Netwerk farmacologie voorspelling en experimentele validatie van Trichosanthes-Fritillaria thunbergii Werkingsmechanisme tegen long adenocarcinoom

Traditionele Chinese geneeskunde, We zullen het hebben over de kenmerken van multicomponent van het doelwit. Dat is het basisvak voor netwerk- en biologisch onderzoek. We hebben een demonstratie gedaan van de technologie die de drempel zal verlagen.

Network Pharmacological is systematische analytische technologie, bouwt de tools van interactie netwerk werk van multifactoren. Het kan effectief de enkele route van traditionele Chinese geneeskunde voorspellen in De gegevens van Network Pharmacological komen uit de database, hoewel het de relatie met medicijnen, eiwitten niet kan voorspellen en dit moet nog steeds worden geverifieerd door de volgende experimenten. Open om te beginnen de HERB Database en gebruik Gua Liu en Zhebimu als trefwoorden om de componenten van de twee geneesmiddelen te verkrijgen.

Download de lijst en de canonieke SMILES-structuur van de gerelateerde componenten van de twee geneesmiddelen. Bepaal nu of de verkregen component actief is door componenten met orale biologische beschikbaarheid en geneesmiddelachtige waarden op te nemen in de HERB Group Database. Als de component geen orale biologische beschikbaarheid en geneesmiddelachtige waarden heeft, voert u de component in de Zwitserse ADME-database in om de informatie over elke component te verkrijgen.

Neem componenten op met een hoge GI-absorptie en ten minste twee ja-geneesmiddelachtige waarden als actieve componenten. Om het doel van de actieve componenten te voorspellen, opent u de HERB Database. Zoek en kopieer de canonieke SMILES-structuren van de actieve componenten.

Open vervolgens de benadering van het gelijkenisensemble en plak de canonieke SMILES-structuren van de actieve componenten in het zoekvak. Klik op try SEA' om de doelsleuteldoelnaam P-waarde en de maximale TC van elke actieve component te verkrijgen. Kopieer de gegevens naar een spreadsheet en gebruik de filterfunctie voor spreadsheetbestanden om de doelen van actieve componenten te filteren op doelsleutel.

Kopieer alle doelen naar een spreadsheet en verwijder de duplicaten om de medicijndoelen te verkrijgen. Open nu de genkaartendatabase en online Mendeliaanse overerving bij de mens om ziektedoelen te voorspellen. Gebruik longadenocarcinoom'als het trefwoord om de ziektedoelen van het longadenocarcinoom te verkrijgen.

Download de spreadsheets van de ziektedoelen en verwijder de herhaalde doelen om de longadenocarcinoomdoelen te verkrijgen. Construeer een doelnetwerk voor geneesmiddelcomponentziekten door de longadenocarcinoomgerelateerde doelen en medicijndoelen in dezelfde kolom te kopiëren, in een nieuwe spreadsheet. Gebruik de functie gegevens identificeren duplicaten in de werkbalk om snijdoelen van de longadenocarcinoomgerelateerde doelen en de Trichosanthes Fritillaria Thunbergia actieve componentgerelateerde doelen te verkrijgen.

Open Cytoscape 3.8.0. Klik op bestand in de menubalk en selecteer importeren. Gevolgd door netwerk uit bestand.

Als u het spreadsheetbestand wilt importeren, optimaliseert u de grootte en kleur van de netwerkknooppunten via de stijlbalk in het linker configuratiescherm. Gebruik de functie netwerk analyseren voor de analyse van de netwerktopologie. Klik op tools in de menubalk en selecteer netwerk analyseren.

Klik in het tabelvenster op de graad in de titelbalk om de componenten op graad in aflopende volgorde te rangschikken. Neem de top 10 componenten en doelen als de belangrijkste actieve componenten en kerndoelen. Om het PPI-netwerk te construeren en de kerneiwitten te screenen.

Open de tekenreeksdatabase en plak de tekstopmaaklijst van de potentiële doelwitten van Trichosanthes Fritillaria Thunbergia, tegen longadenocarcinomen, in het dialoogvenster van de lijst met namen. Selecteer vervolgens homosapiens in organismen. Klik op zoeken en selecteer doorgaan knoppen, wanneer de resultaten beschikbaar zijn, klik op instellingen En vink hoge betrouwbaarheid 0.700 aan In basisinstellingen, onder minimaal vereiste interactiescore, vink hoge niet-verbonden knooppunten in het netwerk aan, in geavanceerde instellingen.

Klik vervolgens op de knop Bijwerken. Klik vervolgens op exports in de titelbalk en download de korte tabeltekst van de PPI-relatie in TSV-indeling. Open Cytoscape 3.8.0.

Klik op bestand, selecteer, importeer, gevolgd door netwerk uit bestand om het TSV-formaatbestand te importeren voor visuele analyse. Gebruik de netwerkanalysatorfunctie om de topologische analyse uit te voeren. Optimaliseer de grootte en kleur van de netwerkknooppunten via de stijlbalk in het linker configuratiescherm.

Voer KEGG-verrijkingsanalyses uit door het Medscape-platform te openen, de tekstindelingslijst van de potentiële therapeutische doelen in het dialoogvenster te plakken en vervolgens op de knop 'Verzenden' te klikken. Vink Homo sapiens aan in zowel invoer als soort'en analyse als soort' en klik vervolgens op de aangepaste analyseknop. Selecteer verrijking.

Vink alleen het KEGG-pad aan en klik vervolgens op verrijkingsanalyse. Zodra de voortgangsbalk 100% bereikt, klikt u op de oranje knop van de analyserapportpagina voor de verrijkingsresultaten. Klik op alles in één zip-bestand om het verrijkingsresultaat te downloaden en open vervolgens het _FINAL_GO'csv-bestand in de map Enrichment_GO'om het resultaat te verkrijgen.

Open R-Software en typ installatiepakket GG plot twee'en bibliotheek GG Plot twee'in R Voor de installatie van het GG plot twee R pakket. Druk op enter om het KEGG Visualization-programma uit te voeren. Om de levensvatbaarheid van cellen te detecteren, verteert u de logaritmische groeifase A 549-cellen met één milliliter 0,25% Trypsine gedurende één minuut bij 37 graden Celsius.

Voeg een milliliter DMEM Complete Medium toe om de trypsine te neutraliseren en blaas het voorzichtig om celuitscheiding te bevorderen. Centrifugeer vervolgens het mengsel om de celpellet te verkrijgen en resuspendeer de verkregen cellen met behulp van DMEM Complete Medium. Voeg de celsuspensie toe aan een hemocytometer en tel met behulp van een geautomatiseerde celteller, verdun deze tot vijf keer 10 tot de vierde cellen per milliliter, met behulp van DMEM compleet medium Los nu één gram Trichosanthes Fritillaria Thunbergia-waterextract op in 10 milliliter PBS en filter het door een filter van 0,22 micrometer.

Verdun het mengsel tot verschillende concentraties met behulp van PBS. Plaat 100 microliter van de verdunde cellen in elke put van een 96-putplaat. Voeg na celaanhechting een microliter Trichosanthes Fritillaria Thunbergia-waterextracten van verschillende concentraties toe om de concentratie van elke put aan te passen.

Gooi het oorspronkelijke medium na 24 uur kweek weg en voeg 100 microliter DMEM toe. Basismedium voor verdere incubatie gedurende twee uur bij 37 graden Celsius en 5% koolstofdioxide. Voeg aan het einde van de incubatie 20 microliter MTS-oplossing toe en incubeer de cellen nog een uur.

Breng het geïncubeerde mengsel over op een andere plaat. Meet met behulp van een microplaatlezer de absorptie op een golflengte van 490 nanometer en bereken de levensvatbaarheid van de cel. Verdun de logaritmische groeifase A 549 cellen tot vijf maal 10 tot de vijfde cel per milliliter.

Voeg twee milliliter van de celsuspensie toe aan een plaat met zes putten en groei gedurende 12 uur. Na het verkrijgen van verschillende PBS-verdunningen van Trichosanthes Fritillaria Thunbergia-waterextract zoals eerder aangetoond, voegt u 20 microliter van de PBS-oplossing toe aan de blanco controlegroep en 20 microliter van de verschillende verdunningen van Trichosanthes Fritillaria Thunbergia-waterextract aan verschillende concentratiegroepen. Gooi na 24 uur interventie het supernatant weg en reinig de cellen drie keer met PBS.

Voeg 250 microliter RIPA-buffer toe aan elke put en lyseer de cellen gedurende 30 minuten. Verzamel het lysaat voor centrifugalisatie en verkrijg het supernatant. Het geneesmiddelcomponent ziekte doelinteractienetwerk van Trichosanthes Fritillaria Thunbergia tegen longadenocarcinoom wordt getoond.

In het interactienetwerk zijn de top 10 actieve componenten verkregen de belangrijkste actieve componenten van de werking van Trichosanthes Fritillaria Thunbergia bij de behandeling van longadenocarcinoom. Het PPI-netwerk omvatte 122 functionele eiwitten en 210 interactierelaties. De top 10 kerneiwitten zijn voornamelijk betrokken bij neovascularisatie, celproliferatie, apoptose en celmembraantransport.

Van de top 20 pathways gerangschikt door KEGG, zijn de PI3K-AKT signaling pathway, Rap1 signaling pathway, Phospholipase-D signaling pathway en MAPK1 signaling pathway nauw verbonden met longkanker, waaronder de PI3K-AKT pathway de eerste gerangschikte. Trichosanthes Fritillaria Thunbergia-extracten in concentraties van meer dan 400 microgram per milliliter konden celproliferatie remmen en het remmende effect op A-549-cellen bij concentraties tot 800 microgram per milliliter was bijna de helft remmende concentratie. De interventie van Trichosanthes Fritillaria Thunbergia-extracten veroorzaakte geen significante verandering in AKT-eiwitexpressie in elke groep.

De expressie van p-AKT Serine-473 werd echter geremd en vertoonde een dosisafhankelijk effect. De kritieke componenten van Trichosanthes Fritillaria Thunbergia waren moleculair gekoppeld aan de belangrijkste eiwitten van de PI3K AKT-route, en de resultaten suggereerden dat de bindingsenergieën van Diosmetin en Kaempferol met AKT1 minder dan min zeven waren, wat wijst op een sterke bindingsactiviteit. Het belangrijkste is om actieve ingrediënten te hebben bereikt op de doelen van de traditionele Chinese geneeskunde.

Evenals de doelen waarvan de kern van Network Pharmacological is.