Name: Identificatie van RNA-fragmenten als gevolg van enzymatische degradatie met behulp van MALDI-TOF-massaspectrometrie (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-04-11T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 20 s
Description: Leer RNA-fragmenten identificeren na enzymatische degradatie met MALDI-TOF-massaspectrometrie. Deze methode werkt met kleine hoeveelheden materiaal en is toepasbaar op RNA-, DNA- en eiwitstudies.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Het is belangrijk op te merken dat dit werk een gezamenlijke inspanning was tussen drie instellingen, twee onderzoeksgroepen en één kernfaciliteit. De verdeling en werklast werden als volgt uitgevoerd: Eiwit (Xrn-1) expressie werd uitgevoerd aan de Universiteit van Denver (Denver, CO). Oligonucleotidesynthese, kwantificering en experimenten (voornamelijk enzymatische afbraak) werden uitgevoerd aan de Universiteit van Colorado Denver (Denver, CO). Daar werd ook optimalisatie uitgevoerd. MALDI-TOF spotting, acquisitie en analyse werden uitgevoerd in de Analytical Resources Core Facility aan de Colorado State University. (Fort Collins, CO). SS wil graag een UROP Award (CU Denver) en Eureca-subsidies (CU Denver) voor ondersteuning erkennen. E. G.C. erkent de steun van NIGMS, via R00GM115757. MJER erkent ondersteuning van NIGMS, via 1R15GM132816. K.B. erkent bron-ID: SCR_021758. Het werk werd ook ondersteund door een Teacher-Scholar Award (MJER), TH-21-028, van de Henry Dreyfus Foundation.

Voor dit onderzoek werd RNase-vrij ultrazuiver water (tabel 1) gebruikt.
1. Concentratiebepaling van RNA-oplossing
<ol><li>Bereid het RNA-monster voor volgens de onderstaande stappen.<ol>
<li>Gebruik een microcentrifugebuis (0,6 ml) om een oplossing van RNA te bereiden door 1 μL stamoplossing (verkregen via vastefasesynthese)19 te verdunnen tot 159 μL RNase-vrij H2O. Meng de oplossing door het mengsel herhaaldelijk op en neer te pipetteren (10x). OPMERKING: Aangezien een breed scala aan cuvetten in de handel verkrijgbaar is, kunnen de benodigde volumes verschillen. Cuvetten met een pathlengte van 1 cm en een verminderd volume (150 μL) werden in dit werk gebruikt.</li>
		<li>Spoel de UV-vis cuvette af met methanol (2x), gevolgd door water (ultrapuur H2O, 3x, zie Materialentabel). Gebruik een stroom stikstofgas om de cuvette grondig te drogen.</li>
		<li>Gebruik een pipet om de oplossing (stap 1.1.1) in de cuvette over te brengen, zodat er geen luchtbellen ontstaan. Dek de cuvette af en leg hem opzij totdat hij nodig is.</li>
	</ol></li>
	<li>Bepaal de concentratie van de bereide RNA-oplossing met behulp van uv-vis spectrofotometer.<ol>
<li>Schakel de UV-Vis-spectrofotometer in door de schakelaar aan de achterkant van het instrument om te draaien. Laat het instrument de opstartprocedure voltooien en klik op het UV WinLab-pictogram om het bedienings- / bedieningsvenster van het instrument te openen.</li>
		<li>Schakel de Peltier-temperatuurregelaarspectrofotometer in met behulp van de schakelaar rechts van het instrument.</li>
		<li>Klik onder Basismethoden op Scannen - Lambda 365. Een ander scherm wordt geopend en de gebruiker wordt gevraagd ervoor te zorgen dat de celhouders leeg zijn. Klik op OK en laat het instrument zijn systeemcontroles uitvoeren. Het systeem geeft dan een lijst met controles weer, zorgt ervoor dat alle "Pass" en klik op OK. OPMERKING: Het wordt aanbevolen om stappen 1.2.1-1.2.3 in de opgegeven volgorde te volgen; het wijzigen van deze volgorde van gebeurtenissen kan leiden tot softwarestoringen.</li>
		<li>Pas de scanparameters aan door Gegevensverzameling te selecteren. Wijzig in het nieuwe venster onder Scaninstellingen de Start in 350 nm en de End in 215 nm.</li>
		<li>Activeer de Peltier door de + links van het Accessoire te selecteren. Klik op Multiple Cell Peltier, verander de temperatuur °C naar 25 en klik op Peltier On.</li>
		<li>Navigeer naar het tabblad Voorbeeldinformatie en voer het gewenste aantal voorbeelden, namen en celpositie in.</li>
		<li>Klik op Autozero en plaats de cuvette met de achtergrondoplossing. Zorg ervoor dat u deze cuvette in dezelfde sleuf plaatst waar de metingen worden uitgevoerd.</li>
		<li>Klik op Start en plaats de cuvette (stap 1.1.3) in de gewenste cel. Zorg ervoor dat het cuvette-venster evenwijdig aan de voorkant van het instrument is georiënteerd. Klik op OK om de eerste scan bij 25 °C te starten.</li>
		<li>Herhaal voor metingen bij hogere temperaturen de stappen 1.2.5-1.2.8 en verander de temperatuur in de gewenste monstertemperatuur (90 °C in het onderhavige geval).</li>
		<li>Klik op Bestand > Exporteren en kies de gewenste bestandslocatie. Selecteer XY Data om een .txt bestand te verkrijgen. OPMERKING: Een illustratief hulpmiddel van stap 1.2 is te vinden in aanvullend dossier 1 (S1-S7).</li>
	</ol></li>
	<li>Voer gegevensverzameling uit voor het bepalen van de RNA-concentratie.<ol>
<li>Zoek het bestand voor elk spectrum op het tabblad Resultaten . Om de absorptie te verkrijgen, plaatst u de muisaanwijzer op de lijn, navigeert u naar 260 nm en registreert u de weergegeven absorpties. U kunt ook via de cascade Bestand > Exporteren de gegevens exporteren als een .txt bestand voor verdere grafische analyse met behulp van andere plotsoftware. OPMERKING: Als 0,1 < A ≥ 1, moet de concentratie van het in stap 1.1.1 bereide RNA-monster worden verdund of verhoogd.</li>
		<li>Gebruik de wet van Beer-Lambert om de concentratie van de oplossing te berekenen. OPMERKING: Wet van Bier: A = εcl, waarbij: A: Absorptie (in dit geval bij 260 nm vanaf stap 1.3.1) ε: Extinctiecoëfficiënt. Voor de hierin gebruikte sequentie is 208.000 L mol-1 cm-1 de waarde verkregen uit een OligoAnalyzer tool. l: Padlengte, 1 cm c: concentratie van het monster</li>
		<li>Gebruik deze berekeningen om de gewenste oplossing van RNA voor te bereiden die kan worden gebruikt voor volgende experimenten. In deze studie werden oplossingen met [RNA] = 200 μM gebruikt.</li>
	</ol></li>
</ol>2. Hydrolyse van oligonucleotiden van RNA door Xrn-1
<ol><li>Voer 5 'fosforylering van RNA uit volgens de onderstaande stappen.<ol>
<li>Gebruik een microcentrifugebuis van 0,6 ml om de volgende oplossing (totaal volume van 50 μl) te bereiden.<ol>
<li>Voeg RNase-vrij H2O (33,5 μL) toe; volumes kunnen variëren afhankelijk van [RNA].</li>
			<li>Voeg vervolgens oplossing A (5 L, tabel 1) toe.</li>
			<li>Voeg een waterige oplossing van adenosinetrifosfaat (ATP, zie Materialentabel) toe (6 L, 10 mM, 60 nmol).</li>
			<li>Voeg RNA-waterige oplossing toe (1 μL, 200 μM, 200 pmol).</li>
			<li>Voeg polynucleotidekinase (PNK-enzym, zie Materialentabel) oplossing toe (4,5 l, 45 eenheden). Meng voorzichtig door het mengsel op en neer te pipetteren (10x).</li>
		</ol>
</li>
		<li>Incubeer het reactiemengsel bij 37 °C gedurende 45 minuten door het in een waterbad te plaatsen.</li>
		<li>Inactiveer het enzym door de reactiebuis in een voorverwarmd warmteblok (65 °C) te plaatsen en de oplossing gedurende 10 minuten te incuberen.</li>
		<li>Laat de oplossing afkoelen tot kamertemperatuur (RNA-fosforylering werd gekarakteriseerd via MALDI-TOF-analyse, zie representatieve resultaten) om een uiteindelijke 5'-gefosforyleerde RNA-oplossing (4 μM, 50 μL) te verkrijgen.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Voer RNA-hydrolyse uit door Xrn-1 volgens de onderstaande stappen.<ol>
<li>Voer met behulp van de oplossing (50 μL) uit stap 2.1.4 de volgende stappen uit.<ol>
<li>Voeg oplossing B toe (5 L, tabel 1).</li>
			<li>Voeg een oplossing van Xrn-1 (0,5 L, 1 ng, 30 fmol) toe. Meng de oplossing door voorzichtig op en neer te pipetteren (10x).</li>
			<li>Incubeer de reactiebuis bij kamertemperatuur gedurende 2 uur.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Breng het reactiemengsel (stap 2.2.1.3) over in een centrifugaalapparaat ter grootte van een porie van 10 kDa (zie materiaaltabel) en filtreer de enzymen door te centrifugeren (700 x g gedurende 10 minuten bij kamertemperatuur).</li>
		<li>Breng het filtraat over in een centrifugebuis van 0,6 ml.</li>
		<li>Was het resterende RNA op de centrifugaalbuis (stap 2.2.2.) door toevoeging van RNase-vrij H2O (20 L), gevolgd door centrifugeren (700 x g gedurende 10 minuten bij kamertemperatuur).</li>
		<li>Combineer het filtraat met het filtraat uit stap 2.2.3.</li>
		<li>Bewaar de buis met de resulterende oplossing in een vriezer (0 °C) of verzend voor analyse.</li>
	</ol>
</li>
</ol>3. Ontzouting van RNA-oplossing, MALDI-TOF-plaatspotting
<ol><li>Ontzout en concentreer het monster met behulp van in de handel verkrijgbare C18-pipetpunten van kationenuitwisseling (zie materiaaltabel).<ol>
<li>Plaats een 10 L C18 pipetpunt (pipetpunt geladen met een bed van C18 chromatografiemedia aan het uiteinde bevestigd) op een pipet van 10 μL en ga dan verder met het volgende:<ol>
<li>Was de C18-punt twee keer met 50% waterige acetonitril (10 μL) oplossing. Gooi de gebruikte volumes telkens weg in een aparte afvalbuis.</li>
			<li>Breng de C18-tip tweemaal in evenwicht met een waterige trifluorazijnzuuroplossing (0,1% TFA, 10 μL). Gooi de gebruikte volumes telkens weg in een aparte afvalbuis.</li>
			<li>Verwijder de C18-tip handmatig uit de pipet en bevestig deze op een pipet van 200 μL met een P200-pipetpunt (de C18-tip wordt nu bevestigd aan de P200-pipetpunt).</li>
			<li>Dompel de C18-tip onder in de oplossing (stap 2.2.6) en laat de oplossing tien keer door de C18-tip lopen. OPMERKING: Het RNA-monster wordt gebonden aan de kationenuitwisselingshars in de punt.</li>
			<li>Maak de C18-tip los van de P200-pipet en plaats deze op een pipet van 10 μL.</li>
			<li>Was de C18-tip twee keer met een waterige oplossing van 0,1% TFA (10 μL). Gooi de gebruikte volumes telkens weg in een aparte afvalbuis.</li>
			<li>Was de C18-tip twee keer met RNase-vrij water (10 μL). Gooi de gebruikte volumes telkens weg in een aparte afvalbuis.</li>
		</ol>
</li>
	</ol>
</li>
	<li>Spot op de MALDI-plaat volgens de onderstaande stappen.<ol>
<li>Eluteer het RNA-oligonucleotide uit de C18-tip (stap 3.1.1.7) door het monster onder te dompelen in de gewenste matrix (10 μL, 1:1 oplossing van C en D, tabel 1), gevolgd door de oplossing terug in de buis te doseren. Herhaal dit proces tien keer.</li>
		<li>Pipetteer de oplossing van 3.2.1 op twee afzonderlijke plaatsen op de plaat (elk 1 μL, 20 pmol). Laat de plekken aan de lucht drogen (figuur 1A en video 1). OPMERKING: Dit proces kan op dezelfde plek worden herhaald om de monsterconcentratie op elke plek te verhogen.</li>
		<li>Pipetteer gewenst kalibrant (1 L) op twee afzonderlijke plaatsen fysiek dicht bij de monsterlocatie en laat aan de lucht drogen. OPMERKING: De in deze studie gebruikte teststandaard is verkregen uit commerciële bronnen (zie Tabel met materialen).</li>
		<li>Leg de [volledig gedroogde] kalibrant over de gewenste matrix (1 L). Laat aan de lucht drogen. OPMERKING: Het is belangrijk om de positie te volgen waar de monsters en kalibraanten worden gespot voordat ze in het instrument worden ingebracht. Noteer dit met behulp van het plaatcoördinatensysteem, bijvoorbeeld monster 1 bevindt zich op positie (C,3)</li>
	</ol>
</li>
</ol>4. Gegevensverzameling en -verwerking
OPMERKING: Over het algemeen vereist THAP een hoger laservermogen om ionisatie te bereiken. Bovendien kunnen oligo's moeilijk te ioniseren zijn zonder te fragmenteren. Daarom is het meestal nodig om een zo laag mogelijk laservermogen te gebruiken en de detectorwinsten en / of lagere laserfrequentie te verhogen om de detectie te maximaliseren en fragmentatie te minimaliseren.
<ol><li>Voer gegevensverzameling uit volgens de onderstaande stappen. OPMERKING: Metingen van het molecuulgewicht werden uitgevoerd met behulp van een massaspectrometer (zie Tabel met materialen) in positieve ionen, lineaire modus met een ionenbronspanning van 20 kV, detectorwinst van ~2,8 kV en een laserfrequentie van 20 Hz. Scanbereiken werden ingesteld op basis van het verwachte molecuulgewicht(en). Deze werden berekend en uitgedrukt als massa over lading (m/z), waarbij de lading 1 was. Externe kalibratie werd uitgevoerd met behulp van een eiwitkalibratiemengsel (Bacterial Test Standard, zie Tabel met materialen) op een plaats naast het monster. De ruwe gegevens werden vervolgens verwerkt in de flexanalysesoftware (zie Tabel met materialen).<ol><li>Open "Flexcontrol-software" voor gebruik. Druk op de groene in/uit-knop van het instrument, wacht tot de doeltrap beweegt en stofzuig om te ontluchten. Open het deksel, plaats de volledig gedroogde doelplaat in het instrument. Zorg ervoor dat u in de juiste richting uitlijnt (figuur 1B).</li>
		<li>Laat het deksel voorzichtig zakken en druk vervolgens op de groene in/uit-knop . Wacht tot de plaat is ingetrokken en het instrument weer naar beneden is gepompt. Zodra de statusbalk (rechterbenedenhoek van het softwarevenster) 'Gereed' aangeeft, gaat u verder met kalibratie.</li>
		<li>Om de instrumenten te kalibreren met behulp van de software, voert u het volgende uit.<ol>
<li>Selecteer de gewenste methode door op de > Selecteer methode of druk op de knop Selecteren naast de geladen methode. Klik op de Coördinaat voor de kalibrantspot. Navigeer naar het tabblad Kalibratie en controleer of de juiste kalibrant is geselecteerd. Zorg ervoor dat Random Walk is uitgeschakeld (op het tabblad Sample Carrier ).</li>
			<li>Druk op Start en richt de laser handmatig langs een kristal (klik op de muispijl op de gewenste locatie in de cameraweergave). Pas indien nodig het laservermogen aan. Zodra u tevreden bent met de instellingen, drukt u op Start om spectra te verzamelen en deze toe te voegen aan de sombuffer.</li>
			<li>Voeg spectra toe aan de som totdat voldoende intensiteit is bereikt. Schakel in om alleen de sombuffer weer te geven, de basislijn af te trekken en vloeiend te maken. Klik vervolgens op Automatisch toewijzen. Controleer elke toegewezen piek en noteer de ppm-fout. Als u tevreden bent met opdrachten en fouten, klikt u op Toepassen.</li>
			<li>Wis de sombuffer en navigeer naar de positie van het eerste monster.</li>
			<li>Bevestig het gewenste scanbereik (tabblad 'Detectie'). Pas de balken in het "Massabereik" aan zodat het groene gebied representatief is voor de verwachte massa(s).</li>
			<li>Klik direct op het vergrotingsvenster zodat het vizier op het gewenste gekristalliseerde fragment wordt georiënteerd (grotere kristallen leveren vaak de beste resultaten op, figuur 2).</li>
			<li>Verzamel een paar spectra langs de grote kristallen en pas het laservermogen indien nodig aan. De juiste instelling is 5%-10% boven het vermogen waarbij pieken verschijnen.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Voer het volgende uit om spectra te verkrijgen.<ol>
<li>Klik op Start om de laserflits te observeren in combinatie met toenemende spectrale intensiteit (weergegeven in het venster rechtsboven). Beweeg de laser over de lengte van het kristal door met de muispijl op en neer te klikken in het kristal (video 2).</li>
			<li>Klik op Toevoegen direct onder Start.</li>
			<li>Herhaal dit meerdere keren totdat de gewenste intensiteit/het gewenste aantal opnamen is bereikt (gereflecteerd op de y-as van het spectrale venster)</li>
			<li>Pas het laservermogen en/of de snelheid en/of detectorwinst aan als de eerste scans onbevredigend zijn. Herhaal stap 4.1.4.1-4.1.4.3 indien nodig.</li>
			<li>Als u tevreden bent met het spectrum, klikt u op Opslaan als om het spectrum onder een opgegeven naam op te slaan. Als er vervolgens andere voorbeelden nodig zijn, klikt u op Som wissen en herhaalt u de stappen onder stap 4.1.4.</li>
		</ol>
</li>
	</ol></li>
	<li>Voer gegevensverwerking uit. OPMERKING: Stap 4.2 beschrijft een manier om de gegevens te analyseren met behulp van de flexAnalysis-software.<ol>
<li>Open de gewenste software. Open vervolgens spectrum (a) door Bestand te selecteren. Selecteer in het vervolgkeuzemenu de optie Openen.</li>
		<li>Er wordt een nieuw venster weergegeven. Klik op Bladeren om de bestanden te zoeken die zijn opgeslagen in stap 4.1.4. Vink de vakjes voor de gewenste bestanden aan en klik vervolgens op Openen aan de linkerkant. Als slechts één spectrum analyse vereist, sleept u het bestand eenvoudig naar het softwarevenster.</li>
		<li>Markeer de geladen bestanden voor bulkanalyse. Navigeer naar het tabblad Proces op de werkbalk. Selecteer in de vervolgkeuzelijst Massaspectrumbasislijn aftrekken. OPMERKING: Het algoritme dat voor de aftrekking wordt gebruikt, wordt bepaald door de methode die is geselecteerd in stap 4.1.3.</li>
		<li>Navigeer naar het tabblad Proces op de werkbalk. Selecteer in de vervolgkeuzelijst vloeiend massaspectrum. OPMERKING: Het algoritme dat wordt gebruikt voor het afvlakken wordt bepaald door de methode die is geselecteerd in stap 4.1.3.</li>
		<li>Klik op het tabblad Massalijst ; selecteer in de vervolgkeuzelijst de optie Zoeken. Dit commando labelt automatisch pieken met hun massa's; een lijst met de massa's wordt weergegeven op het scherm aan de rechterkant.</li>
		<li>Als u pieken wilt toevoegen of verwijderen, gaat u naar het tabblad Massalijst . Klik in de vervolgkeuzelijst op Bewerken.</li>
		<li>Plaats de muisaanwijzer op de x-as van het spectrum; een verticale lijn vertegenwoordigt de locatie van het spectrum waarop de cursor zich bevindt. OPMERKING: Er verschijnt een pictogram met een grafiek en cursor wanneer een nieuwe massa kan worden toegevoegd door te klikken. Dit pictogram verschijnt wanneer u de muisaanwijzer op pieken plaatst die kunnen worden verwijderd door te klikken (zie stap 4.2.7 in Aanvullend bestand 1).</li>
		<li>Herhaal stap 4.1.3-4.1.7 voor aanvullende spectra. Exporteer de massalijst voor alle spectra door te klikken en te slepen om de bestanden aan de linkerkant te markeren en voer de volgende menutrap Bestand uit > Exporteer > massalijst naar Excel.</li>
		<li>Als u spectra wilt exporteren zoals weergegeven op het scherm, maakt u een screenshot of exporteert u deze als een rapport. Voor dit laatste navigeert u naar het menu Rapport . Selecteer in de vervolgkeuzelijst Opslaan als PDF. OPMERKING: Men kan de manier waarop de spectra worden weergegeven wijzigen met behulp van de drie tabbladen onder de spectra en / of de gemarkeerde bestanden variëren. Er verschijnt een scherm. Geef het PDF-document de gewenste naam, pas de instellingen/lay-out aan en klik op Opslaan om een afbeelding van het spectrum te genereren.</li>
		<li>Het gegenereerde beeld weerspiegelt de spectrale weergave in het softwareprogramma. Voer het volgende uit om de weergave te bewerken.<ol>
<li>Inzoomen: Klik op de knop Inzoomen in de werkbalk.</li>
			<li>Plaats de muisaanwijzer op de x-as en klik totdat het gewenste bereik is bereikt.</li>
			<li>Uitzoomen/ongedaan maken: Klik op de knop Uitzoomen en klik ergens in het spectrum om terug te keren naar de volledige weergave. OPMERKING: Een illustratief hulpmiddel voor stap 4.1 en 4.2 is te vinden in aanvullend dossier 1 (respectievelijk pp S8-S23 en S24-S30).</li>
		</ol>
</li>
	</ol></li>
</ol>

<ol><li>Tanaka, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protein+and+polymer+analyses+up+to+m%2Fz+100+000+by+laser+ionization+time-of-flight+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Rapid+Communications+in+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Protein and polymer analyses up to m/z 100 000 by laser ionization time-of-flight mass spectrometry.</a> Rapid Communications in Mass Spectrometry. 2 (8), 151-153 (1988).</li>
<li>Karas, M., Hillenkamp, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Laser+desorption+ionization+of+proteins+with+molecular+masses+exceeding+10%2C000+daltons%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Laser desorption ionization of proteins with molecular masses exceeding 10,000 daltons.</a> Analytical Chemistry. 60 (20), 2299-2301 (1988).</li>
<li>Zenobi, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemistry+nobel+prize+2002+goes+to+analytical+chemistry%5BTitle%5D)+AND+%22Chimia%22%5BJournal%5D)">Chemistry nobel prize 2002 goes to analytical chemistry.</a> Chimia. 57, 73(2003).</li>
<li>Aristri, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bio-based+polyurethane+resins+derived+from+tannin%3A+Source%2C+synthesis%2C+characterization%2C+and+application%5BTitle%5D)+AND+%22Forests%22%5BJournal%5D)">Bio-based polyurethane resins derived from tannin: Source, synthesis, characterization, and application.</a> Forests. 12 (11), 1516(2021).</li>
<li>Pedrazzani, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((5-n-Alkylresorcinol+profiles+in+different+cultivars+of+einkorn%2C+emmer+spelt%2C+common+wheat%2C+and+tritordeum%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Agricultural+and+Food+Chemistry%22%5BJournal%5D)">5-n-Alkylresorcinol profiles in different cultivars of einkorn, emmer spelt, common wheat, and tritordeum.</a> Journal of Agricultural and Food Chemistry. 69 (47), 14092-14102 (2021).</li>
<li>Unger, M. S., Blank, M., Enzlein, T., Hopf, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Label-free+cell+assays+to+determine+compound+uptake+or+drug+action+using+MALDI-TOF+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protocols%22%5BJournal%5D)">Label-free cell assays to determine compound uptake or drug action using MALDI-TOF mass spectrometry.</a> Nature Protocols. 16 (12), 5533-5558 (2021).</li>
<li>Croxatto, A., Prod'hom, G., Greub, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Applications+of+MALDI-TOF+mass+spectrometry+in+clinical+diagnostic+microbiology%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiology+Reviews%22%5BJournal%5D)">Applications of MALDI-TOF mass spectrometry in clinical diagnostic microbiology.</a> FEMS Microbiology Reviews. 36 (2), 380-407 (2012).</li>
<li>Kaufmann, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Marrix-assisted+laser+desorption+ionization+%28MALDI%29+mass+spectrometry%3A+a+novel+analytical+tool+in+molecular+biology+and+biotechnology%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Marrix-assisted laser desorption ionization (MALDI) mass spectrometry: a novel analytical tool in molecular biology and biotechnology.</a> Journal of Biotechnology. 41 (2-3), 155-175 (1995).</li>
<li>Kiggins, C., Skinner, A., Resendiz, M. J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((8-Oxo-7%2C8-dihydroguanosine+inhibits+or+changes+the+selectivity+of+the+theophylline+aptamer%5BTitle%5D)+AND+%22ChemBioChem%22%5BJournal%5D)">8-Oxo-7,8-dihydroguanosine inhibits or changes the selectivity of the theophylline aptamer.</a> ChemBioChem. 21 (9), 1347-1355 (2020).</li>
<li>Chapman, E. G., DeRose, V. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enzymatic+processing+of+platinated+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Enzymatic processing of platinated RNAs.</a> Journal of the American Chemical Society. 132 (6), 1946-1952 (2010).</li>
<li>Resendiz, M. J. E., Pottiboyina, V., Sevilla, M. D., Greengerg, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+strand+scission+in+double+stranded+RNA+via+a+C5-pyrimidine+radical%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Direct strand scission in double stranded RNA via a C5-pyrimidine radical.</a> Journal of the American Chemical Society. 134 (8), 3917-3924 (2012).</li>
<li>Joyner, J. C., Keuper, K. D., Cowan, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+RNA+cleavage+by+MALDI-TOF+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Analysis of RNA cleavage by MALDI-TOF mass spectrometry.</a> Nucleic Acids Research. 41 (1), 2(2013).</li>
<li>Ghodke, P. P., Guengerich, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+polymerases+%CE%B7+and+%CE%BA+bypass+N2-guanine-O6-alkylguanine+DNA+alkyltransferase+cross-linked+DNA+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">DNA polymerases η and κ bypass N2-guanine-O6-alkylguanine DNA alkyltransferase cross-linked DNA peptides.</a> Journal of Biological Chemistry. 297 (4), 101124(2021).</li>
<li>JoVE. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((JoVE+Science+Education+Database.+Biochemistry.+MALDI-TOF+Mass+Spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">JoVE Science Education Database. Biochemistry. MALDI-TOF Mass Spectrometry.</a> Journal of Visualized Experiments. , Cambridge, MA. (2021).</li>
<li>Schrötner, P., Gunzer, F., Schüppel, J., Rudolph, W. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+rare+bacterial+pathogens+by+16S+rRNA+gene+sequencing+and+MALDI-TOF+MS%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%3A+JoVE%22%5BJournal%5D)">Identification of rare bacterial pathogens by 16S rRNA gene sequencing and MALDI-TOF MS.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (113), e53176(2016).</li>
<li>Su, K. -Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proofreading+and+DNA+repair+assay+using+single+nucleotide+extension+and+MALDI-TOF+mass+spectrometry+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%3A+JoVE%22%5BJournal%5D)">Proofreading and DNA repair assay using single nucleotide extension and MALDI-TOF mass spectrometry analysis.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (136), e57862(2018).</li>
<li>Fagerquist, C. K., Rojas, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+antibacterial+immunity+proteins+in+Escherichia+coli+using+MALDI-TOF-TOF-MS%2FMS+and+Top-Down+proteomic+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%3A+JoVE%22%5BJournal%5D)">Identification of antibacterial immunity proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down proteomic analysis.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (171), e62577(2021).</li>
<li>Phillips, C. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Processing+of+RNA+containing+8-Oxo-7%2C8-dihydroguanosine+%288-oxoG%29+by+the+exoribonuclease+Xrn-1%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Molecular+Biosciences%22%5BJournal%5D)">Processing of RNA containing 8-Oxo-7,8-dihydroguanosine (8-oxoG) by the exoribonuclease Xrn-1.</a> Frontiers in Molecular Biosciences. 8, 780315(2021).</li>
<li>Francis, A. J., Resendiz, M. J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+the+solid-phase+synthesis+of+oligomers+of+RNA+containing+a+2%27-O-thiophenylmethyl+modification+and+characterization+via+circular+dichroism%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%3A+JoVE%22%5BJournal%5D)">Protocol for the solid-phase synthesis of oligomers of RNA containing a 2'-O-thiophenylmethyl modification and characterization via circular dichroism.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (125), e56189(2017).</li>
<li>Langeberg, C. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biochemical+characterization+of+yeast+Xrn1%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Biochemical characterization of yeast Xrn1.</a> Biochemistry. 59 (15), 1493-1507 (2020).</li>
<li>Stevens, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Purification+and+characterization+of+a+Saccharomyces+cerevisiae+exoribonuclease+which+yields+5%27-mononucleotides+by+a+5%27+leads+to+3%27+mode+of+hydrolysis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Purification and characterization of a Saccharomyces cerevisiae exoribonuclease which yields 5'-mononucleotides by a 5' leads to 3' mode of hydrolysis.</a> Journal of Biological Chemistry. 255 (7), 3080-3085 (1980).</li>
<li>Yan, L. L., Simms, C. L., McLoughlin, F., Vierstra, R. D., Zaher, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oxidation+and+alkylation+stresses+activate+ribosome-quality+control%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Oxidation and alkylation stresses activate ribosome-quality control.</a> Nature Communications. 10 (1), 5611(2019).</li>
<li>Fasnacht, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+23S+rRNA+modification+ho5C2501+benefits+Escherichia+coli+under+oxidative+stress%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Dynamic 23S rRNA modification ho5C2501 benefits Escherichia coli under oxidative stress.</a> Nucleic Acids Research. 50 (1), 473-489 (2022).</li>
<li>Estevez, M., Valesyan, S., Jora, M., Limbach, P. A., Addepalli, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oxidative+damage+to+RNA+is+altered+by+the+presence+of+interacting+proteins+or+modified+nucleosides%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Molecular+Biosciences%22%5BJournal%5D)">Oxidative damage to RNA is altered by the presence of interacting proteins or modified nucleosides.</a> Frontiers in Molecular Biosciences. 8, 697149(2021).</li>
<li>Tomar, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+sequence+modulates+the+efficiency+of+NEIL1-catalyzed+excision+of+the+aflatoxin+B1-induced+formamidopyrimidine+guanine+adduct%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">DNA sequence modulates the efficiency of NEIL1-catalyzed excision of the aflatoxin B1-induced formamidopyrimidine guanine adduct.</a> Journal of the American Chemical Society. 34 (3), 901-911 (2021).</li>
<li>Gaffney, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HIV-1+env-dependent+cell+killing+by+bifunctional+small-molecule%2Fpeptide+conjugates%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">HIV-1 env-dependent cell killing by bifunctional small-molecule/peptide conjugates.</a> ACS Chemical Biology. 16 (1), 193-204 (2021).</li>
<li>Sikorski, E. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selective+display+of+a+chemoattractant+agonist+on+cancer+cells+activates+the+formyl+peptide+receptor+1+on+immune+cells%5BTitle%5D)+AND+%22ChemBioChem%22%5BJournal%5D)">Selective display of a chemoattractant agonist on cancer cells activates the formyl peptide receptor 1 on immune cells.</a> ChemBioChem. , 202100521(2022).</li>
<li>Kubo, T., Nishimura, Y., Sato, Y., Yanagihara, K., Seyama, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sixteen+different+types+of+lipid-conjugated+siRNAs+containing+saturated+and+unsaturated+fatty+Acids+and+exhibiting+enhanced+RNAi+potency%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Sixteen different types of lipid-conjugated siRNAs containing saturated and unsaturated fatty Acids and exhibiting enhanced RNAi potency.</a> ACS Chemical Biology. 16 (1), 150-164 (2021).</li>
</ol>

De auteurs hebben niets te onthullen.

De belangrijkste uitdaging in deze workflow lag tussen het afronden van de experimenten en het uitvoeren van de massaspectrometrische analyses. Experimenten werden uitgevoerd en voltooid aan de Universiteit van Colorado Denver en ('s nachts) verscheept naar de faciliteiten van de Colorado State University. Gegevensverzameling werd uitgevoerd na ontvangst, zoals het gemak biedt. Verschillende onverwachte omstandigheden leidden tot tijdsvertragingen in het proces. In één geval moesten onverwachte instrumentstoringen de mon...

MALDI-TOF 1,2,3 is een veelgebruikte techniek voor de karakterisering en/of detectie van moleculen van verschillende groottes en eigenschappen. Sommige van de toepassingen omvatten diverse toepassingen, zoals het detecteren van tannines uit natuurlijke hulpbronnen4, beeldvorming van metabolieten in voedsel5, ontdekking of monitoring van cellulaire medicijndoelen of markers6 en klinische diagnostiek7, om er maar een paar te noemen. Van belang voor het huidige werk is het gebruik van MALDI-TOF met DNA of RNA, waarbij het gebruik ervan op oligonucleotiden dateert uit meer dan drie decennia8, waar verschillende beperkingen werden opgemerkt. Deze techniek is nu geëvolueerd naar een betrouwbaar, veelgebruikt middel om zowel biopolymeren9 te karakteriseren als chemische en biochemische reacties te identificeren/begrijpen, bijvoorbeeld karakterisering van platinated sites in RNA10, identificatie van RNA-fragmenten na strengsplitsing 11,12, of vorming van eiwit-DNA cross-links13 . Het is dus waardevol om belangrijke aspecten van het gebruik van deze techniek te illustreren en te benadrukken. De basis van MALDI-TOF is ook in videoformaat beschreven14 en zal hierin niet verder worden uitgewerkt. Bovendien is de toepassing ervan in een DNA- of eiwitcontext eerder beschreven en geïllustreerd in het genoemde formaat 15,16,17.
Het protocol voor het detecteren van RNA-fragmenten gevormd na enzymatische hydrolyse wordt hierin gerapporteerd. Het experimentele model werd gekozen op basis van een recente bevinding gepubliceerd door onze groep18, waar MALDI-TOF werd gebruikt om de unieke reactiviteit te bepalen tussen het exoribonuclease Xrn-1 en oligonucleotiden van RNA dat de oxidatieve laesie 8-oxoG bevat. De 20-nucleotide lange strengen werden verkregen via vaste-fase synthese19, [5'-CAU GAA ACA A(8-oxoG)G CUA AAA GU] en [5'-CAU GAA ACA A(8-oxoG)(8-oxoG) CUA AAA GU], terwijl Xrn-1 werd uitgedrukt en gezuiverd na het eerder beschreven rapport20. Kortom, Xrn-121 is een 5'-3' exoribonuclease met verschillende belangrijke biologische rollen die meerdere soorten RNA afbreken, waaronder geoxideerd RNA22. Het bleek dat de processiviteit van het enzym stagneert bij het tegenkomen van 8-oxoG, wat leidde tot RNA-fragmenten met 5'-gefosforyleerde uiteinden [5'-H2PO4-(8-oxoG)G CUA AAA GU], [5'-H2PO4-(8-oxoG)(8-oxoG) CUA AAA GU], en [5'-H2PO4-(8-oxoG) CUA AAA GU]18.
Ten slotte is het belangrijk op te merken dat massaspectrometrie een krachtige methode is die, door middel van verschillende methodologieën, kan worden aangepast aan andere doeleinden23,24; daarom is het kiezen van de juiste ionisatiemethode en andere experimentele opstellingen van het grootste belang.

<table><tbody><tr><td>0.6 mL MCT Graduated Violet</td><td>Fisher Scientific</td><td>05-408-127</td><td></td></tr><tr><td>6&rsquo;-Trihydroxyacetofenone monohydraat 98%</td><td>Sigma Aldrich</td><td>480-66-0</td><td></td></tr><tr><td>Acetonitril 99,9%, HPLC-kwaliteit</td><td>Fisher Scientific</td><td>75-05-8</td><td></td></tr><tr><td>Adenosinetrifosfaat, 10 mM</td><td>New Englang Bioscience</td><td>P0756S</td><td></td></tr><tr><td>Ammoniumcitraat, dibasisch 98%</td><td>Sigma Aldrich</td><td>3012-65-5</td><td></td></tr><tr><td>Ammoniumfluoride 98,0%, ACS-kwaliteit</td><td>Alfa Aesar</td><td>12125-01-8</td><td></td></tr><tr><td>Bruker bacteriële teststandaard</td><td>Bruker Daltonics</td><td>8255343</td><td></td></tr><tr><td>Commerciële bron van Xrn-1</td><td>New England BioLabs</td><td>M0338S</td><td></td></tr><tr><td>Di-ethylpyrocarbonaat, 97%</td><td>ACROS Organics</td><td>A0368487</td><td></td></tr><tr><td>Flex analysesoftware</td><td>Bruker daltonics</td><td></td><td>FlexAnalysis software versie 3.4, Bruker Daltonics</td></tr><tr><td>Lambda 365 UV-vis spectrofotometer</td><td>Perkin Elmer</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MALDI-plaat: MSP 96 gemalen stalen doelwit</td><td>Bruker Daltonics</td><td>280799</td><td></td></tr><tr><td>Massaspectrometer</td><td>Bruker</td><td></td><td>Microflex LRFTOF massaspectrometer (Bruker Daltonics, Billerica, MA)</td></tr><tr><td>Mili-Q IQ 7000</td><td>Milipore Sigma</td><td></td><td>Een Mili-Q-systeem werd gebruikt om al het water te zuiveren dat in dit werk werd gebruikt</td></tr><tr><td>Nanosep centrifugeerapparaten met OmegaTM-membraan 10 K, blauw (24/verpakking)</td><td>Pall Corporation</td><td>OD010C33</td><td>filtermedia, Omega (gemodificeerd polyethersulfon) 10 K poriëngrootte</td></tr><tr><td>NEBuffer 3</td><td>New England Biolabs</td><td>B7003S</td><td>Dit is oplossing B</td></tr><tr><td>Oligo Analyzer-tool</td><td>IDT-DNA</td><td></td><td>https://www.idtdna.com/calc/analyzer</td></tr><tr><td>Pipetpunten P10</td><td>Fisher Scientific</td><td>02-707-441</td><td></td></tr><tr><td>Pipetpunten P200</td><td>Fisher Scientific</td><td>02-707-419</td><td></td></tr><tr><td>RNase Away</td><td>Molecular BioProducts</td><td>7005-11</td><td></td></tr><tr><td>T4 Polynucleotide Kinase</td><td>New England BioLabs</td><td>M0201S</td><td></td></tr><tr><td>T4 Polynucleotide Kinase Reactiebuffer</td><td>New England BioLabs</td><td>B0201S</td><td>Dit is oplossing A</td></tr><tr><td>Trifluorazijnzuur</td><td>Alfa Aesar</td><td>76-05-1</td><td></td></tr><tr><td>Xrn-1 exoribonuclease</td><td>Uitgedrukt in huis</td><td>Zie ref. 20</td><td></td></tr><tr><td>ZipTip Pipetpunten voor monstervoorbereiding</td><td>Millipore</td><td>ZTC 18S 096</td><td>10 &micro;L pipetpunten geladen met een C18-standaard 0,6 &micro;L-bed</td></tr></tbody></table>

identificatie van rna-fragmenten als gevolg van enzymatische degradatie met behulp van maldi-tof-massaspectrometrie

Identification of RNA Fragments Resulting from Enzymatic Degradation using MALDI-TOF Mass Spectrometry

RNA is een biopolymeer dat aanwezig is in alle domeinen van het leven en de interacties met andere moleculen en / of reactieve soorten, bijvoorbeeld DNA, eiwitten, ionen, medicijnen en vrije radicalen, zijn alomtegenwoordig. Als gevolg hiervan ondergaat RNA verschillende reacties, waaronder de splitsing, afbraak of modificatie, wat leidt tot biologisch relevante soorten met verschillende functies en implicaties. Een voorbeeld is de oxidatie van guanine tot 7,8-dihydro-8-oxoguanine (8-oxoG), die kan optreden in aanwezigheid van reactieve zuurstofsoorten (ROS). Over het algemeen zijn procedures die dergelijke producten en transformaties kenmerken grotendeels waardevol voor de wetenschappelijke gemeenschap. Hiertoe is matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight (MALDI-TOF) massaspectrometrie een veel gebruikte methode. Het huidige protocol beschrijft hoe RNA-fragmenten gevormd na enzymatische behandeling kunnen worden gekarakteriseerd. Het gekozen model maakt gebruik van een reactie tussen RNA en het exoribonuclease Xrn-1, waarbij de enzymatische spijsvertering wordt gestopt op geoxideerde plaatsen. Twee 20-nucleotide lange RNA-sequenties [5'-CAU GAA ACA A(8-oxoG)G CUA AAA GU] en [5'-CAU GAA ACA A(8-oxoG)(8-oxoG) CUA AAA GU] werden verkregen via vastefasesynthese, gekwantificeerd door UV-vis spectroscopie, en gekarakteriseerd via MALDI-TOF. De verkregen strengen werden vervolgens (1) 5'-gefosforyleerd en gekarakteriseerd via MALDI-TOF; (2) behandeld met Xrn-1; (3) gefilterd en ontzout; (4) geanalyseerd via MALDI-TOF. Deze experimentele opstelling leidde tot de ondubbelzinnige identificatie van de fragmenten geassocieerd met het stallen van Xrn-1: [5'-H2PO4-(8-oxoG)G CUA AAA GU], [5'-H2PO4-(8-oxoG)(8-oxoG) CUA AAA GU], en [5'-H2PO4-(8-oxoG) CUA AAA GU]. De beschreven experimenten werden uitgevoerd met 200 picomol RNA (20 pmol gebruikt voor MALDI-analyses); lagere hoeveelheden kunnen echter resulteren in detecteerbare pieken met spectrometers met behulp van laserbronnen met meer vermogen dan degene die in dit werk wordt gebruikt. Belangrijk is dat de beschreven methodologie kan worden gegeneraliseerd en mogelijk kan worden uitgebreid tot productidentificatie voor andere processen waarbij RNA en DNA betrokken zijn, en kan helpen bij de karakterisering / opheldering van andere biochemische routes.

De oligonucleotiden die in dit werk werden gebruikt, werden voorafgaand aan gebruik gesynthetiseerd, gekarakteriseerd en gekwantificeerd. De concentratie van alle oligonucleotiden werd bepaald via UV-vis spectroscopie geregistreerd bij 90 °C om foutieve metingen als gevolg van de potentiële vorming van de secundaire structuren te voorkomen. Figuur 3 toont de spectra van de model oligonucleotiden van RNA die in dit werk worden gebruikt, genomen bij kamertemperatuur en na het toepasse...

MALDI-TOF werd gebruikt om fragmenten te karakteriseren die werden verkregen uit de reactiviteit tussen geoxideerd RNA en het exoribonuclease Xrn-1. Dit protocol beschrijft een methodiek die toepasbaar is op andere processen waarbij RNA en/of DNA betrokken is.

Identificatie van RNA-fragmenten als gevolg van enzymatische degradatie met behulp van MALDI-TOF-massaspectrometrie

RNA is a biopolymer present in all domains of life, and its interactions with other molecules and/or reactive species, e.g., DNA, proteins, ions, drugs, ...

Massaspectrometrie is op grote schaal toegepast voor verschillende toepassingen. De methodologie in dit artikel biedt de ondubbelzinnige karakterisering van RNA-fragmenten verkregen uit een in vitro enzymatisch proces. Voordelen van deze techniek zijn onder meer dat het molecuul ijzerpiek wordt verkregen, dat de experimenten kunnen worden uitgevoerd met kleine hoeveelheden materiaal voor in vitro toepassingen en dat het protocol kan worden bereikt met minimale training.De beschreven methodologie kan op grote schaal worden toegepast op het bestuderen van processen waarbij DNA, RNA of eiwitten betrokken zijn. Voorbeelden hiervan zijn biochemische transformaties zoals kruisinformatie, identificatie van chemische modificaties of andere biopolymeerinteracties en reactiviteit. Een moeilijkheid kan zich voordoen bij de toegankelijkheid van een MALDI-spectrometer of kernfaciliteiten die deze service aanbieden.Een ander aspect is het vaststellen van de detectielimiet die afhankelijk van het instrument hoger of lager kan zijn. Schakel om te beginnen de UV-Vis-spectrofotometer in en klik vervolgens op het Pictogram PerkinElmer UV WinLab om het bedieningsvenster van het instrument te openen. Schakel de Peltier-temperatuurregelaarspectrofotometer in met behulp van de schakelaar rechts van het instrument en klik op Scan-Lambda 365, aanwezig onder Basismethoden.Een ander scherm wordt geopend en de gebruiker wordt gevraagd ervoor te zorgen dat de celhouders leeg zijn. Klik op OK en laat het instrument zijn systeemcontroles uitvoeren. Pas nu de scanparameters aan door Gegevensverzameling te selecteren.Wijzig in het nieuwe venster onder Scaninstellingen de begin in 350 nanometer en het einde in 215 nanometer. Activeer de Peltier door de plus links van het accessoire te selecteren. Klik vervolgens op Multiple Cell Peltier, wijzig de temperatuurgraden Celsius naar 25 en klik op Peltier On.Navigeer naar het tabblad Sample Info en voer het gewenste aantal monsters, namen en celpositie in.Klik op Autozero en plaats de cuvette met de achtergrondoplossing. Klik op Start en plaats de cuvette in de gewenste cel en zorg ervoor dat het cuvettevenster evenwijdig aan de voorkant van het instrument is georiënteerd. Klik nu op OK om de eerste scan bij 25 graden Celsius te starten.Voor metingen bij hogere temperaturen klikt u op Multiple Cell Peltier, wijzigt u de temperatuur in de gewenste monstertemperatuur en herhaalt u de scan. Klik op Bestand, Exporteren en kies de gewenste bestandslocatie en selecteer XY Data om een tekstbestand te verkrijgen. Om 5'fosforylering van RNA uit te voeren, bereidt u een oplossing in een microcentrifugebuis van 0,6 microliter door 33,5 microliter RNase-vrij water, vijf microliter oplossing A, zes microlieten van 10 millimolair adenosinetrifosfaat, één microliet van 200 micromolaire RNA-waterige oplossing en 4,5 microliter polynucleotidekinase toe te voegen en mengt u de oplossing voorzichtig.Incubeer het reactiemengsel bij 37 graden Celsius gedurende 45 minuten door het in een waterbad te plaatsen. Vervolgens het enzym inactiveren door de reactiebuis in een warmteblok te plaatsen, voorverwarmd op 65 graden Celsius gedurende 10 minuten. Laat de oplossing afkoelen tot kamertemperatuur om een uiteindelijke 5'gefosforyleerde RNA-oplossing te verkrijgen.Gebruik na incubatie 50 microliter van deze oplossing, voeg vijf microliter oplossing B en vijf microliter 1-femtomole-oplossing van Xrn-1 toe om RNA-hydrolyse uit te voeren. Incubeer de reactiebuis bij kamertemperatuur gedurende twee uur. Breng dit reactiemengsel over op een centrifugaalapparaat ter grootte van een porie van 10 kilodalton en filtreer de enzymen door gedurende 10 minuten te centrifugeren op 700 keer G.Breng het filtraat over in een centrifugebuis van 0,6 milliliter.Voeg vervolgens 20 microliter RNase-vrij water toe om het resterende RNA op de centrifugaalbuis te wassen, gevolgd door centrifugatie. Combineer ten slotte dit filtraat met het resulterende filtraat dat eerder is verkregen door centrifugeren in een centrifugaalapparaat ter grootte van een porie van 10 kilodalton en vries de oplossing in bij nul graden Celsius of verzend voor analyse. Om het monster te ontzouten en te concentreren, gebruikt u in de handel verkrijgbare C18-pipetpunten van kationenuitwisseling geladen met een bed van C18-chromatografiemedia aan het uiteinde.Plaats hiervoor de pipetpunt van 10 microliter op een pipet van 10 microliter en was deze tip tweemaal met 50% waterige acetylnitriloplossing. Gooi de gebruikte volumes telkens weg in een aparte afvalbuis en breng de C18-tip twee keer in evenwicht met 10 microliter 0,1% waterige trifluorazijnzuuroplossing. Verwijder de C18-punt handmatig uit de pipet en bevestig deze op een pipet van 200 microliter met een P200-pipetpunt.Dompel vervolgens de C18-tip onder in de resulterende oplossing die is bereid tijdens hydrolyse van oligonucleotiden van RNA door Xrn-1 en aspiraat geeft de oplossing 10 keer vrij via de C18-tip. Maak nu de C18-tip los van de P200-pipet, plaats deze op een pipet van 10 microliter en was de C18-tip tweemaal met een waterige oplossing van 0,1% trifluorazijnzuuroplossing. Gooi de gebruikte volumes telkens weg in een aparte afvalbuis.Was de C18-tip twee keer met RNase-vrij water van 10 microliter. Voor spotting op de MALDI-plaat elueert u het RNA-oligonucleotide uit de C18-tip door het monster in de gewenste matrix onder te dompelen en de oplossing 10 keer terug in de buis te doseren. Pipetteer deze oplossing op twee afzonderlijke plekken van elk één microliter op de plaat en laat de plekken aan de lucht drogen.De concentratie van RNA die in dit werk werd gebruikt, werd bepaald via UV-zichtbare spectroscopie geregistreerd bij 90 graden Celsius om foutieve metingen als gevolg van de potentiële vorming van de secundaire structuren te voorkomen. De totale opeenvolging van gebeurtenissen bestond uit twee delen. Eén, de efficiënte 5'fosforylering van RNA, blijkt uit het verschijnen van slechts één piek die overeenkomt met het verwachte product.En twee, het stallingsfragment dat ontstaat bij de behandeling van het monstermengsel met Xrn-1. Dezelfde resultaten werden verkregen met behulp van een andere sequentie die twee oxidatieve laesies bevatte. Mogelijke wijzigingen die moeten worden overwogen, zijn onder meer het elimineren van het gebruik van het filterapparaat of het overwegen van verschillende matrices voor MALDI-spotting.Bijvoorbeeld sinapinic acid of picolinezuur. De RNA-fragmenten werden verkregen uit een enzymatisch proces. Dit proces werd tot stand gebracht door MALDI, elektroforetische analyse, vastefasesynthese en circulair dichroïsme te koppelen.Het beschreven protocol heeft een potentieel om te worden gebruikt op verschillende gebieden, van onderzoek in de chemische wetenschappen tot toepassingen op biomedisch gebied.

identification-rna-fragments-resulting-from-enzymatic-degradation

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biochemie

Dit protocol beschrijft hoe het kwantificeren van de Mg (II)-afhankelijke vorming van RNA tertiaire structuur door twee methoden van hydroxyl-radicaal voetafdruk.

Monitoring Equilibrium veranderingen in RNA structuur door &#39;Peroxidative&#39; en &#39;Oxidatieve&#39; hydroxyl radicaal Footprinting

Stabiele isotoop labeling workflows in...

Protease-en Acid-gekatalyseerde Labeling Werkstromen Gebruikmakend<sup&gt; 18</sup&gt; O verrijkte Water

Nauwkeurige massa meting betekent een belangrijke stap tijdens het onderzoek van eiwitten. Matrix-geassisteerde laser desorptie / ionisatie (MALDI) massaspectrometrie (MS) kan worden gebruikt voor deze vaststelling en van zijn belangrijkste voordeel is de tolerantie voor zouten, detergentia en verontreinigingen. Hier tonen we een toegankelijke benadering voor de analyse van eiwitten groter dan 100 kDa door MALDI-MS.

Matrix-laserdesorptie / ionisatie Time of Flight (MALDI-TOF) massaspectrometrische analyse van intacte eiwitten groter dan 100 kDa

Matrix-ondersteunde laserdesorptie/ionisatie tijd-van-vlucht massaspectrometrie (MALDI-TOF MS) en moleculaire technieken (16S rRNA gen sequencing) maken de identificatie van zeldzame bacteriële pathogenen in routine diagnostische mogelijkheden. Het doel van dit protocol ligt in de combinatie van beide technieken, wat leidt tot meer nauwkeurige en betrouwbare gegevens.

Identificatie van bijzondere bacteriële pathogenen door 16S rRNA Gene Sequencing en MALDI-TOF MS

Dit artikel geeft een gedetailleerde procedure voor de solide fase synthese, zuivering en karakterisering van dodecamers van RNA gemodificeerd op de C2'- O- positie. UV-vis en cirkelvormige dichroïstische fotometrische analyses worden gebruikt om structurele aspecten te kwantificeren en karakteriseren, dwz enkelstrengen of dubbelstrengen.

Protocol voor de vaste fase synthese van oligomeren van RNA die een 2&#39;-<em&gt; O</em&gt; -thiophenylmethylmodificatie en karakterisering via cirkelvormige dichroïsme

Hier presenteren we een protocol voor DNAzyme-afhankelijke splijting van RNA. Dit maakt een snelle en site-afhankelijke analyse van RNA 2 '-O-Methylation mogelijk. Deze aanpak kan worden gebruikt voor de voorlopige of belangrijke beoordeling van de activiteit van snoRNA.

DNAzyme-afhankelijke analyse van rRNA 2 '-O-methylatie

Hier beschrijven we een gedetailleerd protocol voor een LC-MS-gebaseerde sequencingmethode die kan worden gebruikt als een directe methode om kort RNA (&lt;35 nt per run) te sequencen zonder een cDNA-tussenproduct, en als een algemene methode om verschillende nucleotidemodificaties te sequencen in een enkele studie met precisie op één base.

2D-HELS MS Seq: Een algemene LC-MS-gebaseerde methode voor directe en de novo sequencing van RNA-mengsels met verschillende nucleotidemodificaties

Hier presenteren we een protocol voor de snelle identificatie van eiwitten geproduceerd door genomisch gesequencede pathogene bacteriën met behulp van MALDI-TOF-TOF tandem massaspectrometrie en top-down proteomische analyse met in eigen huis ontwikkelde software. Metastabieuze eiwitionen fragmenteren vanwege het asparaginezuureffect en deze specificiteit wordt gebruikt voor eiwitidentificatie.

Identificatie van antibacteriële immuniteitseiwitten in Escherichia coli met behulp van MALDI-TOF-TOF-MS/MS en top-down proteomische analyse

Het protocol geeft instructies voor het modificeren van RNA met dimethylsulfaat voor mutatieprofileringsexperimenten. Het omvat in vitro en in vivo tasten met twee alternatieve bibliotheekvoorbereidingsmethoden.

Onderzoekende RNA-structuur met dimethylsulfaatmutatieprofilering met sequencing in vitro en in cellen

Conformationele flexibiliteit speelt een cruciale rol in de eiwit-functie. Hierin beschrijven we het gebruik van tijdsopgeloste electrospray ionisatie massaspectrometrie gekoppeld met waterstof deuterium ruil voor het sonderen van de snelle structurele veranderingen die functie rijden besteld en ontvouwen eiwitten.

Tijdsgeresolveerde elektrosprayionisatie waterstof-deuterium Exchange Massaspectrometrie voor het bestuderen van Protein Structure en Dynamics

Leer RNA-fragmenten identificeren na enzymatische degradatie met MALDI-TOF-massaspectrometrie. Deze methode werkt met kleine hoeveelheden materiaal en is toepasbaar op RNA-, DNA- en eiwitstudies.

Identificatie van RNA-fragmenten als gevolg van enzymatische degradatie met behulp van MALDI-TOF-massaspectrometrie

Meer video's verkennen