Name: Oprichting van een Biorepository op een kliniek (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-05-29T14:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 50 s
Description: Leer hoe u een biorepository voor huidtumoren opzet in een dermatologische kliniek zonder de dagelijkse werkzaamheden te verstoren. Dit protocol maakt het bewaren van weefsel mogelijk voor toekomstig biomarkeronderzoek.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Dit werk werd ondersteund door fondsen van de Midwestern University College of Health Sciences Research Facilitation Grant, toegekend aan EEH, en het Midwestern University Office of Research en Gesponsorde Programma&#39;s Intramural Grant, toegekend aan KJL. Aanvullende ondersteuning is verleend door aangesloten laboratoria en geaffilieerde dermatologie. Wij bedanken Sarah Potekhen, Jamie Barto, Stefani Fawks, Cody Jording, Stacie Schimke, Heather Kissel en Ali Zaidi voor hun technische bijstand.

Alle experimenten op humane weefselmonsters werden goedgekeurd door Western IRB (WIRB Protocol # 20142461). Het enige criterium voor het verzamelen van weefsels voor deze procedures is een biopsie-bewezen diagnose van SCC. Er werden geen uitsluitingskriteria beschreven in het oorspronkelijke IRB-protocol, maar monsters van patiënten met een bekende overdraagbare overdraagbare ziekte werden niet gebruikt. Geïnformeerde toestemming werd verkregen voor het verzamelen van kutane weefsel, bloed en speeksel. Midwestern Institutional Review Board heeft het validatiewerk goedgekeurd met klinische biorepository monsters bij Midwestern University (AZ # 807). 1. Kutane tumorweefselverwerking OPMERKING: Dit wordt uitgevoerd door een Mohs histotechnoloog. <ol><li> Verwerking van Vers Vloeibaar Cellcarcinoom (SCC) Weefsel voor RNA en Explante Cultuur <ol><li> Nadat het weefsel door de Mohs-chirurg is uitgesneden, moet u 10 tot 50 mg (≥ 10 mm 3) oogsten </sup&gt;) Weefselmonster uit het midden van de apicale kant van het weefsel tijdens ontspanning (dat is het proces van het manipuleren van het weefsel om het plat op de glijbaan te kunnen leggen) voor extra verwerking. OPMERKING: Dit is alleen mogelijk als de tumor groot genoeg is om een ​​monster van 10-50 mg (≥10 mm 2 ) te laten verwijderen voordat de histologische beoordeling, die deel uitmaakt van de Mohs-procedure, moet worden verwijderd. Als de tumor niet groot genoeg is om een ​​minimum van 2 mm 3 te laten verwijderen, ga dan niet verder met verwerking voor RNA (stap 5 overslaan). </li><li> Breng het levensvatbare weefsel over aan een gelabelde 1,5 ml buis bevattende kweekmedium (1: 1 mengsel van DMEM: Ham&#39;s F-12, 25 mM HEPES, 100 IE / ml penicilline en 100 ug / ml streptomycine) met behulp van pincetjes en zorg ervoor dat Weefsel is volledig ondergedompeld in het medium. Bewaar deze buis bij 4 ° C voor extra verwerking. </li><li> Gebruik het weefsel voor RNA isolatie en expressie analyse (zie stap 5) en / of het establishmEnt van een explante cultuur (zie stap 6) binnen 24 uur. </li><li> Plaats de rest van het tumormonster dat verwijderd is van de patiënt (stap 1.1.1) op een cryostatweefselhouder (of &quot;chuck&quot;). Bevestig het weefsel in een optimale snijtemperatuur (OCT) verbinding, bevroren het weefsel in de houder, om de voltooiing van Mohs histologie mogelijk te maken en voor de bereiding van extra histologische slides voor experimentele analyse. </li></ol></li><li> Voorbereiding van Histologische Slides <ol><li> Knippen weefselsecties 7 μm dik met behulp van een cryostat en creëer twee (of meer) glijbanen voor elk tumormonster. Zorg ervoor dat elke dia maximaal drie delen van de volledige tumor bevat. OPMERKING: Eén van de twee glijbanen wordt gekleurd met behulp van H &amp; E door de Mohs histotechnoloog, en de extra glijbaan (s) kunnen worden verwerkt met IF, IHC of FISH analyse. </li><li> Plaats de dia&#39;s in aceton gedurende 1-2 s om het weefsel op te lossen. Zet deze dia&#39;s opzij om te drogen. Niet H &amp; EVlek of deksel verwijderen van de dia die gebruikt wordt voor toekomstige immunofluorescentie (IF), immunohistochemie (IHC) of fluorescentie in situ hybridisatie (FISH) analyse, afhankelijk van het experimentele protocol. </li></ol></li><li> Verwerking van Post-Mohs Weefsel <ol><li> Zodra de verwerking van Mohs is voltooid (stappen 1.1-1.2), werk in de cryostatkamer en steek het monster uit het cryo-embedding medium en plaats het weefsel in een gelabelde cryogene buis. </li><li> Plaats de gelabelde flesje in vloeibare stikstof voordat het weefsel ontdooid is. Als monsters worden gebruikt voor eiwit- en / of DNA-analyse, kunnen ze binnen een paar minuten overgebracht worden naar vloeibare stikstof of een -80 ° C vriezer om te worden opgeslagen voor toekomstige eiwituitdrukking en DNA-mutatieanalyse (zie stap 4-5) . OPMERKING: Als intact RNA gewenst is uit het post-Mohs monster, is het essentieel om het monster te bevroren tijdens het verwijderen van het cryo-embedding medium. Als extreme zorg niet uitgeoefend wordt opDeze stap moet het post-Mohs-monster gereserveerd worden voor eiwit- en / of DNA-analyse. </li></ol></li><li> Verwerking van verse ANT <ol><li> Op het moment van de sluiting van Mohs, ontvang ANT van de Mohs-chirurg. </li><li> Verwijder een gelijke of grotere hoeveelheid ANT zoals geoogst uit het SCC-monster (zie hierboven) van de apicale kant van het normale weefsel en overbrengen naar een gemerkt 1,5 ml buis bevattend kweekmedium (1: 1 mengsel van DMEM: Ham&#39;s F- 12 aangevuld met 25 mM HEPES, 100 IE / ml penicilline en 100 ug / ml streptomycine) met behulp van tweezers. </li><li> Dompel het weefsel volledig in hetzelfde kweekmedium en berg deze bij 4 ° C tot volgende verwerking (zie stap 4-6). </li></ol></li></ol> 2. Bloed-, speeksel- en buccale zwabbeverwerking <ol><li> Verkrijg ongeveer 10 ml bloed in de EDTA-collectiebuizen via venipunctuur. </li><li> Breng het bloed van de verzamelbuizen naar een steriele 15- of 50 ml centrifugebuis. Verwijder ongeveer 200 μL in een 1,5 ml cryogene buis, vermijd bellen; Bewaar dit gehele bloedmonster bij -80 ° C, indien nodig voor toekomstige genotyping en weefsel matching. <ol><li> Spin het overblijvende bloed bij 1.000 xg gedurende 30 minuten en volg standaard procedures om de plasmafractie te verzamelen. </li><li> Aliquot het plasma in stappen van 1 ml in 1,5 ml cryogene buizen en bewaar bij -80 ° C voor gebruik tijdens toekomstige vloeibare biopsie analyses. </li></ol></li><li> Gebruik een steriele zwabber om een ​​buccal swab monster te verkrijgen en sla de zwabber in een steriele buis bij kamertemperatuur op. </li><li> Verkrijg indien nodig een speekselmonster en sla bij kamertemperatuur in een steriele buis op. OPMERKING: Deze monsters kunnen indien nodig gebruikt worden voor toekomstige genotyping en weefsel matching. </li></ol> 3. Opnemen van monsters <ol><li> Overdracht informatie van de checklist van patiëntmonsters naar de biorepository database. Inclusief patiëntinformatie en diagNose uit de patiëntenkaart. </li><li> Print labels met een streepjescode voor elk monster en record elk in de database om elk verzameld monster te koppelen met patiëntgegevens. </li><li> Noteer de verdeling van de ontdekte monsters in de biorepository database voordat u de monsters naar het onderzoekslaboratorium overbrengt. </li></ol> 4. Proteïnenisolatie en Western Blot Analysis <ol><li> Plaats elk weefselmonster (SCC en / of ANT) in een injectieflacon met 500 μl cellysisbuffer die proteaseremmers bevat per 100 mg weefsel om het weefsel te lichten. OPMERKING: We gebruikten een radioimmunoprecipitatietest (RIPA) buffer, samengesteld uit 50 mM Tris pH 8,0, 150 mM NaCl, 0,5% natriumdeoxycholaat, 1,0% NP-40 en 0,1% SDS. Andere cellysis buffers kunnen worden gebruikt. </li><li> Homogeniseer de weefsels met behulp van een weefselhomogenisator gedurende 5 minuten in intervallen van 20 s bij 4 ° C. Spin de monsters bij 21.000 xg en 4 ° C gedurende 20 minuten en verzamel het supernatant bevattende eiwit in een frisse tuworden. Spoel het supernatant opnieuw met dezelfde omstandigheden en verzamel het laatste supernatant in een frisse buis. </li><li> Elektroforese 30-50 μg eiwit uit elk monster met behulp van een 4-20% SDS-polyacrylamidegradientgel. Vlek de gel met Coomassie Blue om, indien gewenst, eiwitbanden te visualiseren. </li><li> Als Western blot-analyse van uitgedrukte eiwitten nodig is, overdragen de eiwitten van de gel naar een polyvinylideendifluoride (PVDF) membraan volgens standaardprotocollen. Na overdracht vlek Ponceau het PVDF-membraan om, indien gewenst, eiwitbanden te visualiseren. </li><li> Blokkeer het PVDF membraan en probe om eiwitten van belang te detecteren volgens standaardprotocollen. Gebruik primaire antilichamen die specifiek zijn voor het eiwit (en) van belang, samen met bijbehorende secundaire antilichamen die specifiek zijn voor de primaire antilichamen, bij concentraties die door de fabrikant worden aanbevolen voor Western blot-analyse. </li><li> Laat het gemene membraan bloot met behulp van een chemiluminescerend substraat en beeld het membraan met behulp van een imagiNg-systeem. </li></ol> 5. RNA-isolatie en kwantitatieve polymerase ketenreactie (qPCR) <ol><li> Plaats verse weefselmonsters (SCC en / of ANT) onmiddellijk in een 1,5 ml buis die een RNA-stabiliseringsoplossing bevat en plaats na-Mohs weefselmonsters in een 1,5 ml buis die een bevroren weefselovergangsoplossing bevat, volgens de aanbevelingen van de fabrikant. Zorg ervoor dat het weefsel volledig ondergedompeld is. Bewaar deze monsters bij -80 ° C tot gebruik. </li><li> Verwijder de RNA-monsters van -80 ° C en doei op ijs. Breng het weefsel over naar een nieuwe 1,5 ml buis die 1 ml RNA-extractiebuffer (fenol / guanidine thiocyanaat) per 50-100 mg weefsel bevat. </li><li> Luister de weefsels met een weefselhomogenisator. Voer zes cycli van homogenisatie uit, gevolgd door een periode van monsterkoeling; Elke cyclus bestaat uit 20 s homogenisatie bij 4 ° C en een 40 s koelperiode. Na homogenisatie, incubeer het monster gedurende 5 minuten bij kamertemperatuur. </li><li> Voeg 0,2 toeMl chloroform per 1 ml RNA-extractiebuffer en schud de buis krachtig met de hand gedurende 15 s. Incubeer gedurende 2-3 minuten bij kamertemperatuur. </li><li> Spin de monsters bij 12.000 xg en 4 ° C gedurende 15 minuten. Verwijder de waterfase van het monster en plaats het in een nieuwe 1,5 ml buis. </li><li> Voeg 0,5 ml 100% isopropanol per 1 ml van de RNA-extractiebuffer die in stap 5.2 wordt gebruikt in de waterfase toe en incubeer gedurende 10 minuten bij kamertemperatuur. OPMERKING: als de RNA-opbrengsten naar verwachting laag zijn ( dwz het beginweefselvolume is minder dan 10 mg), kunnen monsters overnacht bij -80 ° C worden neergeslagen. Bovendien kan 5 μg RNase-vrij glycogeen per 500 μl RNA-extractiebuffer worden toegevoegd gedurende de isopropanol-precipitatiestap om RNA-opbrengsten te verbeteren. </li><li> Spin het monster gedurende 10 minuten bij 12.000 xg bij 4 ° C. Verwijder de supernatant en was de pellet met 1 ml 75% ethanol. </li><li> Vortex het monster kort en draai het dan op 7.500 xg en 4 °C gedurende 5 minuten. Gooi de was weg en laat de pellet 5-10 minuten drogen. </li><li> Resuspendeer de RNA-pellet in 20 μl RNase-vrij water. <ol><li> Indien gewenst, zuiver elk RNA-monster met een RNA-opruimingsset volgens de aanbevelingen van de fabrikant. OPMERKING: Kleine RNA&#39;s zullen van het monster verloren gaan als deze stap wordt uitgevoerd. </li></ol></li><li> Elektroforese een 1 μg monster met behulp van een 1,2% formaldehyde-MOPS agarosegel om de kwaliteit van RNA te analyseren. OPMERKING: Analyseer monsters met behulp van een bioanalysator om een ​​RIN nummer 13 te verkrijgen. </li><li> Reverse-transcribe het RNA naar cDNA met behulp van een omgekeerd transcriptie protocol voor qPCR analyse van target mRNAs (of miRNAs) van belang. </li></ol> 6. Weefseluitdagende culturen <ol><li> Steriliseer het uitgesneden weefsel voor de cultuur door het weefsel in 70% ethanol te dompelen. </li><li> Plaats het weefsel op een dia of schotel en voeg voldoende kweekmedium toe (1: 1 mengsel van DMEM: Ham &amp; #39; s F-12 aangevuld met 10% FBS, 25 mM HEPES, 100 IE / ml penicilline en 100 ug / ml streptomycine) om het weefsel te bedekken (om te voorkomen dat het weefsel droogt). Snijd het weefsel zorgvuldig in fragmenten (&lt;1 mm 3 ) met een scalpelblad. </li><li> Breng de weefselfragmenten over op een 35 mm weefselkweekschotel en voeg ongeveer 20 μl foetaal runder serum (FBS) boven op elk fragment toe. </li><li> Laat het gerecht 20-30 minuten open in een kweekkap of tot het bijna droog is. </li><li> Voeg 1 ml kweekmedium (1: 1 mengsel van DMEM: Ham F-12 aangevuld met 10% FBS, 25 mM HEPES, 100 IE / ml penicilline en 100 ug / ml streptomycine) toe aan elk gerecht en incubeer bij 37 ° C C in 5% CO 2 . Subcultuur of subcloneer de culturen indien nodig. </li></ol>

<ol><li>Baker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biorepositories%3A+Building+better+biobanks%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Biorepositories: Building better biobanks.</a> Nature. 486, 141-146 (2012).</li>
<li>Ambrosone, C. B., Nesline, M. K., Davis, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishing+a+cancer+center+data+bank+and+biorepository+for+multidisciplinary+research%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Epidemiol+Biomarkers+Prev%22%5BJournal%5D)">Establishing a cancer center data bank and biorepository for multidisciplinary research.</a> Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 15, 1575-1577 (2006).</li>
<li>Baird, P. M., Gunter, E. W., Vaught, J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26974264">Building a biobank.</a> Biopreserv Biobank. 14, 87-88 (2016).</li>
<li>National Cancer Institute. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://biospecimens.cancer.gov/practices">http://biospecimens.cancer.gov/practices</a> (2016).</li>
<li>Caixeiro, N. J., Lai, K., Lee, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quality+assessment+and+preservation+of+RNA+from+biobank+tissue+specimens%3A+a+systematic+review%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Pathol%22%5BJournal%5D)">Quality assessment and preservation of RNA from biobank tissue specimens: a systematic review.</a> J Clin Pathol. 69, 260-265 (2016).</li>
<li>Campbell, L. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+the+ISBER+best+practices+for+repositories%3A+Collection%2C+storage%2C+retrieval+and+distribution+of+biological+materials+for+research%5BTitle%5D)+AND+%22Biopreserv+Biobank%22%5BJournal%5D)">Development of the ISBER best practices for repositories: Collection, storage, retrieval and distribution of biological materials for research.</a> Biopreserv Biobank. 10, 232-233 (2012).</li>
<li>Neumeister, V. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tools+to+assess+tissue+quality%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Biochem%22%5BJournal%5D)">Tools to assess tissue quality.</a> Clin Biochem. 47, 280-287 (2014).</li>
<li>Vaught, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+NCI+perspective+on+creating+sustainable+biospecimen+resources%5BTitle%5D)+AND+%22J+Natl+Cancer+Inst+Monogr%22%5BJournal%5D)">An NCI perspective on creating sustainable biospecimen resources.</a> J Natl Cancer Inst Monogr. 2011, 1-7 (2011).</li>
<li>Fu, T., Aasi, S. Z., Hollmig, S. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Management+of+high-risk+squamous+cell+carcinoma+of+the+skin%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Treat+Options+Oncol%22%5BJournal%5D)">Management of high-risk squamous cell carcinoma of the skin.</a> Curr Treat Options Oncol. 17, (2016).</li>
<li>Rasmussen, C., Thomas-Virnig, C., Allen-Hoffmann, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Classical+human+epidermal+keratinocyte+cell+culture%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Classical human epidermal keratinocyte cell culture.</a> Methods Mol Biol. 945, 161-175 (2013).</li>
<li>Purdie, K. J., Pourreyron, C., South, A. P. Cancer cell culture: Methods and protocols. , Humana Press. 151-159 (2011).</li>
<li>Berglund, S. R., Schwietert, C. W., Jones, A. A., Stern, R. L., Lehman, J., Goldberg, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+methodology+for+sequential+extraction+of+RNA+and+protein+from+small+human+skin+biopsies%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Optimized methodology for sequential extraction of RNA and protein from small human skin biopsies.</a> J Invest Dermatol. 127, 349-353 (2007).</li>
<li>Schroeder, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+RIN%3A+an+RNA+integrity+number+for+assigning+integrity+values+to+RNA+measurements%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">The RIN: an RNA integrity number for assigning integrity values to RNA measurements.</a> BMC Mol Biol. 7, 1-14 (2006).</li>
<li>Cooper, H. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+and+glycosylation+of+MUC1+in+epidermolysis+bullosa-associated+and+sporadic+cutaneous+squamous+cell+carcinomas%5BTitle%5D)+AND+%22Br+J+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Expression and glycosylation of MUC1 in epidermolysis bullosa-associated and sporadic cutaneous squamous cell carcinomas.</a> Br J Dermatol. 151, 540-545 (2004).</li>
<li>Riihila, P. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complement+factor+H%3A+a+biomarker+for+progression+of+cutaneous+squamous+cell+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Complement factor H: a biomarker for progression of cutaneous squamous cell carcinoma.</a> J Invest Dermatol. 134, 498-506 (2014).</li>
<li>Ha Lan, T. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+of+the+p40+isoform+of+p63+has+high+specificity+for+cutaneous+sarcomatoid+squamous+cell+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cutan+Pathol%22%5BJournal%5D)">Expression of the p40 isoform of p63 has high specificity for cutaneous sarcomatoid squamous cell carcinoma.</a> J Cutan Pathol. 41, 831-838 (2014).</li>
<li>Alomari, A. K., Glusac, E. J., McNiff, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((p40+is+a+more+specific+marker+than+p63+for+cutaneous+poorly+differentiated+squamous+cell+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cutan+Pathol%22%5BJournal%5D)">p40 is a more specific marker than p63 for cutaneous poorly differentiated squamous cell carcinoma.</a> J Cutan Pathol. 41, 839-845 (2014).</li>
<li>Qiao, B., Johnson, N. W., Gao, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epithelial-mesenchymal+transition+in+oral+squamous+cell+carcinoma+triggered+by+transforming+growth+factor-beta1+is+Snail+family-dependent+and+correlates+with+matrix+metalloproteinase-2+and+-9+expressions%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Oncol%22%5BJournal%5D)">Epithelial-mesenchymal transition in oral squamous cell carcinoma triggered by transforming growth factor-beta1 is Snail family-dependent and correlates with matrix metalloproteinase-2 and -9 expressions.</a> Int J Oncol. 37, 663-668 (2010).</li>
<li>Vaught, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developments+in+biospecimen+research%5BTitle%5D)+AND+%22Br+Med+Bull%22%5BJournal%5D)">Developments in biospecimen research.</a> Br Med Bull. 114, 29-38 (2015).</li>
</ol>

De auteurs hebben niets te onthullen.

Naar de kennis van de auteur is dit protocol de eerste in zijn soort dat zich richt op de klinische aanbesteding van cutane weefselmonsters in zowel een kosteneffectieve als snelle aanpak. Patiënten die Mohs-microchirurgie ondergaan, worden meestal gepland tijdens specifieke tijdstippen, en de inzameling is beperkt tot deze perioden. Proefcollectie omvat inspanning van de medische assistent die betrokken is bij patiëntenzorg, de Mohs-histotechnoloog die de tumormonsters verwerkt en een aangewezen laboratoriumpersoneel d...

Kanker- en biomarker onderzoek is gebaseerd op een aanbod van kwaliteit menselijk weefselmonsters, en de beperkte voorraad heeft onderzoek 1 , 2 gehinderd. Veel dermatologische studies zijn beperkt door de ontoereikende toevoer, de variabele kwaliteit en de kosten die verband houden met het gebruik van menselijk weefsel. De kosten voor het opzetten van een grote, toegewijde biobank zijn geschat op ongeveer twee miljoen dollar 3 , en deze kosten maken het gebruik van menselijk weefsel buiten bereik van veel onderzoekers. Bovendien bestaat het proces van het genereren en opslaan van onderzoeksmonsters het risico om klinische operaties te beïnvloeden en de patiëntenzorg te vertragen, indien niet zorgvuldig uitgevoerd. Een kosteneffectieve klinische biorepositorie is opgericht die zich toelegt op huidkankermonsters na aanbeveelde best practices en sample validatie 4 , 5 , 6 . <pClass = &quot;jove_content&quot;&gt; Dit protocol is ontwikkeld in een dermatologie kliniek die een groot aantal Mohs micrographische operaties uitvoert om plaveiselcellencarcinoom (SCC), basale celcarcinoom (BCC) en melanoma huidkanker te verwijderen. Vrijwillige donoren kunnen worden aangeworven uit deze patiëntenpopulatie. Het is belangrijk om de biorepositor op de plaats van verzameling vast te stellen om weefsel en bloed snel van toegestane patiënten vast te stellen zonder behandeling te vertragen. Het verzamelen van monsters uit dezelfde kliniek minimaliseert variaties in inzamelingstechnieken en minimaliseert variaties in de kwaliteit van monsters, wat problematisch kan zijn voor downstream toepassingen 7 , 8 . Het doel van de micrografische chirurgische techniek van Mohs is ervoor te zorgen dat alle kankerweefsels worden verwijderd, terwijl zoveel mogelijk gezond weefsel wordt behouden. De procedure omvat de geleidelijke verwijdering van dunne lagen tumorweefsel. Elke opeenvolgende laag is zijnTologisch onderzocht (na cryosectie van het tumorweefsel en het uitvoeren van H &amp; E-kleuring) door een dermatoloog om te bepalen of al het kankerweefsel is verwijderd. De excisie en het onderzoek van de volgende lagen weefsels wordt uitgevoerd terwijl de patiënt in het kantoor blijft. Deze techniek wordt beschouwd als de beste behandelingsoptie voor SCC 9 . Op dit punt is de wond afgesloten en, om de genezing en cosmetische verschijning te verbeteren, wordt aangrenzend normaal weefsel (ANT) vaak uitgesneden. Zo is deze chirurgische procedure om een ​​tumor te verwijderen ideaal geschikt voor het verzamelen van histologisch gekarakteriseerd weefsel voor toekomstige studies. De aanbestedingsprocedure voor het verkrijgen van tumorweefsel, aangrenzend normaal weefsel, speeksel en bloedmonsters is ontworpen om een ​​minimale invloed op de normale staffuncties te hebben ( Figuur 1 ). Medische assistenten verrichten de bloeddruk tijdens het voorbereiden van de patiënt voor de procedure. Na afloop van de Mohs procedure, de M<html> Ohs histotechnoloog bereidt aanvullende histologische dia&#39;s van het monster op en draagt ​​het weefsel over naar het biorepository. Kosten verbonden aan het opstellen van de biorepository zijn de aankoop van cryopreservation freezers, het creëren van bescheiden klinische laboratoriumruimte en de ontwikkeling van een inventarisatie programma. <img alt="Figuur 1" src="/files/ftp_upload/55583/55583fig1.jpg" /> Figuur 1: Opeenvolging van steekproefverzameling en verantwoordelijke medewerkers. Bij de patiënt inchecken en het bereiken van de toestemming van de patiënt verzamelt de medische assistent een buccale swab en voert hij een bloedtekening uit. De dermatoloog en medische assistent accijnzen dan de tumor en sluiten de wond, gedurende welke tijd SCC en ANT-monsters worden verzameld. Een toegewijde laboratoriumtechnicus verwerkt het bloed en deelt de SCC- en ANT-monsters voor weefselkweek, behoud en toegang tot de biorepository.Ftp_upload / 55583 / 55583fig1large.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; Klik hier om een ​​grotere versie van deze figuur te bekijken. De verscheidenheid van verzamelde monsters zorgt voor een verscheidenheid aan experimentele benaderingen ( Figuur 2 ). Monsters die van de patiënt zijn verzameld zijn buccale swabs (speeksel kan ook worden verzameld indien nodig), heel bloed en uitgesneden weefsel. De buccale swabs en een monster van het gehele bloed worden opgeslagen, zonder verwerking, voor genotyping en weefsel matching. Geheel bloed wordt gescheiden in witte bloedcel (WBC) en plasmafracties voor toekomstige analyses. Na het verwerken van Mohs wordt de bevroren tumor direct in vloeibare stikstof geplaatst en overgebracht naar een -80 ° C vriezer. Vers, levensvatbaar tumorweefsel en ANT-monsters worden gekweekt onder toepassing van modificaties van eerdere technieken 10 , 11 en vervolgens cryopreserveerd. Tijdens het verzamelen wordt het nummer van elk steekproef opgenomen op een spreadsheet voorafgaand aan inschrijving<html> Het inventarisatieprogramma om de nauwkeurige verwerking te vergemakkelijken ( tabel 1 ). <img alt="Figuur 2" src="/files/ftp_upload/55583/55583fig2.jpg" /> Figuur 2: Overzicht van klinische biorepository-inzameling en verwerking van klinieken. Een buccale zwabber en bloedmonster worden verzameld van de patiënt en opgeslagen voor downstream genotyping en weefsel matching. Geheel bloed wordt verder verwerkt voor witte bloedcellen (WBC) isolatie en CTC analyse, evenals voor plasma-insameling en vloeibare biopsie analyse. Weefsel uitgesneden tijdens de Mohs-procedure wordt histologisch verwerkt voor diagnostische doeleinden, waarna de histologische dia&#39;s experimenteel kunnen worden gebruikt voor verdere immunohistochemische analyses. Met dien verstande dat het uitgesneden weefselmonster groot genoeg is, wordt een gedeelte van versweefsel verwijderd en gesneden voor eiwit- en RNA-isolatie en voor de oprichting van gekweekte cellijnen.55583 / 55583fig1large.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; Klik hier om een ​​grotere versie van deze figuur te zien. <table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td> Inzamelingsdatum: </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td> Patiënt 1 </td><td> Patiënt 2 </td><td> Patiënt 3 </td><td> Patiënt 4 </td><td> Patiënt 5 </td></tr><tr><td> Voorletters en Geboortedatum </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Oogkleur </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Sample Type </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Plaats van de steekproef </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Speeksel </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> wGat bloed </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Plasma </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Tumor levensvatbaar </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Weefsel Normaal Leefbaar </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Tumor Mohs Liquid Stikstof </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Weefsel Normaal vloeibaar stikstof </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> slides </td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table> Tabel 1: Checklist om steekproeven te registreren. Gegevens die worden opgespoord en opgenomen met elk verzameld monster, omvatten patiënt initialen, geboortedatum en oogkleur (voor huidtypen), evenals de locatiOp het verwijderen van het monster. Het aantal speekselmonsters, bloedinzamelvolumes en het aantal levende en geconserveerde weefselmonsters verzameld worden ook opgenomen als referenties voor toewijzingen tot latere toepassingen. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55583/Table1.xlsx">Klik hier om dit bestand te downloaden.</a> Om de voorbeeldinzamelingsprocedures te valideren, is elk monstertype getest in downstream toepassingen. Door gebruik te maken van wijzigingen van eerdere technieken 12 , zijn tumor en ANT succesvol gebruikt in eiwit- en RNA-isolatie en kan deze mogelijk worden gebruikt voor DNA-isolatie. Bruikbare planten uit de weefselsecties zijn geëvalueerd door microscopie, terwijl opgeslagen histologische dia&#39;s zijn gebruikt voor immunohistochemie en immunofluorescentie. Door het hier beschreven protocol te volgen is het mogelijk om dit model uit te breiden naar andere dermatologische klinieken, andere tumortypen (zoals melanoom), En andere chirurgische specialiteiten en praktijken om menselijke weefselmonsters te leveren voor veelzijdig onderzoek naar menselijke kanker. Lichte wijzigingen van dit protocol zijn waarschijnlijk nodig voor andere praktijken, maar in principe is dit protocol van toepassing op elke chirurgische praktijk die routinematig de patiëntenmonsters verzamelt die tijdens de patiëntbehandeling zijn verzameld.

<table><tbody><tr><td>BD Vacutainer Plastic Blood Collection Tubes with K3EDTA</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>02-685-2B</td><td></td></tr><tr><td>Electron Microscopy Sciences Double Edge Blades</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>50-949-411</td><td></td></tr><tr><td>Curved Medium Point General Purpose Forceps</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>16-100-110</td><td></td></tr><tr><td>Premium Microcentrifuge Tubes</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-138</td><td></td></tr><tr><td>Lonza Walkersville KGM Keratinocyte Medium</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>NC9791321</td><td></td></tr><tr><td>Electron Microscopy Sciences Tissue TEK OCT Compound</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>50-363-579</td><td></td></tr><tr><td>Leica CM1950 Cryostat</td><td>Leica Biosystems</td><td>14047743909</td><td></td></tr><tr><td>Frosted Microscope Slides</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>12-550-343</td><td></td></tr><tr><td>Shandon Rapid-Chrome H&amp;E Frozen Section Staining Kit</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>99-900-01</td><td></td></tr><tr><td>Nalgene Long-Term Storage Cryogenic Tubes</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>03-337-7X</td><td></td></tr><tr><td>Falcon 15 mL Conical Centrifuge Tubes</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>14-959-53A</td><td></td></tr><tr><td>Boca Scientific BuccalT-Swab&nbsp;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>NC9679349</td><td></td></tr><tr><td>Cell Signaling Technology 10x RIPA Buffer</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>50-195-822</td><td></td></tr><tr><td>Halt Protease and Phosphatase Inhibitor Cocktail</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>PI78443</td><td></td></tr><tr><td>Eppendorf 5424R Microcentrifuge</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-401-203</td><td></td></tr><tr><td>Pellet Morter Cordless Homogenizer</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>12-141-3</td><td></td></tr><tr><td>RNAse Free Pellet Pestle</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>121-141-364</td><td></td></tr><tr><td>Forma SteriCycle CO2 Incubator</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>13-998-089</td><td></td></tr><tr><td>HyClone Fetal Bovine Serum</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>SH30071.02</td><td></td></tr><tr><td>Gibco Advanced DMEM/F-12</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>12-634-028</td><td></td></tr><tr><td>Gibco Penicillin-Streptomycin</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>15140148</td><td></td></tr><tr><td>Gibco 1 M Hepes</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>15-630-130</td><td></td></tr><tr><td>Nunc Cell Culture 35 mm with Vent</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>1256591</td><td></td></tr><tr><td>Anti-CFH monoclonal antibody clone OX-24</td><td>Abnova</td><td>MAB12583</td><td></td></tr><tr><td>Anti-p40 (p63 delta) antibody</td><td>Abnova</td><td>ABX-144A</td><td></td></tr><tr><td>Anti MUC-1 antibody</td><td>Santa Cruz Biotech</td><td>sc-7313</td><td></td></tr><tr><td>Anti-Snail + Slug (phospho S246)</td><td>Abcam</td><td>Ab63568</td><td></td></tr><tr><td>Goat anti-rabbit IgG, Alexa Fluor 488</td><td>Invitrogen</td><td>A-11034</td><td></td></tr><tr><td>Alexa Fluor 568 Phallodin</td><td>Molecular Probes&nbsp;</td><td>A12380</td><td></td></tr><tr><td>ProLong Gold Antifade Mountant with DAPI</td><td>Molecular Probes&nbsp;</td><td>P36941</td><td></td></tr><tr><td>Zeiss Axio Imager Z1 Microscope with Axiocam camera</td><td>Zeiss</td><td>4300009901</td><td></td></tr><tr><td>Olympus IX51 phase contrast with DP72 camera</td><td>Olympus</td><td>IX511F3</td><td></td></tr></tbody></table>

oprichting van een biorepository op een kliniek

Establishment of a Clinic-based Biorepository

De incidentie van huidkanker (bijvoorbeeld plaveiselcarcinoom, basaalcelcarcinoom en melanoom) is de afgelopen jaren toegenomen. Er wordt verwacht dat er sprake is van een parallelle vraag naar cutane tumormonsters voor biomedische onderzoeksstudies. De beschikbaarheid van weefsel is echter beperkt door de kosten van het opstellen van een biorepository en het ontbreken van protocollen die beschikbaar zijn voor het verkrijgen van klinische monsters die de klinische operaties niet interfereren. Er werd een protocol opgezet om kutane tumor en bijbehorende bloed- en speekselmonsters te verzamelen en te verwerken die minimale invloed hebben op routine klinische procedures op de datum van een Mohs-operatie. Tumormonsters worden verzameld en verwerkt van patiënten die hun eerste laag van Mohs-operatie ondergaan voor biopsie-bewezen kutane maligniteiten door de Mohs-histotechnoloog. Aangrenzend normaal weefsel wordt verzameld op het moment van chirurgische sluiting. Extra monsters die kunnen worden verzameld, zijn volledige bloed- en buccale swabs. Door gebruik te maken van weefselmonsters die normaal gesproken worden weggegooid, werd een biorepository gegenereerd die verschillende belangrijke voordelen biedt door in de kliniek versus de laboratoriumomgeving te zijn. Deze omvatten een breed scala van verzamelde monsters; Toegang tot ontdekte patiëntrecords, inclusief pathologieverslagen; En, voor de typische donor, toegang tot aanvullende monsters tijdens follow-upbezoeken.

Tumor en ANT zijn succesvol gebruikt bij het isoleren van eiwitten en getest door Western blotting. Zoals getoond in Figuur 3 kunnen cutane plaveiselcelcarcinoommarkers (Muc114, FHL-115 en p40 16 , 17 ) gedetecteerd worden in patiëntmonsters die zijn verzameld en opgeslagen in onze klinische biorepositor. <img alt="Figuur 3" src="/files/ftp_upload/55583...

Kutane tumoren worden vaak weggegooid na Mohs micrografische chirurgie. Hier wordt een protocol beschreven dat klinisch ondersteunend personeel effectief kan verwerken en opslaan van huidkanker ( bv. Plaveiselcelcarcinoom, basale celcarcinoom en melanoom) monsters voor stroomafwaartse laboratoriumtoepassingen zonder in te grijpen bij klinische operaties.

Oprichting van een Biorepository op een kliniek

The incidence of skin cancer (e.g., squamous cell carcinoma, basal cell carcinoma, and melanoma) has been increasing over the past several years. It is ...

Het algemene doel van dit protocol is om klinisch ondersteunend personeel in een dermatologische praktijk in staat te stellen om cutane tumorstalen effectief te verwerken en te bewaren voor downstream laboratoriumtoepassingen, zonder de routinematige klinische werkzaamheden te verstoren. Dit protocol is ontworpen om medische assistenten en Mohs-histotechnici in staat te stellen cutane tumorstalen te verzamelen en te bewaren voor toekomstige biomedische onderzoeksprojecten, als onderdeel van hun dagelijkse klinische werkzaamheden. Het belangrijkste voordeel van dit protocol is dat weefsels die normaal gesproken worden weggegooid en vernietigd, in plaats daarvan worden verzameld en bewaard voor onderzoek, middels procedures die een minimale impact hebben op de routinematige klinische operaties.De verscheidenheid aan verzamelde monsters maakt correlaties mogelijk tussen eiwit- en RNA-biomarkers in de weefsel- en plasmaproeven en de uitkomstgegevens van patiënten. In principe is dit protocol, na enkele kleine aanpassingen, toepasbaar op elke chirurgische praktijk die routinematig patiëntenmonsters weggooit die tijdens de behandeling van patiënten zijn verzameld. De procedure zal worden gedemonstreerd door Stefani Fawks, een Mohs-histotechnicus, en dr. Mitchell Manway, een onderzoeker in onze praktijk.Gebruik als eerste het weefsel dat is ontvangen van de Mohs-chirurg en snijd met een scalpel een monster van 10 tot 50 milligram uit het centrum van de apicale zijde van het weefsel. Verplaats het levensvatbare weefsel met een pincet naar een gelabelde buis van 1,5 milliliter die vooraf is gevuld met kweekmedium. Zorg ervoor dat het weefsel volledig is ondergedompeld in het medium.Plaats het monster in een koelkast en bewaar het bij vier graden Celsius, gedurende maximaal 24 uur vóór verdere verwerking. Neem ten minste een weefselfragment van 10 kubieke millimeter af van de apicale zijde van het weggesneden weefsel, mits het tumoronderzoek groot genoeg is en deze afname de routinematige Mohs-verwerking niet belemmert. Plaats vervolgens het resterende, onbewerkte tumormonster op een cryostaat-weefselhouder.Bed het weefsel in een optimal cutting temperature compound en vries het in de houder in om histologische coupes voor te bereiden. Snijd het weefsel met een cryostaat in secties van zeven micron dik en breng maximaal drie secties in lagen aan op een objectglas. Fixeer na het snijden het weefsel door de objectglazen één tot twee seconden in aceton te dompelen.Laat de coupes vervolgens aan de lucht drogen. Terwijl het resterende monster in een cryostaatkamer blijft, wordt het weefsel losgemaakt van het cryo-inbeddingsmedium en overgebracht naar een gelabelde cryogene buis. Plaats de gelabelde buis onmiddellijk in vloeibare stikstof.De overdracht van het weefsel naar een cryovial na de Mohs-bewerking moet worden uitgevoerd in de cryostaatkamer bij -20 °C. Indien correct uitgevoerd en het weefsel bevroren blijft, maakt deze stap de succesvolle extractie van RNA uit post-Mohs weefselmonsters mogelijk. Verkrijg vervolgens aangrenzend normaal weefsel van de Mohs-chirurg.Snij een monster uit de apicale zijde van het aangrenzende normale weefsel. Breng vervolgens het uitgesneden monster met een pincet over naar een gelabelde buis van 1,5 milliliter gevuld met kweekmedium. Dompel het weefsel onder in hetzelfde kweekmedium.Plaats het in een geschikte monsterzak en bewaar het bij vier graden Celsius tot de verdere verwerking. Verzamel ongeveer 10 milliliter veneus bloed in met EDTA gecoate afnamebuisjes. Combineer de bloedmonsters in een steriele centrifugebuis van 15 milliliter.Overbreng vervolgens ongeveer 1 mL van het bloedmonster naar een cryogene buis van 1,5 mL, waarbij luchtbellen worden vermeden. Bewaar dit volbloedmonster bij -80 °C tot de daaropvolgende genotypering en weefselmatching. Centrifugeer vervolgens het resterende bloedmonster 30 minuten lang bij 1000 ×g om bloedplasma te verkrijgen.Verzamel na het centrifugeren het plasma en verdeel dit in aliquots van 1 milliliter in cryogene buisjes van 1,5 milliliter. Bewaar de monsters bij minus 80 °C voor gebruik bij toekomstige vloeibare biopsie-analyses. Voer de gegevens van de checklist van patiëntmonsters, samen met de patiëntinformatie en diagnose die uit het patiëntendossier zijn gehaald, in de database van de biorepository in.Registreer tot slot de locatie van de gedeïdentificeerde monsters in de database van de biorepository en verplaats de monsters naar het onderzoekslaboratorium. Breng direct daarna de weefselmonsters over in 1,5 milliliter buisjes, vooraf gevuld met geschikte extractieoplossingen, waarbij u ervoor zorgt dat het weefsel volledig is ondergedompeld. Bewaar de monsters bij minus 80 degrees Celsius tot verdere verwerking.Hier worden representatieve beelden van Western blots getoond van bekende markers voor plaveiselcelcarcinoom, mucine 1, FHL-1 en p40, verkregen uit aangrenzend normaal weefsel en een tumorsteekproef. De kwaliteit van het RNA dat uit de Mohs-monsters werd geïsoleerd, werd eerst beoordeeld middels gelelektroforese, gevolgd door een RNA-integriteitsanalyse. De behaalde RNA Integrity Number-waarden voor de normale en tumorstalen geven aan dat er hoogwaardig en intact RNA is verkregen.De cytometrieprofielen van de banden werden uitgezet als fluorescentie-eenheden tegenover het nucleotidegetal voor representatieve RNA-monsters van tumor- en normaal patiëntweefsel. Een weefselexplantaat van een plaveiselcelcarcinoom werd afgebeeld met fasecontrastmicroscopie en bleek een gemengde kweek van keratinocyten en fibroblasten te zijn, die gesubcultiveerd zou kunnen worden of gebruikt zou kunnen worden voor de toekomstige ontwikkeling van cellijnen. Ten slotte werd in de weefselcoupes van het plaveiselcelcarcinoom een positieve kleuring voor de marker van de epitheliale-mesenchymale transitie aangetoond.Zodra dit protocol onder de knie is, zal de standaard workflow van het klinisch personeel, mits correct uitgevoerd, minder dan 30 minuten in beslag nemen. De meeste stappen worden uitgevoerd door het huidige klinisch personeel nadat de patiëntenzorg is afgerond. Tijdens het uitvoeren van dit protocol is het belangrijk om een nauwkeurige verslaglegging bij te houden, waarbij de monsters worden gekoppeld aan de geschiedenis en de diagnose van de patiënt.Aangezien deze informatie vaak nodig is voor downstream-applicaties, zal deze techniek de weg effenen voor onderzoekers in het veld van de dermatologie voor de ontwikkeling van vloeibare biopsieën en biomarkers bij plaveiselcelcarcinomen en melanomen. Na het bekijken van deze video zou u een goed inzicht hebben in hoe u een kliniekgebaseerde biorepository voor cutaneous cancer-monsters kunt implementeren, gegenereerd als onderdeel van de dagelijkse praktijk.

establishment-of-a-clinic-based-biorepository

Research

JoVE Journal

Medicine

Geneeskunde

We beschrijven een methode om humane enteroïden te kweken uit kleine darmcrypten en colonoïden uit coloncrypten die zijn verzameld uit zowel chirurgisch weefsel als biopsieën. In dit methodologische artikel presenteren we de kweekmodaliteiten die essentieel zijn voor het succesvolle groeien en onderhouden van humane enteroïden en colonoïden.

Oprichting van Human Epithelial Enteroids en Colonoids van Whole Tissue en Biopsie

Deze methode omvat het gebruik van klinische diagnostische gegevens voor patiënten met prostaatkanker om bemonsteringsprocedures te begeleiden, wanneer biobankingen weefsel na radicale prostatectomie. Dit overkomt problemen met eerder gepubliceerde methoden rond efficiëntie en beschikbaarheid van vers weefsel voor een breder scala van downstream toepassingen.

Gebruik van magnetische resonantie beeldvorming en biopsie gegevens te begeleiden bemonstering procedures voor prostaatkanker Biobanking

In het volgende werk beschrijven we de opeenvolgende stappen die nodig zijn voor de oprichting van een grote biobank van colorectale en alvleesklierkanker.

Creatie en onderhoud van een levende biobank - Hoe we het doen

Biobanken zijn cruciale bronnen voor biomedisch onderzoek en de Biobank for Translational and Digital Medicine Unit van het European Institute of Oncology is een model op dit gebied. Hier geven we een gedetailleerde beschrijving van de standaard operationele procedures van biobanken voor het beheer van verschillende soorten menselijke biologische monsters.

Biobank voor translationele geneeskunde: standaard operationele procedures voor optimaal monsterbeheer

Dit protocol beschrijft een methode om het verzamelen van monsters van radicale prostatectomiemonsters te vergemakkelijken. Het doel is om weefselmonsters van de monsters in kaart te brengen, te karakteriseren en micro-macro te ontleden op basis van anatomopathologische criteria voordat ze in een biobank worden opgeslagen.

Verbetering van de betrouwbaarheid van biobanking van prostaattumoren met verbeterde bemonsteringstechniek en histologische karakterisering

Dit protocol presenteert een geïntegreerd biorepository-platform voor de gestandaardiseerde verzameling, annotatie en biobanking van hoogwaardige menselijke waterige humor en glasvochtbiopten voor moleculaire downstream-analyses, waaronder proteomics, metabolomics en glycomics.

Biobanking van menselijke waterige en glasachtige vloeibare biopsieën voor moleculaire analyses

Dit protocol biedt een systematisch kader voor de oprichting van organoïden van eierstokkanker uit verschillende ziektestadia en pakt de uitdagingen van patiëntspecifieke variabiliteit aan om de opbrengst te verhogen en robuuste uitbreiding op lange termijn mogelijk te maken voor volgende toepassingen. Het bevat gedetailleerde stappen voor weefselverwerking, zaaien, het aanpassen van mediavereisten en immunofluorescentiekleuring.

Strategie voor biobanking van organoïden van eierstokkanker: aanpak van de heterogeniteit tussen patiënten tussen histologische subtypes en ziektestadia

Dit artikel presenteert een gedetailleerd protocol voor het verzamelen van borstkankermonsters, ontworpen om hun bruikbaarheid voor biobankieren, gepersonaliseerde geneeskunde en andere onderzoekstoepassingen te optimaliseren. De workflow voor het verzamelen van monsters, inclusief borstbiopsie en borstamputatieprocedures, wordt in detail beschreven, met de nadruk op het minimaliseren van weefselbeschadiging en het maximaliseren van de monsterkwaliteit.

Optimalisatie van borstbiopsie en borstamputatie Monsterafnameprocedures voor biobankieren, gepersonaliseerde geneeskunde en onderzoekstoepassingen

De gevestigde techniek om primaire invasieve orthotoop blaaskanker xenotransplantaten te enten vereist laparotomie en mobilisatie van de blaas. Deze procedure toebrengt significante morbiditeit op de muizen, technisch uitdagend en tijdrovend. Daarom hebben wij een hoge precisie, percutane benadering gebruik te maken van echografie begeleiding.

Minimaal Invasieve Oprichting van Muriene Orthotope Blaas Xenografts

De mogelijkheid om urineweginfecties (UTI) te modelleren is cruciaal om bacteriële pathogenese te begrijpen en de ontwikkeling van nieuwe therapeutische methoden te stimuleren. Het doel van dit werk is om muismodellen van experimentele UTI en katheter-geassocieerde UTI te demonstreren die bevindingen naspelen en voorspellen die bij mensen worden gezien.

Oprichting en karakterisering van UTI en Cauti in een muismodel

Leer hoe u een biorepository voor huidtumoren opzet in een dermatologische kliniek zonder de dagelijkse werkzaamheden te verstoren. Dit protocol maakt het bewaren van weefsel mogelijk voor toekomstig biomarkeronderzoek.

Oprichting van een Biorepository op een kliniek

Meer video's verkennen