Name: Een Geoptimaliseerd Verrijking Techniek voor de isolatie van Arthrobacter Bacteriophage Soorten uit Soil Sample Isoleert (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2015-04-09T15:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 24 s
Description: Leer een geoptimaliseerde verrijkingsmethode voor het isoleren van Arthrobacter-bacteriofagen uit bodemmonsters. Dit protocol biedt snelle, reproduceerbare resultaten voor fage-isolatie en -amplificatie.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Financiering voor de ontwikkeling van dit protocol is verstrekt door de Southeastern Pennsylvania Consortium voor het hoger onderwijs en de Cabrini College Science Department. Aanvullende financiering en ondersteuning kwam van Arcadia University en Immaculata University. Wij danken vooral Dr. Karen Snetselaar in het St. Joseph Universiteit voor vriendelijk het nemen van de elektronenmicroscopische beelden van onze geïsoleerde fagen. Aanvullende steun werd verleend door het Howard Hughes Medical Institute Science Education Alliance Fagen Jagers Voortschrijdende Genomics en Evolutionaire Science programma (SEA-fagen).

1. Bereiding van Arthobacter Cellen voor Phage Isolatie <ul><li> Cultuur Arthrobacter sp. KY3901 kolonies uitgestreken op Luria Bertaini (LB) agar plaat geïncubeerd bij 30 ° C gedurende 2-3 dagen. Kies een kolonie en een steriele lus toe te voegen aan 250 ml LB-bouillon in een baffled cultuur kolf en geïncubeerd in een incubator schudden bij 225 rpm bij 30 ° C. </li><li> Laat ongeveer 24 uur van de groei van de laat-exponentiële / vroeg-stationaire cellen voor faaginfectie experimenten te verkrijgen. Toezicht houden op de toestand van de bacteriële groei nauw aan cellen voorkomen dat het midden tot de late stationaire groei staat. OPMERKING: Celgroei moet bestaan ​​uit een optische dichtheid OD 600 van 0,5-.0.7 de faag isolatie- en zuiveringswerkwijzen / stappen hieronder beschreven. </li></ul> 2. Het verzamelen van Fagen van bodemmonsters <ol><li> Verzamel 200-400 g grond van gewenste locatie. Let op: Omdat de bacteriën in de Arthrobacter geslacht zijn gemeenschappelijke bodembacteriën zij en de fagen die hen infecteren kan worden gevonden in en zijn alomtegenwoordig in de meeste grondsoorten. </li><li> Voeg minstens 400 ml faag buffer (PB) [68 mM NaCl, 10 mM MgSO4, 10 mM Tris-CL (pH 7,5)] om de bodem en meng in een voldoende grote kolf zodat ten minste 200 ml PB is in het supernatant en kan worden geëxtraheerd. </li><li> Meng door zachtjes te roeren of zwenken totdat de bodem is opgehangen en laat de bodem neerslag bezinken, meestal 30 min. </li><li> Voorbij de &quot;bodem extract&quot; door filtreerpapier door de zwaartekracht filtratie om bodemsedimenten vuil te verwijderen. </li><li> Voeg LB poeder en meng tot een oplossing van 2% (4 g LB poeder in 200 ml grond extract) te maken. </li><li> Laat de oplossing door een filter van 0,22 pm door vacuümfiltratie om een ​​steriele filtraat te verkrijgen. Indien mogelijk, verder op om onmiddellijk stap 2.7. Indien nodig, opslag gefilterd monsters bij 4 ° C gedurende maximaal een week voor procedure echter het aantal levensvatbare faagdeeltjesworden verminderd. </li><li> Portie meerdere porties van 50 ml de filter gesteriliseerde LB / bodem extract mengsel in de individuele 250 ml gesteriliseerd schudden verbijsterd kweekflessen behulp van aseptische technieken. Voeg steriele 2,0 M CaCl2-oplossing om de uiteindelijke gewenste concentraties (0-50 mM) aangezien verschillende Arthrobacter fagen groeien optimaal onder verschillende CaCl2 voorwaarden. OPMERKING: We zien dat de meerderheid van de Arthrobacter fagen die door ons zijn binnen het bereik van 1 mM-2,5 mM CaCl2. Echter, een aantal van de geïsoleerde fagen groeide door ons exclusief op 0 mM CaCl2 .of bij zeer hoge CaCl2 concentraties. Ga onmiddellijk naar stap 3.1. </li></ol> 3. Fagen Isolatie <ol><li> Voeg 1 tot 2,5 ml late exponentiële / vroege stationaire fase bacteriekweek aan elk van de kolven. Voor een OD 600 0,5-0,7, gebruik 1 ml van de cellen. Voor een OD 600 lager dan een OD van 0,7 gebruiken 2.5 mlcellen. OPMERKING: Cellen in exponentiële groeifase leveren doorgaans meer fagen en hogere titers dan cellen in stationaire groeifase. </li><li> Schudflessen bij 250 rpm bij 30 ° C gedurende ongeveer 24 uur in een schudincubator. </li><li> Na een 24 uur incubatietijd verwijderen verrijking flesjes uit de schudincubator en verdun de verrijking monsters tienvoudige in faag buffer. </li><li> Stel cultuur buizen met 0,5 ml van laat-exponentiële / vroege stationaire fase bacteriekweek en voeg verschillende hoeveelheden verrijking kweek (5 ui tot 500 ui van een 10 -1 verdunning in PB) aan de kweek buizen. OPMERKING: Het is raadzaam om een ​​breed scala van concentraties te testen, aangezien elk grondmonster genereert verschillende faagtiters na verrijking. </li><li> Voeg CaCl2 cultuur buizen tot een uiteindelijke concentratie van de aanwezige concentratie in het oorspronkelijke verrijking kolf maken. Gebruik een reeks verschillende CaCl2 concentraties selecteren voor vele fagen wi variërende CaCl2 afhankelijkheden. LET OP: De meeste fagen wordt geïsoleerd binnen de CaCl2 scala van 1-2,5 mM maar er zijn fagen geïsoleerd meest optimaal overal 0-50 mM CaCl2 concentraties. Hierdoor is het het beste om een reeks van CaCl2 concentraties controleren om het aantal unieke geïsoleerde fagen Arthrobacter maximaliseren. </li><li> Meng 4,5 ml LB top agar in de cultuur buis en giet het mengsel op een LB agar plaat. Roer voorzichtig te verspreiden over de plaat gelijkmatig en zorgen voor top agar stollen voor ongeveer 15 min. OPMERKING: topagar kunnen worden bereid in grote series (250 ml) en extra topagar kunnen worden bewaard bij kamertemperatuur en opnieuw gebruikt voor daaropvolgende experimenten minstens twee weken. Hoewel er verschillende formules gebruikt om de top agar, maken we top afstrijken met 7 g / L van agar gemengd met LB. Plaats top agar in een 60 ° C waterbad voor het vloeibare toestand behouden in de loop van een experiment. </li><li> Omkeren tHij plaat en incubeer bij de gewenste temperatuur (temperatuur 30 ° C) O / N tot 48 uur. Variëren deze voorwaarden te optimaliseren voor de huidige fagen. De meeste fagen geïsoleerd vandaan platen geïncubeerd bij 30 ° C bij 1-2,5 mM CaCl2-concentratie na 24 uur incubatie periode. </li></ol> 4. Fagen Zuivering <ol><li> Na 24 uur incubatie cheque voor de vorming van tandplak op platen. Verder incubatie tot 72 uur indien geen plaques zijn evident of om te bepalen of aanvullende plaques verschijnen. Indien nodig, opslag platen met vermeende plaques voor tot een week bij 4 ° C alvorens verder te gaan. LET OP: Het is niet ongewoon om een ​​verscheidenheid van verschillende plaque morfologie vinden op een bord. Het vinden plaques na 3 dagen incubatie mogelijk maar zeldzaam. </li><li> Zuiveren gewenste fagen uit duidelijk geïsoleerd plaques met behulp van de streak plaque methode. Raak een plaquette met een steriele houten stok. Streak de plaque door het uitvoeren van een houten stok door een vlam, allowinG de stok kort afkoelen en vervolgens wrijven de stok op de agar plaat in de zachte beweging zoals weergegeven in figuur 1. Herhaal deze met een schone stick voor elke doorgang. </li><li> U kunt ook gebruik maken van de traditionele plaque titer test om individuele faagplaques isoleren. De plaque assay titer vereist het gebruik van reagentia zoals LB agar en LB top agar en materialen zoals petrischalen voor faag plaque isolatie. We zijn zeer succesvol verlopen met behulp van de streak plaque methode, maar het is technisch eenvoudiger om individuele plaques met behulp van de plaque titer test te isoleren. </li><li> Zodra de LB agar plaat minstens driemaal strepen, markeer het gebied met de laagste concentratie van putatieve faagdeeltjes en voorzichtig 0,5 ml Arthrobacter en 4.5 ml van gesmolten LB top agar (die dezelfde concentratie van calciumchloride als het werkstukoppervlak ) en laat het gelijkmatig over de plaat gespreid. </li><li> Omkeren en incubeer plaat O / N. Herhaal de streak plaquetechniek minstens drie iteraties te zorgen voor een soort zuivere faag wordt geïsoleerd. WINKEL platen bij 4 ° C gedurende maximaal een week nodig tussen stroken zonder significant verlies van levensvatbaarheid faag. </li><li> Zodra de gewenste plaques zijn geteeld en op de laatste streak plaat geïsoleerd, raakt een goed geïsoleerd plaquette met een micropipet tip en opnieuw op te schorten in 100 ul PB. Serieel verdunnen deze 10 0 oplossing uit naar de 10 -8 verdunning door het passeren van 20 ul van het monster in 180 ul van verse PB. </li><li> Voeg 10 ul van elke verdunning tot 0,5 ml gekweekt Arthrobacter in een kweekbuis 5 tot 10 minuten bij kamertemperatuur en de plaat door het mengen van de geïnfecteerde bacteriën met 4,5 ml van gesmolten LB top agar die dezelfde concentratie van CaCl 2 gebruikt om de faag te isoleren van de oorspronkelijke bodemmonster. Bewaar alle verdunningen gemaakt bij 4 ° C tot de volgende dag. </li><li> Bepaal de faag seriële verdunning nodig om een ​​web patroon met behulp van de traditionele plaque titer zo makenzeg eens. Het doel van de plaque assay titer is de faag titer nodig om een ​​web patroon plaat verkrijgen bepalen. Identificeer een web patroon plaat als grotendeels verstoken van bacteriën maar die resten van bacteriën die nog niet gelyseerd door fagen. Voeg 5 ml van de laat-exponentiële / vroeg-stationaire Arthro- cultuur tot een steriele 50 ml kolf. <ol><li> Voeg 100 ul van de verdunning (dat gaf Webpatroon de Arthrobacter cultuur) in cultuur kolf en laat de fagen om de bacteriën infecteren gedurende 5 tot 10 min bij kamertemperatuur. Meng met gesmolten LB top agar die dezelfde concentratie van CaCl 2 zoals gebruikt aanvankelijk identificeren faag en plaat 5 ml van dit mengsel op 10 vers LB-platen. Laten stollen en incubeer omgekeerde platen bij 30 ° C. </li></ol></li><li> De volgende dag, overstromen Webpatroon platen met 5 ml PB en opslaan O / N bij 4 ° C of 4 uur bij KT. </li><li> Filter de faaglysaat door een 0,22 pm spuitfilteren bewaar bij 4 ° C. Met deze laatste faagvoorraad aanvullende experimenten zoals elektronen microscopie foto van faagdeeltjes faag genomisch DNA isolatie van DNA restrictie-enzymanalyse en genomische sequencing met behulp van standaardprocedures. Voor de lange termijn opslag van de faag voorraad, voeg een gelijke hoeveelheid van de faaglysaat om steriele glycerol in kleine flesjes voor voorraad archivering bij -80 ° C. OPMERKING: Voor degenen die niet ervaren met deze faag technieken, een geweldige bron is de online toegankelijk www.phagesdb.org website. </li></ol>

<ol><li>Shapir, N., Mongodin, E. F., Sadowsky, M. J., Daugherty, S. C., Nelson, K. E., Wackett, L. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolution+of+Catabolic+Pathways%3A+Genomic+Insights+into+Microbial+s-Triazine+Metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Evolution of Catabolic Pathways: Genomic Insights into Microbial s-Triazine Metabolism.</a> J Bacteriol. 189 (3), 674-682 (2007).</li>
<li>Qingyan, L., Ying, L., Xikun, Z., Baoli, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+Characterization+of+Atrazine+Degrading+Arthrobacter+sp.+AD26+and+Use+of+this+Strain+in+Bioremediation+of+Contaminated+Soil%5BTitle%5D)+AND+%22J+Environ+Sci%22%5BJournal%5D)">Isolation and Characterization of Atrazine Degrading Arthrobacter sp. AD26 and Use of this Strain in Bioremediation of Contaminated Soil.</a> J Environ Sci. 20, 1226-1230 (2008).</li>
<li>Wang, J., Zhu, L., Liu, A., Ma, T., Wang, Q., Xie, H., Wang, J., Jiang, T., Zhao, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+characterization+of+an+Arthrobacter+sp.+Strain+HB-5+that+Transforms+Atrazine%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Geochem+Hlth%22%5BJournal%5D)">Isolation and characterization of an Arthrobacter sp. Strain HB-5 that Transforms Atrazine.</a> Environ Geochem Hlth. 33, 259-266 (2011).</li>
<li>Mages, I. S., Frodl, R., Bernard, K. A., Funke, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identities+of+Arthrobacter+spp.+And+Arthrobacter-Like+Bacteria+Encountered+in+Human+Clinical+Specimens%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Identities of Arthrobacter spp. And Arthrobacter-Like Bacteria Encountered in Human Clinical Specimens.</a> J Clin Microbiol. 46 (9), 2980-2986 (2008).</li>
<li>Brown, D. R., Holt, J. G., Pattee, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+Characterization+of+Arthrobacter+Bacteriophages+and+Their+Application+to+Phage+Typing+of+Soil+Arthrobacters%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Isolation and Characterization of Arthrobacter Bacteriophages and Their Application to Phage Typing of Soil Arthrobacters.</a> Appl Environ Microbiol. 35 (1), 185-191 (1978).</li>
<li>Petrovski, S., Seviour, R. J., Tillett, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prevention+of+Gordonia+and+Nocardia+Stabilized+Foam+Formation+by+Using+Bacteriophage+GTE7%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Prevention of Gordonia and Nocardia Stabilized Foam Formation by Using Bacteriophage GTE7.</a> Appl Environ Microbiol. 77 (21), 7864-7867 (2011).</li>
<li>Le Marrec, C., Moreau, S., Loury, S., Blanco, C., Trautwetter, a <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+Characterization+of+Site-specific+Integration+Functions+of+phi+AAU2+infecting+%E2%80%9CArthrobacter+aureus%E2%80%9D+C70%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">Genetic Characterization of Site-specific Integration Functions of phi AAU2 infecting “Arthrobacter aureus” C70.</a> J Bacteriology. 178 (7), 1996-2004 (1996).</li>
<li>Casida, L. E., Liu, K. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Arthrobacter+globiformis+and+Its+Bacteriophage+in+Soil%5BTitle%5D)+AND+%22J+Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Arthrobacter globiformis and Its Bacteriophage in Soil.</a> J Appl Microbiol. 28 (6), 951-959 (1974).</li>
<li>Einck, K. H., Pattee, P. A., Holt, J. G., Hagedorn, C., Miller, J. A., Berryhill, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+Characterization+of+a+Bacteriophage+of+Arthrobacter+globiformis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">Isolation and Characterization of a Bacteriophage of Arthrobacter globiformis.</a> J Virol. 12 (5), 1031-1033 (1973).</li>
<li>Twest, R., Kropinski, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacteriophage+Enrichment+from+Soil+and+Water%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Bio%22%5BJournal%5D)">Bacteriophage Enrichment from Soil and Water.</a> Methods Mol Bio. 501, 15-21 (2009).</li>
<li>Fullner, K. J., Hatfull, G. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mycobacteriophage+L5+Infection+of+Mycobacterium+bovis+BCG%3A+Implications+for+Phage+Genetics+in+the+Slow-growing+Mycobacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Mycobacteriophage L5 Infection of Mycobacterium bovis BCG: Implications for Phage Genetics in the Slow-growing Mycobacteria.</a> Mol Microbiol. 26 (4), 755-766 (1997).</li>
<li>Robb, S. M., Woods, D. R., Robb, F. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phage+Growth+Characteristics+on+Stationary+Phase+Achromobacter+cells%5BTitle%5D)+AND+%22J+Gen+Virol%22%5BJournal%5D)">Phage Growth Characteristics on Stationary Phase Achromobacter cells.</a> J Gen Virol. 41 (2), 265-272 (1978).</li>
<li>Bolger-Munro, M., Cheung, K., Fang, A., Wang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((T4+Bacteriophage+Average+Burst+Size+Varies+with+Escherichia+coli+B23+Cell+Culture+Age%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Experimental+Microbiology+and+Immunology%22%5BJournal%5D)">T4 Bacteriophage Average Burst Size Varies with Escherichia coli B23 Cell Culture Age.</a> Journal of Experimental Microbiology and Immunology. 17, 115-119 (2013).</li>
<li>MacWilliams, M. P., Liao, M. K. Luria Broth (LB) and Luria Agar, Media and Their Uses Protocol. ASM MicrobeLibrary. , Available from:
 
 <a target="_blank" href="http://www.microbelibrary.org/library/laboratory-test/3020-luria-broth-lb-and-luria-agar-la-media-and-their-uses-escherichia-coli">http://www.microbelibrary.org/library/laboratory-test/3020-luria-broth-lb-and-luria-agar-la-media-and-their-uses-escherichia-coli</a> (2013).</li>
</ol>

Auteurs verklaren geen concurrerende financiële belangen.

Ondanks vele eerdere pogingen om fagen kunnen infecteren Arthrobacter gastheren isoleren, we hadden weinig succes met behulp van standaard verrijking procedures. De algemene werkwijze van bacteriële verrijking ontwikkeld en aangepast door van Twest en Kropinski 10 fagen verrijken van milieumonsters blijft de basis voor de meeste verrijking procedures. Bewijs uit eerdere studies blijkt dat methoden van directe plating detecteerbaar plaques op stammen van Arthrobacter hebben geproduceerd, zij ...

De alomtegenwoordigheid van Arthrobacter soorten in de bodem omgevingen en biedt een groot aantal en de diversiteit van fagen kunnen worden geïsoleerd van deze soort van gastheer bacteriën. Bacteriële leden van de familie Acintobacteriaceae zijn het meest bekend om hun katabole paden van vernederende recalcitrante verbindingen zoals atrazine en diverse andere pesticiden en herbiciden 1,2,3. Hoewel de meeste onderzoek is gedaan met behulp van het milieu stammen van Arthrobacter, wordt klinische isolaten van deze soort gevonden in bloed, urine, ogen, en vele andere menselijke bronnen die allemaal van fylogenetische heterogeniteit 4. Hoewel er een vrij uitgebreid lichaam van het onderzoek op Arthrobacter bacteriën, slechts een paar studies rapporteren over de fagen kunnen infecteren leden van deze diverse geslacht. Interessant is echter, werk eerder gedaan op Arthrobacter fagen hand gelegd aan een aantal belangrijke verschillende onderwerpen, zoals de typering van de bodem &lt;em&gt; Arthrobacter species 5, industrieel gebruik met het oog op het verminderen van schadelijke schuim in actief slib zuiveringsinstallaties 6, en werk benadrukken locatiespecifieke recombinatie en integrase genen 7. Verschillende verrijkingstechniek protocollen zijn gebruikt voor het genereren zuivere faag isolaten Arthrobacter species. Vroege procedures omvatten incubaties van de bodem met toegevoegde giftige stoffen zoals nicotine zouten voor een periode van meer dan één jaar 8 die aanleiding geven tot fagen staat alleen infecteren A. globiformis. Studies gedaan met behulp van de bodem gepercoleerd met labiele organische bleek detecteerbare fagen te produceren via plaque assay technieken, met weglating van lange incubatietijd 8. Interessant is echter, een techniek lijkt rechtstreeks plateren werd in het verleden gebruikt die tot verschillende fagen terwijl nog steeds een opmerkelijk lage slagingspercentage van de onderzoekers 5, citeren eerdere studies met lage succespercentages <sup&gt; 8. Kortom, de isolatietechnieken die in het verleden waren opmerkelijk voor die weinig werkzaamheid in de praktijk, ondanks het geslacht Arthrobacter die de meest voorkomende aerobe bodem isoleren natuur 4,9, Van Twest en Kropinski 10 verrijking onderhavige werkwijzen voor het isoleren van fagen van water en grond aangepast van eerdere technieken gebruikt om het milieu bacteriële isolaten maar deze verrijking technieken verrijken inefficiënt gebleken in het isoleren van Arthrobacter fagen. Het doel van de hier beschreven werkwijze verlangde &quot;proof of concept&quot; dat de vroege verrijking werkwijzen kunnen worden aangepast om consistent en effectief te isoleren Arthrobacter fagen overwinnen voorafgaande technische uitdagingen van fagen isoleren van deze bacteriële genus.

<table><tbody><tr><td>LB Broth poeder</td><td>Fisher</td><td>BP9722-2</td><td>Het is het beste om deze in bulk te bestellen.</td></tr><tr><td>Gegranuleerde Agar</td><td>Fisher</td><td>BP1423-2</td><td>Het is het beste om deze in bulk te bestellen.</td></tr><tr><td>0,22 um spuitfilters</td><td>Fisher</td><td>09-719A</td><td></td></tr><tr><td>0,22 um Büchner filters</td><td>Fisher</td><td>430320</td><td>Meer dan 50 ml vloeistof kan worden verkregen door voorzichtig de ontvangstbuis te verwisselen.</td></tr><tr><td>Eppendorf buisjes</td><td>Fisher</td><td>05-408-129</td><td></td></tr><tr><td>5 ml pipetten individueel</td><td>Fisher</td><td>13-678-11D</td><td></td></tr><tr><td>50 ml conische buizen</td><td>Fisher</td><td>76002844</td><td></td></tr><tr><td>15 ml conische buizen</td><td>Fisher</td><td>76002845</td><td></td></tr><tr><td>10 ml pipetten individueel</td><td>Fisher</td><td>13-676-10J</td><td></td></tr><tr><td>25 ml pipetten individueel</td><td>Fisher</td><td>13-676-10K</td><td></td></tr><tr><td>Whatman kwalitatief filterpapier</td><td>Fisher</td><td>1001-824</td><td></td></tr></tbody></table>

een geoptimaliseerd verrijking techniek voor de isolatie van<em&gt; arthrobacter</em&gt; bacteriophage soorten uit soil sample isoleert

An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates

De isolatie van bacteriofagen uit milieumonsters wordt al tientallen jaren uitgevoerd volgens principes die zijn vastgesteld door pioniers op het gebied van microbiologie. De isolatie van fagen die Arthrobacter-gastheercellen infecteren, is beperkt geweest, misschien vanwege de lage succesgraad van veel eerdere isolatietechnieken, wat heeft geleid tot een ondervertegenwoordigde groep van Arthrobacter-fagen die beschikbaar zijn voor onderzoek. De hier beschreven verrijkingstechniek gebruikt, in tegenstelling tot vele andere, een gefilterd extract vrij van besmettelijke bacteriën als basis voor de groei van indicatorbacteriën, specifiek Arthrobactersp. KY3901. Door eerst de bodembacteriën te verwijderen, worden de doelfaggen niet gehinderd door concurrentie met inheemse bodembacteriën die aanwezig zijn in de oorspronkelijke bodemmonsters. Deze verrijkingsmethode heeft geresulteerd in tientallen unieke fagen uit verschillende bodemtypes en heeft zelfs verschillende soorten fagen geproduceerd uit hetzelfde verrijkte bodemmonster. Het gebruik van deze procedure kan worden uitgebreid naar de meeste voedselrijke aërobe media voor de isolatie van fagen in een grote diversiteit van interessante gastheerbacteriën.

Om de reproduceerbaarheid van de verbeterde verrijking techniek voor Arthrobacter fagen te tonen, werden 30 verschillende grondmonsters gebruikt op verschillende tijdstippen en locaties tijdens de lente en zomer van 2014. Van deze 30 grondmonsters unieke Arthrobacter fagen werden verkregen uit 22 van verzamelde grondmonsters met behulp van deze verrijking procedure. De standaard verrijkingsprocedure leverde unieke fagen van 3 van dezelfde bodemmonsters. De verrijking monsters kunnen een faag titer hoog...

We presenteren een verrijkingsprotocol voor de isolatie van bacteriofagen die bacteriën in het Arthrobacter geslacht infecteren. Dit verrijkingsprotocol produceert snelle en reproduceerbare resultaten voor de isolatie en amplificatie van Arthrobacter fagen uit bodemisolaties.

Een Geoptimaliseerd Verrijking Techniek voor de isolatie van<em&gt; Arthrobacter</em&gt; Bacteriophage Soorten uit Soil Sample Isoleert

Bacteriophage isolation from environmental samples has been performed for decades using principles set forth by pioneers in microbiology. The isolation of ...

Het algemene doel van deze procedure is om arthrobacter-bacteriofagen uit bodemmonsters te isoleren met behulp van een verrijkingsprotocol. Dit wordt bereikt door eerst bodemmonsters te verzamelen en levensvatbare faagdeeltjes te isoleren van contaminerende bodemmicro-organismen. De tweede stap is het infecteren van gastheer-arthrobacter-bacteriële cellen met de geïsoleerde faagdeeltjes.Vervolgens worden de geïnfecteerde bacteriële cellen op agarplaten uitgeplaat om fagen te identificeren, wat zichtbaar wordt door de vorming van plaques. De laatste stap is het zuiveren van de gewenste fagen uit duidelijk geïsoleerde plaques met behulp van de uitstrijkplaatmethode. Uiteindelijk is deze verrijkingstechniek geoptimaliseerd voor de relatief eenvoudige isolatie van arthrobacter-fagen uit arthrobacter-soort KY 3 9 0 1.Het belangrijkste voordeel van deze techniek ten opzichte van bestaande verrijkingsmethoden is de toevoeging van een fijn gefiltreerd bodemmonster aan een zuivere cultuur van gastheerbacteriën om de groei van concurrerende bacteriën te voorkomen. Hoewel deze methode effectief is gebleken voor de isolatie van arthrobacter-fagen, zou deze ook toepasbaar moeten zijn voor de is

an-optimized-enrichment-technique-for-isolation-arthrobacter

Research

JoVE Journal

Environment

Milieu

Source: Watson, D. C., et.al. Scalable Isolation and Purification of Extracellular Vesicles from Escherichia coli and Other Bacteria. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates the isolation and concentration of extracellular vesicles (EVs) derived from the outer membrane of genetically engineered bacteria. The process involves culturing the bacteria to release EVs, followed by sequential centrifugation and filtration steps to remove cells and debris. Finally, ultrafiltration is used to...

Isolation and Enrichment of Outer Membrane-Derived Extracellular Vesicles from Bacteria

Source: Cross, T., et al., An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates. J. Vis. Exp.(2015)This video demonstrates the preparation of a bacterial culture for bacteriophage production. It covers the steps of inoculating a soil bacterium into a baffled flask, promoting uniform growth through aeration and shaking, and monitoring cell density using optical density measurements. Once the culture reaches the optimal growth phase,...

Preparing a Soil Bacterial Culture for Bacteriophage Infection

Source: Cross, T., et al. An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates. J. Vis. Exp.(2015)This video demonstrates the isolation of bacteriophages from a soil sample. A soil sample is collected and suspended in a phage buffer and allowed to settle the sediment. The extract is filtered, and nutrients are added. A vacuum filtration is done to remove microbial contaminants. The filtrate with phages is aliquoted into flasks, and...

Isolation of Bacteriophages from a Soil Sample

Source: Cross, T., et al. An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates the isolation of Arthrobacter bacteriophages from a soil sample using enrichment and plaque assay techniques. It highlights the infection, amplification, and visualization of phages as clear lysis zones formed on a bacterial lawn.

Isolation of Arthrobacter Bacteriophages from a Soil Sample

Bron: Bou Khalil, J. Y.,et al. A Rapid Strategy for the Isolation of New Faustoviruses from Environmental Samples Using Vermamoeba vermiformis. J. Vis. Exp. (2016)Deze video demonstreert de verrijking van reuzenvirussen uit een watermonster uit het milieu met behulp van amoeben-gebaseerde co-cultuur om daaropvolgende detectie en analyse mogelijk te maken.

Amoebe-gebaseerde verrijking van reuzenvirussen uit een watermonster uit het milieu

We tonen een methode magnetotactic bacteriën (MTB) die kunnen worden toegepast in natuurlijke wateren verzamelen. MTB kunnen worden geïsoleerd en verrijkt door sediment monsters met behulp van een relatief eenvoudige installatie die gebruik maakt van de bacteriën de natuurlijke magnetisme. Geïsoleerde MTB kunnen dan worden in detail onderzocht met behulp van zowel licht-en elektronenmicroscopie.

Collection, Isolatie en Verrijking van natuurlijk voorkomende Magnetotactic Bacteriën van het milieu

Een nieuwe semi-automatische hybride DNA-extractiemethode voor gebruik met monsters uit de biologische pluimveehouderij werd ontwikkeld en vertoonde verbeteringen ten opzichte van een gebruikelijke mechanische en enzymatische extractiemethode in termen van de kwantitatieve en kwalitatieve schattingen van de totale bacteriegemeenschappen.

Een hybride DNA-extractie methode voor de kwalitatieve en kwantitatieve beoordeling van Bacteriële Gemeenschappen van pluimveeproductie Monsters

Entomopathogene schimmelkolonies worden geïsoleerd uit tropische bodemmonsters met tenebrio-aas , Galleria-aas en selectief kunstmatig medium, d.w.z. aardappeldextrose-agar verrijkt met gistextract aangevuld met chlooramfenicol, thiabendazool en cycloheximide (CTC-medium).

Vergelijking van methoden voor het isoleren van entomopathogene schimmels uit bodemmonsters

Hier presenteren we een eenvoudige techniek om antimicrobiële resistentie in het milieu (AMR) te beoordelen door het aandeel extracellulair DNA met een laag moleculair gewicht te verbeteren. Voorafgaande behandeling met 20%-30% PEG en 1,2 M NaCl maakt detectie van zowel genomische als horizontaal overgedragen AMR-genen mogelijk. Het protocol leent zich voor een kit-vrij proces met extra optimalisatie.

Verbeterde extractie van DNA met een laag moleculair gewicht uit afvalwater voor uitgebreide beoordeling van antimicrobiële resistentie 

Hier beschrijven we methoden voor bemonstering uit de eufotische zones van mariene en zoetwaterecosystemen om cyanofagen (en hun gastheren) te isoleren en post-bemonsteringsprocessen die afzonderlijke genotypen verrijken en de dynamiek van virus-gastheerinteractie karakteriseren.

Milieubemonstering van fotosynthetische microben en hun virussen: van veld tot laboratorium

Leer een geoptimaliseerde verrijkingsmethode voor het isoleren van Arthrobacter-bacteriofagen uit bodemmonsters. Dit protocol biedt snelle, reproduceerbare resultaten voor fage-isolatie en -amplificatie.

Een Geoptimaliseerd Verrijking Techniek voor de isolatie van

Meer video's verkennen