Name: Wereldwijde en huidige onderzoekstrends van single-cell sequencing bij kanker: een bibliometrische en visualisatiestudie (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-18T13:50:00.000+00:00
Duration: 7 min 50 s
Description: Ontdek wereldwijde trends in single-cell sequencing bij kankeronderzoek door middel van bibliometrische analyse. Deze methode identificeert opkomende onderzoeksrichtingen en hotspots voor wetenschappers en beleidsmakers.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Kocarnik, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+incidence%2C+mortality%2C+years+of+life+lost%2C+years+lived+with+disability%2C+and+disability-adjusted+life+years+for+29+cancer+groups+from+2010+to+2019%3A+A+systematic+analysis+for+the+global+burden+of+disease+study+2019%5BTitle%5D)+AND+%22JAMA+Oncol%22%5BJournal%5D)">Cancer incidence, mortality, years of life lost, years lived with disability, and disability-adjusted life years for 29 cancer groups from 2010 to 2019: A systematic analysis for the global burden of disease study 2019.</a> JAMA Oncol. 8 (3), 420-444 (2022).</li>
<li>Soerjomataram, I., Bray, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Planning+for+tomorrow%3A+Global+cancer+incidence+and+the+role+of+prevention+2020-2070%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Clin+Oncol%22%5BJournal%5D)">Planning for tomorrow: Global cancer incidence and the role of prevention 2020-2070.</a> Nat Rev Clin Oncol. 18 (10), 663-672 (2021).</li>
<li>Bray, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+cancer+statistics+2022%3A+Globocan+estimates+of+incidence+and+mortality+worldwide+for+36+cancers+in+185+countries%5BTitle%5D)+AND+%22CA+Cancer+J+Clin%22%5BJournal%5D)">Global cancer statistics 2022: Globocan estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries.</a> CA Cancer J Clin. 74 (3), 229-263 (2024).</li>
<li>Zhang, Y., Zhang, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+history+and+advances+in+cancer+immunotherapy%3A+Understanding+the+characteristics+of+tumor-infiltrating+immune+cells+and+their+therapeutic+implications%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Immunol%22%5BJournal%5D)">The history and advances in cancer immunotherapy: Understanding the characteristics of tumor-infiltrating immune cells and their therapeutic implications.</a> Cell Mol Immunol. 17 (8), 807-821 (2020).</li>
<li>Xu, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+reprogramming+and+epigenetic+modifications+in+cancer%3A+From+the+impacts+and+mechanisms+to+the+treatment+potential%5BTitle%5D)+AND+%22Exp+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">Metabolic reprogramming and epigenetic modifications in cancer: From the impacts and mechanisms to the treatment potential.</a> Exp Mol Med. 55 (7), 1357-1370 (2023).</li>
<li>Hanahan, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hallmarks+of+cancer%3A+New+dimensions%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">Hallmarks of cancer: New dimensions.</a> Cancer Discov. 12 (1), 31-46 (2022).</li>
<li>Kashyap, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantification+of+tumor+heterogeneity%3A+From+data+acquisition+to+metric+generation%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Quantification of tumor heterogeneity: From data acquisition to metric generation.</a> Trends Biotechnol. 40 (6), 647-676 (2022).</li>
<li>Vredevoogd, D. W., Peeper, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterogeneity+in+functional+genetic+screens%3A+Friend+or+foe%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Immunol%22%5BJournal%5D)">Heterogeneity in functional genetic screens: Friend or foe.</a> Front Immunol. 14, 1162706(2023).</li>
<li>Jovic, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA+sequencing+technologies+and+applications%3A+A+brief+overview%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Transl+Med%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA sequencing technologies and applications: A brief overview.</a> Clin Transl Med. 12 (3), e694(2022).</li>
<li>Hong, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+sequencing%3A+New+technologies+and+applications+in+cancer+research%5BTitle%5D)+AND+%22J+Hematol+Oncol%22%5BJournal%5D)">RNA sequencing: New technologies and applications in cancer research.</a> J Hematol Oncol. 13 (1), 166(2020).</li>
<li>Moed, H. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+developments+in+the+use+of+citation+analysis+in+research+evaluation%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Immunol+Ther+Exp+%28Warsz%29%22%5BJournal%5D)">New developments in the use of citation analysis in research evaluation.</a> Arch Immunol Ther Exp (Warsz). 57 (1), 13-18 (2009).</li>
<li>Ninkov, A., Frank, J. R., Maggio, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bibliometrics%3A+Methods+for+studying+academic+publishing%5BTitle%5D)+AND+%22Perspect+Med+Educ%22%5BJournal%5D)">Bibliometrics: Methods for studying academic publishing.</a> Perspect Med Educ. 11 (3), 173-176 (2022).</li>
<li>Li, X., Wang, L., Wang, L., Feng, Z., Peng, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+sequencing+of+hepatocellular+carcinoma+reveals+cell+interactions+and+cell+heterogeneity+in+the+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Gen+Med%22%5BJournal%5D)">Single-cell sequencing of hepatocellular carcinoma reveals cell interactions and cell heterogeneity in the microenvironment.</a> Int J Gen Med. 14, 10141-10153 (2021).</li>
<li>Li, Y., Jin, J., Bai, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+biology+deciphered+by+single-cell+transcriptomic+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Cell%22%5BJournal%5D)">Cancer biology deciphered by single-cell transcriptomic sequencing.</a> Protein Cell. 13 (3), 167-179 (2022).</li>
<li>Bai, X., Li, Y., Zeng, X., Zhao, Q., Zhang, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+sequencing+technology+in+tumor+research%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Chim+Acta%22%5BJournal%5D)">Single-cell sequencing technology in tumor research.</a> Clin Chim Acta. 518, 101-109 (2021).</li>
<li>Zhang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Worldwide+research+trends+on+tumor+burden+and+immunotherapy%3A+A+bibliometric+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Surg%22%5BJournal%5D)">Worldwide research trends on tumor burden and immunotherapy: A bibliometric analysis.</a> Int J Surg. 110 (3), 1699-1710 (2024).</li>
<li>Ghorbani, B. D. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aGhorbani%2C+BD+%22A+scientometrics+research+perspective+in+applied+linguistics%22">A scientometrics research perspective in applied linguistics</a>. Meihami, H., Esfandiari, R. , Springer Nature. Switzerland, Cham. 197-234 (2024).</li>
<li>Chen, C. M., Leydesdorff, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Patterns+of+connections+and+movements+in+dual-map+overlays%3A+A+new+method+of+publication+portfolio+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Assoc+Inf+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Patterns of connections and movements in dual-map overlays: A new method of publication portfolio analysis.</a> J Assoc Inf Sci Technol. 65 (2), 334-351 (2014).</li>
<li>Shen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analyzing+and+mapping+the+research+status%2C+hotspots%2C+and+frontiers+of+biological+wound+dressings%3A+An+in-depth+data-driven+assessment%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Pharm%22%5BJournal%5D)">Analyzing and mapping the research status, hotspots, and frontiers of biological wound dressings: An in-depth data-driven assessment.</a> Int J Pharm. 629, 122385(2022).</li>
<li>Small, H., Sweeney, E., Greenlee, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clustering+the+science+citation+index+using+co-citations+.2.+Mapping+science%5BTitle%5D)+AND+%22Scientometrics%22%5BJournal%5D)">Clustering the science citation index using co-citations .2. Mapping science.</a> Scientometrics. 8 (5-6), 321-340 (1985).</li>
<li>Butler, A., Hoffman, P., Smibert, P., Papalexi, E., Satija, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+single-cell+transcriptomic+data+across+different+conditions%2C+technologies%2C+and+species%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species.</a> Nat Biotechnol. 36 (5), 411-420 (2018).</li>
<li>Stuart, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+integration+of+single-cell+data%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Comprehensive integration of single-cell data.</a> Cell. 177 (7), 1888-1902.e21 (2019).</li>
<li>Baysoy, A., Bai, Z., Satija, R., Fan, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+technological+landscape+and+applications+of+single-cell+multi-omics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">The technological landscape and applications of single-cell multi-omics.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 24 (10), 695-713 (2023).</li>
<li>Macosko, E. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+parallel+genome-wide+expression+profiling+of+individual+cells+using+nanoliter+droplets%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Highly parallel genome-wide expression profiling of individual cells using nanoliter droplets.</a> Cell. 161 (5), 1202-1214 (2015).</li>
<li>Tirosh, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dissecting+the+multicellular+ecosystem+of+metastatic+melanoma+by+single-cell+RNA-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Science+%28New+York%2C+N.Y.%29%22%5BJournal%5D)">Dissecting the multicellular ecosystem of metastatic melanoma by single-cell RNA-seq.</a> Science (New York, N.Y.). 352 (6282), 189-196 (2016).</li>
<li>Martinez-Simon, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Covid-19+publications+in+anaesthesiology+journals%3A+A+bibliometric+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Br+J+Anaesth%22%5BJournal%5D)">Covid-19 publications in anaesthesiology journals: A bibliometric analysis.</a> Br J Anaesth. 128 (3), e239-e241 (2022).</li>
<li>Wen, L., Tang, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+sequencing+in+stem+cell+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Single-cell sequencing in stem cell biology.</a> Genome Biol. 17, 71(2016).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA+sequencing+in+cancer+research%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA sequencing in cancer research.</a> J Exp Clin Cancer Res. 40 (1), 81(2021).</li>
<li>Tang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MRNA-seq+whole-transcriptome+analysis+of+a+single-cell%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">MRNA-seq whole-transcriptome analysis of a single-cell.</a> Nat Methods. 6 (5), 377-382 (2009).</li>
<li>Navin, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tumour+evolution+inferred+by+single-cell+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Tumour evolution inferred by single-cell sequencing.</a> Nature. 472 (7341), 90-94 (2011).</li>
<li>Tang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+exome+sequencing+reveals+multiple+subclones+in+metastatic+colorectal+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Med%22%5BJournal%5D)">Single-cell exome sequencing reveals multiple subclones in metastatic colorectal carcinoma.</a> Genome Med. 13 (1), 148(2021).</li>
<li>Song, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+analysis+of+human+primary+prostate+cancer+reveals+the+heterogeneity+of+tumor-associated+epithelial+cell+states%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Single-cell analysis of human primary prostate cancer reveals the heterogeneity of tumor-associated epithelial cell states.</a> Nat Commun. 13 (1), 141(2022).</li>
<li>Zheng, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+transcriptomic+profiling+unravels+the+adenoma-initiation+role+of+protein+tyrosine+kinases+during+colorectal+tumorigenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Signal+Transduct+Target+Ther%22%5BJournal%5D)">Single-cell transcriptomic profiling unravels the adenoma-initiation role of protein tyrosine kinases during colorectal tumorigenesis.</a> Signal Transduct Target Ther. 7 (1), 60(2022).</li>
<li>Chan, T. J., Zhang, X., Mak, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biophysical+informatics+reveals+distinctive+phenotypic+signatures+and+functional+diversity+of+single-cell+lineages%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Biophysical informatics reveals distinctive phenotypic signatures and functional diversity of single-cell lineages.</a> Bioinformatics. 39 (1), btac833(2023).</li>
<li>Chen, Y. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+transcriptomics+reveals+regulators+underlying+immune+cell+diversity+and+immune+subtypes+associated+with+prognosis+in+nasopharyngeal+carcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma.</a> Cell Res. 30 (11), 1024-1042 (2020).</li>
<li>Small, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Co-citation+in+scientific+literature+-+new+measure+of+relationship+between+2+documents%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Soc+Inf+Sci%22%5BJournal%5D)">Co-citation in scientific literature - new measure of relationship between 2 documents.</a> J Am Soc Inf Sci. 24 (4), 265-269 (1973).</li>
<li>Villani, A. -C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+reveals+new+types+of+human+blood+dendritic+cells%2C+monocytes%2C+and+progenitors%5BTitle%5D)+AND+%22Science+%28New+York%2C+N.Y.%29%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes, and progenitors.</a> Science (New York, N.Y.). 356 (6335), eaah4573(2017).</li>
<li>Sun, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identifying+phenotype-associated+subpopulations+by+integrating+bulk+and+single-cell+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Identifying phenotype-associated subpopulations by integrating bulk and single-cell sequencing data.</a> Nat Biotechnol. 40 (4), 527-538 (2022).</li>
<li>Pe'er, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tumor+heterogeneity%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">Tumor heterogeneity.</a> Cancer Cell. 39 (8), 1015-1017 (2021).</li>
<li>Liu, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+transcriptomics+links+malignant+T+cells+to+the+tumor+immune+landscape+in+cutaneous+T-cell+lymphoma%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Single-cell transcriptomics links malignant T cells to the tumor immune landscape in cutaneous T-cell lymphoma.</a> Nat Commun. 13 (1), 1158(2022).</li>
<li>Yan, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clonal+phylogeny+and+evolution+of+critical+cytogenetic+aberrations+in+multiple+myeloma+at+single-cell+level+by+qm-fish%5BTitle%5D)+AND+%22Blood+Adv%22%5BJournal%5D)">Clonal phylogeny and evolution of critical cytogenetic aberrations in multiple myeloma at single-cell level by qm-fish.</a> Blood Adv. 6 (2), 441-451 (2022).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>bibliometrix package</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>bibliometrix 4.3.0</td><td>Een forest plot die meerdere betrouwbaarheidsintervallen per rij, aangepaste lettertypen voor elk tekstelement, aangepaste betrouwbaarheidsintervallen, tekst vermengd met uitdrukkingen en meer mogelijk maakt.</td></tr><tr><td>CiteSpace</td><td>Chaomei Chen, Drexel University</td><td>CiteSpace 6.2.R4 (64-bit) beta Basic</td><td>&zwnj;CiteSpace&zwnj; is een wetenschappelijk literatuuranalysetool. De hoofdfunctie is om de onderliggende kennis in wetenschappelijke literatuur door middel van visuele middelen te analyseren, waarbij de structuur, regels en verdeling van wetenschappelijke kennis worden getoond. De belangrijkste functies van CiteSpace omvatten: analyse van onderzoekssamenwerking &zwnj;, beoordeling van belangrijke tijdschriften &zwnj;, mijnbouw van kernonderwerpen enzovoort.</td></tr><tr><td>dplyr</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>dplyr 1.1.4</td><td>dbplyr is de database-backend voor dplyr. Het stelt u in staat om externe databasetabellen te gebruiken alsof ze in-memory data frames zijn door dplyr-code automatisch om te zetten in SQL.</td></tr><tr><td>esquisse</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>esquisse 2.0.1</td><td>Deze addin stelt u in staat uw gegevens interactief te verkennen door deze te visualiseren met het ggplot2-pakket. Het stelt u in staat staafdiagrammen, curven, strooidiagrammen, histogrammen, boxplots en sf-objecten te tekenen, en vervolgens de grafiek te exporteren of de code te verkrijgen om de grafiek te reproduceren.</td></tr><tr><td>forcats</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>forcats 1.0.0</td><td>R gebruikt factoren om categorische variabelen te behandelen, variabelen met een vaste en bekende set mogelijke waarden. Factoren zijn ook nuttig voor het herordenen van tekenreeksen om de weergave te verbeteren. Het doel van het forcats-pakket is om een reeks hulpmiddelen te bieden die veelvoorkomende problemen met factoren oplossen, inclusief het wijzigen van de volgorde van niveaus of de waarden.&nbsp;</td></tr><tr><td>ggplot2</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>ggplot2 3.5.1</td><td>ggplot2 is een systeem voor het declaratief maken van afbeeldingen, gebaseerd op de grammatica van graphics. U geeft de gegevens op, vertelt ggplot2 hoe u variabelen aan esthetiek wilt toewijzen, welke grafische primitieven u wilt gebruiken, en ggplot2 zorgt voor de details.</td></tr><tr><td>ggpmisc</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>ggpmisc 0.6.1</td><td>Pakket &lsquo;ggpmisc&rsquo; (Diverse uitbreidingen voor &lsquo;ggplot2&rsquo;) is een reeks uitbreidingen voor het R-pakket &lsquo;ggplot2&rsquo; (>= 3.0.0) met nadruk op annotaties en plotten met betrekking tot aangepaste modellen. Schattingen van modelaanpasobjecten kunnen in ggplots worden weergegeven als tekst, tabellen of vergelijkingen. Voorspelde waarden, restwaarden, afwijkingen en gewichten kunnen worden uitgezet voor verschillende modelaanpasfuncties.</td></tr><tr><td>ggsci</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>ggsci 3.2.0</td><td>ggsci biedt een verzameling ggplot2-kleurenpaletten geïnspireerd door wetenschappelijke tijdschriften, datavisualisatiebibliotheken, sciencefictionfilms en tv-shows.</td></tr><tr><td>openxlsx</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>openxlsx 4.2.7.1</td><td>Dit R-pakket vereenvoudigt het maken van.xlsx-bestanden door een hoog niveau interface te bieden voor het schrijven, stylen en bewerken van werkbladen. Door het gebruik van Rcpp zijn de lees-/schrijftijden vergelijkbaar met de xlsx- en XLConnect-pakketten met het extra voordeel dat de afhankelijkheid van Java is verwijderd.</td></tr><tr><td>readxl</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>readxl 1.4.3</td><td>Het readxl-pakket maakt het gemakkelijk om gegevens uit Excel in R te krijgen. In vergelijking met veel van de bestaande pakketten (bijv. gdata, xlsx, xlsReadWrite) heeft readxl geen externe afhankelijkheden, dus het is gemakkelijk te installeren en te gebruiken op alle besturingssystemen. Het is ontworpen om met tabelgegevens te werken.</td></tr><tr><td>reshape2</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>reshape2 1.4.4</td><td>Reshape2 is een herstart van het reshape-pakket. Het is meer dan vijf jaar geleden sinds de eerste release van reshape en in die tijd heb ik enorm veel geleerd over R-programmering en hoe om te gaan met gegevens in R. Reshape2 gebruikt die kennis om een nieuw pakket te maken voor het omvormen van gegevens dat veel meer gericht en veel sneller is.</td></tr><tr><td>stringr</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>stringr 1.5.1</td><td>Strings zijn niet glamoureuze, spraakmakende componenten van R, maar ze spelen wel een grote rol bij veel taken voor het opschonen en voorbereiden van gegevens. Het stringr-pakket biedt een samenhangende reeks functies die zijn ontworpen om het werken met strings zo eenvoudig mogelijk te maken.</td></tr><tr><td>tidytext</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>tidytext 0.4.2</td><td>Het gebruik van tidy data-principes kan veel tekstmijnbouwtaken eenvoudiger, effectiever en consistenter maken met hulpmiddelen die al op grote schaal worden gebruikt. Veel van de infrastructuur die nodig is voor tekstmijnbouw met tidy data frames bestaat al in pakketten zoals dplyr, broom, tidyr en ggplot2. In dit pakket bieden we functies en ondersteunende datasets om conversie van tekst naar en vanuit tidy-formaten mogelijk te maken, en om naadloos tussen tidy-tools en bestaande tekstmijnbouwpakketten te schakelen. Bekijk ons boek voor meer informatie over tekstmijnbouw met behulp van tidy data-principes</td></tr><tr><td>tidyverse</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>tidyverse 2.0.0</td><td>De tidyverse is een door een mening gedreven verzameling R-pakketten ontworpen voor data science. Alle pakketten delen een onderliggende ontwerpfilosofie, grammatica en datastructuren.</td></tr><tr><td>VennDiagram</td><td>Comprehensive R Archive Network (CRAN)</td><td>VennDiagram 1.7.3</td><td>VennDiagram is een R-pakket voor het genereren van hoogwaardige, aanpasbare Venn-diagrammen met maximaal vier sets en Euler-diagrammen met maximaal drie sets. Bevat behandeling voor verschillende speciale gevallen, inclusief twee-gevallen schaling, en uitgeb

wereldwijde en huidige onderzoekstrends van single-cell sequencing bij kanker: een bibliometrische en visualisatiestudie

Global and Current Research Trends of Single-Cell Sequencing in Cancer: A Bibliometric and Visualization Study

Wereldwijde en huidige onderzoekstrends van single-cell sequencing bij kanker: een bibliometrische en visualisatiestudie

Cancer poses a significant challenge to human health due to its complex biological systems, necessitating in-depth analysis. Single-cell sequencing has ...

global-current-research-trends-single-cell-sequencing-cancer

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Kankeronderzoek

Enkele cel sequencing is een steeds populairder en toegankelijk instrument voor de aanpak van genomische veranderingen op hoge resolutie. Wij bieden een protocol dat enkele cel sequencing gebruikt om het aantal kopieën veranderingen te identificeren in enkele cellen.

Detectie van Copy Number Wijzigingen met behulp van Single Cell Sequencing

Eencellige sequencing blijkt genotypische heterogeniteit in biologische systemen, maar de huidige technologieën ontbreken de doorvoer die nodig zijn voor de diepe profilering van communautaire samenstelling en functie. Hier beschrijven we een microfluidic workflow voor het rangschikken &gt; 50.000 eencellige genomen uit verschillende cel populaties.

Een met-throughput Microfluidic Platform voor eencellige genoom Sequencing

Intratumorale heterogeniteit is een inherent kenmerk van tumoren, waaronder gliomen. We ontwikkelden een eenvoudig en efficiënt protocol dat een combinatie van buffers en gradiëntcentrifugatie gebruikt om enkele kernen te isoleren uit vers bevroren glioomweefsels voor single nucleus RNA en ATAC-sequencingstudies.

Kernisolatie van vers bevroren hersentumoren voor single-nucleus RNA-seq en ATAC-seq

Hier tonen de auteurs het nut van MULTI-seq voor fenotypering en daaropvolgende gepaarde scRNA-seq en scATAC-seq bij het karakteriseren van de transcriptomische en chromatinetoegankelijkheidsprofielen in retina.

Multiplexed analyse van retinale genexpressie en chromatinetoegankelijkheid met behulp van scRNA-Seq en scATAC-Seq

Hier wordt een protocol gepresenteerd waarin meerdere bio-informaticatools worden gecombineerd om de biologische functies van TMEM200A bij kanker te bestuderen. Daarnaast valideren we ook experimenteel de bioinformatica voorspellingen.

Multiomics-analyse van TMEM200A als een pan-kanker biomarker

Dit protocol schetst de procedure voor het snel dissociëren van tumormonsters van mensen en muizen voor sequencing van enkelcellig RNA.

Dissociatie van tumorweefselmonsters van mensen en muizen voor eencellige RNA-sequencing

Dit protocol schetst methoden voor het kweken, manipuleren en analyseren van muizen CAF's, inclusief in vitro/in vivo functionele assays, transcriptomics en computationele analyse. Bovendien beschrijft het een webgebaseerd platform dat is ontwikkeld om de openbaar beschikbare transcriptomen van laseropname van micro-ontlede stromale en epitheliale componenten uit een verzameling menselijke borstkankertumoren te analyseren.

Kanker-geassocieerde fibroblasten van borsttumoren bij muizen als hulpmiddelen voor moleculaire en computationele studies

Circulerende tumorcellen (CTC's) zijn van cruciaal belang voor de studie van kankerprogressie en metastase. Dit artikel presenteert een high-throughput, geïntegreerd protocol voor CTC-verrijking en single-CTC-sequencing, waardoor de opname-efficiëntie en CTC-zuiverheid worden verbeterd en tegelijkertijd de contaminatie- en sequencingkosten worden verlaagd, waardoor precisie-oncologisch onderzoek en klinische toepassingen worden bevorderd.

Op microfluïdica gebaseerde high-throughput circulerende tumorcelsortering en single-cell sequencing-technologie

Dit protocol presenteert een gedetailleerde methode om hoogwaardige eencelsuspensies te isoleren uit zowel gezond als tumordragend muislongweefsel. Dit protocol kan worden toegepast op scRNA-seq, flowcytometrie-analyse en primaire celisolatie.

Geoptimaliseerde voorbereiding van heel muis tumordragend longweefsel voor flowcytometrie en single-cell RNA-sequencing

Dit manuscript beschrijft klinische protocollen voor twee next-generation sequencing panelen. Het ene paneel onderzoekt hematologische maligniteiten, terwijl het andere paneel zich richt op genen die vaak gemutaeerd zijn in solide tumoren. Moleculaire classificatie van drivermutaties in humane maligniteiten biedt waardevolle prognostische en voorspellende informatie.

Next Generation Sequencing voor de detectie van beroep Mutaties in vaste en vloeibare Tumoren

Ontdek wereldwijde trends in single-cell sequencing bij kankeronderzoek door middel van bibliometrische analyse. Deze methode identificeert opkomende onderzoeksrichtingen en hotspots voor wetenschappers en beleidsmakers.

Wereldwijde en huidige onderzoekstrends van single-cell sequencing bij kanker: een bibliometrische en visualisatiestudie

Meer video's verkennen