Name: Identificeren van- en Polyfluorinated chemische soorten met een gecombineerde gerichte en niet-gerichte-Screening hoge-resolutie massa spectrometrie Workflow (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-04-18T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 4 s
Description: Leer PFAS-analyse in water met een gecombineerde gerichte en niet-gerichte screening via vloeistofchromatografie en massaspectrometrie. Deze methode identificeert bekende en nieuwe fluorverbindingen voor milieumonitoring.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

De US Environmental Protection Agency, via haar Bureau voor onderzoek en ontwikkeling, gefinancierd en beheerd het hier beschreven onderzoek. Dit document is beoordeeld door het US Environmental Protection Agency, Office of Research en ontwikkeling, en goedgekeurd voor publicatie. De standpunten in dit artikel zijn die van de auteurs en geven niet noodzakelijkerwijs de standpunten of het beleid van de US Environmental Protection Agency. Dit onderzoek werd gedeeltelijk ondersteund door een afspraak op het postdoctoraal onderzoeksprogramma de nationale blootstelling Research Laboratory beheerd door het Oak Ridge Instituut voor wetenschap en opvoeding door Interagency DW89992431601 van de overeenkomst tussen de Amerikaanse ministerie van energie en de US Environmental Protection Agency.

1. verzameling van watermonsters
<ol><li>Voorbereiding van PFAS standaard voorraden<ol>
<li>Bereid een mengsel PFAS standaard in methanol met een gerichte verbindingen van belang (bijv. PFOA, PFOS, HFPO-DA) 1 ng/µL. Dit is het Native PFAS mengsel. Commercieel bereide mengsels zijn ook beschikbaar (dat wil zeggen, PFAC Mix A en Mix B).</li>
		<li>Een standaard mengsel met gecompenseerde stabiele isotoop label (SIL) PFAS verbindingen (bijvoorbeeld 13C4- PFOA, 13C8- PFOS, 13C3- HFPO-DA) voor te bereiden op 1 ng/µL. Dit is het mengsel PFAS IS. Commercieel bereide mengsels zijn ook beschikbaar (dat wil zeggen, MPAFC Mix A en Mix B). Opmerking: Als een SIL-versie van de gerichte PFAS niet beschikbaar is, een surrogaat met vergelijkbare structuur en ketting lengte kan worden gebruikt (bijvoorbeeld 13C2- PFHxA voor HFPO-DA)</li>
	</ol>
</li>
	<li>Voorbereiding van veld leeg (FB), Spike leeg (SB) monsters<ol>
<li>Vul twee, schoon high-density polypropyleen (HDPE) of polypropyleen (PP) flessen met 1000 mL van laboratorium gede¨ uoniseerd water van de (DI), bekend als PFAS gratis. Let op: PFAS materialen vaak hebben undefined toxiciteit en/of carcinogeniteit. Zorg moet worden genomen om te voorkomen dat mondeling of huid blootstelling aan normen of stamoplossingen.</li>
		<li>Een hoeveelheid PFAS standaard mengsel toevoegen aan een van de flessen op een eindconcentratie gelijk aan de verwachte monsterconcentraties (bijvoorbeeld 100 ng/L). Dit is de Spike leeg (SB).</li>
		<li>Voeg 5 mL salpeterzuur 35% conserveermiddel de Spike leeg.</li>
		<li>De uitvoering van de SB monster en de blanco unspiked veld naar de locatie van de bemonstering als besturingselementen.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Veld bemonstering Opmerking: Monster verzamelaar moet dragen nitril handschoenen en monster uit vloeiende systemen waar mogelijk. Kraan monsters mogen vloeien en equilibreer vóór de bemonstering (2-3 min).<ol>
<li>500-1000 mL water ophalen op de veldlocatie in een schone fles HDPE of PP.</li>
		<li>Voeg 5 mL salpeterzuur 35% conserveermiddel monsterflessen en veld leeg. Let op: salpeterzuur is corrosief en een sterke oxidator</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. voorbeeld extractie
Opmerking: PFAS zijn alomtegenwoordige en voortdurende. Ervoor zorgen dat alle oplosmiddelen zijn van de hoogste rang hebben geanalyseerd voor lage niveau PFAS besmetting. Spoel alle laboratoriumapparatuur die wordt gebruikt voor het opstellen van normen voordat u spaties en monsters voorbereidt.
<ol><li>Voorbehandeling van het monster<ol>
<li>Giet elk monster in een afzonderlijke, vooraf gereinigd 1 L HDPE studeerde aan de cilinder en record het exacte volume.</li>
		<li>Voeg 10 mL van methanol aan de leeggemaakte monster fles, het kapje en schud krachtig om te spoelen geadsorbeerde PFAS van het interieur van de fles.</li>
		<li>De gemeten watermonster terugkomen in de gespoeld fles met de methanol spoelen.</li>
	</ol></li>
	<li>Standaard curve voor kwantificatie<ol>
<li>Vul acht, 1 L HDPE/PP flessen met DI PFAS-gratis water.</li>
		<li>Selecteer acht gelijkmatig verdeelde concentraties die de gewenste kwantificatie scala. Bijvoorbeeld: 10, 25, 50, 100, 250, 500, 750 en 1000 ng/L voor een bereik van 10-1000 ng/L.</li>
		<li>Een hoeveelheid van inheemse PFAS mix toevoegen aan elke fles de eindconcentraties van de PFAS in punt 2.2.2 oplevert (bijvoorbeeld 100 µL PFAS Mix-A tot en met 1L DI water = 100 ng/L).</li>
	</ol></li>
	<li>Interne standaard toevoeging Opmerking: Toevoeging van stabiele isotoop label interne standaard (IS) is alleen nodig als kwantitatieve resultaten worden gewenst naast niet-doelgerichte analyse.<ol>
<li>Het IS PFAS mengsel toevoegen aan elk monster met een concentratie tot onderlinge aanpassing van het middelpunt van de ijkcurve (bijvoorbeeld 250 µL van IS PFAS mix = 250 ng/L)</li>
	</ol></li>
	<li>Filtratie<ol>
<li>Filtreer monsters door GF/A glasvezel filters (47 mm, 1.6 µm poriegrootte) onder zachte vacuüm in een vooraf gereinigd maatkolf van 1 L HDPE vacuüm.</li>
		<li>Als zwevende deeltjes in de fles blijft, spoel met extra gedeïoniseerd water in de filter. Het gefilterde water terug naar de monster fles of een nieuwe container voor vaste fase extractie.</li>
	</ol></li>
	<li>Vaste fase extractie (SPE) Opmerking: Cartridge concentratie beschreven hier maakt gebruik van een constante stroom zuigerpomp. Alternatieve methoden van concentratie met behulp van een vacuüm spruitstuk20 of met behulp van een on-line SPE-LC-MS17 setup zijn mogelijk maar niet besproken.<ol>
<li>Voorwaarde een zwakke anion uitwisseling (WAX) cartridge met 25 mL van methanol.</li>
		<li>Conditie van de WAX cartridge met een extra 25 mL gedeïoniseerd water.</li>
		<li>Positie pomp slang trekken in gefilterde monsterflessen en SPE cartridges met de namen van de steekproef van de bijbehorende label.</li>
		<li>Pomp 500 mL monster water door de cartridge tempo een gestage stroom van 10 mL/min (500 mL totaal), doorstroom vloeistof om afval te verwijderen. Opmerking: De grotere of kleinere volumes kunnen worden geconcentreerd is afhankelijk van de verwachte monsterconcentraties.</li>
		<li>Verwijder de cassette uit zuigerpomp voor elutie. Opmerking: Indien extra monsters met behulp van de dezelfde pomp concentreren, de zuigerpomp moet worden gespoeld met 25 mL van methanol voordat u installeert de volgende patroon voor evenwichtsinstelling.</li>
		<li>SPE cartridge overbrengen in een vacuüm variëteit en uitrusten met externe glazen reservoir.</li>
		<li>Flush SPE cartridge met 4 mL 25 mM, pH 4.0 natrium acetaat buffer onder zachte vacuüm. Stroom door negeren. Wassen SPE cartridge met 4 mL neutrale methanol. Opmerking: Neutraal wassen breuk kan worden verzameld als specifieke nonionic polar analyten wordt verwacht. Anders, wegdoen om te verspillen</li>
		<li>Plaats een 15 mL polypropyleen centrifugebuis onder elke cartridge SPE eluens verzamelen. Elueer monster met 4 mL 0,1% ammoniumhydroxide in methanol.</li>
		<li>Verwijder elutie buis en eluaat volume te verlagen tot 500-1.000 µL door verdamping onder droge stikstof stream in een waterbad bij licht verhoogde temperatuur (40 ° C).</li>
		<li>Geconcentreerd monster extracten kunnen vóór de analyse bij kamertemperatuur worden opgeslagen.</li>
	</ol></li>
	<li>Gerichte LC-MS/MS kwantificatie<ol>
<li>Verdunde 100 µL van monster extraheren met 300 µL van 2 mM ammonium acetaat buffer in een flacon van HPLC monster.</li>
		<li>Kalibreren en equilibreer een HPCL-samenstelling en MS systemen volgens de instructies van de fabrikant. Opmerking: Achtergrond PFAS worden vaak gedetecteerd als gevolg van het gebruik van fluorpolymeer componenten van de meeste LC systemen en in monster flacon septa. Controleer of de detecteerbare niveaus in blanco te verwaarlozen vóór gebruik. Wijziging van de LC-systeem te vervangen door Teflon componenten wordt voorgesteld waar mogelijk. Het gebruik van een analytische "hold-up"-kolom naast de LC mengen klep is ook voorgestelde29.</li>
		<li>Bereiden een analytische composities uit de standaard curve, voorbeelden en een extra kopie van de standaard curve te beoordelen van instrumentele drift over de run. De composities van een voorbeeld wordt weergegeven in tabel 1.</li>
		<li>Analyseer de monsters met behulp van de methoden van LC en MS voor de gerichte verbinding(en) van belang. Het verloop van de LC voorbeeld is weergegeven in tabel 2 en MS methodeparameters worden weergegeven in tabel 3 en tabel 4. Verdere kan gedetailleerde bespreking worden gevonden in McCord et al.21.</li>
		<li>Een standaard curve genereren uit de standaard monsters met behulp van de ratio gebied piek van de analyt de interne standaard ten opzichte van de concentratie van de analyt. Het genereren van een kwadratische regressie-formule met 1 / x weging voor concentratie voorspelling9.</li>
		<li>Kwantificeren van gerichte analyten in elk monster met behulp van de voorbereide standaard curven en gebied verhouding (standaardgebied / gebied) voor iedere meting.</li>
		<li>Als de concentratie hoger is dan het kalibratietraject, Verdun het oorspronkelijke monster met DI water verrijkt met de juiste IS concentratie en opnieuw uitpakken om de concentratie in het juiste bereik.</li>
	</ol></li>
	<li>Niet-gerichte LC-MS/MS gegevensverzameling<ol>
<li>Verdunde 100 µL van monster extraheren met 300 µL van 2 mM ammonium acetaat buffer in een flacon van HPLC monster.</li>
		<li>Kalibreren en equilibreer een HPCL-samenstelling en hoge resolutie MS volgens de instructies van de fabrikant.</li>
		<li>Bereiden een analytische composities zoals 2.6.2.</li>
		<li>Using naar de software instrument, het verzamelen van gegevens van de LC-MS met een brede scan MS1 in gegevens-afhankelijke modus voor het verzamelen van MS/MS. voorbeeld LC verloop in tabel 5. Verdere bespreking van instrumentele instellingen kan worden gevonden in Strynar et al.30 en Newton et al.31. Opmerking: Voor verbeterde MS/MS analyse van de gegevens afhankelijk van de kwaliteit kan worden uitgevoerd met een voorkeur ion-lijst van een subset van functies die overblijven na de verwerking van de gegevens in 2.8.1-2.8.8.</li>
	</ol></li>
	<li>Verwerking van de gegevens van de niet-gerichte Opmerking: Data-analyse kan worden uitgevoerd met een breed scala aan software en deze methoden weerspiegelen niet de enige of beste methode voor een willekeurige dataset. Waar mogelijk, bieden stappen een generieke beschrijving die in alternatieve software kan worden uitgevoerd. Verwerking van de voorbeeldgegevens van de in het volgende gebruikt in dit manuscript werd uitgevoerd met behulp van specifieke software leverancier (Software-1 en 2 van de Software) zoals beschreven in Newton et al..31.<ol><li>Uitvoeren van moleculaire functie extractie van chemische eigenschappen met behulp van een van verschillende open source software pakketten32,33 of leverancier software te identificeren exacte missen, retentietijden en geïntegreerde piek gebieden van chemische functies.<ol>
<li>Selecteer in Software-1, de voorbeeldbestanden toevoegen/verwijderen > bestanden toevoegen en selecteer de onbewerkte gegevens uit het experiment niet-doelgerichte en druk op OK.</li>
			<li>In Software-1 Selecteer Batch recursieve functie extractie > Open methode... om te laden van een preestablished methode, of software-instellingen handmatig te bewerken. Profinder instellingen voor extractie van de functie vindt u in tabel 6.</li>
			<li>Software-1, na extractie van de functie, Selecteer in bestand > exporteren als CSV-bestand..., bestand > exporteren als CEF..., of bestand > exporteren als PFA... voor verdere verwerking. CEF bestanden wordt verondersteld dat voor de rest van de beschrijving.</li>
			<li>In Software 2 (MPP) Maak een nieuw experiment met Type Unidentified en type werkstroom Wizard gegevens importeren en klik op OK.</li>
			<li>In MPP Gegevensbestanden selecteren en zoek de geëxporteerde Software 1 resultaten (CEF of PFA) importeren; Klik vervolgens op volgende totdat de Uitlijning parameteropties worden weergegeven.</li>
			<li>In MPP, stel de uitlijning samengestelde waarden op 0.0 (uitlijning werd reeds uitgevoerd in de winning van functie van Software-1, stap 2.8.1.2) en klik op volgende door de stappen totdat de einddatum is beschikbaar.</li>
		</ol></li>
		<li>Filteren op basis van analytische reproduceerbaarheid identificaties. Wanneer meerdere monsters beschikbaar zijn, functies aanwezig moeten zijn in > 80% van het individu wordt gerepliceerd en hebben een analytische variatiecoëfficiënt (CV) van < 30%<ol>
<li>In MPP selecteren experimentele opzet > Experiment groepering en elke raw-bestand een groep die betrekking hebben op de oorsprong steekproef (dat wil zeggen, duplo's uit dezelfde bron in dezelfde groep moeten worden). Meerdere groepen kunnen worden gemaakt, overeenkomt met de genestelde variabelen (bijvoorbeeld instrumentaal vs. technische wordt gerepliceerd).</li>
			<li>In MPP selecteren experimentele opzet > maken interpretatie selecteert u de parameter experiment (dat wil zeggen, groep) en klik op volgende totdat de einddatum is beschikbaar. Hierdoor ontstaat een categorie die van toekomstige filteren kunt bedienen.</li>
			<li>In MPP selecteren kwaliteitscontrole > Filter per frequentie. Entiteit lijst instellen voor Alle entiteiten en de interpretatie aan het monster Group(non-averaged) gemaakt in 2.8.2.2, en klik op volgende.</li>
			<li>Voor invoerparameters, entiteit retentie vastgesteld op 80% van de bemonsterde in minstens één voorwaarde en klik op volgende totdat de einddatum is beschikbaar. Naam van de lijst frequentie gefilterd functies</li>
			<li>In MPP selecteren kwaliteitscontrole > Filter op monster variabiliteit. Stel de entiteit lijst aan de frequentie gefilterd kenmerken van 2.8.2.4 en de interpretatie te Group(non-averaged), vervolgens treffer volgende.</li>
			<li>Selecteer het keuzerondje voor Onbewerkte gegevens en het bereik van belang aan coëfficiënt van de variatie < 30%. Klik op volgende > voltooien en de lijst opslaan als CV gefilterd functies.</li>
		</ol></li>
		<li>Verwijderen van functies waar geen monsters beduidend hoger hebben (> 3 vouwen) overvloed dan het veld leeg (FB) monster.<ol>
<li>In MPP selecteren Analyse > verandering vouwen. Setlist CV gefilterd kenmerken in de entiteit en de interpretatie aan het monster groep vervolgens treffer volgende. Selecteer de optie wijzigen Vouw allemaal tegen één voorwaarde en voorwaarde selecteren FB of wat de naam van de groep voor de verwerkte blancomonster was.</li>
			<li>Stel de Fold-Change cutoff naar 3.0 op het volgende scherm en doorklikken naar het einde van de aanwijzingen op het scherm. De lijst opslaan als FC gefilterde lijst.</li>
		</ol></li>
		<li>Uitvoeren van binaire vergelijkingen van afzonderlijke monsters van belang tegen een passende achtergrond monster (bijvoorbeeld upstream vs. stroomafwaarts van een puntbron) vouw-wijzigingen voor individuele chemische eigenschappen bepalen.<ol>
<li>In MPP selecteren Analyse > Filter op het uitzetten van de vulkaan. Stel de lijst entiteit op FC gefilterde lijst en de interpretatie aan groep.</li>
			<li>Voor de fold-change voorwaarde paar kiezen twee monsters voor vergelijking (bijvoorbeeld een gepaarde upstream- en downstream steekproef) en selecteer test Ongepaarde Mann-Whitney.</li>
			<li>Voor voorlopige analyse, niet een waarde voor meerdere test correctie op het volgende scherm selecteert, doorklikken naar de plot van het resultaat.</li>
			<li>Selecteer op het scherm van de resultaten een vouw-change cutoff van 3.0 en een p-waarde cutoff tot 0,1. Vervolgens Voltooien en export de lijst als Kwalificatie resultaten.</li>
		</ol></li>
		<li>Voor elke functie die overblijft na filteren, voorspelde chemische formula(s) uit de exacte massa en samengestelde massaspectrum te genereren.<ol>
<li>Selecteer in MPP, interpretatie van de resultaten > identificatie van de IDBrowser en de Kwalificatie resultatenlijst entiteit.</li>
			<li>Selecteer in de IDBrowser identificeren alle verbindingen met behulp van moleculaire formule generator (MFG) als de identificatiemethode.</li>
			<li>In de formule genereren opties F toevoegen aan de kolom van elementen en het Maximum op 50 instelt, dan Selecteer Finish. Selecteer Opslaan en terug te keren naar MPP na formule generatie.</li>
			<li>MPP, rechts klik in de gefilterde en MFG gematched entiteit lijst en selecteer Lijst exporteren. De resultaten opslaan.</li>
		</ol></li>
		<li>Onderzoeken van de exacte massa van soorten in de minder belangrijke chemische eigenschaplijst voor scripts die massa gebreken indicatieve van fluorering; Zie soort en Fiehn34.</li>
		<li>Opmerking chemische serie met gemeenschappelijke polyfluorination motieven (CF-2 (m/z 49.9968), CF2O (m/z 65.9917), CH2CF2O (m/z 80.0074), enz.) met behulp van een massa defect plot of software algoritme; Zie de sectie discussie, Liu et al.17, Loos et al.35 en36van de Dimzon et al..</li>
		<li>Zoek voorspelde chemische formules of neutrale massa's tegen de EPA chemie Dashboard database en/of andere databases om terug te keren van potentiële chemische structuren.<ol>
<li>Open de EPA Comptox chemicaliën Dashboard Batch Search tool (https://comptox.epa.gov/dashboard/dsstoxdb/batch_search) en plak de lijst van identificatienummers (formules of massa's) in het vak ID na het selecteren van het ID-type (d.w.z., MS-klaar Formule of exacte massa).</li>
			<li>Selecteer Download chemische Data... en ook alle gegevens van de fysische/chemische/toxicologie gewenst voor mogelijke overeenkomende items afkomstig uit de dropdown te selecteren.</li>
		</ol></li>
		<li>Met behulp van chemische intuïtie en beschikbare verwijzingsgegevens, onwaarschijnlijk wedstrijden te verwijderen uit de lijst met mogelijke chemische structuur voor elke formule gebaseerd op haalbaarheid als gevolg van chemische stabiliteit, fysische eigenschappen zoals ionizability of hydrophobicity, de aanwezigheid van de productie van chemische stoffen uit nabijgelegen bronnen, enz. Bij het ontbreken van aanvullende gegevens, kan spectrale haalbaarheid positie krijgen puur op basis van de literatuur prevalentie; Zie McEachran et al.37.</li>
		<li>Bevestigen van structuren met behulp van beschikbare normen en/of gerichte high-resolution MS/MS matching van fragmenten tegen spectra van databases, in silico theoretische spectra of handmatige curatie.</li>
	</ol></li>
</ol>

De auteurs hebben niets te onthullen.

Voorbeeld behandeling en voorbereiding De opneming van een verwijzing/piek normen zijn van het allergrootste belang een gerichte analyse, aangezien zij bieden een backstop om analytische geldigheid te controleren. Ontbreken van QC-monsters voorkomt dat een beoordeling van de juistheid van de resultaten; de alomtegenwoordige aard van fluorochemicaliën betekent dat kans besmetting van veldmonsters, verwerking van de materialen, of LC-MS systeem niet ongewoon is en administratief moet worden verwerkt. Verder, het zorgt voor de validatie van het protocol ongeacht variatie in het dagelijkse monster verwerking, zoals vele van deze stappen kunnen zeer variabel zijn, met name de SPE en monster concentratie stappen. De winning van zowel oude en nieuwe perfluorinated chemicaliën kan sterk worden beïnvloed door de keuze van de stationaire fase voor concentratie, en onderdelen van de bron-monsters, zoals pH en zoutgehalte46. De invloed van monster voorwaarden moet worden beschouwd als bepaalde klassen van pefluorinated chemische stoffen van belang zijn. Alternatieve monster voorbereiding regelingen voor water extracten kunnen worden gebruikt als de laboratorium-opstelling beschikbaar is en de stroomafwaartse gegevensanalyse vergelijkbaar blijft.
Doelgerichte Data-analyse Voor verbindingen met beschikbare normen en gecompenseerde, stabiele isotoop label interne standaarden, de primaire zorgen voor gegevensanalyse zijn instrumentaal en bepaling van de methode detectiegrenzen en geschikt rapportage bereiken kunnen worden bepaald op een laboratorium-door-laboratorium basis met behulp van standaard benaderingen, zoals signal-to-noise verhouding van low-level standaard pieken47. Bij gebrek aan gecompenseerde interne standaarden van niet-overeenkomende matrixeffecten fouten kunnen optreden en nauwkeurige rug-voorspelling van verrijkte monsters kan worden gebruikt voor de schatting van de nauwkeurigheid van de metingen. Wanneer het gebrek aan normen ter voorbereiding van een curve, een kwantitatieve schatting van een onbekende kan worden gemaakt door behandelen identiek aan een nauw gecompenseerde standaard samengestelde, maar fouten in de schatting zijn over de volgorde van 10 + vouw met beperkte mogelijkheid om te kwantificeren van de onzekerheid, zie McCord, Newton en Strynar21. In deze gevallen trendgegevens kan nog steeds worden verzameld, maar concentratie schattingen zijn inherent onbetrouwbaar.
Niet-doelgerichte Data-analyse Piek plukken instellingen hebben een aanzienlijke invloed op het aantal chemische eigenschappen geïdentificeerd, maar de kwaliteit van de functie selectie is ook sterk beïnvloed. De beslissingen van belang in piek plukken zijn 1) intensiteit van individuele massa's moeten worden opgenomen in de spectra, de drempel voor het overvloed van ion 2) de intensiteit van de uitgepakte chromatografische pieken te worden beschouwd als functies, de functie overvloed drempel 3) functie detectie frequentie, de repliceren drempel en 4) analytische variatie, de CV-drempel (Figuur 10).
Instelling onrealistisch lage drempels voor piek plukken resultaten in een exponentiële toename van de steekproef tijd om op te lossen van de extra functies van steeds lagere overvloed (tabel 7). De ion-overvloed drempel filters massa spectrale kenmerken waar genoeg van de individuele isotoop abundanties de drempel niet doorgeven. Hiermee wordt een ideale alleen voor eigenschappen met kwaliteit MS spectra, ervoor te zorgen zij echte chemische eigenschappen in plaats van instrumentale lawaai, en rekening houdend met de formule voorspelling in downstream processing. Een passende drempel is gebaseerd op de instrumentale lawaai, ideaal minstens 3 x de Ruisdrempel voor MS1 scant. Functie overvloed drempel filters chemische functies op basis van de intensiteit of het gebied van de chromatografische functie geëxtraheerd. Deze stap maakt afwijzing van lage overvloed pieken, die zijn meestal van slechte chromatografische kwaliteit hoge afwijkingen, of problemen hebben zijn het resultaat van de extractie van andere slechte software. Een passende drempel moet worden bepaald per experiment, en matrix gebaseerd op een aanvaardbaar niveau van slechte functie generatie (bijvoorbeeld functies onder de drempel tentoonstelling onaanvaardbaar slechte chromatografie). Verder kan analytical QC worden gebruikt voor het verwerpen van de functies op de chromatografische niveau gebaseerd op inconsistente identificatie in analytische en/of voorbereidende replicatieonderzoeken (repliceren drempel) of op basis van arme reproduceerbaarheid over replicatieonderzoeken (CV drempel). Passende niveaus, is afhankelijk van de kwaliteit van de gebruikte software van de piek-integratie en de chemische entiteiten onderzochte. Voor water oplosbare perfluorinated verbindingen en licht geoptimaliseerde integratie protocollen, functies moeten worden geïdentificeerd 80 + % van analytische gerepliceerd en CVs worden verwacht om te vallen minder dan 30%, zoals beschreven in de sectie methoden.
De toppen ontdekt van niet-doelgerichte analyse opleveren kwantitatieve schattingen van de concentraties van de materialen gedetecteerd. Verder, de identiteit van de ware onbekenden kunnen moeilijk te bevestigen omdat nieuwe verbindingen afwezig zijn uit openbaar beschikbare databases. Nieuwe structurele bepaling een uitgebreide analyse vereist met meerdere methoden en vereist expertise in zowel de Spectrometrie van de massa en de chemie. Normaliseren van de gebieden van de piek van chemische eigenschappen kan evenwel semi-kwantitatieve ramingen van concentraties van onbekenden van gekende soorten21. Als consistente bemonstering en bereiding stappen werkzaam zijn, kan tijd trend informatie voor afzonderlijke soorten worden gegenereerd voor het controleren van de persistentie van een chemische stof in de toekomst als het antwoord voor een afzonderlijke soorten in overeenstemming zijn behoudens groot moeten variaties in de matrix21.
Het belangrijkste voordeel van deze methode is de uitbreidbaarheid van de behandeling van het monster om zowel nontargeted als gerichte analyse. Terwijl gerichte analyse gelijkwaardig of superieure kwantitatieve informatie biedt, mist het sterk breedte van analyse gewenst bij de behandeling van nieuwe en opkomende materialen, alsook hun relatie op de materialen van de matrix. Toepassing van een gerichte methodologie, of zelfs een verdachte screening methode alleen gebaseerd op bekende materialen en beperkte databases is volledig blind aan eerder onopgemerkt soort, zelfs als ze wellicht belangrijke gezondheidseffecten. Als software verbetert en databases krachtiger worden, zal de nauwkeurigheid van onbekende identificatie blijven toenemen, met een daarmee gepaard gaande daling van de tijdsinvestering en de mate van deskundigheid die nodig is voor het analyseren van de multidimensionale gegevens die zijn gegenereerd door dit aanpak. Gegevens die momenteel zijn gegenereerd is echter aanzienlijke toekomstige waarde omdat gegevens banking voor een post-hoc analyse met nieuw ontwikkelde software zorgt en vergelijking over de tijd, kunt zelfs als de identiteit van een gedetecteerde compound momenteel niet bekend is.

De klasse van per- en polyfluoroalkyl stoffen (PFASs) zijn persistente organische verontreinigende stoffen met belangrijke openbare gezondheids-zorg. De specifieke verbindingen perfluorooctanoic zuur (PFOA) en perfluorooctanesulfonate (PFOS) hebben drinkwater gezondheid Raadgevend niveaus die door de EPA1,2 en hun grote Amerikaanse productie gestaakt in de 2000s3,4 . Om te krijgen van een belangrijke begrip voor de eigenschappen van PFAS zijn materialen in de textiel- en consument product manufacturing bollen, honderden, zo niet duizenden, van alternatieve PFAS oplossingen ontwikkeld om te vullen van niches in product, met inbegrip van vervangingen voor de afgekeurde stoffen5,6,7,8. Er is een voortdurende wilt controleren van de milieu-niveaus van rechte ketting perfluorinated carbonzuren en sulfonates dergelijke PFOS, PFOA en hun gekoppelde homologe reeksen, maar opkomende chemische verbindingen vallen niet door de gevestigde methodes zoals EPA Methode 5379 en vaak gebrek aan analytische normen voor traditionele gerichte analyse. De bedoeling van dit protocol is dus tweeledig. Het biedt een traject voor de gerichte LC-MS/MS-analyse van fluorochemical soorten in water waar analytische normen beschikbaar zijn en details van de naadloze integratie van een niet-gerichte, hoge-resolutie massa spectrometrie gebaseerde benadering voor data-analyse waarmee de detectie van onbekende of onverwachte stoffen in de dezelfde monsters.
Solid-phase extraction (SPE) is een gevestigde techniek voor de steekproef cleanup and concentratie met veel analyten en monster matrices10,-11-applicaties. P.a. van PFAS, meerdere vaste nulspanningsveilig fasen, met inbegrip van niet-polaire, matiemaatschappij polar en ionenwisseling kolommen zijn gebruikt om verschillende mate voor subklassen van gefluoreerde soorten in een breed scala van matrices9,12, 13,14,15,16. Voorschotten in SPE monster analyse met behulp van on-line opstellingen sterk verhogen de doorvoer van de aanpak en de reproduceerbaarheid van monster behandeling te verbeteren, maar de fundamentele proces blijft consistent17. Sommige inspanningen om de offline concentratie van SPE met groot volume injecties hebben ook plaatsgevonden, maar daarvoor aangebrachte wijzigingen in de chromatografie die ze buiten het domein van casual analyse18,19 plaatst . Onze analyse van het monster maakt gebruik van een polymere zwakke anion uitwisseling (WAX) nulspanningsveilig fase grondig zure PFAS materialen te scheiden van de traditionele organische contaminanten terwijl verwezenlijking van substantiële steekproef concentratie factoren. Deze WAX fase is het belangrijk om vast te leggen van de korte keten perfluorinated zuren zoals Perfluorbutaan sulfonaat (PFBS) of perfluorinated ethers zoals hexafluoropropylene oxide dimeer zuur (HFPO-DA) die meer polar dan de langere ketting oudere perfluorinated soorten20,21. Zoals in recente PFAS chemie5is er een significante verschuiving naar kortere gefluoreerde ketens en ether integratie zijn, kan deze fase selectie grondiger worden hersteld van nieuwe verbindingen voor MS-analyse.
Gerichte gebruik van LC-MS/MS kwantificatie geverifieerd normen en stabiele isotoop interne standaarden label biedt een ongeëvenaard niveau van gevoeligheid voor de kwantitatieve analyse en specificiteit. Hoewel deze aanpak wenselijk in veel situaties is, is het onpraktisch voor all-too-common situaties in de analyse. Gerichte aanpak werkt uitsluitend voor soorten die worden verwacht in het monster, en voor welke methoden zijn eerder vastgesteld. Voor nieuwe en opkomende verbindingen, deze benadering is niet in staat om zelfs het opsporen van soorten die van belang, ongeacht hun chemie of de concentratie, kunnen zijn en met een lage resolutie massaspectrometers zijn bijna niet in staat voldoende informatie om te maken ondubbelzinnige chemische toewijzingen van onbekende produkten. Bijgevolg, het gebied van niet-doelgerichte analyse ontstaan gebruik te maken van de kracht van high-resolution moderne massaspectrometers analyseren van monsters zonder een veronderstelde hypothese en met terugwerkende kracht het toewijzen van chemische stoffen aan detecteerbare functies in de steekproef. Deze aanpak is gebruikt uitgebreid op het gebied van biologie22,23,24 en Milieukunde25,26,27 op vele soorten chemicaliën. Perfluorinated chemische stoffen zijn bijzonder eenvoudig te identificeren in deze methode vanwege hun unieke massa spectrale patronen, en honderden verbindingen zijn beschreven in enkel de afgelopen paar jaar5,28.
Het protocol hier besproken is bedoeld om het uitlijnen van gerichte PFAS LC-MS/MS kwantificatie met de noodzaak om te identificeren en semi-kwantitatief opkomende verbindingen van belang te controleren. De SPE fase selectie en monster voorbereiding technieken zijn bedoeld om de vangst van meer hydrofiele opkomende PFAS zuren uit het water en kan worden minder geschikt voor langere ketting polymere soorten en niet-ionogene soorten. Verder is de gegevens die zijn gegenereerd door niet-gerichte analyse is dicht en van hoge dimensionaliteit, die het gebruik van de software van de analyse van de gegevens vereist. Dergelijke softwarepakketten zijn vaak specifieke leverancier en worden gewijzigd om te werken tussen instrument platformen. Waar mogelijk, het analyseproces is beschreven in een generieke mode en open bron/freeware alternatieven wordt verwezen, maar de efficiëntie en nauwkeurigheid van iedere software-benadering moeten worden beoordeeld op individuele basis.

<table><tbody><tr><td>Acqity ultra-high performance liquid chromatography system&nbsp;</td><td>Waters Corporation</td><td></td><td>Gemodificeerd met PFCs-analysekit (176001744); equivalent UPLC-systeem is acceptabel als PFAS-achtergrond is gecontroleerd en bevestigd om laag te zijn</td></tr><tr><td>Ammonium acetate</td><td>Fluka</td><td>17836</td><td>Massaspectrometriekwaliteit >99% zuiver</td></tr><tr><td>Ammonium Hydroxide</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>338818</td><td></td></tr><tr><td>Balance</td><td>Mettler</td><td>AB204S</td><td></td></tr><tr><td>BEH C18 reverse phase UPLC column, 2.1&times;50&nbsp;mm, 1.7&nbsp;&mu;m&nbsp;</td><td>Waters Corporation</td><td>186002350</td><td></td></tr><tr><td>Dual piston syringe pump&nbsp;</td><td>Waters Corporation</td><td>SPC10-C</td><td></td></tr><tr><td>Glacial Acetic Acid</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>ARK2183&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Glass Microfiber Filters</td><td>Whatman</td><td>1820-070</td><td></td></tr><tr><td>High density polyethelye sample bottle&nbsp;</td><td>Nalgene</td><td>2189-0032&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>High Resolution Mass Spectrometer</td><td>Various</td><td></td><td>Massaspectrometer moet in staat zijn om nauwkeurige massa te &lt;10ppm te bieden en MS/MS-gegevens te verzamelen.&nbsp; Agilent 6530 qTOF en Thermo Fisher Orbitrap Fusion werden gebruikt in dit werk</td></tr><tr><td>Methanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Nitric Acid (35% w/w)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>SVCN-5-1</td><td>Kan in huis worden bereid met behulp van geconcentreerd salpeterzuur en reagent water</td></tr><tr><td>Polypropylene Buchner funnel</td><td>ACE Glass</td><td>12557-09&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Polypropylene cenitrfuge tube and cap</td><td>BD Falcon</td><td>352096</td><td></td></tr><tr><td>Polypropylene Vacuum Flask (1 L)</td><td>Nalgene</td><td>DS4101-1000</td><td></td></tr><tr><td>Quattro Premier XE triple quadrupole mass spectrometer&nbsp;</td><td>Waters Corporation</td><td></td><td>Een equivalent triple-quadrupole of beter systeem kan worden gebruikt, moet hoge gevoeligheid en stabiliteit voor gerichte analyse bieden</td></tr><tr><td>Reagent Water</td><td></td><td></td><td>Elke bron die PFAS-vrij is bepaald</td></tr><tr><td>Sodium Acetate</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>W302406</td><td></td></tr><tr><td>TurboVap nitrogen evaporator&nbsp;</td><td>Caliper Life Sciences</td><td>103198</td><td>Er kunnen ook equivalente systemen of roterende vacuümverdamper worden gebruikt</td></tr><tr><td>Weak anion exchange SPE cartridge (Oasis WAX Plus)</td><td>Waters Corporation</td><td>186003519</td><td></td></tr><tr><td>Standard Solutions</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>2,3,3,3-Tetrafluoro-2-(1,1,2,2,3,3,3-heptafluoropropoxy)propanoic acid (HFPO-DA)</td><td>Wellington</td><td>HFPO-DA</td><td></td></tr><tr><td>Additional targeted compound standards of interest</td><td></td><td></td><td>om te worden bepaald op basis van voorlopige analyse en beschikbaarheid van standaard</td></tr><tr><td>Mass labeled HFPO-DA</td><td>Wellington</td><td>M2HFPO-DA</td><td></td></tr><tr><td>Native PFCA/PFAS Mixture (2 ug/mL)</td><td>Wellington</td><td>PFAC-MXA</td><td>of PFAC-MXB; of individueel bereide mixtuur met verbindingen van belang</td></tr><tr><td>Stable Isotope Labeled PFCA/PFAS Mixture (2 ug/mL)</td><td>Wellington</td><td>MPFAC-MXA</td><td>of MPFAC-MXB; of individueel bereide mixtuur met verbindingen van belang zoals passend voor Native PFASs</td></tr><tr><td>Software</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Mass Profiler Professional</td><td>Agilent</td><td></td><td>Of open source softwarepakketten</td></tr><tr><td>Profinder</td><td>Agilent</td><td></td><td>Of open source softwarepakketten</td></tr></tbody></table>

identificeren van- en polyfluorinated chemische soorten met een gecombineerde gerichte en niet-gerichte-screening hoge-resolutie massa spectrometrie workflow

Identifying Per- and Polyfluorinated Chemical Species with a Combined Targeted and Non-Targeted-Screening High-Resolution Mass Spectrometry Workflow

Historische en opkomende per- en polyfluoroalkyl stoffen (PFASs) hebt opgeslaen aanzienlijke belangstelling van het publiek en overheidsinstellingen van de lokaal op federaal niveau. De voortdurende evolutie van PFAS oplossingen uitdaging een aan de milieubewaking, waar de verdere ontwikkeling van doelgerichte methoden noodzakelijkerwijs de ontdekking van nieuwe chemische stoffen achterblijft. Er is daarom een noodzaak, dat toekomstgericht methodologieën die kunnen detecteren van opkomende en onverwachte verbindingen, deze soorten na verloop van tijd controleren en oplossen van details van hun chemische structuur om toekomstige werken voor menselijke gezondheid. Te dien einde, niet-doelgerichte analyse door hoge-resolutie massa spectrometrie biedt een brede basis detectie-benadering die kan gecombineerd worden met vrijwel elk monster voorbereiding regeling en biedt belangrijke mogelijkheden voor de samengestelde identificatie na detectie. Hierin, wij beschrijven een solid-phase extraction (SPE) gebaseerd monster concentratie methode tuned voor kortere keten en meer hydrofiele PFAS chemicaliën, zoals per gefluoreerde ether zuren en ervan, en beschrijven van de analyse van monsters voorbereid op deze manier in zowel gerichte en niet-doelgerichte modi. Gerichte methoden een superieure kwantificering als referentie standaarden beschikbaar zijn maar intrinsiek beperkt tot de verwachte verbindingen bij het uitvoeren van de analyse. Daarentegen kan een niet-gerichte aanpak de aanwezigheid van onverwachte verbindingen te identificeren en sommige informatie verstrekken over hun chemische structuur. Informatie over chemische functies kan worden gebruikt voor correleren verbindingen over monster locaties en bijhouden van overvloed en voorkomen na verloop van tijd.

Hier presenteren we een protocol voor de sequentiële gerichte kwantificering en niet-gerichte analyse van gefluoreerde verbindingen in water door de Spectrometrie van de massa. Deze methode biedt kwantitatieve niveaus van bekende fluorochemical verbindingen en identificeert onbekende chemicaliën in verwante monsters met semi-kwantitatieve ramingen van hun overvloed.

Identificeren van- en Polyfluorinated chemische soorten met een gecombineerde gerichte en niet-gerichte-Screening hoge-resolutie massa spectrometrie Workflow

Historical and emerging per- and polyfluoroalkyl substances (PFASs) have garnered significant interest from the public and government agencies from the ...

Deze aanpak maakt het mogelijk om bekende PFAS te kwantificeren en nieuwe stoffen in dezelfde monsters te ontdekken, in vergelijking met gerichte benaderingen alleen die nieuwe verbindingen missen die zorgwekkend zijn. Dit protocol richt zich op een breder scala aan PFAS-verbindingen, die representatief zijn voor de nieuwste opkomende chemische stoffen. Als de concentratiestap voor de verbindingen wordt aangepast, kunnen de hier gebruikte meetmethoden op elke categorie chemicaliën worden toegepast.Om een monster uit het veld te verzamelen, draag je nitrilhandschoenen en verzamel je 500 tot 1.000 milliliter water van de veldlocatie in een schone polyethyleen met hoge dichtheid, HDPE of polypropyleenfles. Voeg vijf milliliter van 35% salpeterzuur conserveermiddel aan het monster fles en een veld leeg, en transport de monsters terug naar het lab. Giet elk monster in individuele, voorgeschoonde, een-liter, high-density polypropyleen afgestudeerd cilinders, en het exacte volume van de monsters te registreren.Voeg 10 milliliter methanol toe aan elke geleegde monsterfles voordat u aftopping en schudt krachtig om geabsorbeerde per- en polyfluoralkylstoffen, of PFAS, uit de flesseninterieurs te spoelen. Breng vervolgens het gemeten watermonster terug naar de gespoelde fles met de methanol spoeling. Om een standaardcurve voor kwantificering te verkrijgen, vult u acht lege, een liter monsterflessen met PFAS-vrij gedeïoniseerd water en labelt u de flessen met acht gelijkmatig verdeelde concentraties die het gewenste kwantificeringsbereik bedekken.Voeg vervolgens een hoeveelheid native PFAS-mix toe aan elke fles om de juiste PFAS-concentraties op te leveren en voeg het interne standaard PFAS-mengsel toe aan elk monster bij een concentratie die het middelpunt van de kalibratiecurve ben. Vervolgens, filter de monsters door glasvezel Een filters onder zachte vacuüm in individuele, pre-gereinigd, een-liter hoge dichtheid polypropyleen vacuümkolven. Als er deeltjes in de fles achterblijven, spoel dan het extra gedeïoniseerde water af en filter de was in de kolf.Voor de vaste fase extractie, breng het gefilterde water terug naar de monsterfles, en voorwaarde een zwakke anion uitwisseling, of WAX, cartridge met 25 milliliter methanol en een extra 25 milliliter gedeïoniseerd water. Plaats de pomptrekbuizen in de gefilterde monsterflessen en label vaste extractie, of SPE, cartridges met de juiste monsternamen. Pomp 500 milliliter van elk monster door elke cartridge met een constante stroomsnelheid van 10 milliliter per minuut, waarbij de doorstroom wordt weggegooid.Haal de WAX SPE-cartridges uit de zuigerpompen en breng de SPE-cartridge over op een vacuümspruitstuk, voorzien van externe glazen reservoirs. Spoel elke SPE-cartridge door met vier milliliter 25 millimolar, pH vier natriumacetaatbuffer onder zacht vacuüm, gevolgd door een neutrale methanolwas van vier milliliter. Leg aan het einde van de was een 15-milliliter polypropyleencentrifugebuis onder elke SPE-cartridge om het eluent te verzamelen en maak de monsters met vier milliliter van 0,1% ammoniumhydroxide in methanol.Verwijder vervolgens de elutiebuizen en verlaag het eluaatvolume tot 500 tot 1.000 microliters door verdamping onder droge stikstofstroom in een waterbad bij 40 graden Celsius. Voor gerichte vloeibare chromatografie met tandemmassaspectrometrie, verdun 100 microliter monsterextract met 300 microliter van twee millimolar ammoniumacetaatbuffer in een monsterbrol met hoge druk vloeistofchromatografie en stel een analytische werklijst op die bestaat uit de standaardcurve, monsters en een extra replicaat van de standaardcurve om instrumentale drift over de run te beoordelen. Analyseer de monsters met behulp van standaard vloeibare chromatografie en massaspectrometrie methoden vastgesteld voor de beoogde verbindingen van belang.Aan het einde van de analyse genereert u een standaardcurve van de standaardmonsters met behulp van de piekgebiedverhouding van de analyt tot de interne norm versus de concentratie van analyt, en genereert u een kwadratische regressieformule met één meer dan x-weging voor de voorspellingsconcentratie. Kwantificeren van de beoogde analyten in elk monster met behulp van de voorbereide standaardcurven en gebiedsverhouding voor elke meting. Als de concentratie het kalibratiebereik overschrijdt, verdun het oorspronkelijke monster met gedeïmiseerd water met de juiste interne standaardconcentratie en haal je de concentratie opnieuw uit om de concentratie in het juiste bereik te brengen.Voor niet-gerichte vloeibare chromatografie met tandemmassaspectrometrie verdun je 100 microliter monsterextract met 300 microliter van twee millimolar ammoniumacetaatbuffer in een monsterbrol van hoge druk vloeibare chromatografie. Nadat u een werklijst hebt ingesteld zoals aangetoond, gebruikt u de instrumentsoftware om gegevens over vloeibare chromatografie-massa te verzamelen met een brede scan in de gegevensafhankelijke modus. Open voor niet-gerichte gegevensverwerking het juiste softwarepakket voor moleculaire functieextractie en selecteer Voorbeeldbestanden toevoegen/verwijderen en Bestanden toevoegen en selecteer de ruwe gegevens uit het niet-gerichte experiment.Klik op OK en selecteer Batch Recursieve functieextractie en methode openen om een vooraf vastgestelde methode te laden of om de software-instellingen handmatig te bewerken. Voor elke functie die overblijft na het filteren, genereert u voorspelde chemische formules uit het exacte massa- en samengesteld massaspectrum en opent u de tool CompTox Chemicals Dashboard Search. Als u de voorspelde chemische formules of neutrale massa's wilt doorzoeken, selecteert u het id-type en plakt u de lijst met id's in het identificatievak.Selecteer Chemische gegevens downloaden en alle fysieke, chemische of toxicologische gegevens die gewenst zijn voor mogelijke overeenkomsten in het vervolgkeuzemenu. Bevestig vervolgens de structuren met behulp van de beschikbare normen en/of gerichte tandemspectrometrie met hoge resolutie die overeenkomt met de fragmenten tegen de spectra uit de databases, in silico theoretische spectra of handmatige curatie. Kwantitatieve vloeibare chromatografie met tandemmassaspectrometrieresultaten worden gepresenteerd in de vorm van ionchromatogrammen voor het totale ionenchromatogram en de geëxtraheerde ionchromatogrammen van specifieke chemische overgangen voor gemeten chemicaliën.Het geïntegreerde piekgebied van een chemische overgang is gerelateerd aan de samengestelde overvloed en kan worden gebruikt om de exacte concentratie te berekenen met behulp van een kalibratiecurve genormaliseerd naar een interne standaard. Niet-gerichte analyse met behulp van een volledige MS-scan levert een totaal ionenchromatogram op voor monsters, waardoor ad hoc extractie van geëxtraheerde ionenchromatogrammen voor individuele ionen mogelijk is. PFAS-verbindingen hebben negatieve massadefecten als gevolg van hun overwicht van fluoratomen, en polyfluorinated verbindingen hebben positieve maar aanzienlijk kleinere massadefecten dan homologe organische materialen.Een tweede methode filtering stap is het identificeren van homologe series met herhalende eenheden gemeenschappelijk voor PFAS soorten met behulp van een geschikt softwarepakket. Uit ms-gegevens met hoge resolutie kunnen een of meer vermeende chemische formules worden afgestemd op de isotopenvingafdruk van het massaspectrum en worden gescoord. Chemische formules kunnen verder worden bevestigd, en sommige structurele informatie kan worden vergaard uit tandem massa spectrometrie gegevens.Verdere experimenten met massaspectrometrie kunnen worden gebruikt om de identiteit van nieuwe verbindingen te bevestigen, en monstervergelijkingen kunnen informatie geven over de prevalentie en relatieve hoeveelheid chemicaliën. Het is zeer belangrijk om de juiste blanco's en kwaliteitscontrole monsters voor de matrix om de kwantitatieve en niet-gerichte metingen te valideren. De getoonde strategieën zijn de nieuwe benadering van milieuscreening voor PFAS geworden door de ontdekking van onbekenden en de voorspelling van hun identiteit mogelijk te maken.

identifying-per-polyfluorinated-chemical-species-with-combined

Research

JoVE Journal

Environment

Milieu

Non-gerichte metabolietprofilering door ultra-prestatie vloeistofchromatografie gekoppeld aan massaspectrometrie (UPLC-MS) is een krachtige techniek om metabolisme te onderzoeken. Dit artikel schetst een typische werkstroom die wordt gebruikt voor non-gerichte metabolietprofilering van serum, inclusief monsterorganisatie en -voorbereiding, dataverwerving, data-analyse, kwaliteitscontrole en metabolietidentificatie.

Large Scale Niet-gerichte metaboloom profilering van Serum door Ultra Performance Liquid Chromatography-massaspectrometrie (UPLC-MS)

Ongerichte metabolomics biedt een hypothese genererende momentopname van een metabool profiel. Dit protocol zal de extractie en analyse van metabolieten uit cellen, serum of weefsel tonen. Een reeks van metabolieten worden onderzocht met behulp van vloeistof-vloeistof fase-extractie, microflow UltraPerformance vloeistofchromatografie / hoge-resolutie massaspectrometrie (UPLC-HRMS) gekoppeld aan differentiële analyse software.

Ongerichte Metabolomics uit biologische grondstoffen gebruiken UltraPerformance Liquid Chromatography-hoge resolutie massaspectrometrie (UPLC-HRMS)

Proton Transfer Reactie Time of Flight Mass Spectrometrie maakt hoge gevoeligheid, snelle en niet-invasieve analyse van vluchtige organische verbindingen mogelijk. Om het potentieel te demonstreren, geven we drie voorbeelden: melkzuurfermentatie van yoghurt (online bioprocesbewaking), verschillende appelgenotypen (grootschalige screening) en retronasale ruimte na het drinken van koffie (nosespace-analyse).

PTR-ToF-MS gekoppeld aan een geautomatiseerd bemonsteringssysteem en aangepaste data-analyse voor voedingsstudies: Bioproces Monitoring, Screening en Neusruimte Analyse

Een verbeterde polymerasekettingreactie-restrictiefragment lengte polymorfisme werkwijze voor genotyperen kogelvis soorten van vloeistofchromatografie / massaspectrometrie beschreven. Een omgekeerde-fase-silica monoliet kolom wordt toegepast voor het scheiden van geknipt amplicons. Deze methode kan de mono-isotopische massa van oligonucleotiden, die bruikbaar is voor het identificeren basissamenstelling helderen.

Verbeterde Polymerase Chain Reaction-restrictiefragmentlengtepolymorfisme Genotypering van Toxic Pufferfish door vloeistofchromatografie / massaspectrometrie

Dit protocol beschrijft een interne doorvoer voor aanvullende analytische en omics technieken, culminerend in een volledig gekoppeld karakterisering van natuurlijke organische stof en microbiële proteomics in verschillende ecosystemen. Deze aanpak maakt robuuste vergelijkingen voor het identificeren van de metabolische banen en het transformaties die belangrijk zijn voor het beschrijven van de gasproductie van broeikasgassen en het voorspellen van reacties op veranderingen in het milieu.

Single-doorvoer complementaire High-resolution analytische technieken voor het karakteriseren van complexe natuurlijke organische stof mengsels

Beschreven is een proteomica-workflow voor het identificeren van eiwit interactie partners uit een nucleaire subcellulaire fractie met behulp van immunoaffinity verrijking van een gegeven proteïne van belang en label-vrije massaspectrometrie. De workflow omvat subcellulaire fractionering, immunoprecipitatie, filter aided monstervoorbereiding, offline opruimen, massaspectrometrie, en een downstream bioinformatica pijpleiding.

Label-vrije Immunoprecipitation massaspectrometrie workflow voor grootschalige nucleaire interactome profilering

Het doel van dit protocol is om fenolische metabolieten in plasma te detecteren met behulp van een semi-gerichte chromatografie-massaspectrometriemethode.

Semi-gerichte ultra-high-performance chromatografie gekoppeld aan massaspectrometrie analyse van fenolische metabolieten in plasma van oudere volwassenen

We bouwden een ongerichte metabolomische workflow die XY-Meta en metaX samen integreerde. In dit protocol hebben we laten zien hoe we XY-Meta kunnen gebruiken om een lokspectrale bibliotheek te genereren uit open access spectrareferentie, en vervolgens FDR-controle uitgevoerd en de metaX gebruikt om de metabolieten te kwantificeren na het identificeren van de metabolomics-spectra.

Een geïntegreerde workflow van identificatie en kwantificering op FDR Control-Based Untargeted Metabolome

Dit protocol beschrijft een eenvoudige en efficiënte methode voor het langeafstandstransport van perfluoralkylzuren in tarwe.

Onderzoek naar langeafstandstransport van perfluoralkylzuren in tarwe via een split-root exposure techniek

Een methode voor het screenen van fentanyl-analogen op basis van hun retentietijd, mobiliteit en fragmentatiepatroon van massaspectrometrie.

Fentanyl analoge screening met behulp van LC-TIMS-TOF MS/MS

Leer PFAS-analyse in water met een gecombineerde gerichte en niet-gerichte screening via vloeistofchromatografie en massaspectrometrie. Deze methode identificeert bekende en nieuwe fluorverbindingen voor milieumonitoring.

Identificeren van- en Polyfluorinated chemische soorten met een gecombineerde gerichte en niet-gerichte-Screening hoge-resolutie massa spectrometrie Workflow (Video) | JoVE Journal

Identificeren van- en Polyfluorinated chemische soorten met een gecombineerde gerichte en niet-gerichte-Screening hoge-resolutie massa spectrometrie Workflow

Meer video's verkennen