Name: Gebruik van in vivo assemblage voor zeer efficiënte plasmideconstructie (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-02-07T14:30:00.000+00:00
Duration: 6 min 25 s
Description: Leer in vivo assemblage voor efficiënte plasmideconstructie met E. coli en homologe recombinatie. Deze methode bereikt 99% kloonefficiëntie zonder gespecialiseerde enzymen.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Bertero, A., Brown, S., Vallier, L. Methods of cloning. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBertero%2C+A+%22Basic+Science+Methods+for+Clinical+Researchers%22">Basic Science Methods for Clinical Researchers</a>. Chapter 2, Academic Press. 19-39 (2017).</li>
<li>Garcia-Nafria, J., Watson, J. F., Greger, I. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((IVA+cloning%3A+A+single-tube+universal+cloning+system+exploiting+bacterial+in+vivo+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">IVA cloning: A single-tube universal cloning system exploiting bacterial in vivo assembly.</a> Sci Rep. 6, 27459(2016).</li>
<li>Bubeck, P., Winkler, M., Bautsch, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+cloning+by+homologous+recombination+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Rapid cloning by homologous recombination in vivo.</a> Nucleic Acids Res. 21 (15), 3601-3602 (1993).</li>
<li>Avilan, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assembling+multiple+fragments%3A+the+Gibson+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Assembling multiple fragments: the Gibson assembly.</a> Methods Mol Biol. 2633, 45-53 (2023).</li>
<li>Stukenberg, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Marburg+Collection%3A+A+Golden+Gate+DNA+assembly+framework+for+synthetic+biology+applications+in+Vibrio+natriegens%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Synth+Biol%22%5BJournal%5D)">The Marburg Collection: A Golden Gate DNA assembly framework for synthetic biology applications in Vibrio natriegens.</a> ACS Synth Biol. 10 (8), 1904-1919 (2021).</li>
<li>Sambrook, J., Fritsch, E. F., Maniatis, T. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSambrook%2C+J+%22Molecular+cloning%3A+a+laboratory+manual%22">Molecular cloning: a laboratory manual</a>. , Cold Spring Harbor Laboratory Press. (1989).</li>
<li>Engler, C., Marillonnet, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Golden+Gate+cloning%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Golden Gate cloning.</a> Methods Mol Biol. 1116, 119-131 (2014).</li>
<li>Ma, H., Kunes, S., Schatz, P. J., Botstein, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plasmid+construction+by+homologous+recombination+in+yeast%5BTitle%5D)+AND+%22Gene%22%5BJournal%5D)">Plasmid construction by homologous recombination in yeast.</a> Gene. 58 (2-3), 201-216 (1987).</li>
<li>Cao, P., Wang, L., Zhou, G., Wang, Y., Chen, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+assembly+of+multiple+DNA+fragments+through+direct+transformation+of+PCR+products+into+E.+coli+and+Lactobacillus%5BTitle%5D)+AND+%22Plasmid%22%5BJournal%5D)">Rapid assembly of multiple DNA fragments through direct transformation of PCR products into E. coli and Lactobacillus.</a> Plasmid. 76, 40-46 (2014).</li>
<li>Conley, E. C., Saunders, V. A., Saunders, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deletion+and+rearrangement+of+plasmid+DNA+during+transformation+of+Escherichia+coli+with+linear+plasmid+molecules%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Deletion and rearrangement of plasmid DNA during transformation of Escherichia coli with linear plasmid molecules.</a> Nucleic Acids Res. 14 (22), 8905-8917 (1986).</li>
<li>Conley, E. C., Saunders, V. A., Jackson, V., Saunders, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanism+of+intramolecular+recyclization+and+deletion+formation+following+transformation+of+Escherichia+coli+with+linearized+plasmid+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Mechanism of intramolecular recyclization and deletion formation following transformation of Escherichia coli with linearized plasmid DNA.</a> Nucleic Acids Res. 14 (22), 8919-8932 (1986).</li>
<li>Sung, W. L., Zahab, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Site-specific+recombination+directed+by+single-stranded+crossover+linkers%3A+specific+deletion+of+the+amino-terminal+region+of+the+beta-galactosidase+gene+in+pUC+plasmids%5BTitle%5D)+AND+%22DNA%22%5BJournal%5D)">Site-specific recombination directed by single-stranded crossover linkers: specific deletion of the amino-terminal region of the beta-galactosidase gene in pUC plasmids.</a> DNA. 6 (4), 373-379 (1987).</li>
<li>Mandecki, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oligonucleotide-directed+double-strand+break+repair+in+plasmids+of+Escherichia+coli%3A+a+method+for+site-specific+mutagenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Oligonucleotide-directed double-strand break repair in plasmids of Escherichia coli: a method for site-specific mutagenesis.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 83 (19), 7177-7181 (1986).</li>
<li>Jones, D. H., Howard, B. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+rapid+method+for+recombination+and+site-specific+mutagenesis+by+placing+homologous+ends+on+DNA+using+polymerase+chain+reaction%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">A rapid method for recombination and site-specific mutagenesis by placing homologous ends on DNA using polymerase chain reaction.</a> Biotechniques. 10 (1), 62-66 (1991).</li>
<li>Kostylev, M., Otwell, A. E., Richardson, R. E., Suzuki, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cloning+should+be+simple%3A+Escherichia+coli+DH5alpha-mediated+assembly+of+multiple+DNA+fragments+with+short+end+homologies%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Cloning should be simple: Escherichia coli DH5alpha-mediated assembly of multiple DNA fragments with short end homologies.</a> PLoS One. 10 (9), e0137466(2015).</li>
<li>Chen, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simplified+plasmid+cloning+with+a+universal+MCS+design+and+bacterial+in+vivo+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Simplified plasmid cloning with a universal MCS design and bacterial in vivo assembly.</a> BMC Biotechnol. 21 (1), 24(2021).</li>
<li>Braun, H. G., Kanwal, N., Rivera Lopez, L. F., Thomassin, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Generation+of+a+plasmid+series+for+rapid+sub-cloning+and+use+in+various+Enterobacteriaceae%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biosci+Bioeng%22%5BJournal%5D)">Generation of a plasmid series for rapid sub-cloning and use in various Enterobacteriaceae.</a> J Biosci Bioeng. 138 (6), 478-487 (2024).</li>
<li>Kibbe, W. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((OligoCalc%3A+an+online+oligonucleotide+properties+calculator%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">OligoCalc: an online oligonucleotide properties calculator.</a> Nucleic Acids Res. 35 (Web Server issue), W43-W46 (2007).</li>
<li>Wallace, R. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hybridization+of+synthetic+oligodeoxyribonucleotides+to+phi+chi+174+DNA%3A+the+effect+of+single+base+pair+mismatch%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Hybridization of synthetic oligodeoxyribonucleotides to phi chi 174 DNA: the effect of single base pair mismatch.</a> Nucleic Acids Res. 6 (11), 3543-3557 (1979).</li>
<li>Bzymek, M., Lovett, S. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Instability+of+repetitive+DNA+sequences%3A+The+role+of+replication+in+multiple+mechanisms%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Instability of repetitive DNA sequences: The role of replication in multiple mechanisms.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 98 (15), 8319-8325 (2001).</li>
<li>Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C. -Y., Kim, Y. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Agarose+gel+electrophoresis+for+the+separation+of+DNA+fragments%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments.</a> J Vis Exp. (62), e3923(2012).</li>
<li>Sambrook, J., Russell, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+inoue+method+for+preparation+and+transformation+of+competent+E.+coli%3A+%26%2334%3Bultra-competent%26%2334%3B+cells%5BTitle%5D)+AND+%22CSH+Protoc%22%5BJournal%5D)">The inoue method for preparation and transformation of competent E. coli: &#34;ultra-competent&#34; cells.</a> CSH Protoc. 2006 (1), (2006).</li>
<li>Froger, A., Hall, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transformation+of+plasmid+DNA+into+E.+coli+using+the+heat+shock+method%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Transformation of plasmid DNA into E. coli using the heat shock method.</a> J Vis Exp. (6), e253(2007).</li>
<li>Fürste, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+cloning+of+the+plasmid+RP4+primase+region+in+a+multi-host-range+tacP+expression+vector%5BTitle%5D)+AND+%22Gene%22%5BJournal%5D)">Molecular cloning of the plasmid RP4 primase region in a multi-host-range tacP expression vector.</a> Gene. 48 (1), 119-131 (1986).</li>
<li>Bäumler, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+new+iron+regulated+locus+of+Salmonella+typhi%5BTitle%5D)+AND+%22Gene%22%5BJournal%5D)">Identification of a new iron regulated locus of Salmonella typhi.</a> Gene. 183 (1-2), 207-213 (1996).</li>
<li>Godiska, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Linear+plasmid+vector+for+cloning+of+repetitive+or+unstable+sequences+in+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Linear plasmid vector for cloning of repetitive or unstable sequences in Escherichia coli.</a> Nucleic Acids Res. 38 (6), e88(2010).</li>
<li>Watson, J. F., Garcia-Nafria, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+DNA+assembly+using+common+laboratory+bacteria%3A+A+re-emerging+tool+to+simplify+molecular+cloning%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">In vivo DNA assembly using common laboratory bacteria: A re-emerging tool to simplify molecular cloning.</a> J Biol Chem. 294 (42), 15271-15281 (2019).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1 kb Plus DNA ladder</td><td>FroggaBio</td><td>DM015-R500</td><td>DNA molecuulgewicht marker</td></tr><tr><td>AccuReady M Single Channel 0,5-10 µL</td><td>Bulldog Bio</td><td>BPP020</td><td>Pipetten voor het overbrengen van vloeistof</td></tr><tr><td>AccuReady M Single Channel Pipettor Kit</td><td>Bulldog Bio</td><td>BPK100</td><td>Pipetten voor het overbrengen van vloeistof</td></tr><tr><td>Agar</td><td>BioShop Canada</td><td>AGR003.1</td><td>Verstevigingsmiddel voor groeimedium</td></tr><tr><td>Agarose</td><td>Biobasic</td><td>D0012</td><td>Maak agarose gels voor DNA elektroforese</td></tr><tr><td>Biometra TOne&nbsp;</td><td>Analytikjena</td><td>846-2-070-301</td><td>Thermocycler</td></tr><tr><td>Kappen voor glazen kweekbuizen</td><td>Fisher Scientific</td><td>14-957-91</td><td>Herbruikbare kappen voor glazen kweekbuizen</td></tr><tr><td>DNA-primers</td><td>Integrated DNA Technologies</td><td>N/A</td><td>Bind en versterk sjabloon-DNA in PCR-reactie</td></tr><tr><td>DpnI&nbsp;</td><td>New England Biolabs</td><td>R0176S</td><td>Knip gemethyleerd sjabloon-DNA na PCR-amplificatie</td></tr><tr><td>EcoRI</td><td>New England Biolabs</td><td>R3101L</td><td>Beperkingsenzym, wordt geleverd met geschikte buffer</td></tr><tr><td>Eppendorf microtubes 1,5 mL</td><td>Sarstedt</td><td>72.690.300</td><td>Microbuis, 1,5 mL, conische bodem, PP, aangehechte platte dop, gegoten gradaties en bevroren schrijfruimte</td></tr><tr><td>Ethidiumbromide</td><td>Fisher Scientific</td><td>AAL0748203</td><td>DNA-visualisatie/intercaleringsmiddel, giftig</td></tr><tr><td>EZ-10 Spin Column Plasmid DNA Miniprep Kit</td><td>Biobasic</td><td>BS614</td><td>Isolateer plasmide-DNA van overnachtelijke bacterieculturen</td></tr><tr><td>GelDoc Go-Gel systeem</td><td>Bio-Rad</td><td>12009077</td><td>Afbeeldingen van DNA-gels</td></tr><tr><td>Glazen kweekbuizen</td><td>Fisher Scientific</td><td>14-925E</td><td>Glazen kweekbuizen</td></tr><tr><td>myGel&nbsp;Mini Elektroforese Systeem</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Z742288</td><td>Systeem gebruikt voor gelelektroforese</td></tr><tr><td>NanoDrop One</td><td>Thermo Fisher</td><td>ND-ONE-W</td><td>Bepaal DNA-concentratie</td></tr><tr><td>PCR Clean Up voor DNA-sequencing</td><td>Biobasic</td><td>BT5100</td><td>Zuiver PCR-producten&nbsp;</td></tr><tr><td>Petrischaal</td><td>Sarstedt</td><td>82.1473.011</td><td>Petrischaal 92 x 16 mm, PS, transparant, met ventilatie-cam</td></tr><tr><td>Pipettip, 1000 µL</td><td>Sarstedt</td><td>70.305</td><td>Pipettips voor 100-1000 µL</td></tr><tr><td>Pipettip, 2,5 µL</td><td>Sarstedt</td><td>70.3010.265</td><td>Pipettips voor maximaal 2,5 µL</td></tr><tr><td>Pipettip, 20 µL</td><td>Sarstedt</td><td>70.3020.200</td><td>Pipettips voor maximaal 20 µL</td></tr><tr><td>Pipettip, 200 µL</td><td>Sarstedt</td><td>70.3030.020</td><td>Pipettips voor 1-200 µL</td></tr><tr><td>Zout (NaCl)</td><td>Fisher Scientific</td><td>S271-10</td><td>Component van bacterieel groeimedium (10 g/L)</td></tr><tr><td>Enkel 0,2 mL PCR-buizen met platte dop</td><td>FroggaBio</td><td>TF-1000</td><td>PCR-buizen</td></tr><tr><td>Tryptone (Bacteriologisch)</td><td>BioShop Canada</td><td>TRP402.5</td><td>Component van bacterieel groeimedium (10 g/L)</td></tr><tr><td>VeriFi DNA polymerase</td><td>PCR Biosystems</td><td>PB10.42-01</td><td>Hoge-fidelity polymerase, de PCR-buffer met Mg2+ en dNTP's wordt bij aankoop geleverd</td></tr><tr><td>Xba I</td><td>New England Biolabs</td><td>R0145S</td><td>Beperkingsenzym, wordt geleverd met geschikte buffer</td></tr><tr><td>Gistextract</td><td>BioShop Canada</td><td>YEX401.205</td><td>Component van bacterieel groeimedium (5 g/L)</td></tr></tbody></table>

gebruik van in vivo assemblage voor zeer efficiënte plasmideconstructie

Use of In Vivo Assembly for High-efficiency Plasmid Construction

Gebruik van in vivo assemblage voor zeer efficiënte plasmideconstructie

In vivo assembly (IVA) is a molecular cloning method that uses intrinsic enzymes present in bacteria that promote intermolecular recombination of DNA ...

use-of-in-vivo-assembly-for-high-efficiency-plasmid-construction

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Bio-engineering

Een snelle en efficiënte methode om vreemd DNA van belang te integreren in pre-en-klare acceptor stammen, aangeduid als landingsplaats stammen, beschreven. De methode maakt het mogelijk site-specifieke integratie van een DNA-cassette in de gemanipuleerde landingsplaats locus van een bepaalde stam, door middel van conjugatie en de expressie van de ΦC31 integrase.

Site-specifieke bacteriële chromosoom Engineering: ΦC31 Integrase Mediated Cassette Exchange (IMCE)

Source: Tomás, J. M., et al. Generation of Null Mutants to Elucidate the Role of Bacterial Glycosyltransferases in Bacterial Motility. J. Vis. Exp. (2022).This video demonstrates the initiator-dependent amplification of a suicide plasmid in E. coli. The plasmid, which carries an antibiotic resistance gene, replicates only in the presence of an initiator protein encoded by the host. After electroporation and incubation in recovery medium, the mixture is plated on antibiotic-containing agar.

Amplification of a Suicide Plasmid in a Bacterial Host

Gene targeting-methodologieën kunnen worden gebruikt om transgene muizen te genereren met knockout-, knock-in- en getaggede allelen. Hier beschrijven we een verbeterde methode van recombineren in E. coli, die we 'subklonen plus invoegen' noemen, en die kan worden gebruikt om snel aangepaste gene targeting-vectoren te genereren.

Subkloning Plus Insertion (SPI) - A Novel recombineering Methode voor de snelle bouw van gene targeting vectoren

De synthese van aangepaste plasmiden is arbeidsintensief en tijdrovend. Dit protocol beschrijft het gebruik van Gibson-assemblage-klonering om de werk en duur van de procedure voor aangepaste DNA-klonering te verminderen. Het beschreven protocol produceert ook betrouwbare getagde eiwitconstructies voor zoogdierexpressie tegen vergelijkbare kosten als de traditionele cut-and-paste DNA-klonering.

Generatie van plasmide vectoren die-FLAG tagged eiwitten onder de verordening van de Mens elongatiefactor-1α Promoter Met behulp van Gibson Vergadering

Zinkvinger domeinen zijn intrinsiek cel permeabel en geschikt mediëren eiwit plaatsing in een breed scala aan zoogdier celtypen. Hier wordt een uitvoerige stap-voor-stap-protocol voor de uitvoering van zink-vinger-technologie voor intracellulaire eiwit levering gepresenteerd.

Direct Eiwit Levering aan zoogdiercellen behulp van Cell-permeabel Cys<sub&gt; 2</sub&gt; -Zijn<sub&gt; 2</sub&gt; Zinkvinger Domeinen

Hier presenteren we chimera assemblage door plasmideherstel en restrictie-enzymplaatsinzending (CAPRRESI), een protocol gebaseerd op de invoeging van restrictie-enzymplaatsen in synoniem-DNA-sequenties en functioneel plasmideherstel. Dit protocol is een snelle en goedkope methode voor het smelten van proteïne-coderende genen.

CAPRRESI: Chimera Assembly Door Plasmide Recovery En Restriction Enzyme Site Insertion

Hier presenteren we een protocol voor de productie van grote hoeveelheden van recombinante RNA in Escherichia coli mede uitspreken een chimeer RNA waarin het RNA van belang in een Viroïde steiger en een plant tRNA ligase. Het hoofdproduct is een circulaire molecuul dat zuivering aan homogeniteit wordt vergemakkelijkt.

De grootschalige productie van recombinante RNAs op een circulaire steiger met behulp van een systeem van Viroïde afkomstige in Escherichia coli

Het doel van dit protocol is om een gedetailleerde, stapsgewijze handleiding te bieden voor het assembleren van multi-gen constructies met behulp van het modulaire kloonsysteem op basis van Golden Gate klonen. Het geeft ook aanbevelingen over kritieke stappen om een optimale montage te garanderen op basis van onze ervaringen.

Snelle assemblage van multigenconstructies met behulp van modulair klonen van golden gate

In dit artikel wordt een stapsgewijs protocol gepresenteerd dat laat zien hoe modulair klonen (MoClo) kan worden aangepast voor het klonen van polycistronische operonen.

Gestandaardiseerde modulaire assemblage van polycistronische operons met modulair klonen (MoClo) met behulp van de In-Cloning toolkit

De huidige studie beschrijft een workflow voor nanoporesequencing van plasmiden wanneer de chromosomale sequentie al bekend is of niet van belang is. Een initiële plasmide-DNA-verrijkingsstap zorgt voor een optimale plasmidesequentiediepte en maximaliseert het aantal monsters dat per flowcel kan worden gesequenced.

Long-read plasmidvolgordebepaling en assemblage met behulp van op nanopore sequencing gebaseerde workflows

Leer in vivo assemblage voor efficiënte plasmideconstructie met E. coli en homologe recombinatie. Deze methode bereikt 99% kloonefficiëntie zonder gespecialiseerde enzymen.

Gebruik van in vivo assemblage voor zeer efficiënte plasmideconstructie

Meer video's verkennen