Name: Synthese van besmettelijke bacteriofagen in een e-coli -gebaseerd systeem van cel-vrije expressie (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-08-17T15:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 33 s
Description: Leer de synthese van besmettelijke bacteriofagen uit hun genoom met een E. coli-celvrij transcriptie-translatiesysteem. Deze methode onthult moleculaire zelfassemblagemechanismen en biedt een veelzijdig platform voor synthetische biologie-onderzoek.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Dit materiaal is gebaseerd op werk gesteund door het Office of Naval Research award nummer N00014-13-1-0074 (V.N.), het Human Frontier Science Program toekennen nummer RGP0037/2015 (V.N.) en de Binationale Science Foundation toekennen 2014400 (V.N.).

<ol><li>Carlson, E. D., Gan, R., Hodgman, C. E., Jewett, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-free+protein+synthesis%3A+Applications+come+of+age%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnol+Adv%22%5BJournal%5D)">Cell-free protein synthesis: Applications come of age.</a> Biotechnol Adv. , (2011).</li>
<li>Hodgman, C. E., Jewett, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-free+synthetic+biology%3A+Thinking+outside+the+cell%5BTitle%5D)+AND+%22Metab+Eng%22%5BJournal%5D)">Cell-free synthetic biology: Thinking outside the cell.</a> Metab Eng. , (2011).</li>
<li>Caschera, F., Noireaux, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+of+2.3+mg%2FmL+of+protein+with+an+all+Escherichia+coli+cell-free+transcription-translation+system%5BTitle%5D)+AND+%22Biochimie%22%5BJournal%5D)">Synthesis of 2.3 mg/mL of protein with an all Escherichia coli cell-free transcription-translation system.</a> Biochimie. 99, 162-168 (2014).</li>
<li>Shin, J., Noireaux, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+E.+coli+cell-free+expression+toolbox%3A+application+to+synthetic+gene+circuits+and+artificial+cells%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Synth+Biol%22%5BJournal%5D)">An E. coli cell-free expression toolbox: application to synthetic gene circuits and artificial cells.</a> ACS Synth Biol. 1 (1), 29-41 (2012).</li>
<li>Chemla, Y., Ozer, E., Schlesinger, O., Noireaux, V., Alfonta, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetically+expanded+cell-free+protein+synthesis+using+endogenous+pyrrolysyl+orthogonal+translation+system%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnol+Bioeng%22%5BJournal%5D)">Genetically expanded cell-free protein synthesis using endogenous pyrrolysyl orthogonal translation system.</a> Biotechnol Bioeng. , (2015).</li>
<li>Hong, S. H., Kwon, Y. C., Jewett, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Non-standard+amino+acid+incorporation+into+proteins+using+Escherichia+coli+cell-free+protein+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Non-standard amino acid incorporation into proteins using Escherichia coli cell-free protein synthesis.</a> Frontiers in Chemistry. 2, (2014).</li>
<li>Noireaux, V., Bar-Ziv, R., Libchaber, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Principles+of+cell-free+genetic+circuit+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Principles of cell-free genetic circuit assembly.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 100 (22), 12672-12677 (2003).</li>
<li>Sun, Z. Z., Yeung, E., Hayes, C. A., Noireaux, V., Murray, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Linear+DNA+for+Rapid+Prototyping+of+Synthetic+Biological+Circuits+in+an+Escherichia+coli+Based+TX-TL+Cell-Free+System%5BTitle%5D)+AND+%22Acs+Synthetic+Biology%22%5BJournal%5D)">Linear DNA for Rapid Prototyping of Synthetic Biological Circuits in an Escherichia coli Based TX-TL Cell-Free System.</a> Acs Synthetic Biology. 3 (6), 387-397 (2014).</li>
<li>Takahashi, M. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterizing+and+prototyping+genetic+networks+with+cell-free+transcription-translation+reactions%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Characterizing and prototyping genetic networks with cell-free transcription-translation reactions.</a> Methods. , (2015).</li>
<li>Shin, J., Jardine, P., Noireaux, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome+Replication%2C+Synthesis%2C+and+Assembly+of+the+Bacteriophage+T7+in+a+Single+Cell-Free+Reaction%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Synthetic+Biology%22%5BJournal%5D)">Genome Replication, Synthesis, and Assembly of the Bacteriophage T7 in a Single Cell-Free Reaction.</a> ACS Synthetic Biology. 1 (9), 408-413 (2012).</li>
<li>Garamella, J., Marshall, R., Rustad, M., Noireaux, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+All+E.+coli+TX-TL+Toolbox+2.0%3A+A+Platform+for+Cell-Free+Synthetic+Biology%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Synth+Biol%22%5BJournal%5D)">The All E. coli TX-TL Toolbox 2.0: A Platform for Cell-Free Synthetic Biology.</a> ACS Synth Biol. , (2016).</li>
<li>Karzbrun, E., Shin, J., Bar-Ziv, R. H., Noireaux, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coarse-grained+dynamics+of+protein+synthesis+in+a+cell-free+system%5BTitle%5D)+AND+%22Phys+Rev+Lett%22%5BJournal%5D)">Coarse-grained dynamics of protein synthesis in a cell-free system.</a> Phys Rev Lett. 106 (4), 048104(2011).</li>
<li>Daube, S. S., Arad, T., Bar-Ziv, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell-free+co-synthesis+of+protein+nanoassemblies%3A+tubes%2C+rings%2C+and+doughnuts%5BTitle%5D)+AND+%22Nano+Lett%22%5BJournal%5D)">Cell-free co-synthesis of protein nanoassemblies: tubes, rings, and doughnuts.</a> Nano Lett. 7 (3), 638-641 (2007).</li>
<li>Chen, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+immunoblot+assay+reveals+that+bacteriophage+T4+thymidylate+synthase+and+dihydrofolate+reductase+are+not+virion+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">An immunoblot assay reveals that bacteriophage T4 thymidylate synthase and dihydrofolate reductase are not virion proteins.</a> J Virol. 69 (4), 2119-2125 (1995).</li>
<li>Sun, Z. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocols+for+implementing+an+Escherichia+coli+based+TX-TL+cell-free+expression+system+for+synthetic+biology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Protocols for implementing an Escherichia coli based TX-TL cell-free expression system for synthetic biology.</a> J Vis Exp. (79), e50762(2013).</li>
<li>Shin, J. N. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+cell-free+expression+with+the+endogenous+E.+coli+RNA+polymerase+and+sigma+factor+70%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Eng%22%5BJournal%5D)">Efficient cell-free expression with the endogenous E. coli RNA polymerase and sigma factor 70.</a> J Biol Eng. , (2010).</li>
<li>Caschera, F., Noireaux, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparation+of+amino+acid+mixtures+for+cell-free+expression+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">Preparation of amino acid mixtures for cell-free expression systems.</a> Biotechniques. 58 (1), 40-43 (2015).</li>
<li>Minton, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((How+can+biochemical+reactions+within+cells+differ+from+those+in+test+tubes%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Sci%22%5BJournal%5D)">How can biochemical reactions within cells differ from those in test tubes.</a> J Cell Sci. 119, Pt 14 2863-2869 (2006).</li>
<li>Minton, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Implications+of+macromolecular+crowding+for+protein+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Implications of macromolecular crowding for protein assembly.</a> Curr Opin Struct Biol. 10 (1), 34-39 (2000).</li>
<li>Zimmerman, S. B., Minton, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Macromolecular+crowding%3A+biochemical%2C+biophysical%2C+and+physiological+consequences%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Biophys+Biomol+Struct%22%5BJournal%5D)">Macromolecular crowding: biochemical, biophysical, and physiological consequences.</a> Annu Rev Biophys Biomol Struct. 22, 27-65 (1993).</li>
</ol>

De auteurs verklaren de volgende concurrerende financiële interesseren: Noireaux laboratorium ontvangt onderzoeksgelden van MYcroarray, een distributeur van de MYtxtl cel-vrije eiwit expressie kit.

Na de techniek in Chen, et al.. 14 voor SPMC, een cruciale stap is bij het bepalen van de juiste voorwaarden voor superinfectie bereikt. De parameter waarmee een host-stam kunnen weerstaan superinfectie nauwst is vaak de beginconcentratie van de bacteriofaag infecteren. De gastheer cellen moeten in logaritmische groeifase vóór eerste infectie met een zeer kleine hoeveelheid phage. Uiteindelijk, de bacteriofaag logaritmische groei ook zullen bereiken en het doel is dat de nummers van de ba...

In het afgelopen decennium, is de cel-vrije expressie-technologie ontworpen voor adres nieuwe toepassingen in de opkomende multidisciplinair onderzoek gebieden verband houden met synthetische en kwantitatieve biologie. Oorspronkelijk gebruikt om eiwitten onafhankelijk van een levend organisme, zijn nieuwe cel-vrije TXTL systemen ontwikkeld voor zowel fundamentele en toegepaste wetenschappen1,2, aanzienlijk uitbreiding van het toepassingsgebied van deze technologie. De nieuwe generatie van TXTL platforms is ontworpen als gebruikersvriendelijke, efficiënter (bereiken eiwitsynthese in batch mode32 mg/mL), meer veelzijdig op het niveau van transcriptie4en modulaire om gemakkelijk te integreren roman natuurlijke of synthetische functies die de mogelijkheden van de bestaande biologische systemen5,6uitbreiden. In het bijzonder, cel-vrije TXTL systemen geworden handig voor de rapid prototyping van genetische programma's, zoals regelgevende elementen of kleine genetische circuits7,8,9, door het verminderen van de ontwerp-bouw-test Fietsen naar een paar dagen. Opmerkelijk, de nieuwe TXTL systemen zijn ook geschikt voor de verwerking van grote DNA-programma's zoals de complete synthese van coliphages10,11, waaruit blijkt sterk genoeg optredens ter ondersteuning van de reconstitutie van actieve genomic DNA gecodeerd levende wezens.
TXTL systemen presenteren veel technische voordelen ten opzichte van traditionele in vitro constructieve biochemische tests. Het proces van genexpressie verbindt cel-vrije TXTL met het eindproduct in een beperkte en open omgeving, in tegenstelling tot het complexe cytoplasma van een levende cel. TXTL maakt gebruik van DNA te reconstrueren biochemische systemen in vitro, die met de moderne technieken van DNA vergadering, is betaalbaar en snel naast niet kieskeurig eiwit zuivering stappen vereist. Cel-vrije meningsuiting biedt directe toegang tot de meeste van de componenten in de biochemische reacties, waardoor een diepere dissectie van de moleculaire interacties12. In de reactie van een TXTL, kan een wijzigen de biochemische en biofysische instellingen wil, die bijna onmogelijk in een levende cel is. Gezien deze voordelen en recente verbeteringen, wordt de TXTL-technologie steeds meer en meer populair als een alternatief platform voor synthetische en kwantitatieve biologie. Hoewel de wetenschappelijke wereld met behulp van TXTL snel groeiende is en TXTL een standaardtechnologie in studierichtingen Bio-ingenieur wordt, is het essentieel om te begrijpen hoe met dergelijke platforms te ontwikkelen passende praktijken in verband met de uitvoering van TXTL reacties en de interpretatie van de resultaten.
In dit artikel beschrijven we hoe u met een al systeem van de TXTL van de E. coli synthetiseren, in één-pot-reacties, bacteriofagen van hun genoom11, zoals MS2 (RNA, 3.4 kb), ΦΧ174 (ssDNA, 5.4 kb), en T7 (dsDNA, 40 kb). We laten zien hoe het bedrag van bacteriofagen gesynthetiseerd wijzigingen met betrekking tot bepaalde biochemische-instellingen van de reacties (concentraties magnesium en kalium). Moleculaire verdringing, geëmuleerd via een scala van PEG 8000 concentraties, heeft een dramatisch effect op de bacteriofaag synthese over verschillende ordes van grootte. De realisatie van dergelijke grote biochemische systemen in één reageerbuis reacties die recapituleren gelijktijdig de processen van transcriptie, vertaling, en zelf-assemblage, is interessant voor het aanpakken van fundamentele kwesties in verband met biologie en biofysica 10 (genregulatie, zelf-assemblage), evenals voor ontwikkeling van toepassingen, zoals de herbestemming van phage functies om te bouwen van nieuwe nanostructuren13. Naast een praktische op TXTL voorzien we in methoden faag amplificatie, genoom extractie en zuivering en kwantificering van de bacteriofaag door de plaque-bepaling. De methoden die in dit manuscript gepresenteerd zijn geschikt voor onderzoekers die E. coli extract gebaseerd cel-vrije systemen gebruiken en zijn geïnteresseerd in bacteriofagen.
De protocollen gepresenteerd in dit werk kunnen worden samengevat als volgt: 1) Phage versterking (dag 1: bereiden van inoculatie cellen, dag 2: enkele plaque, meerdere faag groei, en concentratie en dag 3: zuivering van bacteriofaag), 2) Double-stranded genoom-DNA-extractie (fenol/chloroform extractie), en 3) cel-vrije faag reactie en titer experiment (dag 1: plaat van cellen van de gastheer en maak agar platen, dag 2: reactie cel-vrij en gastheer cel pre cultuur en dag 3: host cel cultuur en phage titer).

<table><tbody><tr><td>Ultracentrifugation tubes</td><td>Beckman Coulter</td><td>344057</td><td></td></tr><tr><td>Conical tubes</td><td>Falcon</td><td>352070</td><td></td></tr><tr><td>Gradient maker</td><td>BioComp Gradient Master</td><td>zie Anal Biochem. 1985 Jul;148(1):254-9.</td><td></td></tr><tr><td>Syringe and Blunt Cannula</td><td>Monoject</td><td>8881513918 en 888202017</td><td></td></tr><tr><td>Wide-bore pipette tips</td><td>Fischerbrand</td><td>02-707-134</td><td></td></tr><tr><td>Plaque counter</td><td>New Brunswik Scientific</td><td>Colony Counter Model C-110</td><td></td></tr><tr><td>Culture tubes</td><td>Fischerbrand</td><td>14-961-33</td><td></td></tr><tr><td>Cell-free system</td><td>Mycroarray Inc</td><td>Mytxtl</td><td></td></tr><tr><td>BioComp Gradient Master</td><td>BioComp Instruments</td><td>Model 105ME</td><td></td></tr><tr><td>LB agar plate recipe</td><td></td><td></td><td>25 g/L Luria-Bertani medium (LB Broth, Miller - Fisher BioReagents productnummer BP1426) en 15 g/L Bacto-Agar solid (Brenton, Dickenson en Company - productnummer 214010).</td></tr></tbody></table>

synthese van besmettelijke bacteriofagen in een e-coli -gebaseerd systeem van cel-vrije expressie

Synthesis of Infectious Bacteriophages in an E. coli-based Cell-free Expression System

Een nieuwe generatie van cel-vrije transcriptie-vertaling (TXTL) systemen, ontworpen om een grotere veelzijdigheid en modulariteit, bieden nieuwe mogelijkheden voor het uitvoeren van fundamentele en toegepaste wetenschappen in reageerbuis reacties. In het afgelopen decennium, cel-vrije TXTL geworden tot een krachtige techniek voor een breed scala aan roman multidisciplinair onderzoek gebieden gerelateerd aan kwantitatieve en synthetische biologie. De nieuwe TXTL-platforms zijn vooral handig om te bouwen en ondervragen biochemische systemen middels het uitvoeren van synthetische of natuurlijke gene circuits. In vitro TXTL heeft bewezen handig om snel een prototype regelgevende elementen en biologische netwerken alsmede over recapituleren moleculaire zelf-assemblage mechanismen gevonden in levende systemen. In dit artikel beschrijven we hoe besmettelijk bacteriofagen, zoals MS2 (RNA), ΦΧ174 (ssDNA), en T7 (dsDNA), volledig worden gesynthetiseerd uit hun genoom in één-pot reacties met behulp van een alle Escherichia coli, cel-vrije TXTL systeem. Synthese van de drie coliphages is gekwantificeerd aan de hand van de bepaling van de plaque. Laten we zien hoe de opbrengst van gesynthetiseerde bacteriofaag hangt af van de biochemische instellingen van de reacties. Moleculaire verdringing, geëmuleerd door middel van een gecontroleerde concentratie van PEG 8000, beïnvloedt de hoeveelheid gesynthetiseerde bacteriofagen bij beschikkingen van grootheden. Ook beschrijven we hoe de bacteriofagen versterken en hoe om te zuiveren van hun genoom. De set van protocollen en resultaten gepresenteerd in dit werk moet van belang zijn voor multidisciplinaire onderzoekers die betrokken zijn in de cel-vrij van synthetische biologie en studierichtingen Bio-ingenieur.

Laten we vier representatieve resultaten. In Figuur 1, presenteren wij een aantal negatieve controles om ervoor te zorgen dat de TXTL cel-vrij systeem en de phage DNA voorraden niet worden verontreinigd met levende cellen van E. coli . Wij verifiëren dat de TXTL cel-vrij systeem vrij van intact E. coli is cel besmetting door plating beide een leegte van genomic DNA (Figuur 1A en <strong class="x...

Een nieuwe generatie van cel-vrije transcriptie-vertaling platforms is ontworpen voor de bouw van biochemische systemen in vitro middels het uitvoeren van gene circuits. In dit artikel beschrijven we hoe bacteriofagen, zoals MS2, ΦΧ174 en T7, worden gesynthetiseerd uit hun genoom met behulp van een alle E. coli cel-vrije TXTL systeem.

Synthese van besmettelijke bacteriofagen in een e-coli -gebaseerd systeem van cel-vrije expressie

A new generation of cell-free transcription-translation (TXTL) systems, engineered to have a greater versatility and modularity, provide novel ...

Het algemene doel van dit experiment is om te beschrijven hoe bacteriofagen vanuit hun genoom worden gesynthetiseerd met behulp van een volledig celvrij transcriptie-translatiesysteem van E.coli. Deze methode kan helpen bij het beantwoorden van kernvragen binnen het veld van de synthetische biologie, zoals het ontrafelen van de moleculaire zelfassemblagemechanismen in levende systemen. Het belangrijkste voordeel van deze techniek is de veelzijdigheid van het platform.Veel biologische systemen kunnen volledig worden gereproduceerd en nauwkeurig worden afgesteld voor experimentele analyse. Begin deze procedure met het voorbereiden van fagenplaques zoals beschreven in het tekstprotocol. Gebruik het uiteinde van een steriele Pasteur-pipet om een enkele plaque uit te stansen en te verwijderen.Blaas de plaque in de verdunde cellen. Incubeer vervolgens gedurende twee uur bij 37 °C. Neem om volledige infectie te testen een monster van 500 µL in een 1,5 mL buis en voeg 10 µL chloroform toe.Vortex het mengsel onmiddellijk op hoge snelheid en observeer of de oplossing helder wordt, wat wijst op fage-infectie. Zodra de cellen volledig geïnfecteerd zijn, worden ze nog twee uur geïncubeerd. Voeg

synthesis-infectious-bacteriophages-an-e-coli-based-cell-free

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Bio-engineering

Dit artikel beschrijft de procedure voor het bereiden van een fluorescentie-gemerkte versie van bacteriofaag lambda, infectie...

Na Cell-lot in<em&gt; E. coli</em&gt; Na Infectie door Phage Lambda

Source: Rustad, M., et al. Synthesis of Infectious Bacteriophages in an E. coli-based Cell-free Expression System. J. Vis. Exp. (2017).This video demonstrates the synthesis of bacteriophages using a cell-free transcription–translation (TXTL) system. A master mix is prepared using a bacterial crude extract, an energy mix, an amino acid mix, an inhibitor for a DNA-degrading enzyme, and bacteriophage DNA, then incubated. The in vitro molecular machinery enables viral protein expression and DNA...

Bacteriophage Synthesis Using a Cell-Free Transcription-Translation System

Source: Rustad, M. et al. Synthesis of Infectious Bacteriophages in an E. coli-based Cell-free Expression System. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the amplification and recovery of infectious bacteriophages from E. coli cultures. It outlines the steps for plaque isolation, phage replication, controlled lysis, and purification.

Amplification and Recovery of Infectious Bacteriophages

Source: Saragliadis, A., et al. Producing Gene Deletions in Escherichia coli by P1 Transduction with Excisable Antibiotic Resistance Cassettes. J. Vis. Exp.(2018)This video demonstrates preparation of a bacteriophage lysate containing transducing particles. A donor strain is infected, plaques form, and the soft agar overlay is processed with chloroform to yield a clarified lysate for downstream analysis.

Preparation of Bacteriophage Lysate for Generalized Transduction

Bron: Chen, Z., et al. Making Conjugation-induced Fluorescent PEGylated Virus-like Particles by Dibromomaleimide-disulfide Chemistry. J. Vis. Exp. (2018)Deze video demonstreert de methode voor de gecontroleerde expressie van het kapproteïne van bacteriofaag Qβ in gemanipuleerde E. coli. De resulterende eiwitten assembleren spontaan tot virusachtige deeltjes, die worden geoogst voor verdere bioconjugatie.

Productie van virusachtige deeltjes in gemodificeerde E. coli

Deze vijfdaagse protocol beschrijft alle stappen, apparatuur en aanvullende software voor het maken en uitvoeren van een efficiënte endogene Escherichia coli op basis TX-TL-cel-vrije expressie systeem vanaf nul. Met reagentia, het protocol duurt 8 uur of minder voor het inrichten van een reactie, verzamelen en verwerken van gegevens.

Protocollen voor implementatie van een Escherichia coli Op basis TX-TL Cell-Free Expression System for Synthetic Biology

Dit protocol beschrijft de methode, materialen, apparatuur en stappen voor bottom-up voorbereiding van RNA en eiwit produceren synthetische cellen. Het binnenste waterige compartiment van de synthetische cellen bevatte de S30 bacteriële lysaat ingekapseld in een lipide tweelaag (dat wil zeggen, stabiele liposomen), met behulp van een water-in-olie emulsie overdracht methode.

Voorbereiding van eiwit producerende synthetische cellen met behulp van cell free bacteriële extracten, liposomen en emulsie transfer

Dit is een methode om "scarless" recombinant vaccinia virussen te genereren met behulp van host-range selectie en visuele identificatie van recombinante virussen.

Snelle, naadloze generatie recombinante poxvirussen met behulp van Host Range en Visuele Selectie

Bacteriofagen (fagen), virussen die bacteriën infecteren, zijn een integraal onderdeel van het darmmicrobioom. Hoewel deze symbiotische bewoners de bacteriële fitheid en populatiedynamiek aansturen, is er weinig bekend over hoe ze de darmhomeostase en ziekte beïnvloeden. Dit protocol bestudeert geïsoleerde T4-fagen in een muismodel, aanpasbaar aan andere faag-bacterieparen.

T4 Bacteriofaag en E. coli Interactie in de Muizendarm: een prototypisch model voor het bestuderen van gastheer-bacteriofaagdynamiek in vivo

Dit protocol beschrijft het Cell-Free Protein Synthesis (CFPS)-systeem dat wordt gebruikt bij het bouwen van synthetische cellen. Het schetst de belangrijkste fasen met representatieve resultaten in verschillende microcompartimenten. Het protocol heeft tot doel best practices vast te stellen voor diverse laboratoria in de synthetische celgemeenschap, waardoor de vooruitgang in de ontwikkeling van synthetische cellen wordt bevorderd.

Celvrij eiwitsynthesesysteem voor het bouwen van synthetische cellen

Dit protocol beschrijft een methode voor het produceren en evalueren van de antimicrobiële activiteit en cytotoxiciteit van het kationische peptide Mel4 en het peptide-nabootser RK758. Door chemische synthese, recombinante expressie en gestandaardiseerde functionele assays te integreren, biedt het een gestroomlijnde workflow voor de productie en het testen van peptiden en kleinmolecuul-imitaties.

Productie en testen van antimicrobiële peptiden en hun nabootsers

Leer de synthese van besmettelijke bacteriofagen uit hun genoom met een E. coli-celvrij transcriptie-translatiesysteem. Deze methode onthult moleculaire zelfassemblagemechanismen en biedt een veelzijdig platform voor synthetische biologie-onderzoek.

Synthese van besmettelijke bacteriofagen in een e-coli -gebaseerd systeem van cel-vrije expressie

Meer video's verkennen