Name: Analyse van Yersinia enterocolitica Effector Translocatie in gastheercellen met behulp van beta-lactamase Effector Fusions (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2015-10-13T15:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 23 s
Description: Leer effector-translocatie meten in gastheercellen via het type III secretiesysteem van Yersinia met behulp van beta-lactamase fusies en FRET-microscopie. Deze methode biedt een specifieke en gevoelige tool voor kwantitatieve analyse.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Wij danken Dr. Antonio Virgilio Failla voor het verstrekken van het FRET-acquisitiekwantificeringsalgoritme en Erwin Bohn voor het verstrekken van de pMK-bla en pMK-ova constructies.

1. Peak Emissie en Cross-talk bepalen (zie ook figuur 2) <ol><li> Om de emissiepieken en de hoeveelheid overspraak tussen de donor (coumarine derivaat V450) en acceptor (fluoresceïne) kleurstoffen bepalen, voeren spectrale scan van cellen gemerkt met zowel individuele fluoroforen bij 405 nm excitatie. </li><li> Bepaal een 10 nm bandbreedte de piek van elke kleurstof die wordt gebruikt voor de donor en acceptor kanalen (hier 455-465 nm en 525-535 nm). Plot van de genormaliseerde intensiteit over de golflengte en bereken het gemiddelde percentage van de cross-talk van de donor kleurstof in de acceptor kanaal en vice versa (figuur 2). </li></ol> 2. Bereiding van Y. enterocolitica stammen voor Cultuur van de Cel Infectie <ol><li> Gebruik de volgende stammen: WA-314 PMK-ova (WA-314 getransformeerd met de plasmiden PMK-bla 17 en PMK-ova 17, respectievelijk) en WA-314ΔYopE PMK-bla (WA-314ΔYopE getransformeerd met het plasmide PMK-bla 17) </li><li> Ten minste twee dagen voor de infectie streak Y. enterocolitica stammen WA-314 PMK-eicellen, WA-314 PMK-bla en WA-314ΔE PMK-bla van cryo voorraden op LB-agar platen met de vereiste antibiotica (kanamycine voor WA-314 PMK-bla en WA-314 PMK-eicellen ; kanamycine en tetracycline voor WA-314ΔE PMK-bla) en groeien O / N bij 27 ° C. Daarna houden de platen gedurende één week bij 4 ° C. </li><li> Een dag voor de infectie enten 3 ml LB-medium bevattende de gewenste antibiotica met een kolonie van de respectievelijke stammen en geïncubeerd O / N bij 27 ° C in een schudinrichting bij 180 rpm. </li><li> Op de dag van infectie inoculeren van 2 ml O / N kweek in 40 ml vers LB-medium zonder antibiotica en incubeer gedurende 90 minuten bij 37 ° C in een schudinrichting bij 180 opm om expressie van het type III secretiesysteem induceren. </li><li> Breng de kweken in een geschikte buis houdt de kweken op ijs of bij 4 ° Cvanaf nu. Centrifugeer de kweken gedurende 10 minuten bij 5000 xg en 4 ° C. </li><li> Resuspendeer de bacteriële pellet in 2-3 ml ijskoude PBS. Verdun de bacteriële suspensie tot een concentratie van 8 x 10 8 cfu / ml met behulp van een spectrofotometer. Bepaal de bijbehorende optische densiteit afzonderlijk. Bewaar deze schorsing op ijs tot het infecteren van de HeLa-cellen. </li></ol> 3. Plating HeLa-cellen <ol><li> Een dag voor de infectie zaad 1,5 x 10 4 cellen HeLa-cellen in 200 ul DMEM met 10% hitte geïnactiveerd foetaal kalfsserum (FCS) in putjes van een 96 putjesplaat en cultiveren in een 5% CO2 incubator bij 37 ° C. Seed drie putjes per stam (drie verschillende incubatietijden). </li></ol> 4. Infectie van HeLa-cellen en laden met CCF4 <ol><li> Infect HeLa-cellen door het toevoegen van 3,5 ul van de bacteriële suspensie aan het medium en meng door voorzichtig pipetteren het medium tweemaal. Laat de bacteriën in het sediment opde cellen bij een MOI (rest van infectie) van ongeveer 100 bacteriën per cel. Voor een tijdsverloop beginnen infecties op -90 min, -60 min en -30 min en incubeer bij 37 ° C in een 5% CO2 incubator tot 0 min tot een gemeenschappelijk eindpunt te bereiken. </li><li> Wanneer de incubatie is voltooid, zorgvuldig het medium te zuigen zonder het verwijderen van HeLa-cellen en voeg 50 pl PBS dat 20 ug / ml chlooramfenicol om expressie van effectors en 2,5 mM probenecid stoppen om export CCF4 verminderen. </li><li> Op dat moment dragen de 96-wells plaat in de microscooptafel en definieert geschikte plekken voor latere analyse in elk putje. Eindig deze stap binnen 10 minuten (voor details van de overname zie rubriek 5.1). </li><li> Per putje, voeg 70 pl CCF4 / AM-lading-oplossing (0,24 ul oplossing A, 1,2 pi oplossing B, 18,56 pi oplossing C (oplossing A, B en C die binnen CCF4 / AM loading kit) en 50 gl PBS (bevattende 20 gg / ml chlooramfenicol en 2,5 mM probenecid) een multi pipette en incubeer gedurende 5 min bij RT. Vanaf nu werken zonder onderbrekingen. </li><li> Zuig het laden oplossing en voeg 100 pl PBS dat 20 ug / ml chlooramfenicol en 2,5 mM probenecid een multi pipet. Vervolgens snel overdracht van de 96 goed plaat in de microscoop podium en beginnen overname binnen 10 min van aspiratie van de laad-oplossing. </li></ol> 5. laser scanning microscopie en analyseren van gegevens <ol><li> Beeldacquisitie <ol><li> Stel de beeldvormende omstandigheden in een manier om de totaaltelling foton maximaliseren en minimaliseren fototoxiciteit, fotobleken en cross-excitatie. <ol><li> In een moderne confocale laser scanning microscoop, gebruik dan een 20X hoge numerieke lensopening immersie objectief, opent de detector pinhole tot 2,5 Airy-eenheden (dwz breed optische sectie), kiest u een hoge gevoeligheid GaAsP-detectoren met gelijktijdig actief donor en acceptor kanalen, 8 bit diepte , ~ 750 nm pixelgrootte, 3-voudig kader middeling en Excite met 10% van een 405 nm diodelaser. </li><li> Om correcte kwantificatie stel de detector versterking van beide kanalen dezelfde waarde en alle verzadigde pixels voorkomen. Opmerking: Hier werden de winsten ingesteld op 150%. </li></ol></li><li> Zorg continue onderdompeling door het verspreiden dompelmedium naar de bodem van de putjes, bijvoorbeeld met een injectiespuit 1 ml en opsluiten van luchtbellen te vermijden. </li><li> Activeert het doorgelaten licht en het vinden van een vertegenwoordiger gezichtsveld in elk goed. Gebruik een geijkt automatische fase en markeer de positie in de software. </li><li> Na verwijdering van de plaat voor kleuring (zie paragraaf 4.3), plaatst u de plaat en voeg een gewicht op de top te focale drift te voorkomen. Bekijk de opgeslagen positie met de laser scanning modus en de focus en laterale positie aan te passen goed. </li><li> Stel de tijdspanne tot 2 min, de duur tot 2 uur en beginnen met acquisitie. </li></ol></li><li> Afbeelding kwantificering (voorbeelden worden gegeven voor Bitplane Softwzijn zoals Imaris) <ol><li> Importeer de dataset in software die rekenkundige bewerkingen van pixel matrices mogelijk maakt. Doe dit door te slepen en het bronbestand die zowel de donor en de acceptor-kanaal op de software-icoon. </li><li> Trek de achtergrond in beide kanalen met dezelfde offset. Om dit te doen, klikt u op Menu en vervolgens op Afbeelding&gt; Verwerking&gt; Baseline aftrekken. Selecteer elk kanaal en voer de basislijn waarde. </li><li> Corrigeer de doorbloeding van de donor kanaal (kanaal 1) in de acceptor kanaal (CH2) met de vooraf bepaalde correctiefactor f (zie 1.1), het creëren van een nieuw kanaal: Ch2 &#39;= CH2 - Ch1 * f OPMERKING: Een doorbloeding van de acceptor in de donor kanaal was niet aantoonbaar over het niveau van lawaai. <ol><li> Klik op Menu&gt; Beeldverwerking&gt; Channel Arithmetics en voer abs (CH2- (ch1 * 0,33)). Daarna verwijderen Kanaal 2 door te klikken op Menu&gt; Bewerken&gt; Kanalen Verwijderen. Zorg ervoor dat debloeden-through gecorrigeerd acceptor-kanaal blijft de nieuwe Channel 2. Optioneel: Wijzig het kanaal kleur van grijs naar de oorspronkelijke kleur door te gaan naar Menu&gt; Bewerken&gt; Eigenschappen afbeelding. Selecteer Channel 4&gt; Toegewezen Kleur&gt; Base Kleur en verander het naar bv, groen. </li></ol></li><li> Maak een nieuw kanaal met de volgende bewerking om de relatieve FRET coëfficiënt te bepalen: Ch3 Ch2 = &#39;/ (K1 + Ch2&#39;) <ol><li> Ga naar Menu&gt; Beeldverwerking&gt; Channel Arithmetics en voer ch2 ./ (ch1 + CH2) </li></ol></li><li> Voor een goede visualisatie van de FRET-kanaal in een afbeelding met 8 bits, maakt een vierde kanaal: CH4 = 255 * Ch3 <ol><li> Ga naar Menu&gt; Beeldverwerking&gt; Channel Arithmetics en voer 255 * ch3. Verander het kanaal kleur door te gaan naar Menu&gt; Bewerken&gt; Eigenschappen afbeelding. Selecteer Channel 4&gt; Toegewezen Kleur&gt; Kleur Tabel Bestand&gt; Jet. </li></ol></li><li> Pas een 3x3 mediaan filter om kanalen Ch3 en CH4 that zal de ruis in het beeld te verminderen. Om dit te doen, klikt u op Menu&gt; Beeldverwerking&gt; Smoothing&gt; Median Filter. Selecteer beide kanalen en het toepassen van een filter grootte &quot;3x3x1&quot;. </li><li> Voor kwantificering van cellulaire signalen, detecteert de cellen in Ch4 door juiste instelling van de offset en filteren de structuren grootte te klein structuren uitsluit. <ol><li> Selecteer de Surpass bekijken en klik op het icoon &quot;Voeg nieuwe Surfaces&quot;. Definieer de algoritme parameters in de Surface venster. Voor een snellere verwerking, het activeren van de twee vakjes &quot;Segment slechts een regio van belang&quot; en &quot;Process hele Image eindelijk&quot;. Definiëren de regio van belang door zijn afmetingen te bewerken. </li><li> Selecteer Channel 4 als de bron kanaal en stel de drempel door Thresholding&gt; Achtergrond aftrekken (Local Contrast) en ingesteld met een diameter tot 10 urn. Stel de minimale intensiteit drempel handmatig op 0 en de maximale drempel om de maximale intensiveringty. Filter de structuren per gebied en zet de minimale waarde tot bijvoorbeeld 187 μm². Eindig het oppervlak detectie. </li></ol></li><li> Pak de gemiddelde waarden voor de donor fluorescentie-intensiteit (H1) en relatieve FRET-coëfficiënt (Ch3) en hun standaarddeviaties in de cellulaire entiteit. Om dit te doen, ga dan naar de oppervlakte-eigenschappen. Verander het uiterlijk van de structuren door het selecteren van Surfaces Style / Kwaliteit&gt; Surface. Selecteer alle structuren door te klikken op de tab filters. Verenigen de gedetecteerde structuren door te gaan naar Proces Selection&gt; Unify. Het oppervlak statistieken naar MS Excel exporteren door te klikken op het tabblad statistieken&gt; Exporteer alle statistieken naar bestand. </li><li> Plot van deze waarden in de tijd. Identificeer de 10 minuten interval van de maximale helling van de donor kanaal fluorescentie verhoging voor elke conditie als een redelijke parameter om het bedrag van translocatie effector vertegenwoordigen. Bereken de helling als m = Δ donor fluorescentie-intensiteit / Δ tijd (min). </li></ol></li&gt; </ol>

<ol><li>Galan, J. E., Lara-Tejero, M., Marlovits, T. C., Wagner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+Type+III+Secretion+Systems%3A+Specialized+Nanomachines+for+Protein+Delivery+into+Target+Cells%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Bacterial Type III Secretion Systems: Specialized Nanomachines for Protein Delivery into Target Cells.</a> Annu Rev Microbiol. 68, 415-438 (2014).</li>
<li>Aepfelbacher, M., Trasak, C., Ruckdeschel, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effector+functions+of+pathogenic+Yersinia+species%5BTitle%5D)+AND+%22Thromb+Haemost%22%5BJournal%5D)">Effector functions of pathogenic Yersinia species.</a> Thromb Haemost. 98 (3), 521-529 (2007).</li>
<li>Heesemann, J., Sing, A., Trulzsch, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Yersinia%27s+stratagem%3A+targeting+innate+and+adaptive+immune+defense%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Yersinia's stratagem: targeting innate and adaptive immune defense.</a> Curr Opin Microbiol. 9 (1), 55-61 (2006).</li>
<li>Viboud, G. I., Bliska, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Yersinia+outer+proteins%3A+role+in+modulation+of+host+cell+signaling+responses+and+pathogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Yersinia outer proteins: role in modulation of host cell signaling responses and pathogenesis.</a> Annu Rev Microbiol. 59, 69-89 (2005).</li>
<li>Dewoody, R. S., Merritt, P. M., Marketon, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+the+Yersinia+type+III+secretion+system%3A+traffic+control%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Infect+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Regulation of the Yersinia type III secretion system: traffic control.</a> Front Cell Infect Microbiol. 3, 10-3389 (2013).</li>
<li>Pettersson, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modulation+of+virulence+factor+expression+by+pathogen+target+cell+contact%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Modulation of virulence factor expression by pathogen target cell contact.</a> Science. 273 (5279), 1231-1233 (1996).</li>
<li>Schweer, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+cytotoxic+necrotizing+factor+of+Yersinia+pseudotuberculosis+%28CNFY%29+enhances+inflammation+and+Yop+delivery+during+infection+by+activation+of+Rho+GTPases%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">The cytotoxic necrotizing factor of Yersinia pseudotuberculosis (CNFY) enhances inflammation and Yop delivery during infection by activation of Rho GTPases.</a> PLoS Pathog. 9 (11), e1003746(2013).</li>
<li>Wolters, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cytotoxic+necrotizing+factor-Y+boosts+Yersinia+effector+translocation+by+activating+Rac+protein%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Cytotoxic necrotizing factor-Y boosts Yersinia effector translocation by activating Rac protein.</a> J Biol Chem. 288 (32), 23543-23553 (2013).</li>
<li>Mejia, E., Bliska, J. B., Viboud, G. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Yersinia+controls+type+III+effector+delivery+into+host+cells+by+modulating+Rho+activity%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">Yersinia controls type III effector delivery into host cells by modulating Rho activity.</a> PLoS Pathog. 4 (1), e3(2008).</li>
<li>Aili, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+Yersinia+Yop-effector+delivery+by+translocated+YopE%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Med+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Regulation of Yersinia Yop-effector delivery by translocated YopE.</a> Int J Med Microbiol. 298 (3-4), 183-192 (2008).</li>
<li>Gaus, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Destabilization+of+YopE+by+the+ubiquitin-proteasome+pathway+fine-tunes+Yop+delivery+into+host+cells+and+facilitates+systemic+spread+of+Yersinia+enterocolitica+in+host+lymphoid+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">Destabilization of YopE by the ubiquitin-proteasome pathway fine-tunes Yop delivery into host cells and facilitates systemic spread of Yersinia enterocolitica in host lymphoid tissue.</a> Infect Immun. 79 (3), 1166-1175 (2011).</li>
<li>Nordfelth, R., Wolf-Watz, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((YopB+of+Yersinia+enterocolitica+is+essential+for+YopE+translocation%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">YopB of Yersinia enterocolitica is essential for YopE translocation.</a> Infect Immun. 69 (5), 3516-3518 (2001).</li>
<li>Radics, J., Konigsmaier, L., Marlovits, T. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+of+a+pathogenic+type+3+secretion+system+in+action%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Structure of a pathogenic type 3 secretion system in action.</a> Nat Struct Mol Biol. 21 (1), 82-87 (2014).</li>
<li>Sory, M. P., Cornelis, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Translocation+of+a+hybrid+YopE-adenylate+cyclase+from+Yersinia+enterocolitica+into+HeLa+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Translocation of a hybrid YopE-adenylate cyclase from Yersinia enterocolitica into HeLa cells.</a> Mol Microbiol. 14 (3), 583-594 (1994).</li>
<li>Schlumberger, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+imaging+of+type+III+secretion%3A+Salmonella+SipA+injection+into+host+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Real-time imaging of type III secretion: Salmonella SipA injection into host cells.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 102 (35), 12548-12553 (2005).</li>
<li>Charpentier, X., Oswald, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+the+secretion+and+translocation+domain+of+the+enteropathogenic+and+enterohemorrhagic+Escherichia+coli+effector+Cif%2C+using+TEM-1+beta-lactamase+as+a+new+fluorescence-based+reporter%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Identification of the secretion and translocation domain of the enteropathogenic and enterohemorrhagic Escherichia coli effector Cif, using TEM-1 beta-lactamase as a new fluorescence-based reporter.</a> J Bacteriol. 186 (16), 5486-5495 (2004).</li>
<li>Koberle, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Yersinia+enterocolitica+targets+cells+of+the+innate+and+adaptive+immune+system+by+injection+of+Yops+in+a+mouse+infection+model%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">Yersinia enterocolitica targets cells of the innate and adaptive immune system by injection of Yops in a mouse infection model.</a> PLoS Pathog. 5 (8), e1000551(2009).</li>
<li>Geddes, K., Cruz, F., Heffron, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+cells+targeted+by+Salmonella+type+III+secretion+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">Analysis of cells targeted by Salmonella type III secretion in vivo.</a> PLoS Pathog. 3 (12), e196(2007).</li>
<li>Marketon, M. M., DePaolo, R. W., DeBord, K. L., Jabri, B., Schneewind, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plague+bacteria+target+immune+cells+during+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Plague bacteria target immune cells during infection.</a> Science. 309 (5741), 1739-1741 (2005).</li>
<li>Mills, E., Baruch, K., Aviv, G., Nitzan, M., Rosenshine, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamics+of+the+type+III+secretion+system+activity+of+enteropathogenic+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22MBio%22%5BJournal%5D)">Dynamics of the type III secretion system activity of enteropathogenic Escherichia coli.</a> MBio. 4 (4), (2013).</li>
<li>Mills, E., Baruch, K., Charpentier, X., Kobi, S., Rosenshine, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+analysis+of+effector+translocation+by+the+type+III+secretion+system+of+enteropathogenic+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Host+Microbe%22%5BJournal%5D)">Real-time analysis of effector translocation by the type III secretion system of enteropathogenic Escherichia coli.</a> Cell Host Microbe. 3 (2), 104-113 (2008).</li>
<li>Heesemann, J., Laufs, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Construction+of+a+mobilizable+Yersinia+enterocolitica+virulence+plasmid%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Construction of a mobilizable Yersinia enterocolitica virulence plasmid.</a> J Bacteriol. 155 (2), 761-767 (1983).</li>
<li>Zumbihl, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+cytotoxin+YopT+of+Yersinia+enterocolitica+induces+modification+and+cellular+redistribution+of+the+small+GTP-binding+protein+RhoA%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">The cytotoxin YopT of Yersinia enterocolitica induces modification and cellular redistribution of the small GTP-binding protein RhoA.</a> J Biol Chem. 274 (41), 29289-29293 (1999).</li>
</ol>

De auteurs verklaren dat zij geen concurrerende financiële belangen hebben.

We hier succes toegepast een TEM-1 beta-lactamase reporter gebaseerde test voor de kwantitatieve analyse van effector translocatie door Y. enterocolitica. Vele andere variaties van deze gevoelige, specifieke en relatief eenvoudige techniek zijn beschreven in de literatuur. In deze studie werd laser scanning microscopie uitgevoerd voor de meest gevoelige en nauwkeurige detectie van fluorescentiesignalen. Specifiek de correctie voor overspraak tussen de donor en acceptor kleurstoffen en de individueel instelbare ...

Type III secretie systemen zijn gespecialiseerd eiwit-exportmachines gebruikt door verschillende genera van Gram-negatieve bacteriën bacterieel gecodeerde effector eiwitten rechtstreeks te leveren in eukaryote doelcellen. Terwijl de secretie machinerie zelf is sterk geconserveerd zijn gespecialiseerde reeksen effector eiwitten ontstaan ​​tussen de verschillende bacteriesoorten cellulaire signaalwegen te manipuleren en specifieke bacteriële virulentie strategieën 1 vergemakkelijken. Bij Yersinia, maximaal zeven effector eiwitten, zogenaamde YOPS (Yersinia buitenste eiwitten), translocatie bij gastheercel contact en samenwerken om immuun cel responsen zoals fagocytose en cytokineproductie, namelijk ondermijnen, op extracellulaire overleven van de bacteriën mogelijk 2-4. Het proces van translocatie wordt streng gecontroleerd in verschillende stadia 5. Er is vastgesteld dat de primaire activering van de T3SS wordt geactiveerd door het contact met het doel cell 6. De precieze mechanisme van deze initiatie moet nog worden opgehelderd. In Yersinia een tweede niveau van zogenoemde fine-tuning van translocatie wordt bereikt door omhoog of omlaag reguleren van activiteit van de cellulaire Rho GTP-bindende eiwitten Rac1 of RhoA. Activering van Rac1 bijvoorbeeld door invasine of cytotoxische necrotiserende factor Y (CNF-Y) leidt tot een verhoogde translocatie 7-9, terwijl de GAP (GTPase activerend eiwit) functie van de translocatie YopE down-reguleert Rac1 activiteit en bijgevolg vermindert translocatie door een negatieve feedback soort mechanisme 10,11. Valide en nauwkeurige methoden zijn een voorwaarde om te onderzoeken hoe translocatie tijdens Yersinia gastheercel interactie wordt gereguleerd. Vele verschillende systemen zijn gebruikt voor dit doel, elk met specifieke voordelen en nadelen. Sommige benaderingen afhankelijk lysis van geïnfecteerde cellen maar geen bacteriën door verschillende detergentia, gevolgd door Western blotanalyse. The gemeenschappelijke nadeel van deze methode is dat kleine, maar onvermijdelijke bacteriële lysis mogelijk vervuilt het cellysaat met bacteriën-geassocieerde effector proteïnen. Echter, behandeling van cellen met proteinase K extracellulaire effector eiwitten en het daaropvolgende gebruik van digitonine voor selectieve lysis van de eukaryotische cellen afbreken voorgesteld om dit probleem te 12 minimaliseren. Belangrijk is dat deze assays mate afhangen van hoogwaardige anti-effector antilichamen, die meestal niet in de handel verkrijgbaar. Pogingen om translationele fusies van effector eiwitten en fluorescerende eiwitten gebruiken, zoals GFP translocatie controleren waren niet succesvol waarschijnlijk door de bolvormige tertiaire structuur van het fluorescente eiwitten en het onvermogen van de secretie inrichting om te ontvouwen voor afscheiding 13. Echter, verschillende reporter tags zoals de cya (calmoduline-afhankelijk adenylaatcyclase) domein van de pertussistoxine Bordetella cyclolysin 14 of de Flash-tag werden met succes gebruikt om translocatie te analyseren. In het eerste assay de enzymatische activiteit van cya wordt gebruikt om het signaal van de intracellulaire fusieproteïne amplificeren, terwijl de Flash tag, een korte tetracysteine ​​(4Cys) motief tag, maakt labeling met biarsenical kleurstof Flash zonder het proces van secretie verstoren 15. De hier toegepaste aanpak werd gerapporteerd voor het eerst Charpentier et al. En is gebaseerd op de intracellulaire omzetting van de Förster resonantie energieoverdracht (FRET) kleurstof CCF4 door translocatie effector TEM-1 beta-lactamase fusies 16 (Figuur 1A). CCF4 / AM is een cel-permeant verbinding waarbij een coumarine derivaat (donor) en een fluoresceïne-groep (acceptor) worden verbonden door een cefalosporine kern. Bij passieve binnenkomst in de eukaryote cel, wordt de niet-fluorescerende veresterde CCF4 / AM verbinding verwerkt door cellulaire esterasen tot de geladen en fluorescerende CCF4 en daardoor gevangenbinnen de cel. Excitatie van de cumarine eenheid bij 405 nm resulteert in FRET het fluoresceïne groep, die een groene fluorescentie uitzendt bij 530 nm. Na splitsing van het cefalosporine kern door beta-lactamase FRET wordt verstoord en excitatie van de cumarine eenheid leidt tot blauwe fluorescentie-emissie at460 nm. Verschillende toepassingen van deze werkwijze zijn beschreven in de literatuur benadrukken zijn veelzijdigheid. De werkwijze maakt analyse van translocatie in vitro en in in vivo, bijvoorbeeld, de techniek gebruikt in een muis infectie model om de leukocyt populaties gericht voor translocatie in vivo 17-19 identificeren. Uitlezen van signalen kan worden uitgevoerd met behulp plaatlezers, FACS-analyse of fluorescentiemicroscopie. Opmerkelijk is de werkwijze ook de mogelijkheid om te controleren translocatie in real-time door levende cellen microscopie gedurende het infectieproces 20,21. Hier werd laserscanning fluorescentiemicroscopie aangevraagd readout van fluorescentiesignalen omdat het hoogste gevoeligheid en nauwkeurigheid. Met name de mogelijkheid om het uittreevenster met nanometerprecisie in combinatie met high-detectoren vergemakkelijkt fluorescentiedetectie geoptimaliseerd en minimale overspraak te passen. Daarnaast kan deze microscoop setup worden aangepast voor real-time monitoring van translocatie en mogelijk maakt voor gelijktijdige analyse van gastheer-pathogeen interactie op het cellulaire niveau. In deze studie translocatie tarieven van een Y. enterocolitica wild type stam en een YopE deletiemutant vertonen een hypertranslocator fenotype 10,11 werden voorbeeldig geanalyseerd.

<table><tbody><tr><td>LB-Agar</td><td>Roth</td><td>X969.2</td><td></td></tr><tr><td>LB-Medium</td><td>Roth</td><td>X968.2</td><td></td></tr><tr><td>Dulbecco&rsquo;s Phosphate Buffered Saline</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D86662-500ML</td><td></td></tr><tr><td>96-well plate (black, clear bottom)</td><td>Greiner Bio One</td><td>655087</td><td></td></tr><tr><td>DMEM, high glucose, GlutaMAX Supplement, pyruvate</td><td>Gibco/Life Technologies</td><td>31966-047</td><td></td></tr><tr><td>Probenecid</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P8761-25G</td><td></td></tr><tr><td>LiveBLAzer FRET-B/G Loading Kit with CCF4-AM</td><td>Life Technologies</td><td>K1095</td><td></td></tr><tr><td>Lectin from Triticum vulgaris (wheat) FITC conjugate</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L4895</td><td>Gebruikt voor piek emissie en cross-talk bepaling</td></tr><tr><td>V450 Rat anti-Mouse CD8a</td><td>BD Bioscience</td><td>560469</td><td>Gebruikt voor piek emissie en cross-talk bepaling</td></tr><tr><td>Immersol W onderdompelingsolie&nbsp;</td><td>Zeiss</td><td>444969-0000-000</td><td>Brekingsindex = 1.3339 @ 23 &deg;C</td></tr><tr><td>TCS SP5 II confocal laser scanning microscoop</td><td>Leica microsystems</td><td></td><td>2x GaAsP-Hybrid detecteurs, 4 kanaals spectrometer, acusto optisch beam splitter, gemotoriseerde XY stage, verstelbare pinhole, objectief 20X HC PL APO CS IMM/CORR, 405&#160;nm diodelaser 50&#160;mW</td></tr><tr><td>Imaris 7.6 software</td><td>Bitplane</td><td></td><td>Plugins inbegrepen ImarisXT en MeasurementPro</td></tr><tr><td>MatLab compiler runtime</td><td>MathWorks</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Prism 5</td><td>GraphPad software</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

analyse van<em&gt; yersinia enterocolitica</em&gt; effector translocatie in gastheercellen met behulp van beta-lactamase effector fusions

Analysis of Yersinia enterocolitica Effector Translocation into Host Cells Using Beta-lactamase Effector Fusions

Veel gram-negatieve bacteriën, waaronder pathogene Yersinia spp. Tewerk type III secretie systemen effector eiwitten verplaatsen in eukaryote doelcellen. Binnen de gastheercel de effector eiwitten cellulaire functies te manipuleren ten behoeve van de bacteriën. Om beter inzicht in de controle van het type III secretie tijdens gastheercel interactie, gevoelige en nauwkeurige tests om translocatie te meten zijn vereist. We beschrijven hier de toepassing van een assay op basis van de fusie van een Yersinia enterocolitica effector eiwitfragment (Yersinia buitenste eiwit; YopE). TEM-1 beta-lactamase voor kwantitatieve analyse van translocatie De test berust op de splitsing van een cel permeant FRET dye (CCF4 / AM) door translocatie beta-lactamase fusie. Na splitsing van het cefalosporine kern van CCF4 door de beta-lactamase, FRET van cumarine fluoresceïne wordt verstoord en excitatie van de cumarine eenheid leidt tot blauwe fluorescentie-emissie.Verschillende toepassingen van deze werkwijze zijn beschreven in de literatuur benadrukken zijn veelzijdigheid. De werkwijze maakt analyse van translocatie in vitro en in in vivo, bijvoorbeeld in een muismodel. Detectie van de fluorescentie signalen kan worden uitgevoerd met plaatlezers, FACS-analyse of fluorescentiemicroscopie. In de hier beschreven in vitro translocatie van effector fusies in HeLa-cellen door verschillende Yersinia mutanten opstelling wordt bewaakt door laser scanning microscopie. Opname intracellulaire omzetting van de FRET van de reporter door beta-lactamase fusie effector in real-time werkt krachtig kwantitatieve resultaten. We tonen hier voorbeeldgegevens, waaruit blijkt verhoogde translocatie door Y. enterocolitica YopE mutant in vergelijking met de wild type stam.

Om het vermogen van de beschreven werkwijze demonstreren kwantitatief analyseren effector translocatie in doelcellen, werden twee verschillende stammen Yersinia translocatie kinetiek bestudeerd: Y. enterocolitica wild type stam WA-314 (serogroep O8, herbergt de virulentie plasmide pYVO8 22) en zijn afgeleide WA-314ΔYopE (WA-314 herbergen pYVO8ΔYopE 23). Eerder werk toonde aan dat Y. enterocolitica mutanten ontbreekt functionele YopE vertonen een significant hogere Yop tra...

Effectortranslocatie naar gastcellen via een type III secretiesysteem is een veelvoorkomende virulentiestrategie bij gramnegatieve bacteriën. Een op beta-lactamase gebaseerde effectorfusie-assay voor kwantitatieve analyse van translocatie werd toegepast. In Yersinia geïnfecteerde cellen wordt de conversie van een FRET-reporter door de beta-lactamase gemonitord met behulp van laserscanemicroscopie.

Analyse van<em&gt; Yersinia enterocolitica</em&gt; Effector Translocatie in gastheercellen met behulp van beta-lactamase Effector Fusions

Many gram-negative bacteria including pathogenic Yersinia spp. employ type III secretion systems to translocate effector proteins into eukaryotic target ...

Het algemene doel van het volgende experiment is om de translocatie van effectorproteïnen in gastcellen via het type III-secretiesysteem van Yersinia te meten. Dit wordt bereikt door HeLa-cellen te incuberen met Yersinia-mutanten die effector-TEM-1-betalactamase-fusies tot expressie brengen, om translocatie van effectorfusies in de HeLa-cellen mogelijk te maken. Als tweede stap worden de geïnfecteerde HeLa-cellen geladen met een celpermeante FRET-reporterverbinding, die door cellulaire esterasen wordt verwerkt tot het geladen fluorescerende CCF4 en daardoor in de cel wordt vastgehouden.Vervolgende splitsing van CCF4 door de getransloceerde bèta-lactamase resulteert in de disruptie van het fluorofoor, wat wordt geregistreerd via laser-scanning microscopie om de fluorescentie-intensiteiten van donor en acceptor te analyseren. De resultaten tonen verschillende hoeveelheden van de getransloceerde effector TEM1 bèta-lactamase fusie op basis van de verschillende kinetiek van de stijging in donorfluorescentie. Een van de belangrijkste voordelen van deze techniek ten opzichte van bestaande methoden is dat de intercellulaire verwerking van de CCF4-verbinding een zeer specifieke en gevoelige tool biedt voor het meten van translocatie.De methode kan helpen bij het beantwoorden van kernvragen op het gebied van bacteriële pathogenese, zoals de manier waarop translocatie nauwkeurig wordt afgestemd tijdens de interactie tussen bacteriën en gastheercellen. Inoculeer één dag voor de infectie drie afzonderlijke vials met drie milliliters LB-medium en de vereiste antibiotica met één kolonie van elk van de getransformeerde stammen van Y. enterocolitica, zoals beschreven in het bijbehorende tekstprotocol. Bereid daarnaast de dag voor de infectie plaatjes voor met HeLa-cellen door 15.000 cellen in 200 microliters kweekmedium in negen wells van een 96-wells plaat uit te zaaien; incubeer de cellen op de dag van de infectie in een 5% CO2-incubator bij 37 °C.Inoculeer twee milliliter van de overnight-cultuur in 40 milliliter vers LB-medium zonder antibiotica. Incubeer de bacteriën gedurende 90 minuten bij 37 °C in een schudmachine bij 180 RPM. Dit zal de expressie van het type drie-secretiesysteem induceren; breng de culturen na 90 minuten over naar een nieuwe buis en bewaar de culturen op ijs.Vanaf dit punt worden de culturen 10 minuten gecentrifugeerd bij 5.000 G en vier graden Celsius om de bacteriën te pelletteren. Resuspendeer de pellet vervolgens in twee tot drie milliliter ijskoud PBS, verdun de bacteriesuspensie tot een concentratie van 800 miljoen colony forming units per milliliter en plaats de culturen daarna op ijs.Bepaal vervolgens de overeenkomstige optische dichtheid van elke cultuur. Voeg 3,5 µL van de bacteriële suspensie van elke stam toe aan verschillende putjes van de voorbereide 96-wells plaat en meng door het medium twee keer voorzichtig te pipetteren; laat de bacteriën neerslaan op de cellen bij een infectiegraad van ongeveer 100 bacteriën per cel.Voer een tijdreeks uit door infecties te starten met intervallen van 30 minuten en de cellen in een 5%CO2-kamer bij 37 °C te houden. Na elke infectie, 90 minuten na de eerste infectie, wordt het medium voorzichtig afgezogen zonder de HeLa-cellen te verwijderen. Voeg vervolgens 50 µL PBS toe dat 20 µg/mL chloramphenicol en 2,5 mM pronic bevat.Dit zal de expressie van effectoren stoppen en de export van CCF four verminderen. Voor de voorbereiding van de microscopie dient men continue immersie te waarborgen door met een spuit van één milliliter immersiemedium tot op de bodem van de wells te verspreiden. Voorkom dat er luchtbellen in het immersiemedium ingesloten raken.Plaats vervolgens de 96-wells plaat op de microscooptafel en bepaal in elke well geschikte locaties voor de latere analyse. Rond deze stap binnen 10 minuten af. Voeg daarna 70 µL CF 4:00 AM laadoplossing toe aan elke well.Incubeer de plaat vijf minuten bij kamertemperatuur. Aspireer vervolgens de laadoplossing en voeg 100 µL PBS toe dat 20 µg/mL chloramphenicol en 2,5 mM pronic bevat. Start daarna direct met de microscopie.Plaats een immersie-objectief met een 20-voudige vergroting en een hoge numerieke apertuur en stel het detector-pinhole in op 2,5 airy-units, en plaats vervolgens de 96-wells plaat in de tafel van de confocale laserscanmicroscoop. Kies daarna galliumarsenidefosfaat-detectoren met een hoge gevoeligheid waarbij de donor- en acceptorkanalen gelijktijdig actief zijn. Gebruik een bitdiepte van acht, een drievoudige frame-averaging en exciteer met 10% van een 405 nanometer diodelaser.Om een correcte kwantificatie te garanderen, stelt u de detectorgain van beide kanalen in op dezelfde waarde en voorkomt u verzadigde pixels. Activeer vervolgens het doorgelaten licht en controleer de representatieve gezichtsvelden in elk opnieuw; pas de posities indien nodig goed aan en sla deze opnieuw op met behulp van een gekalibreerde automatische tafel. Stel tot slot de time-lapse in op twee minuten, de duur op twee uur en begin met het acquisiteren van de beelden.Importeer na de beeldacquisitie de dataset in software waarmee rekenkundige berekeningen op pixelmatrices kunnen worden uitgevoerd. Trek de achtergrond in beide kanalen af met dezelfde offset door eerst op het menu te klikken, vervolgens naar beeldbewerking te gaan en baseline-subtractie te selecteren. Selecteer daarna elk kanaal en voer de baseline-waarde in.Corrigeer de bleed-through van het donorchannel (kanaal één) naar het acceptorchannel (kanaal twee) met de vooraf bepaalde correctiefactor, waarbij hiervoor een nieuw kanaal, kanaal twee prime, wordt gemaakt. Klik op het menu en selecteer vervolgens beeldverwerking, gevolgd door kanaalarmethmetiek, en voer de absolute waarde van kanaal twee minus 0,33 keer kanaal één in. Verwijder daarna kanaal twee en zorg ervoor dat het gecorrigeerde acceptorchannel voor bleed-through als het nieuwe kanaal twee behouden blijft.Maak vervolgens een nieuw kanaal aan met de hier getoonde bewerking om de relatieve fret-coëfficiënt te bepalen. Ga daarna terug naar het menu voor kanaalrekenkunde en voer kanaal twee gedeeld door kanaal één plus kanaal twee in voor een juiste visualisatie van het fret-kanaal. Maak bij een 8-bits afbeelding een vierde kanaal, kanaal vier, dat gelijk is aan 255 maal kanaal drie.Wijzig de kleur van het kanaal via het menu met afbeeldings eigenschappen, selecteer kanaal vier, vervolgens 'mapped color', gevolgd door 'color table file', en selecteer 'jet'. Pas daarna een mediaanfilter van drie bij drie toe op kanaal drie en vier. Dit vermindert de ruis in de beelden door het menu voor beeldbewerking te openen en 'smoothing' te selecteren.Pas na een mediaanfilter beide kanalen tegelijkertijd toe met een filtergrootte van drie bij drie bij één voor de kwantificering van cellulaire signalen. Detecteer de cellen in kanaal vier door 'surpass view' te selecteren en op het icoon te klikken. Voeg nieuwe oppervlakken toe.Definieer de parameters van het detectiealgoritme in het oppervlaktevenster en activeer de twee selectievakjes. Segmenteer alleen een regio van belang en verwerk de gehele afbeelding. Definieer vervolgens de regio van belang door de afmetingen ervan te bewerken.Selecteer kanaal vier als het bronkanaal en stel de drempelwaarde in via het drempelwaarde-menu door te kiezen voor achtergrondsubtractie. Stel de diameter in op 10 micrometers, de minimale intensiteitsdrempel handmatig op nul en de maximale drempelwaarde op de maximale intensiteit. Filter de structuren op oppervlakte en stel de minimale waarde in op 187 vierkante micrometers.Voltooi vervolgens de oppervlaktedetectie. Extraheer ten slotte de gemiddelde waarden voor de donorfluorescentie-intensiteit in kanaal één en de relatieve FRET-coëfficiënt in kanaal drie, samen met hun standaarddeviaties in de cellulaire entiteit. Om de mogelijkheid van deze methode om de translocatie van effectoren naar doelcellen kwantitatief te analyseren aan te tonen, werden twee Yersinia-stammen met verschillende translocatiekinetiek bestudeerd met behulp van zowel donorfluorescentie als relatieve FRET-coëfficiënten.De geïnfecteerde wild-type cellen vertonen een toename van de fluorescentie-intensiteit na verloop van tijd. Zoals verwacht is de maximale helling van de fluorescentie-intensiteit positief gecorreleerd met de infectieduur, wat aangeeft dat verschillende concentraties van vertaalde bèta-lactamase kunnen worden onderscheiden in overeenstemming met eerdere studies. Cellen geïnfecteerd met de yersinia YOPE-deletiemutant vertonen een snellere toename van de fluorescentie-intensiteit vergeleken met de wild-type stam.Interessant genoeg leidde het verlengen van de infectie naar 90 minuten niet tot een verdere versnelling van de stijging van de donorfluorescentie in vergelijking met 60 minuten infectie. Bij het uitvoeren van deze procedure is het belangrijk om er rekening mee te houden dat de verwerking van de CCR four-verbinding onmiddellijk na toevoeging begint. Daarom is het cruciaal om tijdig met de beeldacquisitie te starten.

analysis-yersinia-enterocolitica-effector-translocation-into-host

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Immunologie en Infectie

We hebben onlangs melding gemaakt van een nieuwe benadering voor het genereren van fluorogene DNAzyme probes die kan worden toegepast op het opzetten van een eenvoudige, "mix-and-lezen" TL-test voor bacteriële detectie. Deze speciale DNA probes katalyseren de splitsing van een chromofoor gemodificeerde DNA-RNA chimère substraat in aanwezigheid van ruwe extracellulaire mengsel (CEM) door een bepaald bacterie, waardoor vertaling bacteriële detectie in fluorescentiesignaal generatie. In dit...

Detectie van bacteriën met behulp van fluorogene DNAzymes

Dit artikel illustreert het gebruik van puls-chase radio-labeling in combinatie met plaatsspecifiek fotocrosslinking om interacties te monitoren tussen een eiwit van belang en andere factoren in E. coli. In tegenstelling tot traditionele chemische cross-linking methoden, genereert deze aanpak hoge resolutie “momentopnamen” van een geordende assemblageroute in een levende cel.

Monitoring van de Assemblee van een afgescheiden virulentiewerd Factor behulp van Site-specifieke Crosslinking

Enterobacter sp. YSU groeit in glucose minimale zouten medium. Auxotrofen worden gegenereerd door transformatie met een transposome die willekeurig plaatst zichzelf in het gastheergenoom. Mutanten worden gevonden door replica plating van complexe medium tot minimaal medium. Onderbroken genen worden geïdentificeerd door gen-rescue en sequencing.

Generatie Enterobacter Sp. YSU auxotrofen behulp Transposon Mutagenesis

Electroporatie werd gebruikt om gezuiverde bacteriële virulentie-effectoreiwitten direct in levende eukaryote cellen te insereeren. De lokalisatie van eiwitten werd bewaakt door confocale immunofluorescentiemicroscopie. Deze methode maakt studies mogelijk over transport, functie en eiwit-eiwit-interacties met behulp van actieve exogene eiwitten, waardoor de noodzaak voor heterologe expressie in eukaryote cellen wordt vermeden.

Elektroporatie van functionele bacteriële effectoren in zoogdiercellen

De hier beschreven methode wordt gebruikt om de apoptotische signaleringskaskade te induceren in gedefinieerde stappen om de activiteit van een anti-apoptotisch bacterieel effector-eiwit te onderzoeken. Deze methode kan ook worden gebruikt voor inductieve expressie van pro-apoptotische of toxische eiwitten, of voor het onderzoeken van interferentie met andere signaalwegen.

Het toepassen van een induceerbare Expression Systeem om interferentie van bacteriële virulentiefactoren met intracellulaire signalering Studie

Onderzoek naar de interactie tussen bacteriële pathogenen en hun gastheren is een belangrijk gebied van biologisch onderzoek. Hier beschrijven we de noodzakelijke technieken om effector translocatie door Coxiella burnetii tijdens siRNA gene silencing behulp blam substraat te meten.

Aanbrengen Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET) naar Effector Translocatie Efficiency Onderzoek door<em&gt; Coxiella burnetii</em&gt; Tijdens siRNA Silencing

Bacteriële effector eiwitten zijn belangrijk voor het vaststellen succesvolle infecties. Dit protocol beschrijft de experimentele identificatie van proteïne bindingspartners van een bacteriële effector eiwit in zijn natuurlijke plantaardige gastheer. Het identificeren van deze effector interacties via gist-twee-hybride-schermen is uitgegroeid tot een belangrijk instrument in het ontrafelen van de moleculaire pathogeniteit strategieën.

Het ontrafelen van de functie van een bacteriële Effector uit een niet-landbouw Plant Pathogeen Met behulp van een gist two-hybrid screen

Fluorescerende eiwit gebaseerde benaderingen te controleren effectoren uitgescheiden door bacteriën in de cellen van de gastheer zijn uitdagend. Dit is te wijten aan de incompatibiliteit tussen fluorescente proteïnen en het type III secretie systeem. Hier, wordt een geoptimaliseerde split superfolder GFP-systeem gebruikt voor visualisatie van effectoren uitgescheiden door bacteriën in de fabriek van de gastheercel.

Split groen Fluorescent proteïne systeem te visualiseren effectoren verlost van bacteriën tijdens de infectie

Hier presenteren we een protocol voor het gebruik van reeds bestaande antibiotica resistentie-cassette schrapping constructies als basis voor het maken van schrapping mutanten in andere stammen van E. coli . Dergelijke mutaties schrapping kunnen worden gemobiliseerd en ingevoegd in de corresponderende locus van een geadresseerde stam met behulp van P1 bacteriofaag transductie.

Productie van Gene verwijderingen in Escherichia coli door P1 transductie met accijnsplichtige antibioticaresistentie Cassettes

Dit artikel biedt een eenvoudig en duidelijk protocol om Salmonella-uitgescheiden effectoren te labelen met behulp van genetische code-uitbreiding (GCE) site-specifiek en de subcellulaire lokalisatie van uitgescheiden eiwitten in HeLa-cellen in beeld te brengen met behulp van directe stochastische optische reconstructiemicroscopie (dSTORM)...

Superresolutiebeeldvorming van bacteriële uitgescheiden eiwitten met behulp van genetische code-uitbreiding

Leer effector-translocatie meten in gastheercellen via het type III secretiesysteem van Yersinia met behulp van beta-lactamase fusies en FRET-microscopie. Deze methode biedt een specifieke en gevoelige tool voor kwantitatieve analyse.

Analyse van

Meer video's verkennen