Name: Toepassing van ongecontroleerde multi-omische factoranalyse om patronen van variatie en moleculaire processen die verband houden met hart- en vaatziekten bloot te leggen (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-09-20T13:10:00.000+00:00
Duration: 8 min 51 s
Description: Leer ongecontroleerde multi-omische factoranalyse om patronen van variatie en moleculaire processen bij hart- en vaatziekten te onthullen. Deze methode koppelt multi-omics data aan klinische uitkomsten.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>Ongecontroleerde analyse van multi-omics-gegevens bij coronaire syndromen met behulp van MOFA

<ol><li>Lähnemann, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Eleven+grand+challenges+in+single-cell+data+science%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Eleven grand challenges in single-cell data science.</a> Genome Biol. 21 (1), 31(2020).</li>
<li>Colomé-Tatché, M., Theis, F. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Statistical+single+cell+multi-omics+integration%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Syst+Biol%22%5BJournal%5D)">Statistical single cell multi-omics integration.</a> Curr Opin Syst Biol. 7, 54-59 (2018).</li>
<li>Hawe, J., Theis, F., Heinig, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inferring+interaction+networks+from+multi-omics+data%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Genet%22%5BJournal%5D)">Inferring interaction networks from multi-omics data.</a> Front Genet. 10, 535(2019).</li>
<li>Hawe, J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Network+reconstruction+for+trans+acting+genetic+loci+using+multi-omics+data+and+prior+information%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Med%22%5BJournal%5D)">Network reconstruction for trans acting genetic loci using multi-omics data and prior information.</a> Genome Med. 14 (1), 125(2022).</li>
<li>Koh, H. W. L., Fermin, D., Vogel, C., Choi, K. P., Ewing, R. M., Choi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((iOmicsPASS%3A+network-based+integration+of+multiomics+data+for+predictive+subnetwork+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22NPJ+Syst+Biol+Appl%22%5BJournal%5D)">iOmicsPASS: network-based integration of multiomics data for predictive subnetwork discovery.</a> NPJ Syst Biol Appl. 5, 22(2019).</li>
<li>Ogris, C., Hu, Y., Arloth, J., Müller, N. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Versatile+knowledge+guided+network+inference+method+for+prioritizing+key+regulatory+factors+in+multi-omics+data%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Versatile knowledge guided network inference method for prioritizing key regulatory factors in multi-omics data.</a> Sci Rep. 11, 6806(2021).</li>
<li>Lee, C., vander Schaar, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+variational+information+bottleneck+approach+to+multi-omics+data+integration%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+The+24th+International+Conference+on+Artificial+Intelligence+and+Statistics%22%5BJournal%5D)">A variational information bottleneck approach to multi-omics data integration.</a> Proceedings of The 24th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics. 130, 1513-1521 (2021).</li>
<li>Singh, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DIABLO%3A+an+integrative+approach+for+identifying+key+molecular+drivers+from+multi-omics+assays%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">DIABLO: an integrative approach for identifying key molecular drivers from multi-omics assays.</a> Bioinformatics. 35 (17), 3055-3062 (2019).</li>
<li>Argelaguet, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multi-omics+factor+analysis-a+framework+for+unsupervised+integration+of+multi-omics+data+sets%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Syst+Biol%22%5BJournal%5D)">Multi-omics factor analysis-a framework for unsupervised integration of multi-omics data sets.</a> Mol Syst Biol. 14 (6), e8124(2018).</li>
<li>Cantini, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Benchmarking+joint+multi-omics+dimensionality+reduction+approaches+for+the+study+of+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Commun%22%5BJournal%5D)">Benchmarking joint multi-omics dimensionality reduction approaches for the study of cancer.</a> Nature Commun. 12 (1), 124(2021).</li>
<li>Pekayvaz, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiomic+analyses+uncover+immunological+signatures+in+acute+and+chronic+coronary+syndromes%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Medicine%22%5BJournal%5D)">Multiomic analyses uncover immunological signatures in acute and chronic coronary syndromes.</a> Nature Medicine. 30 (6), 1696-1710 (2024).</li>
<li>Swirski, F. K., Nahrendorf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cardioimmunology%3A+the+immune+system+in+cardiac+homeostasis+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Cardioimmunology: the immune system in cardiac homeostasis and disease.</a> Nat Rev Immunol. 18 (12), 733-744 (2018).</li>
<li>Janjic, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prime-seq%2C+efficient+and+powerful+bulk+RNA+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Prime-seq, efficient and powerful bulk RNA sequencing.</a> Genome Biol. 23 (1), 88(2022).</li>
<li>Wolf, F. A., Angerer, P., Theis, F. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SCANPY%3A+large-scale+single-cell+gene+expression+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">SCANPY: large-scale single-cell gene expression data analysis.</a> Genome Biol. 19 (1), 15(2018).</li>
<li>Cao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrated+analysis+of+multimodal+single-cell+data+with+structural+similarity%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Integrated analysis of multimodal single-cell data with structural similarity.</a> Nucleic Acids Res. 50 (21), e121(2022).</li>
<li>Get Started - JupyterLab 4.1.0a4 documentation. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://jupyterlab.readthedocs.io/en/latest/getting_started/overview.html">https://jupyterlab.readthedocs.io/en/latest/getting_started/overview.html</a> (2024).</li>
<li>MOFA2: training a model in R. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://raw.githack.com/bioFAM/MOFA2_tutorials/master/R_tutorials/getting_started_R.html">https://raw.githack.com/bioFAM/MOFA2_tutorials/master/R_tutorials/getting_started_R.html</a> (2020).</li>
<li>De Silva, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Robust+T+cell+activation+requires+an+eIF3-driven+burst+in+T+cell+receptor+translation%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">Robust T cell activation requires an eIF3-driven burst in T cell receptor translation.</a> eLife. 10, e74272(2021).</li>
<li>Li, G., Liang, X., Lotze, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HMGB1%3A+The+central+cytokine+for+all+lymphoid+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Immunol%22%5BJournal%5D)">HMGB1: The central cytokine for all lymphoid cells.</a> Front Immunol. 4, 68(2013).</li>
<li>Jassal, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+reactome+pathway+knowledgebase%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The reactome pathway knowledgebase.</a> Nucleic Acids Res. 48 (D1), D498-D503 (2020).</li>
<li>Argelaguet, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MOFA%2B%3A+a+statistical+framework+for+comprehensive+integration+of+multimodal+single-cell+data%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">MOFA+: a statistical framework for comprehensive integration of multimodal single-cell data.</a> Genome Biol. 21 (1), 111(2020).</li>
<li>Velten, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identifying+temporal+and+spatial+patterns+of+variation+from+multimodal+data+using+MEFISTO%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Identifying temporal and spatial patterns of variation from multimodal data using MEFISTO.</a> Nat Methods. 19 (2), 179-186 (2022).</li>
<li>Qoku, A., Buettner, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Encoding+domain+knowledge+in+multi-view+latent+variable+models%3A+A+Bayesian+approach+with+structured+sparsity%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+The+26th+International+Conference+on+Artificial+Intelligence+and+Statistics%22%5BJournal%5D)">Encoding domain knowledge in multi-view latent variable models: A Bayesian approach with structured sparsity.</a> Proceedings of The 26th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics. 206, 11545-11562 (2022).</li>
<li>Multi-Omics Factor Analysis. MOFA. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://biofam.github.io/MOFA2/">https://biofam.github.io/MOFA2/</a> (2024).</li>
<li>Mitchel, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tensor+decomposition+reveals+coordinated+multicellular+patterns+of+transcriptional+variation+that+distinguish+and+stratify+disease+individuals%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Tensor decomposition reveals coordinated multicellular patterns of transcriptional variation that distinguish and stratify disease individuals.</a> bioRxiv. , (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Apptainer</td><td>NA</td><td>NA</td><td>https://apptainer.org/docs/admin/main/installation.html</td></tr><tr><td>Compute server of werkstation of cloud&nbsp; (Linux, Mac of Windows omgeving). Afhankelijk van de grootte van de verschillende input datasets raden we aan om de workflow op een geschikte machine uit te voeren (in onze setting gebruiken we: 16 CPU, 64GB Geheugen)</td><td>Elke fabrikant</td><td>16 CPU, 64GB Geheugen</td><td>Groot geheugen is alleen nodig voor de verwerking van de ruwe single cell data. Na pre-processing kunnen de latere analyse stappen ook worden uitgevoerd op reguliere desktop- of laptopcomputers</td></tr><tr><td>git</td><td>NA</td><td>NA</td><td>https://git-scm.com/book/en/v2/Getting-Started-Installing-Git</td></tr><tr><td>GitHub</td><td>GitHub</td><td>NA</td><td>https://github.com/heiniglab/mofa_workflow</td></tr></tbody></table>

toepassing van ongecontroleerde multi-omische factoranalyse om patronen van variatie en moleculaire processen die verband houden met hart- en vaatziekten bloot te leggen

Application of Unsupervised Multi-Omic Factor Analysis to Uncover Patterns of Variation and Molecular Processes Linked to Cardiovascular Disease

Toepassing van ongecontroleerde multi-omische factoranalyse om patronen van variatie en moleculaire processen die verband houden met hart- en vaatziekten bloot te leggen

Disease mechanisms are usually complex and governed by the interaction of several distinct molecular processes. Complex, multidimensional datasets are a ...

application-unsupervised-multi-omic-factor-analysis-to-uncover

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetica

DeepOmicsAE is een workflow die is gericht op de toepassing van een deep learning-methode (d.w.z. een auto-encoder) om de dimensionaliteit van multi-omics-gegevens te verminderen en een basis te leggen voor voorspellende modellen en signaleringsmodules die meerdere lagen omics-gegevens vertegenwoordigen.

DeepOmicsAE: weergave van signaalmodules bij de ziekte van Alzheimer met Deep Learning-analyse van proteomics, metabolomics en klinische gegevens

Hier beschrijven we een protocol voor het gebruik van in vivo vierdimensionale echografie en ex vivo massaspectrometriebeeldvorming om biomechanische en biomoleculaire veranderingen in het cardiovasculaire systeem van muizen te beoordelen. Deze techniek wordt toegepast om cardiale remodellering te analyseren bij chirurgisch geïnduceerd myocardinfarct en vasculaire veranderingen bij ouder wordende dieren.

Multimodale studie van cardiovasculaire remodellering bij muizen: vierdimensionale echografie en massaspectrometriebeeldvorming

Hier presenteren we protocollen voor humane celcultuur om factoren voor translatie-initiatie te analyseren die zich binden aan de 5' dop van mRNA tijdens fysiologische zuurstofcondities. Deze methode maakt gebruik van een agarose-gekoppelde m7GTP dop-analogon en is geschikt om dop-bindende factoren en hun interacterende partners te onderzoeken.

Analyse van Cap-bindende eiwitten in menselijke cellen blootgesteld aan Physiological Oxygen Voorwaarden

Oögenese bij zoogdieren is bekend dat zij vergissing-geneigd, met name als gevolg van chromosoom missegregation. Dit manuscript chromatine verspreid voorbereiding worden methoden beschreven voor muis profase, metafase I en II-geënsceneerde eicellen. Deze fundamentele technieken toestaan voor de studie van chromatine-gebonden eiwitten en chromosoom morfologie in zoogdieren oögenese.

Chromatine verspreid preparaten voor de analyse van muis oöcyt progressie van profase naar metafase II

Dit protocol beschrijft het combinatorische gebruik van ChIP-seq, 4sU-seq en totaal RNA-seq ribosoom profilering voor cellijnen en primaire cellen. Hierdoor wijzigingen bijhouden in transcriptiefactor bindend, DOVO transcriptie, RNA-verwerking, omzet en vertaling na verloop van tijd, en de algemene gang van zaken in geactiveerd en/of snel veranderende cellen weer te geven.

Real-time analyse van transcriptiefactor bindend, transcriptie, vertaling en omzet globale u gebeurtenissen wilt weergeven tijdens de activatie van de cellulaire

In dit protocol is baculovirus geproduceerd door voorbijgaande transfectie van baculovirus plasmide in Sf9 cellen en versterkt in een serumvrij schorsing cultuur. De bovendrijvende substantie is gezuiverd door de chromatografie van de affiniteit van heparine en verder geconcentreerd door ultracentrifugatie. Dit protocol is handig voor de productie en zuivering van baculovirus voor gen-therapie-toepassing.

Productie en zuivering van Baculovirus voor toepassing van de gentherapie

Hier presenteren we een protocol te analyseren van cel naar cel overdracht van oscillerende informatie door optogenetic control en live monitoring van genexpressie. Deze aanpak biedt een uniek platform om te testen een functionele betekenis van dynamische gen expressie programma's in meercellige systemen.

Een Optogenetic methode te controleren en analyseren van gen expressiepatronen in cel-naar-cel interacties

Gerichte volgende-generatie rangschikken is een tijd - en kostenbesparende aanpak die wordt steeds populairder in zowel ziekteonderzoek en klinische diagnostiek. Het protocol beschreven hier presenteert de complexe workflow vereist voor het rangschikken en het proces van de bioinformatica gebruikt ter identificatie van de genetische varianten die aan de ziekte bijdragen.

Next-generation Sequencing en Bioinformatics pijpleiding om te evalueren van genetische determinanten van constitutionele ziekte gericht

Bulk gen expressie metingen wolk individuele cel verschillen in heterogene cel populaties. Hier beschrijven we een protocol voor hoe eencellige gen expressie analyse en index Sorteren door bloeien geactiveerd Cell Sorting (FACS) kan worden gecombineerd om te bakenen heterogeniteit en immunophenotypically karakteriseren moleculair afzonderlijke cel populaties.

Een combinatorische eencellige aanpak te karakteriseren de moleculaire en Immunophenotypic heterogeniteit van menselijke stamcellen en voorlopercellen populaties

Aminozuur-niveau signal-to-noise analyse bepaalt de prevalentie van genetische variatie op de positie van een bepaald aminozuur genormaliseerd naar de genetische variatie van de achtergrond van een bepaalde populatie. Dit zorgt voor de identificatie van de variant "hotspots" binnen een eiwit-reeks (signaal) die stijgt tot boven de frequentie van de zeldzame varianten gevonden in een populatie (lawaai).

Bepaling van de waarschijnlijkheid van Variant pathogeniteit met behulp van aminozuur-niveau Signal-to-Noise analyse van genetische variatie

Leer ongecontroleerde multi-omische factoranalyse om patronen van variatie en moleculaire processen bij hart- en vaatziekten te onthullen. Deze methode koppelt multi-omics data aan klinische uitkomsten.

Toepassing van ongecontroleerde multi-omische factoranalyse om patronen van variatie en moleculaire processen die verband houden met hart- en vaatziekten bloot te leggen (Video) | JoVE Journal

Toepassing van ongecontroleerde multi-omische factoranalyse om patronen van variatie en moleculaire processen die verband houden met hart- en vaatziekten bloot te leggen

Meer video's verkennen