Serum en Plasma kopiëren nummer detectie met behulp van PCR in real time
15 december 2017
Dit manuscript beschrijft de kopie nummer variatie analyse uitgevoerd in serum of plasma DNA met behulp van real-time PCR-aanpak. Deze methode is geschikt voor de voorspelling van medicamenteuze resistentie bij castratie resistente prostaatkanker patiënten, maar het zou informatief ook voor andere ziekten.
Het algemene doel van deze methode is om de variatie in het aantal genkopieën in serum- of plasmamonsters te detecteren.Deze methode kan helpen bij het beantwoorden van belangrijke vragen op het gebied van gevorderd prostaatkanker, zoals de detectie van markeringen die nuttig zijn om de vermindering van sporen te voorspellen of te bewaken.Het belangrijkste voordeel van deze techniek is dat het gemakkelijk en snel te doen is.De implicaties van deze techniek strekken zich uit tot de therapie van gevorderd prostaatkanker omdat variatie in het aantal kopieën van het androgeenreceptorgen een frequent voorkomende gebeurtenis is.Over het algemeen zullen personen die nieuw zijn met deze methode worstelen omdat de concentratie en de kwaliteit van celvrij DNA vaak lager is dan verwacht.Voor serumverzameling, werk met vijf milliliter monsters van vol bloed en serum zonder anticoagulantia, bewaard bij vier graden Celsius.Begin met het centrifugeren van de monsters gedurende 15 minuten bij 1.000 g.Het supernatant is het serum.Breng het over in buisjes van twee milliliter en gooi de pellet weg.Tenzij het serum onmiddellijk wordt verwerkt, bevriest u de monsters bij 80
Bekijk het volledige transcript en krijg toegang tot duizenden wetenschappelijke video's
Overzicht
Dit manuscript beschrijft de analyse van kopie-aantalvariaties uitgevoerd in serum- of plasma-DNA met behulp van een real-time PCR-benadering. Deze methode is geschikt voor het voorspellen van drugresistentie bij patiënten met castratie-resistente prostaatkanker en kan informatief zijn voor andere ziekten.
Belangrijkste onderdelen van de studie
Wetenschappelijk vakgebied
- Oncologie
- Genomics
- Klinisch onderzoek
Achtergrond
- Kopie-aantalvariatie (CNV) kan de progressie van een ziekte beïnvloeden.
- Real-time PCR is een gevoelige methode voor het detecteren van CNV's.
- Castratie-resistente prostaatkanker stelt unieke uitdagingen bij de behandeling.
- Inzicht in mechanismen van geneesmiddelenresistentie is cruciaal voor het patiëntenbeheer.
Doel van de studie
- Om CNV in serum- of plasma-DNA te analyseren.
- Om het potentieel van deze methode bij het voorspellen van medicijnresistentie te beoordelen.
- Om de toepasbaarheid ervan op andere ziekten te onderzoeken.
Gebruikte methoden
- Real-time PCR voor CNV-analyse.
- Monsterafname uit serum of plasma.
- Statistische analyse van CNV-gegevens.
- Vergelijking met klinische uitkomsten bij patiënten met prostaatkanker.
Belangrijkste resultaten
- Identificatie van specifieke CNV's geassocieerd met drugresistentie.
- Correlatie tussen CNV-patronen en patiëntuitkomsten.
- Demonstratie van de sensitiviteit en specificiteit van de methode.
- Potentiële implicaties voor behandelstrategieën bij prostaatkanker.
Conclusies
- De real-time PCR-methode is effectief voor CNV-analyse.
- Bevindingen kunnen het begrip van drugresistentie bij kanker verbeteren.
- Verder onderzoek is nodig om de bevindingen bij andere ziekten te valideren.
Veelgestelde vragen
Relevantie voor de industrie
Detectie van een toename in het kopienummer van de androgeenreceptor in circulerend celvrij DNA maakt niet-invasieve monitoring van therapeutische resistentiemechanismen bij metastatisch castratie-resistent prostaatkanker mogelijk. Deze benadering ondersteunt de vroege identificatie van behandelfalen en informeert de klinische besluitvorming via minimaal invasieve bemonstering. De methode biedt een snelle, schaalbare workflow voor biomarkerbeoordeling in vloeibare biopsie-toepassingen.
Strategische toepassingen in biofarmaceutische R&D
Vroege Ontdekking & Targetvalidatie
- Wetenschappelijke waarde: Maakt onderzoek naar AR-genamplificatie mogelijk als drijver van therapeutische resistentie in prostaatkankermodellen.
- Operationele waarde: Maakt gebruik van cfDNA uit serum/plasma om invasieve weefselafname in longitudinale studies te vermijden.
Screening & Assay-ontwikkeling
- Wetenschappelijke waarde: Levert kwantitatieve CN-metingen met behulp van duplex real-time PCR met RNaseP- en AGO1-referentiegenen.
- Operationele waarde: Een gestandaardiseerde input van 60 ng DNA per assay garandeert de reproduceerbaarheid over verschillende monstersets.
Translationeel & Preklinisch Onderzoek
- Wetenschappelijke waarde: De gain in cfDNA AR CN correleert met progressie bij mCRPC, wat bijdraagt aan inspanningen voor de kwalificatie van biomarkers.
- Operationele waarde: Niet-invasieve monstername maakt frequente monitoring in preklinische en klinische cohorten mogelijk.
Integratie van Pipeline & Workflow
De methode past binnen het continuüm van biomarker-ontdekking, ondersteunt de validatie van targets via vloeibare biopsie en maakt downstream screening van resistentiemechanismen in prostaatkanker-modellen mogelijk.
- Discovery Biology: Test de hypothese dat AR CN-toename in cfDNA voorspellend is voor behandelingsresistentie bij gevorderde prostaatkanker.
- Screening: Genereert kwantitatieve CN-gegevens die geschikt zijn voor assay-standaardisatie en evaluatie van het effect van verbindingen.
- Analytics: Biedt CNV-ratio's relatief aan referentiegenen voor statistische vergelijking tussen condities.
- Translationeel onderzoek: Koppelt cfDNA-biomarkers aan klinische uitkomsten bij castratie-resistente prostaatkanker.
- Bedrijfsmäßig hergebruik: De workflow is aanpasbaar voor andere gentargets en ziektebeelden buiten prostaatkanker.
Operationele & Bedrijfsimpact
- Wetenschappelijke waarde: Mechanistische risicoreductie van AR-amplificatie als resistentiebomarker bij prostaatkanker.
- Operationele waarde: Snel protocol met lage input via standaard real-time PCR-apparatuur.
- Strategische waarde: Maakt go/no-go-beslissingen mogelijk op basis van niet-invasieve resistentiemonitoring.
- Impact op portfolio: Ondersteunt risico-gecorrigeerde prioritering van therapieën gericht op veranderingen in de AR-route.
Overwegingen voor implementatie
- Vereist expertise in cfDNA-extractie en kwantificering van monsters met een lage opbrengst.
- Afhankelijk van real-time PCR-instrumentatie met multiplexingmogelijkheden.
- Standaardisatie tussen laboratoria is noodzakelijk voor de selectie van referentiegenen en data-analyse.
- Beperkt door de hoeveelheid en kwaliteit van het cfDNA, waardoor optimalisatie van de input noodzakelijk is.
- Validatie met orthogonale methoden zoals digitale PCR wordt aanbevolen voor de bevestiging van CN-gain.
Veelgestelde vragen over Biopharma
Chapters in this video
0:05
Title
0:55
Collection of Serum or Plasma
2:20
Isolating Cell-free (cfDNA) from Serum or Plasma
5:15
Real-time PCR and Analysis of cfDNA
7:36
Results: Detection of Androgen Receptor (AR) Copy Number Variations in cfDNA of Metastatic Castration-resistant Prostate Cancer (CRPC) Patients
8:25
Conclusion
