Name: Een workflow voor de kwantitatieve beoordeling van de endofytische en epifytische bacteriële microbiomen van de schors van Populus trichocarpa (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-27T14:20:00.000+00:00
Duration: 12 min 5 s
Description: Leer een workflow voor kwantitatieve beoordeling van endofytische en epifytische bacteriële microbiomen in de schors van Populus trichocarpa. Dit protocol beschrijft monsters, DNA-extractie en sequencing.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Aguirre-Von-Wobeser, E., Alonso-Sanchez, A., Mendez-Bravo, A., Villanueva Espino, L. A., Reverchon, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Barks+from+avocado+trees+of+different+geographic+locations+have+consistent+microbial+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Archs+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Barks from avocado trees of different geographic locations have consistent microbial communities.</a> Archs Microbiol. 203 (7), 4593-4607 (2021).</li>
<li>Konopka, B., Pajtik, J., Seben, V., Merganicova, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modeling+bark+thickness+and+bark+biomass+on+stems+of+four+broadleaved+tree+species%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Modeling bark thickness and bark biomass on stems of four broadleaved tree species.</a> Plants (Basel). 11 (9), 1148(2022).</li>
<li>Rosell, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bark+in+woody+plants%3A+Understanding+the+diversity+of+a+multifunctional+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Integr+Comp+Biol%22%5BJournal%5D)">Bark in woody plants: Understanding the diversity of a multifunctional structure.</a> Integr Comp Biol. 59 (3), 535-547 (2019).</li>
<li>Kobayashi, K., Aoyagi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+community+structure+analysis+inacer+palmatumbark+and+isolation+of+novel+bacteria+IAD-21+of+the+candidate+division+FBP%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Microbial community structure analysis inacer palmatumbark and isolation of novel bacteria IAD-21 of the candidate division FBP.</a> PeerJ. 7, e7876(2019).</li>
<li>Pellitier, P. T., Zak, D. R., Salley, S. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+filtering+structures+fungal+endophyte+communities+in+tree+bark%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Environmental filtering structures fungal endophyte communities in tree bark.</a> Mol Ecol. 28 (23), 5188-5198 (2019).</li>
<li>Dreyling, L., Schmitt, I., Dal Grande, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tree+size+drives+diversity+and+community+structure+of+microbial+communities+on+the+bark+of+beech+%28fagus+sylvatica%29%5BTitle%5D)+AND+%22Front+For+Glob+Change%22%5BJournal%5D)">Tree size drives diversity and community structure of microbial communities on the bark of beech (fagus sylvatica).</a> Front For Glob Change. 5, 858382(2022).</li>
<li>Jo, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+microbial+community+structure+in+response+to+gummosis+in+peach+tree+bark%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Changes in microbial community structure in response to gummosis in peach tree bark.</a> Plants (Basel). 11 (21), 2834(2022).</li>
<li>Dong, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((core+microbiota%2C+and+function+of+the+rhizosphere+soil+and+bark+microbiota+in+Eucommia+ulmoides%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">core microbiota, and function of the rhizosphere soil and bark microbiota in Eucommia ulmoides.</a> Front Microbiol. 13, 855317(2022).</li>
<li>Bodenhausen, N., Bortfeld-Miller, M., Ackermann, M., Vorholt, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+synthetic+community+approach+reveals+plant+genotypes+affecting+the+phyllosphere+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">A synthetic community approach reveals plant genotypes affecting the phyllosphere microbiota.</a> PLoS Genet. 10 (4), e1004283(2014).</li>
<li>Bodenhausen, N., Horton, M. W., Bergelson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+communities+associated+with+the+leaves+and+the+roots+of+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Bacterial communities associated with the leaves and the roots of Arabidopsis thaliana.</a> PLoS One. 8 (2), e52369(2013).</li>
<li>Stone, B. W. G., Weingarten, E. A., Jackson, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Role+of+the+phyllosphere+microbiome+in+plant+health+and+function%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+plant+reviews%22%5BJournal%5D)">The Role of the phyllosphere microbiome in plant health and function.</a> Annual plant reviews. 1, 1-24 (2018).</li>
<li>Lambais, M. R., Lucheta, A. R., Crowley, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+community+assemblages+associated+with+the+phyllosphere%2C+dermosphere%2C+and+rhizosphere+of+tree+species+of+the+atlantic+forest+are+host+taxon+dependent%5BTitle%5D)+AND+%22Microb.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Bacterial community assemblages associated with the phyllosphere, dermosphere, and rhizosphere of tree species of the atlantic forest are host taxon dependent.</a> Microb. Ecol. 68 (3), 567-574 (2014).</li>
<li>Arrigoni, E., Antonielli, L., Pindo, M., Pertot, I., Perazzolli, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tissue+age+and+plant+genotype+affect+the+microbiota+of+apple+and+pear+bark%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Res%22%5BJournal%5D)">Tissue age and plant genotype affect the microbiota of apple and pear bark.</a> Microbiol Res. 211, 57-68 (2018).</li>
<li>Germain, H., Séguin, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Innate+immunity%3A+Has+poplar+made+its+bed%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Innate immunity: Has poplar made its bed.</a> New Phytol. 189 (3), 678-687 (2011).</li>
<li>Varnagirytė-Kabašinskienė, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+shoot+collection+timing+and+hormonal+treatment+on+seedling+rooting+and+growth+in+four+poplar+genomic+groups%5BTitle%5D)+AND+%22Forests%22%5BJournal%5D)">Evaluation of shoot collection timing and hormonal treatment on seedling rooting and growth in four poplar genomic groups.</a> Forests. 15 (9), (2024).</li>
<li>Lu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ptr-mir397a+is+a+negative+regulator+of+laccase+genes+affecting+lignin+content+in+Populus+trichocarpa%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Ptr-mir397a is a negative regulator of laccase genes affecting lignin content in Populus trichocarpa.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 110 (26), 10848-10853 (2013).</li>
<li>Krabel, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Early+root+and+aboveground+biomass+development+of+hybrid+poplars+%28populus+spp.%29+under+drought+conditions%5BTitle%5D)+AND+%22Can+J+For+Res%22%5BJournal%5D)">Early root and aboveground biomass development of hybrid poplars (populus spp.) under drought conditions.</a> Can J For Res. 45 (10), 1289-1298 (2015).</li>
<li>Vitulo, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bark+and+grape+microbiome+of+vitis+vinifera%3A+Influence+of+geographic+patterns+and+agronomic+management+on+bacterial+diversity%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Bark and grape microbiome of vitis vinifera: Influence of geographic patterns and agronomic management on bacterial diversity.</a> Front Microbiol. 9, 3203(2018).</li>
<li>Aschenbrenner, I. A., Cernava, T., Erlacher, A., Berg, G., Grube, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+sharing+and+distinct+co-occurrence+networks+among+spatially+close+bacterial+microbiota+of+bark%2C+mosses+and+lichens%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Differential sharing and distinct co-occurrence networks among spatially close bacterial microbiota of bark, mosses and lichens.</a> Mol Ecol. 26 (10), 2826-2838 (2017).</li>
<li>Liang, X., Wan, D., Tan, L., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+changes+of+endophytic+bacteria+in+the+bark+and+leaves+of+medicinal+plant+eucommia+ulmoides+in+different+seasons%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Res%22%5BJournal%5D)">Dynamic changes of endophytic bacteria in the bark and leaves of medicinal plant eucommia ulmoides in different seasons.</a> Microbiol Res. 280, 127567(2024).</li>
<li>De Muinck, E. J., Trosvik, P., Gilfillan, G. D., Hov, J. R., Sundaram, A. Y. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+ultra+high-throughput+16s+rRNA+gene+amplicon+sequencing+library+preparation+method+for+the+illumina+Hiseq+platform%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">A novel ultra high-throughput 16s rRNA gene amplicon sequencing library preparation method for the illumina Hiseq platform.</a> Microbiome. 5 (1), 68(2017).</li>
<li>Anguita-Maeso, M., Haro, C., Navas-Cortes, J. A., Landa, B. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Primer+choice+and+xylem-microbiome-extraction+method+are+important+determinants+in+assessing+xylem+bacterial+community+in+olive+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Primer choice and xylem-microbiome-extraction method are important determinants in assessing xylem bacterial community in olive trees.</a> Plants (Basel). 11 (10), 1320(2022).</li>
<li>Wang, C., Liu, D. W., Bai, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decreasing+soil+microbial+diversity+is+associated+with+decreasing+microbial+biomass+under+nitrogen+addition%5BTitle%5D)+AND+%22Soil+Biol+Biochem%22%5BJournal%5D)">Decreasing soil microbial diversity is associated with decreasing microbial biomass under nitrogen addition.</a> Soil Biol Biochem. 120, 126-133 (2018).</li>
<li>Almeida, A., Mitchell, A. L., Tarkowska, A., Finn, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Benchmarking+taxonomic+assignments+based+on+16s+rRNA+gene+profiling+of+the+microbiota+from+commonly+sampled+environments%5BTitle%5D)+AND+%22GigaScience%22%5BJournal%5D)">Benchmarking taxonomic assignments based on 16s rRNA gene profiling of the microbiota from commonly sampled environments.</a> GigaScience. 7 (5), giy54(2018).</li>
<li>Liland, K. H., Vinje, H., Snipen, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microclass%3A+An+R-package+for+16s+taxonomy+classification%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinform%22%5BJournal%5D)">Microclass: An R-package for 16s taxonomy classification.</a> BMC Bioinform. 18 (1), 172(2017).</li>
<li>Li, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+AREb1+transcription+factor+influences+histone+acetylation+to+regulate+drought+responses+and+tolerance+in+Populus+trichocarpa%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The AREb1 transcription factor influences histone acetylation to regulate drought responses and tolerance in Populus trichocarpa.</a> Plant Cell. 31 (3), 663-686 (2019).</li>
<li>Cregger, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Populus+holobiont%3A+Dissecting+the+effects+of+plant+niches+and+genotype+on+the+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">The Populus holobiont: Dissecting the effects of plant niches and genotype on the microbiome.</a> Microbiome. 6 (1), 31(2018).</li>
<li>Maria Rodríguez, J. O., Ziani, K., Maté, J. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combined+effect+of+plasticizers+and+surfactants+on+the+physical+properties+of+starch+based+edible+films%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Res+Int%22%5BJournal%5D)">Combined effect of plasticizers and surfactants on the physical properties of starch based edible films.</a> Food Res Int. 39 (8), 840-846 (2006).</li>
<li>Beckers, B., De Beeck, M. O., Weyens, N., Boerjan, W., Vangronsveld, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+variability+and+niche+differentiation+in+the+rhizosphere+and+endosphere+bacterial+microbiome+of+field-grown+poplar+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Structural variability and niche differentiation in the rhizosphere and endosphere bacterial microbiome of field-grown poplar trees.</a> Microbiome. 5 (1), 25(2017).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+patterns+of+16s+rrna+diversity+at+a+depth+of+millions+of+sequences+per+sample%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Global patterns of 16s rrna diversity at a depth of millions of sequences per sample.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 108, 4516-4522 (2011).</li>
<li>Mcpherson, M. R., Wang, P., Marsh, E. L., Mitchell, R. B., Schachtman, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+analysis+of+microbial+communities+in+soil%2C+rhizosphere%2C+and+roots+in+perennial+grass+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Isolation and analysis of microbial communities in soil, rhizosphere, and roots in perennial grass experiments.</a> J Vis Exp. 24 (137), e57932(2018).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QIIME+allows+analysis+of+high-throughput+community+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.</a> Nat Methods. 7 (5), 335-336 (2010).</li>
<li>Callahan, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dada2%3A+High-resolution+sample+inference+from+illumina+amplicon+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Dada2: High-resolution sample inference from illumina amplicon data.</a> Nat Methods. 13 (7), 581-583 (2016).</li>
<li>Pruesse, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+comprehensive+online+resource+for+quality+checked+and+aligned+ribosomal+RNA+sequence+data+compatible+with+ARB%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">A comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB.</a> Nucleic Acids Res. 35 (21), 7188-7196 (2007).</li>
<li>Ginestet, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ggplot2%3A+Elegant+graphics+for+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+R+Stat+Soc+Ser+A+Stat+Soc%22%5BJournal%5D)">Ggplot2: Elegant graphics for data analysis.</a> J R Stat Soc Ser A Stat Soc. 174, 245-245 (2011).</li>
<li>Parks, D. H., Tyson, G. W., Hugenholtz, P., Beiko, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stamp%3A+Statistical+analysis+of+taxonomic+and+functional+profiles%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinform%22%5BJournal%5D)">Stamp: Statistical analysis of taxonomic and functional profiles.</a> Bioinform. 30 (21), 3123-3124 (2014).</li>
<li>Holmes, S. P., McMurdie, P. J., Callahan, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exact+sequence+variants+should+replace+operational+taxonomic+units+in+marker-gene+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">Exact sequence variants should replace operational taxonomic units in marker-gene data analysis.</a> ISME J. 11, 2639-2643 (2017).</li>
<li>Chernov, T. I., Tkhakakhova, A. K., Kutovaya, O. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessment+of+diversity+indices+for+the+characterization+of+the+soil+prokaryotic+community+by+metagenomic+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Eurasian+Soil+Sci%22%5BJournal%5D)">Assessment of diversity indices for the characterization of the soil prokaryotic community by metagenomic analysis.</a> Eurasian Soil Sci. 48 (4), 410-415 (2015).</li>
<li>Li Yu, X., Hu, X. Y., Wang, X. X., Zhang, X. Y., Du, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+protocol+specialized+for+microbial+DNA+extraction+from+living+poplar+wood%5BTitle%5D)+AND+%22Not+Bot+Horti+Agrobot+Cluj+Napoca%22%5BJournal%5D)">A protocol specialized for microbial DNA extraction from living poplar wood.</a> Not Bot Horti Agrobot Cluj Napoca. 50 (4), (2022).</li>
<li>Jeffrey, L. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bark-dwelling+methanotrophic+bacteria+decrease+methane+emissions+from+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Bark-dwelling methanotrophic bacteria decrease methane emissions from trees.</a> Nat Commun. 12 (1), 2127(2021).</li>
<li>Chelius, M. K., Triplett, E. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+diversity+of+archaea+and+bacteria+in+association+with+the+roots+of+zea+mays+l%5BTitle%5D)+AND+%22Microb+Ecol%22%5BJournal%5D)">The diversity of archaea and bacteria in association with the roots of zea mays l.</a> Microb Ecol. 41 (3), 252-263 (2001).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Equipment:</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Bead beater</td><td>DHS Life Science</td><td>401265</td><td></td></tr><tr><td>Centrifuge for 1.5 mL tubes</td><td>Thermo Scientific</td><td>75002440</td><td></td></tr><tr><td>Centrifuge for PCR tubes</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Microplate reader</td><td>BioTek</td><td>8040528</td><td></td></tr><tr><td>Nanodrop</td><td>DHS Life Science &amp; Technology Co., Ltd.</td><td>2010/2020&nbsp;</td><td>microvolume spectrophotometer</td></tr><tr><td>Qubit 3.0 Fluorometer&nbsp;</td><td>invitrogen</td><td>Q33216</td><td>fluorometer&nbsp;</td></tr><tr><td>Refrigerator(-80)</td><td>Panasonic Healthcare Co., Ltd</td><td>17060107</td><td></td></tr><tr><td>T100 Thermal Cycler</td><td>Bio-Rad</td><td>1861096</td><td>thermal cycler</td></tr><tr><td>Tanon EPS-600&nbsp;</td><td>Tanon</td><td>A-179047-2313</td><td>For electrophoresis</td></tr><tr><td>LabChip GX Touch HT</td><td>PerkinElmer</td><td>CLS138625</td><td>Library DNA fragment distribution detection, nucleic acid quality control analysis</td></tr><tr><td>Applied Biosystems QuantStudio 12K</td><td>Applied Biosystems</td><td>4485694</td><td>Quantification library</td></tr><tr><td>Illumina Novaseq6000</td><td>Illumina&nbsp;</td><td></td><td>Library sequencing</td></tr><tr><td>Materials:</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Gloves</td><td>Any</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>aerosol barrier tip 10 &mu;L</td><td>Axygen</td><td>TF-300-R-S</td><td></td></tr><tr><td>aerosol barrier tip 20&mu;L</td><td>Axygen</td><td>TF-20-R-S</td><td></td></tr><tr><td>aerosol barrier tip 200&mu;L</td><td>Axygen</td><td>TF-200-R-S</td><td></td></tr><tr><td>aerosol barrier tipr 1000&mu;L</td><td>Axygen</td><td>TF-1000-R-S</td><td></td></tr><tr><td>centrifuge tube 1.5 ml</td><td>Axygen</td><td>MCT-150-C</td><td></td></tr><tr><td>Corning 96-well Black/Clear Flat Bottom Microplate</td><td>Corning</td><td>3631</td><td></td></tr><tr><td>cotton stick</td><td>ZHENDE MEDICAL</td><td>76606</td><td></td></tr><tr><td>DNeasy PowerSoil Kit</td><td>QIAGEN&nbsp;</td><td>12888-100</td><td>For DNA extraction</td></tr><tr><td>enzyme-free centrifuge tube 1.5 ml</td><td>USA SCIENTIFIC</td><td>1415-2600</td><td></td></tr><tr><td>ethanol</td><td>Tianjin Yongda Chemical Reagent Company Limited</td><td>64-17-5</td><td></td></tr><tr><td>hard tubes(5 ml)</td><td>DHS Life Science</td><td>0401261-17</td><td></td></tr><tr><td>Hot Master Mix&nbsp;</td><td>Quanta Bio</td><td>2200400</td><td></td></tr><tr><td>microcentrifuge tube 2.0 ml</td><td>Axygen</td><td>MCT-200-C-S</td><td></td></tr><tr><td>PCR Water</td><td>QIAGEN&nbsp;</td><td>17000-10</td><td></td></tr><tr><td>QIAquick Gel Extraction Kit&nbsp;</td><td>QIAGEN</td><td>28704</td><td>For gel extraction</td></tr><tr><td>Quant-iT dsDNA Assay Kits,Broad Range</td><td>Invitrogen</td><td>Q33130</td><td>For concentration determination of the amplified products and the purified amplicon libraries</td></tr><tr><td>square petri dish</td><td>Changde Bkman Biotechnology Co.,Ltd</td><td>110301014</td><td></td></tr><tr><td>steel beads</td><td>Shangyu Yixin Ball Industry Co., Ltd.</td><td>YXB36985</td><td></td></tr><tr><td>sodium hypochlorite solution</td><td>Tianjin Beilian Fine Chemicals Development Co., Ltd&nbsp;</td><td>7681-52-9</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Nachuan Biotechnology Studio</td><td>9005-64-5</td><td></td></tr><tr><td>Dual Protocol DNA High Sens Reagent Kit</td><td>PerkinElmer</td><td>CLS760672</td><td>DNA library detection</td></tr><tr><td>VAHTS Library Quantification Kit for Illumina</td><td>Vazyme Biotech Co., Ltd</td><td>NQ104</td><td>Quantification library</td></tr></tbody></table>

een workflow voor de kwantitatieve beoordeling van de endofytische en epifytische bacteriële microbiomen van de schors van populus trichocarpa

A Workflow for the Quantitative Assessment of the Endophytic and Epiphytic Bacterial Microbiomes of the Bark of Populus trichocarpa

Een workflow voor de kwantitatieve beoordeling van de endofytische en epifytische bacteriële microbiomen van de schors van Populus trichocarpa

Microorganisms colonizing plant surfaces and internal tissues may possess beneficial functions in promoting plant growth and health. However, information ...

a-workflow-for-quantitative-assessment-endophytic-epiphytic-bacterial

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

We bieden een techniek om intact boomfloëem te behouden en het voor te bereiden op observatie. We creëren een apparaat genaamd een floëemsandwich dat het mogelijk maakt om geleedpotigen, microben en andere organismen die in floëemweefsels leven te introduceren en observeren.

Techniek voor het bestuderen van geleedpotigen en microbiële gemeenschappen binnen Tree Tissues

Een hele cel bioreporter test met Burkholderia sartisoli RP037-mChe is ontwikkeld om fracties van een organische verontreiniging (dwz fluoreen-) beschikbaar voor bacteriële degradatie na actief transport door mycelium overbruggen met lucht gevulde poriën in een water onverzadigd modelsysteem detecteren.

A Whole Cell Bioreporter Aanpak Verkeer en biologische beschikbaarheid van organische stoffen te evalueren in Water Onverzadigde Systems

Hier beschrijven we een protocol om amplicon reeks gegevens van bodem, rhizosfeer en wortel endosphere microbiomes te verkrijgen. Deze informatie kan worden gebruikt voor het onderzoeken van de samenstelling en de diversiteit van de plant-geassocieerde microbiële gemeenschappen, en is geschikt voor het gebruik met een breed scala van plantensoorten.

Verkennen van de wortel Microbiome: extraheren van gegevens van de bacteriële Gemeenschap uit de bodem, de rhizosfeer, en de wortel Endosphere

Opgraving van plantenwortels uit het veld en verwerking van de monsters in endosphere, rhizosfeer en bodem worden in detail, met inbegrip van DNA-extractie en gegevens analysemethoden beschreven. Dit document is bedoeld om andere laboratoria maken gebruik van deze technieken voor de studie van de bodem, endosphere en microbiomes van de rhizosfeer.

Isolatie en analyse van microbiële gemeenschappen in bodem, rhizosfeer en wortels in de overblijvende gras experimenten

Hier beschrijven we een hydroponische plantengroei test om de aanwezigheid van soorten te kwantificeren en de ruimtelijke verdeling van bacteriën te visualiseren tijdens de initiële kolonisatie van planten wortels en na hun overdracht in verschillende groei omgevingen.

Monitoring van bacteriële kolonisatie en onderhoud op Arabidopsis thaliana wortels in een drijvend Hydroponisch systeem

We beschrijven hoe de geleedpotigen van de Leaf-woning worden gekwantificeerde door de bladeren en het einde van de takken in een zak te verzegelen, het zakmateriaal op te knippen en te bevriezen en het eerder bevroren materiaal in water te spoelen om geleedpotigen van het substraat te scheiden voor kwantificering.

Een methode voor het kwantificeren van gebladerte geleedpotigen

We beschrijven een semi-kwantitatieve benadering van het meten van kenmerken van corticolous (schors-woning) geleedpotigen Gemeenschappen. We plaatsten in commercieel vervaardigde kleverige vallen op boom Bolen om de overvloed, totale lengte (een surrogaat naar biomassa), rijkdom en de diversiteit van Shannon te schatten voor de vergelijking tussen boomsoorten.

Het kwantificeren van Corticoleuze geleedpotigen met plak vallen

Producten op basis van glyfosaat (GBP) zijn wereldwijd de meest voorkomende breedspectrumherbiciden. In dit artikel introduceren we algemene richtlijnen om het effect van GBP op microbiomen te kwantificeren, van veldexperimenten tot bioinformatica-analyses.

Kwantificering van de potentiële impact van producten op basis van glyfosaat op microbiomen

Het protocol beschrijft hier de methoden voor de beoordeling van de arbusculaire mycorrhiza kolonisatiepatronen en strategie in wortels voor twee soorten: Zea mays en Festuca rubra. Het gebruik van de MycoPatt-methode maakt de berekening van parameters, de conversie van mycorrhizastructuren in digitale gegevens en het in kaart brengen van hun werkelijke positie in wortels mogelijk.

Mycorrhiza-kaarten als hulpmiddel om kolonisatiepatronen en schimmelstrategieën in de wortels van Festuca rubra en Zea mays te verkennen

We stellen een geoptimaliseerd Scanning Electron Microscopie-protocol voor voor het visualiseren van zeer heterogene en delicate monsters die planten- en schimmelbiomassa bevatten, samen met microbiota en biofilm. Dit protocol maakt het mogelijk om de ruimtelijke dimensies van de microbiota-organisatie te beschrijven.

Microbiota van attine mierentuinen: visualisatie van een microbieel landschap door scanning elektronenmicroscopie

Dit protocol levert een modulaire BSL-2 workflow die kristal-violet biomassa-assays, time-lapse fase-contrast kinetiek, confocale 3D/matrix mapping, SEM-ultrastructuur en een in vivo hamsterinfectiemodule combineert om de functionele rol van Leptospira biofilm te cultiveren, kwantificeren, karakteriseren en onderzoeken, waardoor gestandaardiseerde evaluatie van mutanten en anti-biofilminterventies in laboratoria mogelijk is.

Een modulaire workflow voor kwantitatieve, structurele en functionele analyse van leptospira-biofilms

Leer een workflow voor kwantitatieve beoordeling van endofytische en epifytische bacteriële microbiomen in de schors van Populus trichocarpa. Dit protocol beschrijft monsters, DNA-extractie en sequencing.

Een workflow voor de kwantitatieve beoordeling van de endofytische en epifytische bacteriële microbiomen van de schors van Populus trichocarpa (Video) | JoVE Journal

Een workflow voor de kwantitatieve beoordeling van de endofytische en epifytische bacteriële microbiomen van de schors van Populus trichocarpa

Meer video's verkennen