Name: Elektroforetische analyse van replicatie door middel van structuurgevoelige DNA-herhalingen binnen het op SV40 gebaseerde menselijke episoom (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-09-13T15:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 22 s
Description: Leer hoe u DNA-replicatie analyseert van instabiele pathogene herhalingen in menselijke cellen met tweedimensionale gelelektroforese. Deze methode helpt onderzoekers replicatievorkstilstand en expansiemechanismen te bestuderen.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>2D-gelelektroforese voor het analyseren van DNA-replicatie en het vastlopen van vorken

<ol><li>Liao, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Repetitive+DNA+sequence+detection+and+its+role+in+the+human+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Repetitive DNA sequence detection and its role in the human genome.</a> Commun Biol. 6 (1), 1-21 (2023).</li>
<li>Fotsing, S. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+impact+of+short+tandem+repeat+variation+on+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">The impact of short tandem repeat variation on gene expression.</a> Nat Genet. 51 (11), 1652-1659 (2019).</li>
<li>Fan, H., Chu, J. -Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+brief+review+of+short+tandem+repeat+mutation%5BTitle%5D)+AND+%22GPB%22%5BJournal%5D)">A brief review of short tandem repeat mutation.</a> GPB. 5 (1), 7-14 (2007).</li>
<li>Khristich, A. N., Mirkin, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((On+the+wrong+DNA+track%3A+Molecular+mechanisms+of+repeat-mediated+genome+instability%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">On the wrong DNA track: Molecular mechanisms of repeat-mediated genome instability.</a> J Biol Chem. 295 (13), 4134-4170 (2020).</li>
<li>Samadashwily, G. M., Raca, G., Mirkin, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Trinucleotide+repeats+affect+DNA+replication+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Trinucleotide repeats affect DNA replication in vivo.</a> Nat Genet. 17 (3), 298-304 (1997).</li>
<li>Khristich, A. N., Armenia, J. F., Matera, R. M., Kolchinski, A. A., Mirkin, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Large-scale+contractions+of+Friedreich%27s+ataxia+GAA+repeats+in+yeast+occur+during+DNA+replication+due+to+their+triplex-forming+ability%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Large-scale contractions of Friedreich's ataxia GAA repeats in yeast occur during DNA replication due to their triplex-forming ability.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 117 (3), 1628-1637 (2020).</li>
<li>Shishkin, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Large-scale+expansions+of+Friedreich%27s+ataxia+GAA+repeats+in+yeast%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Large-scale expansions of Friedreich's ataxia GAA repeats in yeast.</a> Mol Cell. 35 (1), 82-92 (2009).</li>
<li>Sundararajan, R., Gellon, L., Zunder, R. M., Freudenreich, C. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Double-strand+break+repair+pathways+protect+against+CAG%2FCTG+repeat+expansions%2C+contractions+and+repeat-mediated+chromosomal+fragility+in+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">Double-strand break repair pathways protect against CAG/CTG repeat expansions, contractions and repeat-mediated chromosomal fragility in Saccharomyces cerevisiae.</a> Genetics. 184 (1), 65-77 (2010).</li>
<li>Kim, H. -M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromosome+fragility+at+GAA+tracts+in+yeast+depends+on+repeat+orientation+and+requires+mismatch+repair%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Chromosome fragility at GAA tracts in yeast depends on repeat orientation and requires mismatch repair.</a> EMBO J. 27 (21), 2896-2906 (2008).</li>
<li>Polleys, E. J., House, N. C. M., Freudenreich, C. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+recombination+and+replication+fork+restart+in+repeat+instability%5BTitle%5D)+AND+%22DNA+Repair%22%5BJournal%5D)">Role of recombination and replication fork restart in repeat instability.</a> DNA Repair. 56, 156-165 (2017).</li>
<li>Gold, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Restarted+replication+forks+are+error-prone+and+cause+CAG+repeat+expansions+and+contractions%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">Restarted replication forks are error-prone and cause CAG repeat expansions and contractions.</a> PLoS Genet. 17 (10), e1009863(2021).</li>
<li>Lambert, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Homologous+recombination+restarts+blocked+replication+forks+at+the+expense+of+genome+rearrangements+by+template+exchange%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Homologous recombination restarts blocked replication forks at the expense of genome rearrangements by template exchange.</a> Mol Cell. 39 (3), 346-359 (2010).</li>
<li>Burssed, B., Zamariolli, M., Bellucco, F. T., Melaragno, M. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+of+structural+chromosomal+rearrangement+formation%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cytogenet%22%5BJournal%5D)">Mechanisms of structural chromosomal rearrangement formation.</a> Mol Cytogenet. 15 (1), 23(2022).</li>
<li>Paulson, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Repeat+expansion+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Handb+Clin+Neurol%22%5BJournal%5D)">Repeat expansion diseases.</a> Handb Clin Neurol. 147, 105-123 (2018).</li>
<li>Malik, I., Kelley, C. P., Wang, E., Todd, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+mechanisms+underlying+nucleotide+repeat+expansion+disorders%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Molecular mechanisms underlying nucleotide repeat expansion disorders.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 22 (9), 589-607 (2021).</li>
<li>Emanuel, B. S., Zackai, E. H., Medne, L. Emanuel Syndrome. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aEmanuel%2C+BS+%22GeneReviews%C2%AE%22">GeneReviews®</a>. Adam, M. P. , University of Washington. Seattle, Seattle, WA. (1993).</li>
<li>Brewer, B. J., Fangman, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+localization+of+replication+origins+on+ARS+plasmids+in+S.+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">The localization of replication origins on ARS plasmids in S. cerevisiae.</a> Cell. 51 (3), 463-471 (1987).</li>
<li>Bell, L., Byers, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Separation+of+branched+from+linear+DNA+by+two-dimensional+gel+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">Separation of branched from linear DNA by two-dimensional gel electrophoresis.</a> Anal Biochem. 130 (2), 527-535 (1983).</li>
<li>Voineagu, I., Narayanan, V., Lobachev, K. S., Mirkin, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Replication+stalling+at+unstable+inverted+repeats%3A+Interplay+between+DNA+hairpins+and+fork+stabilizing+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Replication stalling at unstable inverted repeats: Interplay between DNA hairpins and fork stabilizing proteins.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 105 (29), 9936-9941 (2008).</li>
<li>Nguyen, J. H. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+requirement+of+Srs2+helicase+and+Rad51+displacement+activities+in+replication+of+hairpin-forming+CAG%2FCTG+repeats%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Differential requirement of Srs2 helicase and Rad51 displacement activities in replication of hairpin-forming CAG/CTG repeats.</a> Nucleic Acids Res. 45 (8), 4519-4531 (2017).</li>
<li>Krasilnikova, M. M., Mirkin, S. M. Analysis of triplet repeat replication by two-dimensional gel electrophoresis. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKrasilnikova%2C+MM+%22Trinucleotide+Repeat+Protocols%22">Trinucleotide Repeat Protocols</a>. Kohwi, Y. , Humana Press. Totowa, NJ. (2004).</li>
<li>Follonier, C., Oehler, J., Herrador, R., Lopes, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Friedreich%27s+ataxia-associated+GAA+repeats+induce+replication-fork+reversal+and+unusual+molecular+junctions%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Friedreich's ataxia-associated GAA repeats induce replication-fork reversal and unusual molecular junctions.</a> Nat Struct Mol Biol. 20 (4), 486-494 (2013).</li>
<li>Chandok, G. S., Patel, M. P., Mirkin, S. M., Krasilnikova, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+Friedreich%27s+ataxia+GAA+repeats+on+DNA+replication+in+mammalian+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Effects of Friedreich's ataxia GAA repeats on DNA replication in mammalian cells.</a> Nucleic Acids Res. 40 (9), 3964-3974 (2012).</li>
<li>Rastokina, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Large-scale+expansions+of+Friedreich%27s+ataxia+GAA%E2%80%A2TTC+repeats+in+an+experimental+human+system%3A+role+of+DNA+replication+and+prevention+by+LNA-DNA+oligonucleotides+and+PNA+oligomers%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Large-scale expansions of Friedreich's ataxia GAA•TTC repeats in an experimental human system: role of DNA replication and prevention by LNA-DNA oligonucleotides and PNA oligomers.</a> Nucleic Acids Res. 51 (16), 8532-8549 (2023).</li>
<li>Giannattasio, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualization+of+recombination-mediated+damage-bypass+by+template+switching%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Visualization of recombination-mediated damage-bypass by template switching.</a> Nat Struct Mol Biol. 21 (10), 884-892 (2014).</li>
<li>Hisey, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pathogenic+CANVAS+%28AAGGG%29n+repeats+stall+DNA+replication+due+to+the+formation+of+alternative+DNA+structures%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Pathogenic CANVAS (AAGGG)n repeats stall DNA replication due to the formation of alternative DNA structures.</a> Nucleic Acids Res. 52 (8), 4361-4374 (2024).</li>
<li>Kalejta, R. F., Lin, H. B., Dijkwel, P. A., Hamlin, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterizing+replication+intermediates+in+the+amplified+CHO+dihydrofolate+reductase+domain+by+two+novel+gel+electrophoretic+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Characterizing replication intermediates in the amplified CHO dihydrofolate reductase domain by two novel gel electrophoretic techniques.</a> Mol Cell Biol. 16 (9), 4923-4931 (1996).</li>
<li>Little, R. D., Platt, T. H., Schildkraut, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Initiation+and+termination+of+DNA+replication+in+human+rRNA+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Initiation and termination of DNA replication in human rRNA genes.</a> Mol Cell Biol. 13 (10), 6600-6613 (1993).</li>
<li>Fanning, E., Zhao, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SV40+DNA+replication%3A+From+the+A+gene+to+a+nanomachine%5BTitle%5D)+AND+%22Virology%22%5BJournal%5D)">SV40 DNA replication: From the A gene to a nanomachine.</a> Virology. 384 (2), 352-359 (2009).</li>
<li>Sogo, J. M., Stahl, H., Koller, T., Knippers, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+of+replicating+simian+virus+40+minichromosomes%3A+The+replication+fork%2C+core+histone+segregation+and+terminal+structures%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Structure of replicating simian virus 40 minichromosomes: The replication fork, core histone segregation and terminal structures.</a> J Mol Biol. 189 (1), 189-204 (1986).</li>
<li>Weisshart, K., Taneja, P., Fanning, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+replication+protein+A+binding+site+in+simian+virus+40+%28SV40%29+T+antigen+and+its+role+in+the+initial+steps+of+SV40+DNA+replication%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">The replication protein A binding site in simian virus 40 (SV40) T antigen and its role in the initial steps of SV40 DNA replication.</a> J Virol. 72 (12), 9771-9781 (1998).</li>
<li>Sowd, G. A., Fanning, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Wolf+in+sheep%27s+clothing%3A+SV40+co-opts+host+genome+maintenance+proteins+to+replicate+viral+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">A Wolf in sheep's clothing: SV40 co-opts host genome maintenance proteins to replicate viral DNA.</a> PLoS Pathog. 8 (11), e1002994(2012).</li>
<li>National Library of Medicine: National Center for Biotechnology Information. BLAST: Basic Local Alignment Search Tool. , 
 <a target="_blank" href="https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a> (2024).</li>
<li>Hirt, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selective+extraction+of+polyoma+DNA+from+infected+mouse+cell+cultures%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Selective extraction of polyoma DNA from infected mouse cell cultures.</a> J Mol Biol. 26 (2), 365-369 (1967).</li>
<li>Lopes, M., Foiani, M., Sogo, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiple+mechanisms+control+chromosome+integrity+after+replication+fork+uncoupling+and+restart+at+irreparable+UV+lesions%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Multiple mechanisms control chromosome integrity after replication fork uncoupling and restart at irreparable UV lesions.</a> Mol Cell. 21 (1), 15-27 (2006).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>10x TBE Buffer</td><td>Bio Rad</td><td>1610733</td><td></td></tr><tr><td>20x SSC Buffer</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP1325-1</td><td></td></tr><tr><td>293T cells</td><td>ATCC</td><td>CRL-3216</td><td></td></tr><tr><td>a-32P dATP, 3000 Ci/mmol&nbsp;</td><td>Revvity</td><td>BLU512H250UC</td><td></td></tr><tr><td>Agarose</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP160-500</td><td></td></tr><tr><td>Amersham Hybond-N+</td><td>Fisher Scientific</td><td>RPN303B</td><td></td></tr><tr><td>BAS Storage Phosphor Screens</td><td>Fisher Scientific</td><td>28956482</td><td></td></tr><tr><td>Church and Gibert's hybriddization buffer</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-103-5408</td><td></td></tr><tr><td>DecaLabel DNA labeling kit</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>K0622</td><td></td></tr><tr><td>DMEM, high gluctose, GltaMAX Supplement, pyruvate</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>10569010</td><td></td></tr><tr><td>DpnI</td><td>New England Biolabs</td><td>R0176S</td><td>Aanvullende restrictie-enzymen moeten ook worden aangeschaft</td></tr><tr><td>EDTA 0.5 M, pH 8</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP2482500</td><td></td></tr><tr><td>Ethanol, 70%</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP82031GAL</td><td></td></tr><tr><td>Fetal Bovine Serum&nbsp;</td><td>VWR</td><td>97068-085</td><td></td></tr><tr><td>Hydrochloric acid solution, 12 M</td><td>Millipore Sigma</td><td>13-1683</td><td></td></tr><tr><td>Isopropanol</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP26184</td><td></td></tr><tr><td>jetPRIME DNA and siRNA Transfection Reagent with Buffer</td><td>VWR</td><td>101000027</td><td></td></tr><tr><td>MycoZap Plus-CL</td><td>VWR</td><td>75870-448</td><td></td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Millipore Sigma</td><td>746398-500G</td><td></td></tr><tr><td>Nalgene Oak Ridge High-Speed Centrifuge Tubes</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>3139-0050</td><td></td></tr><tr><td>Phosphate Buffer Saline, pH 7.4</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>10010023</td><td></td></tr><tr><td>Phosphate Buffer Saline, pH 7.5</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>10010024</td><td></td></tr><tr><td>Proteinase K</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>EO0491</td><td></td></tr><tr><td>Proteinase K</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>EO0492</td><td></td></tr><tr><td>Pure Cellulose Chromatography Paper</td><td>Fisher Scientific</td><td>05-714-4</td><td></td></tr><tr><td>Pure Cellulose Chromatography Paper</td><td>Fisher Scientific</td><td>05-714-5</td><td></td></tr><tr><td>Ruler</td><td>Fisher Scientific</td><td>09-016</td><td></td></tr><tr><td>Scalpel</td><td>Fisher Scientific</td><td>12-460-451</td><td></td></tr><tr><td>Sodium dodecyl sulfate</td><td>Millipore Sigma</td><td>436143-25G</td><td></td></tr><tr><td>Sodium hydroxide</td><td>Fisher Scientific</td><td>S25548</td><td></td></tr><tr><td>Sorval LYNX 4000 Superspeed Centrifuge</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>75006580</td><td></td></tr><tr><td>Sub-cell Horizontal Electrophoresis System</td><td>Bio Rad</td><td>1704401</td><td></td></tr><tr><td>TH13-6 x 50 Swinging Bucket Rotor</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>75003010</td><td></td></tr><tr><td>Tris-HCl 1 M, pH 7.5</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP1757-500</td><td></td></tr><tr><td>Trypsin-EDTA (0.25%), phenol red</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>25200056</td><td></td></tr></tbody></table>

elektroforetische analyse van replicatie door middel van structuurgevoelige dna-herhalingen binnen het op sv40 gebaseerde menselijke episoom

Electrophoretic Analysis of Replication Through Structure-Prone DNA Repeats Within the SV40-Based Human Episome

Elektroforetische analyse van replicatie door middel van structuurgevoelige DNA-herhalingen binnen het op SV40 gebaseerde menselijke episoom

Two-dimensional neutral/neutral gel-electrophoresis (2DGE) emerged as a benchmark technique to analyze DNA replication through natural impediments. This ...

electrophoretic-analysis-replication-through-structure-prone-dna

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetica

We presenteren een procedure waarbij twee-dimensionale agarose-gel analyse kan worden gebruikt om de structuur van de replicatie tussenproducten die optreden na UV-straling te identificeren.

Visualisatie van UV-geïnduceerde Replicatie Intermediates in E. coli Met behulp van twee-dimensionale Agarose gel-analyse

DT40, een model gewerveld genetisch systeem, biedt een krachtig hulpmiddel om eiwit functie te analyseren. Hier beschrijven we een eenvoudige methode die kwalitatieve analyse van de parameters die invloed hebben DNA-synthese in de S-fase in DT40-cellen op de single molecule-niveau mogelijk maakt.

Visualisatie van DNA-replicatie in de gewervelde Model Systeem DT40 met behulp van de DNA-Fiber Techniek

HIV-1-pathogenese wordt bepaald door zowel virale kenmerken als genetische factoren van de gastheer. Hier beschrijven we een robuuste methode die reproduceerbare metingen mogelijk maakt om de impact van de gag gensequentieverschil op de in vitro replicatiecapaciteit van het virus te beoordelen.

Een restrictie-enzym Based Klonen Methode om de Beoordelen<em&gt; In vitro</em&gt; Replicatie Capaciteit van HIV-1 Subtype C Gag-MJ4 Chimeric Virussen

Groeiconcurrentie tussen bijna isogene virussen biedt een gevoelige meting voor het bepalen van relatieve replicatiefitheid. De hier beschreven protocollen omvatten de constructie van recombinante HIV-1-klonen, viruspropagatie en groeiconcurrentie en analysemethoden geoptimaliseerd om gevoelige en consistente resultaten op te leveren.

Paarsgewijze Groei Competitie Assay voor het bepalen van de Replicatie Fitness van Human Immunodeficiency Virussen

We bieden een nieuwe strategie om virale replicatiecompartimenten (RC) te isoleren van adenovirus (Ad)-geïnfecteerde menselijke cellen. Deze aanpak vertegenwoordigt een celvrij systeem dat kan helpen om de moleculaire mechanismen die virale genoomreplicatie en -expressie reguleren, evenals de regulatie van virale-gastheerinteracties die in het RC worden gevestigd, te verduidelijken.

Isolatie van virale replicatie compartiment verrijkt Sub-nucleaire fracties uit adenovirus-geïnfecteerde normale menselijke cellen

We beschrijven een protocol voor het amplificeren van retrovirale integratieplaatsen vanuit het genomische DNA van geïnfecteerde cellen, het sequencen van de versterkte virus-gastheer grenzen, en vervolgens het in kaart brengen van deze sequenties naar een referentie-genoom. We beschrijven ook technieken om de verdeling van integratieplaatsen te kwantificeren ten opzichte van verschillende genomische annotaties met behulp van BEDTools.

Versterking, next-generation sequencing en Genomic DNA in kaart brengen van retrovirale integratie Sites

We beschrijven hier een relatief snelle en eenvoudige benadering voor het in kaart brengen van genoom-breed replicatietiming bij zoogdieren, van celisolatie tot de basisanalyse van de sequentieresultaten. Een genomische kaart van een representatief replicatieprogramma zal worden verstrekt volgens het protocol.

Genoom-brede analyse van zoogdieren Replication Timing door DNA Content Measurement

Het doel van dit protocol is te specifiek tag en selectief isoleren viraal DNA van geïnfecteerde cellen voor de karakterisatie van het virale genoom geassocieerde eiwitten.

Zuivering van viraal DNA voor de identificatie van geassocieerde virale en cellulaire eiwitten

Full-length individuele proviraal sequencing (FLIPS) een efficiënte en hoog-productie methode voorziet in de versterking en sequentiebepaling van één, in de buurt van full-length (intact en defecte) HIV-1 proviruses en zorgt voor de bepaling van hun potentieel replicatie-competentie. FLIPS overwint beperkingen van eerdere tests ontworpen om de volgorde van het latente reservoir van HIV-1.

Versterking van in de buurt van Full-length HIV-1 Proviruses voor Next-Generation Sequencing

Dit protocol presenteert een techniek voor het in kaart brengen van replicatielocaties met hoge resolutie in structureel geconserveerd chromatine in situ die een combinatie van pre-embedding EdU-streptavidin-Nanogold-labeling en ChromEMT gebruikt.

Imaging Replicative Domains in Ultrastructurally Preserved Chromatin door Electron Tomography

Verrijking en sequentiebepaling van proteïne-geassocieerd nieuwvormings-DNA (eSPAN) is ontwikkeld om de relatieve abundantie van een chromatine-geassocieerd eiwit op twee replicerende DNA-strengen te detecteren, waardoor moleculaire inzichten in chromatine-replicatie en de gekoppelde processen worden onthuld. Dit protocol beschrijft eSPAN-procedures in gist- en muis embryonale stamcellen (ES).

Strandspecifieke analyse van eiwitten bij replicatie van DNA-strengen door verrijking en sequentiebepaling van eiwit-geassocieerd naissant DNA-methode

Leer hoe u DNA-replicatie analyseert van instabiele pathogene herhalingen in menselijke cellen met tweedimensionale gelelektroforese. Deze methode helpt onderzoekers replicatievorkstilstand en expansiemechanismen te bestuderen.

Elektroforetische analyse van replicatie door middel van structuurgevoelige DNA-herhalingen binnen het op SV40 gebaseerde menselijke episoom (Video) | JoVE Journal

Elektroforetische analyse van replicatie door middel van structuurgevoelige DNA-herhalingen binnen het op SV40 gebaseerde menselijke episoom

Meer video's verkennen