Name: Op lange termijn Video-Tracking van Cohoused waterdieren: een Case studie van de dagelijkse motorische activiteit van de langoustines (Nephrops norvegicus) (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-04-08T13:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 57 s
Description: Leer langdurig videotracken van co-gehuisveste waterdieren met behulp van eenvoudige labels en computer vision. Deze methode vermindert analyse tijd aanzienlijk voor gedragsstudies met Nephrops norvegicus.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

De auteurs zijn dankbaar aan de Dr. Joan B. bedrijf dat de publicatie van dit werk gefinancierd. De auteurs zijn ook dankbaar voor de technici van de experimentele aquarium zone op het Instituut van mariene wetenschappen in Barcelona (ICM-CSIC) voor hun hulp tijdens de experimenteel werk.
Dit werk werd ondersteund door het RITFIM-project (CTM2010-16274, hoofdonderzoeker: J. Aguzzi) opgericht door het Spaanse ministerie van wetenschap en innovatie (MICINN) en de TIN2015-66951-C2-2-R-subsidie van het Spaanse ministerie van economie en het concurrentievermogen.

De auteurs hebben niets te onthullen.

De prestaties en vertegenwoordiger resultaten verkregen met de video-tracking protocol bevestigd dat de geldigheid ervan voor toegepast onderzoek op het gebied van dierlijk gedrag, met een specifieke focus op sociale modulatie en circadiane ritmen van cohoused dieren. De efficiëntie van dierlijke detectie (69%) en de nauwkeurigheid van label discriminatie (89,5%) in combinatie met de gedragsmatige kenmerken (dat wil zeggen, het tarief van beweging) van de doelsoort gebruikt hier suggereren dat dit protocol een perfecte o...

In de afgelopen jaren heeft automatische beeld-gebaseerde tracking zeer nauwkeurige datasets die kunnen worden gebruikt om te verkennen basisvragen in ecologie en gedrag disciplines1verstrekt. Deze datasets kan worden gebruikt voor de kwantitatieve analyse van dierlijk gedrag2,3. Elke afbeelding methodologie die wordt gebruikt voor het bijhouden van de dieren en de evaluatie van het gedrag heeft echter haar sterke punten en beperkingen. In beeld-gebaseerde tracking protocollen waarmee ruimtelijke informatie van vorige frames in een film bijhouden dieren4,5,6, kunnen fouten worden ingevoerd bij de paden van twee dieren overschrijden. Deze fouten zijn meestal onomkeerbaar en verspreiden door de tijd. Ondanks de computationele vooruitgang die verminderen of bijna elimineren dit probleem5,7, behoefte deze technieken nog steeds aan homogene experimentele omgevingen nauwkeurige identificatie van de dieren en het bijhouden.
De werkgelegenheid van merken die uniek kan worden geïdentificeerd in dieren vermijdt deze fouten en laat het op lange termijn volgen van geïdentificeerde personen. Gebruikte merkers (bijv, barcodes en QR-codes) bestaan in de industrie en handel en kunnen worden geïdentificeerd met behulp van bekende computer vision technieken, zoals augmented reality (b.v., ARTag8) en camera kalibratie (bijvoorbeeld, CALTag9 ). Tagged dieren hebben eerder gebruikt voor high-throughput behavioral studies in verschillende diersoorten, voor bijvoorbeeld, mieren3 of bijen10, maar sommige van deze eerdere systemen zijn niet geoptimaliseerd voor het herkennen van geïsoleerde tags3.
Het protocol van de tracking gepresenteerd in dit papier is speciaal geschikt voor het bijhouden van dieren in één-kanaals beelden, zoals infrarood (IR) licht of monochromatisch licht (in het bijzonder gebruiken we blauw licht). De methode ontwikkeld gebruikt daarom geen kleur cues, ook op de andere instellingen van toepassing zijnde waar er beperkingen in de verlichting. Daarnaast gebruiken we aangepaste codes ontworpen zodat er geen te verstoren de kreeften en, tegelijkertijd, opname met goedkope camera's. Bovendien, de methode die hier wordt gebruikt is gebaseerd op de frame-onafhankelijke label detectie (dwz., het algoritme erkent de aanwezigheid van elke code in de afbeelding, ongeacht de eerdere trajecten). Deze functie is relevant in toepassingen waar dieren tijdelijk kunnen worden geroteerd, of dieren trajecten kunnen snijden.
Het label ontwerp maakt het gebruik ervan in de verschillende groepen van dieren. Zodra de parameters van de methode zijn ingesteld, kan het bedrag overgemaakt ter bestrijding van andere dier-tracking problemen zonder de noodzaak voor de opleiding van een specifieke classificatie (andere schaaldieren of buikpotigen). De belangrijkste beperkingen van het exporteren van het protocol zijn de grootte van het label en de noodzaak voor bevestiging aan het dier (waardoor het niet geschikt voor kleine insecten, zoals bijen, vliegen, enz.) en de 2D aanname voor de dierlijke beweging. Deze beperking is belangrijk, gezien het feit dat de voorgestelde methode wordt ervan uitgegaan dat de tag-grootte constant blijft. Een dier vrij te verplaatsen in een 3D omgeving (b.v. vis) zou ander label maten tonen afhankelijk van de afstand tot de camera.
Het doel van dit protocol is te voorzien in een gebruiksvriendelijke methodiek voor het bijhouden van meerdere tagged dieren gedurende een lange periode van tijd (bijvoorbeeld dagen of weken) in een 2D context. De methodologische benadering is gebaseerd op het gebruik van open sourcesoftware en hardware. Gratis en open sourcesoftware vergunning aanpassingen, wijzigingen, en gratis herverdeling; Daarom is de gegenereerde software verbetert bij elke stap11,12.
Hier het protocol gepresenteerd richt zich op een laboratorium ingesteld op bijhouden en evalueren van de motorische activiteit van vier waterdieren in een tank voor 5 dagen. De videobestanden worden geregistreerd van een 1 s time-lapse beeld en gecompileerd in een video op 20 frames per seconde (1dag opgenomen neemt ongeveer 1 uur van video). Alle video-opnamen worden automatisch postprocessed verkrijgen van dieren positie, toepassing van de computer visie methoden en algoritmen. Het protocol kunt verkrijgen van grote hoeveelheden van het bijhouden van gegevens, het vermijden van hun handmatige aantekening, waarvan is aangetoond te worden tijdrovende en moeizame in eerdere experimentele papieren13.
We gebruiken de langoestine (Nephrops norvegicus) voor de case-study; Dus, wij bieden soortspecifieke laboratoriumomstandigheden te handhaven. Kreeften voeren goed bestudeerde hol opkomst ritmes die onder de controle van de circadiane klok14,15 zijn, en als cohoused, zij vormen dominantie hiërarchie16,17. Vandaar, is het hier gepresenteerde model is een goed voorbeeld voor onderzoekers kochten de sociale modulatie van gedrag met een specifieke focus op circadiane ritmen.
De hier voorgestelde methodologie is gemakkelijk opgenomen en kan worden toegepast op andere soorten als er een mogelijkheid is om het onderscheid maken tussen dieren met afzonderlijke tags. De minimale vereisten voor het weergeven van een dergelijke aanpak in het laboratorium zijn: (i) isothermische kamers voor de experimentele opzet; (ii) een continue aanvoer van water; (iii) water temperatuur controlemechanismen; (iv) een lichte controlesysteem; (v) een USB-camera en een standaard computer.
In dit protocol gebruiken we Python18 en OpenCV19 (Open Source Computer Vision Library). We rekenen op snelle en vaak toegepaste bewerkingen (zowel op het gebied van implementatie en uitvoering), zoals achtergrond aftrekken20 en afbeelding drempelmethode21,22.

<table><tbody><tr><td>Tripod 475</td><td>Manfrotto</td><td>A0673528</td><td>Discontinued</td></tr><tr><td>Articulated Arm 143</td><td>Manfrotto</td><td>D0057824</td><td>Discontinued</td></tr><tr><td>Camera USB 2.0 uEye LE</td><td>iDS</td><td>UI-1545LE-M</td><td>https://en.ids-imaging.com/store/products/cameras/usb-2-0-cameras/ueye-le.html</td></tr><tr><td>Fish Eye Len C-mount f = 6 mm/F1.4</td><td>Infaimon</td><td>Standard Optical&nbsp;</td><td>https://www.infaimon.com/es/estandar-6mm</td></tr><tr><td>Glass Fiber Tank 1500 x 700 x 300 mm3</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Black Felt Fabric</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Wood Structure Tank</td><td></td><td></td><td>5 Wood Strips 50x50x250 mm</td></tr><tr><td>Wood Structure Felt Fabric</td><td></td><td></td><td>10 Wood Strips 25x25x250 mm</td></tr><tr><td>Stainless Steel Screws</td><td></td><td></td><td>Zo veel als nodig is om de houtstripsstructuren te repareren</td></tr><tr><td>PC</td><td></td><td></td><td>2-cores CPU, 4GB RAM, 1 GB Graphics, 500 GB HD</td></tr><tr><td>External Storage HDD</td><td></td><td></td><td>2 TB capaciteit wenselijk</td></tr><tr><td>iSPY Sotfware voor Windows PC</td><td>iSPY</td><td></td><td>https://www.ispyconnect.com/download.aspx</td></tr><tr><td>Zoneminder Software Linux PC</td><td>Zoneminder</td><td></td><td>https://zoneminder.com/</td></tr><tr><td>OpenCV 2.4.13.6 Library</td><td>OpenCV</td><td></td><td>https://opencv.org/</td></tr><tr><td>Python 2.4</td><td>Python</td><td></td><td>https://www.python.org/</td></tr><tr><td>Camping Icebox</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Plastic Tray</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Cyanocrylate Gel</td><td></td><td></td><td>Om de tag&rsquo;s&nbsp; te lijmen</td></tr><tr><td>1 zwarte PVC kunststof plaat (1 mm dikte)</td><td></td><td></td><td>Tag's constructie</td></tr><tr><td>1 witte PVC kunststof plaat (1 mm dikte)</td><td></td><td></td><td>Tag's constructie</td></tr><tr><td>4 Tag&rsquo;s &Oslash; 40 mm</td><td></td><td></td><td>Gemaakt met zwarte &amp; witte PVC kunststof plaat</td></tr><tr><td>3 m blauwe Strid Led Ligts (480 nm)</td><td></td><td></td><td>Waterdicht zoals wenselijk</td></tr><tr><td>3 m IR Strid Led Ligts (850 nm)</td><td></td><td></td><td>Waterdicht zoals wenselijk</td></tr><tr><td>6 m&nbsp; Methacrylate Pijpen &Oslash; 15 mm</td><td></td><td></td><td>Enclosed Strid Led</td></tr><tr><td>4 PVC Elleboog&nbsp; 45o &Oslash; 63 mm</td><td></td><td></td><td>Burrow constructie</td></tr><tr><td>3 m Flexibele PVC Pijp &Oslash; 63 mm</td><td></td><td></td><td>Burrow constructie</td></tr><tr><td>4 PVC Schroefdop &Oslash; 63 mm</td><td></td><td></td><td>Burrow constructie</td></tr><tr><td>4 O-ring &Oslash; 63 mm</td><td></td><td></td><td>Burrow constructie</td></tr><tr><td>4 Vrouwelijk PVC-aansluiting lijm / draad &Oslash; 63 mm</td><td></td><td></td><td>Burrow constructie</td></tr><tr><td>10 m DC 12V Elektrische Kabel</td><td></td><td></td><td>Lichtregelmechanisme</td></tr><tr><td>Ligt Voeding DC 12 V 300 W</td><td></td><td></td><td>Lichtregelmechanisme</td></tr><tr><td>MOSFET, RFD14N05L, N-kanaal, 14 A, 50 V, 3-Pin, IPAK (TO-251)</td><td>RS Components</td><td>325-7580</td><td>Lichtregelmechanisme</td></tr><tr><td>Diode, 1N4004-E3/54, 1A, 400V, DO-204AL, 2-Pines</td><td>RS Components</td><td>628-9029</td><td>Lichtregelmechanisme</td></tr><tr><td>Zekeringhouder</td><td>RS Components</td><td>336-7851</td><td>Lichtregelmechanisme</td></tr><tr><td>2 Weg Power Terminal 3.81 mm</td><td>RS Components</td><td>220-4658</td><td>Lichtregelmechanisme</td></tr><tr><td>Condensator 220 &micro;F 200 V</td><td>RS Components</td><td>440-6761</td><td>Lichtregelmechanisme</td></tr><tr><td>Weerstand 2K2 7 W</td><td>RS Components</td><td>485-3038</td><td>Lichtregelmechanisme</td></tr><tr><td>Zekering 6,3 x 32 mm2 3A</td><td>RS Components</td><td>413-210</td><td>Lichtregelmechanisme</td></tr><tr><td>Arduino Uno Atmel Atmega 328 MCU-bord</td><td>RS Components</td><td>715-4081</td><td>Lichtregelmechanisme</td></tr><tr><td>Prototipe Board CEM3,3 orific.,RE310S2</td><td>RS Components</td><td>728-8737</td><td>Lichtregelmechanisme</td></tr><tr><td>DC/DC converter,12 Vin,+/-5 Vout 100 mA 1 W</td><td>RS Components</td><td>689-5179</td><td>Lichtregelmechanisme</td></tr><tr><td>2 SERA T8 blauwe maanlicht fluorescente lamp 36 watt</td><td>SERA</td><td></td><td>Discontinued/Light geïsoleerde faciliteit</td></tr></tbody></table>

op lange termijn video-tracking van cohoused waterdieren: een case studie van de dagelijkse motorische activiteit van de langoustines (nephrops norvegicus)

Long-term Video Tracking of Cohoused Aquatic Animals: A Case Study of the Daily Locomotor Activity of the Norway Lobster (Nephrops norvegicus)

We presenteren een protocol aan een video-tracking techniek gebaseerd op de achtergrond aftrekken en afbeelding drempelmethode die het mogelijk maakt om afzonderlijk bijhouden cohoused dieren gerelateerde. We testten de tracking routine met vier cohoused langoustines (Nephrops norvegicus) onder licht-duisternis voorwaarden voor 5 dagen. De kreeften had individueel zijn gelabeld. De experimentele opstelling en het bijhouden van technieken die worden gebruikt zijn volledig gebaseerd op de open sourcesoftware. De vergelijking van de tracking-uitvoer met een handmatige detectie geeft aan dat de kreeften correct waren gedetecteerd 69% van de tijd. Onder de correct gedetecteerd kreeften, hun afzonderlijke markeringen waren correct geïdentificeerd 89,5% van de tijd. Gezien de framesnelheid in het protocol gebruikt en de snelheid van de beweging van kreeften, de prestaties van de video-tracking heeft een goede kwaliteit, en de representatieve resultaten ondersteunen de geldigheid van het protocol in het produceren van waardevolle gegevens voor onderzoeksbehoeften (individueel ruimte bezetting of motorische activiteit patronen). Het hier gepresenteerde protocol kan gemakkelijk worden aangepast en is, vandaar, overdraagbaar naar andere soorten waar de afzonderlijke tracking van specimens in een groep kunnen waardevol zijn voor het beantwoorden van de onderzoeksvragen.

We hebben gebouwd handmatig een subset van de experimentele gegevens voor het valideren van de automatische video-analyse. De grootte van een steekproef van 1.308 frames met een betrouwbaarheid van 99% (dit is een beveiligingsmaatregel waarmee wordt aangegeven of het monster komt nauwkeurig overeen met de bevolking, binnen de marge van fout) en een marge van fout van 4% (dat is een percentage dat hoe dicht beschrijft de het monster gaf antwoord is aan de werkelijke waarde in de populatie)...

Hier presenteren we een protocol om de dieren individueel te volgen gedurende een lange periode van tijd. Het maakt gebruik van computervisie methoden voor het identificeren van een reeks tags die handmatig gebouwd met behulp van een groep van kreeften als case-studie, tegelijkertijd het verstrekken van informatie over het huis, manipuleren en markeer de kreeften.

Op lange termijn Video-Tracking van Cohoused waterdieren: een Case studie van de dagelijkse motorische activiteit van de langoustines (Nephrops norvegicus)

We present a protocol related to a video-tracking technique based on the background subtraction and image thresholding that makes it possible to ...

Dit protocol maakt het mogelijk om het volgen van meerdere dieren te automatiseren. Met behulp van een eenvoudig label om elk dier te identificeren een ID-analyse tool om de tags te detecteren. Dit protocol vermindert aanzienlijk het aantal uren dat nodig is om de video-opnamen te analyseren met behulp van leskey-gegevens.om nauwkeurigere voltooiingen van de experimentele studies te schatten. Dieren in andere omgevingen die kunnen worden gelabeld op soortgelijke wijze kan worden gevolgd met soortgelijke protocollen die toepassing in chronobiologie, ecologie, viraal onderzoek of neurowetenschappen. We hebben het hardwareontwerp en de open source programmeertaal geleverd en bieden een model dat we gebruikers aanbevelen in de protocollen om python-programmeertaal te leren.Om een tag voor het doeldier te construeren, snijdt u eerst vier cirkels met een diameter van 40 millimeter van het zwarte plastic vel en twee 26 millimeter zijdige gelijkzijdige driehoeken en twee cirkels met een diameter van 26 millimeter van een wit plastic PVC-vel. Markeer het midden van een witte driehoek en een witte cirkel. En maak een gat van 10 millimeter bij elk merk.Lijm vervolgens een witte vorm in het midden van elk van de vier zwarte cirkels. Om het experimentele gebied in te stellen, plaatst u infrarood donkere tijd-LED's in de tank. Houd de infraroodlichten te allen tijde aan.Plaats vervolgens blue light time LED-lampjes in een aangepaste glasvezeltank met zand en vier flexibele PVC-pijpholen en sluit de lampen aan op een apparaat voor het beheer van de fotoperiode. Wanneer alle lichten zijn geplaatst, plaatst u de gekoelde zeewaterinlaat op een hoek van de tank, met de bijbehorende uitlaat in de tegenovergestelde hoek. Controleer of de zeewaterinvoer is ingesteld met een stroomsnelheid van ongeveer 4 liter per minuut.Omring de kamer met een zwart gordijn om volledige isolatie van extern licht te bieden. Plaats het statief uitgerust met de webcamera aan de zijkant van de experimentele arena, met de camera 130 centimeter boven en in het midden van de experimentele arena. Sluit de camera aan op een computer buiten het gordijn en pas de parameters van de video-opname aan op basis van de kenmerken van de soort, waarbij u ervoor zorgt dat u een tijdstempel maakt, inclusief de datum in de time-lapse video, voor eventuele gedragsmatige scores.Om de dieren te taggen, voeg je 7 graden Celsius water toe aan een ijskast met ondergedompelde compartimenten en plaats je 4 kreeft in 4 gescheiden compartimenten. Nadat de kreeften ongeveer 30 minuten hebben laten wennen, breng je een kreeft gedurende vijf minuten over op een bakje gemalen ijs en gebruik je absorptiepapier om het bovenste deel van de geïmmobiliseerde kreeft te drogen. Plaats een druppel sneldrogende lijm op het gedroogde carapace en druk de tag ongeveer 20 seconden op de lijm, totdat de lijm uithardt.Breng de kreeft vervolgens terug naar het compartiment in de ijskast en label de andere drie dieren op dezelfde manier. Wanneer alle kreeften zijn geëtiketteerd, plaats de kreeften terug in hun cel voor 24 uur. De volgende dag, gebruik maken van dezelfde ijskast om de kreeften van de acclimatisatie faciliteit naar de experimentele kamer, en start de video-opname.Voer de tagging en overdracht stappen onder de rode licht omstandigheden om radiale schade aan de kreeft voor de receptoren te voorkomen. Extra watersoorten of terrestrische soorten hebben deze zorg mogelijk niet nodig. Verkrijg vervolgens een gemiddeld achtergrondbeeld van vijf minuten video of van de eerste 100 frames voordat u de dieren één voor één in de experimenteertank in hun respectieve compartimenten water introduceert en wacht tot de kreeften uit hun compartimenten komen.Van het totale aantal dieren dat in dit representatieve experiment werd geteld, werd 79 procent van de dierendetecties correct geëmatched door het programma en 89,5 procent van de tags correct geïdentificeerd. Slechts 3,8 procent van de tags waren verkeerd geclassificeerd. Maar de overige 6,6 procent komt overeen met false positives.Na de voltooiing van een specifieke video-analyse kunnen de verkregen positiesgegevens worden gebruikt om de verschillende gedragspatronen van de kreeften te evalueren. Bijvoorbeeld, ruimte bezetting kaart plotten, met behulp van een twee-dimensionale kerndichtheid schatting met een as uitgelijnd door variantie normale kernal geëvalueerd op een vierkant raster, maakt het mogelijk de gebieden waarin de kreeften besteden een hoger percentage van hun tijd te worden vertegenwoordigd met een hoge kleur intensiteit percelen. De dagelijkse activiteit ritmes van de kreeften kunnen ook worden uitgezet als millimeters bedekt op tien minuten binned intervallen in de tijd.Het is belangrijk om exacte specificaties te behouden in termen van grootte en vorm en om altijd de binned analyse stap op de achtergrond uit te voeren zonder gebruikersinterface. Het beeldanalysemodel kan worden uitgebreid om te kijken naar specifieke componenten van de schaaldieren om de gedragsstudie te verbeteren in termen van dierlijke interacties. Deze complexe dierlijke sociale interacties komen op een gelijkaardige manier in een daadwerkelijke milieu voor die de stijl en de belangrijke aspecten van biologisch onderzoek met één of andere toepassing voor ecologie en neuroscience toestaat.

long-term-video-tracking-cohoused-aquatic-animals-case-study-daily

Research

JoVE Journal

Environment

Milieu

Microscopische organismen zoals de vrij-zwemmen...

Kwantitatieve Locomotion Studie van Vrij Zwemmen micro-organismen met behulp van laser diffractie

Locomotorische activiteit (LMA) is een eenvoudige en gemakkelijk uitgevoerde meting van het gedrag bij muizen. Koppeling van video tracking software (VTS) en LMA maakt verbetering van specificiteit en gevoeligheid, vooral in vergelijking met de handmatige, lijn kruising werkwijze LMA analyse. Daarnaast VTS staat lange-termijn follow-up van de muis LMA.

Muis Kort-en langlopende bewegingsactiviteit Analyzed door Video Tracking Software

Het gebruik van een 3D automatisch videosysteem dat individuele en groepen zebravissen kan volgen, wordt beschreven. Als toepassingsvoorbeeld onderzoeken we de effecten van de NMDA-receptorantagonist MK-801 op scholen zebravissen.

Een geautomatiseerd 3D-trackingsysteem gebruiken om individuele vissen en groepen volwassen zebravissen te registreren

We beschrijven een set van technieken voor het bestuderen van spontaan gedrag van vrij zwemmen zwak elektrische vissen over een langere periode van tijd, door synchroon meten van elektrische orgel ontlading timing van het dier, lichaamshouding en houding zowel nauwkeurig en betrouwbaar in een speciaal ontworpen aquarium tank in een zintuiglijke isolatiekamer.

Langdurige Behavioral Tracking van Vrij Zwemmen Zwak Electric Fish

FIM is een nieuwe, voordelige beeldvormingssysteem om kleine bewegende objecten zoals C. bijhouden elegans, planaria of Drosophila larven. De begeleidende FIMTrack programma is ontworpen om snelle en efficiënte data-analyse te leveren. Samen vormen deze tools kunnen high-throughput analyse van gedragskenmerken.

FIM Imaging en FIMtrack: Twee nieuwe instrumenten die High-throughput en Rendabele Locomotion Analyse

Het meten van de effecten van milieuverontreinigende stoffen op vis gedrag is vaak subjectief en uitdagend in het bijzonder bij de behandeling van subletale eindpunten. We beschrijven methoden, waaronder video-technologie om te zwemmen gedrag van de vroege levensfase witte steur (Acipenser transmontanus) te kwantificeren tijdens en na 96 uur acute blootstelling aan verschillende concentraties van koper.

Het kwantificeren van vissen zwemmen gedrag in reactie op acute blootstelling van Waterige Copper Met behulp van Computer Assisted Video en Digital Image Analysis

Zebravissen zijn een uitstekend model om spierfunctie en ziekte te bestuderen. Tijdens de vroege embryogenese beginnen zebravissen met regelmatige spiercontracties die een ritmisch zwemgedrag produceren, dat verandert wanneer de spier wordt verstoord. Hier beschrijven we een door aanraking veroorzaakte reactie en een locatiemeting om zwemprestaties te onderzoeken als maatstaf voor spierfunctie.

Met behulp van Touch-opgeroepen Response en Locomotion Testen om Muscle Prestaties en functie in zebravis Assess

Hier presenteren we methoden voor high-throughput onderzoek naar een reeks van de Mexicaanse cavefish gedrag en vitale kleuring van een mechanosensory systeem. Deze methoden maken gebruik van vrije-software en op maat gemaakte scripts, bieden een praktische en kosteneffectieve methode voor de studie van gedrag.

Gedrags Tracking en Neuromast beeldvorming van Mexicaanse Cavefish

Dit protocol beschrijft twee gevoelige testen voor het onderscheid tussen milde, matige en ernstige motorische stoornissen in C. elegans-modellen van amyotrofische laterale sclerose, met algemeen nut voor C. elegans-stammen , met veranderde beweeglijkheid.

Evaluatie van motorische stoornissen in C. elegans-modellen van amyotrofische laterale sclerose

Optische trawlonderzoeken bieden een niet-invasieve methode om basisvispopulaties te bemonsteren en leveren fijnere data dan traditionele trawlonderzoeken. Dit artikel biedt een algemene procedure voor een optisch trawlonderzoek van grondvis in New England.

Optische trawlonderzoeken van grondvis: Een videotrawlonderzoek van de westelijke Golf van Maine Atlantische kabeljauw (Gadus morhua)

Taken voor sociale voorkeur in meerdere kamers zijn aangepast van knaagdieren naar zebravissen, wat de studie van sociaal gedrag bij modelorganismen vergemakkelijkt. Dit protocol valideert een goedkope open-tank taak met 3 kamers met webcams en open-source software om de sociale voorkeur van zebravissen te meten, waardoor het toegankelijk wordt voor undergraduate onderzoek en onderwijs.

Goedkope optie voor het onderzoeken van sociale voorkeur bij zebravissen (Danio rerio) met behulp van de 3-kamer open-tank free-swim taak

Leer langdurig videotracken van co-gehuisveste waterdieren met behulp van eenvoudige labels en computer vision. Deze methode vermindert analyse tijd aanzienlijk voor gedragsstudies met Nephrops norvegicus.

Op lange termijn Video-Tracking van Cohoused waterdieren: een Case studie van de dagelijkse motorische activiteit van de langoustines (Nephrops norvegicus) (Video) | JoVE Journal

Op lange termijn Video-Tracking van Cohoused waterdieren: een Case studie van de dagelijkse motorische activiteit van de langoustines (Nephrops norvegicus)

Meer video's verkennen