Name: Een klinische metaproteomics-workflow geïmplementeerd binnen het Galaxy Bioinformatics-platform om gastheer-microbioominteracties te analyseren die ten grondslag liggen aan ziekten bij de mens (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-10T14:45:00.000+00:00
Duration: 9 min 52 s
Description: Verken een klinische metaproteomics-workflow in Galaxy voor analyse van gastheer-microbioominteracties. Deze bio-informatica-methode identificeert microbele peptiden uit massaspectrometriegegevens voor ziekteonderzoek.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>Galaxy-Enabled Metaproteomics: Inzichten in de interactie tussen gastheer en microbioom

<table><tbody><tr><td>Collapse Collection</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 5.1.1</td><td>Combineert een dataset-lijstcollectie in één bestand (in de volgorde van de lijst)</td></tr><tr><td>Concatenate datasets</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 0.1.1</td><td>Concateneer bestanden staart-aan-kop</td></tr><tr><td>Cut</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.0.2</td><td>Selecteer (cut) opgegeven kolommen uit een bestand</td></tr><tr><td>FASTA Merge Files and Filter Unique Sequences</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.2.0</td><td>Concateneer FASTA-databasebestanden</td></tr><tr><td>FastaCLI</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 4.0.41+galaxy1</td><td>Voegt decoy-sequenties toe aan FASTA-bestanden</td></tr><tr><td>FASTA-to-Tablular</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.1.0</td><td>Converteren van FASTA-geformatteerde sequenties naar TAB-afgescheiden formaat</td></tr><tr><td>Filter</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.1.1</td><td>Filter kolommen met eenvoudige expressies</td></tr><tr><td>Filter Tabular</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 3.3.0</td><td>Filter een tabelbestand via lijnfilters</td></tr><tr><td>Galaxy Europe (EU) server</td><td>GalaxyP</td><td></td><td>https://usegalaxy.eu/</td></tr><tr><td>Group</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 2.1.4</td><td>Groepeer een bestand op een specifieke kolom en voer aggregaatfuncties uit</td></tr><tr><td>Identification Parameters</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 4.0.41+galaxy1</td><td>Stel identificatieparameters in voor SearchGUI/PeptideShaker</td></tr><tr><td>Learning Pathway: Clinical metaproteomics workflows within Galaxy</td><td>GalaxyP</td><td></td><td>https://training.galaxyproject.org/training-material/learning-pathways/clinical-metaproteomics.html</td></tr><tr><td>MaxQuant</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 2.0.3.0+galaxy0 (Discovery module); Galaxy Version 1.6.17.0+galaxy4 (Quantification module)</td><td>Kwantitatief proteomics softwarepakket voor analyse van grote massaspectrometrische databestanden</td></tr><tr><td>MetaNovo</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.9.4+galaxy4</td><td>Zoek MS/MS-gegevens in een FASTA-database (van bekende eiwitten) om een doelgerichte database (van gematchte eiwitten) voor massaspectrometrie-analyse te produceren</td></tr><tr><td>msconvert</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 3.0.20287.2</td><td>Converteren en/of filteren massaspectrometrie-bestanden</td></tr><tr><td>MSstatsTMT</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 2.0.0+galaxy1</td><td>R-gebaseerd pakket voor detectie van differentieel abundante eiwitten in shotgun massaspectrometrie-gebaseerde proteomische experimenten met behulp van tandem mass tag (TMT) labelen</td></tr><tr><td>PepQuery2</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 2.0.2+galaxy0</td><td>Peptid-gecentreerde zoekmachine voor identificatie en/of validatie van bekende en nieuwe peptiden van belang</td></tr><tr><td>PeptideShaker</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 2.0.33+galaxy1</td><td>Interpreteer resultaten van SearchGUI voor eiwitidentificatie</td></tr><tr><td>Protein Database Downloader</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 0.3.4</td><td>Download opgegeven eiwitsequenties als een FASTA-bestand</td></tr><tr><td>Query Tabular</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 3.3.0</td><td>Laad tabelbestanden in een SQLite-database</td></tr><tr><td>Remove beginning</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.0.0</td><td>Verwijder het opgegeven aantal (header) lijnen uit een bestand</td></tr><tr><td>SearchGUI</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 4.0.41+galaxy1</td><td>Voer zoekmotoren uit op MGF-pieklijsten en bereid resultaten voor op invoer naar Peptide Shaker</td></tr><tr><td>Select</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.0.4</td><td>Selecteer regels die overeenkomen met een expressie</td></tr><tr><td>Unipept</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 4.5.1</td><td>Haal UniProt-vermeldingen en taxonomische informatie op voor tryptische peptiden</td></tr><tr><td>UniProt</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 2.3.0</td><td>Download proteoom als XML (UniProtXML) of FASTA-bestand van UniProtKB</td></tr></tbody></table>

een klinische metaproteomics-workflow geïmplementeerd binnen het galaxy bioinformatics-platform om gastheer-microbioominteracties te analyseren die ten grondslag liggen aan ziekten bij de mens

A Clinical Metaproteomics Workflow Implemented within Galaxy Bioinformatics Platform to Analyze Host-Microbiome Interactions Underlying Human Disease

Een klinische metaproteomics-workflow geïmplementeerd binnen het Galaxy Bioinformatics-platform om gastheer-microbioominteracties te analyseren die ten grondslag liggen aan ziekten bij de mens

Clinical metaproteomics reveals host-microbiome interactions underlying diseases. However, challenges to this approach exist. In particular, the ...

a-clinical-metaproteomics-workflow-implemented-within-galaxy

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Immunologie en Infectie

Dit protocol is voor de extractie en concentratie van eiwitten en DNA uit microbiële biomassa die is verzameld uit zeewater, gevolgd door de generatie van tryptische peptiden die geschikt zijn voor proteomische analyse op basis van tandem massaspectrometrie.

Een Aquatic Microbial MetaProteomics Workflow: Van cellen tot Tryptic Peptiden geschikt voor Tandem massaspectrometrie-gebaseerde Analyse

Dit protocol beschrijft een interne doorvoer voor aanvullende analytische en omics technieken, culminerend in een volledig gekoppeld karakterisering van natuurlijke organische stof en microbiële proteomics in verschillende ecosystemen. Deze aanpak maakt robuuste vergelijkingen voor het identificeren van de metabolische banen en het transformaties die belangrijk zijn voor het beschrijven van de gasproductie van broeikasgassen en het voorspellen van reacties op veranderingen in het milieu.

Single-doorvoer complementaire High-resolution analytische technieken voor het karakteriseren van complexe natuurlijke organische stof mengsels

OpenProt is een vrij toegankelijke databank die wordt afgedwongen door een polycistronic model van eukaryotische genomen. Hier presenteren we een protocol voor het gebruik van OpenProt databases wanneer ondervragen massaspectrometrie datasets. Met behulp van OpenProt zorgt database voor analyse van proteomic experimenten voor de ontdekking van de roman en eerder niet detecteerbaar eiwitten.

Massa spectrometrie gebaseerde Proteomics Analyses met behulp van de OpenProt Database te onthullen nieuwe eiwitten vertaald uit niet-canonieke Open lezing Frames

Hier beschreven is een vereenvoudigde standaard werkings procedure voor microbiome profilering met behulp van 16S rRNA metagenomic sequencing en analyse met behulp van vrij beschikbare instrumenten. Dit protocol zal onderzoekers die nieuw zijn in het microbiome veld en degenen die updates vereisen over methoden om bacteriële profilering bij een hogere resolutie te bereiken helpen.

Microbiota-analyse met behulp van twee-stap PCR en de volgende generatie 16S rRNA Gensequencing

Hier presenteren we een protocol om het samenspel tussen gastheer en ziekteverwekker te profileren tijdens infectie door op massaspectrometrie gebaseerde proteomics. Dit protocol maakt gebruik van labelvrije kwantificering om veranderingen in eiwitrijkdom van zowel gastheer (bijv. macrofagen) als ziekteverwekker (bijv. Cryptococcus neoformans)in één experiment te meten.

Labelvrije kwantitatieve proteomics workflow voor discovery-driven host-pathogen interacties

Het hier gepresenteerde protocol beschrijft een complete pijplijn om RNA-sequencing transcriptoomgegevens te analyseren, van ruwe reads tot functionele analyse, inclusief kwaliteitscontrole en voorbewerkingsstappen tot geavanceerde statistische analytische benaderingen.

Transcriptoomanalyse met hoge doorvoer voor het onderzoeken van gastheer-pathogeeninteracties

Een<em&gt; In vitro</em&gt; Co-infectie model om te onderzoeken<em&gt; Plasmodium falciparum</em&gt;-HIV-1 Interacties in menselijke primaire monocyt-afgeleide immuuncellen

Virussen of extracellulaire blaasjes werden immunogevangen met 15 nm magnetische nanodeeltjes gekoppeld aan antilichamen die oppervlakte-antigenen herkennen. De gevangen virionen of blaasjes werden gelabeld met fluorescente antilichamen tegen andere oppervlakte-antigenen. De resulterende complexen werden gescheiden in een hoog magnetisch veld en geanalyseerd met conventionele flowcytometers die werden geactiveerd door fluorescentie.

Flow Virometry Analyseer antigene Spectra van Virions en extracellulaire blaasjes

Dit artikel bevat gedetailleerde methodologie voor het identificeren en kwantificeren van functionele T-lymfocyten subsets in muizen nieren, aorta en de lymfeklieren aanwezig door intracellulaire kleuring en flowcytometrie. Het model van angiotensine II geïnduceerde hypertensie werd gekozen uitleggen, stap voor stap, de procedures en de grondbeginselen van flowcytometrie en intracellulaire kleuring.

Intracellulaire kleuring en flowcytometrie om lymfocyten in muizen Aorta, nieren en lymfeklieren te identificeren in een Model of Hypertension

Infectie van menselijke weefsels met humaan immunodeficiëntie virus (HIV) ex vivo biedt een waardevolle 3D-model van virus pathogenese. Hier beschrijven we een protocol voor het verwerken en infecteren van weefsel monsters van menselijke amandelen en vrouwelijke genitale mucosae met HIV-1 en onderhouden ze in cultuur in de vloeistof-lucht-interface.

Ex Vivo Infectie van menselijke lymfoïde weefsels en vrouwelijke genitale Mucosa met Humaan Immunodeficiëntie Virus 1 en Histoculture

Verken een klinische metaproteomics-workflow in Galaxy voor analyse van gastheer-microbioominteracties. Deze bio-informatica-methode identificeert microbele peptiden uit massaspectrometriegegevens voor ziekteonderzoek.

Een klinische metaproteomics-workflow geïmplementeerd binnen het Galaxy Bioinformatics-platform om gastheer-microbioominteracties te analyseren die ten grondslag liggen aan ziekten bij de mens (Video) | JoVE Journal

Een klinische metaproteomics-workflow geïmplementeerd binnen het Galaxy Bioinformatics-platform om gastheer-microbioominteracties te analyseren die ten grondslag liggen aan ziekten bij de mens

Meer video's verkennen