Name: Visualisatie van methaan-cyclische microbiële dynamiek in wetlands aan de kust (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-31T14:30:00.000+00:00
Duration: 7 min 26 s
Description: Verken de visualisatie van methaan-cyclische microbiële dynamiek in kustwetlands met geoptimaliseerde PCR en GIS-technieken. Deze methode helpt onderzoekers om ruimtelijke en seizoensgebonden genpatronen te detecteren.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td>0.2 mL PCR tubes</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AB0620</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/AB0620?SID=srch-srp-AB0620</td></tr><tr><td>0.5 mL PCR Tubes</td><td>Promega</td><td>E4941</td><td>https://www.promega.com/products/biochemicals-and-labware/tips-and-accessories/0_5ml-pcr-tubes/?catNum=E4941</td></tr><tr><td>10 &mu;L tips</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-187</td><td>Fisherbrand SureGrip Pipet Tip Racked or Reload System Tips Natural; 10&mu;L; | Fisher Scientific</td></tr><tr><td>15 mL centrifuge tube</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>14-959-53A</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/falcon-15ml-conical-centrifuge-tubes-5/p-193301</td></tr><tr><td>200 &mu;L tips</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-190</td><td>Fisherbrand SureGrip Pipet Tip Racked or Reload System Tips Natural; 200&mu;L; | Fisher Scientific</td></tr><tr><td>1000 &mu;L tips</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>02-707-402</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sureone-micropoint-pipette-tips-specific-standard-fit/02707402?gclid=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACmEb kUsQ9Lu0YIq5i4vWege 17qPdtxIYZyvmJH1cDo ARuwereO1V4GLz9UaA lDREALw_wcB&amp;ef_id=C j0KCQiApNW6BhD5ARI sACmEbkUsQ9Lu0YIq5i 4vWege17qPdtxIYZyvmJ H1cDoARuwereO1V4GLz 9UaAlDREALw_wcB:G:s &amp;ppc_id=PLA_goog_2175 7693617_171052169911_02 707402__715434303113_1555 377385658230343&amp;ev_chn=sh op&amp;s_kwcid=AL!4428!3!71543430 3113!!!g!2366517300713!&amp;gad_source=1</td></tr><tr><td>Applied Biosystem Power SYBR Green Master Mix&nbsp;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>4368577</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/4368577</td></tr><tr><td>ArcGIS Pro&nbsp;</td><td>esri</td><td></td><td>https://www.esri.com/en-us/arcgis/products/arcgis-pro/overview?srsltid=AfmBOopatJ4 JvHJfscHRcAaDx0Jz5_Jrl8l5 vYkkBvfOqE-uNSsMghN1</td></tr><tr><td>CFX Duet Real-Time PCR system&nbsp;</td><td>Bio-Rad</td><td>12016265</td><td>https://www.bio-rad.com/en-us/product/cfx-duet-real-time-pcr-system?ID=97722926-9ed9-16a4-1d83-c92f587e427a</td></tr><tr><td>Corning Lambda plus single channel pipettor volume 0.5-10 &mu;L</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CLS4071-1EA</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4071</td></tr><tr><td>Corning&nbsp;Lambda&nbsp;plus single channel pipettor volume 100-1000&nbsp;&mu;L</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CLS4075-1EA</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4075</td></tr><tr><td>Corning&nbsp;Lambda&nbsp;plus single channel pipettor volume 20-200&nbsp;&mu;L</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CLS4074-1EA</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4074</td></tr><tr><td>FastDNA spin kit for soil</td><td>MP Biomedical</td><td>116560200-CF</td><td>https://www.mpbio.com/us/116560000-fastdna-spin-kit-for-soil-samp-cf?srsltid=AfmBOoqOxxGilzY3IHNIZR ajegGTr9MoX1oMZUh 3dcbJqe0UvvukY128</td></tr><tr><td>Gene copy&nbsp; calculator</td><td>Science Primer</td><td></td><td>https://scienceprimer.com/copy-number-calculator-for-realtime-pcr&nbsp;.</td></tr><tr><td>High speed benchtop centrifuge</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>75004241</td><td>https://newlifescientific.com/products/thermo-scientific-sorvall-st16-high-speed-benchtop-centrifuge-75004241?gad_source=1&amp;gclid=Cj0KCQiApN W6BhD5ARIsACmEbkVC_-cCIN9j 20TvYq8iDsBlUR5cPK_1_wN OBEcjMdv-CYVoGCfeOLYaAv enEALw_wcB</td></tr><tr><td>High speed microcentrifuge</td><td>VWR</td><td>75838-336</td><td>https://us.vwr.com/store/product/20546590/null</td></tr><tr><td>Lysing Matrix E tube&nbsp;</td><td></td><td></td><td>glass bead/ceramic sphere-containing tube</td></tr><tr><td>Microcentrifuge tube</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>02-681-320</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/fisherbrand-low-retention-microcentrifuge-tubes-8/02681320?gclid=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACm EbkWbG4_o3oUiGk HJPU-_31-CuexDwQ fmWPnfyhBOf2BHXsy K3fFW1toaAgJbEALw_ wcB&amp;ef_id=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACmEb kWbG4_o3oUiGkHJPU- _31-CuexDwQfmWPnfy hBOf2BHXsyK3fFW1toa AgJbEALw_wcB:G:s&amp;ppc _id=PLA_goog_21757693 617_171052169911_0268 1320__715434303113_10 349826094968484711&amp;ev

visualisatie van methaan-cyclische microbiële dynamiek in wetlands aan de kust

Visualizing Methane-Cycling Microbial Dynamics in Coastal Wetlands

Visualisatie van methaan-cyclische microbiële dynamiek in wetlands aan de kust

Coastal wetlands are the largest biotic source of methane, where methanogens convert organic matter into methane and methanotrophs oxidize methane, thus ...

visualizing-methane-cycling-microbial-dynamics-in-coastal-wetlands

Research

JoVE Journal

Environment

Milieu

Flow cytometrische analyse heeft waardevol voor het onderzoeken van zuivere culturen en controle van de microbiële Gemeenschap dynamiek bewezen. Wij presenteren drie uitgebreide werkstromen, van monsterneming tot data-analyse, voor zuivere culturen en complexe gemeenschappen in duidelijke medium zoals in uitdagende matrices, respectievelijk.

Wezenlijke Microbiome Dynamics – Stroom Cytometry gebaseerd werkstromen van reinculturen aan natuurlijke gemeenschappen

Dit protocol beschrijft een interne doorvoer voor aanvullende analytische en omics technieken, culminerend in een volledig gekoppeld karakterisering van natuurlijke organische stof en microbiële proteomics in verschillende ecosystemen. Deze aanpak maakt robuuste vergelijkingen voor het identificeren van de metabolische banen en het transformaties die belangrijk zijn voor het beschrijven van de gasproductie van broeikasgassen en het voorspellen van reacties op veranderingen in het milieu.

Single-doorvoer complementaire High-resolution analytische technieken voor het karakteriseren van complexe natuurlijke organische stof mengsels

Een protocol voor de generatie van dynamische chemische landschappen door fotolyse binnen microfluïde en millifluïde opstellingen wordt gepresenteerd. Deze methodologie is geschikt om diverse biologische processen te bestuderen, waaronder het motile gedrag, de opname van voedingsstoffen of aanpassing aan chemische stoffen van micro-organismen, zowel op eencellig als populatieniveau.

Het genereren van gecontroleerde, dynamische chemische landschappen om microbieel gedrag te bestuderen

Hier willen we de zonering van biologische productiviteit in Narragansett Bay, Rhode Island, visualiseren op basis van het stikstofmassabalansmodel. De resultaten zullen worden gebruikt voor het nutriëntenbeheer in de kustregio's om hypoxie en eutrofiëring te verminderen.

Visualisatie van productiviteitszones op basis van het stikstofmassabalansmodel in Narragansett Bay, Rhode Island

Deze studie demonstreert een benadering om methaangasconcentraties in waterige monsters te meten met behulp van draagbare optische analysatoren die zijn gekoppeld aan een injectiekamer in een gesloten lus. De resultaten zijn vergelijkbaar met conventionele gaschromatografie, waardoor een praktisch en goedkoop alternatief ontstaat dat bijzonder geschikt is voor veldonderzoek op afstand.

Het meten van opgelost methaan in aquatische ecosystemen met behulp van een optische spectroscopiegasanalysator

Er wordt een protocol beschreven voor het voorbereiden van een eenvoudig modelecosysteem dat de methaan-zuurstof-tegengradiënt nabootst die wordt aangetroffen in de natuurlijke habitat van aërobe methaanoxiderende bacteriën, waardoor hun fysiologie in een ruimtelijk opgeloste context kan worden bestudeerd. Modificaties van gangbare biochemische assays voor gebruik met het op agarose gebaseerde modelecosysteem worden ook beschreven.

Op agarose gebaseerd modelecosysteem voor het kweken van methanotrofen in een methaan-zuurstof-tegengradiënt

Hier presenteren we een protocol dat beschrijft hoe houten exemplaren moeten worden bemonsterd voor de algehele beoordeling van hun groeistructuren. Macro- en microscopische bereidings- en visualisatietechnieken die nodig zijn om een goed gerepliceerd en zeer gedetailleerd houtanatomisch en dendro-ecologisch dataset te genereren, worden beschreven.

Een technisch perspectief in Modern Boom-ring Onderzoek - Hoe Dendroecological en houtanatomische uitdagingen te overwinnen

Dit manuscript beschrijft een geautomatiseerde aanpak voor gelgrootteselectie voor het zuiveren van DNA-fragmenten voor next-generation sequencing. De Ranger-technologie biedt volledige automatisering van het gehele proces van agarose gel laden, elektroforetische analyse en herstel van gerichte DNA-fragmenten, waardoor high-throughput en hoge kwaliteit next-generation sequencing bibliotheken mogelijk zijn.

Geautomatiseerde Gel Size Selectie om de kwaliteit van next-generation sequencing bibliotheken Bereid uit Environmental watermonsters Verbeteren

Er wordt een protocol gegeven om bacteriële 16S rRNA-genen en transcripten uit kustsedimenten te kwantificeren via real-time PCR. De methodologie omvat de gezamenlijke extractie van DNA en RNA; bereiding van DNA-vrij RNA; en kwantificering van 16S rRNA-genen en transcripten via RT-q-PCR, inclusief de constructie van een standaardcurve.

Gelijktijdig DNA-RNA-extractie uit kustsedimenten en kwantificering van 16S rRNA genen en transcripties van Real-time PCR

Fosfolipide vetzuren geven informatie over de structuur van de bodem microbiële gemeenschappen. We presenteren extractiemethoden uit grondmonsters met een eenfasige chloroformmengsel, fractionering van geëxtraheerde lipiden die vaste fase extractie kolommen en methanolyse tot vetzuurmethylesters, die met behulp van capillaire gaschromatografie produceren.

Extractie en analyse van Microbiële Phospholipid vetzuren in de bodem

Verken de visualisatie van methaan-cyclische microbiële dynamiek in kustwetlands met geoptimaliseerde PCR en GIS-technieken. Deze methode helpt onderzoekers om ruimtelijke en seizoensgebonden genpatronen te detecteren.

Visualisatie van methaan-cyclische microbiële dynamiek in wetlands aan de kust

Meer video's verkennen