Name: Matrix-gebaseerde DNA-extractie voor gerichte sequencing van de volgende generatie op ontsmette sputummonsters (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-06T15:05:00.000+00:00
Duration: 6 min 7 s
Description: Leer een geoptimaliseerde matrix-gebaseerde DNA-extractiemethode voor Mycobacterium tuberculosis uit ontsmet sputum met magnetische kraalzuivering. Deze techniek verbetert opbrengst en zuiverheid voor gerichte next-generation sequencing.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Global Tuberculosis Report 2024. Geneva: WHO. , World Health Organization. 
 <a target="_blank" href="https://www.who.int/teams/global-tuberculosis-programme/tb-reports/global-tuberculosis-report-2024">https://www.who.int/teams/global-tuberculosis-programme/tb-reports/global-tuberculosis-report-2024</a> (2024).</li>
<li>De Araujo, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Implementation+of+targeted+next-generation+sequencing+for+the+diagnosis+of+drug-resistant+tuberculosis+in+low-resource+settings%3A+a+programmatic+model%2C+challenges%2C+and+initial+outcomes%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Public+Health%22%5BJournal%5D)">Implementation of targeted next-generation sequencing for the diagnosis of drug-resistant tuberculosis in low-resource settings: a programmatic model, challenges, and initial outcomes.</a> Front Public Health. 11, 1204064(2023).</li>
<li>Murphy, S. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+detection+of+drug-resistant+Mycobacterium+tuberculosis+using+targeted+next+generation+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Public+Health%22%5BJournal%5D)">Direct detection of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis using targeted next generation sequencing.</a> Front Public Health. 11, 1206056(2023).</li>
<li>Kambli, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+next+generation+sequencing+directly+from+sputum+for+comprehensive+genetic+information+on+drug+resistant+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22Tuberculosis%22%5BJournal%5D)">Targeted next generation sequencing directly from sputum for comprehensive genetic information on drug resistant Mycobacterium tuberculosis.</a> Tuberculosis. 127, 102051(2021).</li>
<li>WHO Consolidated Guidelines on Tuberculosis.Module 3: Diagnosis. Rapid diagnostics for tuberculosis detection. Third edition. , World Health Organization. 
 <a target="_blank" href="https://iris.who.int/bitstream/handle/10665/376221/9789240089488-eng.pdf?sequence=1">https://iris.who.int/bitstream/handle/10665/376221/9789240089488-eng.pdf?sequence=1</a> (2024).</li>
<li>Catalogue of mutations in Mycobacterium tuberculosis. complex and their association with drug resistance. Second edition. , World Health Organization. 
 <a target="_blank" href="https://iris.who.int/bitstream/handle/10665/374061/9789240082410-eng.pdf?sequence=1">https://iris.who.int/bitstream/handle/10665/374061/9789240082410-eng.pdf?sequence=1</a> (2023).</li>
<li>Schwab, T. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+next-generation+sequencing+to+diagnose+drug-resistant+tuberculosis%3A+a+systematic+review+and+meta-analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Targeted next-generation sequencing to diagnose drug-resistant tuberculosis: a systematic review and meta-analysis.</a> Lancet Infect Dis. 24 (10), 1162-1176 (2024).</li>
<li>Deeplex Myc-TB manual version 5. , GenoScreen. 
 <a target="_blank" href="https://acrobat.adobe.com/link/track?uri=urn%3Aaaid%3Ascds%3AUS%3A67c2b53f-c91d-3a73-a6ea-4769e7c8fe57">https://acrobat.adobe.com/link/track?uri=urn%3Aaaid%3Ascds%3AUS%3A67c2b53f-c91d-3a73-a6ea-4769e7c8fe57</a> (2023).</li>
<li>Shea, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+whole-genome+sequencing+and+reporting+of+drug+resistance+profiles+on+clinical+cases+of+Mycobacterium+tuberculosis+in+New+York+State%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Comprehensive whole-genome sequencing and reporting of drug resistance profiles on clinical cases of Mycobacterium tuberculosis in New York State.</a> J Clin Microbiol. 55 (6), 1871-1882 (2017).</li>
<li>Conceição, E. C., et al. Mycobacterium tuberculosis. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aConcei%C3%A7%C3%A3o%2C+EC+%22DNA+extraction+using+InstaGene+Matrix+and+high-speed+homogenizer+from+clinical+primary+culture%22">DNA extraction using InstaGene Matrix and high-speed homogenizer from clinical primary culture</a>. , https://www.protocols.io/view/mycobacterium-tuberculosis-dna-extraction-using-in-dhvs366e (2024).</li>
<li>Nilgiriwala, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+sequencing+from+sputum+for+tuberculosis+disease+diagnosis%2C+lineage+determination%2C+and+drug+susceptibility+prediction%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Genomic sequencing from sputum for tuberculosis disease diagnosis, lineage determination, and drug susceptibility prediction.</a> J Clin Microbiol. 61 (3), e0157822(2023).</li>
<li>Laboratory Services in Tuberculosis Control Part II: Microscopy. Geneva: WHO. , World Health Organization. 
 <a target="_blank" href="https://iris.who.int/bitstream/handle/10665/65942/WHO_TB_98.258_(part2).pdf?sequence=2">https://iris.who.int/bitstream/handle/10665/65942/WHO_TB_98.258_(part2).pdf?sequence=2</a> (1998).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Alternatief: Benchmark BeadBlaster 24</td><td>Benchmark Scientific</td><td>D2400</td><td></td></tr><tr><td>AMPure XP Bead-Based Reagens</td><td>Beckman Coulter</td><td>A63881</td><td></td></tr><tr><td>Autoclage of steriele glazen kralen (2 mm)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Z273627-1EA</td><td></td></tr><tr><td>Ethyl alcohol, puur&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E7023-500ML</td><td></td></tr><tr><td>Filter pipette tips (10 &micro;L)</td><td>Bio-Smart Scientific</td><td>FT-10-R</td><td></td></tr><tr><td>Filter pipette tips (1000 &micro;L)</td><td>Bio-Smart Scientific</td><td>FT1000-R</td><td></td></tr><tr><td>Filter pipette tips (20 &micro;l)</td><td>Bio-Smart Scientific</td><td>FT20-R</td><td></td></tr><tr><td>Filter pipette tips (200 &micro;L)</td><td>Bio-Smart Scientific</td><td>FT200-R</td><td></td></tr><tr><td>Verwarmingsblok variërend van 37 &deg;C tot 100 &deg;C&nbsp;</td><td>Eppendorf</td><td>5382000031</td><td></td></tr><tr><td>Hogesnelheids homogenisator (HSM) als FastPrep-24</td><td>MP Biomedicals</td><td>116005500</td><td></td></tr><tr><td>Incubator 80 &deg;C</td><td>Lasec Group</td><td>IBLPDHG-9030A</td><td></td></tr><tr><td>InstaGene Matrix</td><td>Bio-Rad Laboratories Inc.</td><td>BBRD7326030</td><td></td></tr><tr><td>Laagbindende microbuisjes (1,5 mL of 2 mL)</td><td>Eppendorf</td><td>EP0030108051-250EA</td><td></td></tr><tr><td>Magnetisch rek voor 1,5 &ndash; 2 mL buisjes</td><td>Thermo Fisher Scientific Inc.</td><td>12321D</td><td></td></tr><tr><td>Magnetische roerder</td><td>Merck</td><td>Z671886</td><td></td></tr><tr><td>Microcentrifuge</td><td>Eppendorf</td><td>5406000046</td><td></td></tr><tr><td>Milli-Q IX 7015 Zuiver Waterzuiveringssysteem</td><td>Merck</td><td>ZIX7015T0C</td><td></td></tr><tr><td>Nuclease-vrij water (NFW), moleculaire kwaliteit</td><td>Thermo Fisher Scientific Inc.</td><td>AM9937</td><td></td></tr><tr><td>Pipetten (P10, P20, P200 en P1000)</td><td>Eppendorf</td><td>EP3123000918-1EA</td><td></td></tr><tr><td>Qubit Assay Tubes</td><td>Thermo Fisher Scientific Inc.</td><td>Q32856</td><td></td></tr><tr><td>Qubit dsDNA HS Assay Kit</td><td>Thermo Fisher Scientific Inc.</td><td>Q33231</td><td></td></tr><tr><td>Qubit fluorometer instrument</td><td>Thermo Fisher Scientific Inc.</td><td>Q33226</td><td></td></tr><tr><td>Schroefdopbuisjes (1,5 mL)</td><td>Scientific Specialties Inc.</td><td>P2TUB056C-0001.5ST</td><td></td></tr><tr><td>Vortex</td><td>Lasec Group</td><td>WMBB0L0E0216</td><td></td></tr></tbody></table>

matrix-gebaseerde dna-extractie voor gerichte sequencing van de volgende generatie op ontsmette sputummonsters

Matrix-based DNA Extraction for Targeted Next-Generation Sequencing on Decontaminated Sputum Samples

Matrix-gebaseerde DNA-extractie voor gerichte sequencing van de volgende generatie op ontsmette sputummonsters

Next-generation sequencing (NGS) is now recognized as a powerful tool for timely and accurate drug-resistant tuberculosis (DR-TB) diagnosis. Targeted NGS ...

matrix-based-dna-extraction-for-targeted-next-generation-sequencing

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetica

Een gestroomlijnde workflow om DNA-methylatie en expressie van genen veranderingen te bestuderen op de jeugd stress wordt weergegeven. Vanaf moeder scheiding van pasgeboren muizen en isolatie van discrete hersenweefsel vertegenwoordigen wij een protocol van DNA en RNA tegelijk isoleren van hersenweefsel ponsen voor latere bisulfiet sequencing en RT-PCR analyse.

Geoptimaliseerd Analyse van DNA-methylatie en Gene Expression uit kleine, anatomisch gedefinieerde gebieden van de hersenen

Beschreven is een twee stappen proces labeling met β-glucosyltransferase (β-GT) een azide-glucose dragen aan 5-HMC, gevolgd door een klik chemie biotine linker gemakkelijk en dichtheid onafhankelijk verrijking brengen. Deze efficiënte en specifieke etiketteringsvoorschriften methode maakt het mogelijk verrijking van 5-HMC met extreem lage achtergrond en high-throughput epigenomisch mapping vinden plaats via next-generation sequencing.

Selectieve vangen van 5-hydroxymethylcytosine van genomisch DNA

DNA-extractie uit speeksel kan een gemakkelijk beschikbare bron van DNA met een hoog moleculair gewicht leveren, met weinig tot geen degradatie/fragmentatie. Dit protocol biedt geoptimaliseerde parameters voor speekselverzameling/opslag en DNA-extractie om van voldoende kwaliteit en kwantiteit te zijn voor downstream DNA-tests met hoge kwaliteitseisen.

En extractie van speeksel DNA voor Next Generation Sequencing

gDNA-verrijking voor NGS-sequencing is een eenvoudig en krachtig hulpmiddel voor de studie van constitutionele mutaties. In dit artikel presenteren we de procedure om eenvoudig de volledige sequentie van 11 genen te analyseren die betrokken zijn bij DNA-schadeherstel.

gDNA Verrijking door een-Transposase gebaseerde technologie voor NGS analyse van de hele reeks van BRCA1, BRCA2, En 9 genen betrokken bij DNA-schade te herstellen

De cystic fibrosis luchtwegen als voorbeeld, het manuscript presenteert een uitgebreide workflow omvattende een combinatie van metagenomic en metatranscriptomic benaderingen van de microbiële en virale gemeenschappen in dieren door monsters te karakteriseren.

Zuiveren van de Onzuivere: Sequencing metagenomes en Metatranscriptomes van Complex-Animal geassocieerd Samples

Verbeterde Gereduceerde Representatie Bisulfiet Sequencing is een methode voor de voorbereiding van sequencingbibliotheken voor DNA-methylatieanalyse op basis van restrictie-enzymdigestie gecombineerd met cytosine bisulfietconversie. Dit protocol vereist 50 ng aan uitgangsmateriaal en levert data met base-paarresolutie op GC-rijke genomische regio's.

Verbeterde Verminderde Vertegenwoordiging bisulfietsequencing voor de Beoordeling van DNA-methylatie bij Base Pair Resolutie

Bisulfiet amplicon sequentiebepaling (BSAS) is een methode voor het kwantificeren van cytosinemethylatie in gerichte genomische regio's van belang. Deze methode maakt gebruik van bisulfietconversie in combinatie met PCR-amplificatie van doelregio's vóór next-generation sequencing om absolute kwantificering van DNA-methylatie op een basisspecifiek niveau te produceren.

Gerichte DNA methylatie analyse van next-generation sequencing

Hier presenteren we een protocol om het gehele genoom DNA-methylatie in grootschalige klinische patiënt screening studies met behulp van de Methyl-bindende DNA Capture sequencing (MBDCap-seq of MBD-volgende) technologie en de daaropvolgende bioinformatica analyse pijplijn te onderzoeken.

-Methyl-bindende DNA capture Sequencing for Patient Tissues

Hier beschreven is een vereenvoudigde standaard werkings procedure voor microbiome profilering met behulp van 16S rRNA metagenomic sequencing en analyse met behulp van vrij beschikbare instrumenten. Dit protocol zal onderzoekers die nieuw zijn in het microbiome veld en degenen die updates vereisen over methoden om bacteriële profilering bij een hogere resolutie te bereiken helpen.

Microbiota-analyse met behulp van twee-stap PCR en de volgende generatie 16S rRNA Gensequencing

Hier wordt een DNA-extractieprotocol beschreven met behulp van magnetische kralen om DNA-extracties van hoge kwaliteit van muggen te produceren. Deze extracties zijn geschikt voor een downstream next-generation sequencing benadering.

Een op magnetische kraal gebaseerd mosquito-DNA-extractieprotocol voor sequencing van de volgende generatie

Dit protocol toont aan dat het slaan van kralen in combinatie met het zuiveren van DNA-afvangkralen een snelle en consistente methode biedt voor het extraheren van DNA uit Mycobacterium tuberculosis-monsters , waardoor het een effectieve keuze is voor sequencing-toepassingen van de volgende generatie.

Mycobacteriële DNA-extractie met behulp van kralen kloppen in aangepaste buffer gevolgd door NGS-workflow

Leer een geoptimaliseerde matrix-gebaseerde DNA-extractiemethode voor Mycobacterium tuberculosis uit ontsmet sputum met magnetische kraalzuivering. Deze techniek verbetert opbrengst en zuiverheid voor gerichte next-generation sequencing.

Matrix-gebaseerde DNA-extractie voor gerichte sequencing van de volgende generatie op ontsmette sputummonsters

Meer video's verkennen