Name: Heuristische mijnbouw van hiërarchische genotypen en accessoire genoom loci in bacteriële populaties (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-12-07T14:30:00.000+00:00
Duration: 8 min 3 s
Description: Verken heuristische mijnbouw van hiërarchische genotypen in bacteriële populaties met het ProkEvo-platform. Deze methode ondersteunt grootschalige epidemiologische en ecologische analyses van pathogene stammen zoals Salmonella Newport.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Dit werk werd ondersteund door financiering door de UNL-IANR Agricultural Research Division en het National Institute for Antimicrobial Resistance Research and Education en door het Nebraska Food for Health Center van de Food Science and Technology Department (UNL). Dit onderzoek kon alleen worden voltooid door gebruik te maken van het Holland Computing Center (HCC) bij UNL, dat steun krijgt van het Nebraska Research Initiative. We zijn ook dankbaar dat we via de HCC toegang hebben tot middelen die worden geleverd door het Open Science Grid (OSG), dat wordt ondersteund door de National Science Foundation en het Office of Science van het Amerikaanse ministerie van Energie. Dit werk maakte gebruik van de Pegasus Workflow Management Software die wordt gefinancierd door de National Science Foundation (grant #1664162).

De auteurs hebben verklaard dat er geen tegenstrijdige belangen bestaan.

Het gebruik van een systeemgebaseerde heuristische en hiërarchische populatiestructuuranalyse biedt een kader om nieuwe genomische handtekeningen in bacteriële datasets te identificeren die het potentieel hebben om unieke ecologische en epidemiologische patronen te verklaren20. Bovendien kan het in kaart brengen van accessoire genoomgegevens op de populatiestructuur worden gebruikt om voorouderlijk verworven en / of recent afgeleide eigenschappen af te leiden die de verspreiding van ST-afstammings...

Het toenemende gebruik van bacteriële whole-genome sequencing (WGS) als basis voor routinematige surveillance en epidemiologisch onderzoek door volksgezondheidslaboratoria en regelgevende instanties heeft het onderzoek naar het uitbreken van pathogenen aanzienlijk verbeterd 1,2,3,4. Als gevolg hiervan zijn grote hoeveelheden geanonimiseerde WGS-gegevens nu openbaar beschikbaar en kunnen ze worden gebruikt om aspecten van de populatiebiologie van pathogene soorten op een ongekende schaal te bestuderen, inclusief studies op basis van: populatiestructuren, genotypefrequenties en gen / allelfrequenties in meerdere reservoirs, geografische regio's en soorten omgevingen5 . De meest gebruikte WGS-geleide epidemiologische onderzoeken zijn gebaseerd op analyses met alleen de gedeelde kern-genomische inhoud, waarbij de gedeelde (geconserveerde) inhoud alleen wordt gebruikt voor genotypische classificatie (bijv. Variant calling), en deze varianten worden de basis voor epidemiologische analyse en tracering 1,2,6,7 . Typisch, bacteriële kern-genoom-gebaseerde genotypering wordt uitgevoerd met multi-locus sequence typing (MLST) benaderingen met behulp van zeven tot een paar duizend loci 8,9,10. Deze MLST-gebaseerde strategieën omvatten het in kaart brengen van voorgeassembleerde of geassembleerde genomische sequenties op sterk samengestelde databases, waardoor allelische informatie wordt gecombineerd tot reproduceerbare genotypische eenheden voor epidemiologische en ecologische analyse11,12. Deze MLST-gebaseerde classificatie kan bijvoorbeeld genotypische informatie genereren op twee resolutieniveaus: sequentietypen op een lager niveau (ST's) of ST-afstammingslijnen (7 loci) en mlst-varianten (cgMLST) op een hoger niveau (~ 300-3.000 loci)10.
MLST-gebaseerde genotypische classificatie is computationeel draagbaar en zeer reproduceerbaar tussen laboratoria, waardoor het algemeen wordt geaccepteerd als een nauwkeurige subtyperingsbenadering onder het bacteriesoortniveau13,14. Bacteriële populaties zijn echter gestructureerd met soortspecifieke verschillende gradaties van klonaliteit (d.w.z. genotypische homogeniteit), complexe patronen van hiërarchische verwantschap tussen genotypen 15,16,17 en een breed scala aan variatie in de verdeling van accessoire genomische inhoud 18,19 . Een meer holistische benadering gaat dus verder dan discrete classificaties in MLST-genotypen en omvat de hiërarchische relaties van genotypen op verschillende resolutieschalen, samen met het in kaart brengen van accessoire genomische inhoud op genotypische classificaties, wat populatiegebaseerde gevolgtrekkingen 18,20,21 vergemakkelijkt . Bovendien kunnen analyses zich ook richten op gedeelde patronen van overerving van accessoire genomische loci bij zelfs ver verwante genotypen 21,22. Over het algemeen maakt de gecombineerde aanpak agnostische ondervraging mogelijk van relaties tussen populatiestructuur en de verdeling van specifieke genomische samenstellingen (bijv. Loci) over geospatiale of omgevingsgradiënten. Een dergelijke benadering kan zowel fundamentele als praktische informatie opleveren over de ecologische kenmerken van specifieke populaties die op hun beurt hun tropisme en verspreidingspatronen over reservoirs, zoals voedseldieren of mensen, kunnen verklaren.
Deze op systemen gebaseerde hiërarchische populatiegerichte benadering vereist grote hoeveelheden WGS-gegevens voor voldoende statistische kracht om onderscheidbare genomische handtekeningen te voorspellen. Bijgevolg vereist de aanpak een computationeel platform dat in staat is om vele duizenden bacteriële genomen tegelijk te verwerken. Onlangs is ProkEvo ontwikkeld en is het een vrij beschikbaar, geautomatiseerd, draagbaar en schaalbaar bioinformaticaplatform dat integratieve hiërarchische bacteriële populatieanalyses mogelijk maakt, inclusief pan-genomische mapping20. ProkEvo maakt de studie van matige tot grootschalige bacteriële datasets mogelijk en biedt tegelijkertijd een kader om testbare en afleidbare epidemiologische en ecologische hypothesen en fenotypische voorspellingen te genereren die door de gebruiker kunnen worden aangepast. Dit werk vormt een aanvulling op die pijplijn door een gids te bieden voor het gebruik van prokevo-afgeleide outputbestanden als input voor analyses en interpretatie van hiërarchische populatieclassificaties en accessoire genomische mijnbouw. De hier gepresenteerde casestudy maakte gebruik van de populatie van Salmonella enterica-afstamming I zoönotische serovar S. Newport als voorbeeld en was specifiek gericht op het verstrekken van praktische richtlijnen voor microbiologen, ecologen en epidemiologen over hoe: i) een geautomatiseerde fylogenie-afhankelijke benadering te gebruiken om hiërarchische genotypen in kaart te brengen; ii) de frequentieverdeling van genotypen te beoordelen als een proxy voor het evalueren van ecologische fitheid; iii) afstammingsspecifieke graden van klonaliteit te bepalen met behulp van onafhankelijke statistische benaderingen; en iv) amr-loci in kaart te brengen als een voorbeeld van hoe accessoire genomische inhoud kan worden ontginnen in de context van de populatiestructuur. Meer in het algemeen biedt deze analytische benadering een generaliseerbaar kader om een populatiegebaseerde genomische analyse uit te voeren op een schaal die kan worden gebruikt om evolutionaire en ecologische patronen af te leiden, ongeacht de beoogde soort.

<table><tbody><tr><td>amr_data_filtered</td><td></td><td></td><td>https://figshare.com/account/projects/116625/articles/14829225?file=28758762</td></tr><tr><td>amr_data_raw</td><td></td><td></td><td>https://figshare.com/account/projects/116625/articles/14829225?file=28547994</td></tr><tr><td>baps_output</td><td></td><td></td><td>https://figshare.com/account/projects/116625/articles/14829225?file=28548003</td></tr><tr><td>Core-genome phylogeny</td><td></td><td></td><td>https://figshare.com/account/projects/116625/articles/14829225?file=28548006</td></tr><tr><td>genome_sra</td><td></td><td></td><td>https://figshare.com/account/projects/116625/articles/14829225?file=28639209</td></tr><tr><td>Linux, Mac, of PC</td><td></td><td></td><td>elke hoge-prestatie platform</td></tr><tr><td>mlst_output</td><td></td><td></td><td>https://figshare.com/account/projects/116625/articles/14829225?file=28547997</td></tr><tr><td>sistr_output</td><td></td><td></td><td>https://figshare.com/account/projects/116625/articles/14829225?file=28548000</td></tr><tr><td>figshare inloggegevens zijn vereist voor inloggen en toegang tot de bestanden</td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

heuristische mijnbouw van hiërarchische genotypen en accessoire genoom loci in bacteriële populaties

Heuristic Mining of Hierarchical Genotypes and Accessory Genome Loci in Bacterial Populations

Routinematig en systematisch gebruik van bacteriële whole-genome sequencing (WGS) verbetert de nauwkeurigheid en oplossing van epidemiologisch onderzoek uitgevoerd door volksgezondheidslaboratoria en regelgevende instanties. Grote hoeveelheden openbaar beschikbare WGS-gegevens kunnen worden gebruikt om pathogene populaties op grote schaal te bestuderen. Onlangs werd een vrij beschikbaar computationeel platform genaamd ProkEvo gepubliceerd om reproduceerbare, geautomatiseerde en schaalbare hiërarchische populatie-genomische analyses mogelijk te maken met behulp van bacteriële WGS-gegevens. Deze implementatie van ProkEvo toonde het belang aan van het combineren van standaard genotypische mapping van populaties met mijnbouw van accessoire genomische inhoud voor ecologische gevolgtrekking. In het bijzonder gebruikte het hier belichte werk ProkEvo-afgeleide outputs voor hiërarchische analyses op populatieschaal met behulp van de R-programmeertaal. Het belangrijkste doel was om microbiologen, ecologen en epidemiologen een praktische gids te bieden door te laten zien hoe: i) een fylogenie-geleide mapping van hiërarchische genotypen kan worden gebruikt; ii) frequentieverdelingen van genotypen te beoordelen als een proxy voor ecologische fitheid; iii) verwantschapsrelaties en genetische diversiteit te bepalen met behulp van specifieke genotypische classificaties; en iv) kaartlijn differentiërende accessoire loci. Om de reproduceerbaarheid en draagbaarheid te verbeteren, werden R-afwaarderingsbestanden gebruikt om de volledige analytische benadering te demonstreren. De voorbeelddataset bevatte genomische gegevens van 2.365 isolaten van de zoönotische voedselpathogeen Salmonella Newport. Fylogenie-verankerde mapping van hiërarchische genotypen (Serovar -> BAPS1 -> ST -> cgMLST) onthulde de populatiegenetische structuur, waarbij sequentietypen (ST's) werden benadrukt als de hoeksteen die het genotype onderscheidt. Over de drie meest dominante afstammingslijnen deelden ST5 en ST118 recenter een gemeenschappelijke voorouder dan met het zeer klonale ST45-fylogenylotype. Op ST gebaseerde verschillen werden verder benadrukt door de verdeling van accessoire antimicrobiële resistentie (AMR) loci. Ten slotte werd een fylogenie-verankerde visualisatie gebruikt om hiërarchische genotypen en AMR-inhoud te combineren om de verwantschapsstructuur en afstammingsspecifieke genomische handtekeningen te onthullen. Gecombineerd biedt deze analytische benadering enkele richtlijnen voor het uitvoeren van heuristische bacteriële populatie genomische analyses met behulp van pan-genomische informatie.

Door gebruik te maken van het computationele platform ProkEvo voor populatiegenomics-analyses, bestaat de eerste stap in bacteriële WGS-datamining uit het onderzoeken van de hiërarchische populatiestructuur in de context van een kerngenoomfylogenie (figuur 1). In het geval van S. enterica afstamming I, zoals geïllustreerd door de S. Newport dataset, is de populatie hiërarchisch gestructureerd als volgt: serovar (laagste resolutieniveau), BAPS1-subgroepen of haplot...

Dit analytische computationele platform biedt praktische richtlijnen voor microbiologen, ecologen en epidemiologen die geïnteresseerd zijn in bacteriële populatiegenomica. In het bijzonder demonstreerde het hier gepresenteerde werk hoe uit te voeren: i) fylogenie-geleide mapping van hiërarchische genotypen; ii) op frequentie gebaseerde analyse van genotypen; iii) verwantschaps- en klonaliteitsanalyses; iv) identificatie van afstammingsonderscheidende accessoire loci.

Heuristische mijnbouw van hiërarchische genotypen en accessoire genoom loci in bacteriële populaties

Routine and systematic use of bacterial whole-genome sequencing (WGS) is enhancing the accuracy and resolution of epidemiological investigations carried ...

Dit analytische protocol maakt de studie van pathogene populaties van bacteriën op grote schaal mogelijk. Dat is heel belangrijk omdat het de manier waarop ecologisch en epidemiologisch onderzoek kan worden gedaan, verbetert. Maar om dat te laten gebeuren, hebben we een geautomatiseerde en schaalbare tool nodig, of een computationeel platform waarmee vele duizenden genoomsequenties tegelijk kunnen worden geanalyseerd.ProkEvo past in die niche en maakt het mogelijk om praktische bacteriële populatieanalyse op schaal uit te voeren, terwijl pan-genomische inhoud in kaart wordt gebracht, die genotypen en unieke kenmerken van die genotypen beoordeelt voor ecologisch en epidemiologisch onderzoek. Het belangrijkste voordeel van dit protocol is het gebruik van krachtige, geautomatiseerde en schaalbare computationele platforms, zoals ProkEvo om heuristische mijnbouw van hiërarchische genotypen in bacteriële populaties uit te voeren. Het analyseprotocol dat hier vandaag wordt gepresenteerd, heeft verschillende praktische implicaties.Een daarvan is om diagnostiek te vergemakkelijken in de zin dat bacteriële genotypen in realtime in kaart kunnen worden gebracht en gevolgd, op een schaalbare manier, waardoor pathogene afstammingslijnen van pathogenen kunnen worden onderscheiden en gedefinieerd om die pathogenen in verschillende omgevingen te volgen en in kaart te brengen. Een andere toepassing is om het routinematige toezicht op volksgezondheidslaboratoria en regelgevende instanties te verbeteren, wat wordt gedaan om het volgen van pathogenen in verschillende commerciële omgevingen te vergemakkelijken. Het hier gepresenteerde protocol biedt praktische richtlijnen voor microbiologen, ecologen, epidemiologen en iedereen die geïnteresseerd is in bacteriële populatiegenomica.ProkEvo is een open source en openbaar beschikbaar platform en de GitHub-pagina biedt gedetailleerde gebruiksinstructies. Het protocol dat hier wordt uitgelegd, is ook te vinden op GitHub. Met de meegeleverde instructies willen we ProkEvo en dit protocol gemakkelijk te gebruiken maken en te gebruiken door beginnende en gevorderde onderzoekers.Begin met het uitvoeren van de analyses met behulp van Gigi-boom om een fylogenetische boom samen met genotypische informatie te plotten. Optimaliseer hiervoor de gigi-boomfiguurgrootte, inclusief de diameter en breedte van ringen door de numerieke waarden in de x-lim- en G-heatmap te wijzigen. Wanneer u meerdere gegevenslagen plot met de fylogenetische boom, verzamelt u alle metagegevens in het laagst mogelijke aantal categorieën om de keuze van het kleurpaneel te vergemakkelijken.Voer de gegevensaggregatie uit op basis van de vraag naar interesse en domeinkennis. Als u klaar bent, gebruikt u een staafplot om de relatieve frequenties te beoordelen door gegevens te aggregeren voor het sequentietype of ST-afstammingslijnen en multilocus-sequentietypering van het kerngenoom of cgMLST-varianten om visualisaties te vergemakkelijken. Kies een empirische of statistische drempel die wordt gebruikt voor gegevensaggregatie.De voorbeeldcode kan worden gebruikt om de frequentieverdeling van de ST-afstammingslijnen te inspecteren en de afsnijding te bepalen. De voorbeeldcode laat zien hoe kleine of laagfrequente ST's worden samengevoegd. De ST's die niet genummerd zijn, kunnen worden gegroepeerd als andere ST's.Gebruik een vergelijkbare code voor de cgMLST-varianten. Gebruik de geneste benadering om het aandeel van elke ST-afstamming binnen elke BAPS1-subgroep te berekenen om de ST's te identificeren die tot dezelfde BAPS1-subgroep behoren. De code illustreert hoe de op ST gebaseerde verhouding kan worden berekend over de BAPS1-subgroepen.Om de verdeling van antimicrobiële resistentie of AMR-loci over de ST-afstammingslijnen uit te zetten, gebruikt u een empirische of statistische drempel om de belangrijkste AMR-loci eruit te filteren om visualisaties te vergemakkelijken. Zorg voor een rauwe. csv-bestand met de berekende verhoudingen van alle AMR-loci over alle ST-afstammingslijnen.Bereken vervolgens de AMR-verhouding voor elke ST met behulp van de code. Nadat de berekeningen voor alle ST's zijn uitgevoerd, combineert u de gegevenssets als één gegevensframe met behulp van de code en exporteert u vervolgens het csv-bestand met de berekende verhoudingen met de code. Voordat u de op AMR gebaseerde verdeling over de ST-afstammingslijnen plot, filtert u de gegevens op basis van een drempelwaarde om visualisaties te vergemakkelijken.Plot vervolgens de fylogenie van het kerngenoom samen met de hiërarchische genotypische classificaties in AMR-gegevens in een enkele plot met behulp van Gigi-boom. Optimaliseer vervolgens de figuurgrootte in de Gigi-boom met behulp van de eerder genoemde parameters. Optimaliseer de visualisaties door de variabelen samen te voegen of binaire classificatie te gebruiken, zoals de aan- of afwezigheid van het gen.De hiërarchische populatiestructuur van Salmonella enterica-afstamming één in de context van een kerngenoom fylogenie werd onderzocht. De relatieve frequenties van alle hiërarchische genotypen werden vervolgens gebruikt om de totale verdeling en de meest waargenomen classificaties te evalueren. Minder frequente ST-afstammingslijnen werden samengevoegd als andere ST's om datavisualisatie te vergemakkelijken.Evenzo werden minder frequente cgMLST-varianten samengevoegd als andere cgMLST's. De voorouderlijke relaties tussen de ST's werden onderzocht met behulp van een geneste benadering door de relatieve frequentie van ST-afstammingslijnen door de BAPS1-subgroepen of haplotypen te beoordelen. De relatieve frequentie van de ST-afstammingslijn die AMR-loci onderscheidt, werd beoordeeld om unieke accessoire genomische handtekeningen te identificeren die verband houden met de serovar Newport-populatiestructuur.In de resultaten leken MDFA en AAC6IAA loci voorouderlijk te zijn verworven door de serovar Newport-populatie, terwijl ST45 naar verwachting multiresistent is. In vergelijking met de ST45 zijn de andere belangrijke ST-afstammingslijnen, zoals ST5 en ST118, waarschijnlijk vatbaarder voor meerdere geneesmiddelen. Daarnaast werd een fylogenie-verankerde visualisatie gebruikt om de hiërarchische populatiestructuurgegevens systematisch te integreren.Dit analytische protocol vormt een basis voor datamining van bacteriepopulaties op schaal. Wat het mogelijk maakt, is dat genotypen op schaal in kaart worden gebracht en gevolgd met behulp van ProkEvo, maar het kan ook worden uitgebreid om andere vragen te beantwoorden, zoals het verkennen van de distributie van metabole routes en virulentiefactoren geassocieerd met genotypische informatie. Dat wil zeggen, we kunnen de fenotypen voorspellen die geassocieerd zijn met specifieke genotypen van belang.Het hier beschreven protocol maakt zeker de weg vrij voor onderzoekers om nieuwe vragen op het gebied van populatiegenomica te verkennen en evolutionaire en ecologische patronen af te leiden voor zowel pathogene als niet-pathogene bacteriesoorten.

heuristic-mining-hierarchical-genotypes-accessory-genome-loci

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetica

Systematische, grootschalige synthetische genetische (gen-gen of epistase) interactie schermen kunnen worden gebruikt om genetische redundantie en route overspraak verkennen. Hier hebben we een high-throughput kwantitatieve synthetische genetische scala screening technologie te beschrijven, genoemd eSGA door ons ontwikkelde voor het ophelderen van epistatisch relaties en het verkennen van genetische interactie netwerken...

Het in kaart brengen Bacteriële Functionele Netwerken en Wegen in<em&gt; Escherichia Coli</em&gt; Gebruik van synthetische Genetische Arrays

Bacteriën produceren uitgescheiden verbindingen die het potentieel heeft om de fysiologie van hun microbiële buren beïnvloeden. Hier beschrijven we een coculture scherm dat de opsporing van dergelijke chemisch gemedieerde interspecies interacties door het mengen bodemmicroben met fluorescerende transcriptionele reporter stammen van Bacillus subtilis op vaste media toelaat.

Met behulp Coculture te sporen Chemisch Mediated Interspecies Interacties

Deze video artikel beschrijft een in vitro microarray gebaseerde methode om het gen doelstellingen en bindingsplaatsen bepalen voor twee componenten systeem respons toezichthouders.

DNA-affiniteit-gezuiverd Chip (DAP-chip) methode om Gene Doelen bepalen voor bacteriële Twee componenten Regulatory Systems

Identificatie van genetische varianten bij te dragen tot complexe ziekten bij de mens laat ons toe om nieuwe mechanismen te identificeren. Hier, aantonen wij een multiplex genotypering aanpak aan kandidaat-genen of gene traject analyse die maximaliseert de dekking tegen lage kosten en is vatbaar voor cohort gebaseerde studies.

Kandidaat-gen in klinische cohortstudies met Multiplexed genotypering en massaspectrometrie testen

Wederzijdse hemizygosity via sequencing (RH-SEQ) is een krachtige nieuwe methode om de genetische basis van een eigenschap verschil tussen soorten in kaart te worden. Pools van hemizygotes worden gegenereerd door transposon mutagenese en hun fitheid wordt bijgehouden door concurrerende groei met behulp van High-through sequencing. Analyse van de resulterende gegevens wijst genen aan die aan de eigenschap ten grondslag liggen.

Genetische mapping van Thermotolerance verschillen tussen soorten Saccharomyces gist via genoom-brede wederzijdse Hemizygosity analyse

Een massaspectrometrie-geleide genoom mijnbouw protocol is hier vastgesteld en beschreven. Het is gebaseerd op genoomsequentie-informatie en LC-MS/MS-analyse en heeft tot doel de identificatie van moleculen uit complexe microbiële en plantenextracten te vergemakkelijken.

Mass Spectrometry-Guided Genome Mining als een instrument om nieuwe natuurlijke producten te ontdekken

Dit protocol beschrijft een alomvattende aanpak voor het kweken, sequentiëren en de novo hybride genoomassemblage van urinebacteriën. Het biedt een reproduceerbare procedure voor het genereren van volledige, circulaire genoomsequenties die nuttig zijn bij het bestuderen van zowel chromosomale als extrachromosomale genetische elementen die bijdragen aan urinaire kolonisatie, pathogenese en verspreiding van antimicrobiële resistentie.

Hybride de novo genoomassemblage voor het genereren van complete genomen van urinebacteriën met behulp van short- en long-read sequencing-technologieën

We ontwikkelden een kosteneffectieve methode om niet-enkelvoudige nucleotide polymorfisme alleldynamica te volgen die gemakkelijk kan worden aangepast aan experimentele evolutie bevroren archieven. Een triplet PCR-techniek werd gekoppeld aan geautomatiseerde parallelle capillaire elektroforese om de relatieve frequentie van een insertie-allel in de loop van de experimentele evolutie te kwantificeren.

Het volgen van de dynamiek van structurele varianten in experimenteel geëvolueerde populaties

Hier presenteren we een protocol om sequencing van het hele genoom van bacteriële seksueel overdraagbare aandoeningen uit klinische monsters mogelijk te maken met behulp van doelverrijking. Deze nieuwe, syndromale panelgebaseerde methode overwint de uitdagingen van overvloedig menselijk DNA en lage bacteriële belasting, waardoor genomische surveillance voor Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Treponema pallidum en Mycoplasma genitalium wordt vergemakkelijkt.

Genereren van hele bacteriële genomen uit klinische monsters met behulp van een workflow voor doelverrijking

De rol van het assortiment (ruimtelijke segregatie) in de evolutionaire scenario's kunnen worden onderzocht met behulp van eenvoudige microbiële systemen in het laboratorium die het mogelijk maken gecontroleerde aanpassing van de ruimtelijke verdeling. Door wijziging van de oprichter celdichtheid, kunnen diverse assortiment niveaus worden gevisualiseerd met behulp van fluorescent gelabelde bacteriestammen in de kolonie biofilms van Bacillus subtilis.

Monitoring ruimtelijke segregatie in Surface Kolonisatie microbiële populaties

Verken heuristische mijnbouw van hiërarchische genotypen in bacteriële populaties met het ProkEvo-platform. Deze methode ondersteunt grootschalige epidemiologische en ecologische analyses van pathogene stammen zoals Salmonella Newport.

Heuristische mijnbouw van hiërarchische genotypen en accessoire genoom loci in bacteriële populaties

Meer video's verkennen