Name: Groeiende Magnetotactic bacteriën van het geslacht Magnetospirillum: stammen MSR-1, AMB-1 en MS-1 (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-10-17T15:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 7 s
Description: Leer hoe je magnetotactische bacteriën van het geslacht Magnetospirillum kweekt, inclusief stammen MSR-1, AMB-1 en MS-1. Dit protocol optimaliseert zuurstofcontrole in vloeibare en halfvaste media voor reproduceerbaar microbiologisch onderzoek.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Wij Richard B. Frankel bedanken voor zijn hulp met MTB culturen, Adam P. Hitchcock Xiaohui Zhu voor hun steun bij het opzetten van de MTB-culturen op McMaster University en Marcia Reid voor opleiding en toegang tot de faciliteit van elektronenmicroscopie (McMaster University, Faculteit der medische wetenschappen). Dit werk werd gesteund door de natuurwetenschappen, Engineering onderzoek Raad van Canada (NSERC) en de ons National Science Foundation.

1. installatie van de N-2 -Station
Opmerking: Kies de binnendiameter van de buis zodat het kan worden aangesloten op de gastank met minimale lekkage en zodat de cilinder van een kunststof spuit van 1 mL strak in deze buis past. Een illustratie van de volledige N2 vergassing station wordt gegeven in Figuur 1.
<ol><li>Veilig installeren een N2 gastank dicht bij een bank waarop er is genoeg ruimte om in te stellen naar het station2 N (een lengte van ongeveer 50 cm).</li>
	<li>Verbinding maken met de tank een stukje slang lang genoeg om het gebied waar het station zal worden gebouwd te bereiken. Indien nodig, toepassing Teflon tape aan de uitgang van de tank om te voorkomen dat eventuele lekkage.</li>
	<li>Snijd om te bouwen een station borrelende vijf flessen van medium staat op hetzelfde moment, vier stukken buis van ongeveer 5 cm in lengte.</li>
	<li>Assembleren de stukken buis in een lijn met drie drie-weg T-vormig plastic hulpstukken. Sluit het ene uiteinde van deze lijn naar het stuk buis aan de uitgang van de N2 tank via een extra T-vormige montage. Het toevoegen van een 90° kniestuk passend aan de andere kant.</li>
	<li>Gebruik tape te koppelen van de structuur aan een horizontale metalen staaf heeft ca. 30 cm boven de Bank geplaatst.</li>
	<li>Verbinding maken met vijf stukken van buizen (ongeveer 20 cm in lengte) naar de gratis uitgangen van de fittingen geïnstalleerd in stap 1.4.</li>
	<li>Verwijder de zuigers van vijf 1,0 mL plastic spuiten en snijd van het grotere eind van deze spuiten (dwz., de tegenover kant aan de naald), houden van alleen de gegradueerde deel. Vul deze spuiten met katoen, niet te strak.</li>
	<li>Voeg de spuiten in de 20 cm lange verticale stukken buis en gebruik van zeepsop om ervoor te zorgen dat er geen lekkage is, wanneer N2 stroomt.</li>
	<li>Verwijder de doppen van vijf 25 G naalden (0.5 mm x 25 mm) en plaats van deze naalden in het 10 cm-stukken van dunne buizen. Zorg ervoor dat de naalden strak in de buis past. Let op: Er dreigt een steekpartij tijdens deze stap. Doe het langzaam en zorgvuldig.</li>
	<li>Bevestig de naalden in stap 1.9 willen het spuiten van het N-2 -station. Zorgen dat N2 door alle vijf lijnen stroomt en houd het station op stand-by.</li>
</ol>2. groei middellange voorbereiding
Opmerking: Het is mogelijk om het bedrag van medium bereid, zoals uitgelegd in stap 2.1.2, 2.2.2 en 2.3.8. De hoeveelheid water en chemicaliën gebruikt gewoon behoeften worden proportioneel aangepast. De rol van alle middelgrote componenten wordt beschreven in de aanvullende tabel 1.
<ol><li>Voorbereiding van vloeibare groeimedium voor MSR-1<ol>
<li>Bereid een 10 mM ijzer(III) citraatoplossing door 0.245 g van ijzer(III) citraat aan 100 mL gedestilleerd gedeïoniseerd water toe te voegen. Warmte en roer te ontbinden, tot een geel tot oranje duidelijke oplossing wordt verkregen. Autoclaaf de oplossing met behulp van een standaard cyclus (ten minste 15 min blootstelling bij 121 ° C) en sla deze stamoplossing bij kamertemperatuur in het donker. Opmerking: Gooi de ijzer(III) citraatoplossing wanneer een neerslag duidelijk wordt.</li>
		<li>In een bekerglas met 1 L gedestilleerd gedeïoniseerd water, voeg de volgende in volgorde al roerend: 1,0 mL van het trace minerale supplement oplossing 0,1 g van KH2PO4, 0.15 g van MgSO4.7 H2O, 2,38 g HEPES, 0,34 NaNO3 g , 0,1 g gist extract, 3,0 g soy bean pepton, 4.35 mL kalium lactaat (60% m/m oplossing) en 5 mL van de 10 mM Fe(III) citraat stamoplossing. Opmerking: Pas de hoeveelheden proportioneel als een kleinere hoeveelheid groeimedium nodig is. Voor een N2 station staat van borrelende vijf flessen op hetzelfde moment, zoals in stap 1 van dit protocol, gebouwd door 300 mL medium te bereiden. Let op: Trace minerale en Fe(III) citraat voorraad oplossingen moeten steriel worden gehouden. Om besmetting te voorkomen, gebruik standaard steriele techniek bij het gebruik daarvan (vlam open tops van flessen met behulp van een bunsenbrander) en steriele Pipetteer tips met betrekking tot aflevering. Winkel de minerale oplossing in een koelkast bij 4 ° C.</li>
		<li>Breng de pH op 7.0 met 1 M NaOH oplossing na toevoeging van alle chemische stoffen. Afzien van het vers bereide medium tot 125 mL serum flessen. Giet 60 mL medium in elke fles.</li>
		<li>Bubble N2 in het medium voor 30 min de opgeloste O2te verwijderen, met behulp van de kleine buis verbonden met het N2 station beschreven in stap 1. Plaats een butyl-rubber stop op de top van elke fles, een kleine opening zodat de overtollige gas om af te sluiten van de fles te verlaten. Let op: Schuim kan vormen terwijl borrelen met N2. De gasstroom dienovereenkomstig aanpassen om te voorkomen dat de productie van schuim.</li>
		<li>Plooi seal elke fles met de bereid stop en een aluminium zegel. De aluminium-zegel zorgt ervoor dat de fles gesloten gedurende de rest van het protocol blijft.</li>
		<li>Haal de naalden en de dunne buis uit het N2 station en vervang ze met schone naalden (1 inch, ≤ 23 G). De kleppen van de N2 tank zodanig aanpassen dat een zachte constante stroom van gas de tank (ongeveer 50 mL/min verlaat). Opmerking: Groter dan 23G permanente unsealable gaten in de stop verlaten mag van de naalden.</li>
		<li>Voeg een van de naalden verbonden met de N2 tank in een fles van medium, door middel van de rubberstop. Onmiddellijk een andere schone naald in de dezelfde fles invoegen. Herhaal deze stap voor de andere flessen en laat N2 stroom voor ongeveer 30 min ter vervanging van de lucht in de flessen door N2.</li>
		<li>Één fles verbreken door de N-2 -station door het verwijderen van de bijbehorende naald. Wacht enkele seconden totdat de druk in de fles van medium tot luchtdruk afneemt en verwijder de tweede naald. Herhaal deze stap voor alle resterende flessen. Let op: Om te verhinderen dat O2 opnieuw invoeren van de flessen van groeimedium na stap 2.1.4, stappen 2.1.4 - 2.1.8 snel achter elkaar. Als alle flessen kunnen niet worden verbonden met het station van N2 op hetzelfde moment, doorgaan met de stappen 2.1.4-2.1.8 voor de eerste reeks van flessen en herhaal vervolgens deze stappen voor de resterende flessen.</li>
		<li>Autoclaaf de flessen. Laat ze afkoelen tot kamertemperatuur 's nachts en sla deze daarna op kamertemperatuur.</li>
	</ol></li>
	<li>Voorbereiding van vloeibare groeimedium AMB-1 en MS-1<ol>
<li>Bereid een 10 mM ijzer(III) quinate oplossing. Eerst los 0,19 g van quinic zuur in 100 mL gedestilleerd gedeïoniseerd water, voeg dan 0,27 g van FeCl3.6H2O. roer te ontbinden, totdat een donker rode, heldere oplossing wordt verkregen. Autoclaaf de oplossing met behulp van een standaard cyclus (ten minste 15 min blootstelling bij 121 ° C). Opmerking: Slaan de ijzer(III) quinate oplossing bij kamertemperatuur in het donker als een steriele stamoplossing. Gooi de oplossing wanneer een neerslag duidelijk wordt.</li>
		<li>In een bekerglas met 1 L gedestilleerd gedeïoniseerd water, voeg de volgende in volgorde al roerend: 10,0 mL van de vitamine supplement oplossing, 5,0 mL van het trace minerale supplement-oplossing, 0.68 g KH2PO4, 0.848 g natrium succinaat dibasische hexahydraat, 0.575 g di-natrium tartraat dihydraat, 0.083g natrium acetaat Trihydraat, 0,45 milliliters 0,1% waterige Resazurin, 0,17 g NaNO3, 0,04 g ascorbinezuur en 3,0 mL van de 10 mM Fe(III) quinate stamoplossing. Opmerking: Pas de hoeveelheden proportioneel als een kleinere hoeveelheid groeimedium nodig is. Voor een N2 station staat van borrelende vijf flessen op hetzelfde moment, zoals in stap 1 van dit protocol, gebouwd door 300 mL medium te bereiden. Let op: Vitamine, trace minerale en Fe(III) quinate stamoplossingen moeten steriel worden gehouden. Om besmetting te voorkomen, gebruiken standaard steriele techniek en steriele Pipetteer tips wanneer verstrekking. Opslaan van de mineralen en vitamine oplossingen in een koelkast bij 4 ° C.</li>
		<li>Breng de pH op 6,75 met behulp van de 1 M NaOH oplossing na toevoeging van alle chemische stoffen.</li>
		<li>Verwijzen naar de stappen 2.1.3-2.1.9 voor de rest van het protocol.</li>
	</ol></li>
	<li>Bereiding van semi-solide groeimedium voor MSR-1<ol>
<li>Bereid een 0.5 M fosfaatbuffer oplossing pH 7.0 door ontbinding van 3.362 g K2HPO4 en 4.178 g. van KH2PO4 in 100 mL gedestilleerd gedeïoniseerd water. Controleer als de pH 7.0 en breng de pH lichtjes met KH2PO4 of NaOH indien nodig. Bewaar de oplossing in een gesloten glazen fles (voorkeur aan plastic teneinde de uitwisseling van zuurstof).</li>
		<li>100 mL van een oplossing van 0,02 M zoutzuur bereiden. Voeg 0.2 g FeCl2.4H2O voor deze oplossing en roer om op te lossen met het oog op een 10 mM ijzer chloride oplossing. Bewaar de oplossing in het donker in een gesloten glazen fles.</li>
		<li>Bereid een 0,8 M natriumbicarbonaat oplossing door ontbinding 6,72 gram NaHCO3 in 100 mL gedestilleerd gedeïoniseerd water. Bewaar de oplossing in een gesloten glazen fles.</li>
		<li>Autoclaaf de oplossingen bereid in stappen 2.2.1 - 2.2.3 met behulp van een standaard cyclus (ten minste 15 min blootstelling bij 121 ° C). Opslaan als steriele voorraadoplossingen in het donker.</li>
		<li>In een bekerglas met 1 L gedestilleerd gedeïoniseerd water, voeg de volgende in volgorde al roerend: 5 mL van de trace mineral solution oplossing, 0.2 mL 1% waterige resazurin oplossing, 0.4 g NaCl, 0,3 g van NH4Cl, 0,1 g van MgSO4.7H2 O, 0,05 g CaCl2.2H2O, 1 g van natrium succinaat, 0,5 g natriumacetaat, 0.2 g gist extract en 1.6 g. agar.</li>
		<li>Dek het bekerglas af met aluminiumfolie en autoclaaf de oplossing bereid in stap 2.3.5.</li>
		<li>Vlak voor het einde van de cyclus van de autoclaaf, bereiden een vers 4% L-cysteine· HCl· H2O-oplossing door het oplossen van 0.8 g L-cysteine· HCl· H2O in 20 mL gedestilleerd gedeïoniseerd water. Neutraliseer de oplossing op pH 7,0 met 5 M NaOH oplossing. Let op: het is belangrijk dat de cysteïne-oplossing vers bereid is om te voorkomen dat de oxidatie van het cysteïne. Winkel de minerale oplossing in een koelkast bij 4 ° C.</li>
		<li>Na autoclaaf, laat de middellange afkoelen tot 50 – 60 ° C en breng het bekerglas onder de vlam van een brander van Bunsen. Verwijder de aluminiumfolie en snel toevoegen de volgende in volgorde terwijl zachtjes roeren: 0,5 mL van de vitamine-oplossing, 2,8 mL steriele voorraad fosfaatbuffer, 3 mL steriele ijzer chloride stockoplossing, 1.8 mL van de steriele natrium bicarbonaat voorraad en 10 mL van cysteïne filter-gesteriliseerde oplossing. Opmerking: Pas de hoeveelheden proportioneel als een kleinere hoeveelheid groeimedium nodig is. Het is meestal handig ter voorbereiding van een partij van 120 mL medium. Let op: Alle oplossingen moeten blijven steriele voor toekomstig gebruik. Stap uitvoeren met behulp van standaard steriele techniek en steriele Pipetteer 2.3.8 tips bij verstrekking.</li>
		<li>Na de toevoeging van alle chemicaliën, breng het warme medium in 16 mL steriele buizen schroefdop Hungate. Pipetteer 12 mL van het medium in elk buisje en verzegel de buizen. Let op: Om besmetting te voorkomen, stap 2.3.9 onder de vlam van een bunsenbrander uitvoeren. Voer het uit voordat de agar stolt, terwijl het medium bij 40 ° C of hoger is.</li>
		<li>Laat de buizen ongestoord gedurende enkele uren tot de agar stolt en de OAI blijkt, zijn materialiseren als een roze kleurloze interface, ongeveer 1 tot 3 cm onder het oppervlak van het medium. Opmerking: Het medium moet langzaam wenden kleurloze in de buis. De hoeveelheid tijd die nodig is voor deze overgang is variabel en hangt af van de hoeveelheid O2 in eerste instantie opgelost in het medium.</li>
	</ol></li>
</ol>3. enten van MTB
Opmerking: De culturen van stammen AMB-1, MS-1 en de MSR-1 commercieel kunnen worden verkregen (Tabel van materialen).
Let op: Voer alle volgende stappen onder steriele omstandigheden, onder de vlam van een bunsenbrander.
<ol><li>Inoculatie van stammen MSR-1, AMB-1 en MS-1 in vloeistof<ol>
<li>Sluit een lege 125 mL serum fles met een butyl-rubber stop en een aluminium crimp zegel. Invoegen van twee naalden in de fles door de stop en sluit een injectiespuit bereid zoals in stap 1.7 aan één van hen. Een cilinder met O2 tot en met hetzelfde type buis als die wordt gebruikt voor de N2 station verbinden met de spuit.</li>
		<li>Laat O2 stroom door de fles voor ongeveer 30 min, om ervoor te zorgen dat alle lucht in de fles is vervangen door O2. Verwijder beide naalden, waardoor een lichte overdruk in de fles en vervolgens autoclaaf. Laat de fles om af te koelen tot kamertemperatuur vóór gebruik. Opmerking: Om tijd te besparen, stappen 3.1.1 en 3.1.2 bij de middellange voorbereiding en autoclaaf de fles samen met het medium of de stamoplossingen.</li>
		<li>De toppen van de stoppen van zowel het verse medium flesje en de O2 fles steriliseren door toepassing van een paar druppels van 70% ethanol-oplossing op de top van hen en hen te passeren van de vlam van een brander van Bunsen.</li>
		<li>Met behulp van een steriele injectiespuit en een naald, pak van 1 mL O2 uit de fles O2 en breng dit in de verse middellange fles. Zorg ervoor dat de naald strak op de spuit tijdens deze stap past om te voorkomen dat eventuele lucht in de spuit.</li>
		<li>Als met behulp van het entmateriaal uit een andere cultuur geteeld in een glazen fles, steriliseren de stoppen van zowel het verse medium flesje en de oudere cultuur fles door toepassing van een paar druppels van 70% ethanol-oplossing op de top van hen en hen te passeren van de vlam van een brander van Bunsen. Als het entmateriaal uit een buis van bevroren cultuur gebruikt, laat het warme tot kamertemperatuur met de buis onder de vlam van een bunsenbrander verzegeld.</li>
		<li>Als met behulp van het entmateriaal uit een andere cultuur geteeld in een glazen fles, beënten 1 mL van de oudere cultuur in het verse medium. Als met behulp van de inoculate uit een bevroren voorraad, beënten slechts 0,1 mL om te verdunnen de glycerol of dimethyl sulfoxide (DMSO) gebruikt in het vriesproces. In beide gevallen moet u een steriele naald en een steriele injectiespuit gebruiken.</li>
		<li>Incubeer de cultuur bij 32 ° C en het enten tot verse medium na 4 tot 7 dagen.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Inoculatie van de MSR-1 in O2 kleurovergang semi-solide medium<ol>
<li>Controleer of dat de buis van vers medium worden weergegeven op een welomschreven OAI, gematerialiseerd door een roze kleurloze interface.</li>
		<li>Indien het entmateriaal is afkomstig van een andere O2 concentratie verloop Halfmassief cultuur, oogsten de bacteriën door pipetting 50 µL van de cultuur met een steriele Pipetteer tip geplaatst op de band gevormd door de bacteriën. Langzaam beënten deze bacteriën op de OAI in het verse medium (roze/kleurloze interface), het vermijden van verstoring van de interface. Als het entmateriaal is afkomstig van een bevroren cultuur, gaat u verder op dezelfde manier met 100 µL van entmateriaal in plaats daarvan.</li>
		<li>Zegel van de buis en laat die de bacteriën tussen 25 ° C en 30 ° C. groeien Pipetteer in verse medium gebruik van dezelfde procedure voordat van de band van bacteriën op het oppervlak van het medium.</li>
	</ol>
</li>
</ol>4. waarneming van de bacteriën
<ol><li>Steriliseren de stop van de fles cultuur in 70% ethanol oplossing op de top van het toe te passen en het passeren van de vlam van een brander van Bunsen. Voor semi-solide medium, opent u de buis onder de vlam van een brander van Bunsen. Gebruik een steriele naald en een steriele injectiespuit om Extraheer de bacteriën.</li>
	<li>Gebruik de opknoping drop methode8 om ervoor te zorgen dat de bacteriën zowel magnetische als motile zijn. Opmerking: Fase contrast microscopie geeft goede resultaten maar is niet verplicht. Variërend van 10 X tot 60 X vergrotingen zijn geschikt.</li>
	<li>Transmissie-elektronenmicroscopie (TEM) te observeren de celstructuur en de magnetosomes in detail8gebruiken</li>
</ol>

<ol><li>Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="https://www.annualreviews.org/doi/abs/10.1146/annurev.mi.36.100182.001245">Magnetotactic bacteria.</a> Annual Reviews in Microbiology. 36 (1), 217-238 (1982).</li>
<li>Uebe, R., Schüler, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetosome+biogenesis+in+magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Magnetosome biogenesis in magnetotactic bacteria.</a> Nature Reviews Microbiology. 14 (10), 621(2016).</li>
<li>Faivre, D., Schuler, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetotactic+bacteria+and+magnetosomes%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Reviews%22%5BJournal%5D)">Magnetotactic bacteria and magnetosomes.</a> Chemical Reviews. 108 (11), 4875-4898 (2008).</li>
<li>Bazylinski, D. A., et al. <a target="_blank" href="https://works.bepress.com/rfrankel/88/">Controlled biomineralization of magnetite (Fe3O4) and greigite (Fe3S4) in a magnetotactic bacterium.</a> Applied and Environmental Microbiology. 61 (9), 3232-3239 (1995).</li>
<li>Lefèvre, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diversity+of+magneto-aerotactic+behaviors+and+oxygen+sensing+mechanisms+in+cultured+magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Biophysical+Journal%22%5BJournal%5D)">Diversity of magneto-aerotactic behaviors and oxygen sensing mechanisms in cultured magnetotactic bacteria.</a> Biophysical Journal. 107 (2), 527-538 (2014).</li>
<li>Heyen, U., Schüler, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Growth+and+magnetosome+formation+by+microaerophilic+Magnetospirillum+strains+in+an+oxygen-controlled+fermentor%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+Microbiology+and+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Growth and magnetosome formation by microaerophilic Magnetospirillum strains in an oxygen-controlled fermentor.</a> Applied Microbiology and Biotechnology. 61 (5-6), 536-544 (2003).</li>
<li>Blakemore, R. P., Maratea, D., Wolfe, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+pure+culture+of+a+freshwater+magnetic+spirillum+in+chemically+defined+medium%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+bacteriology%22%5BJournal%5D)">Isolation and pure culture of a freshwater magnetic spirillum in chemically defined medium.</a> Journal of bacteriology. 140 (2), 720-729 (1979).</li>
<li>Oestreicher, Z., Lower, S. K., Lin, W., Lower, B. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Collection%2C+isolation+and+enrichment+of+naturally+occurring+magnetotactic+bacteria+from+the+environment%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Collection, isolation and enrichment of naturally occurring magnetotactic bacteria from the environment.</a> Journal of Visualized Experiments. (69), (2012).</li>
<li>Pósfai, M., Lefèvre, M., Trubitsyn, C., Bazylinski, D. A., Frankel, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phylogenetic+significance+of+composition+and+crystal+morphology+of+magnetosome+minerals%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Phylogenetic significance of composition and crystal morphology of magnetosome minerals.</a> Frontiers in Microbiology. 4, 344(2013).</li>
<li>Wolfe, R. S., Thauer, R. K., Pfennig, N. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0378109787900395">A 'capillary racetrack' method for isolation of magnetotactic bacteria.</a> FEMS Microbiology Ecology. 3 (1), 31-35 (1987).</li>
<li>Schübbe, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+a+spontaneous+nonmagnetic+mutant+of+Magnetospirillum+gryphiswaldense+reveals+a+large+deletion+comprising+a+putative+magnetosome+island%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">Characterization of a spontaneous nonmagnetic mutant of Magnetospirillum gryphiswaldense reveals a large deletion comprising a putative magnetosome island.</a> Journal of Bacteriology. 185 (19), 5779-5790 (2003).</li>
<li>Nadkarni, R., Barkley, S., Fradin, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+comparison+of+methods+to+measure+the+magnetic+moment+of+magnetotactic+bacteria+through+analysis+of+their+trajectories+in+external+magnetic+fields%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+One%22%5BJournal%5D)">A comparison of methods to measure the magnetic moment of magnetotactic bacteria through analysis of their trajectories in external magnetic fields.</a> PloS One. 8 (12), e82064(2013).</li>
<li>Waisbord, N., Lefèvre, C. T., Bocquet, L., Ybert, C., Cottin-Bizonne, C. <a target="_blank" href="https://arxiv.org/abs/1602.02966">Destabilization of a flow focused suspension of magnetotactic bacteria.</a> Physical Review Fluids. 1 (5), 053203(2016).</li>
<li>Komeili, A., Vali, H., Beveridge, T. J., Newman, D. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetosome+vesicles+are+present+before+magnetite+formation%2C+and+MamA+is+required+for+their+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Magnetosome vesicles are present before magnetite formation, and MamA is required for their activation.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (11), 3839-3844 (2004).</li>
<li>Scheffel, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+acidic+protein+aligns+magnetosomes+along+a+filamentous+structure+in+magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An acidic protein aligns magnetosomes along a filamentous structure in magnetotactic bacteria.</a> Nature. 440 (7080), 110(2006).</li>
<li>Zhu, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measuring+spectroscopy+and+magnetism+of+extracted+and+intracellular+magnetosomes+using+soft+X-ray+ptychography%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Measuring spectroscopy and magnetism of extracted and intracellular magnetosomes using soft X-ray ptychography.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113 (51), E8219-E8227 (2016).</li>
<li>Schüler, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+analysis+of+a+subcellular+compartment%3A+the+magnetosome+membrane+in+Magnetospirillum+gryphiswaldense%5BTitle%5D)+AND+%22Archives+of+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Molecular analysis of a subcellular compartment: the magnetosome membrane in Magnetospirillum gryphiswaldense.</a> Archives of Microbiology. 181 (1), 1-7 (2004).</li>
<li>Kolinko, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biosynthesis+of+magnetic+nanostructures+in+a+foreign+organism+by+transfer+of+bacterial+magnetosome+gene+clusters%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Nanotechnology%22%5BJournal%5D)">Biosynthesis of magnetic nanostructures in a foreign organism by transfer of bacterial magnetosome gene clusters.</a> Nature Nanotechnology. 9 (3), 193(2014).</li>
<li>Hergt, R., et al. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0304885305001186">Magnetic properties of bacterial magnetosomes as potential diagnostic and therapeutic tools.</a> Journal of Magnetism and Magnetic Materials. 293 (1), 80-86 (2005).</li>
<li>Lefevre, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+magnetite-producing+magnetotactic+bacteria+belonging+to+the+Gammaproteobacteria%5BTitle%5D)+AND+%22The+ISME+Journal%22%5BJournal%5D)">Novel magnetite-producing magnetotactic bacteria belonging to the Gammaproteobacteria.</a> The ISME Journal. 6 (2), 440(2012).</li>
<li>Williams, T. J., Lefèvre, C. T., Zhao, W., Beveridge, T. J., Bazylinski, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetospira+thiophila+gen.+nov.%2C+sp.+nov.%2C+a+marine+magnetotactic+bacterium+that+represents+a+novel+lineage+within+the+Rhodospirillaceae+%28Alphaproteobacteria%29%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Systematic+and+Evolutionary+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Magnetospira thiophila gen. nov., sp. nov., a marine magnetotactic bacterium that represents a novel lineage within the Rhodospirillaceae (Alphaproteobacteria).</a> International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 62 (10), 2443-2450 (2012).</li>
<li>Zhu, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+characterization+of+a+marine+magnetotactic+spirillum+axenic+culture+QH-2+from+an+intertidal+zone+of+the+China+Sea%5BTitle%5D)+AND+%22Research+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Isolation and characterization of a marine magnetotactic spirillum axenic culture QH-2 from an intertidal zone of the China Sea.</a> Research in Microbiology. 161 (4), 276-283 (2010).</li>
</ol>

De auteurs hebben niets te onthullen.

De specifieke O2 concentratie vereisten van MTB maken hen niet-triviaal om te groeien in het laboratorium. Een belangrijke stap van het protocol voor opgietvloeistof is de eerste verwijdering van alle O2 van het middel om de uiteindelijke concentratie door het toevoegen van een bepaald volume van O2, vlak voor de inenting. Het is gebleken dat MSR-1 groeit onder bijna volledig aërobe omstandigheden, echter het magnetisme van de cellen wordt drastisch verminderd. Uit hetzelfde onderzoek ble...

Magnetotactic bacteriën (MTB) vertegenwoordigen een breed scala van gram-negatieve prokaryoten alomtegenwoordig in zoet water en mariene aquatische habitats1. Deze bacteriën delen het vermogen te produceren van magnetische kristallen gemaakt van magnetiet (Fe3O4) of greigiet (Fe3S4), die in de meeste gevallen geassembleerd in ketens in de cellen. Dit bijzondere structurele motief is te wijten aan de aanwezigheid van verschillende specifieke proteïnen die zowel in het cytoplasma van de bacteriën en op het lipide membraan dat elke crystal2 omringt. Elke individuele crystal en haar omringende membraan vesikel heet een magnetosome en is variërend in grootte van ongeveer 30 tot 50 nm in3soorten Magnetospirillum . Vanwege de rangschikking van de keten van magnetosomes bezitten deze bacteriën een permanente magnetische dipoolmoment dat maakt ze passief uitlijnen met extern toegepaste magnetische velden. Daarom deze bacteriën actief zwemmen langs de magnetische veldlijnen, handelend als zelfrijdende micro-kompassen vermoedelijk tot meer effectief de meest gunstige omstandigheden zoeken (bv., O2 concentratie) voor groei.
Een interessante eigenschap van MTB is hun vermogen om zowel de chemie en de kristallografie van hun magnetosome kristallen te regelen. De meeste stammen produceren relatief hoge zuiverheid kristallen van hetzij magnetiet hetzij greigiet, hoewel sommige biomineralize beide mineralen4. In alle gevallen kunnen de bacteriën exact bepalen de grootte en de vorm van hun één magnetische domein kristallen. Dit verklaart waarom een grote hoeveelheid onderzoek is begonnen met het ontwikkelen van een beter begrip van hoe MTB voeren dit biomineralization proces. Inzicht in dit proces mogelijk de onderzoekers te kleermaker-merk magnetisch nanokristallen voor veel commerciële en medische toepassingen.
Een aanzienlijke belemmering voor uitgebreid onderzoek op MTB is de moeilijkheid van het kweken van hen in het laboratorium. De meeste soorten, met inbegrip van de spanningen in dit werk gebruikt zijn obligately microaerophilic als volwassen met O2 als een accepteerder terminal elektron. Dit verklaart waarom deze bacteriën zijn meestal te vinden op het overgangsgebied tussen oxic en zuurstofvrije omstandigheden (de IME-zuurstofvrije interface, OAI). Dit toont duidelijk aan dat MTB hebben precieze O2 concentratie vereisten die natuurlijk moet rekening worden gehouden bij het opstellen van groei media voor deze organismen. Bovendien, de grote bestaande diversiteit aan MTB betekent dat verschillende soorten verschillende soorten chemische verlopen en voedingsstoffen om optimale groei te realiseren zal moeten.
In dit werk, beschrijven we de methoden voor de teelt van drie van de meest bestudeerde MTB: Magnetospirillum magneticum (stam AMB-1), M. magnetotacticum (MS-1) en M. gryphiswaldense (MSR-1). Deze soorten behoren tot de klasse van de Alphaproteobacteria in de stam van de Proteobacteria fylogenetisch, zijn spiraalvormige in morfologie en bezitten een polar flagellum aan elk uiteinde van de cel. Wij bieden de protocollen voor de groeiende stam MSR-1 in zowel vloeibare als O2 concentratie verloop semi-vaste voedingsbodems, gebaseerd op eerder gepubliceerde middellange recepten5,6. Ook presenteren we een gedetailleerd protocol voor de teelt van stammen AMB-1 en MS-1 in gewijzigde magnetische Spirillen groei Medium (MGSM)7.

<table><tbody><tr><td>AMB-1</td><td>American Type Culture Collection (ATCC)</td><td>ATCC 700264</td><td></td></tr><tr><td>MS-1</td><td>ATCC</td><td>ATCC 31632&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>MSR-1</td><td>Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ)</td><td>DSM 6361</td><td></td></tr><tr><td>Ferric citrate</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>F3388-250G</td><td></td></tr><tr><td>Trace mineral supplement</td><td>ATCC</td><td>MD-TMS</td><td></td></tr><tr><td>KH2PO4</td><td>EMD</td><td>PX1565-1</td><td></td></tr><tr><td>MgSO4.7 H2O</td><td>EMD</td><td>MX0070-1</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>BioShop Canada Inc</td><td>HEP001.250</td><td></td></tr><tr><td>NaNO3</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S5506-250G</td><td></td></tr><tr><td>Yeast extract</td><td>Fischer scientific</td><td>DF210929</td><td></td></tr><tr><td>Peptone</td><td>Fischer scientific</td><td>DF0436-17-5</td><td></td></tr><tr><td>Potassium L-lactate solution (60%)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>60389-250ML-F</td><td></td></tr><tr><td>D-(-)-Quinic acid</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>138622</td><td></td></tr><tr><td>FeCl3.6H2O</td><td>Fischer scientific</td><td>I88-100</td><td></td></tr><tr><td>Vitamin supplement</td><td>ATCC</td><td>MD-VS</td><td></td></tr><tr><td>Sodium succinate hexahydrate</td><td>Fischer scientific</td><td>S413-500</td><td></td></tr><tr><td>Sodium L-tartrate dibasic dihydrate</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>228729-100G</td><td></td></tr><tr><td>Sodium acetate trihydrate</td><td>EMD</td><td>SX0255-1</td><td></td></tr><tr><td>Resazurin</td><td>Difco</td><td>0704-13</td><td></td></tr><tr><td>Ascorbic acid</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A4544-25G</td><td></td></tr><tr><td>K2HPO4</td><td>Caledon</td><td>6620-1-65</td><td></td></tr><tr><td>FeCl2 .4H2O</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>44939-250G</td><td></td></tr><tr><td>Sodium bicarbonate</td><td>EMD</td><td>SX0320-1</td><td></td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Caledon</td><td>7560-1</td><td></td></tr><tr><td>NH4Cl</td><td>EMD</td><td>1011450500</td><td></td></tr><tr><td>CaCl2.2 H2O</td><td>EMD</td><td>1023820500</td><td></td></tr><tr><td>Agar A</td><td>Bio Basic Canada Inc</td><td>FB0010</td><td></td></tr><tr><td>L-cysteine.HCl.H2O</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C7880-100G</td><td></td></tr><tr><td>1.0 mL syringes</td><td>Fischer scientific</td><td>B309659</td><td></td></tr><tr><td>25G&nbsp; x 1 needles</td><td>BD</td><td>305125</td><td></td></tr><tr><td>125 mL serum bottles</td><td>Wheaton</td><td>223748</td><td></td></tr><tr><td>20 mm aluminum seals</td><td>Wheaton</td><td>224223-01</td><td></td></tr><tr><td>20mm E-Z Crimper</td><td>Wheaton</td><td>W225303</td><td></td></tr><tr><td>Butyl-rubber stoppers</td><td>Bellco Glass, Inc.</td><td>2048-11800</td><td></td></tr><tr><td>Hungate tubes</td><td>Chemglass (VWR)</td><td>CLS-4208-01</td><td></td></tr><tr><td>Septum stopper, 13mm, Hungate</td><td>Bellco Glass, Inc.</td><td>2047-11600</td><td></td></tr><tr><td>Glass culture Tubes</td><td>Corning (VWR)</td><td>9826-16X</td><td></td></tr><tr><td>Hydrochloric acid 36.5-38%, BioReagent</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>H1758-100ML</td><td>11.6 - 12 N</td></tr></tbody></table>

groeiende magnetotactic bacteriën van het geslacht magnetospirillum: stammen msr-1, amb-1 en ms-1

Growing Magnetotactic Bacteria of the Genus Magnetospirillum: Strains MSR-1, AMB-1 and MS-1

Magnetotactic bacteriën zijn gram-negatieve, sporenvormende, hoofdzakelijk aquatische prokaryoten alomtegenwoordig in zoetwater- en mariene habitats. Ze worden gekenmerkt door hun vermogen om te biomineralize magnetosomes, die magnetische nanometer middelgrote kristallen van magnetiet (Fe3O4) of greigiet (Fe3S4 zijn) omgeven door een lipide dubbelgelaagde membraan, binnen hun cytoplasma. Voor de meeste bekende magnetotactic bacteriën, worden magnetosomes geassembleerd in ketens in het cytoplasma, waardoor verlenen een permanente magnetische dipoolmoment op de cellen, en waardoor ze passief uitlijnen met externe magneetvelden. Vanwege deze specifieke kenmerken hebben magnetotactic bacteriën een groot potentieel voor commerciële en medische toepassingen. Echter, de meeste soorten zijn microaerophilic en hebben specifieke O2 concentratie vereisten, waardoor ze moeilijker te groeien routinematig dan veel andere bacteriën zoals Escherichia coli. Hier presenteren we gedetailleerde protocollen voor het kweken van drie van de meest bestudeerde stammen van magnetotactic bacteriën, alle behorend tot het geslacht Magnetospirillum. Deze methoden toestaan voor een nauwkeurige besturing van de concentratie van O2 ter beschikking gesteld van de bacteriën, om ervoor te zorgen dat ze normaal groeien en synthetiseren van magnetosomes. Groeiende magnetotactic bacteriën voor verdere studies met behulp van deze procedures vereist geen het Vejle te worden een expert in de microbiologie. De algemene methoden gepresenteerd in dit artikel kunnen ook worden gebruikt om te isoleren en cultuur van de andere magnetotactic bacteriën, hoewel het is waarschijnlijk dat groei media chemische samenstelling zal moeten worden gewijzigd.

Succesvolle voorbereiding van de groei-media kan als volgt worden beoordeeld. Aan het einde van het proces, duidelijke oplossingen (dwz., vrij van een eventueel neerslag) moeten worden verkregen (dit geldt voor zowel de vloeibare media en het O2 kleurovergang semi-solide medium). Een afbeelding weergeven het verwachte aspect van de MSR-1 opgietvloeistof voordat inoculatie kan worden gezien in Figuur 2a. Een succesvolle O2 concen...

Presenteren we een procedure voor het kweken van verschillende stammen van Magnetospirillum in twee verschillende soorten media groei. Magnetospirillum gryphiswaldense stam MSR-1 groeit zowel in vloeibare als in O2 concentratie verloop semi-vaste voedingsbodems terwijl M. magneticum stam AMB-1 en M. magnetotacticum stam MS-1 worden geteeld in vloeistof.

Groeiende Magnetotactic bacteriën van het geslacht Magnetospirillum: stammen MSR-1, AMB-1 en MS-1

Magnetotactic bacteria are Gram-negative, motile, mainly aquatic prokaryotes ubiquitous in freshwater and marine habitats. They are characterized by their ...

Deze methode maakt het mogelijk om drie verschillende soorten magnetotactische bacteriën genaamd MSR-1, AMB-1 en MS-1 te kweken. Alle zoetwatersoorten, en allemaal van het geslacht magnetospirillum. Het is een essentiële eerste stap voor elke vorm van reproduceerbaar onderzoek waarbij deze organismen betrokken zijn.Magnetotactische bacteriën hebben zeer specifieke zuurstofbehoeften, daarom ontwikkelden ze een magnetisch navigatiesysteem. Het is dus erg belangrijk om de hoeveelheid zuurstof die beschikbaar is voor hen te controleren. Al dit protocol is geoptimaliseerd voor een paar specifieke stammen van zoetwatermagnetopirilla.De details kunnen worden geoptimaliseerd om tegemoet te komen aan de zuurstof- en voedingsbehoeften van andere magnetotactische bacteriën. Installeer veilig een stikstofgastank in de buurt van een bankje waarop voldoende ruimte is om het stikstofstation in te stellen. Sluit een stuk buizen aan op de tank die lang genoeg is om het gebied te bereiken waar het station zal worden gebouwd.Breng indien nodig Teflon-tape aan bij de uitgang van de tank om lekkage te voorkomen. Om een station te bouwen dat vijf flessen medium tegelijk kan borrelen, snijd dan vier stukken buizen van maximaal vijf centimeter lang. Monteer de stukken buizen in een lijn met drie 3-weg T-vormige kunststof fittingen.Sluit het ene uiteinde van deze lijn aan op het stuk buizen bij de output van de stikstoftank door middel van een extra T-vormige fitting. Voeg een 90-graden elleboog montage aan de andere kant. Gebruik tape om de structuur te bevestigen aan een horizontale metalen staaf geplaatst aproximately 30 centimeter boven de bank.Sluit vijf stukken buizen van maximaal 20 centimeter lang aan op de drie uitgangen van de geïnstalleerde fittingen. Verwijder de zuigers van vijf een-milliliter plastic spuiten, en snijd het grotere uiteinde van deze spuiten, waarbij alleen het gegradueerde deel. Vul deze spuiten met katoen, zorg ervoor dat ze niet te strak inpakken.Steek de spuiten in de 20 centimeter lange verticale stukken buizen. Zet het gas aan en gebruik zeepwater om ervoor te zorgen dat er geen lekkage is wanneer stikstof stroomt. Verwijder de doppen van vijf naalden van 25 meter en steek deze naalden in stukjes dunne buizen van 10 centimeter.Bevestig de geprepareerde naalden aan de spuiten van het stikstofstation. Zorg ervoor dat stikstof door alle vijf de lijnen stroomt en houd het station stand-by. Bereid een ferric citraatoplossing van 10 millimolar door 0,245 gram ferric citraat toe te voegen aan 100 milliliter gedestilleerd water.Verwarm en roer om op te lossen totdat een oranje heldere oplossing is verkregen. Autoclave de oplossing met behulp van een standaard cyclus van ten minste 15 minuten blootstelling bij 121 graden Celsius voor het opslaan van de gesteriliseerde voorraad oplossing bij kamertemperatuur in het donker. Om vijf flessen vloeibare groeimedium voor MSR-1 te bereiden, voegt u de in een tekstprotocol vermelde chemicaliën toe aan een beker met 300 milliliter gedestilleerd water.Toevoeging van de steriele ferric citraat en minerale oplossingen moet worden uitgevoerd onder de vlam van een Bunsen brander met behulp van steriele technieken. Steriele omstandigheden zijn essentieel om besmetting van de cultuur door andere bacteriële soorten te voorkomen. Pas na de toevoeging van alle chemicaliën de pH aan op 7,0 met één molaire natriumhydroxideoplossing.Doe het vers bereide medium in serumflessen van 125 milliliter en giet 60 milliliter medium in elke fles. Bubble stikstof in het medium gedurende 30 minuten om de opgeloste zuurstof te verwijderen met behulp van de kleine slang aangesloten op het stikstofstation. Plaats een butyl rubberstop op de top van elke fles, waardoor een kleine opening om het overtollige gas om de fles te verlaten.Na 30 minuten sluit u elke fles af met de bereide stop en een aluminium afdichting. De aluminium afdichting zorgt ervoor dat de fles tijdens de rest van het protocol verzegeld blijft. Koppel de naalden en de dunne slang los van het stikstofstation en vervang ze door schone naalden.Pas de kleppen van de stikstoftank zo aan dat een zachte, continue gasstroom de tank verlaat. Steek nu een van de naalden die verbonden zijn met de stikstoftank in een fles medium via de rubberstop. Steek onmiddellijk een andere schone naald in dezelfde fles.Herhaal deze stap voor de andere flessen, en laat stikstof stromen voor ongeveer 30 minuten om de lucht in de flessen te vervangen door stikstof. Na 30 minuten koppel je een fles los van het stikstofstation door de overeenkomstige naald te verwijderen. Wacht een paar seconden tot de druk in de fles medium afneemt tot atmosferische druk en verwijder de tweede naald.Herhaal deze stap voor alle resterende flessen. Om 120 milliliter halfvast groeimedium voor MSR-1 voor te bereiden, bedek het bekerglas met aluminiumfolie en beklad de oplossing die is voorbereid zoals beschreven in het tekstprotocol. Bereid vlak voor het einde van de autoclavecyclus een nieuwe 4%cysteïneoplossing voor en pas de pH aan op 7.0 met een vijf molaire natriumhydroxideoplossing, zoals beschreven in het tekstprotocol.Laat het medium na autoclaving afkoelen tot 50 tot 60 graden Celsius en breng de beker onder de vlam van een Bunsen-brander. Verwijder de aluminiumfolie en voeg snel de chemische stoffen in het tekstprotocol toe met behulp van steriele technieken terwijl u zachtjes roert. Voeg 1,2 milliliter filter gesteriliseerde cysteïne oplossing.Na de toevoeging van alle chemicaliën, breng het warme medium in 16 milliliter steriele schroefdop Hungate buizen. Breng 12 milliliter van het medium in elke buis, en verzegel de buizen. Om stammen MSR-1, AMB-1 en MS-1 in vloeibaar medium te inenten, vlam je de toppen van de zuurstof en verse medium flessen door ethanol op de stoppers aan te brengen en door de vlam van een Bunsen-brander te laten gaan.Met behulp van een steriele spuit en een naald, extract een milliliter zuurstof uit de zuurstoffles en breng het in de verse middelgrote fles. Bij gebruik van het entmateriaal uit een andere cultuur geteeld in een glazen fles, vlam beide flessen. Dan inenting een milliliter van de oudere cultuur in het verse medium.Broed de cultuur op 32 graden Celsius, en inenten in vers medium na vier tot zeven dagen. Om MSR-1 in zuurstofgradiënt, semisolid middel, te inenten, controleer of de buis van vers middel een goed-bepaalde OAI toont, die door een roze aan kleurloze interface ongeveer één tot drie centimeters onder de oppervlakte van het middel wordt gematerialiseerd. Als het entmateriaal afkomstig is van een andere zuurstofconcentratie gradiënt semisolid cultuur, oogst de bacteriën door het aspirating 50 microliters van de cultuur met een steriele pipet tip geplaatst op de band gevormd door de bacteriën.Langzaam inenten deze bacteriën op de OAI in het verse medium, het vermijden van het verstoren van de interface. Sluit de buis af en laat de bacteriën groeien tussen de 25 graden Celsius en 30 graden Celsius. Om ervoor te zorgen dat de bacteriën zowel magnetisch als modaal zijn, plaatst u een druppel cultuur op de microscoopbekledingsslip.Draai de afdekstrook om en installeer deze op een O-ring die op een glazen schuif rust. Zorg ervoor dat de druppel de onderste dia niet raakt. Plaats de hangende druppel onder een microscoop en focus op een rand van de druppel.Plaats de zuidpool van een magneet dicht bij die rand, en kijk hoe de bacteriën naar de rand zwemmen. Draai de magneet om ze te laten zwemmen in de tegenovergestelde richting. Hier worden de flessen vloeibare media getoond voor inenting en na bacteriële groei.Troebelheid in de tweede fles geeft aan dat bacteriën groeien. Deze twee keer versnelde film toont het verwachte resultaat van een opknoping drop experiment voor een modale en magnetische magnetotactische bacteriën cultuur. De bacteriën zwommen in eerste instantie naar de rand van de druppel wanneer een magnetisch veld wordt aangebracht.Wanneer de veldrichting van de magneet wordt omgekeerd, zwommen de bacteriën weg van de rand waar het magnetisch veld wordt aangebracht. Hier getoond zijn buizen van halfvast medium voor inenting en na bacteriële groei. Zoals verwacht, een band van bacteriën vormen op de oxic-anoxische interface en migreert na verloop van tijd als zuurstof wordt verbruikt en de interface omhoog beweegt.Hier is een representatieve elektronenmicrograaf van een magnetisch spirillum te zien. De flagella worden aangegeven door de zwarte pijlen, terwijl de rode pijlen de magnetosomen tonen. Bij een poging deze procedure, het is zeer belangrijk om te onthouden dat magnetotactische bacteriën hebben zeer specifieke zuurstofniveau eisen om zowel goed groeien en magnetosoom produceren.Dit protocol laat zien hoe het zuurstofgehalte in de groeimedia te controleren en te controleren om de micro-omstandigheden te bereiken die door deze organismen worden bekoos. Volgens deze methode kunnen hoge concentraties van gezonde en zeer magnetische cellen worden verkregen. Op deze manier kunnen experimenten die grote hoeveelheden bacteriën vereisen worden uitgevoerd, zoals magnetosoomextractie, genomische en genetische studies, of observatie van collectieve beweging door microscopie.De mogelijkheid om magnetotactische bacteriën te kweken in het lab is echt wat wetenschappers heeft toegestaan om op systematische wijze de fascinerende biochemische en fysische eigenschappen van deze organismen te onderzoeken.

growing-magnetotactic-bacteria-genus-magnetospirillum-strains-msr-1

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Mama is een uniek Magnetosome geassocieerd eiwit dat werd aangetoond dat het betrokken is bij magnetosome activering. Hier presenteren we de zuivering protocol van Mama deletiemutant (MamAΔ41)...

Zuivering van het M. magneticum Strain AMB-1 Magnetosome geassocieerd eiwit MamAΔ41

Source: Le Nagard, L., et al. Growing Magnetotactic Bacteria of the Genus Magnetospirillum: Strains MSR-1, AMB-1 and MS-1. J. Vis. Exp. (2018).This video demonstrates how to culture Magnetospirillum bacteria under microaerobic conditions using both liquid and semi-solid media. It highlights the formation of a visible bacterial band at the oxic-anoxic interface and its upward migration as oxygen is depleted. The video also shows how to assess magnetotactic behavior by observing directional...

Growing Magnetospirillum Bacteria and Assessing Their Magnetotactic Behavior

We tonen een methode magnetotactic bacteriën (MTB) die kunnen worden toegepast in natuurlijke wateren verzamelen. MTB kunnen worden geïsoleerd en verrijkt door sediment monsters met behulp van een relatief eenvoudige installatie die gebruik maakt van de bacteriën de natuurlijke magnetisme. Geïsoleerde MTB kunnen dan worden in detail onderzocht met behulp van zowel licht-en elektronenmicroscopie.

Collection, Isolatie en Verrijking van natuurlijk voorkomende Magnetotactic Bacteriën van het milieu

Matrix-ondersteunde laserdesorptie/ionisatie tijd-van-vlucht massaspectrometrie (MALDI-TOF MS) en moleculaire technieken (16S rRNA gen sequencing) maken de identificatie van zeldzame bacteriële pathogenen in routine diagnostische mogelijkheden. Het doel van dit protocol ligt in de combinatie van beide technieken, wat leidt tot meer nauwkeurige en betrouwbare gegevens.

Identificatie van bijzondere bacteriële pathogenen door 16S rRNA Gene Sequencing en MALDI-TOF MS

Er wordt een protocol voor de synthese en kationisatie van kobalt-gedopeerd magnetoferritine gepresenteerd, evenals een methode om stamcellen snel te magnetiseren met gekationiseerd magnetoferritine.

Synthese van gekationiseerde Magnetoferritin voor ultrasnelle magnetisatie van Cells

Het algemene doel van dit protocol is voor het synthetiseren van functionele nanosensors voor de portable, kosteneffectief en snelle detectie van specifiek gericht pathogene bacteriën door een combinatie van magnetische ontspanning en fluorescentie emissie modaliteiten.

Foodborne Pathogen Screening met behulp van Magneto-belichting fluorescerende Nanosensor: Snelle detectie van E. Coli O157:H7

Dit artikel presenteert een methode voor het kweken van een biofilm voor in situ secundaire ion time-of-flight massaspectrometrie voor toewijzing van de chemische in haar gehydrateerd staat, ingeschakeld door een microfluidic-reactor, systeem voor analyse op de vloeibare vacuüm-Interface. De heer Shewanella oneidensis -1 met groene fluorescentie eiwit werd gebruikt als een model.

In Situ Karakterisatie van Shewanella oneidensis MR1 Biofilms door SALVI en ToF-SIMS

MAPS-technologie is ontwikkeld om het targetoom van een specifiek regulerend RNA in vivo te onderzoeken. De sRNA van belang is gelabeld met een MS2 aptamer die de co-zuivering van zijn RNA-partners en hun identificatie door RNA-sequencing mogelijk maakt. Dit gewijzigde protocol is bijzonder geschikt voor Gram-positieve bacteriën.

MS2-Affinity Zuivering in combinatie met RNA Sequencing in Gram-Positieve Bacteriën

Dit protocol beschrijft de verrijking van inheemse mycobacteriële extracellulaire vesikels (mEV's) uit axenische culturen van Mycobacterium smegmatis (Msm) en hoe mCherry (een rode fluorescerende reporter)-bevattende recombinante MsmEV's kunnen worden ontworpen en verrijkt. Ten slotte verifieert het de nieuwe aanpak met de verrijking van MsmEV's die het EsxA-eiwit van Mycobacterium tuberculosis bevatten.

Verrijking van inheemse en recombinante extracellulaire blaasjes van mycobacteriën

Een procedure voor vloeibare-based kweken en verstrekking...

High-throughput screening &#39;en biosensing met fluorescerende C. elegans Stammen

Leer hoe je magnetotactische bacteriën van het geslacht Magnetospirillum kweekt, inclusief stammen MSR-1, AMB-1 en MS-1. Dit protocol optimaliseert zuurstofcontrole in vloeibare en halfvaste media voor reproduceerbaar microbiologisch onderzoek.

Groeiende Magnetotactic bacteriën van het geslacht Magnetospirillum: stammen MSR-1, AMB-1 en MS-1

Meer video's verkennen