Name: Het drijvende laboratorium: standaard operationele procedure voor het verzamelen en filteren van zeewatermonsters van operationele veerboten voor milieu-DNA-analyse (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-01T12:30:00.000+00:00
Duration: 6 min 22 s
Description: Leer een reproduceerbaar protocol voor eDNA-verzameling van veerboten om mariene zoogdieren te monitoren in moeilijk bereikbare offshore gebieden. Deze methode verbetert de ruimtelijke resolutie van biodiversiteitsonderzoek.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Andruszkiewicz, E. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biomonitoring+of+marine+vertebrates+in+Monterey+Bay+using+eDNA+metabarcoding%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Biomonitoring of marine vertebrates in Monterey Bay using eDNA metabarcoding.</a> PLoS One. 12 (4), e0176343(2017).</li>
<li>Djurhuus, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+DNA+reveals+seasonal+shifts+and+potential+interactions+in+a+marine+community%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Environmental DNA reveals seasonal shifts and potential interactions in a marine community.</a> Nat Commun. 11 (1), 254(2020).</li>
<li>DiBattista, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+DNA+can+act+as+a+biodiversity+barometer+of+anthropogenic+pressures+in+coastal+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Environmental DNA can act as a biodiversity barometer of anthropogenic pressures in coastal ecosystems.</a> Sci Rep. 10 (1), 8365(2018).</li>
<li>Beng, K. C., Corlett, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Applications+of+environmental+DNA+%28eDNA%29+in+ecology+and+conservation%3A+Opportunities%2C+challenges%2C+and+prospects%5BTitle%5D)+AND+%22Biodivers+Conserv%22%5BJournal%5D)">Applications of environmental DNA (eDNA) in ecology and conservation: Opportunities, challenges, and prospects.</a> Biodivers Conserv. 29 (7), 2089-2121 (2020).</li>
<li>He, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((eDNA+metabarcoding+enriches+traditional+trawl+survey+data+for+monitoring+biodiversity+in+the+marine+environment%5BTitle%5D)+AND+%22ICES+J+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">eDNA metabarcoding enriches traditional trawl survey data for monitoring biodiversity in the marine environment.</a> ICES J Mar Sci. 80 (5), 1529-1538 (2023).</li>
<li>Pawlowski, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+future+of+biotic+indices+in+the+ecogenomic+era%3A+Integrating+%28e%29DNA+metabarcoding+in+biological+assessment+of+aquatic+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Total+Environ%22%5BJournal%5D)">The future of biotic indices in the ecogenomic era: Integrating (e)DNA metabarcoding in biological assessment of aquatic ecosystems.</a> Sci Total Environ. 637 - 638, 1295-1310 (2018).</li>
<li>Arcangeli, A., Marini, L., Crosti, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+cetacean+presence%2C+relative+abundance+and+distribution+over+20+years+along+a+trans-regional+fixed+line+transect+in+the+central+Tyrrhenian+sea%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Ecol%22%5BJournal%5D)">Changes in cetacean presence, relative abundance and distribution over 20 years along a trans-regional fixed line transect in the central Tyrrhenian sea.</a> Mar Ecol. 34 (1), 112-121 (2013).</li>
<li>Matear, L., Robbins, J. R., Hale, M., Potts, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cetacean+Biodiversity+in+the+Bay+of+Biscay%3A+Suggestions+for+environmental+protection+derived+from+citizen+science+data%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Policy%22%5BJournal%5D)">Cetacean Biodiversity in the Bay of Biscay: Suggestions for environmental protection derived from citizen science data.</a> Mar Policy. 103672, 109(2019).</li>
<li>Valsecchi, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ferries+and+environmental+DNA%3A+Underway+sampling+from+commercial+vessels+provides+new+opportunities+for+systematic+genetic+surveys+of+marine+biodiversity%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">Ferries and environmental DNA: Underway sampling from commercial vessels provides new opportunities for systematic genetic surveys of marine biodiversity.</a> Front Mar Sci. 8, 704786(2021).</li>
<li>Boyse, E., Beger, M., Valsecchi, E., Goodman, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sampling+from+commercial+vessel+routes+can+capture+marine+biodiversity+distributions+effectively%5BTitle%5D)+AND+%22Ecol+Evol%22%5BJournal%5D)">Sampling from commercial vessel routes can capture marine biodiversity distributions effectively.</a> Ecol Evol. 13 (2), e9810(2023).</li>
<li>Arcangeli, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Testing+indicators+for+trend+assessment+of+range+and+habitat+of+low-density+cetacean+species+in+the+Mediterranean+Sea%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">Testing indicators for trend assessment of range and habitat of low-density cetacean species in the Mediterranean Sea.</a> Front Mar Sci. 10, 1116829(2023).</li>
<li>Valsecchi, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+universal+primers+for+metabarcoding+environmental+DNA+surveys+of+marine+mammals+and+other+marine+vertebrates%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+DNA%22%5BJournal%5D)">Novel universal primers for metabarcoding environmental DNA surveys of marine mammals and other marine vertebrates.</a> Environ DNA. 2 (4), 460-476 (2020).</li>
<li>Hunter, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improving+eDNA+yield+and+inhibitor+reduction+through+increased+water+volumes+and+multi-filter+isolation+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Improving eDNA yield and inhibitor reduction through increased water volumes and multi-filter isolation techniques.</a> Sci Rep. 9 (1), 5259(2019).</li>
<li>Capo, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+filtration+methods+and+water+volume+on+the+quantification+of+brown+trout+%28Salmo+trutta%29+and+Arctic+char+%28Salvelinus+alpinus%29+eDNA+concentrations+via+droplet+digital+PCR%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+DNA%22%5BJournal%5D)">Effects of filtration methods and water volume on the quantification of brown trout (Salmo trutta) and Arctic char (Salvelinus alpinus) eDNA concentrations via droplet digital PCR.</a> Environ DNA. 2 (2), 152-160 (2020).</li>
<li>Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effect+of+filtration+method+on+the+efficiency+of+environmental+DNA+capture+and+quantification+via+metabarcoding%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol+Resour%22%5BJournal%5D)">The effect of filtration method on the efficiency of environmental DNA capture and quantification via metabarcoding.</a> Mol Ecol Resour. 18 (5), 1102-1114 (2018).</li>
<li>Collins, R. A., Wangensteen, O. S., O'Gorman, E. J., Mariani, S., Sims, D. W., Genner, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Persistence+of+environmental+DNA+in+marine+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Persistence of environmental DNA in marine systems.</a> Commun Biol. 1, 185(2018).</li>
<li>Kelly, R. P., Gallego, R., Jacobs-Palmer, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effect+of+tides+on+nearshore+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">The effect of tides on nearshore environmental DNA.</a> PeerJ. 6, e4521(2018).</li>
</ol>

```html
<table><tbody><tr><td>4.7 cm diameter filter membranes</td><td>Biosigma S.p.A.</td><td>https://www.biosigma.com/</td><td>Filtermembranen met een porositeit van 0,45&nbsp;&mu;m, individueel verpakt&nbsp;</td></tr><tr><td>4/5 L vacuum flasks</td><td>Duran</td><td>https://www.duran-bottle-system.com/</td><td>5 L glazen fles met stop</td></tr><tr><td>Absorbent paper pads</td><td>Advantec MFS, Inc.</td><td>https://www.advantecmfs.com/category/absorbent-pads-1</td><td>Filterpapier absorberende pads, maat 47 mm.</td></tr><tr><td>Bag-in-Box (BiB)</td><td>G.M.V. Agricenter S.r.l.</td><td>https://www.gmvagricenter.it/</td><td>10 liter zakken-in-doos met kraan</td></tr><tr><td>Filtering cylinders&nbsp;</td><td>Sartorius AG</td><td>https://shop.sartorius.com/in/industrial-microbiology-filtration-devices/biosart-100-monitors/p/M_Biosart_100_Monitors#</td><td>Biostart 100 Monitor cilinders, inclusief 0,45&nbsp;&mu;m membraan&nbsp;</td></tr><tr><td>Sealing film</td><td>Merck</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/IN/en/product/sigma/hs234526a?utm_source=bing&amp;utm_medium= cpc&amp;utm_campaign=all+product_ dsa_WW_%28bing+ebizpfs%29&amp; utm_id=626946489&amp;utm_content= 1166583023365595&amp;msclkid= d2b55b82440b1aef56fc3ca803c 6486f&amp;utm_term=%2Fproduct%2F</td><td>4 inch x 125 voet rol laboratorium afdichtingsfolie</td></tr><tr><td>Vacuum pump</td><td>KNF Group</td><td>https://knf.com/en/us</td><td>Laboport draagbare vacuümpomp N. 96&nbsp;</td></tr></tbody></table>
```

het drijvende laboratorium: standaard operationele procedure voor het verzamelen en filteren van zeewatermonsters van operationele veerboten voor milieu-dna-analyse

The Floating Lab: Standard Operational Procedure for Collecting and Filtering Seawater Samples from Operating Ferries for Environmental DNA Analysis

Het drijvende laboratorium: standaard operationele procedure voor het verzamelen en filteren van zeewatermonsters van operationele veerboten voor milieu-DNA-analyse

Genetic tools to retrieve information from environmental DNA traces are well-established for both targeted and taxonomically broad biodiversity ...

the-floating-lab-standard-operational-procedure-for-collecting

Research

JoVE Journal

Environment

Milieu

Deze video documenten methoden voor het verzamelen van kust-zee watermonsters en de behandeling daarvan voor verschillende downstream-toepassingen, waaronder biomassa-concentratie, nucleïnezuur zuivering, cel overvloed, nutriënten-en trace gas analyses.

Zeewater Bemonstering en Collection

Deze video documenten groot volume (≥ 20 L) filtratie van microbiële biomassa, variërend van 0.22μm en 2.7μm in diameter, uit het water kolom.

Grote Volume (20L +) Filtratie van Coastal Zeewater Monsters

Deze video documenten klein volume (~ 1 L) filtratie van microbiële biomassa uit de waterkolom.

Klein volume (1-3L) Filtratie van Coastal Zeewater Monsters

Hier presenteren we een uitgebreid protocol om de beschikbaarheid van organische en anorganische voedingsstoffen en de abundantie en structuur van microbiële en virale gemeenschappen in afgelegen mariene omgevingen te beoordelen.

Het ontrafelen van de Unseen Spelers in de Oceaan - A Field Guide to Water chemie en Mariene Microbiologie

Speciale zorg met behulp van "schone technieken" is vereist om watermonsters correct te verzamelen en te verwerken voor sporenmetaalstudies in aquatische omgevingen. Er wordt een protocol gepresenteerd voor bemonstering, verwerking en analytische procedures met als doel betrouwbare gegevens voor milieubewaking en resultaten met hoge gevoeligheid voor gedetailleerde sporenmetaalstudies te verkrijgen.

Clean monsterneming en analyse van de rivier en estuariene Waters voor Trace Metal Studies

We introduceren de VacuSIP, een eenvoudige, niet-invasieve en betrouwbare methode voor schoon en nauwkeurig puntsampling van water. Het systeem werd ontwikkeld en geëvalueerd voor de gelijktijdige verzameling van het water dat wordt ingeademd en uitgeademd door benthische suspensie-voeders in situ, om de verwijdering en uitscheiding van deeltjes en opgeloste verbindingen schoon op te meten.

VacuSIP, een verbeterde INEX Methode voor het<em&gt; In Situ</em&gt; Meten van Particulate en opgeloste componenten verwerkt door Active Suspension Voeders

We beschrijven een protocol voor het filtreren van watermonsters met een filtercartridge en het extraheren van omgevings-DNA (eDNA) zonder dat het behuizing hoef te worden geopend om de filter te verwijderen. Dit protocol is ontwikkeld voor metabarcoding van eDNA van vissen, maar is ook toepasbaar op eDNA van andere organismen.

Het gebruik van een filter cartridge voor filtratie van watermonsters en Winning van Environmental DNA

Plankton en zwevende deeltjes een belangrijke rol spelen in de biogeochemische cycli in de Oceaan. Hier bieden we een Ultra-Clean, lage stress-methode voor het verzamelen van verschillende maten van deeltjes en plankton op zee met de mogelijkheid van het verwerken van grote hoeveelheden zeewater.

Een Ultra-Clean gelaagde apparaat voor het verzamelen van grootte gefractioneerde mariene Plankton en zwevende deeltjes

Hier beschrijven we methoden voor bemonstering uit de eufotische zones van mariene en zoetwaterecosystemen om cyanofagen (en hun gastheren) te isoleren en post-bemonsteringsprocessen die afzonderlijke genotypen verrijken en de dynamiek van virus-gastheerinteractie karakteriseren.

Milieubemonstering van fotosynthetische microben en hun virussen: van veld tot laboratorium

Dit protocol beschrijft een gestandaardiseerde workflow voor het verzamelen van ececa DNA (eDNA)-monsters van walvisobservatievaartuigen. De haalbaarheid voor onderzoekers en getrainde burgerwetenschappers wordt vooropgesteld, terwijl omgevingsomstandigheden, filtratietijd, troebelheid en logistiek aan boord de praktische grenzen van de toepassing bepalen.

Milieu-DNA-monsters van walviskijkvaartuigen voor walvisachtige monitoring

Leer een reproduceerbaar protocol voor eDNA-verzameling van veerboten om mariene zoogdieren te monitoren in moeilijk bereikbare offshore gebieden. Deze methode verbetert de ruimtelijke resolutie van biodiversiteitsonderzoek.

Het drijvende laboratorium: standaard operationele procedure voor het verzamelen en filteren van zeewatermonsters van operationele veerboten voor milieu-DNA-analyse (Video) | JoVE Journal

Het drijvende laboratorium: standaard operationele procedure voor het verzamelen en filteren van zeewatermonsters van operationele veerboten voor milieu-DNA-analyse

Meer video's verkennen