Name: Extractie in één stap en zymografische analyse van bacteriële gelatinasen (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-01T12:40:00.000+00:00
Duration: 7 min 20 s
Description: Leer een gestroomlijnde methode voor het extraheren en karakteriseren van actieve gelatinasen uit Leptospira met behulp van zymografie. Dit protocol vereenvoudigt de isolatie van membraaneiwitten voor microbiologisch onderzoek.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

<ol><li>Yue, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biology+of+the+extracellular+matrix%5BTitle%5D)+AND+%22J+Glaucoma%22%5BJournal%5D)">Biology of the extracellular matrix.</a> J Glaucoma. 23 (8 Suppl 1), S20-S23 (2014).</li>
<li>Cabral-Pacheco, G. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+roles+of+matrix+metalloproteinases+and+their+inhibitors+in+human+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">The roles of matrix metalloproteinases and their inhibitors in human diseases.</a> Int J Mol Sci. 21 (24), 1-53 (2020).</li>
<li>Ambili, M., Jayasree, K., Sudhakaran, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((60K+gelatinase+involved+in+mammary+gland+involution+is+regulated+by+%CE%B2-oestradiol%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">60K gelatinase involved in mammary gland involution is regulated by β-oestradiol.</a> Biochim Biophys Acta. 1403 (3), 219-231 (1998).</li>
<li>Zhang, Y. -Z., Ran, L. -Y., Li, C. -Y., Chen, X. -L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diversity%2C+structures%2C+and+collagen-degrading+mechanisms+of+bacterial+collagenolytic+proteases%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Diversity, structures, and collagen-degrading mechanisms of bacterial collagenolytic proteases.</a> Appl Environ Microbiol. 81 (18), 6098-6107 (2015).</li>
<li>Duarte, A. S., Correia, A., Esteves, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+collagenases+-+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22Crit+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Bacterial collagenases - A review.</a> Crit Rev Microbiol. 42 (1), 106-126 (2016).</li>
<li>Madathiparambil, M. G., Cattavarayane, S., Perumana, S. R., Manickam, G. D., Sehgal, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Presence+of+46+kDa+gelatinase+on+the+outer+membrane+of+Leptospira%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Presence of 46 kDa gelatinase on the outer membrane of Leptospira.</a> Curr Microbiol. 62 (5), 1478-1482 (2011).</li>
<li>Kramer, R. A., Zandwijken, D., Egmond, M. R., Dekker, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+folding%2C+purification+and+characterization+of+Escherichia+coli+outer+membrane+protease+OmpT%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Biochem%22%5BJournal%5D)">In vitro folding, purification and characterization of Escherichia coli outer membrane protease OmpT.</a> Eur J Biochem. 267 (3), 885-893 (2000).</li>
<li>Kum, S. L., Ho, J. C. S., Parikh, A. N., Liedberg, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Amphiphilic+membrane+environments+regulate+enzymatic+behaviors+of+Salmonella+outer+membrane+protease%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Bio+Med+Chem+Au%22%5BJournal%5D)">Amphiphilic membrane environments regulate enzymatic behaviors of Salmonella outer membrane protease.</a> ACS Bio Med Chem Au. 2 (1), 73-83 (2022).</li>
<li>Sarma, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extracellular+proteome+analysis+shows+the+abundance+of+histidine+kinase+sensor+protein%2C+DNA+helicase%2C+putative+lipoprotein+containing+peptidase+M75+domain+and+peptidase+C39+domain+protein+in+Leptospira+interrogans+grown+in+EMJH+medium%5BTitle%5D)+AND+%22Pathogens%22%5BJournal%5D)">Extracellular proteome analysis shows the abundance of histidine kinase sensor protein, DNA helicase, putative lipoprotein containing peptidase M75 domain and peptidase C39 domain protein in Leptospira interrogans grown in EMJH medium.</a> Pathogens. 10 (7), 852(2021).</li>
<li>Seddon, A. M., Curnow, P., Booth, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Membrane+proteins%2C+lipids+and+detergents%3A+not+just+a+soap+opera%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">Membrane proteins, lipids and detergents: not just a soap opera.</a> Biochim Biophys Acta. 1666 (1-2), 105-117 (2004).</li>
<li>Levy, D., Gulik, A., Seigneuret, M., Rigaud, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phospholipid+vesicle+solubilization+and+reconstitution+by+detergents.+Symmetrical+analysis+of+the+two+processes+using+octaethylene+glycol+mono-n-dodecyl+ether%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Phospholipid vesicle solubilization and reconstitution by detergents. Symmetrical analysis of the two processes using octaethylene glycol mono-n-dodecyl ether.</a> Biochemistry. 29 (40), 9480-9488 (1990).</li>
<li>Lichtenberg, D., Ahyayauch, H., Alonso, A., Goñi, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detergent+solubilization+of+lipid+bilayers%3A+a+balance+of+driving+forces%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">Detergent solubilization of lipid bilayers: a balance of driving forces.</a> Trends Biochem Sci. 38 (2), 85-93 (2013).</li>
<li>Schägger, H., Cramer, W. A., von Jagow, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+molecular+masses+and+oligomeric+states+of+protein+complexes+by+blue+native+electrophoresis+and+isolation+of+membrane+protein+complexes+by+two-dimensional+native+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">Analysis of molecular masses and oligomeric states of protein complexes by blue native electrophoresis and isolation of membrane protein complexes by two-dimensional native electrophoresis.</a> Anal Biochem. 217 (2), 220-230 (1994).</li>
<li>Schägger, H., von Jagow, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Blue+native+electrophoresis+for+isolation+of+membrane+protein+complexes+in+enzymatically+active+form%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">Blue native electrophoresis for isolation of membrane protein complexes in enzymatically active form.</a> Anal Biochem. 199 (2), 223-231 (1991).</li>
<li>Zeug, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+microscopic+methods+for+the+neural+ECM+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Prog+Brain+Res%22%5BJournal%5D)">Current microscopic methods for the neural ECM analysis.</a> Prog Brain Res. 214, 287-312 (2014).</li>
<li>Madathiparambil, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+zymography+analysis+of+proteinase+activity+present+in+Leptospira%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Microbiol%22%5BJournal%5D)">A zymography analysis of proteinase activity present in Leptospira.</a> Curr Microbiol. 62 (3), 917-922 (2011).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>6-Aminocaproicacid</td><td>Merck</td><td>A2504</td><td></td></tr><tr><td>Azijnzuur</td><td>&nbsp; Sigma</td><td>&nbsp;695092</td><td></td></tr><tr><td>Aceton</td><td>&nbsp;&nbsp;Sigma</td><td>&nbsp;32201</td><td></td></tr><tr><td>Acrylamid</td><td>&nbsp;&nbsp;Sigma</td><td>&nbsp;A-3553</td><td></td></tr><tr><td>Ammoniumpersulfaat</td><td>&nbsp;&nbsp;Sigma</td><td>&nbsp;A-3678</td><td></td></tr><tr><td>Bis Acrylamide</td><td>&nbsp;&nbsp;Sigma</td><td>&nbsp;M7279</td><td></td></tr><tr><td>Bovine serum albumine fractie V (BSA)</td><td>&nbsp; Sigma</td><td>&nbsp;A-8022</td><td></td></tr><tr><td>Broomfenolblauw</td><td>&nbsp;&nbsp;Sigma</td><td>&nbsp;B-8026</td><td></td></tr><tr><td>CaCl2</td><td>Merck</td><td>C4901</td><td></td></tr><tr><td>Coomassie briljantblauw</td><td>&nbsp;&nbsp;Sigma</td><td>1.12553</td><td></td></tr><tr><td>Deoxycholaat</td><td>&nbsp;&nbsp;Sigma-Aldrich</td><td>D6750</td><td></td></tr><tr><td>Ellinghausen&ndash;McCullough&ndash;Johnson&ndash;Harris (EMJH) medium, Difco</td><td>&nbsp;Difco</td><td>&nbsp;279410</td><td></td></tr><tr><td>Gelatine</td><td>Merck</td><td>G9382</td><td></td></tr><tr><td>Glycerol</td><td>Merck</td><td>G5516</td><td></td></tr><tr><td>Glycine G8790</td><td>&nbsp;&nbsp;Sigma</td><td>&nbsp;G-8898</td><td></td></tr><tr><td>Leptospira interrogans serovar Copenhageni stam Fiocruz L1-130 (ATCC BAA-1198)&nbsp;, bewaard in het biorepository vanICMR-RMRC Port Blair</td><td>Bewaard in het biorepository van ICMR-RMRC Port Blair</td><td></td><td>Optimale groei temperatuur 30 &deg;C</td></tr><tr><td>Magnesiumchloride M8266</td><td>&nbsp; Sigma</td><td>&nbsp;M8266</td><td></td></tr><tr><td>Methanol</td><td>&nbsp;&nbsp;Sigma</td><td>&nbsp;17995-7</td><td></td></tr><tr><td>Fosfaat gebufferde zoutoplossing</td><td>&nbsp;&nbsp;Sigma</td><td>P4417&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Plate separatiefunnel</td><td>Wonder Wedgle</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Rotor</td><td>Thermoscientific</td><td>FIBERLite F15 8x50 cy</td><td></td></tr><tr><td>Natriumdodecylsulfaat (SDS)</td><td>&nbsp;&nbsp;Sigma</td><td>&nbsp;L-4396</td><td></td></tr><tr><td>TEMED</td><td>&nbsp;&nbsp;Sigma</td><td>&nbsp;T-9281</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>&nbsp;&nbsp;Sigma-Aldrich</td><td>T8787</td><td></td></tr><tr><td>Trizma Base (TRIS)&nbsp;</td><td>&nbsp;&nbsp;Sigma</td><td>&nbsp;T6066</td><td></td></tr></tbody></table>

extractie in één stap en zymografische analyse van bacteriële gelatinasen

One-step Extraction and Zymographic Analysis of Bacterial Gelatinases

Extractie in één stap en zymografische analyse van bacteriële gelatinasen

Proteinases of pathogenic bacteria contribute to invasion and pathogenesis by actively degrading the host's extracellular matrix (ECM) components and ...

one-step-extraction-and-zymographic-analysis-of-bacterial-gelatinases

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biochemie

We presenteren een procedure waarbij twee-dimensionale agarose-gel analyse kan worden gebruikt om de structuur van de replicatie tussenproducten die optreden na UV-straling te identificeren.

Visualisatie van UV-geïnduceerde Replicatie Intermediates in E. coli Met behulp van twee-dimensionale Agarose gel-analyse

Dit protocol beschrijft een activiteit-gebaseerde test voor het opsporen van matrix metalloproteïnasen in kweeksupernatanten of lichaamsvloeistoffen.

Detectie van Functionele matrix metalloproteinasen door zymografie

Een straight-forward set van methoden te isoleren en bepalen de identiteit van de meest voorkomende eiwitten die worden uitgedrukt in de skeletspieren. Ongeveer 800 plekken zijn onderscheiden op een twee-dimensionale gel van 10 mg spieren, dit maakt voor de bepaling van gender-specifieke eiwitexpressie. Deze methoden geven gelijkwaardige resultaten in de meeste weefsels.

Skeletspieren Geslacht dimorfisme van Proteomics

We hebben onlangs melding gemaakt van een nieuwe benadering voor het genereren van fluorogene DNAzyme probes die kan worden toegepast op het opzetten van een eenvoudige, "mix-and-lezen" TL-test voor bacteriële detectie. Deze speciale DNA probes katalyseren de splitsing van een chromofoor gemodificeerde DNA-RNA chimère substraat in aanwezigheid van ruwe extracellulaire mengsel (CEM) door een bepaald bacterie, waardoor vertaling bacteriële detectie in fluorescentiesignaal generatie. In dit...

Detectie van bacteriën met behulp van fluorogene DNAzymes

We beschrijven de prototypische werkwijze voor het produceren microscoop dekglaasje bedekt met fluorescent gelatine visualiseren invadopodia-gemedieerde matrixafbraak. Rekentechnieken met beschikbare software gepresenteerd voor het kwantificeren van de niveaus van resulterende matrix proteolyse door enkele cellen in een gemengde populatie en voor meercellige groepen omvat gehele microscopische velden.

Kwantitatieve meting van Invadopodia-gemedieerde extracellulaire matrix proteolyse in Single en Meercellige contexten

In this video, we perform zymography, an electrophoretic technique, to analyze the proteolytic activity within biological samples.

Fluorescent Peptide Zymography: A Modified Technique to Detect Protease Activity Using Fluorogenic Substrates in Zymogram Gels

This video demonstrates the zymography gel electrophoresis technique to assess the activity of matrix metalloproteinases (MMPs) present in cell culture supernatant. The active MMPs degrade the MMP-specific substrate embedded in a polyacrylamide gel, which appears as clear bands against a dark stained background following staining.

Zymography Gel Electrophoresis: An Electrophoretic Technique to Detect Matrix Metalloproteinases by Assessing the Enzymatic Activity

De leden van het Burkholderia geslacht zijn ziekteverwekkers van klinisch belang. We beschrijven een werkwijze voor het totaal bacterieel eiwit extractie met mechanische verbreking en 2-D gelelektroforese voor daaropvolgende proteoomanalyse.

Totaal Eiwitextractie en 2-D gelelektroforese Werkwijzen voor<em&gt; Burkholderia</em&gt; Soorten

Hier presenteren we een gedetailleerd protocol voor een gewijzigde zymographic techniek waarin fluorescerende peptides worden gebruikt als het afbreekbaar substraat in plaats van de inheemse proteïnen. Elektroforese van biologische monsters in fluorescerende peptide zymograms maakt detectie van een breder scala van proteasen dan vorige zymographic technieken.

Opsporen van Protease-activiteit door fluorescerende Peptide Zymography

Trehalose-analogen duiken op als belangrijke moleculen voor bio(techno)logische en biomedische toepassingen. We beschrijven een geoptimaliseerd protocol voor het enzymatisch synthetiseren en zuiveren van trehalose-analogen dat eenvoudig, efficiënt, snel en milieuvriendelijk is. De toepassing ervan voor de snelle productie en toediening van een sonde voor de detectie van mycobacteriën wordt gedemonstreerd.

Rapid One-step enzymatische synthese en All-waterige Zuivering van Trehalose analogen

Leer een gestroomlijnde methode voor het extraheren en karakteriseren van actieve gelatinasen uit Leptospira met behulp van zymografie. Dit protocol vereenvoudigt de isolatie van membraaneiwitten voor microbiologisch onderzoek.

Extractie in één stap en zymografische analyse van bacteriële gelatinasen

Meer video's verkennen