Name: Bioreactorassemblage voor continue cultuur van complexe fecale gemeenschappen (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-25T14:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 37 s
Description: Leer de assemblage van mini-bioreactorarrays voor continue anaerobe cultuur van complexe fecale gemeenschappen. Deze kosteneffectieve methode maakt parallelle experimenten mogelijk voor microbiële processtudies.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Sender, R., Fuchs, S., Milo, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Revised+estimates+for+the+number+of+human+and+bacteria+cells+in+the+body%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body.</a> PLoS Biol. 14 (8), e1002533(2016).</li>
<li>Postler, T. S., Ghosh, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Understanding+the+holobiont%3A+how+microbial+metabolites+affect+human+health+and+shape+the+immune+system%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Metab%22%5BJournal%5D)">Understanding the holobiont: how microbial metabolites affect human health and shape the immune system.</a> Cell Metab. 26 (1), 110-130 (2017).</li>
<li>Rooks, M. G., Garrett, W. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gut+microbiota%2C+metabolites+and+host+immunity%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Gut microbiota, metabolites and host immunity.</a> Nat Rev Immunol. 16 (6), 341-352 (2016).</li>
<li>Auchtung, J. M., Robinson, C. D., Farrell, K., Britton, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MiniBioReactor+Arrays+%28MBRAs%29+as+a+tool+for+studying+C.+difficile+physiology+in+the+presence+of+a+complex+community%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">MiniBioReactor Arrays (MBRAs) as a tool for studying C. difficile physiology in the presence of a complex community.</a> Methods Mol Biol. 1476, 235-258 (2016).</li>
<li>Han, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+metabolomics+pipeline+for+the+mechanistic+interrogation+of+the+gut+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A metabolomics pipeline for the mechanistic interrogation of the gut microbiome.</a> Nature. 595 (7867), 415-420 (2021).</li>
<li>Bilinski, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fresh+versus+frozen+stool+for+fecal+microbiota+transplantation-assessment+by+multimethod+approach+combining+culturing%2C+flow+cytometry%2C+and+next-generation+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Fresh versus frozen stool for fecal microbiota transplantation-assessment by multimethod approach combining culturing, flow cytometry, and next-generation sequencing.</a> Front Microbiol. 13, 872735(2022).</li>
<li>Li, X. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+stool+sample+preservation+methods+on+gut+microbiota+biodiversity%3A+New+original+data+and+systematic+review+with+meta-analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Spectr%22%5BJournal%5D)">Effects of stool sample preservation methods on gut microbiota biodiversity: New original data and systematic review with meta-analysis.</a> Microbiol Spectr. 11 (3), e0429722(2023).</li>
<li>Fouhy, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effects+of+freezing+on+faecal+microbiota+as+determined+using+MiSeq+sequencing+and+culture-based+investigations%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">The effects of freezing on faecal microbiota as determined using MiSeq sequencing and culture-based investigations.</a> PLoS One. 10 (3), e0119355(2015).</li>
<li>Sun, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbiota-derived+metabolic+factors+reduce+Campylobacteriosis+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Gastroenterology%22%5BJournal%5D)">Microbiota-derived metabolic factors reduce Campylobacteriosis in mice.</a> Gastroenterology. 154 (6), 1751-1763.e2 (2018).</li>
<li>He, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Campylobacter+jejuni+promotes+colorectal+tumorigenesis+through+the+action+of+cytolethal+distending+toxin%5BTitle%5D)+AND+%22Gut%22%5BJournal%5D)">Campylobacter jejuni promotes colorectal tumorigenesis through the action of cytolethal distending toxin.</a> Gut. 68 (2), 289-300 (2019).</li>
<li>Newsome, R. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interaction+of+bacterial+genera+associated+with+therapeutic+response+to+immune+checkpoint+PD-1+blockade+in+a+United+States+cohort%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Med%22%5BJournal%5D)">Interaction of bacterial genera associated with therapeutic response to immune checkpoint PD-1 blockade in a United States cohort.</a> Genome Med. 14 (1), 35(2022).</li>
<li>Ziv, N., Brandt, N. J., Gresham, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+chemostats+in+microbial+systems+biology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">The use of chemostats in microbial systems biology.</a> J Vis Exp. (80), e50168(2013).</li>
<li>Wille, J., Coenye, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biofilm+dispersion%3A+The+key+to+biofilm+eradication+or+opening+Pandora%27s+box%5BTitle%5D)+AND+%22Biofilm%22%5BJournal%5D)">Biofilm dispersion: The key to biofilm eradication or opening Pandora's box.</a> Biofilm. 2, 100027(2020).</li>
<li>Biagini, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Designs+and+methodologies+to+recreate+in+vitro+human+gut+microbiota+models%5BTitle%5D)+AND+%22Bio-des+Manuf%22%5BJournal%5D)">Designs and methodologies to recreate in vitro human gut microbiota models.</a> Bio-des Manuf. 6 (3), 298-318 (2023).</li>
<li>Qi, Y., Yu, L., Tian, F., Zhao, J., Zhai, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+models+to+study+human+gut-microbiota+interactions%3A+Applications%2C+advances%2C+and+limitations%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Res%22%5BJournal%5D)">In vitro models to study human gut-microbiota interactions: Applications, advances, and limitations.</a> Microbiol Res. 270, 127336(2023).</li>
<li>Gościniak, A., Eder, P., Walkowiak, J., Cielecka-Piontek, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Artificial+gastrointestinal+models+for+nutraceuticals+research-achievements+and+challenges%3A+A+practical+review%5BTitle%5D)+AND+%22Nutrients%22%5BJournal%5D)">Artificial gastrointestinal models for nutraceuticals research-achievements and challenges: A practical review.</a> Nutrients. 14 (13), 2560(2022).</li>
<li>Marrero, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gut-on-a-chip%3A+Mimicking+and+monitoring+the+human+intestine%5BTitle%5D)+AND+%22Biosens+Bioelectron%22%5BJournal%5D)">Gut-on-a-chip: Mimicking and monitoring the human intestine.</a> Biosens Bioelectron. 181, 113156(2021).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1 mL BD Slip Tip Syringe sterile, single use</td><td>Fisher Scientific</td><td>309659</td><td></td></tr><tr><td>1/4-28 mm thread to barbed male adaptor (3.2 mm), 5/pack</td><td>Cole-Parmer</td><td>008NB32-KD5L</td><td>Om 1 6-well array te bouwen, heb je 2 packs nodig</td></tr><tr><td>10M NaOH (Natriumhydroxide)</td><td>Sigma</td><td>72068-100ML</td><td></td></tr><tr><td>2.0ml Screw Cap Tube, NonKnurl, Skirted,Natural, E-Beam Sterile tube w/ attached cap</td><td>Fisher Scientific</td><td>14-755-228</td><td></td></tr><tr><td>2mag MIXdrive 60 Stirring Drive</td><td>2mag</td><td>40060</td><td>60-positie magnetische roerplaat (optioneel toevoegen van verwarmingscapaciteit- cat# 40260)</td></tr><tr><td>6-well reactor array, ABS-achtig doorschijnend helder plastic</td><td>Protolabs</td><td>Custom</td><td>Zie aanvullende bestanden voor.stl-bestand voor 3D-printen</td></tr><tr><td>Absolute ethanol (200 Proof)</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP2818</td><td></td></tr><tr><td>Azijnzuur, glazuur</td><td>Sigma</td><td>A6283</td><td></td></tr><tr><td>Adapter, nylon, mannelijke luer naar 1/4-28 draad, 25/pack</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45505-82</td><td>Om 1 6-well array te bouwen, heb je 6 (1 pack) nodig</td></tr><tr><td>Aluminiumfolie</td><td>Fisher Scientific</td><td>01-213-100</td><td></td></tr><tr><td>Anaërobe kamer</td><td>Coy Lab Products</td><td>Type B</td><td></td></tr><tr><td>Bel-Art&nbsp;SP Scienceware Flea Micro Spinbar Magnetic Stirring Bars (1/pk)</td><td>Fisher Scientific</td><td>22-261679</td><td>Om 1 6-well array te bouwen, heb je 6&nbsp; nodig</td></tr><tr><td>Bioveiligheidskast klasse 2</td><td>Nuaire</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Boterzuur</td><td>Sigma</td><td>B103500&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>CaCl2 &middot; 2H2O (Calciumchloridedihydraat)</td><td>Sigma</td><td>C7902</td><td></td></tr><tr><td>Clorox Healthcare Germicidal Wipes With Bleach, Unscented, 6" x 5", Pack Of 150 Wipes</td><td>Office Depot</td><td>129202</td><td></td></tr><tr><td>D-(-)-Fructrose</td><td>Sigma</td><td>F0127-100G</td><td></td></tr><tr><td>D-(+)-Cellobiose</td><td>Sigma</td><td>C7252-100G</td><td></td></tr><tr><td>D-(+)-Glucose</td><td>Sigma</td><td>G8270-100G</td><td></td></tr><tr><td>D-(+)-Maltosemonohydraat</td><td>Sigma</td><td>M5885-100G</td><td></td></tr><tr><td>Drill America Plug Hand Tap DWTP1/4-28</td><td>Home Depot</td><td>305699489</td><td></td></tr><tr><td>Dulbecco's Fosfaat Buffered Saline, 1X zonder Ca en Mg, steriele</td><td>Genesee</td><td>25-508</td><td></td></tr><tr><td>Vrouwelijke luer &times; 1/16&Prime; slangenbarb adapter, Nylon, 25/pack</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45502-00</td><td>Om 1 6-well array te bouwen, heb je 24 (1 pack) nodig</td></tr><tr><td>Vrouwelijke luer &times; 1/8&Prime; slangenbarb adapter, Nylon 25/pack</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45502-04</td><td>Om 1 6-well array te bouwen, heb je 6 (1 pack) nodig</td></tr><tr><td>Vrouwelijke luer &times; 3/32&Prime; slangenbarb adapter, Nylon, 25/ pack</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45502-02</td><td>Om 1 6-well array te bouwen, heb je 6 (1 pack) nodig</td></tr><tr><td>Vrouwelijke luer tee, Nylon, 25/pack</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45502-56</td><td>Om 1 6-well array te bouwen, heb je 10 (1 pack) nodig</td></tr><tr><td>FeSO4 &middot; 7H2O (IJzer [II] sulfaatheptahydraat)</td><td>Sigma</td><td>F8633</td><td></td></tr><tr><td>Hematine</td><td>Sigma</td><td>H3281</td><td></td></tr><tr><td>Histidine</td><td>Sigma</td><td>H7750</td><td></td></tr><tr><td>Isovalerinezuur</td><td>Sigma</td><td>129542</td><td></td></tr><tr><td>K2HPO4 dibasisch (dikaliumbisfosfaat)</td><td>Sigma</td><td>P2222-1KG</td><td></td></tr><tr><td>KH2PO4 monobasisch (kaliumdiwaterstoffosfaat)</td><td>Sigma</td><td>P0662-500G</td><td></td></tr><tr><td>Grote orificiale pipet tips</td><td>Fisher Scientific</td><td>02-707-134</td><td></td></tr><tr><td>L-Cysteïnehydrochloride</td><td>Sigma</td><td>C1276-10G</td><td></td></tr><tr><td>Mannelijke luer met vergrendelingsring &times; 1/8&Prime; slangenbarb adapter, Nylon, 25/pack</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45505-04</td><td>Om 1 6-well array te bouwen, heb je 42 (2 packs) nodig</td></tr><tr><td>Vleesextract</td><td>Sigma</td><td>70164-500G</td><td></td></tr><tr><td>Med Vet International&nbsp;Exel Needle, 20G X 1", Hypodermic, 100/Box, 26417</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-209-2532</td><td></td></tr><tr><td>Menadion (Vitamine K3)</td><td>Sigma</td><td>M5625</td><td></td></tr><tr><td>MgSO4&nbsp;&middot; 7H2O (Magnesiumsulfaatheptahydraat)</td><td>Sigma</td><td>M1880-500G&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Milli-Q water</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>NaCl (Natriumchloride)</td><td>Sigma</td><td>S9888-500G&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>NaHCO3 (Natriumbicarbonaat)</td><td>Sigma</td><td>S5761-500G</td><td></td></tr><tr><td>Omnifi t Q-series twee-gats flesdop</td><td>Cole-Parmer</td><td>00945Q-2</td><td>Om 1 6-well array te bouwen, heb je 1 nodig</td></tr><tr><td>PMP IPC-N L 24CHNL 8RLR 115V</td><td>MasterFlex</td><td>ISM939C-115V</td><td>24-kanaals peristaltiekpomp, vereist 1 voor bron en 1 voor afval</td></tr><tr><td>Precision Seal&reg; rubberen septa, wit, 7 mm O.D. glazen buis (100/pk)</td><td>Millipore Sigma</td><td>Z553905-100EA</td><td>Om 1 6-well array te bouwen, heb je 6 septa nodig</td></tr><tr><td>Propionzuur</td><td>Sigma</td><td>P5561&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Pompsuurgaten, 2-stop, Tygon S3 E-Lab, 1,02 mm ID; 12/PK</td><td>VWR</td><td>MFLX96460-28</td><td>Om

bioreactorassemblage voor continue cultuur van complexe fecale gemeenschappen

Bioreactor Assembly for Continuous Culture of Complex Fecal Communities

Bioreactorassemblage voor continue cultuur van complexe fecale gemeenschappen

The microbiota, especially bacteria, respond to various environmental exposures such as micro and macronutrients, pharmacological compounds, and ...

bioreactor-assembly-for-continuous-culture-complex-fecal

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Immunologie en Infectie

Laboratorium-schaal anaërobe vergisters kunnen wetenschappers nieuwe manieren van het optimaliseren van bestaande toepassingen van anaërobe biotechnologisch onderzoek en de productie van methaan potentieel van verschillende organische afval te evalueren. Dit artikel introduceert een algemeen model voor de bouw, inenting, bediening en controle van een laboratorium-schaal continu geroerd anaërobe vergister.

Continu-geroerd anaërobe vergister om organisch afval omzetten in biogas: Systeemconfiguratie en Basisbediening

Source: Ahmadi, S., et al. An In Vitro Batch-culture Model to Estimate the Effects of Interventional Regimens on Human Fecal Microbiota. J. Vis. Exp. (2019).This video demonstrates a method for modeling gut microbial fermentation by incubating fecal samples with dietary fermentable fiber under anaerobic conditions to study metabolite production by gut microbiota.

In Vitro Batch-Culture Model to Mimic Colonic Fermentation by Human Gut Microbiota

Voedingsregulatie met behulp van continu aangepaste groeivoeding verbetert de groeisnelheid van zoogdiercelsferoïden in vergelijking met intermitterende batchvoeding voor culturen in geroerde suspensiebioreactoren. Deze studie toont de methoden die nodig zijn voor het vestigen van eenvoudige aangepaste voedingsculturen.

Nutrient verordening door continue toevoer voor grootschalige uitbreiding van zoogdiercellen in sferoïden

De functionele gedrag van cellen in kweek kan worden verbeterd door het kweken meer in vivo-achtige 3-dimensionale kweek omgevingen 16-21. Dit manuscript beschrijft de opzet en exploitatie van een holle vezel bioreactor systeem voor in vivo-achtige zoogdieren weefselkweek.

Holle vezel voor Bioreactoren<em&gt; In Vivo</em&gt; -achtige Mammalian Tissue Culture

Een nieuw reactorontwerp, een zogenaamde bioreactor met hoge dichtheid (HDBR), wordt gepresenteerd voor het kweken en bestuderen van microbiële gemeenschappen met hoge dichtheid. Hier wordt de HDBR met succes toegepast in een fotobioreactor (PBR) configuratie voor de studie van stikstofmetabolisme door een gemengde algengemeenschap met hoge dichtheid.

A Novel Bioreactor voor High Density Teelt van Diverse microbiële gemeenschappen

Gut host-microbe interacties werden geschat aan de hand van een nieuwe benadering van het combineren van een synthetische mondelinge Gemeenschap, in vitro gastro-intestinale spijsvertering en een model van het epitheel van de dunne darm. Presenteren we een methode die aangepast worden kan voor de beoordeling van de cel invasie van ziekteverwekkers en multispecifieke biofilms, of zelfs om te testen op het overlevingsvermogen van probiotische formuleringen.

Beoordelen van de levensvatbaarheid van een synthetische bacteriële Consortium op de In Vitro -Interface van het Gut-Host-microbe

Hier presenteren we een protocol voor het kweken van de darmflora van de dikke darm in vitro, met behulp van een reeks van bioreactoren die de fysiologische omstandigheden van de gastro-intestinale tractus simuleren.

Toepassing van geavanceerde In Vitro kweken van technologie om te bestuderen van de menselijke darmflora

Hier presenteren we een protocol om de grootschalige productie van aanhangende cellen te bereiken via een volledig gesloten systeem op basis van GMP-kwaliteit oplosbare microdragers. De kweek van menselijke mesenchymale stamcellen, HEK293T cellen en Vero-cellen werd gevalideerd en voldeed aan zowel de kwantiteitseisen als de kwaliteitscriteria voor de cel- en gentherapie-industrie.

Grootschalige celproductie op basis van GMP-kwaliteit oplosbare poreuze microdragers

De focus van dit artikel ligt op het beschrijven van best practices voor het maken van media voor veeleisende anaërobe micro-organismen die uit een omgeving zijn verkregen. Deze methoden helpen bij het beheren van anaërobe culturen en kunnen worden toegepast om de groei van ongrijpbare niet-gekweekte micro-organismen, de 'microbiële donkere materie', te ondersteunen.

Een set van in situ geïnformeerde gesimuleerde mediumformaten voor het kweken van milieuvriendelijke anaërobe micro-organismen

De Minibioreactor Array (MBRA) is een high-throughput, aanpasbaar continuous-flow cultuursysteem dat de teelt van complexe microbiële gemeenschappen mogelijk maakt, ter ondersteuning van parallelle experimenten om de dynamiek van het microbioom, therapeutische interacties en microbiële reacties op omgevingsfactoren te bestuderen.

Bijgewerkt protocol voor de assemblage en het gebruik van de Minibioreactor Array (MBRA)

Leer de assemblage van mini-bioreactorarrays voor continue anaerobe cultuur van complexe fecale gemeenschappen. Deze kosteneffectieve methode maakt parallelle experimenten mogelijk voor microbiële processtudies.

Bioreactorassemblage voor continue cultuur van complexe fecale gemeenschappen

Meer video's verkennen