences Discovery Labware</td><td><a href="http://www.bdbiosciences.com">www.bdbiosciences.com</a></td></tr><tr><td>L1 Medium Kit, 50 L</td><td>NCMA [National Center for Marine Algae and Microbiota</td><td>NCMA [National Center for Marine Algae and Microbiota</td><td><a href="http://www.ncma.bigelow.org">www.ncma.bigelow.org</a></td></tr></tbody></table>

een klein volume bioassay om bacteriële / fytoplankton co-cultuur beoordeel met behulp van water-pulse-amplitudegemoduleerde (water-pam) fluorometrie

A Small Volume Bioassay to Assess Bacterial/Phytoplankton Co-culture Using WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM) Fluorometry

Gebruikelijke werkwijzen voor experimentele manipulatie van microalgen grote hoeveelheid voedingsoplossing (20 ml tot 5 l) toegepast, waardoor de kweek gedurende het experiment 1-7 worden subsampled. Subbemonstering grote volumes problematisch om verschillende redenen: 1) het veroorzaakt variatie in het totale volume en het oppervlak: volume verhouding van de cultuur tijdens de proef; 2) pseudo-replicatie (dwz identieke monsters van dezelfde behandeling kolf 8) wordt vaak gebruikt in plaats van echte duplo (dwz bemonstering van herhaalde behandelingen); 3) de duur van het experiment is beperkt door het totale volume; en 4) axenic culturen of de gebruikelijke bacteriële microbiota moeilijk te handhaven gedurende langdurige experimenten verontreiniging frequent voorkomend steekproef van. Het gebruik van microtiterplaten staat stelt 1 ml kweek volumes worden gebruikt voor elke repliceren, met tot 48 afzonderlijke behandelingen binneneen 12.65 x 8.5 x 2.2 cm plaat, waardoor de experimentele volume afneemt en waardoor voor uitgebreide replicatie zonder steekproef van enige behandeling. Daarnaast kan deze techniek worden gemodificeerd om een verscheidenheid van experimentele formaten zoals fit: bacteriën en algen co-culturen algen fysiologie tests en toxine screening 9-11. Individuele putjes met een alg, bacterie en / of co-culturen worden bemonsterd voor talrijke laboratoriumprocedures waaronder, maar niet beperkt tot: WATER-Pulse Amplitude-gemoduleerde (WATER-PAM) fluorometrie, microscopie, bacteriële kolonievormende eenheid (CFU) tellingen en flow cytometrie. De combinatie van de microtiterplaat formaat en WATER-PAM fluorometrie zorgt voor meerdere snelle metingen van fotochemische opbrengst en andere fotochemische parameters met een lage variabiliteit tussen de monsters, hoge reproduceerbaarheid en vermijdt de vele valkuilen van de steekproef van een mandfles of erlenmeyer in de loop van een experiment .

WATER-PAM fluorometrie lezingen. WATER-Pulse-amplitudegemoduleerde (PAM) fluorometrie is een snelle en efficiënte methode om de fluorescentie (een proxy voor het gehalte aan chlorofyl) en fotosynthetische rendement (PSII gezondheid) van algenculturen bepalen. De PAM WinControl software genereert een spreadsheet van ruwe data waarden voor (de volgende zijn de fundamentele parameters voor donkere aangepast algen monsters): F 0 = fluorescentie van donker aan...

Het doel van deze procedure is om de reproduceerbaarheid en aanpasbaarheid te demonstreren van het gebruik van een microplaatformaat voor microalgen screening. Deze snelle screening combineert WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM) fluorometrie om de fotosynthetische opbrengst te meten als indicator voor de gezondheid van Photosysteem II (PSII) met kleine volume co-culturen van bacteriën en algen.

Een klein volume Bioassay om Bacteriële / Fytoplankton Co-cultuur Beoordeel met behulp van water-Pulse-amplitudegemoduleerde (WATER-PAM) fluorometrie

Conventional methods for experimental manipulation of microalgae have employed large volumes of culture (20 ml to 5 L), so that the culture can be ...

Het algemene doel van het volgende experiment is het introduceren van een geminiaturiseerde algen-bioassay die bedoeld is voor het snel screenen van algenkweken om microbiële symbiose en/of pathogenen te identificeren die de gezondheid of fysiologie van de algenkweek kunnen beïnvloeden. Dit wordt bereikt door eerst controlemengsels van algen en bacteriën met medium te maken en vervolgens experimentele algen-bacterie co-kweken bij verschillende concentraties op te stellen. De volgende stap is het klaarmaken van 48-wells platen met aliquoten van de mengsels voor een robuuste, reproduceerbare en snelle screening.Vervolgens worden de platen geïncubeerd en gemonitord met behulp van pulse amplitude modulated fluorometrie, waarbij metingen worden verricht om de fotosynthetische gezondheid van het systeem af te leiden. De resultaten van dit tijdreeksexperiment onthullen of de bacteriën een pathogeen, symbiotisch of neutraal effect hebben op de algen. Tijdens het tijdreeksexperiment kunnen daarnaast aanvullende screens met kleine volumes worden toegepast.Het belangrijkste voordeel van deze techniek ten opzichte van conventionele methoden, waarbij grote volumes voor algen-bioassays worden ge

a-small-volume-bioassay-to-assess-bacterialphytoplankton-co-culture

Research

JoVE Journal

Environment

Milieu

Dit artikel beschrijft verschillende methoden van...

Co-cultuur modellen van Pseudomonas aeruginosa Biofilms Grown op Live menselijke luchtwegen cellen

De test beschrijft een snelle wijze te vroeg biofilmvorming in bacteriën en schimmels te meten. Deze methode maakt gebruik van een microtiterplaat als substraat voor microbiële biofilm en de vorming van biofilm wordt gevisualiseerd met behulp van kristalviolet stam. De test geeft zowel een kwalitatieve of kwantitatieve test voor de vroege biofilmvorming.

Microtiter Dish biofilm vorming Assay

Source: Weber, N. et. al., Natural Transformation, Protein Expression, and Cryoconservation of the Filamentous Cyanobacterium Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)This video demonstrates a focused LED-based assay for studying phototaxis in filamentous cyanobacteria. The bacteria migrate toward the light source, forming a dense accumulation at the illuminated center, which is visualized and quantified through pixel intensity analysis of the captured image.

Phototaxis Assay of Filamentous Cyanobacteria Using Focused Light Illumination

This video demonstrates an assay for screening antimicrobial compounds that efficiently eliminate biofilms using a peg-plate. The methodology monitors the biofilm's metabolic state after treatment with antimicrobial compounds, facilitating the determination of the minimum biofilm eradication concentration.

A Peg Plate Biofilm Assay for Screening Antibacterial Agents

Hier presenteren we een uitgebreid protocol om de beschikbaarheid van organische en anorganische voedingsstoffen en de abundantie en structuur van microbiële en virale gemeenschappen in afgelegen mariene omgevingen te beoordelen.

Het ontrafelen van de Unseen Spelers in de Oceaan - A Field Guide to Water chemie en Mariene Microbiologie

Een hele cel bioreporter test met Burkholderia sartisoli RP037-mChe is ontwikkeld om fracties van een organische verontreiniging (dwz fluoreen-) beschikbaar voor bacteriële degradatie na actief transport door mycelium overbruggen met lucht gevulde poriën in een water onverzadigd modelsysteem detecteren.

A Whole Cell Bioreporter Aanpak Verkeer en biologische beschikbaarheid van organische stoffen te evalueren in Water Onverzadigde Systems

Dit document beschrijft het montageproces en de werking van een fotokinetische biotactor met een schaalvergroting, die in combinatie met andere methoden kan worden gebruikt om de relevante kinetische groeiparameters te schatten. Dit systeem controleert de pH, het licht en de temperatuur voortdurend met behulp van sensoren, een dataverzamelings- en besturingseenheid en open-source data acquisition software.

Constructie en opstelling van een Benchschaal Alg Photosynthetic Bioreactor met Temperatuur, Licht en pH Monitoring voor Kinetische Groeitesten

Stroom cytometry in combinatie met visuele clustering biedt een easy-to-use en snelle methode voor het bestuderen van aquatische biofilms. Het kan worden gebruikt voor de karakterisering van de biofilm, de detectie van veranderingen in de structuur van de Gemeenschap van de biofilm, en detectie van abiotische deeltjes ingebed in de biofilm.

Karakterisering van aquatische Biofilms met stroom Cytometry

Deze publicatie beschrijft het ontwerp van laboratoriumfotobioreactoren (PBR's) met aanpasbare lichtregimes. De groei van cyanobacteriën of microalgen, met bicarbonaat als koolstofbron, wordt continu bewaakt door de volumetrische zuurstofproductie te meten. Deze PBR's maken snelle, gerepliceerde laboratoriumgroeivergelijkingen mogelijk met weinig tussenkomst van de gebruiker tijdens experimenten.

Werking van laboratoriumfotobioreactoren met online groeimetingen en aanpasbare lichtregimes

Snelle herhalingssnelheid fluorometer (FRRf) is een nuttige methode voor het meten van fotosysteem II fotofysiologie en primaire productiviteit. Hier beschrijven we een protocol om PSII-fotofysiologie van epizoïsche alg, Colacium sp. op substraat zoöplankton te meten met behulp van cuvette-type FRRf.

Het meten van fotofysiologie van attached stage van Colacium sp. door een Cuvette-Type Fast Repetition Rate Fluorometer

Het protocol introduceert een high-throughput methode voor het meten van de ontspanning van niet-fotochemische quenching door pulsamplitude gemoduleerde chlorofyl fluorometrie. De methode wordt toegepast op in het veld gekweekte Glycine max en kan worden aangepast aan andere soorten om te screenen op genetische diversiteit of broedpopulaties.

High-Throughput analyse van niet-fotochemische blussing in gewassen met behulp van pulsamplitude gemoduleerde chlorofylfluorometrie

Leer een miniaturiseerde bioassay voor algen om microbiele interacties snel te screenen met WATER-PAM-fluorometrie. Deze methode meet de fotosynthetische gezondheid en identificeert pathogene of symbiotische effecten.

Een klein volume Bioassay om Bacteriële / Fytoplankton Co-cultuur Beoordeel met behulp van water-Pulse-amplitudegemoduleerde (WATER-PAM) fluorometrie (Video) | JoVE Journal

Een klein volume Bioassay om Bacteriële / Fytoplankton Co-cultuur Beoordeel met behulp van water-Pulse-amplitudegemoduleerde (WATER-PAM) fluorometrie

Meer video's verkennen