Name: Veelzijdig massaspectrometrisch onderzoek van neuropeptiden in Callinectes sapidus (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-05-31T13:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 22 s
Description: Ontdek massaspectrometrische methoden voor neuropeptide-analyse in Callinectes sapidus. Deze workflow omvat extractie, kwantificering en lokalisatie voor therapeutische toepassingen en biomarkerontdekking.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Dit onderzoek werd ondersteund door de National Science Foundation (CHE-1710140 en CHE-2108223) en de National Institutes of Health (NIH) door middel van subsidie R01DK071801. A.P. werd gedeeltelijk ondersteund door de NIH Chemistry-Biology Interface Training Grant (T32 GM008505). N.V.Q. werd gedeeltelijk ondersteund door de National Institutes of Health, onder de Ruth L. Kirschstein National Research Service Award van het National Heart Lung and Blood Institute aan het University of Wisconsin-Madison Cardiovascular Research Center (T32 HL007936). L.L. wil graag nih-subsidies R56 MH110215, S10RR029531 en S10OD025084 erkennen, evenals financieringssteun van een Vilas Distinguished Achievement Professorship en Charles Melbourne Johnson Professorship met financiering verstrekt door de Wisconsin Alumni Research Foundation en university of Wisconsin-Madison School of Pharmacy.

<ol><li>Hökfelt, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neuropeptides+-+an+overview%5BTitle%5D)+AND+%22Neuropharmacology%22%5BJournal%5D)">Neuropeptides - an overview.</a> Neuropharmacology. 39 (8), 1337-1356 (2000).</li>
<li>Radhakrishnan, V., Henry, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electrophysiology+of+neuropeptides+in+the+sensory+spinal+cord%5BTitle%5D)+AND+%22Progress+in+Brain+Research%22%5BJournal%5D)">Electrophysiology of neuropeptides in the sensory spinal cord.</a> Progress in Brain Research. 104, 175-195 (1995).</li>
<li>Nässel, D. R., Ekström, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+neuropeptides+by+immunocytochemistry%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Detection of neuropeptides by immunocytochemistry.</a> Methods in Molecular Biology. 72, clifton, N.J. 71-101 (1997).</li>
<li>Martins, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Activation+of+Neuropeptide+Y+Receptors+Modulates+Retinal+Ganglion+Cell+Physiology+and+Exerts+Neuroprotective+Actions+In+Vitro%5BTitle%5D)+AND+%22ASN+Neuro%22%5BJournal%5D)">Activation of Neuropeptide Y Receptors Modulates Retinal Ganglion Cell Physiology and Exerts Neuroprotective Actions In Vitro.</a> ASN Neuro. 7 (4), 1759091415598292(2015).</li>
<li>Racaityte, K., Lutz, E. S. M., Unger, K. K., Lubda, D., Boos, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+neuropeptide+Y+and+its+metabolites+by+high-performance+liquid+chromatography-electrospray+ionization+mass+spectrometry+and+integrated+sample+clean-up+with+a+novel+restricted-access+sulphonic+acid+cation+exchanger%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Chromatography.+A%22%5BJournal%5D)">Analysis of neuropeptide Y and its metabolites by high-performance liquid chromatography-electrospray ionization mass spectrometry and integrated sample clean-up with a novel restricted-access sulphonic acid cation exchanger.</a> Journal of Chromatography. A. 890 (1), 135-144 (2000).</li>
<li>Salisbury, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+rapid+MALDI-TOF+mass+spectrometry+workflow+for+Drosophila+melanogaster+differential+neuropeptidomics%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Brain%22%5BJournal%5D)">A rapid MALDI-TOF mass spectrometry workflow for Drosophila melanogaster differential neuropeptidomics.</a> Molecular Brain. 6, 60(2013).</li>
<li>Schmerberg, C. M., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Function-driven+discovery+of+neuropeptides+with+mass+spectrometry-based+tools%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+and+Peptide+Letters%22%5BJournal%5D)">Function-driven discovery of neuropeptides with mass spectrometry-based tools.</a> Protein and Peptide Letters. 20 (6), 681-694 (2013).</li>
<li>Lee, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neuropeptidomics%3A+Mass+Spectrometry-Based+Identification+and+Quantitation+of+Neuropeptides%5BTitle%5D)+AND+%22Genomics+%26+Informatics%22%5BJournal%5D)">Neuropeptidomics: Mass Spectrometry-Based Identification and Quantitation of Neuropeptides.</a> Genomics & Informatics. 14 (1), 12-19 (2016).</li>
<li>Sauer, C. S., Phetsanthad, A., Riusech, O. L., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developing+mass+spectrometry+for+the+quantitative+analysis+of+neuropeptides%5BTitle%5D)+AND+%22Expert+Review+of+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Developing mass spectrometry for the quantitative analysis of neuropeptides.</a> Expert Review of Proteomics. 18 (7), 607-621 (2021).</li>
<li>Pratavieira, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI+Imaging+Analysis+of+Neuropeptides+in+Africanized+Honeybee+%28+Apis+mellifera%29+Brain%3A+Effect+of+Aggressiveness%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Proteome+Research%22%5BJournal%5D)">MALDI Imaging Analysis of Neuropeptides in Africanized Honeybee ( Apis mellifera) Brain: Effect of Aggressiveness.</a> Journal of Proteome Research. 17 (7), 2358-2369 (2018).</li>
<li>Buchberger, A. R., Vu, N. Q., Johnson, J., DeLaney, K., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Simple+and+Effective+Sample+Preparation+Strategy+for+MALDI-MS+Imaging+of+Neuropeptide+Changes+in+the+Crustacean+Brain+Due+to+Hypoxia+and+Hypercapnia+Stress%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Society+for+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">A Simple and Effective Sample Preparation Strategy for MALDI-MS Imaging of Neuropeptide Changes in the Crustacean Brain Due to Hypoxia and Hypercapnia Stress.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 31 (5), 1058-1065 (2020).</li>
<li>Vu, N. Q., DeLaney, K., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neuropeptidomics%3A+Improvements+in+Mass+Spectrometry+Imaging+Analysis+and+Recent+Advancements%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Protein+%26+Peptide+Science%22%5BJournal%5D)">Neuropeptidomics: Improvements in Mass Spectrometry Imaging Analysis and Recent Advancements.</a> Current Protein & Peptide Science. 22 (2), 158-169 (2021).</li>
<li>Li, L., Sweedler, J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptides+in+the+brain%3A+mass+spectrometry-based+measurement+approaches+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+Review+of+Analytical+Chemistry+%28Palo+Alto%2C+Calif%29%22%5BJournal%5D)">Peptides in the brain: mass spectrometry-based measurement approaches and challenges.</a> Annual Review of Analytical Chemistry (Palo Alto, Calif). 1, 451-483 (2008).</li>
<li>Li, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sequential+Precipitation+and+Delipidation+Enables+Efficient+Enrichment+of+Low-Molecular+Weight+Proteins+and+Peptides+from+Human+Plasma%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Proteome+Research%22%5BJournal%5D)">Sequential Precipitation and Delipidation Enables Efficient Enrichment of Low-Molecular Weight Proteins and Peptides from Human Plasma.</a> Journal of Proteome Research. 19 (8), 3340-3351 (2020).</li>
<li>Zhang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PEAKS+DB%3A+de+novo+sequencing+assisted+database+search+for+sensitive+and+accurate+peptide+identification%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+%26+Cellular+Proteomics+%3A+MCP%22%5BJournal%5D)">PEAKS DB: de novo sequencing assisted database search for sensitive and accurate peptide identification.</a> Molecular & Cellular Proteomics : MCP. 11 (4), (2012).</li>
<li>Sturm, R. M., Greer, T., Woodards, N., Gemperline, E., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+spectrometric+evaluation+of+neuropeptidomic+profiles+upon+heat+stabilization+treatment+of+neuroendocrine+tissues+in+crustaceans%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Proteome+Research%22%5BJournal%5D)">Mass spectrometric evaluation of neuropeptidomic profiles upon heat stabilization treatment of neuroendocrine tissues in crustaceans.</a> Journal of Proteome Research. 12 (2), 743-752 (2013).</li>
<li>Gutierrez, G. J., Grashow, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+borealis+stomatogastric+nervous+system+dissection%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%3A+JoVE%22%5BJournal%5D)">Cancer borealis stomatogastric nervous system dissection.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (25), e1207(2009).</li>
<li>Sample Preparation for Mass Spectrometry. Merck. , Available from: 
 <a target="_blank" href="http://www.millipore.com/catalogue/module/c5737">http://www.millipore.com/catalogue/module/c5737</a> (2021).</li>
<li>DeLaney, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PRESnovo%3A+Prescreening+Prior+to+de+novo+Sequencing+to+Improve+Accuracy+and+Sensitivity+of+Neuropeptide+Identification%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Society+for+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">PRESnovo: Prescreening Prior to de novo Sequencing to Improve Accuracy and Sensitivity of Neuropeptide Identification.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 31 (7), 1358-1371 (2020).</li>
<li>Oleisky, E. R., Stanhope, M. E., Hull, J. J., Christie, A. E., Dickinson, P. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+neuropeptide+modulation+of+premotor+and+motor+neurons+in+the+lobster+cardiac+ganglion%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Neurophysiology%22%5BJournal%5D)">Differential neuropeptide modulation of premotor and motor neurons in the lobster cardiac ganglion.</a> Journal of Neurophysiology. 124 (4), 1241-1256 (2020).</li>
<li>Ma, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combining+in+silico+transcriptome+mining+and+biological+mass+spectrometry+for+neuropeptide+discovery+in+the+Pacific+white+shrimp+Litopenaeus+vannamei%5BTitle%5D)+AND+%22Peptides%22%5BJournal%5D)">Combining in silico transcriptome mining and biological mass spectrometry for neuropeptide discovery in the Pacific white shrimp Litopenaeus vannamei.</a> Peptides. 31 (1), 27-43 (2010).</li>
<li>Christie, A. E., Stemmler, E. A., Dickinson, P. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Crustacean+neuropeptides%5BTitle%5D)+AND+%22Cellular+and+Molecular+Life+Sciences+%3A+CMLS%22%5BJournal%5D)">Crustacean neuropeptides.</a> Cellular and Molecular Life Sciences : CMLS. 67 (24), 4135-4169 (2010).</li>
<li>DeLaney, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+techniques%2C+applications+and+perspectives+in+neuropeptide+research%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Experimental+Biology%22%5BJournal%5D)">New techniques, applications and perspectives in neuropeptide research.</a> The Journal of Experimental Biology. 221, Pt 3 (2018).</li>
<li>Habenstein, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptomic%2C+peptidomic%2C+and+mass+spectrometry+imaging+analysis+of+the+brain+in+the+ant+Cataglyphis+nodus%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Neurochemistry%22%5BJournal%5D)">Transcriptomic, peptidomic, and mass spectrometry imaging analysis of the brain in the ant Cataglyphis nodus.</a> Journal of Neurochemistry. 158 (2), 391-412 (2021).</li>
<li>Maes, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+sensitivity+of+the+nano+ultra-high+performance+liquid+chromatography-tandem+mass+spectrometric+analysis+of+low-concentrated+neuropeptides+by+reducing+aspecific+adsorption+and+optimizing+the+injection+solvent%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Chromatography.+A%22%5BJournal%5D)">Improved sensitivity of the nano ultra-high performance liquid chromatography-tandem mass spectrometric analysis of low-concentrated neuropeptides by reducing aspecific adsorption and optimizing the injection solvent.</a> Journal of Chromatography. A. 1360, 217-228 (2014).</li>
<li>Li, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nanosecond+photochemically+promoted+click+chemistry+for+enhanced+neuropeptide+visualization+and+rapid+protein+labeling%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Nanosecond photochemically promoted click chemistry for enhanced neuropeptide visualization and rapid protein labeling.</a> Nature Communications. 10 (1), 4697(2019).</li>
<li>Corbière, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Strategies+for+the+Identification+of+Bioactive+Neuropeptides+in+Vertebrates%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Strategies for the Identification of Bioactive Neuropeptides in Vertebrates.</a> Frontiers in Neuroscience. 13, 948(2019).</li>
<li>Chen, R., Ma, M., Hui, L., Zhang, J., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measurement+of+neuropeptides+in+crustacean+hemolymph+via+MALDI+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+American+Society+for+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Measurement of neuropeptides in crustacean hemolymph via MALDI mass spectrometry.</a> Journal of American Society for Mass Spectrometry. 20 (4), 708-718 (2009).</li>
<li>Fridjonsdottir, E., Nilsson, A., Wadensten, H., Andrén, P. E. Brain Tissue Sample Stabilization and Extraction Strategies for Neuropeptidomics. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aFridjonsdottir%2C+E+%22Peptidomics%3A+Methods+and+Strategies%22">Peptidomics: Methods and Strategies</a>. , Springer Protocols. New York,NY. 41-49 (2018).</li>
<li>Buchberger, A. R., DeLaney, K., Johnson, J., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+Spectrometry+Imaging%3A+A+Review+of+Emerging+Advancements+and+Future+Insights%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Mass Spectrometry Imaging: A Review of Emerging Advancements and Future Insights.</a> Analytical Chemistry. 90 (1), 240-265 (2018).</li>
<li>Phetsanthad, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+advances+in+mass+spectrometry+analysis+of+neuropeptides%5BTitle%5D)+AND+%22Mass+Spectrometry+Reviews%22%5BJournal%5D)">Recent advances in mass spectrometry analysis of neuropeptides.</a> Mass Spectrometry Reviews. , 21734(2021).</li>
<li>Pérez-Cova, M., Bedia, C., Stoll, D. R., Tauler, R., Jaumot, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MSroi%3A+A+pre-processing+tool+for+mass+spectrometry-based+studies%5BTitle%5D)+AND+%22Chemometrics+and+Intelligent+Laboratory+Systems%22%5BJournal%5D)">MSroi: A pre-processing tool for mass spectrometry-based studies.</a> Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems. 215, 104333(2021).</li>
<li>Christie, A. E., Chi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prediction+of+the+neuropeptidomes+of+members+of+the+Astacidea+%28Crustacea%2C+Decapoda%29+using+publicly+accessible+transcriptome+shotgun+assembly+%28TSA%29+sequence+data%5BTitle%5D)+AND+%22General+and+Comparative+Endocrinology%22%5BJournal%5D)">Prediction of the neuropeptidomes of members of the Astacidea (Crustacea, Decapoda) using publicly accessible transcriptome shotgun assembly (TSA) sequence data.</a> General and Comparative Endocrinology. 224, 38-60 (2015).</li>
<li>Livnat, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+d-Amino+Acid-Containing+Neuropeptide+Discovery+Funnel%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">A d-Amino Acid-Containing Neuropeptide Discovery Funnel.</a> Analytical Chemistry. 88 (23), 11868-11876 (2016).</li>
<li>Lehrer, R. I., Ganz, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Defensins%3A+endogenous+antibiotic+peptides+from+human+leukocytes%5BTitle%5D)+AND+%22Ciba+Foundation+Symposium%22%5BJournal%5D)">Defensins: endogenous antibiotic peptides from human leukocytes.</a> Ciba Foundation Symposium. 171, 276-290 (1992).</li>
</ol>

De auteurs hebben niets te onthullen.

De nauwkeurige identificatie, kwantificering en lokalisatie van neuropeptiden en endogene peptiden in het zenuwstelsel zijn cruciaal voor het begrijpen van hun functie23,24. Massaspectrometrie is een krachtige techniek waarmee dit alles kan worden bereikt, zelfs in organismen zonder een volledig gesequenced genoom. Het vermogen van dit protocol om neuropeptiden te detecteren, kwantificeren en lokaliseren uit weefsel verzameld van C. sapidus door een comb...

Het zenuwstelsel is complex en vereist een netwerk van neuronen om signalen door een organisme te verzenden. Het zenuwstelsel coördineert sensorische informatie en biologische respons. De ingewikkelde en ingewikkelde interacties die betrokken zijn bij signaaloverdracht vereisen veel verschillende signaalmoleculen zoals neurotransmitters, steroïden en neuropeptiden. Omdat neuropeptiden de meest diverse en krachtige signaalmoleculen zijn die een sleutelrol spelen bij het activeren van fysiologische reacties op stress en andere stimuli, is het van belang om hun specifieke rol in deze fysiologische processen te bepalen. Neuropeptidefunctie is gerelateerd aan hun aminozuurstructuur, die mobiliteit, receptorinteractie en affiniteit bepaalt1. Technieken zoals histochemie, wat belangrijk is omdat neuropeptiden kunnen worden gesynthetiseerd, opgeslagen en vrijgegeven in verschillende regio's van het weefsel, en elektrofysiologie zijn gebruikt om neuropeptidestructuur en -functie 2,3,4 te onderzoeken, maar deze methoden worden beperkt door doorvoer en specificiteit om de enorme sequentiediversiteit van neuropeptiden op te lossen.
Massaspectrometrie (MS) maakt de high throughput analyse van neuropeptide structuur en abundantie mogelijk. Dit kan worden uitgevoerd door middel van verschillende MS-technieken, meestal vloeistofchromatografie-elektrospray-ionisatie MS (LC-ESI-MS)5 en matrix-geassisteerde laserdesorptie / ionisatie MS (MALDI-MS)6. Met behulp van zeer nauwkeurige massametingen en MS-fragmentatie biedt MS de mogelijkheid om aminozuursequentie en posttranslationele modificatie (PTM) status toe te wijzen aan neuropeptiden uit complexe mengsels zonder a priori kennis om te helpen bij het vaststellen van hun functie 7,8. Naast kwalitatieve informatie maakt MS kwantitatieve informatie van neuropeptiden mogelijk door middel van labelvrije kwantificering (LFQ) of labelgebaseerde methoden zoals isotopische of isobare etikettering9. De belangrijkste voordelen van LFQ zijn de eenvoud, lage analysekosten en verminderde monstervoorbereidingsstappen die monsterverlies kunnen minimaliseren. De nadelen van LFQ omvatten echter hogere instrumenttijdkosten, omdat het meerdere technische replicaties vereist om kwantitatieve fouten van run-to-run variabiliteit aan te pakken. Dit leidt ook tot een verminderd vermogen om kleine variaties nauwkeurig te kwantificeren. Labelgebaseerde methoden worden onderworpen aan minder systematische variatie omdat meerdere monsters differentieel kunnen worden gelabeld met behulp van een verscheidenheid aan stabiele isotopen, gecombineerd in één monster en tegelijkertijd geanalyseerd door massaspectrometrie. Dit verhoogt ook de doorvoer, hoewel isotopische etiketten tijdrovend en kostbaar kunnen zijn om te synthetiseren of te kopen. De spectrale complexiteit van full scan mass spectra (MS1) neemt ook toe naarmate multiplexing toeneemt, waardoor het aantal unieke neuropeptiden dat kan worden gefragmenteerd en daarom kan worden geïdentificeerd, afneemt. Omgekeerd verhoogt isobare etikettering de spectrale complexiteit op MS1-niveau niet, hoewel het uitdagingen introduceert voor analyten met een lage abundantie, zoals neuropeptiden. Aangezien isobare kwantificering wordt uitgevoerd op het niveau van fragmentionenmassaspectra (MS2), kunnen neuropeptiden met een lage abundantie mogelijk niet worden gekwantificeerd omdat meer overvloedige matrixcomponenten kunnen worden geselecteerd voor fragmentatie en de geselecteerde mogelijk niet hoog genoeg abundantie hebben om te worden gekwantificeerd. Met isotopische etikettering kan kwantificering worden uitgevoerd op elk geïdentificeerd peptide.
Naast identificatie en kwantificering kan lokalisatie-informatie door MS worden verkregen via MALDI-MS imaging (MALDI-MSI)10. Door een laser over een monsteroppervlak te rasteren, kunnen MS-spectra worden gecompileerd tot een heatmapbeeld voor elke m/z-waarde . Het in kaart brengen van de intensiteit van het transiënte neuropeptidesignaal in verschillende regio's in verschillende omstandigheden kan waardevolle informatie opleveren voor functiebepaling11. Lokalisatie van neuropeptiden is vooral belangrijk omdat de neuropeptidefunctie kan verschillen afhankelijk van locatie12.
Neuropeptiden worden in vivo in een lagere abundantie aangetroffen dan andere signaalmoleculen, zoals neurotransmitters, en vereisen dus gevoelige methoden voor detectie13. Dit kan worden bereikt door het verwijderen van matrixcomponenten met een hogere abundantie, zoals lipiden11,14. Aanvullende overwegingen voor de analyse van neuropeptiden moeten worden gemaakt in vergelijking met gewone proteomics-workflows, vooral omdat de meeste neuropeptidomische analyses enzymatische spijsvertering weglaten. Dit beperkt software-opties voor neuropeptidegegevensanalyse, omdat de meeste zijn gebouwd met algoritmen op basis van proteomics-gegevens en eiwitmatches op basis van peptidedetectie. Veel software zoals PEAKS15 is echter meer geschikt voor neuropeptide-analyse vanwege hun de novo sequencing-mogelijkheden. Verschillende factoren moeten worden overwogen voor de analyse van neuropeptiden, beginnend bij extractiemethode tot MS-gegevensanalyse.
De hier beschreven protocollen omvatten methoden voor monstervoorbereiding en dimethylisotopische etikettering, gegevensverzameling en gegevensanalyse van neuropeptiden door LC-ESI-MS, MALDI-MS en MALDI-MSI. Door middel van representatieve resultaten van verschillende experimenten wordt het nut en het vermogen van deze methoden om neuropeptiden van blauwe krabben, Callinectes sapidus, te identificeren, kwantificeren en lokaliseren, aangetoond. Om het zenuwstelsel beter te begrijpen, worden vaak modelsystemen gebruikt. Veel organismen hebben geen volledig gesequenced genoom beschikbaar, wat uitgebreide neuropeptide-ontdekking op peptideniveau voorkomt. Om deze uitdaging te verminderen, is een protocol opgenomen voor het identificeren van nieuwe neuropeptiden en transcriptoommining om databases voor organismen te genereren zonder volledige genoominformatie. Alle protocollen die hier worden gepresenteerd, kunnen worden geoptimaliseerd voor neuropeptidemonsters van elke soort, evenals worden toegepast voor de analyse van endogene peptiden.

<table><tbody><tr><td>Chemicals, Reagents, en verbruiksartikelen</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>2,5-Dihydroxybenzoic acid (DHB) matrix</td><td>Supelco</td><td>39319</td><td></td></tr><tr><td>Azijnzuur</td><td>Fisher Chemical</td><td>A38S-500</td><td></td></tr><tr><td>Acetonitrile Optima LC/MS grade</td><td>Fisher Chemical</td><td>A955-500</td><td></td></tr><tr><td>Ammoniumbicarbonaat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>9830</td><td></td></tr><tr><td>Boraan pyridine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>179752</td><td></td></tr><tr><td>Bruker peptide calibratiemix</td><td>Bruker Daltonics</td><td>NC9846988</td><td></td></tr><tr><td>Capillair</td><td>Polymicro</td><td>1068150019</td><td>om nanoflow kolom te maken (75 &micro;m binnendiameter x 360 &micro;m buitendiameter)</td></tr><tr><td>Cryostat cup</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E6032</td><td>elke cup of mal zou moeten werken</td></tr><tr><td>&nbsp;Microcentrifugebuisjes</td><td>Eppendorf</td><td>30108434</td><td></td></tr><tr><td>Formaldehyde</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>252549</td><td></td></tr><tr><td>Formaldehyde - D2</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>492620</td><td></td></tr><tr><td>Formic acid Optima LC/MS grade</td><td>Fisher Chemical</td><td>A117-50</td><td></td></tr><tr><td>Gelatine</td><td>Difco</td><td>214340</td><td>plaats in waterbad van 37 &deg;C om te smelten</td></tr><tr><td>Hydrofobe barrièrepen</td><td>Vector Labs</td><td>15553953</td><td></td></tr><tr><td>Indium tinoxide (ITO)-gecoate glasplaatjes</td><td>Delta Technologies</td><td>CB-90IN-S107</td><td>25 mm x 75 mm x 0.8 mm (breedte x lengte x dikte)</td></tr><tr><td>LC-MS-vial</td><td>Thermo</td><td>TFMSCERT5000-30LVW</td><td></td></tr><tr><td>Methanol Optima LC/MS Grade</td><td>Fisher Chemical</td><td>A456-500</td><td></td></tr><tr><td>Parafilm</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P7793</td><td>Hydrofobe film</td></tr><tr><td>pH-indicator strips</td><td>Supelco</td><td>109450</td><td></td></tr><tr><td>Rode fosforclusters</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>343242</td><td></td></tr><tr><td>Omgekeerde fase C18-materiaal</td><td>Waters</td><td>186002350</td><td>handmatig gepakt in nanoflow kolom</td></tr><tr><td>Wite-out pen</td><td>BIC</td><td>150810</td><td></td></tr><tr><td>ZipTip</td><td>Millipore</td><td>Z720070</td><td></td></tr><tr><td>Instrumenten en gereedschappen</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Automatisch matrixsproeiersysteem- M5</td><td>HTX Technologies, LLC</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Centrifuge - 5424 R</td><td>Eppendorf</td><td>05-401-205</td><td></td></tr><tr><td>Cryostat- HM 550</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>956564A</td><td></td></tr><tr><td>Droogmiddel</td><td>Drierite</td><td>2088701</td><td></td></tr><tr><td>Pincet</td><td>WPI</td><td>501764</td><td></td></tr><tr><td>MALDI roestvrijstalen doelplaat</td><td>Bruker Daltonics</td><td>8280781</td><td></td></tr><tr><td>Pipet-Lite XLS</td><td>Rainin</td><td>17014391</td><td>200 &micro;L</td></tr><tr><td>Q Exactive Plus Hybrid Quadrupole-Orbitrap</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>IQLAAEGAAPFALGMBDK</td><td></td></tr><tr><td>RapifleX MALDI-TOF/TOF</td><td>Bruker Daltonics</td><td></td><td></td></tr><tr><td>SpeedVac - SVC100</td><td>Savant</td><td>SVC-100D</td><td></td></tr><tr><td>Ultrasoonreiniger</td><td>Bransonic</td><td>2510R-MTH</td><td>voor sonicatie</td></tr><tr><td>Ultrasoon homogenisator</td><td>Fisher Scientific</td><td>FB120110</td><td>FB120 Sonic Dismembrator met CL-18 sonde</td></tr><tr><td>Vacuumpomp- Alcatel 2008 A</td><td>Ideal Vacuum Products</td><td>P10976</td><td>uiteindelijke druk = 1 x 10-4 Torr</td></tr><tr><td>Vortex Mixer</td><td>Corning</td><td>6775</td><td></td></tr><tr><td>Waterbad (37C) - Isotemp 110</td><td>Fisher Scientific</td><td>15-460-10</td><td></td></tr><tr><td>Data-analysesoftware</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Expasy</td><td>https://web.expasy.org/translate/</td><td></td><td></td></tr><tr><td>FlexAnalysis</td><td>Bruker Daltonics</td><td></td><td></td></tr><tr><td>FlexControl</td><td>Bruker Daltonics</td><td></td><td></td></tr><tr><td>FlexImaging</td><td>Bruker Daltonics</td><td></td><td></td></tr><tr><td>PEAKS Studio</td><td>Bioinformatics Solutions, Inc.</td><td></td><td></td></tr><tr><td>SCiLS Lab</td><td>https://scils.de/</td><td></td><td></td></tr><tr><td>SignalP 5.0</td><td>https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-5.0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>tBLASTn</td><td>http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=tblastn&amp;BLAST_ PROGRAMS=tblastn&amp;PAGE_ TYPE=BlastSearch&amp;SHOW_ DEFAULTS=on&amp;LINK_LOC =blasthome</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

veelzijdig massaspectrometrisch onderzoek van neuropeptiden in callinectes sapidus

Multi-Faceted Mass Spectrometric Investigation of Neuropeptides in Callinectes sapidus

Neuropeptiden zijn signaalmoleculen die bijna alle fysiologische en gedragsprocessen reguleren, zoals ontwikkeling, reproductie, voedselinname en reactie op externe stressoren. Toch blijven de biochemische mechanismen en volledige aanvulling van neuropeptiden en hun functionele rollen slecht begrepen. De karakterisering van deze endogene peptiden wordt belemmerd door de immense diversiteit binnen deze klasse van signaalmoleculen. Bovendien zijn neuropeptiden bioactief bij concentraties die 100x - 1000x lager zijn dan die van neurotransmitters en zijn ze vatbaar voor enzymatische afbraak na synaptische afgifte. Massaspectrometrie (MS) is een zeer gevoelig analytisch hulpmiddel dat analyten kan identificeren, kwantificeren en lokaliseren zonder uitgebreide a priori kennis. Het is zeer geschikt voor het wereldwijd profileren van neuropeptiden en het helpen bij de ontdekking van nieuwe peptiden. Vanwege de lage abundantie en hoge chemische diversiteit van deze klasse van peptiden, zijn verschillende monstervoorbereidingsmethoden, MS-acquisitieparameters en data-analysestrategieën aangepast van proteomics-technieken om optimale neuropeptidekarakterisering mogelijk te maken. Hier worden methoden beschreven voor het isoleren van neuropeptiden uit complexe biologische weefsels voor sequentiekarakterisering, kwantificering en lokalisatie met behulp van vloeistofchromatografie (LC) -MS en matrix-geassisteerde laserdesorptie / ionisatie (MALDI) - MS. Een protocol voor het voorbereiden van een neuropeptide database van de blauwe krab, Callinectes sapidus, een organisme zonder uitgebreide genomische informatie, is opgenomen. Deze workflows kunnen worden aangepast om andere klassen van endogene peptiden in verschillende soorten te bestuderen met behulp van een verscheidenheid aan instrumenten.

De workflow voor monstervoorbereiding en MS-analyse is weergegeven in figuur 1. Na de dissectie van neuronaal weefsel worden homogenisatie, extractie en ontzouting uitgevoerd om neuropeptidemonsters te zuiveren. Als isotopische labelgebaseerde kwantificering gewenst is, worden monsters vervolgens gelabeld en opnieuw ontzout. Het resulterende monster wordt geanalyseerd door middel van LC-MS / MS voor neuropeptide-identificatie en kwantificering.
Neuropeptiden geïde...

Massaspectrometrische karakterisering van neuropeptiden biedt sequentie-, kwantificerings- en lokalisatie-informatie. Deze geoptimaliseerde workflow is niet alleen nuttig voor neuropeptidestudies, maar ook voor andere endogene peptiden. De protocollen die hier worden verstrekt, beschrijven monstervoorbereiding, MS-acquisitie, MS-analyse en databasegeneratie van neuropeptiden met behulp van LC-ESI-MS, MALDI-MS-spotting en MALDI-MS-beeldvorming.

Veelzijdig massaspectrometrisch onderzoek van neuropeptiden in Callinectes sapidus

Neuropeptides are signaling molecules that regulate almost all physiological and behavioral processes, such as development, reproduction, food intake, and ...

De analyse van endogene peptiden, die kleiner zijn dan de meeste eiwitten, maar groter dan veel verteerde peptiden, is een onderbelicht veld. Dit protocol pakt de scap aan in op massaspectrometrie gebaseerde workflows. Massaspectrometrie is zeer gevoelig en kan worden gebruikt om specifieke neuropeptiden van belang te targeten of kan een reeks neuropeptiden in een monster vangen en detecteren.De kwantificering en lokalisatie van neuropeptide-expressie door massaspectrometrie kan leiden tot de ontwikkeling van peptidetherapieën en de ontdekking van neuropeptidebiomarkers voor verschillende ziekten. Om de neuropeptide-extractie te beginnen, verzamelt u hersenweefsel van het schaaldier en plaatst u met behulp van een tang onmiddellijk één weefsel elk in een buis van 0,6 milliliter met 20 microliter aangezuurde methanol. Voeg 150 microliter aangezuurde methanol toe aan het monster.Stel de totale Sonic-patiënttijd in op 24 seconden, de pulstijd op acht seconden. Pauzeer de tijd tot 15 seconden een amplitude tot 50% op een ultrasone homogenisator en homogeniseer de monsters op ijs. Centrifugeer het monster bij vier graden Celsius bij 20.000 GS gedurende 20 minuten.Breng met een pipet het supernatant over op een buis en droog het in een vacuümconcentrator bij ongeveer 35 graden Celsius. Reconstitueer voor ontzouting het geëxtraheerde weefselmonster in 20 microliter 0,1% mierenzuur. Vortex de oplossing en soniceer gedurende één minuut in een waterbad op kamertemperatuur.Breng 0,5 microliter monster aan op een pH-strip om te bevestigen dat de pH lager is dan vier. Centrifugeer bij vier graden Celsius en 20.000 GS gedurende 30 seconden. Bereid bevochtigingsbalanceringswas voor in illusieoplossingen.Verkrijg een ontzoutingstip van 10 microliter met C18-hars. Plaats de ontzoutingstip op een pipet van 20 microliter die is ingesteld op 15 microliter. Aspiraleer de punt drie keer met bevochtigingsoplossing en drie keer met equi collaboration solution.Aspirateer 10 keer in het monster, gevolgd door drie keer wassen in wasoplossing waarbij elke wasbeurt wordt weggegooid. Eluteer door 10 keer in elk van de illusieoplossingen te aspirateren in volgorde van toenemende acetonitril. Droog de alluderende neuropeptiden in een vacuümconcentrator.Reconstitueer de gedroogde ontzoute neuropeptiden in vijf microliter van 0,1% mierenzuur. Vortex de oplossing en soniceer deze gedurende één minuut in een waterbad op kamertemperatuur. Kort centrifugeren op 2000 GS. Voor het spotten van neuropeptiden en crustaweefsels pipetteer je een druppeltje monster van drie microliter op een hydrofobe film.Pipetteer drie microliter DHB-matrix direct op de monsterdruppel. Meng de oplossingen door op en neer te pipetteren. Pipetteer een microliter van het monster en het matrixmengsel in een put van de MALDI roestvrijstalen doelplaat en gebruik de pipetpunt om elk mengsel uit te spreiden naar de randen van het monsterput.Spot een microliter van één-op-één kaliber en matrixmengsel in een put in de buurt van het monster. Plaats de doelplaat met gedroogde monstervlekken in het MALDI tandem time-of-flight-instrument. Met de DHB matrix ingesteld laservermogen op 95% Selecteer automatische optimale detectorversterking en slimme complete sample sample carrier bewegingsmodus.Verkrijg MS Spectra in het bereik van 200 tot 3, 200 M over Z en voeg meerdere spectra van elke plek samen om de neuropeptide signaal-ruisverhouding te verhogen. Vul een halve cryostaatbeker met gelatine en laat deze stollen bij kamertemperatuur. Houd overgebleven vloeibare gelatine warm in een waterbad van 37 graden Celsius.Verzamel het gewenste neuronale weefsel van het dier en gebruik een tang om het weefsel onmiddellijk gedurende één seconde in een buis van 0,6 milliliter met gedeïoniseerd water te dopen. Leg het weefsel op de vaste gelatine en vul de rest van de cryostaatbeker met vloeibare gelatine. Gebruik een tang om het weefsel te positioneren.Plaats de cryostaatbeker op een plat oppervlak en vries in met droogijs. Voor sectiebereiding scheidt u het gelatine ingebedde monster van de cryostaatvorm door de mal weg te snijden. Monteer het ingebedde weefsel op een cryostaat-klauwplaat door een druppel gedeïoniseerd water van één milliliter op de klauwplaat te pipetten en het ingebedde weefsel onmiddellijk op de druppel te drukken.Eenmaal bevroren pipet, meer gedeïoniseerd water rond het weefsel om het verder aan de klauwplaat vast te zetten. Sectie het weefsel op een geschatte dikte van één cel. Bevestig elke sectie met de duim op een met Indium tinoxide bedekte glasplaat door een kant van de dia in de buurt van de sectie te plaatsen en een vinger aan de andere kant van de dia te plaatsen om het glas langzaam te verwarmen en het gedeelte aan de dia te laten plakken.Exporteer De Novo alleen peptiden. CSV van pieken met een gemiddelde lokale betrouwbaarheidsscore van groter dan of gelijk aan 75. Zoek in de peptidelijst naar bekende sequentiemotieven die wijzen op neuropeptiden die behoren tot specifieke neuropeptidefamilies.Kies een bekende pre-pro hormoon aminozuursequentie van belang en gebruik TB blast N om zoekopdracht pre-pro hormoonsequentie tegen een database. Selecteer het doelorganisme en wijzig de parameters van het verwachtingsdrempelalgoritme naar 1000 om uitlijningen met een lage score op te nemen. Voer het blast-programma uit en controleer vervolgens de resultaten op hoge homologiescores tussen query- en onderwerpsequenties die significante uitlijningen produceren.Sla het FASTA-bestand met nucleotidesequentie op. Vertaal pre-pro hormoon nucleotide sequentie in pre-pro hormoon peptide sequenties met behulp van Expasy translate tool. Voor callinectes selecteert sapidus ongewervelde mitochondriale voor genetische code en voert de tool uit.Controleer op signaalpeptidesequentie en pro-hormoonsplitsingsplaatsen in de peptidesequenties met behulp van signaal P.Dit is een fragmentatiespectrum van een neuropeptide geïdentificeerd met 100% sequentiedekking in een lage fragmentmassafout met een maximale limiet van 0,02 Dalton. Hier is een spectrum van een neuropeptide ook geïdentificeerd met 100% sequentiedekking, maar met een laag aantal fragmentionen, daarom is de betrouwbaarheid van de identificatie laag. Dit zijn de geëxtraheerde ionchromatogrammen voor een enkel neuropeptide dat werd geïdentificeerd in twee afzonderlijke en opeenvolgende runs.Hoewel de retentietijd enigszins verschilt, kan dit nog steeds worden gebruikt voor labelvrije kwantificering omdat de tijdverschuiving minder dan een minuut is. Dit is een voorbeeld van een volledig scanmassaspectrum met een neuropeptide dat dimethyllabelde, wat resulteerde in een 4,025 Dalton massaverschuiving tussen de lichte en zware vormen van het neuropeptide. Het fragmentionenmassaspectrum van een De Novo gesequenced peptide vertoont een goede fragmentatiedekking, waarbij B- en of Y-fragmention werd waargenomen voor elk aminozuur met een lage massafout van 0,02 Dalton.Dit geeft aan dat een endogene peptide die behoort tot de RYMI neuropeptide familie van schaaldieren werd waargenomen. Voorbeelden van goede vlekken die alle randen van de putgravure raken, worden aan de linkerkant weergegeven. En voorbeelden van slechte plekken worden aan de rechterkant weergegeven.Na MALDI MS-beeldvorming van neuropeptiden uit callinectes sapidus-weefsels werden ionenverdelingsbeelden van verschillende M over Z-waarden verkregen die overeenkomen met verschillende neuropeptiden. Optimalisatie van extractiemiddelen voor een bepaald analytype is cruciaal. Zorg er ook voor dat volledige homogenisatie plaatsvindt en pas de methode indien nodig aan.Er wordt niets stroomafwaarts gedetecteerd als het niet wordt geëxtraheerd. Deze techniek kan een fundamentele lijst van belangrijke neuropeptiden bieden die verder kunnen worden onderzocht als potentiële biomarkers, evenals ongerichte lokalisatie-informatie bieden zonder de noodzaak van antilichamen.

multi-faceted-mass-spectrometric-investigation-neuropeptides

Research

JoVE Journal

Chemistry

Scheikunde

Capture Verbindingen zijn trifunctionele kleine moleculen om de complexiteit van het proteoom te verminderen door functionele omkeerbare klein molecuul-eiwit interacties, gevolgd door foto-crosslinking en zuivering. Hier gebruiken we een Capture Compound...

Profilering van methyl-en andere S-Adenosyl- L-Homocysteine-bindende eiwitten door Capture Compound-massaspectrometrie (CCMS)

Dopamine vervanging farmacotherapie met L-dopa is de meest gebruikte symptomatische behandeling van Parkinson, maar gaat gepaard met bijwerkingen zoals onwillekeurige abnormale bewegingen, genoemd...

MALDI massaspectrometrie Imaging van neuropeptiden bij de ziekte van Parkinson

Source: Wulf, M., et.al. Laser Microdissection-Based Protocol for the LC-MS/MS Analysis of the Proteomic Profile of Neuromelanin Granules. J. Vis. Exp. (2021).This video demonstrates the analysis of peptide samples from neuromelanin granules (NMGs) isolated from human postmortem brain tissue. The peptides are first separated using high-performance liquid chromatography (HPLC) and then analyzed by mass spectrometry to determine their mass-to-charge ratios (m/z). Targeted peptides are fragmented...

LC-MS/MS Analysis of the Proteomic Profile of Neuromelanin Granules Isolated from Human Brain Tissue

De bacteriële celwand bestaat uit peptidoglycan, een macromoleculair netwerk van suikerstrengen gekruist door peptiden. Ultra Performance Liquid Chromatography biedt een hoge resolutie en doorvoer voor nieuwe ontdekkingen van peptidoglycan samenstelling. We presenteren een procedure voor de isolatie van celwanden (sacculi) en hun daaropvolgende voorbereiding voor analyse via UPLC.

Isolatie en bereiding van bacteriële celwanden voor compositorische analyse door Ultra Performance Liquid Chromatography

Massaspectrometrische imaging (MSI) is een krachtig instrument dat kan worden gebruikt om verschillende chemische stoffen ontdekken en identificeren intacte weefsels behoud van de verbindingen in hun eigen omgeving, waarin nieuwe inzichten in biologische processen kunnen leveren. Hierin een MSI werkwijze ontwikkeld voor de analyse van kleine moleculen beschreven.

MALDI-Massaspectrometrische Imaging voor onderzoek naar metabolieten in<em&gt; Medicago truncatula</em&gt; Wortelknolletjes

Een methode voor massaspectrometrische analyse van endogene peptiden in menselijke cerebrospinale vloeistof (CSF) wordt gepresenteerd. Door molecuulgewicht cut-off filtratie, chromatografische pre fractionering, massaspectrometrische analyse en een daaropvolgende combinatie van peptide identificatie strategieën, bleek het mogelijk om uit te breiden van de bekende CSF peptidome bijna tien keer in vergelijking naar eerdere studies.

Bereiding van de monsters voor de analyse van de Endopeptidomic van menselijke cerebrospinale vloeistof

Spectrometrie van de massa van de spray blad is een directe analyse van de chemische techniek die minimaliseert de bereiding van de monsters en elimineert chromatografie, rekening houdend met de snelle detectie van kleine moleculen uit plantaardige weefsels.

Blad Spray massaspectrometrie: Een snelle Ambient ionisatie techniek om te beoordelen direct metabolieten van plantaardige weefsels

Dit protocol omvat een gedetailleerde analyse van de peptidoglycaansamenstelling met behulp van vloeistofchromatografie massaspectrometrie in combinatie met geavanceerde functie-extractie en bio-informatica-analysesoftware.

Semi-kwantitatieve analyse van peptidoglycaan door vloeistofchromatografie, massaspectrometrie en bio-informatica

Hier beschrijven we een op massaspectrometrie gebaseerde proteomische karakterisering van cellijnen met bekende weefsellotgevallen in het gewervelde Xenopus laevis-embryo .

Cel-Lineage geleide massaspectrometrie proteomics in het zich ontwikkelende (kikker) embryo

Posttranslationele modificaties (PTM's) veranderen eiwitstructuren en -functies. Methoden voor de gelijktijdige verrijking van meerdere PTM-typen kunnen de dekking in analyses maximaliseren. We presenteren een protocol met behulp van dual-functionele Ti(IV)-geïmmobiliseerde metaalaffiniteitschromatografie gevolgd door massaspectrometrie voor de gelijktijdige verrijking en analyse van eiwit N-glycosylatie en fosforylering in pancreasweefsels.

Een spin-tipverrijkingsstrategie voor gelijktijdige analyse van N-glycopeptiden en fosfopeptiden uit menselijke pancreasweefsels

Ontdek massaspectrometrische methoden voor neuropeptide-analyse in Callinectes sapidus. Deze workflow omvat extractie, kwantificering en lokalisatie voor therapeutische toepassingen en biomarkerontdekking.

Veelzijdig massaspectrometrisch onderzoek van neuropeptiden in Callinectes sapidus

Meer video's verkennen