Name: Profilering van gepermethyleerde mucine O-glycanen met behulp van matrix-geassisteerde laserdesorptie/ionisatie Time-of-flight massaspectrometrie (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-20T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 51 s
Description: Leer een hoogdoorvoetsprotocol voor de analyse van mucine O-glycanen met MALDI-TOF massaspectrometrie. Deze methode versnelt onderzoek naar gastheer-microbe interacties en glycobiologie.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Bergstrom, K. S. B., Xia, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mucin-type+O-glycans+and+their+roles+in+intestinal+homeostasis%5BTitle%5D)+AND+%22Glycobiology%22%5BJournal%5D)">Mucin-type O-glycans and their roles in intestinal homeostasis.</a> Glycobiology. 23 (9), 1026-1037 (2013).</li>
<li>Leal, J., Smyth, H. D. C., Ghosh, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Physicochemical+properties+of+mucus+and+their+impact+on+transmucosal+drug+delivery%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Pharm%22%5BJournal%5D)">Physicochemical properties of mucus and their impact on transmucosal drug delivery.</a> Int J Pharm. 532 (1), 555-572 (2017).</li>
<li>Ambort, D., Johansson, M. E. V., Gustafsson, J. K., Ermund, A., Hansson, G. C. Perspectives on mucus properties and formation--lessons from the biochemical world. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aAmbort%2C+D+%22Cold+Spring+Harb+Perspect+Med%22">Cold Spring Harb Perspect Med</a>. 2 (11), a014159(2012).</li>
<li>Cone, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Barrier+properties+of+mucus%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Drug+Deliv+Rev%22%5BJournal%5D)">Barrier properties of mucus.</a> Adv Drug Deliv Rev. 61 (2), 75-85 (2009).</li>
<li>Kim, Y. S., Ho, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intestinal+goblet+cells+and+mucins+in+health+and+disease%3A+recent+insights+and+progress%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Gastroenterol+Rep%22%5BJournal%5D)">Intestinal goblet cells and mucins in health and disease: recent insights and progress.</a> Curr Gastroenterol Rep. 12 (5), 319-330 (2010).</li>
<li>Bell, A., Severi, E., Owen, C. D., Latousakis, D., Juge, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biochemical+and+structural+basis+of+sialic+acid+utilization+by+gut+microbes%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Biochemical and structural basis of sialic acid utilization by gut microbes.</a> J Biol Chem. 299 (3), 102989(2023).</li>
<li>Shuoker, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sialidases+and+fucosidases+of+Akkermansia+muciniphila+are+crucial+for+growth+on+mucin+and+nutrient+sharing+with+mucus-associated+gut+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Sialidases and fucosidases of Akkermansia muciniphila are crucial for growth on mucin and nutrient sharing with mucus-associated gut bacteria.</a> Nat Commun. 14 (1), 1833(2023).</li>
<li>Tailford, L. E., Crost, E. H., Kavanaugh, D., Juge, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mucin+glycan+foraging+in+the+human+gut+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Genet%22%5BJournal%5D)">Mucin glycan foraging in the human gut microbiome.</a> Front Genet. 6, 81(2015).</li>
<li>Fukuda, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Roles+of+mucin-type+O-glycans+in+cell+adhesion%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">Roles of mucin-type O-glycans in cell adhesion.</a> Biochim Biophys Acta. 1573 (3), 394-405 (2002).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mucin-type+O-glycans%3A+Barrier%2C+microbiota%2C+and+immune+anchors+in+inflammatory+bowel+disease%5BTitle%5D)+AND+%22J+Inflamm+Res%22%5BJournal%5D)">Mucin-type O-glycans: Barrier, microbiota, and immune anchors in inflammatory bowel disease.</a> J Inflamm Res. 14, 5939-5953 (2021).</li>
<li>Sheng, Y. H., Hasnain, S. Z., Florin, T. H. J., McGuckin, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mucins+in+inflammatory+bowel+diseases+and+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Gastroenterol+Hepatol%22%5BJournal%5D)">Mucins in inflammatory bowel diseases and colorectal cancer.</a> J Gastroenterol Hepatol. 27 (1), 28-38 (2012).</li>
<li>Juge, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Relationship+between+mucosa-associated+gut+microbiota+and+human+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Soc+Trans%22%5BJournal%5D)">Relationship between mucosa-associated gut microbiota and human diseases.</a> Biochem Soc Trans. 50 (5), 1225-1236 (2022).</li>
<li>Wilkinson, H., Saldova, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+methods+for+the+characterization+of+O-glycans%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Current methods for the characterization of O-glycans.</a> J Proteome Res. 19 (10), 3890-3905 (2020).</li>
<li>Goso, Y., Kurihara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF+MS%2FMS+analysis+of+permethylated+O-glycan+alditols+released+from+mucins%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF MS/MS analysis of permethylated O-glycan alditols released from mucins.</a> Methods Mol Biol. 2763, 201-208 (2024).</li>
<li>Kameyama, A., Thet Tin, W. W., Toyoda, M., Sakaguchi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+practical+method+of+liberating+O-linked+glycans+from+glycoproteins+using+hydroxylamine+and+an+organic+superbase%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+and+Biophys+Res+Commun%22%5BJournal%5D)">A practical method of liberating O-linked glycans from glycoproteins using hydroxylamine and an organic superbase.</a> Biochem and Biophys Res Commun. 513 (1), 186-192 (2019).</li>
<li>Vos, G. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oxidative+release+of+O-glycans+under+neutral+conditions+for+analysis+of+glycoconjugates+having+base-sensitive+substituents%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Oxidative release of O-glycans under neutral conditions for analysis of glycoconjugates having base-sensitive substituents.</a> Anal Chem. 95 (23), 8825-8833 (2023).</li>
<li>Furuki, K., Toyo'oka, T., Ban, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+sensitive+glycosylamine+labelling+of+O-glycans+using+non-reductive+%CE%B2-elimination%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Bioanal+Chem%22%5BJournal%5D)">Highly sensitive glycosylamine labelling of O-glycans using non-reductive β-elimination.</a> Anal Bioanal Chem. 409 (9), 2269-2283 (2017).</li>
<li>Miura, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycoblotting-assisted+O-glycomics%3A+ammonium+carbamate+allows+for+highly+efficient+o-glycan+release+from+glycoproteins%5BTitle%5D)+AND+%22Analy+Chemi%22%5BJournal%5D)">Glycoblotting-assisted O-glycomics: ammonium carbamate allows for highly efficient o-glycan release from glycoproteins.</a> Analy Chemi. 82 (24), 10021-10029 (2010).</li>
<li>Annesley, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ion+suppression+in+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Chemi%22%5BJournal%5D)">Ion suppression in mass spectrometry.</a> Clin Chemi. 49 (7), 1041-1044 (2003).</li>
<li>Harvey, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Derivatization+of+carbohydrates+for+analysis+by+chromatography%3B+electrophoresis+and+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chromatogr.+B%2C+Analyt+Technol+Biomed+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">Derivatization of carbohydrates for analysis by chromatography; electrophoresis and mass spectrometry.</a> J Chromatogr. B, Analyt Technol Biomed Life Sci. 879 (17-18), 1196-1225 (2011).</li>
<li>Jang-Lee, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycomic+profiling+of+cells+and+tissues+by+mass+spectrometry%3A+fingerprinting+and+sequencing+methodologies%5BTitle%5D)+AND+%22Glycobiology%22%5BJournal%5D)">Glycomic profiling of cells and tissues by mass spectrometry: fingerprinting and sequencing methodologies.</a> Glycobiology. 415, 59-86 (2006).</li>
<li>Zhou, S., Hu, Y., DeSantos-Garcia, J. L., Mechref, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitation+of+permethylated+N-glycans+through+multiple-reaction+monitoring+%28MRM%29+LC-MS%2FMS%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Soc+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Quantitation of permethylated N-glycans through multiple-reaction monitoring (MRM) LC-MS/MS.</a> J Am Soc Mass Spectrom. 26 (4), 596-603 (2015).</li>
<li>Hu, Y., Borges, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+spin+column-free+approach+to+sodium+hydroxide-based+glycan+permethylation%5BTitle%5D)+AND+%22Analyst%22%5BJournal%5D)">A spin column-free approach to sodium hydroxide-based glycan permethylation.</a> Analyst. 142 (15), 2748-2759 (2017).</li>
<li>Ceroni, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GlycoWorkbench%3A+a+tool+for+the+computer-assisted+annotation+of+mass+spectra+of+glycans%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">GlycoWorkbench: a tool for the computer-assisted annotation of mass spectra of glycans.</a> J Proteome Res. 7 (4), 1650-1659 (2008).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>150 mm glazen pasteurpipetten</td><td>Fisher Scientific</td><td>15202699</td><td>Consumables Verwijzing in de tekst (indien van toepassing): glazen pipet</td></tr><tr><td>5 mL buisjes</td><td>Eppendorf</td><td>30122305</td><td>Consumables</td></tr><tr><td>96-well HLB-extractieplaat</td><td>Fisher Scientific</td><td>16553290</td><td>Consumables</td></tr><tr><td>azijnzuur</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A6283</td><td>Reagens</td></tr><tr><td>acetonitril</td><td>Fisher Scientific</td><td>15624520</td><td>Reagens</td></tr><tr><td>watervrij DMSO</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>5.89569</td><td>Reagens</td></tr><tr><td>watervrij methanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>5.89596</td><td>Reagens</td></tr><tr><td>Autoflex massaspectrometer</td><td>Bruker</td><td></td><td>Apparatuur</td></tr><tr><td>DOWEX 50w x8 hars, H+-vorm, 200-400 mesh</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>44519</td><td>Reagens Verwijzing in de tekst (indien van toepassing): kationenuitwisselingshars</td></tr><tr><td>drogblokverwarmer</td><td>Grant</td><td>QBD2</td><td>Apparatuur</td></tr><tr><td>Verdamper/Concentrator voor Blokverwarmers</td><td>Cole-Palmer</td><td>WZ-36610-99</td><td>Apparatuur</td></tr><tr><td>flexAnalysis</td><td>Bruker</td><td></td><td>Software, eigendom</td></tr><tr><td>flexControl</td><td>Bruker</td><td></td><td>Software, eigendom</td></tr><tr><td>Genevac EZ-2</td><td>Biopharma</td><td>EZ-2</td><td>Apparatuur Verwijzing in de tekst (indien van toepassing): centrifugale verdamper</td></tr><tr><td>glazen flesjes met bijpassende PTFE-doppen (4 mL)</td><td>Wheaton</td><td>DWKW224582-144EA</td><td>Consumables</td></tr><tr><td>glazen flesjes met bijpassende PTFE-doppen (8 mL)</td><td>Fisher Scientific</td><td>11587413</td><td>Consumables</td></tr><tr><td>glaswol</td><td>Supelco</td><td>1.04086</td><td>Consumables</td></tr><tr><td>Glycoworkbench</td><td>NA</td><td></td><td>Software; downloadbaar van https://glycoworkbench.software.informer.com/</td></tr><tr><td>HLB SPE-cartridges</td><td>Supelco</td><td>57493-U</td><td>Consumable, als alternatief voor de 96-well HLB-extractieplaat</td></tr><tr><td>jodomethaan</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>289566</td><td>Reagens</td></tr><tr><td>MALDI-doelplaat</td><td>Bruker</td><td></td><td>Apparatuur</td></tr><tr><td>ModulyoD vriesdroogmachine</td><td>Thermo Fisher</td><td>ModulyoD-230</td><td>Apparatuur Verwijzing in de tekst (indien van toepassing): vriesdroogmachine</td></tr><tr><td>NaBH4</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>452882</td><td>Reagens</td></tr><tr><td>NaOH-pellets</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>567530</td><td>Reagens</td></tr><tr><td>NaOH-oplossing 50%</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>415413</td><td>Reagens</td></tr><tr><td>positive Pressure-96 Processor</td><td>Waters</td><td>186006961</td><td>Apparatuur</td></tr><tr><td>super DHB</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>50862</td><td>Reagens</td></tr><tr><td>trifluorazijnzuur</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T6508</td><td>Reagens</td></tr></tbody></table>

profilering van gepermethyleerde mucine o-glycanen met behulp van matrix-geassisteerde laserdesorptie/ionisatie time-of-flight massaspectrometrie

Profiling of Permethylated Mucin O-glycans Using Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry

Profilering van gepermethyleerde mucine O-glycanen met behulp van matrix-geassisteerde laserdesorptie/ionisatie Time-of-flight massaspectrometrie

Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) is a powerful tool for the profiling of mucin glycans that ...

We zijn de glycobiologie van de interacties tussen gastheer en microben in het maagdarmkanaal aan het bestuderen, met een focus op de rol van de slijmlaag die het maagdarmkanaal bedekt, en in het bijzonder, mucines en hun glycanen bij gezondheid en ziekte. Mucine-glycanen worden steeds meer erkend als belangrijke factoren in gastheer-microbe interacties omdat ze voedingsstoffen en bindingsplaatsen voor bacteriën bieden. Een verandering in het glycosyleringsprofiel kan leiden tot verstoring van de microbiotische samenstelling en vice versa, fenotypes die vaak worden waargenomen in ziektetoestanden.Echter, mucines zijn berucht moeilijk te bestuderen omdat ze zwaar geglycosyleerd zijn. Innovaties in bemonsteringstechnieken en gevolganalyse in bioinformatica kunnen het veld vooruit helpen, evenals nieuwe benaderingen voor monsterverwerking om de doorvoer te verhogen en de tijd van monsterverzameling tot resultaten te verkorten. Andere analytische technieken laten een meer gedetailleerde structurele karakterisering van glycanen toe, maar vereisen lange uitvoerings- en analysetijd.De hier beschreven techniek met behulp van MALDI-TOF massaspectrometrie heeft het voordeel van snelheid, wat het geschikt maakt voor screening en profilering. Om te beginnen, meng gezuiverde mucines met 250 microliters van de bèta-eliminatie buffer in een glazen vier milliliter vial. Sluit de fles stevig met een met polytetrafluorethyleen beklede dop en incubeer de reactie bij 45 graden Celsius gedurende 16 uur.Op ijs, voeg een milliliter van de 5% azijnzuuroplossing druppelsgewijs toe aan de reactiemix. Voor het ontzouten van het monster, steek een glazen pipet met een kleine hoeveelheid glasswol. Voeg 1,5 milliliter van de harssuspensie vanaf de bovenkant toe aan de glazen pipet, laat het dan bezinken en uitlekken.Was nu de hars met twee milliliter 5% azijnzuur en gooi de doorloop weg. Voeg vervolgens het mucine-monster toe aan de ontzoutingskolom en verzamel de doorloop in een vijf milliliter buis. Was de kolom twee keer met één milliliter 5% azijnzuur om de doorloop te verzamelen.Gebruik vervolgens een centrifugale evaporator om het azijnzuur te verwijderen en het monster te concentreren bij vijf millibar en 30 graden Celsius gedurende twee uur. Los het monster op in 0,5 milliliter methanolische azijnzuur en droog het onder een stroom stikstof. Voeg met een glazen spuit vier milliliter DMSO toe aan de vial met een natriumhydroxide en methanol mengsel.Na het mengen, centrifugeer de oplossing gedurende twee minuten bij 2.000 G. Giet voorzichtig het supernatant af en verwijder de zouten zonder de gel te verstoren. Nadat je er zeker van bent dat er geen zouten meer worden gevormd, suspendeer de gel in vier milliliter anhydrisch DMSO om de permethyleringsbasis suspensie voor te bereiden.Vervolgens, voeg anhydrisch DMSO en permethyleringsbasis toe aan het gedroogde mucine-monster, onmiddellijk gevolgd door jodomethaan. Incubeer de permethyleringsreactie gedurende 30 minuten bij kamertemperatuur met krachtig schudden. Voeg vervolgens 0,5 milliliter water toe om de reactie te beëindigen.Nadat het monster troebel wordt, spoel het met stikstof tot het helder wordt. Laad het monster op een hydrofiel-lipofiel evenwicht 96-wel platextractieplaat. Breng positieve druk aan om de monsters met een stromingssnelheid van ongeveer één milliliter per minuut door de vaste fase te duwen.Na het weggegooien van de doorloop, was de putjes twee keer met één milliliter water. Elueer de glycanen van de plaat twee keer met één milliliter methanol. Breng druk aan totdat methanol de plaat begint te verlaten, laat vervolgens de zwaartekracht de vereiste snelheid behouden.Droog het monster met een centrifugale evaporator en los het op in 10 microliters TA50. Na het mengen van één microliter monster en de matrix, laad het op een stalen MALDI doelplaat en laat het drogen. Voor data-analyse, laad het geëxporteerde ASCII-bestand van het massaspectrum in GlycoWorkbench.Na het uitvoeren van baseline correctie, bereken de piekcentroïden en selecteer in het pop-upvenster het juiste massabereik, minimale signaal-ruisverhouding en minimale massaspectrometrie piekintensiviteit. Gebruik vervolgens de Glyco-Peakfinder tool om de structuurcomposities te identificeren die overeenkomen met de pieklijst. Kies perMe als derivatisering, redEnd als de reducerende eind, en stel het minimum en maximum aantal verwachte residuen in.Voor mucines, selecteer Hexose, N-Acetyl-Hexosamine, Deoxy-Hexose en N-Acetylneuraminic Acid. Voor sulfaat glycanen, gebruik de optie Andere residuen met een massa van 87,9. Voor MALDI-TOF gegevens, stel het maximum aantal natriumionen en ladingen in op een per stuk, en stel de nauwkeurigheid in op 0,5 Daltons.Selecteer alle juiste annotaties met de Control toets en klik op elk van ze. Klik met de rechtermuisknop op de geselecteerde annotaties en kies Toevoegen aan de geannoteerde pieklijst. Om een rapport te genereren dat meerdere geannoteerde spectra vergelijkt, ga naar Tools gevolgd door Reporting en maak een rapport dat verschillende profielen vergelijkt.Druk het rapport af als PDF om het op te slaan. Voor fragmentatiespectra analyse, laad de spectra op GlycoWorkbench en genereer de pieklijst zoals eerder gedemonstreerd. Teken putatieve glycanenstructuren die overeenkomen met de geannoteerde glycanencomposities.Om fragmenten voor elke structuur te genereren, klik met de rechtermuisknop om Fragmenten naar canvas te kopiëren en kies Bereken fragmenten onder de Fragmenten tool. Voor verdere fragmentatieanalyse, klik op een piek van belang in de spectrumviewer. Klik met de rechtermuisknop en selecteer Alle structuren zoeken die overeenkomen met de pieken om de master charge verhouding van de geselecteerde piek te vragen tegen online databases.Selecteer putatieve structuren van belang en klik met de rechtermuisknop om ze naar het canvasvenster te kopiëren met de juiste optie. Om mogelijke fragmenten van elke glycanenstructuur te berekenen, selecteer de structuur in het canvas. Kies vervolgens onder tools en fragmenten, bereken fragmenten voor de huidige structuur.Al

profiling-permethylated-mucin-o-glycans-using-matrix-assisted-laser

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biochemie

Een snelle manier is beschreven om inzicht te krijgen in de structuur van de polysacchariden in een extracellulaire matrix. De methode maakt gebruik van de specificiteit van glycosylhydrolases en de gevoeligheid van massaspectrometrie waarmee minieme hoeveelheden van de materialen worden geanalyseerd. Deze techniek is aan te passen aan direct worden gebruikt op weefsel zelf.

Oligo Mass Profiling (Olimp) van extracellulaire polysacchariden

Een specifieke en gevoelige methode om inzicht te krijgen in de expressie profiel van glycosfingolipiden antigenen in het immuunsysteem organen en cellen wordt beschreven. De methode maakt gebruik van de ion trap massaspectrometrie waardoor stapsgewijze versnippering van glycosfingolipiden moleculen voor structurele analyse in vergelijking met chemisch gesynthetiseerde standaard.

Massaspectrometrische analyse van glycosfingolipiden antigenen

Om de diversiteit van O-gekoppelde glycanen grondig te onderzoeken, wordt een nieuwe procedure voor in-gel reducerende β-eliminatie, gecombineerd met permethylering en een snelle fase-verdelingsmethode, toegepast op de analyse van O-gekoppelde glycanen die direct vrijkomen uit glycoproteïnen opgelost door SDS-PAGE en bruikbaar voor verdere glycomics-analyse door massaspectrometrie.

Verbeterde In-gel Reductive β-eliminatie voor Comprehensive O-gebonden en Sulfo-glycomics door massaspectrometrie

Dit protocol beschrijft de specifieke technieken die worden gebruikt voor de structurele karakterisering van het reducerende einde (RE) en de interne glycosylsequenties van heteroxylanen door het RE te labelen met 2-aminobenzamide voorafgaand aan enzymatische (endoxylanase) hydrolyse en vervolgens analyse van de resulterende oligosacchariden met behulp van massaspectrometrie (MS) en nucleaire magnetische resonantie (NMR).

Sequencing van Plant Muur Heteroxylans Met behulp van Enzymatische, Chemical (Methylering) en fysieke (Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance) Technieken

Dit artikel presenteert een verbeterde vorm van een nieuwe bottom-up glycomische techniek die is ontworpen om het gepoolde samenstellingsprofiel van glycanen in niet-gefractioneerde biofluiden te analyseren door de chemische afbraak van glycanen in hun samenstellende bindingsspecifieke monosacchariden voor detectie door GC-MS. Mogelijke toepassingen omvatten vroege detectie van kanker en andere glycan-beïnvloedende aandoeningen.

Glycan Node Analyse: een bottom-up benadering van Glycomics

Een protocol voor de laser matrix-bijgewoonde desorptie ionisatie tijd van de vlucht de karakterisering van de Spectrometrie van de massa (MALDI-TOF MS) van synthetische polymeren wordt beschreven, met inbegrip van de optimalisering van de bereiding van de monsters, spectrale acquisitie en data-analyse.

Karakterisering van synthetische polymeren via Matrix bijgestaan Laser desorptie ionisatie tijd van de Spectrometrie van de massa van de vlucht (MALDI-TOF)

Protein Arginine (R)-methylatie is een wijdverspreide posttranslationele modificatie die meerdere biologische routes reguleert. Massaspectrometrie is de beste technologie om het R-methylproteoom wereldwijd te profileren, wanneer gekoppeld aan biochemische benaderingen voor gemodificeerde peptideverrijking. De workflow die is ontworpen voor de identificatie met hoge betrouwbaarheid van globale R-methylatie in menselijke cellen wordt hier beschreven.

Een op massaspectrometrie gebaseerde proteomics-benadering voor wereldwijde en betrouwbare eiwit-R-methylatieanalyse

Microarray polymer profiling (MAPP) is een high-throughput techniek voor samenstellingsanalyse van glycanen in biologische monsters.

Microarray Polymer Profiling (MAPP) voor high-throughput glycaananalyse

Dit protocol beschrijft de glycomics-geleide glycoproteomics-methode, een geïntegreerde omics-technologie die uitgebreide inzichten biedt in het heterogene glycoproteoom in complexe tumormicro-omgevingen die nodig zijn om de glycobiologie van kankers beter te begrijpen.

Glycomics-geleide glycoproteomics vergemakkelijkt uitgebreide profilering van het glycoproteoom in complexe tumormicro-omgevingen 

Een protocol voor het metabool profiel van biologische monsters door capillaire elektroforese-massaspectrometrie met behulp van een sheathless poreuze tip interface design wordt gepresenteerd.

Sheathless capillaire elektroforese-massaspectrometrie voor metabole of Biological Samples

Leer een hoogdoorvoetsprotocol voor de analyse van mucine O-glycanen met MALDI-TOF massaspectrometrie. Deze methode versnelt onderzoek naar gastheer-microbe interacties en glycobiologie.

Profilering van gepermethyleerde mucine O-glycanen met behulp van matrix-geassisteerde laserdesorptie/ionisatie Time-of-flight massaspectrometrie (Video) | JoVE Journal

Profilering van gepermethyleerde mucine O-glycanen met behulp van matrix-geassisteerde laserdesorptie/ionisatie Time-of-flight massaspectrometrie

Meer video's verkennen