Name: Mozaïek zebravis Transgenese voor Functioneel genomische analyse van de kandidaat-coöperatieve genen in Tumor Pathogenese (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2015-03-31T15:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 45 s
Description: Leer mozaïek transgene zebravistechnieken voor functionele genomische analyse van oncogeen-samenwerking in neuroblastoma. Deze methode versnelt kankeronderzoek met Danio rerio modellen.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

We danken Dr. Jeong-Soo Lee voor het delen van de Tg(dbh:EGFP-MYCN) transgene vissen met ons in ons onderzoek. Dit werk werd ondersteund door een subsidie 1K99CA178189-01 van het National Cancer Institute, een beurs van de Pablove Foundation en Friends for Life, en jong onderzoekersprijzen van de Alex's Lemonade Stand Foundation en de CureSearch for Children's Cancer Foundation.

OPMERKING: Alle zebravis studies en het onderhoud van de dieren werden uitgevoerd in overeenstemming met de Mayo Clinic Instituut IACUC-goedgekeurde protocol # A41213. 1. DNA-constructen voor Transgenese <ol><li> Versterken van een 5.2-kb dopamine-beta hydroxylase (d βh) promotor gebied 8 met behulp van de CH211-270H11 BAC-kloon (van BacPac middelen centrum (BPRC)) als een DNA-template. Gebruik een PCR systeem geschikt voor lange en nauwkeurige PCR amplificatie van lange DNA-matrijzen en de volgende cyclus programma voor PCR: 94 ° C gedurende 2 min, 10 cycli van (94 ° C, 15 sec, 50 ° C, 30 sec, 68 ° C, 8 min), gevolgd door 30 cycli van (94 ° C, 15 sec, 53 ° C, 30 sec, 68 ° C, 8 min), 68 ° C, 4 min (voorwaartse primer 5&#39;-GGGGACAACTTTGTATAGAAAAGTTGGCGTACTCCCCCTTTTTAGG-3 &#39; en reverse primer 5&#39;GGGGACTGCTTTTTTGTACAAACTTGTGTTGCTTTGTCGTCTTTTGA-3 &#39;). </li><li> Maak de d βh -pDONRP4-P1R binnenkomst clone 8 met behulp van commerciële recombinante klonen systeem zoals multisite gateway. Meng 1 ui van gezuiverd dβh PCR-product (172 ng / ul), 1 ui (150 ng / ul) pDONRP4-P1R donorvector (samen met andere gateway vectoren zijn gulle giften van Dr. Chi-Bin Chien, Univ. Van Utah) 4 ui TE-buffer (pH 8,0) met 2 pl BP clonase enzymmengsel, incubeer gedurende 1 uur bij 25 ° C en vervolgens transformeren One Shot TOP10 competente E. coli volgens het protocol van de fabrikant. </li><li> Genereer de d βh: EGFP-MYCN transgene construct 8 met behulp van recombinant-klonen in stap 1.2 genoemde systeem. Meng 1 ui van elk item kloon (150 ng / ul), waaronder een 5,2-kb dβh promotor (dβh -pDONR P4-P1R construct), EGFP ontbreekt een stopcodon (pME-EGFP construct), en menselijke MYCN cDNA (een gulle gift van Dr. Hogarty in het Children&#39;s Hospital van Pennsylvania, MYCN-pDONRP2R-P3 construct), 1 pl (150 ng / ul) van de gewijzigde bestemming vector die I-Sce I herkenningsplaatsen (een gulle gift van Dr. C. Grabher, Karlsruhe Institute of Technology, Karlsruhe, Duitsland), 4 pl TE buffer ( pH 8,0) met 2 pl LR Clonase enzymmengsel, incubeer gedurende 1 uur bij 25 ° C en vervolgens transformeren om chemisch competente E. coli zoals One shot top 10 en volg protocol van de fabrikant. </li><li> Merk MITF: MITF transgene construct 8 door digestie PNP-MITF vector met NotI en SalI restrictie enzymen voor 2 uur bij kamertemperatuur, en door subklonering de vrijgegeven 2.65-kb (een gulle gift van Dr. D. Raible, Univ of Washington). DNA-fragment dat de MITF promoter en de coderende sequentie van de zebravis MITF gen in de Notl en Mlul plaatsen van een gemodificeerde pBluescript vector die flankerende I-Sce I herkenningsplaatsen bevat (een gulle gift van Dr. Hui FeNG, Boston University), met T4 DNA ligase volgens protocol van de fabrikant. OPMERKING: Om de efficiëntie van het genereren van stabiele MYCN -waar lijnen te verhogen, d βh: EGFP-MYCN en de MITF:. MITF DNA-constructen worden gecoïnjecteerd tot één-cel stadium parelmoer embryo Nacre duidt een soort mutant vis ontbreekt een neurale-afgeleide melanoforen tijdens de ontwikkeling 36. Zo is de verschijning van pigmentcellen in de geïnjecteerde embryo stelt de integratie van MITF: MITF DNA constructen in het genoom. Het is aangetoond dat twee of drie gecoïnjecteerd DNA constructen kunnen gecoïntegreerd in de vis genoom 31. Zo kan pigmentatie veroorzaakt door MITF uitdrukking dienen als een marker voor de integratie van de dβh: EGFP-MYCN transgen en snellere identificatie van MYCN stabiele transgene lijn. </li><li> Meng de d βh: EGFP-MYCN en MITF: MITF DNAconstructen in een 3: 1 verhouding in een totaal volume van 15 ul reactie met 1 ui I-Sce I enzymen en 0,75 pl buffer. Zorg ervoor dat de totale hoeveelheid DNA in de reactie niet meer dan 750 ng. </li><li> Het uitvoeren van de I-SceI spijsvertering bij kamertemperatuur 4 uur of O / N. Op de tweede dag, de I-SceI- geknipte DNA klaar zijn voor micro-injectie of kunnen bij -20 ° C voor injectie in de toekomst worden opgeslagen. Bewaar de I-Sce I enzym bij -80 ° C in kleine porties zijn enzymefficiëntie handhaven. </li><li> Subkloneren het menselijk ALKF1174L en wild-type ALK-gen van de pcDNA3 vector (een gulle gift van Dr. George bij het ​​Dana-Farber Cancer Institute) 7 in EcoRI en Notl plaatsen van een pENTRY1A vector (een gulle gift van Dr. C. Grabher, Karlsruhe Institute of Technology, Karlsruhe, Duitsland) met T4 DNA ligase volgens het protocol van de fabrikant. </li><li> Genereer de d βh: ALKF1174L &lt;/ Em&gt; of dβh: ALKWT transgene constructies met behulp van de recombinant-systeem zoals vermeld in Protocol 1.2. Kortom, combineer drie binnenkomst klonen, dβh -pDONRP4-P1R, ALKF1174L- pENTRY1A (of ALKWT -pENTRY1A) en P3e-polyA, in de gewijzigde bestemming vector die I-SceI erkenning sites (een gulle gift van Dr. C. Grabher, Karlsruhe Institute of Technology, Karlsruhe, Duitsland), met LR Clonase enzymmengsel, volgens het protocol van de fabrikant. </li><li> Meng de d βh: ALKF1174L (of dβh: ALKWT) en dβh: mCherry DNA-constructen in een 3: 1 verhouding en lineariseren ze met I-SceI enzym zoals beschreven in PROTOCOL 1,5-1,6. </li></ol> 2. Micro-injectie <ol><li> Gebruik glazen micropipetten met 1,0 mm diameter voor injecties 37. Breek het topje van de glazen micropipetten met een scheermesje voor injectie. Kalibreer de injectie volume door injecterening H2O in een druppel minerale olie. Meet de diameter van de resulterende druppels en stel de microinjector (druk of duur van drukpuls) ervoor zorgen dat het injectievolume minder dan 10% van het totale celvolume van een cel-embryo&#39;s. </li><li> Voeg een extra 0,5 pi vers I-Sce I enzym (5 eenheden / ul) in 5 pl injectie oplossing die DNA constructen vlak voor de injectie om de efficiëntie van transgenese 38 verhogen. Injecteer 50-80 pg gelineariseerd DNA constructen in het cytoplasma van een cel embryo&#39;s. Om het succes van toediening te garanderen, meng het monster met 0,25% fenolrood voor visualisatie. Als cellen rood na de injectie, het geeft de micro-injectie succesvol is. Om een ​​hoog slagingspercentage voor het genereren van transgene vis zorgen, we injecteren meestal maar liefst 500 embryo&#39;s. </li><li> Om transgene vis stabiel tot expressie MYCN genereren, coinject de gelineariseerde d βh: EGFP-MYCN en MITF: MITF DNA-constructen (met een 3: 1 verhouding) in embryo&#39;s van pigmentatie mutant parelmoer zebravis één-cellig stadium. De expressie van MITF fungeert als reporter voor de integratie van transgene constructen in het genoom vis. </li><li> Mozaïekpanelen overexpressie van ALK in het wild-type of MYCN transgene embryo, co-injecteren gelineariseerde d βh: ALK F1174L (of dβh: ALKWT) met dβh: mCherry DNA constructen (een 3: 1 verhouding) in de één-cel embryo&#39;s die voortvloeien uit de fokkerij van F1 heterozygote Tg (dβh: EGFP-MYCN) transgene vis met wild-type AB vis. Aldus helft van nakomelingen transgeen voor MCYN en helft wildtype. </li></ol> 3. Scherm voor Stabiele of Mosaic transgene vis <ol><li> Om de efficiëntie van identificatie van stabiele MYCN -expressie lines, verdoven primair geïnjecteerde embryo nair met tricaïne (0,02%) eent dagen 3-5 van postfertilization en het scherm voor pigmentatie. Breng de embryo&#39;s met pigmentatie een nieuwe petrischaal met vers ei water en verhogen ze geslachtsrijp verdere screening grondlegger vis, waarbij de d βh dragen: EGFP-MYCN transgen in de kiemcellen. </li><li> Aan de stichter met kiemlijntransmissie van EGFP-MYCN, outcross gepigmenteerde F0 volwassen vis met wild-type AB vis en scherm voor EGFP-positieve embryo&#39;s in 1-2 dagen na de bevruchting voor verdere genotypering identificeren. Plaats één EGFP-positieve F1 embryo in een PCR-buis en verwijder alle vloeistof. Voeg 50 ui gDNA extractiebuffer die 12,5 ui 4x lysis buffer, 35 ui H2O en 2,5 ul proteinase K (10 mg / ml) aan één embryo bevat. Incubeer het reactiemengsel gedurende 2-3 uur bij 55 ° C, gevolgd door 10 min incubatie bij 98ºC om proteinase K te inactiveren Aan 50 ml van 4x lysis buffer, voeg 500 ul 1 M Tris (pH 8,4), 2,5 ml 1M KCl to 47 ml H2O OPMERKING: Na het F0 MYCN stabiele transgene vis worden gefokt met het wild-type AB vis, alle nakomelingen zijn gepigmenteerd. Aldus kan pigmentatie niet dienen als marker voor de identificatie van MYCN- positieve vis. Terwijl in de MYCN transgene vis, wordt de EGFP-MYCN fusie-eiwit expressie in de PSNS, inclusief het sympathische neuronen van de superieure cervicale ganglia en sequentiële segmentale ganglion van de sympathische keten en de niet-PSNS dopaminerge neuronen zoals de medulla oblongata en craniale ganglia 8. Aldus kan de expressie van EGFP dienen als een merker voor identificatie van de MYCN stabiele transgene embryo. </li><li> Gebruik 2 pl gDNA geëxtraheerd uit de gepigmenteerde F1 embryo als sjabloon, primers MYCN-test F1: 5&#39;-CTG CTT GAG AAC GAG CTG TG-3 &#39;; MYCN -R3: 5&#39;-AGG CAT CGT TTG AGG ATC AG-3 &#39;, en het volgende programma with de GC-RICH PCR System: 1 cyclus van 95 ° C gedurende 3 min, 25 cycli van 95 ° C gedurende 30 seconden, 58 ° C gedurende 30 seconden en 72 ° C gedurende 3 min. We genotype doorgaans 14-16 gepigmenteerde&#39;s uit een enkele paring om de aanwezigheid van geïntegreerde MYCN transgen in de gepigmenteerde embryo, meer dan 6 grondlegger vis overexpressie MITF en MYCN werden geïdentificeerd door deze te bevestigen. </li><li> Op te richten de rest van de EGFP-positieve F1 embryo&#39;s. Fin clip en genotype ze op 2-3 maand oud met behulp van het bovenstaande protocol om verder te bevestigen de integratie van MYCN transgen in de vis. Broeden F1 MYCN stabiele transgene vis met wild-type AB vis. Co-injecteer de gelinealiseerd d βh: ALK F1174L (of dβh: ALKWT) met dβh: mCherry DNA-constructen in de één-cel embryo&#39;s, zoals beschreven in Protocol 2.4. </li><li> Sorteer de MYCN -waar embryo&#39;s in het experiment beschreven in Protocol 2.4 met behulp van een stereoscopische fluorescence microscoop en het scherm van de eerste plaats geïnjecteerde embryo&#39;s op dag 1-3 van postfertilization voor de expressie van EGFP-MYCN in de PSNS. Vervolgens, gedurende dag 2-5 van postfertilization, verdoven de embryo&#39;s met tricaïne (0,02%) en sorteren die MYCN- positief of negatief embryo wederom gebaseerd op de expressie van mCherry in de PSNS met een stereoscopische fluorescentiemicroscoop. De expressie van mCherry dient als een marker voor de co-expressie van ALK in weefsels van het mozaïek primaire geïnjecteerde dieren. OPMERKING: ~ 600 nakomelingen als gevolg van het fokken van MYCN stabiele transgene vis met wild-type vis werden geïnjecteerd per groep met het gelineariseerde DNA-constructen, waaronder d βh: ALK F1174L en dβh: mCherry, dβh: ALKWT en dβh: mCherry, of dβh : mCherry alleen respectievelijk. Mozaïek expressie van mCherry kan worden waargenomen in 70-90% van de primair geïnjecteerde vis. Een half tot een-derde van de geïnjecteerde vissen overleefden door de larven podium voor tumor horloge. </li><li> Verhoog alle mCherry + MYCN + en mCherry + MYCN - embryo volgens de standaardprotocollen van de zebravis boek 39 en monitoren tumor ontstaan ​​vanaf 5 weken postfertilization. </li></ol> 4. Tumor Kijk in Mozaïek transgene vis <ol><li> Monitor mCherry- positieve voornamelijk geïnjecteerd vis per 2 weken vanaf 5 weken postfertilization voor het bewijs van de tumor ontstaan. </li><li> Verdoven vis met tricaïne (0,02%) en het scherm voor de aanwezigheid van mCherry - en EGFP expressie brengen tumoren in de PSNS onder Nikon SMZ-1500 stereoscopische fluorescentiemicroscoop uitgerust met een digitale zicht DS-U1 camera. </li><li> Te bevestigen of de tumoren zijn de uiting van de ALK transgen, isoleren de mCherry- en EGFP-positieve massa&#39;s voor ALK genotypering PCR. </li><li> Met behulp van PCR amplificeren van genomisch DNAgeëxtraheerd uit ontwikkelde tumoren met de volgende primers: ALK P7: 5&#39;-AGG CCA GGT GTC CGG AAT GC-3 en ALK P18: 5&#39;-TGT CTT CAG GCT GAT GTT GC-3 &#39;en de volgende PCR-reactie: 1 cyclus van 94 ° C gedurende 5 min, 30 cycli van (94 ° C gedurende 30 sec, 55 ° C gedurende 30 seconden en 72 ° C gedurende 60 sec). Vervolgens opeenvolging het PCR-product met ALK P7 primer om verder te bevestigen het bestaan ​​van mutant of wild-type ALK in de mCherry-positieve tumoren. </li></ol>

<ol><li>Tenesa, A., Dunlop, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+insights+into+the+aetiology+of+colorectal+cancer+from+genome-wide+association+studies%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">New insights into the aetiology of colorectal cancer from genome-wide association studies.</a> Nat Rev Genet. 10 (6), 353-358 (2009).</li>
<li>Maher, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exome+sequencing+takes+centre+stage+in+cancer+profiling%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Exome sequencing takes centre stage in cancer profiling.</a> Nature. 459 (7244), 146-147 (2009).</li>
<li>Meyerson, M., Gabriel, S., Getz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+understanding+cancer+genomes+through+second-generation+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Advances in understanding cancer genomes through second-generation sequencing.</a> Nat Rev Genet. 11 (10), 685-696 (2010).</li>
<li>Chung, C. C., Chanock, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+status+of+genome-wide+association+studies+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Hum+Genet%22%5BJournal%5D)">Current status of genome-wide association studies in cancer.</a> Hum Genet. 130 (1), 59-78 (2011).</li>
<li>Mosse, Y. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+ALK+as+a+major+familial+neuroblastoma+predisposition+gene%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Identification of ALK as a major familial neuroblastoma predisposition gene.</a> Nature. 455 (7215), 930-935 (2008).</li>
<li>Janoueix-Lerosey, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Somatic+and+germline+activating+mutations+of+the+ALK+kinase+receptor+in+neuroblastoma%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Somatic and germline activating mutations of the ALK kinase receptor in neuroblastoma.</a> Nature. 455 (7215), 967-970 (2008).</li>
<li>George, R. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Activating+mutations+in+ALK+provide+a+therapeutic+target+in+neuroblastoma%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Activating mutations in ALK provide a therapeutic target in neuroblastoma.</a> Nature. 455 (7215), 975-978 (2008).</li>
<li>Zhu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Activated+ALK+Collaborates+with+MYCN+in+Neuroblastoma+Pathogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">Activated ALK Collaborates with MYCN in Neuroblastoma Pathogenesis.</a> Cancer Cell. 21 (3), 362-373 (2012).</li>
<li>White, R., Rose, K., Zon, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zebrafish+cancer%3A+the+state+of+the+art+and+the+path+forward%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Cancer%22%5BJournal%5D)">Zebrafish cancer: the state of the art and the path forward.</a> Nat Rev Cancer. 13 (9), 624-636 (2013).</li>
<li>Amatruda, J. F., Patton, E. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+models+of+cancer+in+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Int+Rev+Cell+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Genetic models of cancer in zebrafish.</a> Int Rev Cell Mol Biol. 271, 1-34 (2008).</li>
<li>Konantz, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zebrafish+xenografts+as+a+tool+for+in+vivo+studies+on+human+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+N+Y+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Zebrafish xenografts as a tool for in vivo studies on human cancer.</a> Ann N Y Acad Sci. 1266, 124-137 (2012).</li>
<li>Ellenbroek, S. I., van Rheenen, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+hallmarks+of+cancer+in+living+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Cancer%22%5BJournal%5D)">Imaging hallmarks of cancer in living mice.</a> Nat Rev Cancer. 14 (6), 406-418 (2014).</li>
<li>Kettleborough, R. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+systematic+genome-wide+analysis+of+zebrafish+protein-coding+gene+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A systematic genome-wide analysis of zebrafish protein-coding gene function.</a> Nature. 496 (7446), 494-497 (2013).</li>
<li>Howe, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+zebrafish+reference+genome+sequence+and+its+relationship+to+the+human+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The zebrafish reference genome sequence and its relationship to the human genome.</a> Nature. 496 (7446), 498-503 (2013).</li>
<li>Langenau, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Myc-induced+T+cell+leukemia+in+transgenic+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Myc-induced T cell leukemia in transgenic zebrafish.</a> Science. 299 (5608), 887-890 (2003).</li>
<li>Feng, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((T-lymphoblastic+lymphoma+cells+express+high+levels+of+BCL2%2C+S1P1%2C+and+ICAM1%2C+leading+to+a+blockade+of+tumor+cell+intravasation%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">T-lymphoblastic lymphoma cells express high levels of BCL2, S1P1, and ICAM1, leading to a blockade of tumor cell intravasation.</a> Cancer Cell. 18 (4), 353-366 (2010).</li>
<li>Patton, E. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BRAF+mutations+are+sufficient+to+promote+nevi+formation+and+cooperate+with+p53+in+the+genesis+of+melanoma%5BTitle%5D)+AND+%22Current+biology+%3A+CB%22%5BJournal%5D)">BRAF mutations are sufficient to promote nevi formation and cooperate with p53 in the genesis of melanoma.</a> Current biology : CB. 15 (3), 249-254 (2005).</li>
<li>Santoriello, C., Anelli, V., Alghisi, E., Mione, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+penetrant+melanoma+in+a+zebrafish+model+is+independent+of+ErbB3b+signaling%5BTitle%5D)+AND+%22Pigment+Cell+Melanoma+Res%22%5BJournal%5D)">Highly penetrant melanoma in a zebrafish model is independent of ErbB3b signaling.</a> Pigment Cell Melanoma Res. 25 (2), 287-289 (2012).</li>
<li>Leacock, S. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+zebrafish+transgenic+model+of+Ewing%27s+sarcoma+reveals+conserved+mediators+of+EWS-FLI1+tumorigenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Dis+Model+Mech%22%5BJournal%5D)">A zebrafish transgenic model of Ewing's sarcoma reveals conserved mediators of EWS-FLI1 tumorigenesis.</a> Dis Model Mech. 5 (1), 95-106 (2012).</li>
<li>Le, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heat+shock-inducible+Cre%2FLox+approaches+to+induce+diverse+types+of+tumors+and+hyperplasia+in+transgenic+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Heat shock-inducible Cre/Lox approaches to induce diverse types of tumors and hyperplasia in transgenic zebrafish.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (22), 9410-9415 (2007).</li>
<li>Langenau, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+RAS+on+the+genesis+of+embryonal+rhabdomyosarcoma%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+%26+development%22%5BJournal%5D)">Effects of RAS on the genesis of embryonal rhabdomyosarcoma.</a> Genes & development. 21 (11), 1382-1395 (2007).</li>
<li>Park, S. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oncogenic+KRAS+induces+progenitor+cell+expansion+and+malignant+transformation+in+zebrafish+exocrine+pancreas%5BTitle%5D)+AND+%22Gastroenterology%22%5BJournal%5D)">Oncogenic KRAS induces progenitor cell expansion and malignant transformation in zebrafish exocrine pancreas.</a> Gastroenterology. 134 (7), 2080-2090 (2008).</li>
<li>Zheng, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Xmrk%2C+kras+and+myc+transgenic+zebrafish+liver+cancer+models+share+molecular+signatures+with+subsets+of+human+hepatocellular+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Xmrk, kras and myc transgenic zebrafish liver cancer models share molecular signatures with subsets of human hepatocellular carcinoma.</a> PLoS One. 9 (3), e91179(2014).</li>
<li>Forrester, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NUP98-HOXA9-transgenic+zebrafish+develop+a+myeloproliferative+neoplasm+and+provide+new+insight+into+mechanisms+of+myeloid+leukaemogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22British+journal+of+haematology%22%5BJournal%5D)">NUP98-HOXA9-transgenic zebrafish develop a myeloproliferative neoplasm and provide new insight into mechanisms of myeloid leukaemogenesis.</a> British journal of haematology. 155 (2), 167-181 (2011).</li>
<li>Alghisi, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+oncogene+expression+to+endothelial+cells+induces+proliferation+of+the+myelo-erythroid+lineage+by+repressing+the+Notch+pathway%5BTitle%5D)+AND+%22Leukemia%22%5BJournal%5D)">Targeting oncogene expression to endothelial cells induces proliferation of the myelo-erythroid lineage by repressing the Notch pathway.</a> Leukemia. 27 (11), 2229-2241 (2013).</li>
<li>Veinotte, C. J., Dellaire, G., Berman, J. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hooking+the+big+one%3A+the+potential+of+zebrafish+xenotransplantation+to+reform+cancer+drug+screening+in+the+genomic+era%5BTitle%5D)+AND+%22Dis+Model+Mech%22%5BJournal%5D)">Hooking the big one: the potential of zebrafish xenotransplantation to reform cancer drug screening in the genomic era.</a> Dis Model Mech. 7 (7), 745-754 (2014).</li>
<li>Patton, E. E., Zon, L. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+art+and+design+of+genetic+screens%3A+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">The art and design of genetic screens: zebrafish.</a> Nat Rev Genet. 2 (12), 956-966 (2001).</li>
<li>Lieschke, G. J., Currie, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Animal+models+of+human+disease%3A+zebrafish+swim+into+view%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Animal models of human disease: zebrafish swim into view.</a> Nat Rev Genet. 8 (5), 353-367 (2007).</li>
<li>Igoucheva, O., Alexeev, V., Yoon, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+cellular+responses+to+exogenous+DNA+in+mammalian+cells+and+its+effect+on+oligonucleotide-directed+gene+modification%5BTitle%5D)+AND+%22Gene+Ther%22%5BJournal%5D)">Differential cellular responses to exogenous DNA in mammalian cells and its effect on oligonucleotide-directed gene modification.</a> Gene Ther. 13 (3), 266-275 (2006).</li>
<li>Koster, R. W., Fraser, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tracing+transgene+expression+in+living+zebrafish+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Tracing transgene expression in living zebrafish embryos.</a> Dev Biol. 233 (2), 329-346 (2001).</li>
<li>Langenau, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Co-injection+strategies+to+modify+radiation+sensitivity+and+tumor+initiation+in+transgenic+Zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Co-injection strategies to modify radiation sensitivity and tumor initiation in transgenic Zebrafish.</a> Oncogene. 27 (30), 4242-4248 (2008).</li>
<li>Chen, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oncogenic+mutations+of+ALK+kinase+in+neuroblastoma%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Oncogenic mutations of ALK kinase in neuroblastoma.</a> Nature. 455 (7215), 971-974 (2008).</li>
<li>Pugh, T. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+genetic+landscape+of+high-risk+neuroblastoma%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+genetics%22%5BJournal%5D)">The genetic landscape of high-risk neuroblastoma.</a> Nature genetics. , (2013).</li>
<li>Berry, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ALK%28F1174L%29+mutation+potentiates+the+oncogenic+activity+of+MYCN+in+neuroblastoma%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">The ALK(F1174L) mutation potentiates the oncogenic activity of MYCN in neuroblastoma.</a> Cancer Cell. 22 (1), 117-130 (2012).</li>
<li>Heukamp, L. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+expression+of+mutated+ALK+induces+neuroblastoma+in+transgenic+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Transl+Med%22%5BJournal%5D)">Targeted expression of mutated ALK induces neuroblastoma in transgenic mice.</a> Sci Transl Med. 4 (141), 141ra191(2012).</li>
<li>Lister, J. A., Robertson, C. P., Lepage, T., Johnson, S. L., Raible, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((nacre+encodes+a+zebrafish+microphthalmia-related+protein+that+regulates+neural-crest-derived+pigment+cell+fate%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">nacre encodes a zebrafish microphthalmia-related protein that regulates neural-crest-derived pigment cell fate.</a> Development. 126 (17), 3757-3767 (1999).</li>
<li>Rosen, J. N., Sweeney, M. F., Mably, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microinjection+of+zebrafish+embryos+to+analyze+gene+function%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Microinjection of zebrafish embryos to analyze gene function.</a> J Vis Exp. (25), (2009).</li>
<li>Thermes, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((I-SceI+meganuclease+mediates+highly+efficient+transgenesis+in+fish%5BTitle%5D)+AND+%22Mech+Dev%22%5BJournal%5D)">I-SceI meganuclease mediates highly efficient transgenesis in fish.</a> Mech Dev. 118 (1-2), 91-98 (2002).</li>
<li>Kimmel, C. B., Ballard, W. W., Kimmel, S. R., Ullmann, B., Schilling, T. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stages+of+embryonic+development+of+the+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Dyn%22%5BJournal%5D)">Stages of embryonic development of the zebrafish.</a> Dev Dyn. 203 (3), 253-310 (1995).</li>
<li>Urasaki, A., Asakawa, K., Kawakami, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+transposition+of+the+Tol2+transposable+element+from+a+single-copy+donor+in+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Efficient transposition of the Tol2 transposable element from a single-copy donor in zebrafish.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 105 (50), 19827-19832 (2008).</li>
<li>Caneparo, L., Pantazis, P., Dempsey, W., Fraser, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intercellular+bridges+in+vertebrate+gastrulation%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Intercellular bridges in vertebrate gastrulation.</a> PLoS One. 6 (5), e20230(2011).</li>
<li>Ivics, Z., Izsvak, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+expanding+universe+of+transposon+technologies+for+gene+and+cell+engineering%5BTitle%5D)+AND+%22Mob+DNA%22%5BJournal%5D)">The expanding universe of transposon technologies for gene and cell engineering.</a> Mob DNA. 1 (1), 25(2010).</li>
<li>Tang, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+cell+transplantation+using+adult+rag2+mutant+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Optimized cell transplantation using adult rag2 mutant zebrafish.</a> Nat Methods. 11 (8), 821-824 (2014).</li>
<li>Watson, I. R., Takahashi, K., Futreal, P. A., Chin, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Emerging+patterns+of+somatic+mutations+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Emerging patterns of somatic mutations in cancer.</a> Nat Rev Genet. 14 (10), 703-718 (2013).</li>
<li>Sander, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+gene+disruption+in+somatic+zebrafish+cells+using+engineered+TALENs%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Targeted gene disruption in somatic zebrafish cells using engineered TALENs.</a> Nat Biotechnol. 29 (8), 697-698 (2011).</li>
<li>Sander, J. D., Joung, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CRISPR-Cas+systems+for+editing%2C+regulating+and+targeting+genomes%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">CRISPR-Cas systems for editing, regulating and targeting genomes.</a> Nat Biotechnol. 32 (4), 347-355 (2014).</li>
</ol>

De auteurs verklaren dat zij geen concurrerende financiële belangen hebben.

In deze representatieve studie, gebruikten we transiënte co-injectie en co-expressie van geactiveerde ALK de mCherry reportergen in MYCN -expressie transgene vis te tonen dat deze genen samenwerken om het begin van neuroblastoom, in overeenstemming met onze eerdere bevindingen in verbinding stabiele transgene vis co-expressie aanzienlijk versnellen zowel geactiveerd ALK en MYCN 8. Dit mozaïek transgene aanpak bezit een aantal verschillende voordelen ten opzichte va...

Kankers zijn progressieve ziekten gekenmerkt door de accumulatie van pathologische mutaties, deleties en chromosoom winsten in de tijd. Deze genetische afwijkingen kunnen beïnvloeden meerdere cellulaire processen gaande van de celcyclus, celdood, energetische metabolisme en assemblage van het cytoskelet te antwoorden zoals hypoxie benadrukken. Vandaar het ontstaan ​​van tumoren weerspiegelt de collectieve acties van meerdere genetische afwijkingen over een spectrum van biologische processen. Recente integratieve genomische onderzoeksinspanningen, met inbegrip van whole genome sequencing, exoom sequencing, gerichte sequencing, deep sequencing en genoomwijde associatie studies, hebben een groeiend aantal nieuwe genetische veranderingen die in wezen alle soorten van tumoren 1-4. In veel gevallen, de genetische laesies samen voorkomen in een niet-willekeurige wijze 5-8, suggereert hun samenwerking pathogenese. Het ontleden van de oncogene rol van de grote reeks van afwijkend uitgedrukt genen resulteert from deze genomische afwijkingen is het noodzakelijk om nieuwe therapeutische strategieën te ontwikkelen en om de reacties van tumorcellen om deze middelen te begrijpen, maar dit bleek een hele klus zijn, die zeer robuust diermodel systemen voor het uitvoeren van high-throughput functionele genomische analyse in vivo. Hoewel zoogdieren, vooral knaagdieren, zijn favoriete modellen in de biologie van kanker, heeft de zebravis begonnen om aandacht te trekken. De teleost zebravis (Dario rerio) is gebruikt als modelorganisme voor de ontwikkeling van onderzoek sinds de jaren 1960 en werd voor het eerst toegepast op de studie van de tumor pathogenese in 1982 9-11. Gemak van onderhoud, kleine lichaamsgrootte, en de hoge vruchtbaarheid maken de zebravis een robuust model voor grootschalige forward genetische screens om mutaties die abnormaal en pathologische fenotypes 10 verlenen identificeren. De optische transparantie van de zebravis embryo&#39;s is een ander belangrijk kenmerk ondersteunen ruimer gebruik van deze vorm van kanker model, zoalshet mogelijk in vivo beeldvorming worden uitgevoerd om tumorontwikkeling vinden in realtime 9, een toepassing die in knaagdieren 12 relatief moeilijk. Recente vergelijkende genomica analyse van de zebravis referentie-genoom (Zv9) onthulde 26.206 eiwit-coderende genen, met 71% hebben van de menselijke orthologa, waarvan 82% zijn gecorreleerd met ziekte-geassocieerde genen in de Online Mendeliaanse Inheritance in Man (OMIM) database-13, 14. Bijgevolg heeft de zebravis gebruikt om het model diverse typen menselijke kankers, zoals neuroblastoom 8 T-cel acute lymfoblastische leukemie (T-ALL) 15,16, 17,18 melanoom, Ewing-sarcoom 19, rhabdomyosarcoom 20,21, pancreascarcinoom 22, hepatocellulair carcinoom 23 en myeloïde maligniteiten 24,25, en is geselecteerd als een kanker model voor xenotransplantatie bestudeert 11,26. Een stabiele transgeneaanpak zebravis wordt vaak gebruikt om het effect van gain-of-functie van genen in normale ontwikkeling en pathogenese 27,28 bestuderen. Om zo&#39;n model (Figuur 1A) ontwikkelen een spuit een DNA construct dat het gen van belang aangestuurd door een weefselspecifieke promoter in een cel wildtype embryo. Drie tot vier maanden na injectie, wanneer de geïnjecteerde embryo geslachtsrijp zijn ze outcrossed met wildtype vis te screenen op diegenen die de integratie van het DNA construct in de kiemlijn, die ze als grondlegger vis licenties. Vele factoren, zoals het aantal kopieën en de integratieplaats van het transgen invloed expressie van het transgen in stabiele transgene lijnen. Dus, om een ​​transgeen tumor model te ontwikkelen, verschillende stabiele transgene lijnen overexpressie één oncogen moeten eerst worden gegenereerd en gescreend op de expressie brengt het transgen op een niveau dat kan leiden tot tumor inductie. Indien overexpressie van een kandidaat oncogene is giftig voor kiemcellen, is het moeilijk om een stabiele transgene lijn genereren door direct overexpressie transgen 29. Daarom kan deze benadering tijdrovend, met een hoog risico van het niet geschikt Cancer genereren. Hier, illustreren we een alternatieve strategie gebaseerd op mozaïek voorbijgaande transgenese (Figuur 1B) dat unieke voordelen biedt ten opzichte van traditionele stabiele transgenese voor functionele genomische studie in vivo. In deze benadering worden één of meer transgene constructen geïnjecteerd in de één-cel fase van transgene of wildtype embryo. Het geïnjecteerde DNA constructen bevattende transgenen Dan mosaically en willekeurig geïntegreerd in de primaire ingespoten vissen, waardoor gemengde genotypes in verschillende celpopulaties in afzonderlijke vis 30. Bovendien co-injectie van meerdere DNA-constructen in een cel embryo leidt tot co-integratie in dezelfde cel willekeurig plaatsen, zodat men trace de cellen met expressie van transgenen en de interactie van verschillende genen ontdekken tijdens ziekte pathogenese in het mozaïek dieren 31. Als bewijs van principe, we tijdelijk tot overexpressie mutationeel geactiveerd ALK (F1174L) met mCherry reportergen in de perifere sympathische zenuwstelsel (PSNS) onder controle van de dopamine beta hydroxylase (d βh) promotor in wildtype en transgene vis vis overexpressie MYCN. ALK, die een receptor tyrosine kinase codeert, is de meest frequent gemuteerde gen hoog risico neuroblastoom 5-7,32,33. ALK (F1174L), als één van de meest voorkomende en krachtige somatische activerende mutaties, oververtegenwoordigd in MYCN- versterkt neuroblastoom patiënten met een hoog risico en synergie met MYCN overexpressie aan neuroblastoom het ontstaan ​​van tumoren te versnellen, zowel in stabiele transgene muizen en transgene zebravismodellen 8,34,35. Door het mozaïekvoorbijgaande overexpressie van ALK (F1174L) met mCherry in de MYCN transgene vis, we recapituleerde de versnelling van de tumor ontstaan ​​waargenomen in de stabiele transgene vis overexpressie zowel ALK (F1174L) en MYCN, wat suggereert dat het mozaïek transgenese strategie om snel en efficiënt kan worden gebruikt De relatieve bijdragen van meerdere oncogenen in tumorinitiatie in vivo.

<table><tbody><tr><td>Expand Long Template PCR System&nbsp;</td><td>Roche Applied Science, IN</td><td>11681834001</td><td></td></tr><tr><td>pCR-TOPO vector&nbsp;</td><td>Invitrogen, CA</td><td>451641</td><td></td></tr><tr><td>T4 DNA ligase</td><td>New England Biolabs, MA</td><td>M0202M</td><td></td></tr><tr><td>Gateway LR Clonase II enzyme Mix</td><td>Invitrogen, CA</td><td>11791-100</td><td></td></tr><tr><td>Gateway&reg; BP Clonase&reg; II enzyme mix</td><td>Invitrogen, CA</td><td>11789-020</td><td></td></tr><tr><td>GC-RICH PCR System&nbsp;</td><td>Roche Applied Science, IN</td><td>12 140 306 001</td><td></td></tr><tr><td>Meganuclease I-SceI&nbsp;</td><td>New England Biolabs, MA</td><td>R0694S</td><td></td></tr><tr><td>Nikon SMZ-1500 stereoscopic fluorescence microscope&nbsp;</td><td>Nikon, NY</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Nikon digital sight DS-U1 camera</td><td>Nikon, NY</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

mozaïek zebravis transgenese voor functioneel genomische analyse van de kandidaat-coöperatieve genen in tumor pathogenese

Mosaic Zebrafish Transgenesis for Functional Genomic Analysis of Candidate Cooperative Genes in Tumor Pathogenesis

Uitgebreide genomische analyse heeft verrassend grote aantallen genetische veranderingen in verschillende soorten kanker aan het licht gebracht. Het is een ontmoedigende taak om robuust en efficiënt oncogene "drivers" tussen deze tumoren te identificeren en hun complexe relaties met gelijktijdige genetische veranderingen tijdens tumorontwikkeling te definiëren. Recentelijk zijn zebravissen opgedoken als een belangrijk dierenmodel voor het bestuderen van menselijke ziekten, grotendeels vanwege hun gemakkelijke onderhoud, hoge vruchtbaarheid, duidelijke voordelen voor in vivo beeldvorming, hoge conservering van oncogenen en hun moleculaire paden, gevoeligheid voor tumorigenese en, belangrijker nog, de beschikbaarheid van transgene technieken die geschikt zijn voor gebruik in de vissen. Transgene zebravismodellen van kanker zijn op grote schaal gebruikt om oncogeen paden in diverse tumortypen te ontleden. Het ontwikkelen van een stabiel transgeen vismodel is echter zowel vervelend als tijdrovend, en het is nog moeilijker en tijdrovender om de samenwerking van meerdere genen in ziekteontwikkeling te onderzoeken met deze benadering, die de generatie van meerdere transgene lijnen vereist met overexpressie van de individuele genen van belang, gevolgd door gecompliceerde kruising van deze stabiele transgene lijnen. Daarom biedt het gebruik van een mozaïek-transitoire transgene benadering in zebravissen unieke voordelen voor functionele genomische analyse in vivo. Kort gezegd, kandidaat-transgenen kunnen worden geco-injecteerd in eencellig wild-type of transgeen zebravis-embryo's en kunnen samen in elk somatische cel in een mozaïekpatroon worden geïntegreerd, wat leidt tot gemengde genotypen in hetzelfde voornamelijk geïnjecteerde dier. Dit stelt iemand in staat om op een snellere en goedkopere manier te onderzoeken of en hoe de kandidaat-genen met elkaar kunnen samenwerken om tumorigenese te bevorderen. Door transitoire overexpressie van geactiveerd ALK in de transgene vis die MYCN overexpresseert, demonstreren we hier de samenwerking van deze twee oncogenen in de ontwikkeling van een kinderkanker, neuroblastoom, die de meeste vormen van hedendaagse behandeling heeft weerstaan.

Om te onderzoeken of overexpressie van mutationeel geactiveerd ALK F1174L of wildtype ALK kan samenwerken met MYCN in neuroblastoom inductie, we ofwel geactiveerde humane ALK of wild type humaan ALK overexpressie gebracht onder controle van de d βh promoter in de PSNS van transgene vis overexpressie MYCN. Een van de volgende constructies, dβh - ALKF1174L of dβh - ALKWT, werden gecoïnjecteerd met dβh - mCherry<...

Het doel van deze studie is om aan te tonen hoe de mozaïek transgenese strategie kan worden gebruikt bij zebravissen om snel en efficiënt de relatieve bijdragen van meerdere oncogenen in tumorinitiatie en progressie in vivo te beoordelen.

Mozaïek zebravis Transgenese voor Functioneel genomische analyse van de kandidaat-coöperatieve genen in Tumor Pathogenese

Comprehensive genomic analysis has uncovered surprisingly large numbers of genetic alterations in various types of cancers.  To robustly and efficiently ...

mosaic-zebrafish-transgenesis-for-functional-genomic-analysis

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

Ontwikkelingsbiologie

Gen microarrays zijn krachtige tools in gen expressie profilering bij een genoom-brede niveau. Deze technologie heeft toepassing in een verscheidenheid van biologische disciplines, waaronder ontwikkelingsbiologie en toxicologie. In deze video, we detail een protocol voor de wereldwijde genexpressie analyse met behulp van een uitgebreid oligonucleotide microarray platform voor de zebravis.

Global analyse van genexpressie met behulp van een zebravis oligonucleotide microarray platform

We tonen onze aanpak voor het vinden van potentiële enhancer elementen uit de op ontwikkelingsgebied gereguleerde genen en evalueren van hun functie door middel van mozaïek zebravis transgenese.

Mozaïek zebravis Transgenese voor het evalueren van Enhancer Sequences

This video describes a method to screen for the melanoma modifying genes using a transgenic zebrafish tumor model. When injected with a melanoma-inducing miniCoopR vector, the zebrafish develops melanomas and can therefore be used to study the genetic factors affecting tumor development in zebrafish.

miniCoopR Vector-based Transgenesis: A Technique to Screen Melanoma-inducing Genes in Zebrafish Tumor Model

Een snelle manier om te screenen op melanoom modifiers met behulp van een zebravis autochtone tumor model gepresenteerd. Het maakt gebruik van de miniCoopR vector waarmee expressie van genen kandidaat melanoom in melanocyten. Een methode om melanoom-vrije overleving bochten, een invasie assay, een protocol voor antilichaam kleuring van schaal melanocyten en een melanoom transplantatie assay te verkrijgen zijn beschreven.

Screening op Melanoom Modifiers het gebruik van een zebravis Autochtone tumormodel

Hier presenteren we een protocol voor celtransplantatie van zebravis skeletspier en embryonaal rabdomyosarcoom (ERMS) in volwassen immuungecompromitteerde rag2E450fs homozygoot mutante zebravissen. Dit protocol maakt een efficiënte analyse van regeneratie en maligne transformatie van spiercellen mogelijk.

Normale en maligne Muscle Cell Transplantation in immuungecompromiteerde Adult zebravis

De transplantatie van kankercellen is een belangrijk instrument voor de identificatie van kankermechanismen en therapeutische reacties. Huidige technieken zijn afhankelijk van immuun-incompetente dieren. Hier beschrijven we een methode om zebravis tumorcellen te transplanteren in immuun-competente embryo's voor de langetermijnanalyse van tumorcelgedrag en in vivo drugresponsen.

Transplantatie van zebravis-pediatrische hersentumoren in immuungecompetente gastheren voor langdurige studie van tumorcellen gedrag en drugrespons

Hier, laten we het proces van het creëren van een cellulaire elektrische spanning verslaggever zebrafish lijn om te visualiseren van embryonale ontwikkeling, beweging, en vis tumor cellen in vivo.

Visualisatie van cellulaire elektrische activiteit in de zebravis vroege embryo's en tumoren

Hier bieden we een stapsgewijs protocol, met tips om xenograften te genereren en richtlijnen voor tumorgedragsanalyse, whole-mount immunofluorescentie en confocale beeldvorming kwantificering.

Generatie zebravislarven xenografts en tumorgedragsanalyse

Dit artikel introduceert de methode voor het ontwikkelen, karakteriseren en volgen in real-time van de tumormetastase in het zebravismodel van neuroblastoom, met name in de transgene zebravislijn met overexpressie van MYCN en LMO1, die spontaan metastase ontwikkelt.

Zebravismodel van neuroblastoommetastase

Dit werk beschrijft een protocol voor het modulaire Tol2-transgenesesysteem, een gateway-gebaseerde kloonmethode om transgene constructies in zebravisembryo's te creëren en te injecteren.

Het Zebrafish Tol2-systeem: een modulaire en flexibele gateway-gebaseerde transgenesebenadering

We beschrijven een protocol voor xenotransplantatie in de dooier van transparante zebravisembryo's dat wordt geoptimaliseerd door een eenvoudige, snelle stadiëringsmethode. Analyses na injectie omvatten overleving en het beoordelen van de ziektelast van xenogetransplanteerde cellen door middel van flowcytometrie.

Een eenvoudige, snelle en effectieve methode voor tumor xenotransplantatie analyse in transparante zebravis embryo's

Leer mozaïek transgene zebravistechnieken voor functionele genomische analyse van oncogeen-samenwerking in neuroblastoma. Deze methode versnelt kankeronderzoek met Danio rerio modellen.

Mozaïek zebravis Transgenese voor Functioneel genomische analyse van de kandidaat-coöperatieve genen in Tumor Pathogenese

Meer video's verkennen