Name: Fluorescentend gelabelde bacteriën als een Tracer om nieuwe trajecten van organische koolstof stromen in aquatische ecosystemen te onthullen (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-09-13T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 35 s
Description: Ontdek hoe fluorescerend gelabelde bacteriën als tracers inzicht geven in koolstofstromen in aquatische ecosystemen. Deze methode visualiseert predatie op enkelvoudige-celniveau en kwantificeert graaspercentages van protisten.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Deze studie werd gesteund door de Tsjechische Science Foundation onder de Research Grant 13-00243S en 19-16554S toegekend aan K. Š. en D. S., respectievelijk. Dit artikel werd ook gesteund door het project "Biomanipulation als een instrument voor het verbeteren van de waterkwaliteit van stuw reservoirs" (no CZ. 02.1.01/0.0/0.0/16_025/0007417), gefinancierd door het Europees Fonds voor regionale ontwikkeling, in het operationele programma onderzoek, ontwikkeling en onderwijs.

1. monsterverzameling
<ol><li>
Inzameling van reservoir watermonster: de eerste casestudy (exp I; lagere natuurlijke in situ roofdier en prooi overvloed systeem)<ol>
<li>Verzamel watermonsters van de gewenste locatie op een geschikte diepte. Houd de monsters in een temperatuur geregelde koeler gevuld op in-situ temperatuur (Vermijd temperatuurschokken; opgemerkt moet worden dat de opnamepercentages van protisten afhankelijk zijn van de temperatuur) tijdens het transport naar het laboratorium. Opmerking: onze bemonstering werd uitgevoerd in het Meso-eutrofe Canyon-vormige Římov reservoir (Zuid-Bohemen, volume 34,5 x 106 m3, maximale diepte 43 m, gemiddelde retentietijd 100 dagen, dimictic). De bemonsteringsplaats lag op een diepte van 30 meter, dicht bij de dam. Een gemengd monster op een diepte van 0,5 m werd verzameld door een 2-l Friedinger sampler.</li>
		<li>Ga zo snel mogelijk naar paragraaf 1,2.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Het verzamelen van vloeistof uit de vallen van vleesetende, de planten: de tweede casestudy (exp II; een systeem met hoge roofdieren en prooi Abundances, extreem klein sample volume)<ol>
<li>Schud de planten voorzichtig onder water, haal ze uit de kweek container en plaats ze op absorberend materiaal om overtollig water te absorberen. Afhankelijk van de robuustheid van de planten en de grootte van de vallen, kies 8-10 planten individuen.</li>
		<li>Verdeel elke opname in ruwweg gelijke delen door blad knopen met Vang organen te tellen. Elk schiet segment zal dienen om gemengde monsters te verzamelen die jonge, middelbare en oude vallen vertegenwoordigen.</li>
		<li>Bevestig een dunne glazen capillaire en Eppendorf injectieflacon voor monsterafname aan een peristaltische pomp. Ga door om de capillaire punt in de opening van de trap te steken. Gebruik de vacuümpomp om alle vloeistof uit elke val te zuigen tot 900 ± 100 μL trap vloeistof wordt opgevangen voor elke leeftijdscategorie van de trap.</li>
		<li>Gebruik drievoud ondermonsters van 200 μL van de gepoolde trap vloeistof voor protistan grazende experimenten. Deze onmiddellijk te verwerken zoals beschreven in sectie 3. Bewaar de resterende ± 300 μL van het monster voor alle andere analyses van microbiële componenten die in de vloeistof leven, zoals hieronder beschreven (punt 2).</li>
		<li>Ga onmiddellijk naar paragraaf 2.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. vastlegging van verzamelde monsters
<ol><li>EXP I en II: Fix water/trap vloeistof sub-monsters voor bacteriële opsomming (sectie 4; ongeveer 20 mL en 0,3 mL, respectievelijk) met formaldehyde voor ten minste 1 h voor het verkrijgen van een 2% eindvolume: volume concentratie in elk monster. Opmerking: handgreep formaldehyde uitsluitend in de afzuigkap, en draag handschoenen te allen tijde tijdens het manipuleren van monsters.</li>
</ol>3. filtratie van monsters
<ol><li>Monster verdunning (exp I): er is geen verdunning nodig voor het reservoir watermonsters. (Exp II): Verdun de trap vloeistofmonster 10x-100x met deeltjes vrij MQ-water om een geschikte verdeling van de doelmicroben op filter oppervlakken te bereiken alvorens te tellen via epifluorescentie microscopie.</li>
	<li>Filter 1-2 mL (exp I) van het reservoir water of 10-30 μL (exp II) van het submonster van de trap vloeistof voor bacteriële aftelling op zwarte filters van 0,2 μm met poriegrootte, met behulp van een filtratie trechter (diameter van 25 mm).</li>
	<li>Vlek de filters met DAPI (4 ', 6-diamidino-2'-phenylindole dihydrochloride, 0,2% eindconcentratie) gedurende 4 minuten. Opmerking: Vermijd verontreiniging van de huid en het werkoppervlak en draag handschoenen.</li>
	<li>Plaats het filter met geconcentreerde microben op een druppel Dompel olie (voor fluorescerende microscopie) op een Microscoop-dia. Plaats een andere olie druppel op het midden van het filter en dek af met een dekslip, zodat de olie gelijkmatig wordt verdeeld.</li>
	<li>Op dit punt, bij voorkeur onmiddellijk te verwerken monsters, of als alternatief, bewaar ze in de vriezer (-20 ° c) voor enkele weken tot maanden tot verdere analyse.</li>
</ol>4. opsomming van bacteriële getallen op de filters
<ol><li>Plaats de glijbaan onder de epifluorescentie Microscoop (met de Filterset die overeenkomt met de fluorchrome DAPI). Plaats een 10 x 10 tellings raster in een van de oculars. Verplaats de dia naar een willekeurige positie.</li>
	<li>Kwantificeer bacteriële cellen (blauwe fluorescentie) in het gebied van het telraster (onder de vergroting 1000x). Neem in de tellingen de cellen op die de linker-en de bovenste rand van het telraster overschrijden, zonder die zich aan de rechter-en onderrand te bevinden.</li>
	<li>Ga naar een andere willekeurige positie en herhaal de opsomming op ten minste 10-15 telrasters, ten bedrage van 500 cellen die in totaal zijn geteld.</li>
	<li>Stel een omrekeningsfactor in voor een bepaalde Microscoop en vergroting, op basis van de kennis van de verhouding van het gebied van een raster tot het totale effectieve filtratie gebied van het filter. Verdeel vervolgens het totale aantal cellen geteld door het aantal rasters geteld, wat een gemiddeld aantal bacteriën per raster oplevert.</li>
	<li>Vermenigvuldig de laatste parameter met de omrekeningsfactor die is vastgesteld en Normaliseer het resulterende aantal per mL van een monster (afhankelijk van het volume van het gefilterde monster) om de totale bacteriële overvloed per mL te verkrijgen.</li>
</ol>5. de overvloed van protistan bepalen
<ol><li>Repareer de submonsters van het watermonster (exp I) of trap vloeistof (exp II) met ofwel Glutaaraldehyde (1% eindconcentratie, meer geschikt voor monsters met de aanwezigheid van chlorofyl bevattende deeltjes die dagen tot weken na fixatie worden verwerkt) of met behulp van de hieronder beschreven methode voor de ontkleuring van formol-thiosulfaat. Opmerking: beide conserveringstechnieken voorkomen de egestion van het opgenomen materiaal uit voedsel vacuolen van protisten8.</li>
	<li>Voeg met betrekking tot de verkleurings techniek formol-thiosulfaat 100 μL/1 μL van de oplossing van Lugol toe aan 20 mL/200 μL van het submonster water/trap vloeistof (respectievelijk exp I/exp II).</li>
	<li>Volg onmiddellijk de toevoeging van 0,5 mL/50 μL boraatgebufferde formaline vervolgens 20 μL/2 μL 3% Natriumthiosulfaat (exp I/exp II). Opmerking: het Natriumthiosulfaat decoloriseert de gele kleur van Lugol om de waarneming van cellen onder de epifluorescentie Microscoop8mogelijk te maken.</li>
	<li>Filter een bekend volume van het monster (afhankelijk van het aantal doel protisten) op poriegrootte Zwart polycarbonaat filters van 1 μm.</li>
	<li>Schat het aantal van de protist soorten door ten minste 200 cellen onder vergroting 600x te tellen met behulp van het telraster (zie hierboven).</li>
	<li>Verminder het volume van het monster onder een vacuüm in de filtratie trechter met een laag vacuüm tot ongeveer 2 mL. Laat vervolgens de onderdruk los en voeg de DAPI fluorochrome (4 ', 6-diamidino-2-phenylindole dihydrochloride13, 0,2% eindconcentratie) gedurende 2 minuten toe.</li>
</ol>6. bepalen van de communautaire structuur van ciliaten in plankton monsters
Opmerking: ciliate gemeenschappen in zoet water habitats zijn zeer divers14,15,16, 18, en hun microscopische vastberadenheid is uitdagend. Het sorteren van de ciliate groepen in functionele gilden10,14,16,17 zorgt voor een gedetailleerdere analyse van verschillende ciliate groepen als pelagische bactervores.
<ol><li>Evalueer de communitystructuur van ciliate door het volgende te combineren:<ol>
<li>DAPI-gekleurd monsters in epifluorescentie microscopie (om de ciliate cellen te lokaliseren met een heldere fluorescentie van macro-en micro-kernen van verschillende groottes en morfologie) in combinatie met de opname van fluorescently gelabelde bacteriën (FLB8; voor details, Zie hieronder), het volgen van het vermogen van ciliaten om te voeden met bacteriën.</li>
		<li>Live monster observatie in geselecteerde gevallen17,19. Voor meer informatie over de bovenstaande benaderingen en criteria die worden gebruikt voor het groeperen van ciliaten in verschillende taxonomische categorieën, zie vorige publicaties16,17. Opmerking: uit geciteerde studies is gebleken dat onder ciliates, omnivous soorten uit Stichotrichia (geslachten Halteria en pelagohalteria) en oligotrichia (namelijk rimostrombidium spp.) de belangrijkste pelagische verbruikers zijn van bacterioplankton in een overgrote meerderheid van de zoet water habitats10,17,18.</li>
	</ol>
</li>
</ol>7. inschatten van de Graas snelheid van ciliaat
<ol><li>Bereken de opnamesnelheden van ciliaten op bacteriën op basis van veranderingen in het gemiddelde aantal Tracer [d.w.z., FLB8 per ciliate gerelateerd aan de tijd van incubatie (5-15 min)] en Tracer hoeveelheid FLB toegevoegd, accounting maximaal voor 5%-15% van totale bacteriën.</li>
	<li>Om opnamepercentages te vergelijken tussen verschillende protistan soorten, Normaliseer de opnamepercentages als het aantal bacteriën per ciliate per uur, met berekeningen op basis van de werkelijke incubatietijd en het aandeel van de Tracer FLB toegevoegd. Opmerking: de algemene opzet van de toepassing van de FLB-methode om zowel cel-als soortspecifieke en bulk bacterivory percentages in natuurlijke monsters te schatten, wordt afgebeeld in Figuur 1.</li>
	<li>Bereiding van FLB van bacteriestammen inheems in een zoet watermilieu8<ol>
<li>Selecteer een geschikte maat (gemiddelde celvolume = MCV) en morfologie van bacteriën, zodat ze effectief de typische maten van bacterioplankton/bacteriële cellen in het aquatische systeem dat wordt onderzocht nabootsen. Opmerking: voor exp I werd een mengsel van geïsoleerde stammen van de studie locatie van het geslacht Limnohabitans en polynucleobacter gebruikt (d.w.z. typisch, zeer overvloedig bacterioplankton in meren en vijvers)20. Voor meer informatie over de morfologie en de afmetingen van de stammen, zie vorige publicaties3,17,18,21.</li>
		<li>Oogst bacteriële cellen uit de cultuur door centrifugeren (5.000 x g) gedurende 15 minuten in de vroege stationaire fase en meng ze met een numerieke verhouding die MCV ± SD van de cellen in het mengsel oplevert die overeenkomt met de typische MCV van bacteriën op de gekozen locatie.</li>
		<li>Suspendeer de pellets in 10 mL fosfaatgebufferde zoutoplossing (PBS; pH = 9).</li>
		<li>Voeg 2 mg van de geel-groene fluorescerende kleurstof 5-(4, 6-dichlorotriazin-2-yl) aminofluorescein (DTAF, bindt aan eiwitten) aan de celsuspensie in de fosfaat-zout buffer en inbroed in een waterbad van 60 °C voor 2 uur.</li>
		<li>Na de incubatie, centrifugeer de cellen, decanteren de DTAF-oplossing en was en centrifugeer 3x met PBS.</li>
		<li>Na de laatste wasbeurt, resuspendeer de cellen in 20 mL van de PPi-Saline buffer.</li>
		<li>Vortex de FLB-suspensie en Pipetteer 1,5 mL aliquots in 2 mL Cryo-flesjes en houd vervolgens bevroren (bij-20 °C) in PPi-Saline buffer tot het gebruik.</li>
		<li>Pre-filter PPi-Saline buffer door middel van een 0,2 μm polycarbonaat filter voor gebruik in de volgende stap.</li>
		<li>Om de FLB-concentratie te bepalen, breng een klein aliquot (gewoonlijk 20-40 μL) over in 2 mL deeltjes vrije PPi-zout buffer, sonicatie bij 30 W voor verschillende 2 s-uitbarstingen en filtreer op 0,2 μm polycarbonaat zwart filter voor inventarisatie via epifluorescentie microscopie (1, 000X vergroting) onder optische filterinstellingen voor DTAF (448 nm/520-540 nm).</li>
	</ol></li>
	<li>Tracer techniek voor de schatting van ciliate bacterivory<ol>
<li>Voor grazende experimenten in natuurlijke plankton habitats, breng 300 mL monsters in goed gespoeld kolven van 1 L en inincuberen bij in-situ temperatuur gedurende 15 minuten (om protisten te laten herstellen van de handling shock).</li>
		<li>Voeg FLB tracers toe om 5%-15% van de totale bacteriën te vormen, met de toegevoegde hoeveelheden afhankelijk van het seizoen en de watertemperatuur. Opmerking: er is een zeer breed, seizoen-afhankelijk spectrum in ciliate soortspecifieke opnamepercentages die verschillende orden van grootte beslaan (d.w.z. van 101-104 bacteriën ciliate-1 per uur)10,16, 17,18,22,23,24.</li>
		<li>In perioden van verbeterd optreden van ciliaten met hoge opnamesnelheden (meestal tijdens de zomer), ook een parallelle incubatie met zeer lage FLB toevoegingen, vormen slechts 2%-4% van totale bacteriën om te voorkomen dat overmatige belasting van ciliate vacuolen door Tracer FLB (Zie voorbeelden in Figuur 2).</li>
		<li>Incubate ciliate/plankton monsters met FLB gedurende 5-15 min.</li>
		<li>Er zijn twee mogelijkheden voor monster fixatie ter voorkoming van egestion van het opgenomen materiaal uit voedsel vacuolen van protisten8. Beëindig de incubaties door toevoeging van 1% Glutaaraldehyde (uiteindelijke concentratie die geschikter is voor monsters met chlorofyl-bevattende deeltjes, zoals algen). U ook 100 μL/10 μL van de oplossing van Lugol gebruiken in een submonster van 20 mL/200 μL water/trap vloeistof, onmiddellijk gevolgd door toevoeging van 0,5 mL/10 μL boraat-gebufferde formaline, vervolgens 200 μL/2 μL van 3% Natriumthiosulfaat (exp I/exp II, respectievelijk).</li>
	</ol></li>
	<li>Na het toevoegen van de fixeer, laat de monsters rusten voor ten minste 1 h in het donker bij 4 ° c om te zorgen voor een grondige bewaring van ciliate cellen.</li>
	<li>Neem natuurlijke plankton ondermonsters van 4-30 mL/10-30 μL (respectievelijk exp I/exp II; het volume is afhankelijk van de abundantie van ciliate) en beits met DAPI (eindconcentratie 0,2% WT/vol; Zie voor meer informatie stap 3,2 hierboven).</li>
	<li>Passeren 1 μm zwarte filters en inspecteren via epifluorescentie microscopie te tellen ciliaten (600x vergroting) en inventariseren van het aantal FLB tracers ingenomen (meestal bij 1000x vergroting) zoals beschreven in eerdere publicaties2,17 . Inspecteer monsters binnen 7 dagen na bewaring.</li>
	<li>Om totale protozoan/species-specifieke beweiding te schatten, vermenigvuldigt u de gemiddelde opnamesnelheden van alle ciliates, of alleen de ciliate soorten zoals gedetecteerd door overvloed in situ.</li>
	<li>Voorbeeld van de berekening van de opnamepercentages per cel uit in-situ gegevens van het Římov-waterreservoir wordt als volgt beschreven:<ol>
<li>Stel dat de bacteriële concentratie is 3,55 x 106 bacteriën/ml en Tracer FLB toegevoegd is 0,25 x 106 FLB/ml, die resulteert in een som van 3,8 x 106 bacteriën/ml van totale bacteriële deeltjes (natuurlijke bacteriën + FLB = 100% van prooi deeltjes) beschikbaar voor phagotrofische protisten in het natuurlijke monster. Opmerking: de toegevoegde FLB tracers vertegenwoordigen dus 6,58% (een project van 0,25/0.038) van totale bacteriële deeltjes. Het gemiddelde aantal FLB per Halteria SP. is 6,2 FLB in 5 minuten incubaties.</li>
		<li>Om opname per uur te normaliseren, gebruikt u de volgende berekening: (6,2 x 12)/(6.58/100) = 1131 bacteriën per Halteria cel/h. Opmerking: Zie Figuur 3voor meer voorbeelden van distributies van individuele opnamepercentages van halteria SP. gedetecteerd onder variabele watertemperaturen, hoeveelheden (als percents) van Tracer FLB en verschillende INCUBATIE tijden met FLB.</li>
	</ol></li>
</ol>

<ol><li>Azam, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ecological+role+of+water-column+microbes+in+the+sea%5BTitle%5D)+AND+%22Marine+Ecology+Progress+Series%22%5BJournal%5D)">The ecological role of water-column microbes in the sea.</a> Marine Ecology Progress Series. 10, 257-263 (1983).</li>
<li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+finely+tuned+symphony+of+factors+modulates+the+microbial+food+web+of+a+freshwater+reservoir+in+spring%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+%26+Oceanography%22%5BJournal%5D)">A finely tuned symphony of factors modulates the microbial food web of a freshwater reservoir in spring.</a> Limnology & Oceanography. 59, 1477-1492 (2014).</li>
<li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+prey+food+characteristics+modulate+community+growth+response+of+freshwater+bacterivorous+flagellates%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+%26+Oceanography%22%5BJournal%5D)">Bacterial prey food characteristics modulate community growth response of freshwater bacterivorous flagellates.</a> Limnology & Oceanography. 63, 484-502 (2018).</li>
<li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+bacterial+community+composition%2C+dynamics+and+viral+mortality+rates+associated+with+enhanced+flagellate+grazing+in+a+meso-eutrophic+reservoir%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+%26+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Changes in bacterial community composition, dynamics and viral mortality rates associated with enhanced flagellate grazing in a meso-eutrophic reservoir.</a> Applied & Environmental Microbiology. 67, 2723-2733 (2001).</li>
<li>Jürgens, K., Matz, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Predation+as+a+shaping+force+for+the+phenotypic+and+genotypic+composition+of+planktonic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Antonie+Van+Leeuwenhoek%22%5BJournal%5D)">Predation as a shaping force for the phenotypic and genotypic composition of planktonic bacteria.</a> Antonie Van Leeuwenhoek. 81, 413-434 (2002).</li>
<li>Pernthaler, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Predation+on+prokaryotes+in+the+water+column+and+its+ecological+implications%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Predation on prokaryotes in the water column and its ecological implications.</a> Nature Reviews Microbiology. 3, 537-546 (2005).</li>
<li>Berninger, U. B., Finlay, J., Kuuppo-Leinikki, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protozoan+control+of+bacterial+abundances+in+freshwaters%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+and+Oceanography%22%5BJournal%5D)">Protozoan control of bacterial abundances in freshwaters.</a> Limnology and Oceanography. 36, 139-147 (1991).</li>
<li>Sherr, E. B., Sherr, B. F. Protistan grazing rates via uptake of fluorescently labeled prey. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSherr%2C+EB+%22Handbook+of+Methods+in+Aquatic+Microbial+Ecology%22">Handbook of Methods in Aquatic Microbial Ecology</a>. Kemp, P. F., Sherr, B. F., Sherr, E. B., Cole, J. J. , Lewis Publishers. Boca Raton, Florida. 695-701 (1993).</li>
<li>Vazquez-Dominguez, E., Peters, F., Gasol, J. M., Vaqué, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measuring+the+grazing+losses+of+picoplankton%3A+methodological+improvements+in+the+use+of+fluorescently+tracers+combined+with+flow+cytometry%5BTitle%5D)+AND+%22Aquatic+Microbial+Ecology%22%5BJournal%5D)">Measuring the grazing losses of picoplankton: methodological improvements in the use of fluorescently tracers combined with flow cytometry.</a> Aquatic Microbial Ecology. 20, 119-128 (1999).</li>
<li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ecological+role+and+bacterial+grazing+of+Halteria+spp.%3A+Small+oligotrichs+as+dominant+pelagic+ciliate+bacterivores%5BTitle%5D)+AND+%22Aquatic+Microbial+Ecology%22%5BJournal%5D)">Ecological role and bacterial grazing of Halteria spp.: Small oligotrichs as dominant pelagic ciliate bacterivores.</a> Aquatic Microbial Ecology. 22, 43-56 (2000).</li>
<li>Montagnes, D. J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selective+feeding+behaviour+of+key+free-living+protists%3A+avenues+for+continued+study%5BTitle%5D)+AND+%22Aquatic+Microbial+Ecology%22%5BJournal%5D)">Selective feeding behaviour of key free-living protists: avenues for continued study.</a> Aquatic Microbial Ecology. 53, 83-98 (2008).</li>
<li>Kirchman, D. L. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKirchman%2C+DL+%22Processes+in+Microbial+Ecology.+2nd+Edition%22">Processes in Microbial Ecology. 2nd Edition</a>. , Oxford University Press. Oxford, UK. (2018).</li>
<li>Porter, K. G., Feig, Y. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+DAPI+for+identifying+and+counting+aquatic+microflora%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+and+Oceanography%22%5BJournal%5D)">The use of DAPI for identifying and counting aquatic microflora.</a> Limnology and Oceanography. 25, 943-948 (1980).</li>
<li>Foissner, W., Berger, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+user-friendly+guide+to+the+ciliates+%28Protozoa%2C+Ciliophora%29+commonly+used+by+hydrobiologists+as+bioindicators+in+rivers%2C+lakes%2C+and+waste+waters%2C+with+notes+on+their+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22Freshwater+Biology%22%5BJournal%5D)">A user-friendly guide to the ciliates (Protozoa, Ciliophora) commonly used by hydrobiologists as bioindicators in rivers, lakes, and waste waters, with notes on their ecology.</a> Freshwater Biology. 35, 375-482 (1996).</li>
<li>Foissner, W., Berger, H., Schaumburg, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+ecology+of+limnetic+plankton+ciliates%5BTitle%5D)+AND+%22Informationsberichte+des+Bayer+Landesamtes+f%C3%BCr+Wasserwirtschaft+Heft%22%5BJournal%5D)">Identification and ecology of limnetic plankton ciliates.</a> Informationsberichte des Bayer Landesamtes für Wasserwirtschaft Heft. , 3-99 (1999).</li>
<li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ciliate+grazing+on+picoplankton+in+a+eutrophic+reservoir+during+the+summer+phytoplankton+maximum%3A+a+study+at+the+species+and+community+level%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+%26+Oceanography%22%5BJournal%5D)">Ciliate grazing on picoplankton in a eutrophic reservoir during the summer phytoplankton maximum: a study at the species and community level.</a> Limnology & Oceanography. 40, 1077-1090 (1995).</li>
<li>Skibbe, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+improved+quantitative+protargol+stain+for+ciliates+and+other+planktonic+protists%5BTitle%5D)+AND+%22Archiv+f%C3%BCr.+Hydrobiolgie%22%5BJournal%5D)">An improved quantitative protargol stain for ciliates and other planktonic protists.</a> Archiv für. Hydrobiolgie. 130, 339-347 (1994).</li>
<li>Macek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Growth+rates+of+dominant+planktonic+ciliates+in+two+freshwater+bodies+of+different+trophic+degree%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Plankton+Research%22%5BJournal%5D)">Growth rates of dominant planktonic ciliates in two freshwater bodies of different trophic degree.</a> Journal of Plankton Research. 18, 463-481 (1996).</li>
<li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+food+webs+in+hypertrophic+fishponds%3A+omnivorous+ciliate+taxa+are+major+protistan+bacterivores%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+%26+Oceanography%22%5BJournal%5D)">Microbial food webs in hypertrophic fishponds: omnivorous ciliate taxa are major protistan bacterivores.</a> Limnology & Oceanography. , in press (2019).</li>
<li>Jezbera, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Major+freshwater+bacterioplankton+groups%3A+Contrasting+trends+in+distribution+of+Limnohabitans+and+Polynucleobacter+lineages+along+a+pH+gradient+of+72+habitats%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiology+Ecology%22%5BJournal%5D)">Major freshwater bacterioplankton groups: Contrasting trends in distribution of Limnohabitans and Polynucleobacter lineages along a pH gradient of 72 habitats.</a> FEMS Microbiology Ecology. 81, 467-479 (2012).</li>
<li>Kasalický, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+diversity+of+the+Limnohabitans+genus%2C+an+important+group+of+freshwater+bacterioplankton%2C+by+characterization+of+35+isolated+strains%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">The diversity of the Limnohabitans genus, an important group of freshwater bacterioplankton, by characterization of 35 isolated strains.</a> PLoS One. 8, 58209(2013).</li>
<li>Stabell, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ciliate+bacterivory+in+epilimnetic+waters%5BTitle%5D)+AND+%22Aquatic+Microbial+Ecology%22%5BJournal%5D)">Ciliate bacterivory in epilimnetic waters.</a> Aquatic Microbial Ecology. 10, 265-272 (1996).</li>
<li>Zingel, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ciliates+are+the+dominant+grazers+on+pico-+and+nanoplankton+in+a+shallow%2C+naturally+highly+eutrophic+lake%5BTitle%5D)+AND+%22Microbial+Ecology%22%5BJournal%5D)">Ciliates are the dominant grazers on pico- and nanoplankton in a shallow, naturally highly eutrophic lake.</a> Microbial Ecology. 53, 134-142 (2007).</li>
<li>Bickel, S. L., Tang, K. W., Grossart, H. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ciliate+epibionts+associated+with+crustacean+zooplankton+in+german+lakes%3A+distribution%2C+motility%2C+and+bacterivory%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Ciliate epibionts associated with crustacean zooplankton in german lakes: distribution, motility, and bacterivory.</a> Frontiers in Microbiology. 3 (243), (2012).</li>
<li>Sirová, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hunters+or+gardeners%3F+Linking+community+structure+and+function+of+trap-associated+microbes+to+the+nutrient+acquisition+strategy+of+a+carnivorous+plant%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Hunters or gardeners? Linking community structure and function of trap-associated microbes to the nutrient acquisition strategy of a carnivorous plant.</a> Microbiome. 6, 225(2018).</li>
<li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ecological+traits+of+a+zoochlorellae-bearing+Tetrahymena+sp.+%28Ciliophora%29+living+in+traps+of+the+carnivorous+aquatic+plant+Utricularia+reflexa%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Eukaryotic+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Ecological traits of a zoochlorellae-bearing Tetrahymena sp. (Ciliophora) living in traps of the carnivorous aquatic plant Utricularia reflexa.</a> Journal of Eukaryotic Microbiology. 64, 336-348 (2017).</li>
<li>Pitsch, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+green+Tetrahymena+utriculariae+n.+sp.+%28Ciliophora%2C+Oligohymenophorea%29+with+its+endosymbiotic+algae+%28Micractinium+sp.%29%2C+living+in+the+feeding+traps+of+a+carnivorous+aquatic+plant%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Eukaryotic+Microbiology%22%5BJournal%5D)">The green Tetrahymena utriculariae n. sp. (Ciliophora, Oligohymenophorea) with its endosymbiotic algae (Micractinium sp.), living in the feeding traps of a carnivorous aquatic plant.</a> Journal of Eukaryotic Microbiology. 64, 322-335 (2017).</li>
<li>Nielsen, J. M., Clare, E. L., Hayden, B., Brett, M. T., Kratina, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diet+tracing+in+ecology%3A+Method+comparison+and+selection%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Ecology+and+Evaluation%22%5BJournal%5D)">Diet tracing in ecology: Method comparison and selection.</a> Methods in Ecology and Evaluation. 9, 278-291 (2018).</li>
<li>Beisner, B. E., Grossart, H. P., Gasol, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+guide+to+methods+for+estimating+phago-mixotrophy+in+nanophytoplankton%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Plankton+Research%22%5BJournal%5D)">A guide to methods for estimating phago-mixotrophy in nanophytoplankton.</a> Journal of Plankton Research. , 1-13 (2019).</li>
<li>Dolan, J. D., Šimek, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Processing+of+ingested+matter+in+Strombidium+sulcatum%2C+a+marine+ciliate+%28Oligotrichida%29%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology+and+Oceanography%22%5BJournal%5D)">Processing of ingested matter in Strombidium sulcatum, a marine ciliate (Oligotrichida).</a> Limnology and Oceanography. 42, 393-397 (1997).</li>
<li>Massana, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Grazing+rates+and+functional+diversity+of+uncultured+heterotrophic+flagellates%5BTitle%5D)+AND+%22The+ISME+Journal%22%5BJournal%5D)">Grazing rates and functional diversity of uncultured heterotrophic flagellates.</a> The ISME Journal. 3, 588-596 (2009).</li>
<li>Grujčić, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryptophyta+as+major+freshwater+bacterivores+in+experiments+with+manipulated+bacterial+prey%5BTitle%5D)+AND+%22The+ISME+Journal%22%5BJournal%5D)">Cryptophyta as major freshwater bacterivores in experiments with manipulated bacterial prey.</a> The ISME Journal. 12, 1668-1681 (2018).</li>
</ol>

De auteurs hebben niets te onthullen.

Deciphering trofische interactie in aquatische systemen is altijd uitdagend28, vooral op de nano-plankton schalen waarbij protisten en hun prooi, bacteriën. Als het gaat om nutriëntenopname trajecten en kwantificering, is de toepassing van methoden met succes gebruikt op hogere trofische niveaus minder mogelijk, vanwege de hoge complexiteit van biotische interacties. Deze omvatten, bijvoorbeeld, stabiele isotoop labeling benaderingen. Dit protocol toont de voordelen van het gebruik van epifluoresc...

Heterotrofische prokaryoten zijn een belangrijke biologische component in aquatische systemen en vormen een belangrijke fractie van de biomassa van het plankton1,2,3. Factoren die hun overvloed, diversiteit en activiteit beheersen, zijn cruciaal voor het begrijpen van hun rol in biogeochemische Cycling (d.w.z. het lot van organische koolstof en andere voedingsstoffen en stroom van energie van prokaryoten naar hogere trofische niveaus). Protozoan begrazing is een van deze belangrijke factoren. Bacterivory van heterotrofische nanoflagellates en ciliaten legt een sterke top-down controle over prokaryotische overvloed, Gemeenschap functie, structuur, diversiteit, en zelfs cellulaire morfologie en groeisnelheid van bepaalde bacteriële groepen4, 5,6. In sommige systemen dienen protisten als de belangrijkste oorzaak van bacteriële sterfte op6,7.
De standaardbenadering gebruikt om protozoeen bacterivory te beoordelen, die nu al enige tijd wordt gebruikt, omvat het gebruik van fluorescently gelabelde bacteriën (FLB) als prooi analogen en epifluorescentie microscopie. Celspecifieke opnamesnelheden kunnen worden bepaald door het aantal gelabelde prooi deeltjes in protistan voedsel vacuolen te kwantificeren over een geselecteerde tijd cursus8. Deze aanpak heeft een aantal voordelen. Tracer wordt toegevoegd aan natuurlijke monsters met natuurlijke roofdieren en prooi assemblages. Er is een minimale monster manipulatie voorafgaand aan incubatie, minimale monster wijziging door de toegevoegde FLB Tracer, en incubatie tijden zijn kort om goede resultaten te garanderen die onder de omstandigheden in situ zijn verkregen. Als alternatief kan in omgevingen met lage aantallen bacteriële protisten of zoöplankton (bv. offshore mariene systemen) de verdwijningen van FLB toegevoegd aan monsters in lage hoeveelheden (2%-3% Tracer) worden gedetecteerd via Flowcytometrie in lange termijn (12-24 h) incubatie experimenten. Vervolgens worden de nummers van de FLB aan het begin-en eindpunt (integratie van de impact van alle bacterieomen) gekwantificeerd door flowcytomeltry (zie vorige publicatie9voor meer informatie). Een dergelijke parameter vertegenwoordigt echter alleen de totale geaggregeerde bacterivory percentages die niet direct kunnen worden toegeschreven aan bepaalde protistan-en zoöplankton Grazer groepen of soorten.
Over het algemeen kan het een uitdaging zijn om de protistan soorten-of morphotype-specifieke bacteriële sterftecijfers in het aquatische milieu nauwkeurig en met ecologische betekenis te kwantificeren. Sommige protisten zijn selectieve grazers, en de grootte en de celvorm van de toegevoegde FLB Tracer kunnen de natuurlijke tarieven van prooi inname10,11verstoren. Bovendien zijn protistan activiteit en metabolisme zeer temperatuurgevoelig12; Daarom moet de hoeveelheid toegevoegde FLB Tracer zorgvuldig worden gemanipuleerd voor elk afzonderlijk monster type (niet alleen op basis van de natuurlijke overvloed, grootte, en morfologie van bacteriën en de heersende soorten bactervores, maar ook op temperatuur). De meeste studies richten zich op bulk protistan grazende activiteit; de bacterivory van specifieke protistan soorten heeft echter vaak een veel hogere informatiewaarde en kan de voorkeur hebben. In dit geval is de taxonomische kennis van de protist soorten die in een steekproef aanwezig zijn en het begrip van hun gedrag noodzakelijk. Vandaar dat er aanzienlijke hoeveelheden tijd en arbeid nodig zijn om goede resultaten te behalen op soortspecifieke tarieven van bacterivory die toe te schrijven zijn aan een bepaalde protistan groep of soort.
Ondanks deze moeilijkheden blijft deze aanpak het meest geschikte instrument dat momenteel beschikbaar is om protistan bacterivory in natuurlijke instellingen te beoordelen. Hier gepresenteerd is een uitgebreide, gemakkelijk te volgen methode voor het gebruik van FLB als een Tracer in aquatische microbiële ecologie studies. Alle genoemde problematische aspecten van de aanpak worden verantwoord en een verbeterde workflow wordt beschreven, met twee experimenten uit contrasterende omgevingen en contrasterende ciliate soorten als voorbeelden.
De eerste casestudy werd uitgevoerd in een epilimnetische omgeving van het mesotrofische Římov waterreservoir in de Tsjechische Republiek, dat Grazer en bacteriële Abundances vertoont die vergelijkbaar zijn met de meeste oppervlakte zoet waterlichamen (cf.5,7). De tweede casestudy werd uitgevoerd in de zeer specifieke omgeving binnen vallen van de aquatische vleesetende plant ,die een extreem hoge aantallen van beide grazende mixotrofische ciliaten (tetrahymena utaanariae) heeft. en bacteriële cellen. Berekeningen van de celspecifieke Graas percentages en bacteriële staande voorraden in beide soorten monsters worden weergegeven. Een reeks van ecologische interpretaties van de resultaten wordt dan besproken, en voorbeelden van mogelijke follow-up studies worden uiteindelijk voorgesteld.

<table><tbody><tr><td>0.2-&micro;m pore-size filters&nbsp;</td><td>SPI leveranciers, https://www.2spi.com/</td><td>B0225-MB</td><td>Zwarte, polycarbonaat track etch membraanfilters, diameter geschikt voor gebruikte filterapparaten</td></tr><tr><td>5-(4,6-dichlorotriazin-2-yl) aminofluorescein (DTAF)</td><td>Elk merk</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Automatische pipetten met instelbare volumes&nbsp;</td><td>Elk merk, verschillende maten</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Centrifuge</td><td>22 000 x g</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Cryovials</td><td>Elk merk, 2 mL formaat</td><td></td><td></td></tr><tr><td>DAPI (4'6-Diamidino-2'-fenylindole dihydrochloride)</td><td>Elk merk&nbsp;</td><td></td><td>1 mg ml-1</td></tr><tr><td>Epifluorescentiemicroscoop</td><td>Vergroting van 400 x tot 1000 x</td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td>Filters geschikt voor bekijking in het DAPI en DTAF bereik</td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td>Tellrooster in een van de oculairen</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Filterapparaat</td><td>Meestal met een diameter van 25 mm&nbsp;</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Formaldehyde</td><td>Een merk voor microscopie</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Glutaraldehyde</td><td>Een merk voor microscopie</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Dompelolie voor microscopie</td><td>Specifieke olie met lage fluorescentie</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Lugol's oplossing</td><td>Elk merk of zie opmerking</td><td></td><td>Maak een alkalische Lugol'-oplossing als volgt: Oplossing 1 - los 10 g kaliumjodide op in 20 ml MQ water, voeg dan 5 g jodium toe. Oplossing 2 - voeg 5 g natriumacetaat toe aan 50 ml MQ water. Voeg de oplossing 2 toe aan de oplossing 1 en meng goed</td></tr><tr><td>Met methanol gestabiliseerd formalin</td><td>Elk merk beschikbaar voor microscopiedoeleinden</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Microscoopglazen en dekvlakjes</td><td>Elk merk geproduceerd voor microscopiedoeleinden&nbsp;</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MQ water voor het verdunnen van monsters</td><td>Elk merk &nbsp;</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Fosfaat-gebufferde zoutoplossing (PBS; pH = 9)</td><td>Elk merk</td><td></td><td>0.05 M Na2HPO4-NaCl oplossing, aangepast tot pH 9</td></tr><tr><td>PPi-zoutoplossing buffer</td><td>Elk merk</td><td></td><td>0.02 M Na4P2O7-NaCl oplossing. Voeg 0,53 g Na4P2O7 toe aan 100 ml MQ water plus 0,85 g NaCl&nbsp;</td></tr><tr><td>Bemonsteringsapparaat&nbsp;</td><td>Geschikt voor het verkrijgen van een representatieve steekproef&nbsp;</td><td></td><td>bijv. Friedinger sampler voor merenplankton</td></tr><tr><td>Natriumthiosulfaatoplossing</td><td>Elk merk</td><td></td><td>3% oplossing wordt gebruikt in het protocol</td></tr><tr><td>Sonicator</td><td>Elk merk</td><td></td><td>30 W</td></tr><tr><td>Vortex</td><td>Elk merk dat een grondige menging van de opgeloste stoffen en monsters mogelijk maakt</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Waterbad</td><td>Elk merk dat het mogelijk maakt om de temperatuur op 60 &deg;C te houden</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

fluorescentend gelabelde bacteriën als een tracer om nieuwe trajecten van organische koolstof stromen in aquatische ecosystemen te onthullen

Fluorescently Labeled Bacteria as a Tracer to Reveal Novel Pathways of Organic Carbon Flow in Aquatic Ecosystems

Elucidating trofische interacties, zoals predatie en de effecten ervan, is een frequente taak voor veel onderzoekers in de ecologie. De studie van microbiële gemeenschappen heeft vele beperkingen, en het bepalen van een roofdier, prooi, en roofzuchtige tarieven is vaak moeilijk. Hier is een geoptimaliseerde methode gebaseerd op de toevoeging van fluorescently gelabelde prooi als een Tracer, die een betrouwbare kwantificatie van de Graas percentages in aquatische roofzuchtige eukaryoten mogelijk maakt en een schatting van de overdracht van voedingsstoffen naar hogere trofische niveaus.

Voorbeeld experiment ik werd gerund in Římov waterreservoir (Zuid-BOHEMEN, CZ), dat is een natuurlijke site met lagere natuurlijke in situ roofdier en prooi overvloed. Representatieve gegevens worden gerapporteerd voor de omnivous ciliate-soort halteria grandinella, een overvloedige en efficiënte Grazer van picoplankton (< 2 μm) deeltjes10,16,17,18 ,<sup cl...

Hier is een protocol voor een eencellige, epifluorescentie microscopie gebaseerde techniek om Graas percentages te kwantificeren in aquatische roofzuchtige eukaryoten met een hoge precisie en taxonomische resolutie.

Fluorescentend gelabelde bacteriën als een Tracer om nieuwe trajecten van organische koolstof stromen in aquatische ecosystemen te onthullen

Elucidating trophic interactions, such as predation and its effects, is a frequent task for many researchers in ecology. The study of microbial ...

Deze aanpak is belangrijk omdat het ons in staat stelt om koolstof- en energiestromen van prokaryoten naar hogere trofische niveaus in microbiële voedselwebben met een zeer hoge resolutie te visualiseren en te schatten. Dit is de enige techniek die momenteel beschikbaar is om te bepalen welke protist soorten bacteriën in situ consumeren, en tegelijkertijd de snelheid van dit proces op een eencellig niveau te kwantificeren. Aangezien bacteriën de enige significante microben zijn die opgeloste organische koolstof veranderen in organische koolstof, vormt de kennis van de betrokken spelers en de tarieven waarmee dit gebeurt de basis voor het begrijpen van aquatische ecosystemen in het algemeen. We raden onderzoekers ten zeerste aan om vertrouwd te raken met hun studiesysteem voordat ze begrazingsexperimenten uitvoeren. Dit in gaat licht en epifluorescentie van microscopie inspectie van de monsters, en de kennis van de belangrijkste taxon aanwezig en hun seizoensgebonden dynamiek. Het demonstreren van de procedure zal Jitka Jezberov

fluorescently-labeled-bacteria-as-tracer-to-reveal-novel-pathways

Research

JoVE Journal

Environment

Milieu

Milieu-bacterioplankton worden geïncubeerd met een model opgeloste organische koolstof (DOC) verbinding en een DNA-etikettering reagens, broomdeoxyuridine (BrdU). Daarna zijn DOC-afbrekende cellen gescheiden van de bulk-gemeenschap op basis van hun verhoogde BrdU incorporatie met behulp van fluorescentie geactiveerde cel sortering (FACS). Deze cellen worden vervolgens geïdentificeerd door de volgende moleculaire analyses.

Broomdeoxyuridine (BrdU) etikettering en Latere Fluorescentie Activated Cell Sorting voor cultuur-onafhankelijke Identificatie van opgeloste organische koolstof-afbrekende bacterioplankton

Source: Pioli, R., et al., Patterning of Microorganisms and Microparticles through Sequential Capillarity-assisted Assembly. J. Vis. Exp. (2021)This video demonstrates the method of capturing single fluorescently tagged Escherichia coli (E. coli) cells in microfluidic traps using a carbon-free suspension and controlled flow, followed by nutrient addition to trigger growth and fluorescence imaging of microcolonies.

Microfluidic Patterning and Fluorescence-Based Tracking of Single-Cell Bacterial Growth

Source: Chetrit, D., et al. Applying Live Cell Imaging and Cryo-Electron Tomography to Resolve Spatiotemporal Features of the Legionella pneumophila Dot/Icm Secretion System. J. Vis. Exp. (2020).This video demonstrates the preparation and imaging of fluorescently labeled pathogenic bacteria. Agarose pads are first prepared and positioned within an adhesive frame. A suspension of genetically modified bacteria expressing a fluorescent protein is applied to the pad to immobilize the cells. The...

Sample Preparation and Imaging of Fluorescently Labeled Bacteria

Een methode op basis van fluorescente eiwitten in levende cellen voor het verlichten van cellulaire vacuolen (insluitsels) die Chlamydia bevatten, wordt beschreven. Deze strategie maakt een snelle, geautomatiseerde bepaling van Chlamydia-infectiviteit in monsters mogelijk en kan worden gebruikt om de groeidynamiek van insluitsels kwantitatief te onderzoeken.

Met behulp van fluorescerende eiwitten te visualiseren en te kwantificeren<em&gt; Chlamydia</em&gt; Vacuole groeidynamiek in levende cellen

Studies van biomoleculen in vivo zijn cruciaal voor het begrijpen van moleculaire functie in een biologische context. Hier beschrijven we een nieuwe methode die de internalisatie van fluorescerende biomoleculen, zoals DNA of eiwitten, in levende micro-organismen mogelijk maakt. Analyse van in vivo gegevens opgenomen door middel van fluorescentiemicroscopie wordt ook gepresenteerd en besproken.

Internalisatie en observatie van TL biomoleculen in levende micro-organismen via Electroporatie

Een hele cel bioreporter test met Burkholderia sartisoli RP037-mChe is ontwikkeld om fracties van een organische verontreiniging (dwz fluoreen-) beschikbaar voor bacteriële degradatie na actief transport door mycelium overbruggen met lucht gevulde poriën in een water onverzadigd modelsysteem detecteren.

A Whole Cell Bioreporter Aanpak Verkeer en biologische beschikbaarheid van organische stoffen te evalueren in Water Onverzadigde Systems

De rol van het assortiment (ruimtelijke segregatie) in de evolutionaire scenario's kunnen worden onderzocht met behulp van eenvoudige microbiële systemen in het laboratorium die het mogelijk maken gecontroleerde aanpassing van de ruimtelijke verdeling. Door wijziging van de oprichter celdichtheid, kunnen diverse assortiment niveaus worden gevisualiseerd met behulp van fluorescent gelabelde bacteriestammen in de kolonie biofilms van Bacillus subtilis.

Monitoring ruimtelijke segregatie in Surface Kolonisatie microbiële populaties

Inzicht in de functie van essentiële processen bij bacteriën is uitdagend. Fluorescentie microscopie met doelgroepen gerichte kleurstoffen kan belangrijke inzicht verwerven in de cel van de microbiële groei en celcyclus progressie. Hier, wordt Agrobacterium tumefaciens gebruikt als een model bacterie Markeer methoden voor levende cellen imaging voor karakterisering van essentiële processen.

Cel fluorescentie microscopie als waarnemer van essentiële processen tijdens microbiële celgroei bij te wonen

Dit manuscript beschrijft een methode voor het labelen van individuele boodschapper-RNA (mRNA) afschriften met fluorescently-geëtiketteerden DNA sondes, voor gebruik in single-molecuul fluorescentie in situ hybridisatie (smFISH) proeven in E. coli. smFISH is een visualisatie methode waarmee de simultane detectie-, lokalisatie- en kwantificering van afzonderlijke mRNA moleculen in vaste afzonderlijke cellen.

Methode voor het labelen van afschriften in individuele Escherichia coli cellen voor Single-molecuul fluorescentie In Situ hybridisatie experimenten

Dit live-bacteriële celbeeldvormingsprotocol maakt visualisatie mogelijk van interacties tussen meerdere bacteriële soorten op het eencellige niveau in de tijd. Time-lapse imaging maakt het mogelijk om elke bacteriesoort in monocultuur of cocultuur te observeren om interspecies interacties te ondervragen in bacteriële gemeenschappen met meerdere soorten, waaronder individuele celmotiliteit en levensvatbaarheid.

Kinetische visualisatie van single-cell interspecies bacteriële interacties

Hier beschrijven we een procedure die orgaanbrede detectie van pathogene bacteriën tijdens infectie en kwantificering van fluorescerende reporteractiviteiten mogelijk maakt.

Driedimensionale tomografie van het hele orgaan met hoge resolutie van microbiële infecties

Ontdek hoe fluorescerend gelabelde bacteriën als tracers inzicht geven in koolstofstromen in aquatische ecosystemen. Deze methode visualiseert predatie op enkelvoudige-celniveau en kwantificeert graaspercentages van protisten.

Fluorescentend gelabelde bacteriën als een Tracer om nieuwe trajecten van organische koolstof stromen in aquatische ecosystemen te onthullen (Video) | JoVE Journal

Fluorescentend gelabelde bacteriën als een Tracer om nieuwe trajecten van organische koolstof stromen in aquatische ecosystemen te onthullen

Meer video's verkennen